1L54A

The structural and thermodynamic consequences of burying a charged residue within the hydrophobic core of t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINKVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Structural and thermodynamic consequences of burying a charged residue within the hydrophobic core of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l54A00
1D3JA 3C82A 1L75A 111LA 218LA 3NY8A 1LPYA 225LA 1CU5A 3GULA 1G1VA 1L27A 1L50A 3HH3A 1B6IA 1QT4A 1L44A 1SSWA 1LGXA 4W52A 1L30A 3HT6A 1C6TA 198LA 256LA 4I7PA 1G0PA 1KS3A 1L18A 1L42A 230LA 2RH1A 1L72A 4E97A 147LA 3GUPA 4LDOA 1C6QA 3HT7A 4LDEA 1P37A 103LA 168LA 4I7LA 163LA 1L91A 1CV0A 1C68A 1JTNA 1PQDA 1OVKA 1LI3A 188LA 243LA 2HULA 1L59A 223LA 4K5YA 1DYCA 172LA 3OE8A 1XJUA 2HUMA 1L0KA 1P6YA 241LA 1L24A 4W51A 1C69A 232LA 1QUDA 161LA 171LA 1C6NA 3C7WA 3GUNA 1L02A 1C6BA 1L58A 1QTVA 250LA 3PBLA 2NTHA 1C6HA 1CX6A 4PJZA 1L96A 107LA 1KNIA 227LA 159LA 125LA 3CDTA 3FA0A 1L51A 2B72A 1C6LA 2RBQA 3CDRA 1OVJA 1PQOA 3HUKA 222LA 1L43A 1L85A 3NYAA 183LA 1OYUA 4W59A 1L74A 1LI2A 2F2QA 201LA 2LC9A 186LA 1L48A 220LA 3DN2A 1P2RA 3CDOA 3JR6A 2QB0B 1G1WA 3C8SA 1L05A 1L83A 3VW7A 192LA 2OTZX 130LA 1L93A 1QT3A 1CV6A 3F8VA 1C61A 170LA 236LA 252LA 1L88A 215LA 259LA 139LA 235LA 1C62A 221LA 6LZMA 1L23A 142LA 228LA 2IGCA 1CV4A 3SN6R 1L98A 113LA 1CVKA 1L31A 4EKPA 1L67A 224LA 1PQMA 1CTWA 4EKSA 1L79A 1C6CA 3CDQA 1C67A 195LA 4W58A 2B7XA 108LA 149LA 190LA 1DYAA 3DN0A 4EJ4A 4W54A 173LA 115LA 1L41A 2RBOA 1C6PA 3GUJA 1L57A 1L10A 1L37A 1L84A 1LW9A 1P64A 1T6HA 1SSYA 2OE4X 2OU8A 1WTHA 4ARQB 245LA 1T8AA 123LA 1D3FA 1LYFA 4EKRA 3PDSA 169LA 1CU6A 1QTCA 152LA 246LA 1XEPA 2B6WA 229LA 1KY1A 1T97A 2HUKA 3V2WA 1LWKA 3SBAA 1DYDA 262LA 158LA 4ZPUA 1L04A 1P46A 1L16A 3C8RA 3SB9A 1P36A 231LA 4DAJA 2OE7X 1QTBA 1ZYTA 3HTDA 248LA 1ZURA 1G0LA 1L21A 3SB5A 1L68A 3HH5A 1CUPA 4DJHA 1G07A 2A4TA 1L87A 4GBRB 1L97A 1L99A 1G06A 251LA 1QSQA 1C64A 1L54A 1LYHA 3RUNA 206LA 1C60A 1KW5A 1CU3A 1L20A 3GUOA 2CUUA 1T8FA 4W56A 3HU9A 1C6AA 4I7TA 1L00A 140LA 181LA 1SWYA 237LA 2ANVA 127LA 191LA 119LA 3DN6A 3OE6A 3HH6A 1QUGA 242LA 4EPFA 209LA 155LA 4I7JA 1DYEA 2Q9DA 1LGUA 1SX2A 1L52A 4IAPA 3HWLA 1L39A 1SX7A 3HT8A 1C66A 1PQKA 3LZMA 2RB2X 4I7MA 114LA 1L09A 2O4WA 253LA 1LI6A 1DYGA 1L81A 1C6KA 1DYBA 2B6TA 3HH4A 4GRVA 3GUIA 126LA 137LA 1JTMA 144LA 1D9WA 4ARMB 1CX7A 1L46A 3C7YA 1LYJA 1OV5A 1L26A 249LA 1L65A 3G3XA 2B6YA 1L01A 1QUHA 216LA 2RAZX 1L90A 3SB6A 1D3NA 200LA 1L34A 1LWGA 1KW7A 1JQUA 199LA 1L0JA 1L73A 2LZMA 2O79A 2RB0X 197LA 1C6GA 1L06A 2ANXA 1P3NA 3HUAA 3QAKA 1LYDA 1SWZA 3ODUA 1L15A 3OE9A 2LCBA 160LA 110LA 1QTZA 122LA 2RB1X 196LA 4I7QA 2B74A 3RZEA 4ARLA 2F32A 3GUKA 1QTDA 1C6IA 151LA 145LA 4I7NA 3HTGA 4ARJA 4S0WA 1L33A 3UONA 3HT9A 2OTYX 182LA 1L55A 4EXMA 1L71A 2RBNA 3DMVA 1L86A 2F47A 1OVHA 3CDVA 167LA 185LA 3OE0A 1C6FA 1P5CA 3HTFA 112LA 1D3MA 1C65A 1L17A 2O7AA 3DKEX 1T8GA 1L94A 4YXCA 2RBSA 157LA 4LZMA 3HDEA 3C83A 3C80A 176LA 1LGWA 3G3VA 4EPIA 4YX7C 1L36A 143LA 1L29A 1QTHA 1CU0A 2B70A 165LA 1CV3A 1CUQA 1PQJA 1L64A 1K28A 219LA 1G0KA 164LA 1L08A 4W53A 1OWYA 1L11A 5LZMA 1LLHA 4W57A 187LA 1L82A 3C81A 120LA 1OV7A 3HUQA 238LA 4EKQA 7LZMA 104LA 3V2YA 257LA 2OEAX 1P2LA 1G0QA 1G0JA 1LYIA 146LA 138LA 260LA 1C6DA 162LA 1L80A 131LA 244LA 3C8QA 1L19A 1P56A 1L60A 1L63A 1QT7A 178LA 1L69A 2RBRA 1LYGA 213LA 3NY9A 1LYEA 233LA 4I7RA 2RAYX 1CV1A 2Q9EA 234LA 1C6JA 3DMZA 3L2XA 214LA 1L56A 3GUMA 3G3WA 1L12A 1G0MA 166LA 1L95A 258LA 174LA 1L89A 129LA 1L40A 5I14A 1L14A 1L32A 3FI5A 1L03A 2Z6BA 141LA 3DN8A 3DMXA 1P7SA 1L07A 1L76A 1D2YA 3D4SA 4AQNA 1QUOA 180LA 217LA 2QARC 1L66A 3DNAA 2NTGA 1QT5A 1QSBA 1CV5A 3SBBC 4ARMA 1L61A 1L22A 1I6SA 148LE 3HDFA 128LA 3F9LA 3DN1A 255LA 3FADA 2B75A 1PQIA 2L78A 1EPYA 2OU9A 3DN4A 175LA 1L35A 1L53A 211LA 1L49A 4I7OA 1XJTA 261LA 1KY0A 189LA 1C63A 2B6XA 1L62A 4LDLA 212LA 1QT8A 1L70A 2OU0X 3SB8A 177LA 184LA 1L13A 1QT6A 1C6MA 3EMLA 1L25A 3L64A 1OWZA 205LA 2RBPA 150LA 210LA 156LA 102LA 118LA 1DYFA 254LA 4PK0A 1ZWNA 4ARQA 226LA 4I7KA 4ARPA 3SB7A 4DKLA 1QS9A 1L38A 1G0GA 1L92A 3DN3A 1D2WA 109LA 239LA 2B6ZA 4OO9A 4W55A 1NHBA 247LA 3HTBA 1L77A 1L45A 3HU8A 3C7ZA 2OE9X 1L47A 1QS5A 1CU2A 240LA 1TLAA 1C6EA 4I7SA 4YXAC 2B73A 3K2RA 1L28A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1D3JA 5KXWA 2FBDA 3A92A 3GULA 3KAMA 4W52A 1B7OA 1W08A 3AYQA 1LSBA 1KS3A 3W6EA 1L42A 230LA 1L72A 4E97A 147LA 3GUPA 1GFKA 4LDOA 4NSGA 1GHLA 1P37A 163LA 1JTNA 1PQDA 1IOSA 243LA 188LA 1L59A 1D6QA 1EQEA 1XJUA 4KL7A 1XGRC 2XBSA 1LJ3A 4DT3A 161LA 4CFPA 1L02A 1C6BA 1LMAA 2ZIKA 2BQCA 1GDWA 1GE2A 1CX6A 2MEAA 5LVHA 3CDTA 159LA 2B72A 3HUKA 1L43A 4HV2A 1GB7A 4PHIA 1RCMA 186LA 220LA 1P2RA 3JR6A 4R6CA 3AZ6A 3ZEKA 1CKFA 192LA 2OTZX 130LA 1L93A 2D4KA 1T6VL 1UIFA 2BQEA 1C61A 236LA 4N8ZA 1L88A 3SP3A 3TMVA 3BKHA 6LZMA 228LA 2IGCA 1LSMA 1NBZC 4ML7A 1L98A 4GLVA 1CVKA 1GAZA 4DWXA 3RNXA 1L79A 1DKJA 4H91A 4B1AA 2ZNWY 2B7XA 2YVBA 149LA 1GFJA 1DYAA 3TXKA 4LYZA 1RJCB 3WUAA 4ARQB 3CSQA 1D3FA 1CNSA 1LYFA 2ZQ3A 4YENA 4LGKA 1XFPL 152LA 1EL1A 3ATNA 3AB6A 1T97A 2HUKA 1LWKA 1VDQA 1DYDA 262LA 4ZPUA 1L04A 1L16A 3C8RA 1BWHA 2OE7X 1QTBA 2A7FA 1G0LA 1UIEA 3N9EA 1IC4Y 1L21A 1HF4A 3HH5A 3ZVQB 4ZFPA 4DJHA 1LAAA 1YAMA 5B1FA 1L87A 4GBRB 5F81A 5LXWA 4G4BA 3WU8A 3A3RX 1QSQA 2CJLA 1L54A 4Z46A 2LYMA 1C60A 3GUOA 3HU9A 1UICA 1GFAA 1YL0X 2MEEA 3TXBA 5LYZA 4NHTA 1TAYA 2BQFA 1JSFA 237LA 1LHJA 191LA 119LA 1LYOA 3DN6A 4FJRA 3HH6A 3RU5A 1QUGA 2H9KA 1BB3A 3AGHA 1JUGA 4I7JA 1HEMA 3M18B 1IY4A 1L39A 1HEPA 1OUBA 1BWJA 4WM5A 1IR9A 1IWWA 5KXYA 1LI6A 1L81A 2W1MA 1DYBA 1LSCA 1JTOL 4GRVA 3GUIA 1LZYA 4LT2A 1B7NA 144LA 1IY3A 3C7YA 5I4WA 4YM8A 4WLXA 3IWRA 249LA 5D5FA 1GF6A 3TXFA 3WPLA 5KXNA 3RZ4A 2D4IA 3TXEA 1L90A 4XYYA 1L34A 1F6SA 1GBWA 5LINA 199LA 2IFFY 1C6GA 5KXKA 2BPUA 3M3UA 1LYDA 3ODUA 5APCA 5DN4A 4KXIA 122LA 4YEMA 3AZ5A 4DQJA 1DZBX 1IWUA 4DDBA 1IOCA 4NIJA 1JKDA 1QSWA 1DI3A 4M6DA 4DD7A 3HTGA 182LA 2DQDY 5HQ1A 3DMVA 3B0IA 1IOTA 2F47A 167LA 3OE0A 6LYZA 5FCPA 1P5CA 3HTFA 3TMXA 8LYZA 1C65A 1B7QA 4XJFA 1XEIA 3AW6A 5APFA 2O7AA 3CSZA 1T8GA 1L94A 5KXOA 4IATA 4LZMA 1IWTA 2DQGY 3C80A 3G3VA 2DQJY 1L36A 1CV3A 1PQJA 1YKZX 1GFGA 164LA 1NMMA 1JKCA 2W1XA 1LLHA 3C81A 4TTDA 1IP7A 135LA 3V2YA 3ZVQA 2OEAX 1P2LA 1H87A 260LA 1C6DA 162LA 131LA 3C8QA 4WL6A 4ETEA 4QY9A 2BLYA 1P56A 1L63A 178LA 2N5ZA 2RBRA 4OWEA 2D6BA 194LA 1LHKA 1LJHA 1C6JA 4LT3A 3L2XA 214LA 3E3DA 3P64A 1DPWA 1FN5A 5KY1A 1IWYA 1WQOA 1BGIA 3G3WA 166LA 1GEZA 1ZMYL 1L40A 1XGQC 1H6MA 5DM9A 4IASA 5I14A 4WLYA 3QE8A 3FI5A 4EOFA 3DMXA 1MLCE 3CSRA 4NGZA 2HEAA 1L76A 1D2YA 1QUOA 180LA 217LA 1V7SA 1AT6A 2QARC 1L66A 3DNAA 4J1BA 4DD0A 1LMNA 3RW8A 3LYZA 1QT5A 1HNLA 4WMGA 1GBOA 1L22A 4H8ZA 255LA 1NF5A 5LA8A 1L53A 2HEEA 1L49A 261LA 1KY0A 2B6XA 1INUA 5F9UA 212LA 1QT8A 1L70A 2HU1A 177LA 1QT6A 4NGOA 1F10A 4WL7A 3WUNA 1LSGA 254LA 4PK0A 1ZWNA 226LA 4ARPA 1G0GA 4W55A 5A3ZA 2B6ZA 1DXJA 1B5UA 247LA 3HTBA 3J6KA 1JHLA 3P66A 5B59A 2BQHA 2EIZC 1QS5A 1CU2A 4I7SA 1L75A 218LA 1LJEA 4NSIA 4TSBA 2H5ZA 4HPIA 1L50A 133LA 3HH3A 3HBDA 1L44A 4G49A 1SSWA 1VDTA 5IELA 1XSFA 1G0PA 1L18A 4H8XA 2RH1A 3P4ZA 5K7OA 4LDEA 4HSFA 4WO6A 1TEWA 103LA 1JEFA 1OVKA 2HULA 2B5ZA 1DYCA 3OE8A 3AZ7A 1HEWA 1P6YA 241LA 1L24A 4W51A 1C69A 232LA 5EBHA 171LA 1IP3A 3C7WA 3B0OA 1L58A 250LA 2NTHA 2BQOA 107LA 1WQPA 1WQNA 1ZV5L 1JITA 2RBQA 222LA 3W6BA 183LA 1OYUA 2ZIJA 1CKHA 1LI2A 2F2QA 2LC9A 4RLNA 4WM4A 1G1WA 5B06A 4GN3A 5DN5A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1D3J A;  5KXW A;  2FBD A;  3A92 A;  3GUL A;  3KAM A;  4W52 A;  1B7O A;  1W08 A;  3AYQ A;  1LSB A;  1KS3 A;  3W6E A;  1L42 A;  230L A;  1L72 A;  4E97 A;  147L A;  3GUP A;  1GFK A;  4LDO A;  4NSG A;  1GHL A;  1P37 A;  163L A;  1JTN A;  1PQD A;  1IOS A;  243L A;  188L A;  1L59 A;  1D6Q A;  1EQE A;  1XJU A;  4KL7 A;  1XGR C;  2XBS A;  1LJ3 A;  4DT3 A;  161L A;  4CFP A;  1L02 A;  1C6B A;  1LMA A;  2ZIK A;  2BQC A;  1GDW A;  1GE2 A;  1CX6 A;  2MEA A;  5LVH A;  3CDT A;  159L A;  2B72 A;  3HUK A;  1L43 A;  4HV2 A;  1GB7 A;  4PHI A;  1RCM A;  186L A;  220L A;  1P2R A;  3JR6 A;  4R6C A;  3AZ6 A;  3ZEK A;  1CKF A;  192L A;  2OTZ X;  130L A;  1L93 A;  2D4K A;  1T6V L;  1UIF A;  2BQE A;  1C61 A;  236L A;  4N8Z A;  1L88 A;  3SP3 A;  3TMV A;  3BKH A;  6LZM A;  228L A;  2IGC A;  1LSM A;  1NBZ C;  4ML7 A;  1L98 A;  4GLV A;  1CVK A;  1GAZ A;  4DWX A;  3RNX A;  1L79 A;  1DKJ A;  4H91 A;  4B1A A;  2ZNW Y;  2B7X A;  2YVB A;  149L A;  1GFJ A;  1DYA A;  3TXK A;  4LYZ A;  1RJC B;  3WUA A;  4ARQ B;  3CSQ A;  1D3F A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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