1L54A

The structural and thermodynamic consequences of burying a charged residue within the hydrophobic core of t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINKVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Structural and thermodynamic consequences of burying a charged residue within the hydrophobic core of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l54A00
1I6SA 3CDVA 4IAPA 1L12A 6LZMA 3SB6A 3SBAA 5I14A 1L54A 1SSYA 1C6TA 1LGWA 1T8AA 1T8GA 3GULA 150LA 1C6LA 4EPIA 3DMVA 118LA 113LA 172LA 224LA 255LA 2OTYX 3D4SA 1C6HA 1L17A 196LA 248LA 2B75A 2OEAX 2OU8A 138LA 1L0JA 3F8VA 4EJ4A 2B6TA 3C80A 233LA 1L67A 120LA 226LA 156LA 139LA 3HH5A 3HTGA 1L37A 1QTVA 1OYUA 2QARC 2RBNA 189LA 182LA 3SN6R 126LA 1L03A 4I7LA 1QTZA 1KS3A 206LA 1P36A 168LA 1P6YA 3OE8A 197LA 3PBLA 178LA 261LA 119LA 1CTWA 181LA 160LA 1QT6A 1L89A 180LA 244LA 1PQMA 3HUKA 232LA 1L08A 1L36A 195LA 1DYCA 4PJZA 1CU2A 258LA 1LWGA 2RB1X 1KY1A 4E97A 231LA 1L87A 1CU6A 1CU5A 143LA 1L74A 229LA 3ODUA 209LA 1XJTA 4GBRB 212LA 2LZMA 1L50A 1C6NA 2RAYX 256LA 186LA 1P37A 1PQKA 3GUOA 1CV5A 1T97A 1L00A 1L70A 1L10A 2OE9X 200LA 3HWLA 1L32A 4EKQA 2IGCA 3G3WA 1L92A 1L51A 1QUDA 1CV0A 1P2LA 1L05A 1C61A 1C6KA 1L56A 1L93A 3HH4A 1L46A 252LA 2OU0X 1L11A 4ARLA 3NYAA 257LA 3V2YA 3OE6A 223LA 211LA 1L62A 137LA 1LWKA 230LA 1XJUA 1LYIA 1QT3A 3DKEX 3HT7A 3HUQA 4EPFA 3GUPA 1L71A 1DYFA 2O4WA 1L68A 187LA 1D3FA 129LA 4W58A 2L78A 1C62A 260LA 242LA 241LA 171LA 1L61A 3EMLA 102LA 3HU8A 1L73A 218LA 2B6XA 184LA 1OV5A 1G1VA 3HH3A 1L57A 1C6MA 1CV6A 166LA 1C65A 4AQNA 1L97A 190LA 1L88A 1QTHA 4LDOA 1OVJA 3FA0A 1L47A 159LA 161LA 4W53A 2RB0X 3C82A 1L29A 3HT9A 2OE4X 4I7QA 4ARQA 164LA 2RBOA 1TLAA 4EXMA 1CU0A 1K28A 1L39A 123LA 1L49A 1L80A 1QS9A 1QUHA 2B7XA 199LA 250LA 4W56A 249LA 2ANVA 1L99A 169LA 5LZMA 1L14A 1QT8A 3C83A 2B70A 1SX7A 4I7TA 4I7MA 104LA 4I7PA 1QT5A 3HUAA 1C6FA 259LA 1PQDA 1QUGA 214LA 4PK0A 3DMZA 1L28A 253LA 1T6HA 2RBSA 1C63A 3C8QA 2Q9DA 1SSWA 1CX7A 3L2XA 1CU3A 1LI3A 1L31A 210LA 163LA 2HUMA 3VW7A 2F2QA 2NTHA 1P5CA 3C81A 1G1WA 3NY8A 4ARMA 3L64A 3F9LA 3UONA 1LYHA 3CDOA 239LA 1L30A 125LA 1L96A 3HDEA 3HT6A 3C8SA 1L20A 4LDLA 4YX7C 1QTDA 1XEPA 7LZMA 1OWZA 1PQOA 1SX2A 2B6WA 1DYGA 246LA 4I7JA 127LA 173LA 1LI2A 1G0LA 1L79A 3GUJA 2QB0B 142LA 2ANXA 1C6PA 1LYFA 146LA 1L48A 2HUKA 1JQUA 112LA 2F47A 151LA 237LA 2B73A 3DN2A 2OE7X 1C66A 1L63A 2F32A 3SB9A 1CV1A 1G0PA 4YXAC 3FI5A 148LE 1OWYA 4ARJA 1ZYTA 1L24A 3HU9A 1L86A 3SB7A 1C6EA 3K2RA 1LYEA 1L22A 227LA 225LA 1C69A 1D3NA 3QAKA 3G3VA 1D2WA 247LA 145LA 220LA 217LA 115LA 3V2WA 1L42A 1L58A 240LA 1L19A 1L41A 128LA 238LA 130LA 1JTMA 1L82A 3HTDA 216LA 2OTZX 3CDQA 235LA 1LGXA 1DYAA 1L53A 165LA 1LI6A 1L13A 3HT8A 1KW7A 1KW5A 1L04A 191LA 3GUMA 1L75A 1ZURA 2RAZX 1LYDA 4DKLA 2HULA 4I7RA 2RB2X 122LA 1QSQA 251LA 1C6QA 1C6JA 1L91A 1L16A 245LA 1L06A 201LA 2RBPA 1C60A 1L94A 3OE9A 1L81A 3C7WA 1CUPA 1OV7A 1QT4A 2B72A 1L02A 1CV4A 1L43A 1L44A 2RBQA 1L25A 4I7OA 4K5YA 1D3JA 1P3NA 1L65A 1G0QA 152LA 1QUOA 1L60A 3GUKA 254LA 1SWZA 1L23A 3DN1A 1L09A 192LA 4ZPUA 2O7AA 1CVKA 1QT7A 1PQJA 3C7ZA 4YXCA 1L77A 1P2RA 3OE0A 2A4TA 1L01A 1PQIA 4ARQB 1P7SA 3C8RA 1DYDA 4S0WA 3LZMA 1L21A 1LW9A 1L98A 167LA 2RH1A 2NTGA 221LA 1L0KA 1P56A 4OO9A 205LA 4EKRA 1ZWNA 1CV3A 3DN6A 1L34A 111LA 262LA 4LZMA 1D3MA 3NY9A 3FADA 4I7NA 3SBBC 4LDEA 1EPYA 147LA 1LPYA 107LA 1OVHA 4DAJA 1P46A 4EKPA 170LA 1OVKA 1L18A 1L55A 1NHBA 1G06A 185LA 1C6AA 1CUQA 1KY0A 158LA 1C6GA 3HDFA 4ARPA 1LLHA 1D9WA 3DMXA 3DN4A 2RBRA 2CUUA 1L95A 1LYJA 114LA 4I7KA 4ARMB 1L69A 1L15A 1LGUA 219LA 3HH6A 1L59A 109LA 176LA 198LA 1L35A 2B6YA 3JR6A 3G3XA 4W54A 1KNIA 1CX6A 1L38A 3PDSA 4W57A 1QS5A 174LA 1QTBA 1L66A 3SB5A 1L85A 3RZEA 4W59A 2B6ZA 175LA 103LA 1L40A 1G0MA 1L84A 1SWYA 1G0GA 1D2YA 1JTNA 131LA 1DYEA 1T8FA 1L72A 1WTHA 3HTFA 140LA 141LA 1L33A 188LA 1C6BA 2OU9A 4W55A 3DN3A 157LA 1P64A 1C68A 3DNAA 2LC9A 3GUIA 1L07A 1QTCA 3RUNA 108LA 2Z6BA 1C6CA 1G07A 1C6IA 1L90A 3DN0A 2Q9EA 162LA 4GRVA 3DN8A 1G0KA 3HTBA 3SB8A 1L26A 183LA 228LA 155LA 1C67A 177LA 149LA 4I7SA 1B6IA 1C6DA 3GUNA 213LA 3C7YA 3CDRA 1C64A 2LCBA 222LA 215LA 1G0JA 1DYBA 110LA 1L83A 4W51A 236LA 4W52A 1L52A 3CDTA 4EKSA 144LA 1L64A 234LA 1L76A 1L45A 243LA 2O79A 2B74A 1QSBA 4DJHA 1LYGA 1L27A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LZEA 4ETBA 4IAPA 4C5FA 1T8GA 1BVXA 150LA 4EPIA 2OTYX 1L17A 248LA 2ZNXY 1NDGC 2OEAX 4RLMA 1OUIA 1L0JA 2B6TA 3C80A 2MEFA 4H9HA 120LA 1NWGA 226LA 3HH5A 1L37A 2G4QA 2Z37A 5LAFA 189LA 3SN6R 126LA 168LA 1GXV2 1P6YA 197LA 133LA 1FDLY 178LA 1P2CC 180LA 4NGLA 1PQMA 3RT5X 3TXFA 1HSXA 4UWVA 5KY1A 258LA 4E97A 4LT0A 5APEA 5F81A 1L87A 1CU6A 1CU5A 1FLUA 3IJUA 1VEDA 2H9KA 212LA 5C6LA 1L50A 3LYTA 2N5ZA 2LZTA 1T97A 4DD1A 1BWHA 3HWLA 1L32A 4NWHA 2I25L 1PZYA 1YAPA 1LPIA 1P2LA 3W6CA 4J0LA 1L05A 1C6KA 1L93A 1L46A 1REZA 1JKCA 1LSCA 193LA 3V2YA 2BQEA 3OE6A 3TXGA 2F30A 1XGTC 1GFUA 3A96A 3HT7A 4J1BA 2O4WA 1TAYA 1L68A 1D3FA 1XGUC 1YILA 171LA 2H5ZA 5KXSA 218LA 1UACY 153LA 2D91A 1L57A 1CV6A 4AQNA 1IR7A 1HNLA 4YEOA 1L88A 2DQAA 2D4KA 159LA 3C82A 1L29A 3HT9A 5B05A 4I7QA 4ARQA 164LA 4GLAA 4LGKA 1XGPC 2B7XA 4NGOA 199LA 4W56A 3BKVA 1L14A 1BVKC 1EQ4A 3HBEX 1OUFA 2LHMA 4CGEA 1RJCB 1OUBA 1LHJA 4I8SA 4DDCA 5B06A 3FE0A 1CNSA 163LA 2HUMA 2F2QA 2DQFC 1P5CA 1OQMA 4YF2A 3NY8A 4ARMA 1HEPA 1LMCA 1GE1A 4Z41A 2HECA 3HDEA 3LZ2A 3LZTA 3D3DA 2HEAA 3C8SA 1NQIA 1IP2A 1QTDA 1XEPA 4YX7C 7LZMA 1LSEA 2B6WA 1IP7A 246LA 5KXZA 4I7JA 127LA 1LI2A 5HMVA 1G0LA 4XJGA 2LYMA 2ANXA 3IWRA 3B72A 1LYFA 1WQNA 2W1YA 1J1OY 1LZ6A 1JKAA 1LJ4A 1LSBA 3SB9A 1G0PA 4YXAC 4LYOA 4H9IA 4HPIA 4ETCA 3WYHA 1C6EA 1LYEA 3GXRA 1JSEA 1D3NA 1B7LA 3G3VA 247LA 115LA 1L42A 4WM5A 1DPXA 3WXTA 1VAUA 128LA 3T36A 2EKSC 1YKXX 1JTMA 1L82A 4HTNA 1IY4A 1GB2A 1W6ZA 3TMWA 1KW5A 1KXXA 1HEQA 5I53A 3GUMA 2RAZX 4DKLA 4A7DA 122LA 1G7IC 1QSQA 251LA 4LT1A 4OWHA 2W1LA 1LZAA 1WTMA 1L81A 1CUPA 2ZQ4A 1OV7A 1QT4A 4HSFA 1LOZA 5IELA 1L25A 1IP3A 4H9FA 3W6FA 1JKBA 1GWDA 1QUOA 4DQ5A 5EBHA 1L23A 3A34A 4LYBA 1PQJA 3MGWA 5KXOA 1LSPA 2Z12A 1P2RA 4WO9A 3RW8A 4ETDA 5A3ZA 4MR1A 4WLDA 3LYOA 1DYDA 3LZMA 1L21A 167LA 1G7HC 1C43A 1B7PA 5B07A 205LA 4EKRA 4HTKA 1GHLA 2YBMA 5IHGA 3NY9A 3FADA 1LZ4A 2YSSC 3SBBC 2IFFY 147LA 4DAJA 2BAAA 1JPOA 5APCA 2MEBA 1KIPC 2C8OA 185LA 1CUQA 1KY0A 1C6GA 4ARPA 194LA 1L95A 219LA 4H9AA 1VFBC 1UIHA 2BQMA 1L35A 3SP3A 2LYZA 1CKDA 1CX6A 1L38A 1QTEA 1HMLA 4W57A 1HF4A 1QS5A 174LA 3EBAB 3RZEA 4H8YA 4W59A 4E3UA 1NHEA 1SWYA 1G0GA 4HP0A 2BQKA 131LA 3WW6A 3HTFA 4DWXA 1WTHA 1HERA 1L33A 2FYCA 2IHLA 2OU9A 2F4GA 1G7JC 4DD0A 3ZEKA 1UIAA 157LA 1VDSA 4RDSA 1C68A 3G3AB 1LMPA 1L07A 1LYYA 1QTCA 5FHWA 1BB4A 1C6CA 1LZYA 5LYMA 2Q9EA 1T6VL 2XBRA 3HTBA 4NHTA 2I26L 4PHIA 1LZBA 1FBIX 1C67A 1LJ3A 2HEBA 213LA 3CDRA 1GEVA 2XTHA 2EQLA 1DQJC 110LA 1GD6A 3W3EA 3AZ6A 1UIBA 5LIOA 5A3EA 1L64A 1L45A 1YANA 6LYZA 1QSBA 2A7DA 1ZVYB 1NBYC 1YAOA 2BQDA 1XSFA 3CDVA 1FN5A 2MEDA 3SB6A 5I14A 1L54A 1SSYA 1LZNA 1GB9A 1IWYA 1JKDA 1IP1A 118LA 255LA 3D4SA 5IDDA 2EIZC 2BQCA 1TEWA 1QTVA 1KXYA 8LYZA 1B5WA 182LA 4NHQA 1QTZA 4G4HA 4ZIXA 3OE8A 5M1YA 1O23A 1VDTA 5I4WA 1GBXA 1W08A 2CGIA 3G3BB 4HTQA 232LA 1L08A 4X3BA 1L36A 195LA 2MEGA 1LJIA 1DYCA 1CU2A 2RB1X 1KY1A 2F2NA 1REXA 231LA 3RU5A 1EQ5A 143LA 4GBRB 1XJTA 3CT0A 1A4VA 2H9JA 1WTNA 4H8XA 2RAYX 1P37A 1ZV5L 1PQKA 1CV5A 4XJIA 1UCOA 1XEKA 1GFVA 1HENA 1YQVY 3W6EA 200LA 1MLCE 4EKQA 4II8A 4TSBA 1B7RA 2ZILA 1LCNA 1GFJA 1LZ5A 4WO6A 3ATNA 1DZBX 1LYOA 1C61A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LZE A;  4ETB A;  4IAP A;  4C5F A;  1T8G A;  1BVX A;  150L A;  4EPI A;  2OTY X;  1L17 A;  248L A;  2ZNX Y;  1NDG C;  2OEA X;  4RLM A;  1OUI A;  1L0J A;  2B6T A;  3C80 A;  2MEF A;  4H9H A;  120L A;  1NWG A;  226L A;  3HH5 A;  1L37 A;  2G4Q A;  2Z37 A;  5LAF A;  189L A;  3SN6 R;  126L A;  168L A;  1GXV 2;  1P6Y A;  197L A;  133L A;  1FDL Y;  178L A;  1P2C C;  180L A;  4NGL A;  1PQM A;  3RT5 X;  3TXF A;  1HSX A;  4UWV A;  5KY1 A;  258L A;  4E97 A;  4LT0 A;  5APE A;  5F81 A;  1L87 A;  1CU6 A;  1CU5 A;  1FLU A;  3IJU A;  1VED A;  2H9K A;  212L A;  5C6L A;  1L50 A;  3LYT A;  2N5Z A;  2LZT A;  1T97 A;  4DD1 A;  1BWH A;  3HWL A;  1L32 A;  4NWH A;  2I25 L;  1PZY A;  1YAP A;  1LPI A;  1P2L A;  3W6C A;  4J0L A;  1L05 A;  1C6K A;  1L93 A;  1L46 A;  1REZ A;  1JKC A;  1LSC A;  193L A;  3V2Y A;  2BQE A;  3OE6 A;  3TXG A;  2F30 A;  1XGT C;  1GFU A;  3A96 A;  3HT7 A;  4J1B A;  2O4W A;  1TAY A;  1L68 A;  1D3F A;  1XGU C;  1YIL A;  171L A;  2H5Z A;  5KXS A;  218L A;  1UAC Y;  153L A;  2D91 A;  1L57 A;  1CV6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1LZE A;  4ETB A;  4IAP A;  4C5F A;  1T8G A;  1BVX A;  150L A;  4EPI A;  2OTY X;  1L17 A;  248L A;  2ZNX Y;  1NDG C;  2OEA X;  4RLM A;  1OUI A;  1L0J A;  2B6T A;  3C80 A;  2MEF A;  4H9H A;  120L A;  1NWG A;  226L A;  3HH5 A;  1L37 A;  2G4Q A;  2Z37 A;  5LAF A;  189L A;  3SN6 R;  126L A;  168L A;  1GXV 2;  1P6Y A;  197L A;  133L A;  1FDL Y;  178L A;  1P2C C;  180L A;  4NGL A;  1PQM A;  3RT5 X;  3TXF A;  1HSX A;  4UWV A;  5KY1 A;  258L A;  4E97 A;  4LT0 A;  5APE A;  5F81 A;  1L87 A;  1CU6 A;  1CU5 A;  1FLU A;  3IJU A;  1VED A;  2H9K A;  212L A;  5C6L A;  1L50 A;  3LYT A;  2N5Z A;  2LZT A;  1T97 A;  4DD1 A;  1BWH A;  3HWL A;  1L32 A;  4NWH A;  2I25 L;  1PZY A;  1YAP A;  1LPI A;  1P2L A;  3W6C A;  4J0L A;  1L05 A;  1C6K A;  1L93 A;  1L46 A;  1REZ A;  1JKC A;  1LSC A;  193L A;  3V2Y A;  2BQE A;  3OE6 A;  3TXG A;  2F30 A;  1XGT C;  1GFU A;  3A96 A;  3HT7 A;  4J1B A;  2O4W A;  1TAY A;  1L68 A;  1D3F A;  1XGU C;  1YIL A;  171L A;  2H5Z A;  5KXS A;  218L A;  1UAC Y;  153L A;  2D91 A;  1L57 A;  1CV6 A; 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