3HDEA

Crystal structure of full-length endolysin r21 from phage 21
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
MPPSLRKAVAAAIGGGAIAIASVLITGPSGNDGLEGVSYIPYKDIVGVWTVCHGHTGKDIMLGKTYTKAECKALLNKDLATVARQINPYIKVDIPETMRGALYSFVYNVGAGNFRTSTLLRKINQGDIKGACDQLRRWTYAGGKQWKGLMTRREIEREICLWGQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Regulation of a muralytic enzyme by dynamic membrane topology.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage p21
total genus 55
structure length 165
sequence length 165
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-05-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3hdeA00
1L56A 3HDFA 2OTYX 1D2YA 1L53A 3F9LA 3HT8A 6LZMA 130LA 251LA 5LZMA 1L20A 3JR6A 3RZEA 1C6MA 232LA 1L82A 1P37A 1L30A 128LA 3OE0A 3SB7A 4I7OA 1XEPA 190LA 4EPIA 4W52A 1PQOA 1L55A 220LA 1L65A 1D2WA 1G0LA 115LA 2L78A 4W58A 3OE9A 4I7JA 4EXMA 1PQMA 3GUMA 1K28A 2RBQA 1CUQA 1TLAA 1L00A 3GUPA 1L95A 4LDOA 3HTGA 2RBPA 1G0PA 125LA 2Q9EA 1L76A 3UONA 184LA 3C83A 257LA 163LA 1LWGA 255LA 4W59A 3C7YA 1CV3A 1L03A 219LA 3DN3A 1DYGA 3HDEA 3V2WA 168LA 1SSWA 2O7AA 1LI3A 1ZYTA 1L28A 4I7LA 206LA 1D3FA 183LA 1LYFA 1L44A 1WTHA 3L64A 228LA 4PJZA 3C7ZA 3GULA 2OTZX 1C6QA 189LA 149LA 1JTMA 2QARC 3DN0A 3DN2A 261LA 1C64A 2B6YA 1C60A 127LA 1L09A 3DN4A 215LA 1C6EA 3HU8A 1OWZA 1I6SA 1L54A 1LYHA 1L24A 254LA 1L17A 113LA 1C6FA 1L18A 3SB9A 170LA 155LA 1L49A 1P5CA 1QSBA 141LA 1G0GA 4ARQB 112LA 3GUNA 1T8AA 1CU3A 1DYDA 2Q9DA 143LA 210LA 1L62A 1L21A 1L66A 3EMLA 3OE8A 2B6TA 236LA 1PQKA 4EPFA 1C6BA 205LA 1D3JA 1NHBA 1QS5A 1QTVA 3G3VA 1T97A 3GUKA 1L86A 1CU6A 3SN6R 131LA 245LA 1L32A 1KW7A 1DYFA 1LYIA 246LA 1L0KA 2HULA 4ARQA 216LA 1C6DA 2OU0X 1L37A 1QTDA 4W53A 118LA 4S0WA 3C8QA 1L72A 2F32A 3DN8A 1L99A 104LA 4I7KA 4EJ4A 1C6PA 1QUOA 1LPYA 2RH1A 1L14A 4I7RA 3PDSA 1L39A 3SB6A 1C6CA 1L29A 2RB0X 1L90A 1L70A 214LA 1L01A 1ZURA 2OEAX 1L89A 1L41A 4DKLA 1CU2A 1L47A 1CU5A 256LA 2CUUA 231LA 1L92A 195LA 1OV5A 2NTHA 1SX2A 217LA 1C6KA 1CTWA 126LA 1L98A 1L13A 1QT3A 4E97A 227LA 165LA 2QB0B 1L02A 3QAKA 3HTDA 3RUNA 2OE7X 3VW7A 178LA 167LA 1C67A 1CX7A 108LA 3NY8A 1L93A 3HUKA 187LA 2ANVA 3C8RA 1JQUA 1C68A 3D4SA 2B7XA 4IAPA 7LZMA 222LA 1JTNA 1EPYA 1G0JA 1L25A 122LA 4W55A 1L11A 1L08A 1P36A 1C6GA 223LA 2F2QA 107LA 1L23A 103LA 1LGUA 4I7SA 248LA 1T6HA 148LE 1P6YA 3C7WA 4EKRA 1LYDA 4W57A 1G1WA 253LA 1OVKA 2RB1X 1L19A 188LA 3HH6A 1L73A 4I7MA 1SX7A 159LA 2RAZX 111LA 1C6LA 1L31A 1KY1A 1L43A 3HTFA 1C6AA 3SB8A 144LA 1G06A 1L05A 1D3NA 4I7QA 1QTBA 229LA 1QUHA 1ZWNA 182LA 3NYAA 242LA 1L57A 4AQNA 2B73A 150LA 3HU9A 3HH5A 4I7NA 1L97A 224LA 3HT6A 240LA 2OU8A 209LA 233LA 3HTBA 114LA 4ARJA 1C61A 1OVHA 1C6JA 1L22A 1KY0A 3CDTA 3GUOA 2B74A 176LA 1C69A 2RBSA 1SSYA 1QT8A 249LA 197LA 1L0JA 1XJTA 2B6ZA 4EKQA 2B75A 177LA 1L06A 145LA 4YX7C 2RBNA 3CDQA 201LA 211LA 4DJHA 1PQJA 1P3NA 1D9WA 3DN1A 1L45A 186LA 226LA 3ODUA 3DN6A 3C82A 3G3XA 3SB5A 3DMVA 1P2RA 3C81A 4W56A 243LA 1CV6A 1L40A 1LW9A 5I14A 4GRVA 1G1VA 1QT5A 110LA 2B6XA 2O79A 4DAJA 1P56A 1D3MA 1L36A 1L61A 1L91A 1L04A 119LA 230LA 2HUKA 4I7PA 175LA 1OV7A 2LCBA 3HUQA 4W51A 1KW5A 4LZMA 157LA 239LA 2B6WA 1CV5A 1L77A 1QSQA 260LA 1C6HA 1L27A 241LA 129LA 1LGWA 1LYGA 1P7SA 4K5YA 1QT7A 1L64A 1PQIA 3OE6A 1L96A 192LA 1P46A 151LA 1L69A 1QT6A 1QUGA 102LA 1L42A 2ANXA 1G0MA 1LYJA 3HT7A 140LA 2LC9A 1G0QA 4ARPA 1LLHA 1SWZA 3LZMA 1L38A 3FA0A 4ARLA 147LA 2O4WA 174LA 212LA 1DYEA 1OYUA 234LA 3K2RA 1C63A 1QTCA 4PK0A 1CX6A 199LA 1L87A 146LA 158LA 1L10A 3C8SA 3GUJA 1CV4A 1XJUA 2Z6BA 2A4TA 3PBLA 3GUIA 1L85A 171LA 3FADA 1L50A 250LA 3V2YA 1L81A 3HWLA 4LDEA 1L35A 2OE4X 4W54A 221LA 1PQDA 1L51A 1LWKA 2OE9X 1LYEA 2LZMA 4ARMB 1P64A 3DKEX 120LA 191LA 3NY9A 4EKSA 164LA 1L15A 196LA 1L68A 262LA 1L34A 1QTHA 3SBBC 1L60A 1G07A 1L58A 1QT4A 185LA 4ARMA 1C62A 1CU0A 180LA 160LA 4GBRB 200LA 156LA 1DYCA 218LA 1DYAA 2RBOA 138LA 166LA 1LI6A 3CDVA 139LA 1T8FA 238LA 1C66A 1CUPA 1C6TA 225LA 1L16A 1L80A 3HT9A 1L88A 4YXCA 1L74A 1C65A 3DMZA 3G3WA 235LA 2HUMA 1SWYA 1QUDA 3DNAA 1L71A 258LA 1KS3A 1KNIA 1B6IA 1L52A 161LA 123LA 213LA 2RB2X 4YXAC 1L33A 1L48A 1QTZA 3SBAA 1L67A 2RBRA 1L83A 1DYBA 1OWYA 3C80A 1C6IA 244LA 4ZPUA 247LA 1L63A 4LDLA 1L12A 2B70A 3CDOA 152LA 3L2XA 1LI2A 1L75A 181LA 4I7TA 142LA 1LGXA 2F47A 1L79A 3HH3A 137LA 4OO9A 3F8VA 1G0KA 259LA 2RAYX 2B72A 169LA 1C6NA 3HUAA 172LA 1L94A 237LA 1OVJA 1L26A 2IGCA 3CDRA 3FI5A 3HH4A 173LA 252LA 109LA 1T8GA 4EKPA 198LA 1L84A 1QS9A 1CV1A 162LA 1CV0A 2OU9A 3DMXA 2NTGA 1L46A 1L07A 1L59A 1P2LA 1CVKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L53A 6LZMA 5FDJA 2BLYA 2LZTA 3JR6A 1L82A 1P37A 1HSWA 4ETEA 3IJVA 1LZSA 4EPIA 4W52A 1L55A 220LA 4X3BA 4UWVA 4IASA 115LA 3KAMA 3OE9A 1OUIA 4H92A 3AGHA 1VDPA 1CUQA 1L00A 1LHJA 1L95A 2G4NA 4RLMA 3G3BB 4Z3MA 2Q9EA 4EMNA 1L76A 3UONA 1IR8A 2FYCA 1GAYA 163LA 4W59A 3WXUA 1CV3A 219LA 3RU5A 5L9JA 1UBZA 1DXJA 1FBIX 1ZMYL 168LA 2O7AA 3B0KA 5KXZA 1B5WA 2HEAA 1G7HC 2ZWBA 228LA 4PJZA 2F4GA 4DD3A 1LSGA 3GULA 1C6QA 2QARC 3DN0A 261LA 1B7OA 4LZTA 1DKJA 3DN4A 1WTNA 1C6EA 3HU8A 2B5ZA 1L54A 2A7FA 1LYHA 5LAGA 1LSCA 4FJRA 3WPJA 1L18A 2BQGA 3CQLA 3WW6A 4NY5A 1LJ3A 2Q9DA 1L62A 4NG1A 3LZTA 1BVKC 4EPFA 3P66A 4ETDA 1QS5A 1QTVA 5KXTA 4NHPA 4DQ5A 4HJVA 1DYFA 1LYIA 2HULA 1L0KA 246LA 1IOQA 1C6DA 5IELA 1QTDA 1XEIA 4S0WA 1L72A 4NGVA 4GN3A 2Z19A 1QUOA 3TMUA 1B5YA 3AGGG 1RI8B 4IJ4A 1CJ6A 1LZ8A 1YQVY 3AW7A 1JTOL 1L41A 1CU2A 5HQ1A 1L92A 1MLCE 2LZ2A 2NTHA 1C6KA 4N1CC 4RLNA 4E97A 1B9OA 4M6DA 108LA 4LFXA 4DD0A 5KKIA 187LA 5E9RA 2Z2FA 3WL2A 5EBHA 1G0JA 2HU1A 1L11A 5T3FA 2ZIJA 3WPKA 1YANA 1LGUA 1LZRA 1LZBA 4W57A 1OUGA 4Z98A 1SX7A 159LA 3B0OA 1C6LA 1L31A 3HTFA 1CKFA 1GFAA 4I7QA 1FLUA 1V7TA 242LA 5IDDA 1L57A 3WULA 2B73A 1B5ZA 3HU9A 1L97A 224LA 1QTEA 3HTBA 2HEFA 4ARJA 1C61A 5KXNA 4NGLA 4N8ZA 1BWJA 3CDTA 3GUOA 1TBYA 1GFEA 4Z41A 1L06A 4H8ZA 3A3QA 154LA 201LA 1B7NA 4BAFA 3CSRA 3DN1A 4TSBA 1L45A 226LA 3DN6A 2HU3A 3A6CY 1P2RA 4NWEA 2LYMA 1JIYA 4H91A 1YAMA 4WMGA 110LA 4WM6A 1QUTA 1IORA 1P56A 2HUKA 1L91A 3LYTA 4LFPA 1L04A 3AZ7A 5LYMA 157LA 2B6WA 1CV5A 1BWIA 1QSQA 2H9JA 1GBWA 2XJWA 4H9EA 192LA 1LMPA 3A95A 151LA 3WPLA 3A93A 1GBSA 4XJIA 4LT1A 2LC9A 1SWZA 1LMTA 1BWHA 1JISA 1L38A 3EMSA 2O4WA 212LA 1C63A 1CKCA 4N0JA 2LHMA 1UIAA 5B07A 146LA 158LA 1L10A 3C8SA 132LA 1GF9A 1BB3A 3GUIA 5DN4A 2FYDA 4GLVA 1WTMA 1IC5Y 2BQLA 4NHTA 2DQGY 3M18B 5LA8A 2D91A 1IIZA 4W54A 1LJJA 1WQRA 5IHGA 1L51A 4LGKA 4TX7A 3W6CA 4BADA 1LWKA 1F0WA 1LYEA 2XBSA 1VDSA 3WU8A 120LA 191LA 4UWUA 1JUGA 4EKSA 4N1EI 2DQHY 196LA 4PHIA 3TXJA 1VDTA 4J7VA 2F30A 1TCYA 2H5ZA 185LA 1LMOA 3P4ZA 3LYZA 2DKVA 4CGEA 156LA 1DYCA 1LSFA 3BKVA 1HENA 1LI6A 1LZNA 1T8FA 238LA 4LT3A 1C66A 1CUPA 1LMNA 2MEAA 4H9FA 1INUA 225LA 4LYOA 1L16A 4YXCA 3B72A 1C65A 3DMZA 235LA 4ML7A 1B7RA 1DI4A 1C7PA 4ZFPA 1LHIA 258LA 2FBDA 161LA 3A3RX 1J1OY 1L33A 1QTZA 1LKSA 4DDAA 1L67A 3TXKA 1OWYA 4G9SA 1I1ZA 3WH1A 4LDLA 5KXLA 2B70A 152LA 1L75A 3P64A 4GN4A 4I7TA 1LGXA 4H9BA 4KXIA 4NEBA 4DD9A 4OWHA 1EQEA 5LVIA 4DT3A 2RAYX 1H6MA 2B72A 172LA 1LSBA 3HFMY 5LINA 1GAZA 1LJGA 5KXPA 2HEBA 1T8GA 4EKPA 4H93A 1QS9A 2F4AA 3DMXA 3ATOA 5APEA 1LZ5A 1IP3A 1P2LA 1GFGA 1QSWA 4PPOA 3F9LA 5DL9A 1YKXX 1GBOA 4G49A 1NWGA 1C6MA 232LA 3AJNA 1SLYA 1XEPA 1XFPL 5KKJA 3RZ4A 1NMMA 1LAAA 1PS5A 3EXDA 1D2WA 3A90A 4EXMA 1UA6Y 1HNLA 2W1LA 2BQMA 3AZ6A 7LYZA 3GUMA 2RBQA 4WLXA 3GUPA 1LPIA 3GXRA 1RCMA 1G0PA 2RBPA 2DQCY 257LA 5F9XA 3CB7A 255LA 4H9HA 3TMVA 1KXYA 2BQHA 1WQMA 4FDYA 1L28A 1D3FA 4NSJA 1CKHA 1LYFA 4HJZA 149LA 1IOCA 127LA 1L09A 1IWWA 215LA 1KIRC 1XEKA 3LYOA 2DQFC 2C8OA 2BQDA 2W1YA 3SB9A 155LA 141LA 4HV1A 5LXWA 1NHEA 112LA 1QTKA 3GUNA 2ZQ3A 1CU3A 1GEZA 1LZTA 3OE8A 5C6LA 2B6TA 236LA 1PQKA 3WXTA 1D3JA 1NHBA 1PZYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L53 A;  6LZM A;  5FDJ A;  2BLY A;  2LZT A;  3JR6 A;  1L82 A;  1P37 A;  1HSW A;  4ETE A;  3IJV A;  1LZS A;  4EPI A;  4W52 A;  1L55 A;  220L A;  4X3B A;  4UWV A;  4IAS A;  115L A;  3KAM A;  3OE9 A;  1OUI A;  4H92 A;  3AGH A;  1VDP A;  1CUQ A;  1L00 A;  1LHJ A;  1L95 A;  2G4N A;  4RLM A;  3G3B B;  4Z3M A;  2Q9E A;  4EMN A;  1L76 A;  3UON A;  1IR8 A;  2FYC A;  1GAY A;  163L A;  4W59 A;  3WXU A;  1CV3 A;  219L A;  3RU5 A;  5L9J A;  1UBZ A;  1DXJ A;  1FBI X;  1ZMY L;  168L A;  2O7A A;  3B0K A;  5KXZ A;  1B5W A;  2HEA A;  1G7H C;  2ZWB A;  228L A;  4PJZ A;  2F4G A;  4DD3 A;  1LSG A;  3GUL A;  1C6Q A;  2QAR C;  3DN0 A;  261L A;  1B7O A;  4LZT A;  1DKJ A;  3DN4 A;  1WTN A;  1C6E A;  3HU8 A;  2B5Z A;  1L54 A;  2A7F A;  1LYH A;  5LAG A;  1LSC A;  4FJR A;  3WPJ A;  1L18 A;  2BQG A;  3CQL A;  3WW6 A;  4NY5 A;  1LJ3 A;  2Q9D A;  1L62 A;  4NG1 A;  3LZT A;  1BVK C;  4EPF A;  3P66 A;  4ETD A;  1QS5 A;  1QTV A;  5KXT A;  4NHP A;  4DQ5 A;  4HJV A;  1DYF A;  1LYI A;  2HUL A;  1L0K A;  246L A;  1IOQ A;  1C6D A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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