3CDRA

R96q mutant of wildtype phage t4 lysozyme at 298 k
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRQCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Bacteriophage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3cdrA00
226LA 4EPFA 1L10A 1L55A 1CVKA 142LA 1I6SA 1SSWA 3DN3A 1KNIA 3K2RA 2O79A 2QB0B 3GUMA 158LA 1CV1A 2A4TA 262LA 145LA 1L22A 4DAJA 4EJ4A 178LA 1L65A 4I7QA 3CDTA 3F9LA 1L51A 1C6HA 1C6LA 184LA 3FA0A 3HUQA 167LA 3PBLA 4IAPA 1PQDA 4LDOA 4LDEA 3SB9A 1QSBA 229LA 1PQOA 3GUNA 1L23A 2QARC 1C6QA 256LA 3ODUA 1G0MA 1G0KA 120LA 118LA 143LA 1OVHA 148LE 4I7NA 242LA 3DN4A 1DYCA 1LI6A 1P2RA 3EMLA 1L59A 3HDFA 1QT5A 1T6HA 231LA 144LA 1L18A 209LA 164LA 4W54A 1D9WA 1G0QA 4AQNA 196LA 1L81A 2F2QA 160LA 150LA 1L50A 192LA 1C64A 1LI2A 250LA 257LA 2OU0X 1QS9A 166LA 1L84A 1L54A 180LA 1LI3A 4ARPA 130LA 234LA 236LA 1C68A 1C60A 4I7TA 1OV5A 3SBBC 1L58A 1L75A 182LA 1L91A 4W53A 3GUOA 141LA 253LA 4W51A 1L79A 1C6FA 2IGCA 149LA 3CDQA 104LA 1L98A 210LA 169LA 3SB8A 3OE0A 2B74A 4EKSA 4DJHA 1L12A 237LA 1C6IA 2RAZX 3HDEA 3SB7A 243LA 1L25A 3RZEA 108LA 122LA 111LA 1L05A 1PQJA 1D3JA 2OU8A 1L0KA 1OWZA 123LA 1QT8A 2OEAX 3HH5A 4PJZA 1CU2A 1L63A 1L86A 1B6IA 1L56A 2RH1A 1D2YA 1G1WA 2NTHA 1L37A 1XJTA 2ANXA 2OTYX 1C66A 1CUQA 1P46A 4W58A 174LA 4K5YA 3CDRA 1L24A 261LA 173LA 177LA 1C6DA 4I7OA 1SX7A 1L46A 3HH4A 1L27A 102LA 4GBRB 1L29A 1L26A 3C8RA 245LA 3SBAA 137LA 254LA 1L33A 221LA 2OU9A 201LA 170LA 3RUNA 181LA 1G0GA 252LA 1L44A 2O4WA 1JTMA 2B6XA 2Q9DA 3CDOA 3F8VA 2RB1X 224LA 1D3NA 1L87A 235LA 155LA 159LA 1L69A 1P3NA 1QUOA 1P7SA 186LA 2CUUA 1L83A 2LCBA 4EPIA 1G06A 1L19A 1L88A 1L21A 4ARMA 119LA 1CU3A 2ANVA 103LA 1L08A 1L66A 2RBSA 3HTGA 230LA 1DYEA 2RB0X 1C62A 1ZWNA 4W56A 2B75A 3C83A 1QTBA 4I7RA 227LA 1P6YA 1P64A 110LA 1T8FA 1CUPA 1CX6A 2RB2X 190LA 1P37A 107LA 3D4SA 1P56A 4I7MA 3HT6A 4EKRA 1JQUA 247LA 258LA 1L17A 4I7JA 189LA 3HT9A 1C69A 4ARQB 3SN6R 232LA 1LWGA 4I7LA 1P5CA 1OYUA 4I7SA 3NY8A 183LA 3OE6A 1L06A 1L07A 1QTCA 1L35A 2RBRA 1L01A 187LA 168LA 1L82A 2Q9EA 1L16A 1SX2A 2HUMA 3DMVA 4ARJA 191LA 1L49A 175LA 3C7ZA 3HTDA 1L67A 157LA 1QT4A 2F47A 3HT8A 3C7YA 4W52A 1L32A 2Z6BA 3OE9A 241LA 1CTWA 1L45A 1DYFA 1C6KA 3C8SA 165LA 255LA 1C6EA 248LA 3FADA 3HU9A 1L14A 1L41A 2RBOA 2B6ZA 249LA 4LDLA 1DYAA 1C6PA 156LA 125LA 1KW5A 146LA 1NHBA 1L60A 1L42A 1C67A 2OE7X 260LA 147LA 1C6GA 1LGWA 1LYIA 3CDVA 4ZPUA 1G0PA 3V2YA 215LA 223LA 152LA 1LGXA 3DN2A 1XJUA 2RBPA 1L96A 1T97A 1QTVA 1L80A 3C7WA 4I7PA 222LA 2B6TA 1K28A 1L11A 1L52A 1L03A 1WTHA 213LA 1L53A 2HULA 1PQIA 1JTNA 1LYFA 217LA 1LWKA 6LZMA 1L36A 1QUDA 3C82A 3HTFA 4E97A 138LA 1QT7A 172LA 1QT6A 1LYEA 1G07A 3DN8A 113LA 1C6BA 216LA 3UONA 3DMXA 3SB5A 129LA 2LC9A 3NY9A 1ZURA 4EXMA 1L62A 244LA 238LA 1OVJA 3V2WA 195LA 1L48A 200LA 4DKLA 1C6AA 1LLHA 4LZMA 4EKQA 220LA 1C6NA 3HU8A 1XEPA 3GUKA 1G0LA 4YX7C 1SSYA 3NYAA 1KS3A 4YXCA 206LA 4W55A 205LA 1C63A 1PQKA 1T8AA 2OE4X 3DN1A 1CV5A 225LA 3HT7A 2B72A 185LA 4PK0A 2O7AA 4ARLA 198LA 1L89A 2B70A 3DMZA 3VW7A 2L78A 1LPYA 3QAKA 3SB6A 3HH6A 151LA 1QUHA 2LZMA 1C6JA 161LA 251LA 1L28A 3DN6A 4GRVA 162LA 199LA 1QTZA 1L76A 1LGUA 3JR6A 1L97A 2OTZX 3C81A 7LZMA 3G3XA 2RBNA 1CV6A 1L61A 1CU5A 1G0JA 1KW7A 1QS5A 1QSQA 219LA 1L34A 1LW9A 1DYGA 1QUGA 1TLAA 3G3WA 139LA 3G3VA 1SWYA 2B7XA 1C6TA 4I7KA 4YXAC 1P2LA 1CV3A 1L85A 3OE8A 1L93A 3FI5A 3L64A 2OE9X 1QT3A 1C65A 228LA 4S0WA 1L92A 114LA 3GUJA 128LA 197LA 1CX7A 1CU6A 1D2WA 2HUKA 1D3FA 1L70A 1L13A 1ZYTA 1L77A 1OWYA 3HH3A 1L40A 1QTDA 1L68A 2B6YA 1DYBA 1L64A 3GUPA 140LA 3GUIA 1LYDA 1L38A 5I14A 1DYDA 112LA 1LYJA 1G1VA 1L57A 1P36A 3LZMA 1L04A 1L02A 246LA 1C61A 212LA 1L95A 214LA 3DN0A 4ARQA 1L73A 3HUKA 2B6WA 115LA 3C8QA 1L71A 1QTHA 211LA 1L00A 4OO9A 1C6MA 127LA 109LA 1OVKA 259LA 1L47A 176LA 1SWZA 1OV7A 5LZMA 1L99A 1D3MA 1KY1A 2B73A 1L39A 3HTBA 3HUAA 1CV0A 1L90A 1PQMA 3DNAA 1L31A 1CU0A 1KY0A 126LA 1T8GA 218LA 163LA 1LYHA 171LA 4W57A 233LA 1L20A 131LA 1C6CA 1L74A 2NTGA 3L2XA 1LYGA 3DKEX 1L09A 1L30A 2RBQA 4EKPA 1L15A 3C80A 1L72A 1CV4A 3HWLA 2F32A 3GULA 1L94A 1L0JA 4W59A 188LA 1L43A 239LA 1EPYA 4ARMB 3PDSA 2RAYX 240LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IP4A 1KNIA 1LYYA 2HU1A 4DAJA 4EJ4A 178LA 4YM8A 1WTMA 184LA 3FA0A 4G4HA 4LDEA 4DDCA 1QSBA 229LA 5D5CA 1QSAA 3GUNA 2CJLA 1L23A 2QARC 1C6QA 256LA 2D4JA 4LT1A 118LA 148LE 1LHHA 5LINA 1OUCA 1IY3A 4G49A 1L81A 5I4XA 194LA 2DQHY 1LI2A 1YILA 4FDYA 1DI3A 1QSWA 4I7TA 1JHLA 1VDSA 2HEEA 3GUOA 3WVXA 253LA 1DPXA 1LJGA 1L98A 1FLUA 2Q0MX 5DM9A 2W1YA 4B1AA 4MSTA 4DWXA 1V7TA 1BB5A 1YKZX 1GAYA 4IJ4A 1W08A 1L0KA 1OWZA 2EKSC 1HEMA 5FHWA 1ZVHL 3AZ5A 2BQAA 2YBIA 1INUA 4OWHA 1LZTA 2YBJA 5JENB 4QGZA 1P46A 1BWHA 4W58A 1DXJA 1GBZA 4X3BA 177LA 1C6DA 1J1PY 4DQJA 3LYZA 5A3EA 102LA 1NMMA 4GBRB 4L41A 4NSIA 1L29A 1A2YC 3C8RA 5LVGA 2H5ZA 4DQ5A 201LA 3RUNA 4H9IA 1G0GA 3TXEA 4GLAA 1O23A 1JTMA 1B7NA 1UIGA 3TXHA 2B6XA 3WVYA 1LYOA 1B0DA 3F8VA 1IOTA 224LA 1LPIA 1EL1A 4IATA 4Z46A 235LA 159LA 2MECA 1LSDA 1WVUA 5KXZA 1ALCA 4EPIA 1LZ8A 1G06A 1WQPA 1GBOA 119LA 1IVMA 4ETEA 4ET9A 4DT3A 2RB0X 1C62A 5ILFA 3CSZA 4I7RA 227LA 3AZ4A 110LA 1CUPA 2DQDY 5B05A 1CX6A 2RB2X 3CSRA 5KXSA 4NHIA 190LA 3M3UA 3D4SA 1BWIA 4I7MA 4EKRA 2DBTA 3EMSA 1L17A 3HT9A 4ARQB 3SN6R 1B7LA 4DD3A 1KIPC 1LAAA 2F30A 5FCPA 1IP2A 3OE6A 3P64A 1QTCA 1JKCA 1HHLA 1QUTA 3GXRA 4HJVA 4LYZA 4MR1A 1QIOA 1LZYA 1G7JC 175LA 3HTDA 2YBLA 2LZTA 3TMWA 2MEAA 3C7YA 1WTNA 1PZYA 2MEHA 5KXKA 5APDA 4H93A 4XENA 1DYFA 1LZ9A 4IASA 1WQMA 1GF7A 1L14A 3AW7A 1GBSA 1L42A 5F81A 5FDJA 147LA 1REMA 2C8PA 4ZPUA 1MLCE 215LA 1JKAA 1B5WA 5LA8A 1XJUA 1L80A 4I7PA 222LA 1GFKA 3A92A 1L11A 1L52A 1L03A 1WTHA 3TXJA 213LA 1GF4A 4NGLA 1LYZA 1QUDA 3C82A 1LYEA 1G07A 4NFVA 4NGYA 3DN8A 4CFPA 1C6BA 1IIZA 4H9HA 3SB5A 1LSZA 4DDBA 1ZURA 1L62A 4Z41A 238LA 4DKLA 1GE0A 4HPEA 220LA 1XEPA 4OWCA 1CNSA 1SSYA 1GXV2 205LA 2BQCA 5LXWA 5KXPA 2OE4X 4HTKA 3HT7A 4H9BA 3AZ6A 5LYTA 1CKGA 1BWJA 4ARLA 1L89A 4XADA 3DMZA 4QY9A 1LPYA 1UACY 3WPLA 1WQQA 1LMAA 4OOOA 1LKRA 5AMYA 1C6JA 4NSHA 4EMNA 4GRVA 4HJYA 1PS5A 3TXBA 1LGUA 1IWXA 3C81A 2OTZX 7LZMA 132LA 3CT0A 3G3XA 4LYTA 1GE1A 2RBNA 4DD7A 3D3DA 1LSMA 4A7DA 7LYZA 3G3VA 4I7KA 1BGIA 1CV3A 1YKXX 3OE8A 2BQKA 3WU8A 3FI5A 3E3DA 3IJVA 1GB3A 1LTMA 1QT3A 4PPOA 1CKDA 228LA 4TUNA 3FI7A 4S0WA 1L92A 3EBAB 1CX7A 1CU6A 1D2WA 1LMOA 1LZNA 4GLVA 2HUKA 5KXXA 1OWYA 2HUBA 3HH3A 2FYCA 1HC0A 1QTDA 1IX0A 2B6YA 4H9CA 5C6LA 5LVJA 1JPOA 1L57A 2DQAA 1L02A 1LZ5A 214LA 4ML7A 1XEJA 4OWEA 3HUKA 2Z18A 2BQOA 115LA 3C8QA 3P68A 1L71A 4WOAA 1UCOA 1C6MA 5L3IA 127LA 259LA 4XJDA 1EQ5A 4GN4A 4CGEA 3DNAA 2HEBA 4PRUA 3TXIA 2HTXA 1L31A 5LA5A 3A96A 218LA 1GB5A 163LA 1LYHA 4WL7A 2C8OA 1VDQA 4W57A 3RNXA 3ATNA 3L2XA 2RBQA 5E9RA 3WXUA 1BB3A 3C80A 1C45A 1JSEA 4M6DA 8LYZA 2BLXA 3B6LA 1L94A 4LT3A 1D0MA 3AZ7A 1C08C 4B49A 4NWHA 1L10A 1L55A 1CVKA 1I6SA 1HMLA 3DN3A 3K2RA 4WO9A 5LYMA 2O79A 1IORA 4LFPA 262LA 145LA 3W6CA 5KXTA 5EBHA 4DQ7A 1NBYC 1UUZC 4KL7A 5B06A 1IR8A 1C6HA 1C6LA 3PBLA 4IAPA 2ZQ4A 1LMPA 4H94A 1DQJC 1YQVY 1T3PA 120LA 3F6ZA 1P2RA 3IJUA 3WXTA 1F0WA 1QT5A 231LA 2BQDA 1FKQA 3HDFA 144LA 164LA 3D9AC 4G4BA 4W54A 1D9WA 1G0QA 1QDTA 196LA 2F2QA 4AQNA 5KXOA 5FEKA 160LA 150LA 192LA 1OQMA 2OU0X 250LA 257LA 1L54A 180LA 1B5UA 4ARPA 1G7IC 1HFZA 1GB9A 236LA 2CGIA 2MEDA 3T6UA 3A6CY 4U3XB 3ULRA 1L58A 1L75A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1IP4 A;  1KNI A;  1LYY A;  2HU1 A;  4DAJ A;  4EJ4 A;  178L A;  4YM8 A;  1WTM A;  184L A;  3FA0 A;  4G4H A;  4LDE A;  4DDC A;  1QSB A;  229L A;  5D5C A;  1QSA A;  3GUN A;  2CJL A;  1L23 A;  2QAR C;  1C6Q A;  256L A;  2D4J A;  4LT1 A;  118L A;  148L E;  1LHH A;  5LIN A;  1OUC A;  1IY3 A;  4G49 A;  1L81 A;  5I4X A;  194L A;  2DQH Y;  1LI2 A;  1YIL A;  4FDY A;  1DI3 A;  1QSW A;  4I7T A;  1JHL A;  1VDS A;  2HEE A;  3GUO A;  3WVX A;  253L A;  1DPX A;  1LJG A;  1L98 A;  1FLU A;  2Q0M X;  5DM9 A;  2W1Y A;  4B1A A;  4MST A;  4DWX A;  1V7T A;  1BB5 A;  1YKZ X;  1GAY A;  4IJ4 A;  1W08 A;  1L0K A;  1OWZ A;  2EKS C;  1HEM A;  5FHW A;  1ZVH L;  3AZ5 A;  2BQA A;  2YBI A;  1INU A;  4OWH A;  1LZT A;  2YBJ A;  5JEN B;  4QGZ A;  1P46 A;  1BWH A;  4W58 A;  1DXJ A;  1GBZ A;  4X3B A;  177L A;  1C6D A;  1J1P Y;  4DQJ A;  3LYZ A;  5A3E A;  102L A;  1NMM A;  4GBR B;  4L41 A;  4NSI A;  1L29 A;  1A2Y C;  3C8R A;  5LVG A;  2H5Z A;  4DQ5 A;  201L A;  3RUN A;  4H9I A;  1G0G A;  3TXE A;  4GLA A;  1O23 A;  1JTM A;  1B7N A; 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