1L30A

Replacements of pro86 in phage t4 lysozyme extend an alpha-helix but do not alter protein stability
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKLVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Replacements of Pro86 in phage T4 lysozyme extend an alpha-helix but do not alter protein stability.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1989-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l30A00
176LA 4K5YA 199LA 1DYFA 215LA 1L18A 250LA 1OWZA 1L05A 2B75A 3NYAA 183LA 7LZMA 165LA 1T8AA 1QT5A 1QTBA 1T6HA 257LA 143LA 1LPYA 4EKSA 3C7ZA 1CV5A 3DN4A 110LA 1CV4A 1KY1A 1L04A 226LA 2F47A 232LA 4E97A 4EJ4A 3QAKA 4EKPA 1G1VA 1ZWNA 3NY8A 4S0WA 1L22A 3CDQA 1C68A 3L2XA 246LA 140LA 3HUKA 1L38A 2RB0X 4EPIA 3RUNA 3DMVA 3PBLA 4LDEA 3CDOA 138LA 1L69A 1L03A 1D3NA 254LA 3DN2A 3OE9A 1L0JA 1P37A 1L81A 3OE8A 1PQOA 123LA 1JTMA 114LA 1CU6A 152LA 3SB8A 195LA 261LA 1L63A 162LA 2B6WA 1L35A 4ARJA 1L01A 1OVKA 1LYDA 3L64A 149LA 1OV5A 3HU9A 259LA 1LWGA 4YX7C 130LA 3V2YA 1C65A 1L88A 3GUOA 3HH4A 4PK0A 1SWZA 248LA 3OE0A 1L56A 1L99A 129LA 3VW7A 1C6MA 1L09A 2B6XA 2QB0B 181LA 1L79A 3F9LA 2CUUA 1L15A 1LGUA 4GBRB 158LA 3G3VA 3GUPA 120LA 1P7SA 4ZPUA 1P5CA 4W52A 2LC9A 1EPYA 3G3WA 1CVKA 1G0JA 1QS9A 2HUMA 1KNIA 1G0LA 1L71A 1P36A 4I7TA 1DYBA 1L92A 4OO9A 231LA 112LA 189LA 2B6TA 1JQUA 1LYFA 197LA 1L77A 4I7SA 2A4TA 1P2RA 220LA 1L53A 163LA 184LA 4ARMB 2HULA 1G0GA 1L26A 3HU8A 1P3NA 224LA 3HTFA 1CTWA 4LDLA 1L91A 180LA 4ARMA 4EKQA 1C6DA 187LA 3HUAA 221LA 1QT8A 3HT6A 2QARC 2Q9EA 1LGWA 103LA 3HT9A 1L60A 1C6AA 4EXMA 3GUMA 4LDOA 1C69A 1L00A 2OE7X 1L34A 3C80A 5I14A 1L72A 2RBPA 190LA 3DMXA 3D4SA 211LA 3DNAA 2OU9A 5LZMA 198LA 1L16A 3FA0A 2B6ZA 3EMLA 1L12A 1L39A 1L58A 1LYEA 227LA 1P6YA 1CU5A 4ARPA 1L27A 4AQNA 1LW9A 218LA 166LA 260LA 205LA 1XEPA 148LE 1L64A 147LA 1L48A 4I7QA 3DKEX 1KW5A 213LA 1L40A 4YXCA 1L45A 1LI3A 4EKRA 2OU8A 1C6KA 4I7KA 242LA 3CDRA 1KW7A 1DYGA 1C63A 3UONA 2F2QA 1L19A 160LA 1L37A 2OEAX 2NTHA 2RAYX 1QT7A 1LLHA 156LA 1L49A 1L42A 1QTHA 238LA 144LA 4I7JA 255LA 1L74A 2B74A 244LA 243LA 3DN1A 1D3MA 1L30A 1L89A 150LA 229LA 2B6YA 1L33A 1LYJA 1P64A 4IAPA 1QTVA 168LA 131LA 1P2LA 1SSYA 2HUKA 2OE9X 4I7NA 3HDFA 249LA 4W53A 1QSQA 3CDTA 3DN8A 1L44A 1WTHA 219LA 1C60A 1L67A 2RBSA 1ZURA 1C61A 1L43A 200LA 4DKLA 174LA 4I7LA 3DN0A 1C6NA 1L14A 4LZMA 2RBNA 1C6EA 1LWKA 192LA 2OU0X 1L31A 3RZEA 2RB2X 1L02A 1L59A 191LA 1L51A 146LA 1QT6A 1L96A 1B6IA 1L76A 3PDSA 1L97A 1QUHA 142LA 1PQDA 228LA 2IGCA 4I7RA 1G06A 1L90A 4W57A 2B73A 2O4WA 1CU2A 3F8VA 1SWYA 2OTYX 3SB5A 1P56A 239LA 102LA 3SB6A 3K2RA 164LA 1D2YA 4W58A 127LA 2O7AA 3GUJA 2LCBA 3CDVA 1T8GA 1QUOA 182LA 1D3JA 2Z6BA 1L95A 3HWLA 201LA 1C6HA 186LA 4W59A 155LA 1L06A 3DN6A 128LA 1C6QA 1QT3A 3HH5A 161LA 1L57A 2ANXA 1L87A 235LA 4W56A 1C6GA 1T8FA 1L47A 1L50A 4I7MA 1L0KA 115LA 1L28A 262LA 3C8QA 4YXAC 1D3FA 1C6PA 1L23A 1QT4A 2RBQA 4I7OA 1QSBA 2Q9DA 157LA 251LA 1CV6A 1L10A 4PJZA 1C6FA 3HDEA 139LA 1L55A 1L93A 212LA 122LA 1L65A 2ANVA 1DYAA 1G0QA 1QTCA 1L21A 3HTDA 171LA 2RAZX 3C7WA 3HH6A 1L66A 3C81A 6LZMA 1CX7A 3HT8A 141LA 1OYUA 1LYGA 4I7PA 108LA 2RBOA 4ARQB 1L98A 2L78A 1L68A 4ARLA 1LGXA 230LA 1L62A 1DYDA 223LA 3GULA 4ARQA 1L20A 177LA 2B7XA 253LA 237LA 1DYCA 2O79A 3ODUA 1PQMA 1C6BA 247LA 2B70A 1CUQA 170LA 225LA 241LA 3GUNA 125LA 3JR6A 252LA 1OWYA 240LA 216LA 1CU3A 1G0PA 111LA 245LA 3C8RA 167LA 2F32A 2RBRA 175LA 3NY9A 3HH3A 1G0KA 3HT7A 222LA 1C6IA 2B72A 1QUDA 3C82A 4W55A 1SSWA 1JTNA 209LA 4EPFA 1C66A 1QTDA 3FADA 210LA 1C6LA 4GRVA 185LA 2LZMA 3G3XA 3DMZA 4DJHA 3HTGA 1L86A 104LA 1C6JA 3OE6A 1TLAA 107LA 256LA 178LA 145LA 1T97A 1C6TA 1QS5A 1KY0A 1C67A 1L94A 1G1WA 159LA 1L11A 1L82A 3HUQA 1L32A 1OV7A 1LYIA 1LI6A 3V2WA 1L24A 1L17A 1L85A 1KS3A 1PQIA 1L52A 1C64A 4W51A 3SBAA 1OVHA 1CUPA 1LYHA 3FI5A 3GUIA 214LA 1L54A 258LA 119LA 1OVJA 3SB7A 1C62A 236LA 1CV3A 1P46A 1K28A 3LZMA 1QTZA 1L73A 4DAJA 2OE4X 1SX2A 234LA 3DN3A 3C83A 1L70A 1L36A 118LA 1XJUA 1D9WA 1PQKA 1L07A 196LA 3C7YA 1QUGA 137LA 3SBBC 1L80A 1NHBA 173LA 1XJTA 233LA 2NTGA 1L61A 1CV0A 3HTBA 126LA 1L83A 151LA 113LA 1D2WA 1L46A 1CU0A 1DYEA 1I6SA 2RH1A 1PQJA 3GUKA 1L41A 109LA 217LA 1G07A 172LA 1C6CA 1ZYTA 1L75A 206LA 2OTZX 1CV1A 1L13A 1L08A 3SB9A 188LA 1LI2A 3SN6R 1G0MA 2RB1X 1CX6A 3C8SA 1SX7A 169LA 1L84A 1L25A 4W54A 1L29A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
176LA 250LA 1L18A 1CJ9A 3B0IA 4NG1A 1QUTA 165LA 7LZMA 4B49A 1T6HA 1QTEA 143LA 1EQ4A 1GB7A 3DN4A 1CV4A 1KY1A 1J1XY 4KT3A 4EKPA 1G1VA 133LA 1GF4A 2YBMA 4WLDA 4H9FA 4KPMA 3CDQA 1C68A 3L2XA 2BQAA 3A96A 4KXIA 4NFVA 1QIOA 140LA 5I54A 4WM2A 1B5VA 4OWHA 3RUNA 2MEBA 4LDEA 1HERA 1N4FA 1JTOL 1L0JA 5LXWA 3OE8A 1LSPA 4B4EA 3CB7A 5F9XA 1QDTA 3WU7A 1FKVA 1HMLA 1LKRA 1L01A 3L64A 5KXYA 130LA 1C65A 3B0KA 5M1YA 1XEIA 1GAZA 4YEOA 2BQMA 4PK0A 3CT0A 4HJYA 5L9JA 1NQIA 1C6MA 4W94A 4XN6A 1WQNA 4H8XA 1LGUA 4ZEEA 1F6SA 3AB6A 158LA 1H6MA 1NDMC 1YAQA 5I4WA 1CVKA 1G0JA 1QS9A 1KNIA 1G0LA 1P36A 3TMUA 2EPEA 2C8PA 197LA 1GF9A 1UIAA 1GE1A 1UBZA 1LJ4A 1P2RA 1L53A 2DQAA 4PHIA 5KXLA 3HU8A 1P3NA 3A6BY 2XBSA 1IWWA 3A90A 4ARMA 1C46A 1LSAA 1B7OA 2QARC 1LJIA 1UIEA 2LHMA 4RLMA 1GBSA 2BQCA 1LJGA 5A3ZA 4HPEA 3GUMA 4LDOA 2BQFA 1L00A 1F0WA 1HSXA 1HEOA 2OE7X 2XBRA 4DD7A 4B4IA 2A7DA 211LA 1NHEA 208LA 1TEWA 3A34A 2BQIA 2F30A 1LYEA 4DD2A 1LZNA 227LA 4ARPA 1L27A 1BB3A 1WTMA 2ZQ4A 4ANRA 205LA 2G4PA 1XEPA 4LT0A 4XJDA 148LE 1P2CC 1IVMA 2I6ZA 1LZ4A 2DQCY 1YANA 1C45A 1L19A 1IIZA 160LA 3WXUA 1QT7A 4I7JA 4G4CA 4HTNA 243LA 2B6YA 1LMOA 2XJWA 4XADA 3AGHA 131LA 1P2LA 4HSFA 3HDFA 4ML7A 249LA 4H90A 1QSQA 1NKHA 4LT3A 1L44A 1WTHA 1C60A 2BQEA 2DKVA 1LSGA 3WMKA 174LA 4LZMA 2RBNA 1FLYA 4YOPA 4WL6A 3T6UA 3F6ZA 1CNSA 1OUIA 1L31A 3RZEA 3A8ZA 1L51A 1D6PA 1GEZA 1GF3A 1QUHA 142LA 2IGCA 1CKFA 1G06A 3TMWA 2BQKA 4NSHA 1P56A 4TWSA 4ETAA 1JJ0A 1LYYA 4NGVA 3SB6A 3A91A 1D2YA 4W58A 3TXJA 127LA 2Z2FA 4J7VA 1FDLY 1LMTA 4WL7A 3OJPA 3P65A 3HWLA 201LA 5DLAA 1A2YC 186LA 3DN6A 1L06A 128LA 4HP0A 1XEKA 4LZTA 2YBLA 1L57A 2BQJA 1EL1A 1T8FA 2Z12A 4PJ2C 262LA 2LYMA 1IY4A 5FEKA 3TXGA 1C6FA 5F81A 139LA 2ANVA 4DQ5A 1DYAA 1G0QA 1L21A 2RAZX 3CSRA 3K3TA 3C7WA 4YEMA 3WL2A 6LZMA 3WYHA 1CX7A 2BQOA 1IR9A 3EMSA 4QY9A 2FBDA 5KXZA 1L98A 1HEPA 1ALCA 1DYDA 177LA 3IJVA 2O79A 2B70A 1CUQA 1OQMA 225LA 5L3IA 125LA 252LA 1OWYA 4GN5C 2PC2A 5DN4A 240LA 9LYZA 4DT3A 2VB1A 4UWVA 1IO5A 175LA 3NY9A 4OWAA 1HEWA 4X3BA 1AT6A 1IP1A 3HT7A 222LA 2MEAA 4IJ4A 1QUDA 3TXHA 4W55A 6LYZA 5C6LA 3CSZA 1GBZA 1GB0A 3FADA 1C10A 3BKVA 2DQIY 4WM1A 4BADA 3G3XA 4RW2A 1HHLA 1C6JA 1KIQC 1TLAA 3N9EA 1LZBA 3G3BB 1YL0X 178LA 4N1EI 1IWTA 1T97A 4WM6A 4TSBA 1IWYA 3P68A 4IATA 3HUQA 1L32A 4XJFA 3SBAA 1IP5A 1CUPA 1LYHA 3GUIA 1GE0A 3BKHA 1OVJA 3SB7A 1CJ6A 1B5WA 1C62A 1FKQA 4G4HA 1JTPL 1VFBC 4LGKA 3RW8A 1QTZA 234LA 2MEHA 4NHTA 118LA 1IP2A 3LYMA 1D9WA 3FE0A 137LA 5KXRA 4GLVA 4RDSA 5L3HA 233LA 2NTGA 2GV0A 3HTBA 1L83A 151LA 1D2WA 1CU0A 1DYEA 1I6SA 2RH1A 3GUKA 1L41A 3GXKA 1IR7A 109LA 217LA 3G3AB 172LA 1C6CA 5KXNA 1L75A 4BS7A 1LZAA 1NWGA 188LA 5ILFA 3SN6R 1CX6A 1HEMA 3C8SA 5J7CA 1LZ9A 1B5YA 2Z37A 4B0DA 2LZTA 1G7JC 1OWZA 3SP3A 1TCYA 1QT5A 1GFTA 5KXTA 257LA 4EMNA 3C7ZA 3LZ2A 5EBHA 5D5CA 1YIKA 110LA 2F47A 4E97A 3QAKA 3W3EA 3A92A 4OWEA 2AUBA 2HTXA 1UIFA 1HNLA 4RLNA 1B5ZA 1BWJA 3ATNA 4EPIA 1GBWA 3ZVQB 1L69A 1L03A 254LA 3DN2A 4BAPA 123LA 114LA 3CT1A 2EQLA 1CU6A 1LHMA 4GCCA 3SB8A 4H9CA 4M4OA 1ZV5L 195LA 261LA 5LYZA 2DQDY 1L35A 4ARJA 1OVKA 149LA 1OV5A 3HU9A 4HJZA 1GFGA 1JUGA 1LWGA 2BQDA 2Z39A 4CFPA 1L88A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 176L A;  250L A;  1L18 A;  1CJ9 A;  3B0I A;  4NG1 A;  1QUT A;  165L A;  7LZM A;  4B49 A;  1T6H A;  1QTE A;  143L A;  1EQ4 A;  1GB7 A;  3DN4 A;  1CV4 A;  1KY1 A;  1J1X Y;  4KT3 A;  4EKP A;  1G1V A;  133L A;  1GF4 A;  2YBM A;  4WLD A;  4H9F A;  4KPM A;  3CDQ A;  1C68 A;  3L2X A;  2BQA A;  3A96 A;  4KXI A;  4NFV A;  1QIO A;  140L A;  5I54 A;  4WM2 A;  1B5V A;  4OWH A;  3RUN A;  2MEB A;  4LDE A;  1HER A;  1N4F A;  1JTO L;  1L0J A;  5LXW A;  3OE8 A;  1LSP A;  4B4E A;  3CB7 A;  5F9X A;  1QDT A;  3WU7 A;  1FKV A;  1HML A;  1LKR A;  1L01 A;  3L64 A;  5KXY A;  130L A;  1C65 A;  3B0K A;  5M1Y A;  1XEI A;  1GAZ A;  4YEO A;  2BQM A;  4PK0 A;  3CT0 A;  4HJY A;  5L9J A;  1NQI A;  1C6M A;  4W94 A;  4XN6 A;  1WQN A;  4H8X A;  1LGU A;  4ZEE A;  1F6S A;  3AB6 A;  158L A;  1H6M A;  1NDM C;  1YAQ A;  5I4W A;  1CVK A;  1G0J A;  1QS9 A;  1KNI A;  1G0L A;  1P36 A;  3TMU A;  2EPE A;  2C8P A;  197L A;  1GF9 A;  1UIA A;  1GE1 A;  1UBZ A;  1LJ4 A;  1P2R A;  1L53 A;  2DQA A;  4PHI A;  5KXL A;  3HU8 A;  1P3N A;  3A6B Y; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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