3CDRA

R96q mutant of wildtype phage t4 lysozyme at 298 k
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRQCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
publication title Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3cdrA00
1SX7A 4ARJA 145LA 1DYAA 1L46A 3HTDA 3EMLA 219LA 2RB1X 224LA 3DMZA 1XEPA 1LI2A 151LA 4I7QA 126LA 1L91A 1L24A 252LA 3HUQA 1C65A 3SB6A 2F47A 4EXMA 2Q9EA 4YXCA 157LA 2Z6BA 218LA 1B6IA 3C7ZA 1P37A 1C6NA 144LA 1P36A 2A4TA 1QT7A 3HDFA 1L10A 1T8FA 1C67A 2B6TA 3HU9A 4AQNA 1QTDA 245LA 1QUHA 4LDEA 174LA 1L13A 4LZMA 1CV6A 220LA 3K2RA 2OE7X 1C64A 4DKLA 3GUPA 115LA 240LA 191LA 1L03A 1L94A 123LA 1LYFA 234LA 1LI3A 246LA 2OU0X 1L39A 212LA 107LA 4S0WA 1SSWA 128LA 2ANVA 2B7XA 1P3NA 2RH1A 103LA 1DYDA 249LA 1LWKA 1QT5A 2HUKA 1CTWA 1SWZA 4W59A 1DYBA 163LA 4K5YA 3SB8A 3PDSA 2O79A 1G07A 2OTZX 1OVHA 2OTYX 2OEAX 3G3WA 1QTVA 4ZPUA 158LA 1G1VA 2B6ZA 1JTNA 1L06A 1QT8A 1L67A 1L50A 1G0JA 3FA0A 3HT6A 1L53A 1D3JA 3DN8A 253LA 1C6KA 229LA 1LI6A 4PJZA 1L26A 167LA 2NTHA 1L07A 256LA 3SB7A 155LA 1JTMA 1L16A 1L92A 260LA 1LYGA 1L37A 3FI5A 1C6GA 3V2YA 1L49A 259LA 2B72A 1KNIA 1L02A 1L56A 1CU6A 3HUAA 3RZEA 2ANXA 1CUQA 104LA 2B6XA 1CU5A 3VW7A 4ARPA 4I7LA 164LA 2LCBA 1L0KA 188LA 122LA 1QTCA 1T6HA 237LA 4EPFA 3SB9A 244LA 3GUKA 178LA 3HH3A 4LDOA 1C63A 1P2LA 227LA 2QB0B 187LA 3HDEA 4W55A 171LA 130LA 6LZMA 1CX7A 114LA 1L21A 223LA 2RAYX 1OVKA 2OE4X 2NTGA 1CV1A 3C83A 1T8GA 1L87A 1L81A 1LWGA 2RB0X 3FADA 1C6MA 1L33A 3C8SA 1OYUA 186LA 1QTHA 118LA 1L12A 199LA 1L25A 3C8QA 205LA 214LA 2HULA 1L04A 120LA 1L70A 1L19A 1QS9A 3DMVA 1L55A 1L41A 231LA 152LA 4I7OA 1QSBA 112LA 1L31A 4W57A 156LA 3C7WA 1L42A 1C6EA 1L35A 1C69A 1ZWNA 255LA 1LGXA 3CDVA 1T97A 2IGCA 4LDLA 1L57A 3OE0A 2QARC 1L32A 3HU8A 189LA 1SWYA 138LA 1L00A 3HH4A 236LA 2RAZX 4ARMA 1OVJA 3HTBA 1OV5A 1ZYTA 200LA 222LA 1L43A 225LA 1L18A 1D3NA 1DYGA 1NHBA 3C80A 1DYEA 3RUNA 1OWYA 3CDRA 3SBAA 1L99A 1CU2A 4I7NA 4ARLA 129LA 257LA 3DN6A 1L44A 1L68A 1L85A 4ARMB 1P64A 4OO9A 1LPYA 2RBSA 3C81A 1L82A 2O7AA 131LA 1G0PA 2B6WA 3C82A 1D2WA 216LA 1L97A 226LA 1L08A 3OE6A 184LA 1L28A 1D2YA 1PQDA 3L2XA 3SN6R 4IAPA 1L79A 254LA 1CV0A 3ODUA 1C6PA 3HT8A 127LA 4DJHA 1CV5A 201LA 1PQKA 109LA 1L89A 3L64A 175LA 3HT7A 3V2WA 1L74A 1K28A 1C62A 3DN3A 3PBLA 1L48A 1L36A 242LA 1QTBA 2B73A 3GUJA 1L34A 213LA 1C6QA 1LGWA 1L40A 4GRVA 258LA 2RBOA 1QT4A 3HUKA 209LA 2OU9A 1C6LA 3GULA 3NY9A 4W51A 1T8AA 169LA 1CVKA 228LA 1L15A 2LZMA 250LA 139LA 1L09A 3F8VA 165LA 176LA 1P46A 1PQMA 1L14A 170LA 1KW5A 1L59A 1L30A 1L96A 2F32A 3GUMA 185LA 190LA 177LA 3HWLA 3DN2A 160LA 1QS5A 1L84A 5LZMA 2LC9A 2RB2X 149LA 2Q9DA 4EKRA 4GBRB 1XJTA 3DMXA 1C6IA 166LA 180LA 173LA 1C6AA 3HT9A 1QUOA 1G0LA 1CX6A 1L52A 232LA 1L27A 1QT3A 150LA 1C6TA 1L60A 3OE9A 1PQOA 238LA 3CDOA 4YXAC 182LA 1L72A 1CV3A 1L20A 1DYCA 1L73A 3DKEX 230LA 1L22A 1D9WA 1L95A 1L29A 1L76A 1LYIA 243LA 4EKSA 1P2RA 2B75A 3C7YA 1L71A 3G3XA 4I7JA 108LA 235LA 3DNAA 3D4SA 1LLHA 1L86A 1L23A 1L75A 4I7TA 1C60A 3DN0A 1L61A 3GUNA 1L38A 3JR6A 1L45A 261LA 7LZMA 1QUGA 4YX7C 1L88A 3GUIA 161LA 210LA 1L65A 1C6HA 1L11A 251LA 211LA 137LA 3DN4A 3CDQA 1L66A 113LA 2OU8A 4EJ4A 1C6BA 1QSQA 1L51A 4I7KA 1LW9A 1LYDA 1I6SA 1G0GA 1KY1A 197LA 4ARQA 3HH6A 1L80A 1C6FA 1G0QA 2RBNA 233LA 1KS3A 2L78A 102LA 1C6CA 1QUDA 1KW7A 1SX2A 1G0MA 147LA 1L62A 1L47A 1KY0A 3G3VA 1CU3A 1D3FA 1L54A 1L83A 3DN1A 1G1WA 1L90A 1LYJA 4ARQB 125LA 2RBPA 198LA 146LA 1CV4A 2B70A 1DYFA 1C61A 1CU0A 3QAKA 1EPYA 1L98A 2B6YA 3LZMA 111LA 241LA 1PQJA 1QTZA 4EKQA 162LA 1LYHA 1C68A 3C8RA 2RBQA 1XJUA 141LA 239LA 4W54A 215LA 4W52A 262LA 217LA 2B74A 248LA 195LA 1SSYA 3SBBC 3OE8A 1ZURA 1LGUA 3HTFA 5I14A 1L69A 143LA 1JQUA 1OWZA 1C6JA 1C66A 159LA 1LYEA 1G0KA 196LA 1P6YA 4I7PA 3SB5A 1L17A 1OV7A 1L0JA 2OE9X 1L58A 172LA 1G06A 1WTHA 3HTGA 4PK0A 4W58A 1PQIA 3NY8A 2CUUA 140LA 142LA 1TLAA 1L77A 2HUMA 1C6DA 1P5CA 4DAJA 148LE 2F2QA 247LA 1CUPA 183LA 1QT6A 1L05A 221LA 3UONA 4I7RA 3HH5A 181LA 1L01A 192LA 1P7SA 3CDTA 3NYAA 4EKPA 4EPIA 1P56A 4I7MA 4W53A 168LA 3F9LA 1L63A 206LA 3GUOA 4E97A 1D3MA 2RBRA 1L93A 1L64A 4I7SA 119LA 110LA 4W56A 2O4WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LAAA 194LA 4DQ5A 4H8XA 3HTDA 3WW5A 4DD0A 3EMLA 219LA 2MEFA 1QTEA 1XGPC 224LA 3OJPA 1D0MA 1LJKA 2DQDY 4DQJA 1L24A 1C65A 1GEZA 2F47A 4EXMA 1G7JC 2Q9EA 1LZ9A 1IX0A 1B6IA 1LZDA 3N9EA 5II3A 4XENA 245LA 1QUHA 1CV6A 220LA 1HFZA 4LYOA 2Z2EA 3GUPA 4XJHA 240LA 1QSWA 3TMWA 5KXSA 3TXKA 1QIOA 1REYA 246LA 5C6LA 3ATNA 1SLYA 1SSWA 2ZQ4A 4DD9A 103LA 4J1BA 4FDYA 1GF9A 1QT5A 1OUAA 1GD6A 1SWZA 4W59A 1DYBA 1RI8B 1ZV5L 3WH1A 1VDPA 1VATA 3G3WA 1QTVA 4ZPUA 1GBSA 2B6ZA 4BS7A 1L67A 3AZ6A 1OUIA 4X3BA 1G0JA 4WM4A 3B0KA 4WLYA 4DC4A 1XGTC 4YF2A 3LYMA 1L26A 3W6DA 1HEQA 1L07A 256LA 1GB7A 3GXRA 1KXYA 1XGUC 1JTMA 260LA 132LA 1LMPA 1CU6A 4L41A 4PJ2C 5DN5A 104LA 1CU5A 3WL2A 164LA 1GFRA 4NGOA 237LA 3SB9A 244LA 3GUKA 3HH3A 1UACY 3EMSA 4LDOA 1P2LA 2QB0B 3CT5A 3WU9A 171LA 130LA 5LA5A 223LA 4NGKA 3WUNA 4B4IA 3C83A 1JKDA 1LZBA 1AKIA 1XFPL 1LWGA 1C6MA 2DQCY 1LJNA 1BWHA 4RLNA 1GB2A 205LA 214LA 4LFPA 120LA 4LT3A 1LMCA 3B0OA 4M6DA 1YAOA 2BQIA 5KXTA 1IWUA 6LYTA 3KAMA 1DPWA 3ATOA 1ZWNA 1LGXA 3CDVA 4NGZA 4ANRA 2QARC 1HEMA 3WUMA 1OVJA 4NSGA 200LA 1IP4A 5APFA 1D3NA 1NHBA 4WLDA 3CDRA 4KT3A 1D6QA 1L99A 1OUFA 1L85A 1P64A 1UIFA 4B0DA 2B5ZA 3B0IA 1L82A 1MLCE 1G0PA 3TXIA 4GN3A 2WARA 1G7IC 1C43A 5C6IA 2LZ2A 1GFJA 216LA 3HBEX 4U3XB 1J1PY 4NGJA 2DQFC 1IR9A 1G7LC 2A7DA 1D2YA 3AJNA 2EPEA 1UIBA 1GEVA 5E4PA 1FKQA 4PGJB 1IOSA 1JHLA 1B5UA 3HT8A 4H9FA 1CV5A 1OP9B 2ZILA 1C08C 4DT3A 1UUZC 3HT7A 3DN3A 2CDSA 4B4JA 1L36A 1DXJA 1L40A 4GRVA 2EQLA 4B49A 1LSDA 5B1GA 2OU9A 3GULA 4W51A 1T8AA 1CVKA 228LA 1L15A 1IY3A 2LZMA 1L09A 3F8VA 165LA 4BAPA 208LA 1L96A 4H8ZA 1L30A 1LMOA 3GUMA 5D5FA 1YANA 3WYHA 4AXTA 1QS5A 5LZMA 2LC9A 1UCOA 1CJ9A 2H5ZA 4GBRB 1RFPA 3HT9A 1GBYA 4H9IA 1G0LA 232LA 1C10A 1GF7A 150LA 1L60A 1GB0A 3A93A 1NQIA 1YAPA 1HFYA 2BQNA 1L95A 1L29A 1G7MC 3TXBA 1IP3A 4EKSA 108LA 4B1AA 1LLHA 4LGKA 4HSFA 1L75A 1WQMA 4WM2A 2Z18A 1N4FA 3JR6A 2BLYA 1IWVA 1QUGA 3GUIA 3P66A 1AT5A 1HELA 1QUSA 1C6HA 1GBZA 1GFHA 137LA 211LA 3DN4A 3P4ZA 3LZTA 4NWEA 5J7CA 1UIDA 2MECA 1LHHA 4EJ4A 1C6BA 4M4OA 1QTKA 3EO5A 1L51A 1I6SA 3AW6A 1HMKA 4DDCA 4NSJA 4TSBA 5LXWA 1L80A 1C6FA 1G0QA 1LZRA 3LHMA 3P64A 1INUA 1QUDA 3A6CY 3IWRA 1SX2A 4RW2A 2BQKA 3P65A 3G3VA 1D3FA 1L90A 125LA 2G4QA 4NEBA 1OUDA 5B06A 1RJCB 3QAKA 1EPYA 1L98A 2B6YA 1LZGA 1QQYA 4W94A 5HQ1A 1OQMA 3ZVQA 1PQJA 1QTZA 1YROA 1LYHA 4YEOA 2BQFA 1UIEA 1XJUA 5B05A 3J6KA 2LYOA 2HEFA 3T6UA 5APCA 3N9AA 248LA 195LA 3W6BA 3SBBC 4AGAA 2IHLA 3HTFA 1LZ1A 1OWZA 1GF8A 3ZVQB 1C66A 4XN6A 2XQOA 1B2KA 4KPMA 1YL0X 5KY1A 4OOOA 4NHPA 5F9XA 5KXKA 1L58A 172LA 1G06A 4CFOA 2D4JA 1TEWA 4WG1A 1YKZX 2LZTA 1P5CA 148LE 4HP0A 1IOTA 1FLQA 1L05A 221LA 3AGGG 3UONA 5IDDA 1CJ8A 2N5ZA 3WPKA 5APEA 1NHEA 4GN5C 4BAFA 1JTPL 3NYAA 4H92A 1B7NA 1IP1A 168LA 1L63A 2BQJA 1VDTA 4N1EI 3GUOA 4EMNA 4IASA 1I20A 4WM3A 119LA 3AZ7A 1P2CC 2O4WA 1LKRA 1LMQA 1LZ5A 4ARJA 4ETCA 1IC4Y 145LA 1DYAA 2BQCA 1ALCA 1GF4A 3T36A 4ML7A 1LSCA 1L91A 4G4CA 3HUQA 4BADA 1IWYA 2A4TA 1QT7A 1VFBC 3HDFA 5LVGA 1C67A 3HU9A 4AQNA 1QTDA 1LZCA 174LA 4DDBA 1LJFA 4LZMA 3K2RA 2OE7X 4CGEA 1LZAA 1L03A 2D6BA 5L3IA 4XADA 1FN5A 128LA 5LA8A 2CGIA 1QDRA 1DYDA 2ZWBA 4G9SA 4A7DA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LAA A;  194L A;  4DQ5 A;  4H8X A;  3HTD A;  3WW5 A;  4DD0 A;  3EML A;  219L A;  2MEF A;  1QTE A;  1XGP C;  224L A;  3OJP A;  1D0M A;  1LJK A;  2DQD Y;  4DQJ A;  1L24 A;  1C65 A;  1GEZ A;  2F47 A;  4EXM A;  1G7J C;  2Q9E A;  1LZ9 A;  1IX0 A;  1B6I A;  1LZD A;  3N9E A;  5II3 A;  4XEN A;  245L A;  1QUH A;  1CV6 A;  220L A;  1HFZ A;  4LYO A;  2Z2E A;  3GUP A;  4XJH A;  240L A;  1QSW A;  3TMW A;  5KXS A;  3TXK A;  1QIO A;  1REY A;  246L A;  5C6L A;  3ATN A;  1SLY A;  1SSW A;  2ZQ4 A;  4DD9 A;  103L A;  4J1B A;  4FDY A;  1GF9 A;  1QT5 A;  1OUA A;  1GD6 A;  1SWZ A;  4W59 A;  1DYB A;  1RI8 B;  1ZV5 L;  3WH1 A;  1VDP A;  1VAT A;  3G3W A;  1QTV A;  4ZPU A;  1GBS A;  2B6Z A;  4BS7 A;  1L67 A;  3AZ6 A;  1OUI A;  4X3B A;  1G0J A;  4WM4 A;  3B0K A;  4WLY A;  4DC4 A;  1XGT C;  4YF2 A;  3LYM A;  1L26 A;  3W6D A;  1HEQ A;  1L07 A;  256L A;  1GB7 A;  3GXR A;  1KXY A;  1XGU C;  1JTM A;  260L A;  132L A;  1LMP A;  1CU6 A;  4L41 A;  4PJ2 C;  5DN5 A;  104L A;  1CU5 A;  3WL2 A;  164L A;  1GFR A;  4NGO A;  237L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1LAA A;  194L A;  4DQ5 A;  4H8X A;  3HTD A;  3WW5 A;  4DD0 A;  3EML A;  219L A;  2MEF A;  1QTE A;  1XGP C;  224L A;  3OJP A;  1D0M A;  1LJK A;  2DQD Y;  4DQJ A;  1L24 A;  1C65 A;  1GEZ A;  2F47 A;  4EXM A;  1G7J C;  2Q9E A;  1LZ9 A;  1IX0 A;  1B6I A;  1LZD A;  3N9E A;  5II3 A;  4XEN A;  245L A;  1QUH A;  1CV6 A;  220L A;  1HFZ A;  4LYO A;  2Z2E A;  3GUP A;  4XJH A;  240L A;  1QSW A;  3TMW A;  5KXS A;  3TXK A;  1QIO A;  1REY A;  246L A;  5C6L A;  3ATN A;  1SLY A;  1SSW A;  2ZQ4 A;  4DD9 A;  103L A;  4J1B A;  4FDY A;  1GF9 A;  1QT5 A;  1OUA A;  1GD6 A;  1SWZ A;  4W59 A;  1DYB A;  1RI8 B;  1ZV5 L;  3WH1 A;  1VDP A;  1VAT A;  3G3W A;  1QTV A;  4ZPU A;  1GBS A;  2B6Z A;  4BS7 A;  1L67 A;  3AZ6 A;  1OUI A;  4X3B A;  1G0J A;  4WM4 A;  3B0K A;  4WLY A;  4DC4 A;  1XGT C;  4YF2 A;  3LYM A;  1L26 A;  3W6D A;  1HEQ A;  1L07 A;  256L A;  1GB7 A;  3GXR A;  1KXY A;  1XGU C;  1JTM A;  260L A;  132L A;  1LMP A;  1CU6 A;  4L41 A;  4PJ2 C;  5DN5 A;  104L A;  1CU5 A;  3WL2 A;  164L A;  1GFR A;  4NGO A;  237L A; 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