3IJVA

Chicken egg white lysozyme by classical hanging drop vapour diffusion method
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
publication title Comparison of lysozyme crystals grown by APA and classical hanging drop method
rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 51
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-08-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3ijvA00
4UWUA 1F0WA 1BGIA 2I26L 4NSHA 4XN6A 4WG1A 208LA 4J0LA 4DDCA 4ETEA 1O23A 4H9CA 2H5ZA 2HEEA 4DC4A 5LXWA 2ZYCA 4WL7A 1HMLA 2Z19A 5KXTA 1YKYX 4B0DA 5HMVA 2YBJA 1WVVA 1GF4A 1LZ8A 2CDSA 2EKSC 5C6IA 3A3RX 1IC5Y 5IELA 4GCDA 1GB5A 4C3WA 2BQDA 2MEAA 4GLVA 4H9FA 2MEEA 4YEOA 1YILA 3TXHA 1LJFA 4CHXA 1HENA 1HFYA 1IOTA 2XBSA 3WU7A 1W08A 4WLXA 5DN4A 1QDTA 3TMXA 1REMA 1JTOL 3AYQA 4HPIA 5KXRA 1LJKA 2DQHY 3A6BY 1LYSA 1JIYA 2G4NA 4H9AA 4N1EI 1DI3A 4H90A 4NGKA 5LYZA 1SQ2L 1B7PA 1QDRA 2H9JA 2D4KA 3G3BB 4PJ2C 4E3UA 2BAAA 5HNLA 5II3A 4XJHA 3P65A 4GN5C 1BB6A 5I54A 2C8PA 1JITA 4KL7A 4NG8A 3A3QA 2FBBA 1BWHA 1GPQC 3FE0A 3GXRA 4C5FA 1UACY 1HMKA 3AZ7A 2F4GA 4AXTA 3WW6A 3W6BA 3ULRA 4DD2A 2DQIY 4Z46A 5C6JA 2MEHA 1LPIA 4N1CC 1G7MC 5FDJA 1J1PY 1OQMA 1UICA 4LT2A 2XBRA 4NEBA 3T36A 5ILFA 1AT5A 1RJCB 4B4IA 1LZ9A 1JISA 3ATOA 3B72A 4LYTA 2MEIA 3W6EA 2BQLA 2Z37A 4IATA 4DT3A 1KIPC 1JEFA 1XGQC 1JUGA 4HV1A 3WPKA 1H87A 1OUIA 1YIKA 1VDSA 2MEFA 1C08C 1YROA 1JKAA 1LZYA 5LYTA 1IO5A 1GFVA 5KXMA 1AKIA 2Y8PA 1C45A 1IVMA 1B7MA 1LMPA 2BQOA 1LMTA 4R0FA 1NF5A 2G4QA 2A7DA 2HU1A 4WM3A 4NGWA 1NBYC 5KXNA 1HELA 4N9RA 3WL2A 3AGGG 1UCOA 3P66A 1LJIA 1UIBA 3P68A 2BLYA 1F10A 1HNLA 1LSFA 3HBDA 4PHIA 3WUMA 1MELL 1FKVA 4KT3A 4I0CA 4LYBA 1GWDA 1OUJA 2BQAA 3CT0A 1DQJC 1OUAA 4TWSA 5F14A 3N9CA 3IWRA 3W3EA 1RE2A 4PGJB 4DD3A 4ETDA 1IOCA 1LZSA 5KXWA 4LYZA 1CJ7A 5I4XA 1LMQA 2DQDY 1TEWA 5LA8A 3WUNA 4BS7A 1UC0A 1DPXA 1JSEA 4LT3A 1IP6A 4ETCA 5LVGA 1W6ZA 4WLYA 1G7JC 2Z2EA 4NY5A 1GB0A 2Z39A 1VFBC 3TXDA 4XJDA 1GBOA 5JENB 2BQHA 1B7SA 1JSFA 153LA 1TDYA 4WM2A 3TXBA 3A95A 2HEDA 4MR1A 2EIZC 3RU5A 4OWHA 1LZCA 1NMMA 4XADA 1UIAA 6LYTA 1NDGC 2DQFC 4R6CA 4TSBA 7LYZA 4NHTA 4H9HA 1LHJA 4QGZA 4H8ZA 3ZVQA 133LA 1CKFA 1REYA 1CKCA 2BQFA 2LYMA 3W6CA 4EMNA 4NGLA 3D9AC 1IR7A 1CJ8A 4WO6A 1GB3A 1HEPA 3K3TA 3LYZA 4G4CA 4H9IA 1B5UA 1IP3A 1QUTA 3LYOA 4HV2A 1LHMA 2NWDX 1YAMA 3AZ4A 5FEKA 1EQ5A 3W6DA 2YBNA 5FCPA 1IIZA 1E8LA 4YM8A 2WARA 1B7LA 1LZBA 1XEIA 3ATNA 1EL1A 4CGEA 3TXJA 2DQCY 1RFPA 4QEQA 4LYCA 5B1FA 1LMNA 5APCA 1JJ0A 4RLNA 5FHWA 1ALCA 1GFHA 1F6RA 3QNGA 1GHLA 4XJGA 1VDQA 3EMSA 1IY4A 1GFJA 3TMWA 4NHIA 5A3ZA 1IY3A 4NHQA 5DM9A 1IWXA 5HNCA 4O34A 193LA 1GDWA 5KXLA 1IR8A 4TSCA 3HFMY 3WU9A 4XJBA 3WULA 3AB6A 3ZVQB 1XFPL 5I5QA 1LJ3A 3BKHA 5LVHA 1HEMA 1J1XY 5I53A 3WXUA 4H9BA 1UA6Y 3CB7A 3WU8A 1WQOA 1Z55A 2DBTA 1AT6A 1GB7A 1YAPA 1BQLY 2HEAA 4MCKA 4X3BA 5KKIA 1B5XA 4WO9A 4HJYA 1JKDA 2LZ2A 5LAGA 4I8SA 1GB2A 1GF3A 1HF4A 2LHMA 1GFRA 5LAFA 4M6DA 4U3XB 1I20A 4B4EA 1BB5A 1WQQA 2Q0MX 4HSFA 3J4GA 1IX0A 3TXFA 5DN5A 1IR9A 1GD6A 1MLCE 4OWCA 1LSDA 5LVKA 1UBZA 1SLYA 1ZV5L 5HMJA 3T6UA 4WMGA 1XGTC 1TBYA 5K7OA 4PRUA 1D6QA 4GCFA 1OUDA 3IJVA 1GFGA 2XJWA 3P4ZA 1WQNA 1B2KA 2D4JA 3OJPA 2YVBA 1D6PA 3WYHA 2D91A 2N5ZA 4II8A 4YENA 5LINA 1LSEA 2HEFA 3WUAA 1GXXA 1UIDA 1WVUA 3TXGA 4GN4A 1G7IC 1C10A 1LZ4A 3B0IA 3LYMA 1JWRA 1GBWA 3CSZA 2BQIA 1CKDA 2HECA 3CQLA 4GCBA 1UUZC 1GXV2 4RLMA 5AMYA 5KXYA 4GN3A 4UWNA 1HEOA 4TUNA 1GEZA 3WXTA 1LZNA 1LJJA 1VAUA 3AW6A 4DDAA 4Z3MA 5M1YA 3FI7A 4QY9A 4H9EA 4WOAA 4HJZA 2ZYPA 1HFXA 2ZIKA 1N4FA 1LZDA 194LA 1LZ6A 1FN5A 4WL6A 5EBHA 4PPOA 2IFFY 1B7OA 1D9UA 1GBYA 1NDMC 5KKJA 4YOPA 1GFAA 3MGWA 4OWBA 1LZGA 1NWGA 4DWXA 1JKCA 1IP5A 1LHIA 3HBHA 4WM5A 3M3UA 1GF0A 1GF6A 1VDTA 1IWUA 1B7QA 4FJRA 2BQKA 2W1LA 4NIJA 4DD1A 5HQ1A 135LA 3KAMA 2FYDA 2YDGA 1LMOA 2LZTA 4IASA 4FDYA 2HEBA 2FYCA 1JJ3A 2LYOA 1LJNA 4NGIA 1DKKA 2HUBA 3EBAB 4UWVA 5L9JA 5T3FA 1AZFA 2ZQ3A 1IP7A 3RW8A 1LSYA 2HTXA 1LSMA 1LTMA 1DPWA 1LYYA 1UIHA 2DQGY 2MEGA 3EO5A 4KXIA 4XENA 4B4JA 3CSQA 1OP9B 4B1AA 4DDBA 2IHLA 1J1OY 1WQPA 2LYZA 2ZWBA 4A7DA 1XGPC 1XEJA 3N9EA 3A34A 4EOFA 2ZNXY 4G49A 3RNXA 1VDPA 1GDXA 1IOQA 1GBXA 1INUA 3P64A 1EQEA 4NWEA 1BB7A 3CT5A 4TTDA 4J1BA 4Z98A 4ZIXA 1BB3A 1T3PA 1B7RA 1DKJA 2BQJA 4H91A 1HFZA 4H8XA 1GBZA 4XJFA 1BWJA 1LJ4A 1YL1X 5L3HA 3GXKA 2DKVA 3M18B 1KIQC 4NG1A 3WH1A 2XTHA 4DYGA 1YANA 4HP0A 1LZ1A 4HJVA 4D9ZA 1LJHA 2HU3A 1QIOA 2Z18A 3LZ2A 4OOTA 3F6ZA 3QE8A 5LA5A 1FLUA 3A90A 2C8OA 1BB4A 2Z38A 4LT1A 1C43A 5KXSA 1IWWA 5ILCA 4LYMA 1QSWA 1LZEA 2CGIA 5LVIA 3RT5X 3W6AA 4RW2A 4XJIA 1UIEA 3WVYA 1REZA 3RZ4A 1GFTA 4OOOA 8LYZA 3B0OA 2G4PA 4NSJA 1LJEA 5DL9A 2F30A 5KXOA 1YKZX 4HTQA 5F9UA 1T6VL 1YL0X 4G9SA 1IWZA 2B5ZA 1KXXA 4G4HA 4DD0A 1G7HC 2X0AA 1V7SA 1VATA 4NHPA 3SP3A 2I25L 3A67Y 1ZVYB 1GEVA 2ZNWY 1GE4A 1B5YA 1A4VA 1YKXX 5C6LA 1GE2A 1CKGA 2H9KA 1LSBA 1ZMYL 2YSSC 134LA 1LAAA 1WQRA 1FKQA 1JJ1A 1GF9A 1LHKA 4NHSA 5KXPA 4LFPA 3ZEKA 4WLTA 1NHEA 4B49A 1NKHA 4L41A 5DLAA 1FLWA 1OUHA 4CJ2A 1P2CC 3TXEA 1DXJA 2W1XA 5J7CA 1B5VA 1OUCA 4NGOA 2YBMA 2ZILA 1LSPA 1QUSA 1D0LA 1IWTA 5F81A 4NFVA 3TMUA 3AJNA 1OUBA 1YAQA 3TXIA 5E4PA 4CFPA 1GE0A 1D0MA 4M4OA 3WVXA 1IP2A 1YAOA 1LHHA 3BKVA 5LIOA 1LMCA 4ZFPA 1ZVHL 1HEQA 4KPMA 1LYOA 3LN2A 4GLAA 1LSNA 4ETAA 4H92A 4WG7A 5FELA 5FSTA 1IWYA 1DZBX 1GB8A 2DQAA 2Z2FA 4NGJA 4N8ZA 1BVKC 132LA 1JKBA 1GF5A 2DQEY 5APFA 2Z12A 3WW5A 5D5FA 3W6FA 1QTEA 3AZ5A 1H6MA 3EXDA 3AGHA 5B05A 1JPOA 1IP1A 3A91A 3G3AB 1BVXA 4HTKA 1HHLA 1GE3A 1IP4A 4P2EA 3VWOA 1GBSA 1OUGA 4CFOA 1LSCA 4NSGA 1LKRA 1KXYA 5LYMA 2MEDA 4ZEEA 1JTTL 4HTNA 1IEEA 3A94A 2D4IA 1GE1A 4GCEA 154LA 1YQVY 1CKHA 2D6BA 4TX7A 3CSRA 1LSGA 4N0JA 1G7LC 1I56A 5KY1A 1GF8A 2VB1A 4GCCA 5IDDA 4NWHA 4YEMA 2BQGA 1C7PA 1JTPL 9LYZA 4IJ4A 3A93A 1LCNA 4G4BA 4H94A 1XSFA 1DI5A 2W1MA 3J6KA 4WLDA 1WTNA 1KIRC 1REXA 1IC7Y 1OUEA 3A6CY 2F4AA 3E3DA 4ML7A 4W94A 2YBLA 2DQJY 1LOZA 1XEKA 5HLLA 1LHLA 3IJUA 3AGIA 4NGYA 2MEBA 3LZTA 5KXXA 5LVJA 1LZTA 4AGAA 1GAYA 3WPLA 3AW7A 1QTKA 1WQMA 2CJLA 4LGKA 5KJ9A 4LZTA 1CJ9A 1RI8B 1VEDA 1B9OA 1I1ZA 4MSTA 1KXWA 1GB6A 4BAPA 3OK0A 4XYYA 5I4YA 3B6LA 4HPEA 1HSXA 2BPUA 4NGVA 5APEA 1BWIA 1LSZA 2F2NA 1EQ4A 5B07A 4H93A 5B59A 1FLYA 1GFUA 4ET8A 3TMVA 2I6ZA 1IOSA 1LSAA 5F16A 5KXZA 1B5ZA 1B0DA 2ZIJA 1XGUC 3N9AA 3B0KA 207LA 3CT1A 1LKSA 1LZ5A 2MECA 3TXKA 1GAZA 2PC2A 5I4WA 3AZ6A 4J7VA 1A2YC 1B5WA 2YBHA 1V7TA 2YBIA 2BQEA 1IC4Y 3WPJA 1WTMA 5D5CA 1XGRC 1F6SA 4OWEA 5L3IA 4J1AA 4RW1A 1NQIA 4ANRA 4BAFA 1D0KA 2ZQ4A 4LFXA 1LZAA 2CWIA 4DD7A 3LYTA 1UIGA 4NSIA 5APDA 3LHMA 4LT0A 1GFEA 5B06A 1IORA 1BHZA 1GFKA 4N5RA 1LMAA 4LYOA 4PRQA 1AM7A 4H8YA 1HSWA 1QSAA 1LYZA 1TAYA 2BQBA 1PS5A 1FDLY 3HBEX 4RDSA 5IHGA 4WM4A 1HEWA 1C46A 1DI4A 2BQMA 5B1GA 1B7NA 1QQYA 2BQNA 2EQLA 3A92A 5F9XA 2GV0A 1LZRA 4DD9A 3WMKA 4ET9A 1CNSA 1IWVA 5A3EA 5KXKA 4W96A 3A96A 4OWAA 1GB9A 1PZYA 3QY4A 1TCYA 2BQCA 6LYZA 2W1YA 4Z41A 4H1PA 4ETBA 1FBIX 2EPEA 3D3DA 4NGZA 4WM6A 4YF2A 1UIFA 3A8ZA 1JHLA 1FLQA 4BADA 2A7FA 4QDNA 2BLXA 2FBDA 1OUFA 1RCMA 1CJ6A 1GF7A 1NBZC 2RSCA 4OW1A 5E9RA 2AUBA 1HERA 1HC0A 1LJGA 4WM1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4UWUA 4EPIA 4XN6A 4DDCA 2F2QA 4ETEA 1O23A 4H9CA 2H5ZA 2ZYCA 2Z19A 5HMVA 1L60A 1L77A 1SSYA 2MEAA 2MEEA 1DYCA 1YILA 1LJFA 200LA 1L55A 1OVKA 3TMXA 5KXRA 1LYSA 1QSBA 213LA 1DI3A 3DN6A 4I7QA 1SQ2L 4XJHA 1L70A 5I54A 2C8PA 4KL7A 244LA 1BWHA 3FE0A 1L00A 4AXTA 1LPIA 1G7MC 1C62A 1C6GA 1J1PY 4LT2A 1JISA 3ATOA 3B72A 2MEIA 3RZEA 1KIPC 3GUMA 1JEFA 1XGQC 3WPKA 1OUIA 3DMVA 1YROA 1LZYA 1AKIA 1IVMA 1LMPA 1LMTA 2G4QA 4WM3A 4NGWA 3WL2A 2OE7X 1UCOA 1C6HA 3WUMA 3HBDA 1CV1A 1FKVA 4LYBA 1LI3A 196LA 3N9CA 3IWRA 3W3EA 1RE2A 1LZSA 3HU9A 1D2WA 1UC0A 1JSEA 1L47A 3HH4A 1C6KA 1G7JC 250LA 2NTHA 1L54A 1B7SA 1P6YA 1JSFA 1TDYA 3A95A 4MR1A 4ARLA 2EIZC 187LA 2XQOA 1C6JA 1UIAA 6LYTA 183LA 4H8ZA 1CKCA 2BQFA 1OWZA 4NGLA 1CJ8A 3K3TA 125LA 4G4CA 2O79A 4HV2A 2NWDX 1EQ5A 1IIZA 108LA 173LA 1XEIA 2F47A 1LMNA 3SBAA 5APCA 1T8GA 3DNAA 1XJUA 4XJGA 1VDQA 1KW7A 4PK0A 5A3ZA 1T97A 1LI6A 163LA 5DM9A 193LA 3AB6A 5I5QA 1C60A 3BKHA 1HEMA 1C6IA 3WXUA 3CB7A 1C6LA 5KKIA 1L43A 1B5XA 1L02A 4I8SA 122LA 5LAFA 1I20A 169LA 5LVKA 3GULA 1ZV5L 1PQJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4UWU A;  1F0W A;  1BGI A;  2I26 L;  4NSH A;  4XN6 A;  4WG1 A;  208L A;  4J0L A;  4DDC A;  4ETE A;  1O23 A;  4H9C A;  2H5Z A;  2HEE A;  4DC4 A;  5LXW A;  2ZYC A;  4WL7 A;  1HML A;  2Z19 A;  5KXT A;  1YKY X;  4B0D A;  5HMV A;  2YBJ A;  1WVV A;  1GF4 A;  1LZ8 A;  2CDS A;  2EKS C;  5C6I A;  3A3R X;  1IC5 Y;  5IEL A;  4GCD A;  1GB5 A;  4C3W A;  2BQD A;  2MEA A;  4GLV A;  4H9F A;  2MEE A;  4YEO A;  1YIL A;  3TXH A;  1LJF A;  4CHX A;  1HEN A;  1HFY A;  1IOT A;  2XBS A;  3WU7 A;  1W08 A;  4WLX A;  5DN4 A;  1QDT A;  3TMX A;  1REM A;  1JTO L;  3AYQ A;  4HPI A;  5KXR A;  1LJK A;  2DQH Y;  3A6B Y;  1LYS A;  1JIY A;  2G4N A;  4H9A A;  4N1E I;  1DI3 A;  4H90 A;  4NGK A;  5LYZ A;  1SQ2 L;  1B7P A;  1QDR A;  2H9J A;  2D4K A;  3G3B B;  4PJ2 C;  4E3U A;  2BAA A;  5HNL A;  5II3 A;  4XJH A;  3P65 A;  4GN5 C;  1BB6 A;  5I54 A;  2C8P A;  1JIT A;  4KL7 A;  4NG8 A;  3A3Q A;  2FBB A;  1BWH A;  1GPQ C;  3FE0 A;  3GXR A;  4C5F A;  1UAC Y;  1HMK A;  3AZ7 A;  2F4G A;  4AXT A;  3WW6 A;  3W6B A;  3ULR A;  4DD2 A;  2DQI Y; 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 5APE A;  1BWI A;  1LSZ A;  2F2N A;  1EQ4 A;  5B07 A;  4H93 A;  5B59 A;  1FLY A;  1GFU A;  4ET8 A;  3TMV A;  2I6Z A;  1IOS A;  1LSA A;  5F16 A;  5KXZ A;  1B5Z A;  1B0D A;  2ZIJ A;  1XGU C;  3N9A A;  3B0K A;  207L A;  3CT1 A;  1LKS A;  1LZ5 A;  2MEC A;  3TXK A;  1GAZ A;  2PC2 A;  5I4W A;  3AZ6 A;  4J7V A;  1A2Y C;  1B5W A;  2YBH A;  1V7T A;  2YBI A;  2BQE A;  1IC4 Y;  3WPJ A;  1WTM A;  5D5C A;  1XGR C;  1F6S A;  4OWE A;  5L3I A;  4J1A A;  4RW1 A;  1NQI A;  4ANR A;  4BAF A;  1D0K A;  2ZQ4 A;  4LFX A;  1LZA A;  2CWI A;  4DD7 A;  3LYT A;  1UIG A;  4NSI A;  5APD A;  3LHM A;  4LT0 A;  1GFE A;  5B06 A;  1IOR A;  1BHZ A;  1GFK A;  4N5R A;  1LMA A;  4LYO A;  4PRQ A;  1AM7 A;  4H8Y A;  1HSW A;  1QSA A;  1LYZ A;  1TAY A;  2BQB A;  1PS5 A;  1FDL Y;  3HBE X;  4RDS A;  5IHG A;  4WM4 A;  1HEW A;  1C46 A;  1DI4 A;  2BQM A;  5B1G A;  1B7N A;  1QQY A;  2BQN A;  2EQL A;  3A92 A;  5F9X A;  2GV0 A;  1LZR A;  4DD9 A;  3WMK A;  4ET9 A;  1CNS A;  1IWV A;  5A3E A;  5KXK A;  4W96 A;  3A96 A;  4OWA A;  1GB9 A;  1PZY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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