1GFJA

Crystal structure of mutant human lysozyme substituted at the surface positions
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGADNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Positive contribution of hydration structure on the surface of human lysozyme to the conformational stability.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 51
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1gfjA00
2YBJA 1CNSA 4H9AA 1REZA 1YANA 3F6ZA 1GDXA 1CKHA 1GBOA 1B7RA 5KXTA 1RFPA 207LA 132LA 1GB6A 3N9CA 4NHSA 2F4AA 1GFEA 1UICA 1JJ0A 1J1OY 4I0CA 1B5VA 4HP0A 3QY4A 4MCKA 4M6DA 1GB9A 5KXKA 4YEOA 4NSIA 1OUCA 5LVKA 5LYMA 1ALCA 1XEKA 4Z41A 1OUFA 5HMVA 4G9SA 1YL0X 1GB0A 1IWZA 4UWNA 1VATA 3W6DA 5LVHA 1KIQC 3T6UA 208LA 6LYTA 1GF5A 4TUNA 4WM2A 1KXXA 3LYZA 3QNGA 1GWDA 2BLYA 1IP4A 1LHHA 2BQMA 2F4GA 5KXLA 1LZ1A 2LYMA 1T3PA 3A3QA 1EL1A 1HEPA 4DWXA 4H94A 2I26L 1LKSA 5LXWA 5APCA 2FYCA 2B5ZA 1VAUA 1WQMA 2LYZA 5JENB 2BQNA 1B5ZA 2DQAA 4ET9A 4NGZA 2AUBA 4XADA 4LYMA 2F2NA 1IOCA 5ILCA 1G7LC 1G7JC 1JWRA 1OUJA 2YVBA 3CB7A 1B7QA 4H93A 1GE4A 3IJVA 1GBZA 2BQHA 1LSCA 1IOTA 5B05A 1LAAA 2XBRA 1HEOA 3J4GA 1J1PY 2FYDA 3IJUA 1GD6A 4HTNA 1JEFA 1FDLY 2NWDX 1P2CC 3WU7A 4B1AA 1GFKA 4XJFA 1IY4A 1WQOA 5HMJA 1I56A 1GPQC 1NMMA 3AB6A 4LT0A 4TTDA 1JPOA 2VB1A 3WPJA 1GF0A 1BQLY 4ZFPA 2Z12A 3TMXA 3AJNA 2HEBA 1FBIX 1LKRA 3AZ6A 3M3UA 1CJ8A 1UACY 1D0MA 2D91A 3KAMA 5HQ1A 4DD7A 1OUBA 5B1FA 1GE0A 4Z3MA 1LJNA 4PHIA 2BQFA 4HJYA 4NSHA 4WOAA 1LTMA 4LGKA 1D6QA 4WM5A 4NHPA 4YOPA 2DQEY 1LYZA 3WL2A 1AZFA 4E3UA 3LZ2A 4GCFA 3WU8A 4I8SA 4N5RA 3W3EA 4GCBA 1IR7A 2CJLA 2ZIKA 4KXIA 4YENA 1QDTA 1UC0A 4ETAA 1JJ1A 4TWSA 4BADA 1C46A 1CJ7A 4NHQA 5IHGA 4NGIA 2ZQ3A 4IATA 5LAFA 1B7PA 5LAGA 2ZNXY 1FLYA 153LA 4H92A 4NG8A 4LT1A 4QGZA 4OWEA 3P68A 1GHLA 5LYZA 1QDRA 4ZEEA 1GEZA 2MECA 1HERA 1LSPA 4OOTA 4OWHA 2BQCA 5A3EA 4H9BA 4WLXA 2HEAA 1GE2A 4NFVA 1YAPA 1NDMC 4Z46A 134LA 1JKAA 2DKVA 4J1BA 4NGJA 4ZIXA 4WM3A 3LYOA 5LVGA 1LJKA 4OWCA 6LYZA 3AGHA 1JKBA 1GF4A 3CT1A 1LYYA 2CGIA 1GF6A 1IP1A 1BHZA 1IOSA 4NHIA 3BKHA 4LT3A 4WL7A 1BGIA 4OWAA 3WH1A 4OW1A 4YM8A 1GE3A 3A8ZA 1LHLA 4XYYA 1GF9A 3GXRA 4ET8A 1KXWA 1F6RA 5KXNA 4RDSA 1BWIA 1YROA 2BQKA 3EO5A 4NGLA 1IOQA 5I54A 5LYTA 1HSXA 1I20A 1IO5A 2C8OA 4CGEA 1LSAA 3IWRA 1B7MA 1LZYA 1VEDA 135LA 4WO6A 3B0OA 1B9OA 3WXTA 1OUHA 2H9KA 3ATNA 1REXA 5I5QA 4QDNA 2EPEA 4HPIA 3LYTA 1AKIA 4W94A 1IWUA 1XEJA 5KXYA 2ZIJA 1VDTA 4DD0A 4XENA 4NGVA 3D9AC 1GB2A 1BWJA 1UIFA 1G7IC 4LYBA 5HNCA 3W6CA 1ZVYB 1V7SA 194LA 1WQRA 4P2EA 1GBYA 1GAYA 1GAZA 1QUSA 2MEHA 4XJBA 5DN5A 5E4PA 5F81A 2IHLA 2MEBA 5L9JA 1AM7A 1HEQA 1EQEA 1C7PA 1LZ4A 1RJCB 3D3DA 5DLAA 4GCDA 5LIOA 1TDYA 2BQLA 3G3BB 4GCEA 3WUMA 1YAQA 4H9EA 3WULA 5B06A 1O23A 5I53A 4EMNA 1LYOA 1LHMA 1B7LA 3W6AA 1BB3A 2ZQ4A 4B4EA 4GN5C 1LJEA 2F30A 1LZ6A 1B7SA 1QTKA 3WVYA 1DPXA 1QUTA 4GN3A 1LSFA 1IX0A 3EMSA 1JSEA 4H8YA 3GXKA 5D5FA 2MEGA 4TSBA 1UIGA 3TMWA 1NKHA 4NEBA 2DQGY 2Z37A 1JKDA 2W1LA 3ZVQA 5ILFA 1BVKC 4NSGA 1FLQA 5B1GA 1KIPC 1GE1A 4WM4A 1XFPL 1IP7A 2I6ZA 2Z38A 1LMOA 1WQQA 5KXZA 5T3FA 3AZ4A 1HSWA 2DQFC 4WG7A 1AT5A 1NWGA 4WMGA 3J6KA 1IWWA 2LZ2A 4CJ2A 5KXRA 1GFGA 4ML7A 2HECA 1TEWA 4XJGA 1G7HC 5FSTA 2BQEA 4M4OA 2Z2EA 3BKVA 2YBIA 5DL9A 1F6SA 4LT2A 3VWOA 5KXPA 4R0FA 1FKVA 2Z2FA 4WM6A 4B49A 3AZ7A 2BQDA 3WYHA 2YBNA 1NQIA 3TXHA 5KKJA 4NGWA 1UIAA 5DN4A 4C3WA 1IC5Y 3E3DA 1JJ3A 1LOZA 4WL6A 1B0DA 2EQLA 4ETCA 2LHMA 4R6CA 1UIDA 1CKCA 3TXIA 4BAFA 5KXSA 2D4IA 1C43A 1GBXA 4DD3A 4DT3A 2BQIA 3WPKA 1GEVA 1B5UA 1GFAA 1LZ5A 5APFA 1QIOA 5M1YA 2A7DA 2W1XA 2YBMA 1HENA 1I1ZA 1LJ3A 1IORA 1SQ2L 1GF3A 3CSRA 3ZVQB 5KXOA 3A94A 1DZBX 1VFBC 4Z98A 4W96A 3W6EA 1DI5A 1GB7A 4O34A 1LPIA 3ATOA 1JSFA 1UA6Y 4B4JA 3TXBA 1LJ4A 1ZVHL 2BQOA 7LYZA 2BLXA 4TX7A 1XGTC 1LZEA 1XGRC 1DQJC 2C8PA 1XEIA 4HV1A 4MSTA 1IIZA 4RLNA 1B7OA 5KY1A 1UIBA 2DQCY 4XJIA 1JTPL 3WVXA 1LZCA 1PZYA 1F0WA 3K3TA 1DI4A 1VDQA 2H9JA 1GDWA 2MEAA 1WTNA 1KXYA 2HUBA 5L3IA 1DPWA 1LJHA 1LZAA 1JUGA 1LZBA 2DQHY 2ZILA 1B5WA 1A4VA 1LZTA 5B59A 1W6ZA 1B5XA 1C08C 3HBDA 1BB7A 5HNLA 3W6FA 1YQVY 2D4JA 3AW6A 2ZYCA 4A7DA 1YAOA 2LZTA 3A34A 1OUEA 1NBYC 3EXDA 3HFMY 4LYZA 1LSZA 1H87A 4RW2A 1LZRA 3A91A 3P65A 2DQDY 1KIRC 4XJDA 4HV2A 1W08A 2N5ZA 3N9EA 4ETBA 3RNXA 4YF2A 2Y8PA 1CKDA 1GXXA 3WU9A 1RI8B 1WVUA 2MEFA 1GFHA 5LVIA 2EKSC 3LYMA 1IP5A 1IEEA 1YILA 4LYOA 5I4YA 4KT3A 2A7FA 5KXWA 4H91A 1OUDA 4HJVA 3TXKA 154LA 2CDSA 4RW1A 1GFVA 2MEDA 3AW7A 4H90A 3A93A 4U3XB 3WPLA 5FCPA 1UIEA 1LHKA 1LCNA 1IC4Y 1LZ9A 1UCOA 3RU5A 3B6LA 3A90A 4ETEA 1HFXA 3QE8A 4FJRA 3HBHA 1IWXA 1IP6A 4H8ZA 3P66A 1HMLA 1LMPA 193LA 1DKJA 1OUGA 1C10A 2DQJY 1LSDA 3A67Y 2W1YA 1LSNA 4PGJB 2MEEA 4RLMA 2W1MA 1LJJA 1CJ9A 2BQBA 3N9AA 2BPUA 4H9IA 4IASA 4PJ2C 1JKCA 1J1XY 1LZDA 1GFUA 3B0KA 4OWBA 4D9ZA 4AXTA 4BAPA 4CHXA 5AMYA 5F9UA 5APDA 4DD2A 1HEWA 1ZMYL 2YDGA 4NWEA 2YBHA 4DD9A 2H5ZA 2HU1A 1FKQA 4X3BA 2HEEA 3G3AB 4NGYA 3RZ4A 5A3ZA 4NSJA 1LSBA 1FLWA 1OQMA 4NG1A 1OUAA 4L41A 2XJWA 3TXEA 1D0LA 2DBTA 5FDJA 5APEA 1DKKA 3CSZA 1IR8A 1CKGA 1IC7Y 3TXGA 9LYZA 3ZEKA 1YKXX 4HSFA 3WUNA 5IDDA 3RT5X 4XN6A 8LYZA 4HTKA 1SLYA 1IWYA 3AGGG 1T6VL 3FE0A 4LFPA 1V7TA 4NY5A 4CFOA 4NGKA 1VDSA 1B2KA 1CKFA 3RW8A 1LSMA 1EQ5A 1QSAA 3CSQA 4AGAA 4YEMA 5LVJA 1BB4A 1PS5A 4KPMA 1YL1X 2G4PA 2HU3A 1HNLA 3WUAA 1JTOL 1D6PA 4IJ4A 2G4NA 2DQIY 1HFYA 5KJ9A 1LMTA 4WM1A 2EIZC 1N4FA 4NGOA 2IFFY 4WO9A 1NDGC 4UWUA 1UUZC 3FI7A 1HC0A 1OP9B 3AGIA 4DYGA 1BB5A 3TXDA 5DM9A 2LYOA 3TMUA 5K7OA 1XGQC 1DI3A 4B0DA 1E8LA 133LA 1WQNA 2YBLA 5KXXA 1MELL 1VDPA 5F14A 1GFJA 4WLTA 4PRUA 4J0LA 1QSWA 4QEQA 1HMKA 4HJZA 1INUA 3WMKA 5C6JA 1LJGA 2BQJA 3A96A 1D9UA 1HEMA 4G49A 5FEKA 1A2YC 1IY3A 1RCMA 4DC4A 4UWVA 5KXMA 2HEDA 3WXUA 4J7VA 3A92A 1Z55A 3P64A 4GCCA 3OK0A 1IVMA 4HPEA 4GN4A 2PC2A 4H9HA 5FHWA 5LA8A 1HHLA 1LSEA 1IR9A 1FN5A 1GBSA 2D6BA 4G4HA 1DXJA 1LHIA 1YIKA 3OJPA 4LYCA 1QTEA 3CT5A 4PRQA 4WLYA 1AT6A 1IP2A 1LMCA 1YKZX 1HF4A 1NHEA 5L3HA 5I4XA 4HTQA 1QQYA 1TBYA 3LHMA 1H6MA 4OOOA 4H8XA 4G4BA 4LYTA 4WG1A 4N1CC 1GFTA 1LMQA 4MR1A 4N1EI 4DDCA 4B4IA 3SP3A 1JITA 1LJFA 1GF7A 1LYSA 1WTMA 4ETDA 5IELA 1LJIA 1NBZC 2HTXA 2Q0MX 2ZYPA 1UIHA 1TAYA 2RSCA 1LSGA 1LSYA 5C6LA 1F10A 1XSFA 2XTHA 4GLVA 1IWTA 1GXV2 2XBSA 4LFXA 4NWHA 4PPOA 5E9RA 2MEIA 2ZNWY 3CT0A 1XGUC 4N9RA 1HFZA 5EBHA 5HLLA 4G4CA 2YSSC 4H9FA 4II8A 1YAMA 1MLCE 1HELA 4N0JA 2ZWBA 1JIYA 5F16A 2WARA 3A95A 5LINA 3CQLA 5FELA 1GBWA 4FDYA 1LHJA 1WQPA 3ULRA 1GF8A 1LMNA 2D4KA 4CFPA 2Z18A 4QY9A 4DD1A 5LA5A 4DDBA 1GFRA 1LZGA 3M18B 1G7MC 2GV0A 3A6BY 4KL7A 2G4QA 4EOFA 5F9XA 2BQGA 4H9CA 4DDAA 4ANRA 1IP3A 1LMAA 1GB5A 4BS7A 2X0AA 3TXJA 1EQ4A 1UBZA 3A3RX 1NF5A 1C45A 1B7NA 1YKYX 3MGWA 3B0IA 5KKIA 3B72A 1JTTL 3WW5A 1JISA 1GB8A 1REMA 5I4WA 1REYA 4NIJA 4J1AA 1XGPC 2FBBA 4LZTA 1GB3A 2Z19A 2BAAA 3TXFA 1LZNA 1IWVA 1B5YA 2Z39A 1BB6A 3EBAB 3TMVA 4WLDA 1D0KA 2I25L 1BWHA 3LZTA 3A6CY 5J7CA 4C5FA 2HEFA 3WW6A 1OUIA 3P4ZA 4H1PA 1BVXA 4N8ZA 5B07A 1LZ8A 2BQAA 1ZV5L 3AYQA 4NHTA 5C6IA 3HBEX 1JHLA 1TCYA 2FBDA 3T36A 4GLAA 1CJ6A 3LN2A 1LZSA 2CWIA 3AZ5A 3W6BA 1RE2A 5D5CA 4TSCA 5II3A 1FLUA 4XJHA 1WVVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2YBJA 3C83A 4ARQB 1OV7A 1GFEA 1JQUA 1ALCA 1OUFA 2F47A 4YX7C 1IWZA 1KIQC 176LA 1OWZA 3T6UA 6LYTA 4WM2A 1KXXA 1LGXA 1QT7A 1GWDA 4IAPA 1LHHA 109LA 1EPYA 2BQMA 2LYMA 1T3PA 1HEPA 2I26L 1WQMA 2DQAA 3LZMA 4XADA 4LYMA 1G7JC 1JWRA 2YVBA 3IJVA 1HEOA 1P3NA 1GD6A 1FDLY 3DN3A 3AB6A 4LT0A 3WPJA 1GF0A 4ZFPA 123LA 1LKRA 186LA 2B6TA 1LLHA 1L87A 5B1FA 4Z3MA 1L25A 1LTMA 1D6QA 4WM5A 3HTFA 4YOPA 1LYZA 3GUOA 1AZFA 218LA 1CU3A 4I8SA 139LA 1L02A 3W3EA 2ZIKA 4KXIA 4EKQA 1UC0A 3SN6R 165LA 4TWSA 4BADA 4ETAA 1C46A 1CJ7A 1L83A 1FLYA 1L94A 5LYZA 4ZEEA 1L74A 192LA 1LSPA 4OWHA 5A3EA 1YAPA 1P37A 4YXAC 6LZMA 4WM3A 5LVGA 1LJKA 1GF4A 1P2RA 1BHZA 1BGIA 1QTZA 3A8ZA 1GF9A 3GXRA 1BWIA 3EO5A 4NGLA 1HSXA 1I20A 2C8OA 1LSAA 3IWRA 4WO6A 1D2WA 1B9OA 4W94A 3L64A 4DD0A 1VDTA 190LA 3D9AC 1L41A 1UIFA 2QB0B 1G7IC 1L16A 4EJ4A 172LA 1ZVYB 194LA 1WQRA 1C6CA 1GBYA 2MEHA 1QUSA 3C80A 4I7OA 1C7PA 3DN8A 1OVJA 5DLAA 4GCDA 1YAQA 1L31A 5I53A 4EMNA 1LYOA 3W6AA 1BB3A 231LA 3UONA 2F30A 4I7TA 4DQ7A 1LSFA 1IX0A 3EMSA 4H8YA 152LA 5B1GA 1G0KA 1GE1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2YBJ A;  1CNS A;  4H9A A;  1REZ A;  1YAN A;  3F6Z A;  1GDX A;  1CKH A;  1GBO A;  1B7R A;  5KXT A;  1RFP A;  207L A;  132L A;  1GB6 A;  3N9C A;  4NHS A;  2F4A A;  1GFE A;  1UIC A;  1JJ0 A;  1J1O Y;  4I0C A;  1B5V A;  4HP0 A;  3QY4 A;  4MCK A;  4M6D A;  1GB9 A;  5KXK A;  4YEO A;  4NSI A;  1OUC A;  5LVK A;  5LYM A;  1ALC A;  1XEK A;  4Z41 A;  1OUF A;  5HMV A;  4G9S A;  1YL0 X;  1GB0 A;  1IWZ A;  4UWN A;  1VAT A;  3W6D A;  5LVH A;  1KIQ C;  3T6U A;  208L A;  6LYT A;  1GF5 A;  4TUN A;  4WM2 A;  1KXX A;  3LYZ A;  3QNG A;  1GWD A;  2BLY A;  1IP4 A;  1LHH A;  2BQM A;  2F4G A;  5KXL A;  1LZ1 A;  2LYM A;  1T3P A;  3A3Q A;  1EL1 A;  1HEP A;  4DWX A;  4H94 A;  2I26 L;  1LKS A;  5LXW A;  5APC A;  2FYC A;  2B5Z A;  1VAU A;  1WQM A;  2LYZ A;  5JEN B;  2BQN A;  1B5Z A;  2DQA A;  4ET9 A;  4NGZ A;  2AUB A;  4XAD A;  4LYM A;  2F2N A;  1IOC A;  5ILC A;  1G7L C;  1G7J C;  1JWR A;  1OUJ A;  2YVB A;  3CB7 A;  1B7Q A;  4H93 A;  1GE4 A;  3IJV A;  1GBZ A;  2BQH A;  1LSC A;  1IOT A;  5B05 A;  1LAA A;  2XBR A;  1HEO A; 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 2RSC A;  1LSG A;  1LSY A;  5C6L A;  1F10 A;  1XSF A;  2XTH A;  4GLV A;  1IWT A;  1GXV 2;  2XBS A;  4LFX A;  4NWH A;  4PPO A;  5E9R A;  2MEI A;  2ZNW Y;  3CT0 A;  1XGU C;  4N9R A;  1HFZ A;  5EBH A;  5HLL A;  4G4C A;  2YSS C;  4H9F A;  4II8 A;  1YAM A;  1MLC E;  1HEL A;  4N0J A;  2ZWB A;  1JIY A;  5F16 A;  2WAR A;  3A95 A;  5LIN A;  3CQL A;  5FEL A;  1GBW A;  4FDY A;  1LHJ A;  1WQP A;  3ULR A;  1GF8 A;  1LMN A;  2D4K A;  4CFP A;  2Z18 A;  4QY9 A;  4DD1 A;  5LA5 A;  4DDB A;  1GFR A;  1LZG A;  3M18 B;  1G7M C;  2GV0 A;  3A6B Y;  4KL7 A;  2G4Q A;  4EOF A;  5F9X A;  2BQG A;  4H9C A;  4DDA A;  4ANR A;  1IP3 A;  1LMA A;  1GB5 A;  4BS7 A;  2X0A A;  3TXJ A;  1EQ4 A;  1UBZ A;  3A3R X;  1NF5 A;  1C45 A;  1B7N A;  1YKY X;  3MGW A;  3B0I A;  5KKI A;  3B72 A;  1JTT L;  3WW5 A;  1JIS A;  1GB8 A;  1REM A;  5I4W A;  1REY A;  4NIJ A;  4J1A A;  1XGP C;  2FBB A;  4LZT A;  1GB3 A;  2Z19 A;  2BAA A;  3TXF A;  1LZN A;  1IWV A;  1B5Y A;  2Z39 A;  1BB6 A;  3EBA B;  3TMV A;  4WLD A;  1D0K A;  2I25 L;  1BWH A;  3LZT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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