1KIPC

Fv mutant y(b 32)a (vh domain) of mouse monoclonal antibody d1.3 complexed with hen egg white lysozyme
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Complex (immunoglobulin/hydrolase)
molecule keywords MONOCLONAL ANTIBODY D1.3
publication title Hydrogen bonding and solvent structure in an antigen-antibody interface. Crystal structures and thermodynamic characterization of three Fv mutants complexed with lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1kipC00
2MECA 1QQYA 5HNCA 5B1GA 5LYZA 1REZA 2C8OA 4WM5A 4DDBA 1KIQC 1LZNA 4NSJA 2DQJY 1HEWA 3P64A 4I8SA 2MEGA 1B5XA 1LZDA 3GXKA 1NWGA 2I25L 1WTMA 2DQHY 2HECA 2I26L 2VB1A 2W1YA 5LVIA 5LVHA 1OUCA 2HU1A 1NQIA 2DQGY 1IP4A 1UIDA 2ZIJA 4Z46A 1B7QA 4WO6A 5HMJA 3A90A 4H93A 1TDYA 1GXXA 1BB7A 4H8ZA 4WMGA 5LIOA 3LYTA 3WVYA 1LMAA 1LSYA 1OUBA 1I20A 5DLAA 5T3FA 3W6AA 4PJ2C 3WW6A 4WG7A 3W6BA 1LZBA 1IC7Y 5C6JA 1IC4Y 3J6KA 1REXA 4HJZA 5HLLA 4H9BA 2W1XA 1WQRA 7LYZA 5ILFA 3CT5A 3HBHA 4X3BA 5C6LA 2ZYPA 1T6VL 1DI4A 1WTNA 3HBEX 5A3EA 1E8LA 1UICA 4LZTA 3LHMA 1YL1X 5B1FA 1HFXA 2G4PA 1SLYA 4HTQA 4BAPA 1B7PA 1HEQA 1HFYA 1IWZA 1LMQA 5F9XA 3AZ7A 1FLUA 2YBMA 4GCDA 2CWIA 3ATNA 3B0OA 1G7LC 2Q0MX 5KXOA 4N5RA 1BB4A 1JHLA 1LPIA 1LYYA 1OUDA 4I0CA 1JISA 1DQJC 3CSRA 2YSSC 4LYMA 5DM9A 1GBYA 1XGQC 1YANA 5KKIA 1ZVHL 4HJVA 3AGIA 4N1EI 1LSDA 4WLTA 132LA 4WM2A 3TXEA 4ET9A 2D4JA 3LYZA 3N9CA 1REMA 1XEJA 4WLXA 3B72A 1GBSA 3AW6A 4RW2A 2EIZC 4NG8A 3CSQA 1HNLA 2D4IA 5KXNA 1HEOA 3LYMA 3TXDA 1IP7A 1LMOA 5DN4A 3CSZA 2DQFC 3AGGG 4NHIA 4XJFA 2DQIY 1AT6A 4B1AA 4CJ2A 5KXZA 1AM7A 1YL0X 4LT2A 4DWXA 2BQCA 2MEAA 1F10A 1GDXA 1TBYA 1GB0A 5APCA 1LSZA 3RT5X 5I54A 4LYCA 3SP3A 4PRQA 1GEVA 5LA8A 4LFPA 1DPWA 2BLXA 4GN4A 3WXTA 1CKHA 5LYTA 1G7MC 5LAFA 4TWSA 1VEDA 4XYYA 5KXTA 1FLWA 4H92A 1VDQA 4NFVA 2W1MA 3TMVA 1IP6A 1B5YA 4EMNA 1B5UA 4G4CA 4OWEA 2BPUA 3CT0A 1WQOA 4NWHA 1RI8B 3VWOA 1G7IC 1I56A 2D4KA 1V7SA 1YAPA 4NSHA 1FLQA 2LYOA 4XJHA 4B0DA 5I4XA 3CT1A 1BVXA 1C43A 4FDYA 1NMMA 4H90A 1OUHA 1KXWA 3P65A 2DBTA 3WU9A 1LJIA 1OUFA 1LYSA 2Z19A 4N9RA 5FCPA 1CJ6A 4DD2A 1MLCE 3ULRA 4GCCA 5A3ZA 1GFUA 1D6QA 2BQEA 4J1BA 1LKRA 2Z2EA 4WG1A 1IOSA 3B0KA 3N9EA 1LSAA 3TXGA 1MELL 1HMLA 5KXXA 3FE0A 2XTHA 1AZFA 2ZQ3A 4NHTA 4TSBA 1LSBA 1F0WA 5KKJA 1XGTC 1XGUC 4OOTA 4L41A 1HHLA 4PPOA 5KXWA 1LJHA 1EL1A 2IHLA 1IP5A 1BB5A 5DL9A 2EQLA 1FDLY 2CDSA 1GBXA 3QY4A 4H8XA 1GF6A 1UIAA 2BQBA 4QDNA 4NGOA 5D5CA 4Z98A 1LJEA 4BADA 1G7JC 4ET8A 4B49A 3D3DA 5E9RA 3EXDA 2FBDA 1GDWA 1LJFA 4ANRA 1GFKA 5JENB 1LHLA 3W6CA 1LYOA 1D0MA 2LHMA 8LYZA 1EQEA 1BGIA 3WU7A 5J7CA 3G3AB 4MSTA 3TMXA 1INUA 1LMNA 3B0IA 1JKCA 4R6CA 1GF5A 4PRUA 4A7DA 4C3WA 2GV0A 1B7LA 153LA 1GE4A 1GXV2 4XADA 3FI7A 2Z39A 4ML7A 4RLMA 5B59A 1GEZA 1GF3A 5APDA 5APFA 3EMSA 3ZVQB 4D9ZA 4RLNA 5LYMA 4WM3A 1AT5A 4LT0A 2DQDY 5LAGA 1QSWA 3TMUA 1GF0A 3WUAA 1XFPL 5KXMA 5LVJA 3HBDA 4HP0A 2MEIA 1IY3A 4ZEEA 1XGRC 1JIYA 2NWDX 1JKAA 4CFOA 1GB2A 1LZ9A 4G4BA 3AW7A 2BAAA 4HPEA 4ETBA 1JEFA 4YM8A 4ZFPA 1IP2A 1C08C 3TXFA 5KY1A 1GD6A 4GN3A 4WOAA 4WO9A 1HERA 1GB9A 1SQ2L 4G49A 1PZYA 1OUGA 2FYCA 4LYZA 1NHEA 1IP3A 1LHKA 1FLYA 1QTEA 1YKZX 2Y8PA 5KXSA 4KL7A 1YIKA 1GE1A 2RSCA 5IELA 1IY4A 1LCNA 1D0KA 1WQMA 2Z37A 2YBHA 1A2YC 1GFEA 2D91A 3K3TA 1CJ8A 1LJNA 4B4IA 4HSFA 5LVKA 1VDTA 1ZMYL 1WQNA 4WLYA 5LVGA 2H5ZA 1DKJA 5KXRA 1XEKA 4G9SA 4MCKA 4NGLA 4OWAA 2A7DA 5L9JA 5KXPA 2LYZA 3EBAB 1AKIA 1HSWA 3A96A 1T3PA 4UWVA 4NGKA 2MEFA 3W6DA 3ZVQA 3BKVA 2D6BA 4OOOA 2BQDA 1LZTA 1QDTA 3D9AC 4NGZA 1QUSA 1GB8A 4GCBA 2A7FA 1LZ4A 1HENA 135LA 3A3QA 1IR7A 4H9CA 4KT3A 4H9AA 4NGVA 3RNXA 3MGWA 3WL2A 3CQLA 1DPXA 4UWUA 3G3BB 5HQ1A 5FHWA 1IWYA 1UIBA 1GBOA 4HTNA 3CB7A 1DXJA 1LSPA 1ZV5L 2F4GA 3A67Y 4DD9A 1YROA 2BQJA 4LT1A 4M6DA 4NWEA 2BQMA 1IR8A 1LZ6A 1LSCA 1GFVA 1GF4A 4ETAA 5B05A 1GHLA 1LJKA 1IO5A 3BKHA 1NBZC 4Z3MA 2BLYA 5F16A 1JKBA 3LZ2A 1IP1A 1LOZA 4LT3A 5FSTA 4W96A 1IX0A 1YAOA 4N8ZA 1N4FA 1W6ZA 4KXIA 4NHSA 4XENA 1CJ9A 5DN5A 2H9KA 4GCFA 1CKGA 1BVKC 1KXXA 1BHZA 1JJ0A 3WPKA 1LYZA 4II8A 1JTOL 1B7MA 1UBZA 3LZTA 4HPIA 1UUZC 1HEMA 4DDAA 1GB3A 5LXWA 1HC0A 1VDPA 4WL7A 1C7PA 2HUBA 4QEQA 5EBHA 2HU3A 4RDSA 4NGYA 4LFXA 2H9JA 4BAFA 1HELA 1FKVA 1W08A 5F9UA 1JSEA 1CKFA 1GB6A 3A6BY 1UIGA 1DI3A 1ALCA 1JSFA 1VDSA 4DC4A 3AB6A 1WQPA 4R0FA 4WM1A 1LAAA 3WUMA 4CGEA 1LSFA 1EQ4A 2B5ZA 1OUEA 1B5WA 1C46A 1J1OY 2ZNWY 1LJGA 1HMKA 1IIZA 2BQKA 3TXKA 3TXHA 5F14A 3WMKA 2AUBA 3GXRA 1LZGA 1GE2A 1IR9A 1KIRC 4B4EA 1LZCA 1C45A 1KIPC 5APEA 1YAQA 1GB5A 5KXYA 3WH1A 4H1PA 4DT3A 1VFBC 1HFZA 3A91A 4H9HA 1JTPL 3WXUA 1LJ4A 4NSIA 2HEAA 1NDMC 2Z18A 3OJPA 4IASA 1B5ZA 1BB3A 2XJWA 3A92A 4H8YA 3ZEKA 4EOFA 1B7RA 1DKKA 5D5FA 5L3IA 2BQGA 4HV2A 1RFPA 4J7VA 3RW8A 1D0LA 1TCYA 3QE8A 3WVXA 2F2NA 1IWXA 4H94A 1WVVA 1NDGC 1IWWA 2F4AA 1B5VA 2YBLA 1LSNA 3TMWA 1XGPC 2YBJA 1B7NA 5II3A 2YBNA 1UACY 1GF7A 1LMTA 1ZVYB 3HFMY 3P4ZA 2LYMA 1LJJA 1J1PY 4IATA 4LGKA 4XJIA 4DD7A 3M18B 1NF5A 1OUAA 3KAMA 4TX7A 1VATA 2YVBA 3LYOA 4NY5A 2EKSC 3M3UA 3OK0A 1IWTA 5HMVA 2BQFA 1EQ5A 3A95A 4OW1A 4GLVA 4B4JA 2MEDA 1HSXA 1LHIA 1D6PA 154LA 2HTXA 1LMPA 1O23A 2XBRA 4KPMA 5I5QA 5KXKA 1NBYC 2BQAA 1H6MA 1GFAA 4QGZA 1P2CC 4H91A 3WULA 4C5FA 5IDDA 3TXIA 4ETDA 208LA 2HEDA 1B2KA 2I6ZA 1JITA 5LA5A 4NGIA 4WLDA 1JPOA 3W6FA 1OUIA 1YKYX 1UIFA 3J4GA 1C10A 3ATOA 1DZBX 2BQHA 5FDJA 4DD0A 5I53A 1CKDA 1IOCA 4QY9A 2DQEY 1BWHA 1GF9A 2Z12A 3RU5A 3A6CY 4N0JA 1GFGA 2CGIA 1D9UA 1LSMA 4OWCA 4GCEA 3A8ZA 2F30A 5HNLA 5FELA 1JKDA 4XJBA 3WPJA 1LHMA 1LHHA 4H9EA 3N9AA 134LA 1YAMA 4H9FA 2MEBA 1LZSA 1RJCB 1GBZA 3WYHA 1GFHA 3A34A 1H87A 1IWVA 1CKCA 1GAZA 4PHIA 1HEPA 4XJGA 2WARA 5F81A 4MR1A 4YEMA 4O34A 4RW1A 1V7TA 2FYDA 1QTKA 1LSGA 5E4PA 1LTMA 3IJUA 5FEKA 4CHXA 1B7SA 1LZAA 1B0DA 3B6LA 1LJ3A 3IJVA 1TAYA 1WVUA 4DYGA 4PGJB 1IVMA 3WUNA 4YENA 4OWHA 2ZILA 1IWUA 4TUNA 1JJ1A 4N1CC 1GF8A 1GFTA 1LSEA 4GLAA 5B06A 133LA 1GB7A 1RCMA 1UCOA 2EPEA 2XBSA 3IWRA 3WU8A 2CJLA 1UC0A 5I4WA 4G4HA 5LINA 1JTTL 4XJDA 1CNSA 3W3EA 3AZ6A 4P2EA 4TSCA 1BWIA 2HEFA 1UIEA 2ZYCA 5B07A 1HF4A 1VAUA 2BQLA 3WPLA 3AGHA 4YOPA 1IC5Y 1IORA 1GWDA 2DKVA 2IFFY 3AZ4A 1GFRA 1UA6Y 4LYTA 4M4OA 1LZYA 4UWNA 6LYZA 2LZ2A 2FBBA 1I1ZA 2W1LA 1IOQA 2PC2A 2ZNXY 2ZQ4A 1IOTA 4HTKA 2BQNA 5I4YA 6LYTA 1CJ7A 1J1XY 1DI5A 1PS5A 1RE2A 1LZ1A 1BQLY 1NKHA 2DQAA 1JUGA 2G4NA 3AYQA 1KXYA 3EO5A 3LN2A 5L3HA 4FJRA 4YEOA 4NIJA 4NGWA 1WQQA 1YQVY 1XSFA 1G7HC 4DD3A 3WW5A 1F6SA 2Z38A 3A94A 2DQCY 2HEBA 1LKSA 3A3RX 1JJ3A 1FKQA 4Z41A 1IEEA 2Z2FA 9LYZA 1JWRA 2X0AA 3QNGA 4ZIXA 1FN5A 1OP9B 4NG1A 1BWJA 1YKXX 207LA 3T36A 4W94A 1TEWA 4WL6A 1QUTA 5K7OA 1GBWA 4U3XB 4NHQA 5M1YA 1LZEA 4NEBA 3P68A 4ETCA 1QIOA 4J1AA 1B9OA 2YBIA 1GPQC 2BQOA 3AZ5A 3TXJA 3P66A 1GE3A 1REYA 4OWBA 3W6EA 4AXTA 193LA 4NHPA 194LA 1GFJA 1UIHA 4HJYA 1BB6A 2ZWBA 4YF2A 1GAYA 1YILA 3TXBA 5AMYA 1Z55A 1LZRA 4WM4A 3E3DA 1GE0A 1OQMA 4HV1A 2LZTA 5ILCA 2MEHA 4H9IA 4XN6A 4DD1A 2HEEA 4ETEA 5C6IA 4NSGA 4DDCA 2G4QA 4CFPA 1FBIX 4TTDA 5KXLA 1XEIA 2ZIKA 3T6UA 4AGAA 5IHGA 3AJNA 1LMCA 2BQIA 4WM6A 1OUJA 1LHJA 4GN5C 1A4VA 2YDGA 1QSAA 2N5ZA 2MEEA 3F6ZA 4LYOA 4NGJA 4IJ4A 3A93A 1LZ8A 1QDRA 1B7OA 4LYBA 4BS7A 1LZ5A 1F6RA 4J0LA 2C8PA 4E3UA 5KJ9A 3RZ4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2MECA 1L82A 2OTZX 1REZA 4DDBA 115LA 113LA 1L84A 3P64A 1LZDA 3CDQA 159LA 1OWYA 2DQGY 1IP4A 1OVHA 1LYGA 1L19A 5HMJA 3WVYA 3WW6A 3W6BA 223LA 1LZBA 5HLLA 4H9BA 1L72A 2W1XA 7LYZA 1C6KA 1L25A 1C6TA 1L29A 1WTNA 114LA 5B1FA 3VW7A 1IWZA 1NHBA 3OE0A 3C8RA 2YBMA 3ATNA 1OUDA 4LYMA 5KKIA 1XGQC 4WLTA 1L03A 1REMA 3N9CA 188LA 2D4IA 2RAYX 3PBLA 4XJFA 1AT6A 1L90A 5KXZA 2RB1X 247LA 1F10A 169LA 5I54A 4PRQA 1CKHA 4IAPA 5KXTA 1FLWA 4H92A 1B5UA 4G4CA 4OWEA 2BPUA 158LA 1WQOA 185LA 2Z6BA 1I56A 1V7SA 2LYOA 5I4XA 1BVXA 1C43A 1OUHA 1KXWA 3P65A 2DBTA 3WU9A 1OUFA 2Z19A 1CJ6A 5A3ZA 4J1BA 1C66A 3HWLA 4DQJA 145LA 1LSBA 237LA 189LA 4L41A 1LJHA 1IP5A 1L88A 2EQLA 5D5CA 1GF6A 1G7JC 4B49A 1G0QA 5E9RA 2FBDA 4ANRA 3W6CA 1D0MA 1BGIA 3TMXA 3SB8A 1GF5A 1B7LA 1XJUA 1GXV2 2Z39A 2QARC 103LA 4LT0A 3WUAA 244LA 4W59A 1L53A 1G0JA 2RAZX 2NWDX 1C6PA 4ETBA 5KY1A 211LA 1L96A 1GB9A 1OUGA 1NHEA 1YKZX 1YIKA 2Z37A 3K3TA 1LJNA 1ZMYL 1DKJA 4NGLA 1T3PA 2B6WA 2B74A 3BKVA 2BQDA 1T8GA 1GB8A 1T8FA 2A7FA 4KT3A 3RNXA 102LA 3DMVA 4H9CA 3C8SA 1L28A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2MEC A;  1QQY A;  5HNC A;  5B1G A;  5LYZ A;  1REZ A;  2C8O A;  4WM5 A;  4DDB A;  1KIQ C;  1LZN A;  4NSJ A;  2DQJ Y;  1HEW A;  3P64 A;  4I8S A;  2MEG A;  1B5X A;  1LZD A;  3GXK A;  1NWG A;  2I25 L;  1WTM A;  2DQH Y;  2HEC A;  2I26 L;  2VB1 A;  2W1Y A;  5LVI A;  5LVH A;  1OUC A;  2HU1 A;  1NQI A;  2DQG Y;  1IP4 A;  1UID A;  2ZIJ A;  4Z46 A;  1B7Q A;  4WO6 A;  5HMJ A;  3A90 A;  4H93 A;  1TDY A;  1GXX A;  1BB7 A;  4H8Z A;  4WMG A;  5LIO A;  3LYT A;  3WVY A;  1LMA A;  1LSY A;  1OUB A;  1I20 A;  5DLA A;  5T3F A;  3W6A A;  4PJ2 C;  3WW6 A;  4WG7 A;  3W6B A;  1LZB A;  1IC7 Y;  5C6J A;  1IC4 Y;  3J6K A;  1REX A;  4HJZ A;  5HLL A;  4H9B A;  2W1X A;  1WQR A;  7LYZ A;  5ILF A;  3CT5 A;  3HBH A;  4X3B A;  5C6L A;  2ZYP A;  1T6V L;  1DI4 A;  1WTN A;  3HBE X;  5A3E A;  1E8L A;  1UIC A;  4LZT A;  3LHM A;  1YL1 X;  5B1F A;  1HFX A;  2G4P A;  1SLY A;  4HTQ A;  4BAP A;  1B7P A;  1HEQ A;  1HFY A;  1IWZ A;  1LMQ A;  5F9X A;  3AZ7 A;  1FLU A;  2YBM A;  4GCD A;  2CWI A;  3ATN A;  3B0O A;  1G7L C;  2Q0M X;  5KXO A; 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 6LYT A;  1CJ7 A;  1J1X Y;  1DI5 A;  1PS5 A;  1RE2 A;  1LZ1 A;  1BQL Y;  1NKH A;  2DQA A;  1JUG A;  2G4N A;  3AYQ A;  1KXY A;  3EO5 A;  3LN2 A;  5L3H A;  4FJR A;  4YEO A;  4NIJ A;  4NGW A;  1WQQ A;  1YQV Y;  1XSF A;  1G7H C;  4DD3 A;  3WW5 A;  1F6S A;  2Z38 A;  3A94 A;  2DQC Y;  2HEB A;  1LKS A;  3A3R X;  1JJ3 A;  1FKQ A;  4Z41 A;  1IEE A;  2Z2F A;  9LYZ A;  1JWR A;  2X0A A;  3QNG A;  4ZIX A;  1FN5 A;  1OP9 B;  4NG1 A;  1BWJ A;  1YKX X;  207L A;  3T36 A;  4W94 A;  1TEW A;  4WL6 A;  1QUT A;  5K7O A;  1GBW A;  4U3X B;  4NHQ A;  5M1Y A;  1LZE A;  4NEB A;  3P68 A;  4ETC A;  1QIO A;  4J1A A;  1B9O A;  2YBI A;  1GPQ C;  2BQO A;  3AZ5 A;  3TXJ A;  3P66 A;  1GE3 A;  1REY A;  4OWB A;  3W6E A;  4AXT A;  193L A;  4NHP A;  194L A;  1GFJ A;  1UIH A;  4HJY A;  1BB6 A;  2ZWB A;  4YF2 A;  1GAY A;  1YIL A;  3TXB A;  5AMY A;  1Z55 A;  1LZR A;  4WM4 A;  3E3D A;  1GE0 A;  1OQM A;  4HV1 A;  2LZT A;  5ILC A;  2MEH A;  4H9I A;  4XN6 A;  4DD1 A;  2HEE A;  4ETE A;  5C6I A;  4NSG A;  4DDC A;  2G4Q A;  4CFP A;  1FBI X; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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