1GFJA

Crystal structure of mutant human lysozyme substituted at the surface positions
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGADNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title Positive contribution of hydration structure on the surface of human lysozyme to the conformational stability.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 51
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1gfjA00
1UACY 4KPMA 1C46A 4NSIA 1A2YC 5KXPA 4LYBA 5LVJA 1EL1A 2D91A 3LYOA 4GLAA 3A6CY 2Y8PA 2YBNA 1C45A 4N1EI 3LZTA 1UIHA 5F9XA 2F2NA 1F6RA 1P2CC 3WUMA 1QDTA 1H6MA 3GXKA 1YKXX 2IHLA 4X3BA 3B0KA 1B5UA 1YAMA 4G4BA 5LXWA 1IWTA 1I20A 1IR7A 4QDNA 1J1OY 3A92A 1A4VA 1GFGA 1HENA 1INUA 3ATNA 1NMMA 3LYZA 3D9AC 4BAPA 3AGGG 3QY4A 1GF6A 2DQFC 4ZIXA 5LAFA 1NDMC 4C5FA 1LSPA 4LYMA 2BQKA 3AZ5A 1HEOA 3P64A 1BB7A 1GFAA 2XTHA 1WQOA 1IP3A 5F81A 5KXLA 5LA5A 2MEDA 1LSBA 1G7IC 3ATOA 3HFMY 5LYZA 3ZEKA 5HQ1A 1LMCA 4BS7A 3LYTA 4NGJA 4YOPA 3RZ4A 1B2KA 1OQMA 1FLUA 2HEDA 2W1YA 4D9ZA 5KY1A 3WVYA 5B1FA 2Z19A 2PC2A 2Q0MX 1DQJC 4E3UA 4NFVA 4GCFA 4W94A 3G3AB 4L41A 4DD2A 4CFOA 4ZFPA 2I6ZA 1IIZA 1GFVA 2D4KA 4GCDA 3W6DA 1CKFA 4H93A 4B4IA 1OUIA 4LZTA 3WPLA 4H9CA 1DKJA 1HFYA 2B5ZA 1LYSA 1JJ0A 1KXWA 1IVMA 2W1XA 4HSFA 4OWHA 1GBYA 5FDJA 5F14A 3B6LA 1FKQA 2G4QA 1VDPA 3CSQA 1XEIA 3WXUA 1HSXA 5LYMA 1LOZA 3WPJA 1LHIA 4II8A 5LVIA 3TXGA 4N5RA 2HEAA 4DD0A 2H9JA 1CJ6A 1LJJA 1HF4A 1LMOA 4J1AA 2H9KA 1D0KA 5KJ9A 3W6EA 1C10A 1YILA 4H9BA 4UWUA 3TXEA 1HFZA 4LYCA 4WL7A 3RW8A 5KXRA 1LTMA 2DQAA 2XBRA 1HEPA 5C6IA 3IWRA 1XGTC 1GF4A 1LMNA 135LA 3BKHA 4DD9A 1WVVA 1REXA 4WO9A 4LFPA 5IDDA 1LZ1A 4NHSA 1F0WA 2HU3A 5KXWA 1T6VL 4NHPA 4TSCA 1KXXA 1C08C 1JWRA 1GFRA 2ZWBA 1OUJA 1CJ7A 4UWVA 1FLQA 1HEWA 5B1GA 3WU9A 5KXYA 3AYQA 4PHIA 3WVXA 1IP7A 1IWXA 1LZTA 1BB3A 4YENA 4B4JA 3AGHA 1RE2A 3HBHA 2ZYCA 3J6KA 4B4EA 4O34A 1RFPA 5HMVA 1XGQC 8LYZA 4KXIA 3TXKA 1UBZA 1IP1A 4HV2A 3A96A 2HEEA 4G4CA 4TTDA 4EOFA 3LHMA 1B5VA 1DXJA 4G9SA 3QNGA 1LSDA 1IR9A 1LPIA 1LSZA 1LMQA 5LVHA 5KXSA 1VDQA 4J1BA 3A93A 1QTEA 5L3HA 1NBZC 2A7FA 2BQFA 1AM7A 1IOCA 1OUHA 1JPOA 3WW6A 132LA 1BVKC 4WLXA 1HEQA 4GLVA 3N9CA 1XEKA 4MR1A 4XJBA 1JTTL 1MLCE 1GFJA 3P66A 4DWXA 2DQIY 1GD6A 1WTNA 4HTQA 1DI5A 4J0LA 5A3ZA 1IP6A 2LYMA 1G7HC 1IEEA 1AKIA 134LA 1LSAA 4H1PA 4HP0A 1F10A 3BKVA 1GXXA 2G4NA 1GB9A 4R0FA 4UWNA 1W6ZA 4Z46A 5C6JA 4WM6A 3EMSA 4YF2A 5D5FA 1LSNA 2F4AA 1XFPL 3T6UA 5DL9A 3A91A 1NF5A 4NHIA 1GFKA 2Z37A 4TSBA 4XJIA 1LHLA 4RLNA 1IY4A 1IOTA 4WM1A 5DN4A 1KIQC 1LJKA 1AZFA 1BHZA 1C7PA 2NWDX 4H91A 3P4ZA 3E3DA 2C8OA 1ZMYL 3KAMA 5DLAA 2HUBA 5B59A 4H8YA 1BWJA 5LINA 3WMKA 4WOAA 4QY9A 1HNLA 1FLWA 3AW7A 1JJ1A 1JSEA 1IWYA 1GF5A 1HEMA 1LMAA 1RCMA 4NGVA 1DI3A 1EQEA 4N0JA 2BQAA 1GF8A 3WL2A 3EXDA 1LSCA 1GWDA 1UIGA 1IWVA 1GDXA 2FYCA 1B7QA 3P68A 4GN3A 4NHQA 5J7CA 2D4JA 1GHLA 2W1LA 3M3UA 5KXTA 4NGIA 1VFBC 4LGKA 1DPXA 3AGIA 3FE0A 4KT3A 5FCPA 1LZYA 2Z2FA 2YBJA 5KXMA 3M18B 1I1ZA 2H5ZA 3A94A 4NSJA 1EQ4A 1GBZA 4NSGA 1B5WA 4OOOA 1GBXA 4GCCA 1F6SA 2MEGA 1D6QA 2WARA 4ANRA 2G4PA 1LCNA 1B7RA 4BAFA 4M4OA 1LSEA 1B7PA 4XADA 3A67Y 1NKHA 1UCOA 4NWEA 1HHLA 4AGAA 4H9EA 4P2EA 4H8XA 4XJFA 1YANA 2YBIA 5KXNA 1FN5A 1JHLA 1BQLY 3P65A 1LJNA 5APCA 4CHXA 2MEAA 5C6LA 2YSSC 1IO5A 3WU8A 5HLLA 1UC0A 3AW6A 4NGYA 3N9EA 5F9UA 5I4YA 1QSAA 3AZ4A 4KL7A 4LT3A 4FDYA 2DQJY 3QE8A 2ZQ4A 5KXKA 1GB3A 1JUGA 1DI4A 1G7MC 3CSRA 1CJ9A 1LSGA 4LYTA 1CKDA 1BB4A 1J1PY 1GE4A 1D9UA 2HEFA 1TEWA 2EIZC 4QGZA 1YL1X 4XYYA 4ETEA 4J7VA 1AT6A 2MEFA 3AZ6A 1V7SA 1UICA 2BQGA 1GDWA 5I4WA 1GE2A 4I0CA 4HV1A 1EQ5A 5EBHA 4NGZA 1HELA 4NG8A 1LHJA 1JEFA 4LFXA 3RT5X 4DDAA 1UIDA 4OWEA 5ILFA 1GAYA 1ZVYB 4NGLA 2MEEA 2LZTA 2GV0A 4NEBA 3AZ7A 4WM3A 5APEA 4DD7A 5A3EA 2Z39A 1B5YA 2BAAA 1GEZA 5LYTA 1H87A 1HMLA 1J1XY 5DN5A 1DKKA 2F4GA 1LYOA 1VDTA 1KXYA 5IELA 4IASA 1G7LC 2LZ2A 1LJIA 4DYGA 5KKJA 2BQOA 5KXOA 1HERA 1LZ4A 4QEQA 1IP5A 5LAGA 1NQIA 2W1MA 2F30A 1PS5A 4HTNA 5JENB 1OUBA 4H9HA 4HJZA 4WG7A 194LA 1SQ2L 6LYZA 3WUAA 1JKBA 4Z3MA 1LZNA 3F6ZA 1D6PA 3GXRA 4ET8A 4I8SA 1IC4Y 1YAPA 1GBSA 1GB8A 1REMA 1B7MA 1IP4A 4IATA 4DC4A 4N1CC 3WH1A 3LYMA 1YKZX 2BQLA 4CFPA 4YEMA 2MEBA 4OOTA 1OUAA 3CT1A 5E4PA 1XEJA 4DDBA 1ALCA 5AMYA 1LJHA 2LHMA 4ETDA 1I56A 2FYDA 4WO6A 5I4XA 1YROA 4NG1A 3CT5A 1UUZC 2BPUA 1LJEA 1CKCA 1AT5A 1BGIA 1LZ9A 2YDGA 3CB7A 5APFA 2DQHY 1QSWA 4MCKA 1W08A 4ML7A 1LZEA 1NDGC 1UIEA 5ILCA 1WQRA 4XN6A 3TXJA 1OUGA 5KXXA 2BQDA 4NIJA 1B5ZA 1GAZA 1WQQA 3CQLA 1IC7Y 2AUBA 5E9RA 4AXTA 1LKSA 4H9AA 1OP9B 1XSFA 3A6BY 2YVBA 5II3A 1CKHA 4PRQA 1V7TA 1IX0A 1CKGA 1OUDA 1UIBA 4HJVA 1IC5Y 2BQMA 3TXIA 4ETAA 1YAOA 2HU1A 5D5CA 3B0OA 1T3PA 3MGWA 1HC0A 1UIAA 4N9RA 1LJGA 5HNCA 1UIFA 4XJHA 4Z98A 2DKVA 1JKAA 1CJ8A 4LT0A 4NWHA 1LZSA 4NGKA 1WVUA 2CWIA 2X0AA 4GCBA 1JITA 3RNXA 1IR8A 133LA 1HFXA 2EPEA 3B0IA 4R6CA 1JTOL 1LSYA 1IY3A 5F16A 1IOQA 1YL0X 4TUNA 3WYHA 3TMVA 5LIOA 1JSFA 2N5ZA 1QIOA 3OK0A 4B49A 3WUNA 1GFTA 1QUTA 1D0MA 1B7LA 3A95A 1E8LA 1FLYA 1KIRC 3WXTA 2BLYA 4OWCA 1LJ3A 1VAUA 4LT2A 4W96A 1REZA 3A34A 3TXHA 3WW5A 4CGEA 6LYTA 4MSTA 4M6DA 2IFFY 1JJ3A 2ZIJA 3N9AA 3IJVA 1GF3A 7LYZA 1GFEA 1QDRA 4GN5C 3WU7A 1GF9A 1GEVA 1LAAA 5KXZA 1IORA 4ETBA 2EKSC 1B5XA 1FBIX 3CT0A 5DM9A 3LZ2A 4ETCA 4LYZA 1B9OA 4TX7A 4DD3A 4Z41A 2EQLA 1WTMA 1PZYA 1LSMA 4WLTA 4DT3A 1QUSA 4XJDA 1DZBX 1REYA 1D0LA 4EMNA 1TBYA 1IWWA 1LMPA 5L3IA 4H94A 4CJ2A 4H9FA 1GPQC 4NGOA 3A3RX 4N8ZA 3T36A 1LZ6A 4WL6A 3W6BA 2Z12A 5I53A 3TMWA 4DD1A 4DDCA 1LHMA 2LYZA 4NHTA 1N4FA 1CNSA 4OWBA 1B0DA 4OW1A 1Z55A 4XENA 3W3EA 1O23A 4H92A 1LZ8A 4NY5A 1BWHA 3A3QA 4WM4A 153LA 1GF0A 2BQIA 2BQNA 4ET9A 4HPIA 2BLXA 1ZV5L 2C8PA 5I5QA 4A7DA 4C3WA 1JKDA 1LYYA 207LA 2BQBA 4H8ZA 2HEBA 3W6AA 3J4GA 1C43A 4GCEA 3OJPA 1LZAA 1SLYA 1RI8B 4RDSA 1LZ5A 1LYZA 2FBDA 3B72A 4H90A 1LKRA 1YKYX 4FJRA 2ZIKA 1HSWA 1XGPC 5FHWA 1B7NA 1B7OA 1JTPL 2XBSA 4OWAA 4WG1A 4YEOA 4BADA 3IJUA 5APDA 3FI7A 3WULA 2DQEY 5B06A 2MEHA 2BQJA 5FEKA 4B0DA 2ZNWY 1WQNA 1QTKA 2CDSA 2LYOA 4LT1A 2ZILA 2DQGY 1GFUA 1TAYA 1KIPC 1GB2A 1GB5A 4H9IA 1ZVHL 5HNLA 5B05A 2YBLA 2ZQ3A 1LMTA 1GB0A 1JISA 1B7SA 4TWSA 193LA 4PRUA 4WM2A 1GB7A 2VB1A 3WPKA 4RW1A 1NWGA 4YM8A 5B07A 3ULRA 154LA 1YIKA 3CSZA 2I25L 3G3BB 1YAQA 1NHEA 1WQPA 3K3TA 2BQCA 4RLMA 4B1AA 1OUEA 4U3XB 3W6FA 2ZNXY 1XGRC 2ZYPA 5IHGA 1IWZA 1GE0A 3D3DA 1QQYA 4WLYA 4WLDA 1GE1A 1GF7A 2CJLA 4LYOA 4NSHA 4PGJB 5M1YA 1TCYA 1LJFA 2DBTA 2A7DA 4RW2A 1YQVY 4GN4A 3TXDA 2YBHA 4IJ4A 4HTKA 3ZVQB 4G49A 3TMXA 1LHKA 1VATA 1OUCA 5L9JA 3TXFA 1WQMA 1GXV2 2Z18A 5FELA 2D4IA 1IP2A 2YBMA 1JIYA 1GBOA 3EO5A 3AJNA 1LZBA 3HBEX 1VEDA 5T3FA 1IOSA 1VDSA 2CGIA 2Z2EA 5LVGA 2DQDY 5HMJA 1GFHA 4PJ2C 5I54A 1DPWA 1LZRA 4ZEEA 4WMGA 5LVKA 1NBYC 3SP3A 3ZVQA 3AB6A 1FDLY 3A90A 2BQHA 4HJYA 1LSFA 2HECA 2DQCY 5FSTA 1XGUC 1FKVA 2BQEA 2FBBA 2Z38A 1BWIA 4G4HA 4HPEA 4XJGA 1LZCA 2D6BA 1LZGA 1UA6Y 1GE3A 1MELL 2RSCA 4NGWA 1LZDA 2HTXA 1BB6A 1TDYA 3W6CA 9LYZA 2MEIA 2I26L 4WM5A 3TXBA 2MECA 5K7OA 3TMUA 1OUFA 1HMKA 1BVXA 3A8ZA 3VWOA 1JKCA 5LA8A 1LJ4A 1G7JC 1LHHA 3HBDA 3EBAB 1GBWA 4PPOA 1GB6A 2XJWA 1RJCB 3LN2A 1IWUA 1BB5A 3RU5A 208LA 5KKIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C46A 1A2YC 5KXPA 4XJFA 4N1EI 2YBNA 3LZTA 1G1WA 1L38A 5F9XA 196LA 157LA 249LA 3F8VA 3B0KA 1YAMA 259LA 2RH1A 1J1OY 3A92A 1A4VA 1GFGA 3ATNA 3LYZA 3D9AC 3V2YA 4ZIXA 5LAFA 1LSPA 1GFAA 5KXLA 1L35A 2MEDA 3ZEKA 1L63A 4YXCA 4BS7A 1DYCA 1QTCA 1OQMA 221LA 5KY1A 1L0JA 2Z19A 1ZYTA 2Q0MX 125LA 3G3AB 4GCDA 2D4KA 173LA 1OUIA 4LZTA 3HH5A 240LA 1LYSA 1JJ0A 243LA 118LA 4OWHA 5FDJA 2B6TA 3B6LA 5F14A 1FKQA 3HT6A 3WXUA 2OE9X 1HSXA 5LYMA 1CU0A 1CJ6A 1G0MA 1XEPA 3ODUA 1LYEA 2H9KA 5KJ9A 4I7JA 1JTMA 4H9BA 4UWUA 3FADA 4WL7A 1XGTC 1KNIA 4WO9A 3V2WA 4NHSA 1F0WA 2HU3A 4TSCA 1C08C 1JWRA 1GFRA 109LA 1CJ7A 1FLQA 5B1GA 3WU9A 4ARLA 1IP7A 1LZTA 1BB3A 4YENA 1RE2A 3GULA 1JTNA 2ZYCA 1UBZA 3HWLA 4G9SA 1IR9A 1LMQA 1LYIA 1C6MA 3A93A 4W59A 1L83A 1IOCA 4XJBA 1L92A 1MLCE 3PBLA 1QUOA 1G7HC 1IEEA 1AKIA 134LA 4HP0A 3BKVA 2G4NA 4R0FA 4YF2A 1C61A 1LSNA 1L20A 1NF5A 4XJIA 2Z37A 1C6HA 1L61A 1KIQC 2RBNA 120LA 2C8OA 3KAMA 4H8YA 4QY9A 1HNLA 1G0LA 1IWYA 1GF5A 1RCMA 4NGVA 1L10A 3WL2A 1B7QA 5J7CA 2D4JA 4EKRA 4W52A 5KXTA 3HT9A 3AGIA 4KT3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1UAC Y;  4KPM A;  1C46 A;  4NSI A;  1A2Y C;  5KXP A;  4LYB A;  5LVJ A;  1EL1 A;  2D91 A;  3LYO A;  4GLA A;  3A6C Y;  2Y8P A;  2YBN A;  1C45 A;  4N1E I;  3LZT A;  1UIH A;  5F9X A;  2F2N A;  1F6R A;  1P2C C;  3WUM A;  1QDT A;  1H6M A;  3GXK A;  1YKX X;  2IHL A;  4X3B A;  3B0K A;  1B5U A;  1YAM A;  4G4B A;  5LXW A;  1IWT A;  1I20 A;  1IR7 A;  4QDN A;  1J1O Y;  3A92 A;  1A4V A;  1GFG A;  1HEN A;  1INU A;  3ATN A;  1NMM A;  3LYZ A;  3D9A C;  4BAP A;  3AGG G;  3QY4 A;  1GF6 A;  2DQF C;  4ZIX A;  5LAF A;  1NDM C;  4C5F A;  1LSP A;  4LYM A;  2BQK A;  3AZ5 A;  1HEO A;  3P64 A;  1BB7 A;  1GFA A;  2XTH A;  1WQO A;  1IP3 A;  5F81 A;  5KXL A;  5LA5 A;  2MED A;  1LSB A;  1G7I C;  3ATO A;  3HFM Y;  5LYZ A;  3ZEK A;  5HQ1 A;  1LMC A;  4BS7 A;  3LYT A;  4NGJ A;  4YOP A;  3RZ4 A;  1B2K A;  1OQM A;  1FLU A;  2HED A;  2W1Y A;  4D9Z A;  5KY1 A;  3WVY A;  5B1F A;  2Z19 A;  2PC2 A;  2Q0M X;  1DQJ C;  4E3U A;  4NFV A;  4GCF A;  4W94 A;  3G3A B;  4L41 A;  4DD2 A;  4CFO A;  4ZFP A;  2I6Z A;  1IIZ A;  1GFV A;  2D4K A; 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 5B07 A;  3ULR A;  154L A;  1YIK A;  3CSZ A;  2I25 L;  3G3B B;  1YAQ A;  1NHE A;  1WQP A;  3K3T A;  2BQC A;  4RLM A;  4B1A A;  1OUE A;  4U3X B;  3W6F A;  2ZNX Y;  1XGR C;  2ZYP A;  5IHG A;  1IWZ A;  1GE0 A;  3D3D A;  1QQY A;  4WLY A;  4WLD A;  1GE1 A;  1GF7 A;  2CJL A;  4LYO A;  4NSH A;  4PGJ B;  5M1Y A;  1TCY A;  1LJF A;  2DBT A;  2A7D A;  4RW2 A;  1YQV Y;  4GN4 A;  3TXD A;  2YBH A;  4IJ4 A;  4HTK A;  3ZVQ B;  4G49 A;  3TMX A;  1LHK A;  1VAT A;  1OUC A;  5L9J A;  3TXF A;  1WQM A;  1GXV 2;  2Z18 A;  5FEL A;  2D4I A;  1IP2 A;  2YBM A;  1JIY A;  1GBO A;  3EO5 A;  3AJN A;  1LZB A;  3HBE X;  1VED A;  5T3F A;  1IOS A;  1VDS A;  2CGI A;  2Z2E A;  5LVG A;  2DQD Y;  5HMJ A;  1GFH A;  4PJ2 C;  5I54 A;  1DPW A;  1LZR A;  4ZEE A;  4WMG A;  5LVK A;  1NBY C;  3SP3 A;  3ZVQ A;  3AB6 A;  1FDL Y;  3A90 A;  2BQH A;  4HJY A;  1LSF A;  2HEC A;  2DQC Y;  5FST A;  1XGU C;  1FKV A;  2BQE A;  2FBB A;  2Z38 A;  1BWI A;  4G4H A;  4HPE A;  4XJG A;  1LZC A;  2D6B A;  1LZG A;  1UA6 Y;  1GE3 A;  1MEL L;  2RSC A;  4NGW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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