3HDEA

Crystal structure of full-length endolysin r21 from phage 21
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
MPPSLRKAVAAAIGGGAIAIASVLITGPSGNDGLEGVSYIPYKDIVGVWTVCHGHTGKDIMLGKTYTKAECKALLNKDLATVARQINPYIKVDIPETMRGALYSFVYNVGAGNFRTSTLLRKINQGDIKGACDQLRRWTYAGGKQWKGLMTRREIEREICLWGQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Regulation of a muralytic enzyme by dynamic membrane topology.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage p21
total genus 55
structure length 165
sequence length 165
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-05-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3hdeA00
3HH6A 4PJZA 1L17A 1XJTA 2O79A 3GUJA 216LA 3LZMA 1KS3A 1L33A 111LA 262LA 163LA 1JTNA 104LA 1L40A 237LA 145LA 1JTMA 4ARJA 1D2WA 1CX6A 1C6FA 1L31A 3C8QA 2HUKA 4S0WA 3SB9A 1PQMA 3K2RA 2RB1X 1KW7A 1I6SA 1EPYA 2B6WA 1OVJA 3DN6A 1TLAA 3CDQA 1L70A 3QAKA 3GUKA 4EPIA 5LZMA 1C6DA 2B6ZA 2NTGA 4I7LA 3HWLA 1P6YA 185LA 3RZEA 4I7TA 242LA 3V2YA 107LA 1CV1A 4EPFA 1L79A 186LA 3C82A 1L15A 214LA 3ODUA 3HH3A 1L32A 261LA 1D9WA 3NY9A 1QTZA 4K5YA 1LYIA 1D3MA 1OVHA 2B72A 1C6KA 118LA 1QT6A 1SWYA 1C61A 3DN4A 149LA 3L64A 3HT7A 211LA 2RH1A 1G07A 3PBLA 3G3VA 3GUMA 1C67A 1L24A 4EJ4A 2OTYX 115LA 3GUPA 1L34A 184LA 1G0MA 1C64A 2HUMA 1D3NA 1C6PA 1LYHA 1QT3A 1C6NA 1L42A 1QSBA 188LA 1QTVA 3DN8A 1P3NA 1L0JA 3SB7A 141LA 1C60A 3OE6A 1L23A 4YXAC 3GUIA 1CU6A 4LDOA 1L99A 1C6IA 183LA 1CUQA 151LA 166LA 4EXMA 4I7MA 1L82A 3L2XA 1KY0A 3DMZA 3SN6R 1LW9A 1L55A 160LA 1L51A 1L04A 1L44A 1L16A 3F8VA 238LA 3FI5A 1L80A 1P2RA 1L28A 1L68A 1LYDA 1QT7A 2QARC 2RBQA 1L77A 235LA 3FA0A 3G3XA 241LA 2RAYX 108LA 1G0JA 144LA 1KW5A 162LA 1P2LA 199LA 1T97A 219LA 2O7AA 1L72A 1L90A 223LA 251LA 3HDFA 2OU8A 1C66A 1OYUA 2LC9A 3CDVA 3GUNA 1T8AA 1ZWNA 4EKSA 1L43A 2RB2X 1DYFA 1LYEA 181LA 1CUPA 257LA 159LA 172LA 161LA 1PQKA 150LA 1C63A 1L53A 4I7RA 140LA 2RBNA 130LA 3CDTA 1D3JA 4ARQB 191LA 3DNAA 1L0KA 1C6TA 2B73A 1C6GA 180LA 244LA 1QS5A 3HTFA 2ANXA 1LI6A 1LPYA 169LA 4ZPUA 1L08A 4DAJA 3C7WA 1T6HA 4I7NA 1L02A 110LA 1L71A 195LA 248LA 131LA 1L19A 3HTDA 3C8SA 157LA 168LA 3C8RA 1KNIA 1WTHA 4I7KA 102LA 236LA 206LA 1L21A 1P7SA 1L67A 1SX2A 1C6BA 231LA 1PQDA 3HH5A 1L11A 1G0QA 215LA 4ARQA 1L03A 1QT5A 3VW7A 3PDSA 220LA 3C7YA 1L66A 213LA 1P46A 175LA 1G0PA 1QTCA 1L22A 1G0LA 249LA 178LA 1L13A 1C65A 1ZYTA 1C68A 1L25A 3HU8A 1C6HA 1L96A 1L27A 4E97A 2OE9X 3DN2A 1C69A 2O4WA 112LA 1OV7A 1QTBA 4ARPA 1SSWA 1XEPA 1SWZA 1OVKA 3UONA 3SB8A 226LA 1L05A 254LA 123LA 171LA 1L69A 2LZMA 2B74A 125LA 4W56A 1G0GA 1L47A 1OV5A 1L57A 1L36A 2NTHA 1LI2A 210LA 2F2QA 2B70A 2RBPA 198LA 1L93A 3HUAA 1CV3A 1L46A 2RBSA 222LA 192LA 1D3FA 224LA 1PQJA 114LA 3NYAA 1G1VA 1L58A 1CV5A 4DKLA 137LA 1B6IA 1KY1A 4GBRB 3C81A 3DN0A 1QT4A 1LYJA 1DYCA 1DYAA 209LA 3C83A 165LA 129LA 4W51A 3HT6A 1DYGA 2OE7X 167LA 1NHBA 1L00A 2B6TA 177LA 1P56A 1CU0A 1L18A 1L86A 6LZMA 246LA 109LA 1L88A 3OE9A 3HTBA 4W58A 1L95A 119LA 2OEAX 1L06A 3FADA 3SB5A 155LA 190LA 1L94A 1L37A 4IAPA 4W55A 1P5CA 4PK0A 176LA 128LA 1C6QA 2OE4X 245LA 1L48A 1L14A 3HU9A 5I14A 1L20A 3JR6A 225LA 1L85A 3CDRA 1CV6A 212LA 4OO9A 1L62A 1L74A 170LA 1L52A 1L41A 139LA 4AQNA 197LA 4LDEA 1C62A 1L98A 3GUOA 205LA 1G06A 1P36A 3HH4A 3RUNA 142LA 3HT8A 218LA 3HTGA 3G3WA 3SB6A 2QB0B 2OU0X 1L76A 164LA 1QUGA 4I7OA 1L07A 1LWGA 258LA 256LA 1L92A 1T8GA 1PQOA 1L12A 147LA 1G1WA 156LA 4ARLA 1L45A 1C6AA 113LA 2L78A 1L81A 253LA 2ANVA 103LA 3HDEA 3OE8A 1OWYA 4W52A 3SBBC 1SSYA 3HT9A 2F32A 1PQIA 3HUQA 2RBOA 189LA 3HUKA 1QUOA 2RB0X 234LA 3D4SA 1QTDA 201LA 1QTHA 1L35A 1CVKA 1LGWA 1LLHA 1L26A 3NY8A 1SX7A 2IGCA 3GULA 3V2WA 3F9LA 250LA 1CV0A 148LE 1LGXA 2OU9A 1LGUA 200LA 1CX7A 1T8FA 1L59A 1C6MA 4LDLA 1L87A 3DKEX 1L50A 2F47A 230LA 239LA 2B6YA 2Z6BA 120LA 152LA 1CTWA 227LA 1OWZA 4I7JA 1L29A 255LA 228LA 1L56A 1L75A 4DJHA 3C80A 1L54A 1DYEA 1L84A 1L39A 1QT8A 1ZURA 1QUHA 3DMXA 1K28A 4W59A 1QSQA 4GRVA 1QS9A 1L09A 1DYBA 2B6XA 138LA 4W53A 122LA 187LA 196LA 4EKQA 1L38A 252LA 1G0KA 1L97A 229LA 259LA 4ARMB 232LA 7LZMA 221LA 3DMVA 1DYDA 233LA 1L83A 182LA 1C6CA 1LI3A 3OE0A 126LA 1C6EA 1JQUA 1LYGA 260LA 174LA 2B75A 1XJUA 4W57A 4W54A 3CDOA 243LA 173LA 1L61A 1L91A 217LA 1L89A 146LA 1CU3A 3DN1A 3SBAA 2LCBA 2RBRA 158LA 1L64A 1C6JA 3C7ZA 4YX7C 2Q9DA 4I7QA 1CV4A 1C6LA 1QUDA 3EMLA 1L65A 1LWKA 3DN3A 247LA 4EKPA 4I7SA 1L01A 127LA 1L49A 1L10A 4LZMA 1L73A 1P64A 4ARMA 4EKRA 2HULA 1D2YA 1L63A 2RAZX 2Q9EA 143LA 1L60A 2A4TA 1L30A 1CU2A 1P37A 4I7PA 2OTZX 2CUUA 1LYFA 4YXCA 240LA 1CU5A 2B7XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HH6A 3GUJA 3LN2A 1KS3A 1LJNA 4ML7A 3WULA 145LA 2YBNA 3A96A 153LA 1CX6A 2HEEA 2HUKA 5DL9A 4R0FA 1DI5A 4NGJA 1KW7A 1EPYA 1OVJA 1LKRA 4M6DA 2DQHY 5LA8A 1TLAA 1B7PA 5KXZA 2B6ZA 1G7IC 3D9AC 2W1YA 1LSPA 3CSQA 4DWXA 1CV1A 2BQCA 1DZBX 1GPQC 3ODUA 1L32A 1QTZA 1UA6Y 2ZWBA 2LZTA 5L3HA 1LYIA 4CJ2A 4TWSA 4H1PA 2MEAA 1D0MA 1OVHA 4GN5C 1SWYA 1C61A 1GE1A 3HBDA 1UIDA 1HEPA 5KXMA 1L24A 2DKVA 4I0CA 2OTYX 3GUPA 1L34A 4NHIA 1NBZC 1C64A 1D3NA 1C6PA 1LYHA 1L42A 1JTPL 2HEDA 1LJGA 3DN8A 4OWEA 4YXAC 3P64A 5FELA 1CU6A 1LZCA 3ATOA 4NHQA 1XSFA 183LA 4PGJB 1IWWA 1C10A 1GF9A 1L82A 3L2XA 1GFHA 4ETDA 5LYMA 3DMZA 3A92A 3SN6R 1GFGA 3WXTA 2AUBA 1FKQA 5LA5A 4TUNA 4BS7A 1LJIA 2QARC 3G3XA 4MCKA 3A94A 108LA 3M18B 3W6BA 144LA 3HBHA 199LA 1HEOA 1O23A 4ETBA 4BADA 1L72A 2OU8A 2LC9A 4EKSA 2RB2X 1CUPA 1KIRC 4A7DA 172LA 1LYSA 5L3IA 4UWNA 4I7RA 2RBNA 130LA 2EIZC 4HPIA 2B73A 1C6GA 1JSEA 4MR1A 1QS5A 1F6SA 3F6ZA 4DAJA 1T6HA 1XGTC 4NGWA 1LZBA 3B0OA 3WVXA 3HTDA 3C8SA 4HJVA 1V7TA 1OUEA 206LA 1SX2A 1L67A 231LA 4WG1A 1JTTL 4ARQA 1L03A 4KXIA 3W6CA 1QT5A 1IC7Y 3PDSA 2MEIA 1GFTA 1L22A 178LA 2Z12A 1CJ8A 1C65A 1ZYTA 1C68A 1L25A 3HU8A 1B0DA 1L27A 2IFFY 5DLAA 2O4WA 1GFUA 4NHSA 4ARPA 1GDXA 1VAUA 3WUNA 1XEPA 3ULRA 3B0KA 1HMLA 2CJLA 254LA 171LA 5J7CA 1LJ3A 1E8LA 2W1MA 125LA 2H9KA 4LYMA 4E3UA 5E9RA 2NTHA 210LA 4OWCA 2RBPA 4WLDA 3CT0A 3J6KA 1CV3A 1Z55A 1L46A 5HQ1A 4HTQA 4HJYA 222LA 192LA 1PQJA 1F0WA 3CSZA 1UIAA 1G1VA 1DKJA 1L58A 137LA 1HFZA 1QT4A 1LYJA 1DYCA 207LA 209LA 1JITA 2DBTA 5C6LA 165LA 1XEIA 2OE7X 4ET8A 167LA 1NHBA 1LAAA 1L86A 4TTDA 1L88A 4LFXA 5II3A 1GBXA 2IHLA 5F16A 1B7QA 4GLVA 190LA 2C8PA 3OK0A 1L37A 1OUDA 3D3DA 1OUIA 1GE0A 2Z37A 4NG1A 1C6QA 5T3FA 3AGIA 1GBWA 1J1OY 5FEKA 2MEHA 3JR6A 4GCBA 5AMYA 1SLYA 1SQ2L 1H6MA 4WM3A 1G7JC 1C62A 1L98A 205LA 4DD0A 1P36A 2LHMA 1HSXA 3AGGG 5LVIA 2QB0B 4U3XB 1LJFA 1L07A 258LA 2MEEA 256LA 3LHMA 1L92A 1T8GA 4FDYA 3CSRA 1B7MA 156LA 2HEFA 4G49A 4N8ZA 1FLWA 1C6AA 4ET9A 1G7MC 3WPKA 2BQIA 2BQBA 4ZEEA 3OE8A 4W52A 5A3ZA 3HT9A 1PQIA 1NHEA 4MSTA 3RZ4A 1L35A 5D5CA 5I54A 3GXKA 3NY8A 2CDSA 4LYBA 1CV0A 1W08A 148LE 2OU9A 5I4YA 1HERA 4LT1A 4XJIA 2BPUA 3A91A 2B6YA 3CQLA 1OQMA 3EBAB 120LA 1UIEA 1L54A 1L39A 1UICA 1LCNA 1BGIA 4TSBA 3TXKA 1QSQA 2WARA 4GRVA 4NSIA 3WXUA 4YENA 138LA 122LA 1L38A 2MECA 3A3QA 3IWRA 1G0KA 1DQJC 5FDJA 4ARMB 1WTMA 1DYDA 5KXSA 182LA 5B05A 4YM8A 1LKSA 2GV0A 4I8SA 1LI3A 3OE0A 5F9UA 1LZ1A 4W57A 4W54A 2BQKA 3TXHA 1BB5A 2RBRA 1C6JA 5KKJA 1CV4A 1QUDA 1IEEA 1TAYA 1L10A 1YAPA 2F2NA 1WQQA 4WM5A 5B1FA 4DDCA 4EKRA 1D2YA 1L63A 1RE2A 1HENA 194LA 1L30A 1P37A 1YAOA 2NWDX 2N5ZA 2CUUA 4H9CA 4YXCA 240LA 1CU5A 1XJTA 3LZMA 4GLAA 1KXXA 4DT3A 111LA 4P2EA 163LA 3ZEKA 1JTNA 4XYYA 2X0AA 104LA 4XJHA 4Z41A 1L31A 3C8QA 1B7OA 1TCYA 4HPEA 3WW6A 2RB1X 1LJ4A 1ZV5L 3KAMA 4WL7A 1WTNA 3GUKA 4NY5A 5LAGA 4N0JA 3HWLA 185LA 242LA 1IC5Y 1JJ1A 4LGKA 1L15A 4B1AA 1CNSA 1D9WA 1NMMA 1MELL 1NKHA 1INUA 4C5FA 2B72A 1QT6A 1GHLA 3PBLA 1LMQA 1GB9A 5FHWA 3AW6A 5KXRA 3G3VA 1XGPC 115LA 184LA 1B5UA 4DD7A 1QT3A 2B5ZA 1C6NA 1QSBA 4YEMA 2D4IA 5LIOA 4W94A 3T6UA 141LA 3OE6A 3WYHA 1L23A 3GXRA 1LSCA 4LDOA 1C6IA 1CUQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3HH6 A;  3GUJ A;  3LN2 A;  1KS3 A;  1LJN A;  4ML7 A;  3WUL A;  145L A;  2YBN A;  3A96 A;  153L A;  1CX6 A;  2HEE A;  2HUK A;  5DL9 A;  4R0F A;  1DI5 A;  4NGJ A;  1KW7 A;  1EPY A;  1OVJ A;  1LKR A;  4M6D A;  2DQH Y;  5LA8 A;  1TLA A;  1B7P A;  5KXZ A;  2B6Z A;  1G7I C;  3D9A C;  2W1Y A;  1LSP A;  3CSQ A;  4DWX A;  1CV1 A;  2BQC A;  1DZB X;  1GPQ C;  3ODU A;  1L32 A;  1QTZ A;  1UA6 Y;  2ZWB A;  2LZT A;  5L3H A;  1LYI A;  4CJ2 A;  4TWS A;  4H1P A;  2MEA A;  1D0M A;  1OVH A;  4GN5 C;  1SWY A;  1C61 A;  1GE1 A;  3HBD A;  1UID A;  1HEP A;  5KXM A;  1L24 A;  2DKV A;  4I0C A;  2OTY X;  3GUP A;  1L34 A;  4NHI A;  1NBZ C;  1C64 A;  1D3N A;  1C6P A;  1LYH A;  1L42 A;  1JTP L;  2HED A;  1LJG A;  3DN8 A;  4OWE A;  4YXA C;  3P64 A;  5FEL A;  1CU6 A;  1LZC A;  3ATO A;  4NHQ A;  1XSF A;  183L A;  4PGJ B;  1IWW A;  1C10 A;  1GF9 A;  1L82 A;  3L2X A;  1GFH A;  4ETD A;  5LYM A;  3DMZ A;  3A92 A;  3SN6 R;  1GFG A;  3WXT A;  2AUB A;  1FKQ A;  5LA5 A;  4TUN A;  4BS7 A;  1LJI A;  2QAR C;  3G3X A;  4MCK A;  3A94 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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