4GLAA

Obody nl8 bound to hen egg-white lysozyme
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/de novo protein
molecule keywords Lysozyme C
publication title Tracking Molecular Recognition at the Atomic Level with a New Protein Scaffold Based on the OB-Fold.
pubmed doi rcsb
source organism Pyrobaculum aerophilum
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-08-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4glaA00
3TXGA 3K3TA 2BLYA 4NGIA 1LMQA 4WM1A 5FSTA 1A4VA 5C6IA 1LMNA 1WVVA 3WXTA 3WU8A 4WL6A 4WM3A 3BKHA 4TUNA 3G3BB 3CSZA 4N1EI 4XADA 1VDQA 4HJYA 4H9AA 1QSWA 1DZBX 1LSGA 1NWGA 3EMSA 5HQ1A 3N9CA 5KXOA 5F81A 2MEDA 5HMVA 2HEDA 1LJ4A 4H1PA 7LYZA 2DBTA 3B0KA 1REMA 4LYOA 3M18B 2LYMA 3OJPA 1H87A 8LYZA 1LHLA 4H9CA 1QUTA 4RLMA 4NSGA 4H93A 1GFAA 2BQNA 2DQFC 1A2YC 1FBIX 1GFRA 5KXWA 1AKIA 1YAMA 4H90A 5APEA 1NMMA 3B6LA 1GFHA 1XGQC 1NF5A 4KXIA 2MECA 3J4GA 1RE2A 4HJZA 4WLYA 3RT5X 3WL2A 1GXXA 4GCBA 1IC7Y 2Z37A 3A6CY 1JIYA 3WVXA 5II3A 1E8LA 1JPOA 1NBZC 1SQ2L 3LYTA 2BQGA 1IVMA 1HELA 1OP9B 1CJ8A 4H9IA 2BQMA 4TSBA 1QSAA 4XENA 135LA 1YROA 1YANA 3ATNA 1LSFA 1HEQA 2I26L 6LYTA 1HENA 1GB5A 4LYZA 1LSPA 1XEJA 1VAUA 4IJ4A 132LA 2ZILA 1AM7A 4BS7A 1OUAA 5KKIA 3HBHA 1GB6A 1QQYA 6LYZA 1LZCA 1GF5A 4XJFA 4G4CA 1CKHA 4YEMA 2I6ZA 4YOPA 1VDPA 1J1OY 1G7MC 1GF8A 1GFGA 1UIEA 2D6BA 5LA5A 1RI8B 1LHMA 5LYTA 3LHMA 3ATOA 2ZYCA 4GLVA 1TAYA 1C10A 1MLCE 3B0IA 1GF4A 4XJGA 5LVJA 1HC0A 4EMNA 4XJIA 1B7PA 5HNLA 4NG8A 1GFUA 4DC4A 1D6PA 1JKDA 1TCYA 5DL9A 4B4EA 1LJHA 4E3UA 1FDLY 1WQOA 1LZ6A 4WMGA 2CGIA 4CJ2A 1NQIA 2YBJA 1QUSA 4HP0A 1FKQA 1VATA 1KIQC 1C7PA 5DM9A 5KXSA 2XBSA 1IR8A 5FELA 2LYZA 4LT2A 5HNCA 1LJEA 4IASA 4J7VA 3QE8A 4A7DA 3A3QA 5I4WA 5LYMA 1JWRA 1B5WA 3CSRA 1CKFA 1W6ZA 1LSYA 2BQJA 4NGVA 1LZ8A 1LSZA 1ZMYL 1IY3A 2HEEA 5A3EA 5I4YA 1IWUA 1LZBA 2G4PA 1VDTA 5LYZA 1LCNA 4U3XB 1JJ0A 3GXRA 1IP5A 4W96A 1KXXA 1WTMA 3AGGG 4N8ZA 3E3DA 2EPEA 2BQFA 3T36A 1GEVA 1IWWA 1ZVHL 4XJHA 5JENB 5FCPA 4UWVA 3HBEX 1YKYX 4LT1A 4CFOA 3AJNA 1REXA 1CJ7A 1YIKA 4PPOA 2A7DA 2BQIA 1G7LC 2ZNXY 5APDA 5ILFA 1IR7A 1UC0A 4G9SA 4NWHA 5C6LA 1IP4A 3IJUA 4GCFA 4HJVA 1JISA 5LXWA 4CFPA 2MEFA 1GE2A 1JITA 3A91A 1B2KA 1GB7A 1HFZA 2NWDX 3CQLA 4NGKA 1GAZA 1RJCB 1CJ6A 1G7IC 3CT5A 4LZTA 1LZ9A 1IR9A 1B7LA 4ETBA 5B05A 3AYQA 4DDCA 4Z46A 2BQBA 4G4HA 4H9FA 4PGJB 2Q0MX 2MEHA 3IJVA 4TSCA 4XJDA 4I8SA 4DD7A 4GN4A 193LA 1IP3A 1AZFA 4HPEA 1LMCA 1GBYA 5DN4A 4NGJA 1JHLA 5HLLA 1GD6A 1BB7A 1OUBA 2CJLA 4H94A 4NSIA 1GFJA 4ZEEA 3WUMA 5L9JA 1UBZA 2Z39A 3EXDA 1VFBC 1KXWA 4LYCA 3AGHA 2YBNA 1LSEA 2I25L 4B49A 2DQIY 3QY4A 4OOOA 2BLXA 1LYSA 3P64A 4YENA 2DQEY 1HEOA 1GFVA 2BQKA 1B7MA 2X0AA 1OQMA 1UIFA 2XJWA 1LZ4A 2F30A 1XFPL 4KL7A 4FJRA 4MCKA 3P4ZA 4OWCA 134LA 4WG1A 1JTOL 1WQRA 2H9JA 3A6BY 1LMPA 2W1MA 1BB4A 1GBSA 1GFTA 1XEKA 4D9ZA 1LAAA 1GXV2 4R6CA 1LSAA 4XJBA 1B7OA 1JUGA 1V7SA 1IWTA 4WO9A 4W94A 154LA 2HU3A 3LN2A 1B7QA 1XGPC 1LSMA 2Z12A 1GDXA 5KY1A 5LIOA 4WM6A 4DD3A 1FLWA 1LJFA 2C8OA 4HSFA 4WM5A 5I53A 1BHZA 1F6SA 2BQLA 3AZ5A 3HBDA 4DD1A 5M1YA 5FDJA 4OOTA 2ZQ4A 5B07A 1LJIA 2CWIA 3A67Y 133LA 1LZAA 4HV2A 5LVKA 1CKCA 1WQMA 2FYDA 4NWEA 4NG1A 9LYZA 1LHIA 5IDDA 1LMAA 3A94A 1DKJA 4HTNA 4XN6A 1QTEA 3TXEA 5APFA 1NHEA 5APCA 4CHXA 1IWVA 4HTQA 1T3PA 1UIGA 4QY9A 194LA 1CJ9A 5B1GA 1V7TA 4H8ZA 4TWSA 1LPIA 4RW2A 2MEIA 1N4FA 1UIDA 5KXLA 5IHGA 1UICA 2MEBA 5I4XA 4WO6A 2Z2EA 4NHPA 4GN5C 1GDWA 1ALCA 1YILA 2D91A 1XGTC 1YL1X 1BVXA 1IP6A 3G3AB 5B1FA 1YKXX 1J1PY 1B5YA 1GE0A 1WQQA 1GPQC 4OWAA 5DLAA 1JJ1A 2XTHA 4GCDA 4II8A 1NKHA 4J1BA 1AT6A 3WULA 2DKVA 1XGUC 2VB1A 2W1XA 1UIHA 3B72A 1DPXA 5E4PA 3TMUA 1PS5A 3D3DA 4GN3A 1DI3A 2A7FA 2BQHA 1WTNA 1QIOA 4NFVA 1OUHA 4NGYA 4OW1A 1UA6Y 1IOTA 1JTPL 1PZYA 1YAQA 3F6ZA 4MSTA 3WVYA 1HNLA 2Z2FA 207LA 5A3ZA 4C3WA 2D4IA 4J1AA 1WQPA 2WARA 1G7JC 4PRUA 3W6CA 1BWHA 1GF6A 3WXUA 1LYOA 2HEFA 1UUZC 1B5UA 4WL7A 5B06A 1EQ5A 4OWEA 4EOFA 3P66A 4H9HA 2DQGY 2EIZC 2ZIJA 3A96A 2C8PA 5KXYA 4L41A 1IEEA 4HV1A 5LAFA 1GB2A 4H9BA 4NGOA 3TXKA 4M4OA 4LGKA 1GBXA 5ILCA 3W6DA 1D0MA 1D0LA 1GAYA 1JKBA 1GB0A 4NEBA 4Z98A 3ULRA 4NHQA 4WM4A 1LJJA 1B5XA 4X3BA 2DQDY 4FDYA 1XEIA 2HTXA 1CNSA 3WU9A 1DKKA 4TX7A 3ZEKA 3AZ6A 1LTMA 1REYA 1W08A 4I0CA 4YEOA 5F9UA 1GF9A 3CSQA 2HUBA 5F16A 4ZFPA 1LJ3A 1FKVA 1B5ZA 5KXRA 4BAPA 1HMLA 1LOZA 1HFXA 1LSDA 4MR1A 1NBYC 4O34A 1IORA 2IFFY 3ZVQA 3T6UA 4LT3A 5KXKA 4LYMA 2LZTA 5LVHA 1GF3A 1OUDA 4WG7A 3RW8A 1HF4A 4H9EA 4LT0A 1OUCA 4RLNA 3AW7A 1DQJC 4CGEA 1LJKA 3WW5A 1ZV5L 1J1XY 5D5CA 3WPLA 1B5VA 4H8XA 2DQHY 3AZ4A 1JSEA 1CKDA 4N0JA 4R0FA 2YVBA 4DD0A 3P68A 1INUA 1OUJA 4B1AA 4ETAA 1YAOA 1BWJA 1HEWA 1UCOA 4NHTA 4PJ2C 4B4IA 1LJNA 1FLQA 5LVGA 1VEDA 3P65A 2LZ2A 1LZ1A 3EO5A 1TBYA 1OUIA 5F9XA 5D5FA 2FYCA 1MELL 2B5ZA 4H92A 4DD2A 2HECA 1HEMA 3MGWA 2BQAA 1IP7A 1KIRC 1LKRA 1UACY 1F6RA 3B0OA 5B59A 2IHLA 208LA 1IIZA 1QDTA 1UIBA 1D0KA 2EKSC 3D9AC 1GFEA 1F0WA 1JJ3A 1GBZA 4N1CC 1NDMC 1SLYA 3A3RX 1FLYA 3FI7A 3WYHA 4DYGA 4ETCA 4Z41A 3TXHA 1I56A 1LZSA 2G4NA 2ZNWY 2ZYPA 1F10A 2YBHA 1D9UA 2N5ZA 3W6BA 5T3FA 1LHJA 1IO5A 1LZRA 4H91A 1YKZX 2FBBA 3LZ2A 1GFKA 4NIJA 4H8YA 4WLTA 5DN5A 4PRQA 4GLAA 1IWYA 1HMKA 1REZA 2EQLA 4QGZA 4DT3A 1LSCA 1AT5A 1C08C 1GB9A 4UWUA 5I54A 1JKAA 4NGZA 3TMXA 1LYZA 1BB3A 2H9KA 3LYMA 4RDSA 3M3UA 3TXDA 1LJGA 1IP1A 1JEFA 1HERA 1HSWA 1EQEA 4UWNA 3GXKA 3IWRA 3TXIA 1C43A 3SP3A 1FN5A 2F4GA 4M6DA 1GF7A 1GE3A 4PHIA 4NGWA 2YBIA 3N9EA 2W1YA 3A8ZA 4LYBA 3EBAB 3A34A 5LAGA 1LMOA 5EBHA 5FHWA 4DD9A 1BGIA 4G4BA 3VWOA 2LYOA 2GV0A 153LA 1RCMA 1GBWA 1B0DA 1JSFA 1GB3A 2FBDA 3A90A 3AW6A 4AXTA 3QNGA 4ETDA 4G49A 3RNXA 1QTKA 1H6MA 3ZVQB 1DXJA 2F2NA 1GE4A 2HEAA 3RU5A 2BQDA 4QEQA 3W6FA 2YDGA 2ZQ3A 1T6VL 4LFXA 4GCEA 1FLUA 1EL1A 1YL0X 3TXBA 4NHIA 1BB6A 4ZIXA 1IOQA 2DQCY 1D6QA 3OK0A 1BWIA 1HHLA 3CB7A 3KAMA 4WLXA 1QDRA 1LZGA 4ML7A 5LVIA 5KJ9A 2BPUA 2DQJY 3AGIA 1IP2A 2YSSC 4DWXA 5F14A 1YAPA 1YQVY 4N9RA 5E9RA 5L3IA 3WUAA 4XYYA 1TDYA 1XSFA 1RFPA 1LZNA 1TEWA 4YF2A 3WUNA 4RW1A 1DI4A 2D4KA 2YBLA 2ZIKA 4NY5A 3W6EA 5IELA 5C6JA 2F4AA 2ZWBA 2Y8PA 4ETEA 1JKCA 4YM8A 1LZEA 5J7CA 1LKSA 1LZ5A 2MEGA 3N9AA 1BB5A 1IWXA 3W3EA 4AGAA 1LSBA 4KT3A 1GB8A 2HEBA 1LHHA 4WM2A 1LZDA 1Z55A 1KXYA 1IWZA 1LMTA 3FE0A 1C46A 2XBRA 1B9OA 5KXZA 3CT1A 1I1ZA 4NSJA 3A92A 5I5QA 2PC2A 3A95A 3TXFA 5KXMA 1GF0A 4HPIA 3TXJA 1GEZA 4B4JA 2YBMA 4GCCA 1LHKA 4P2EA 1IC4Y 3WMKA 4Z3MA 4HTKA 2Z38A 2G4QA 4BADA 4B0DA 5KXTA 1LYYA 4J0LA 1IY4A 3CT0A 5L3HA 2RSCA 3LYOA 3HFMY 1I20A 3TMVA 3A93A 3BKVA 2Z19A 4ET9A 1GBOA 2H5ZA 3RZ4A 4NSHA 2BQCA 4NGLA 1IC5Y 5KXNA 5KKJA 1VDSA 4DDAA 1DI5A 3J6KA 4OWBA 1OUGA 1WQNA 4TTDA 5KXPA 3W6AA 5FEKA 3WPKA 1CKGA 2DQAA 4LFPA 1IOSA 1HSXA 5LINA 1JTTL 4OWHA 5LA8A 3WPJA 4WOAA 2BAAA 1LZTA 5HMJA 4BAFA 1HFYA 4IATA 5KXXA 4N5RA 1G7HC 1NDGC 4WLDA 2CDSA 2BQOA 1HEPA 1UIAA 2D4JA 4KPMA 1BVKC 3AZ7A 4C5FA 3WH1A 1BQLY 4NHSA 2AUBA 2LHMA 1GWDA 3LYZA 1C45A 3LZTA 1EQ4A 1IX0A 1LSNA 1GHLA 4ET8A 4DDBA 2HU1A 1XGRC 2MEEA 4ANRA 1O23A 3WW6A 1B7SA 5K7OA 2MEAA 1WVUA 3AB6A 3TMWA 3WU7A 1B7NA 1GE1A 1P2CC 4LYTA 1B7RA 1ZVYB 4QDNA 1LZYA 1OUEA 2BQEA 2Z18A 1DPWA 5AMYA 1IOCA 2W1LA 1KIPC 1OUFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CDQA 3TXGA 3K3TA 1L63A 1L05A 4NGIA 1B6IA 4H9AA 1L34A 119LA 148LE 160LA 5F81A 142LA 180LA 237LA 3HU9A 2HEDA 2DBTA 1L64A 8LYZA 1LHLA 261LA 4GRVA 1GFAA 3SB9A 1GFRA 5KXWA 1C67A 3PDSA 1RE2A 3DMXA 149LA 3WL2A 1P36A 4GCBA 3A6CY 1JPOA 1NBZC 1HELA 1CJ8A 4H9IA 1ZURA 3ATNA 1LSFA 1LGUA 4LYZA 1VAUA 132LA 1OUAA 3HBHA 1GB6A 6LYZA 3DN3A 5LYTA 3ODUA 3ATOA 1G1VA 1HC0A 127LA 1CV5A 1QT7A 1D6PA 1TCYA 4DKLA 5DL9A 3G3XA 1FDLY 1P6YA 1L54A 4I7OA 1KIQC 3CDOA 3FA0A 239LA 137LA 1L62A 3DN8A 1W6ZA 4NGVA 1LSZA 1IWUA 1VDTA 5LYZA 4U3XB 3SB5A 1C6NA 4N8ZA 138LA 5JENB 1IWWA 4XJHA 1C6IA 4UWVA 4K5YA 201LA 1REXA 1L23A 2A7DA 254LA 1IR7A 1UC0A 3IJUA 2MEFA 1HFZA 125LA 1L40A 1G7IC 1L42A 4Z46A 1CVKA 4G4HA 1L37A 1LI6A 3IJVA 4TSCA 4DD7A 2LZMA 155LA 4EKPA 1QUHA 1JHLA 5HLLA 2CJLA 1GFJA 5L9JA 2B70A 3EXDA 1VFBC 1L28A 4LYCA 2YBNA 1QT6A 1KNIA 2I25L 141LA 1SWYA 1DYDA 2BLXA 3P64A 1HEOA 1P5CA 2BQKA 2X0AA 1OQMA 143LA 5I14A 1QT3A 113LA 1QTVA 3DKEX 2B74A 1LSAA 147LA 1B7OA 1JUGA 1V7SA 1LGWA 4YXCA 1IWTA 4W94A 1L02A 5KY1A 5LIOA 4DD3A 4WM5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3TXG A;  3K3T A;  2BLY A;  4NGI A;  1LMQ A;  4WM1 A;  5FST A;  1A4V A;  5C6I A;  1LMN A;  1WVV A;  3WXT A;  3WU8 A;  4WL6 A;  4WM3 A;  3BKH A;  4TUN A;  3G3B B;  3CSZ A;  4N1E I;  4XAD A;  1VDQ A;  4HJY A;  4H9A A;  1QSW A;  1DZB X;  1LSG A;  1NWG A;  3EMS A;  5HQ1 A;  3N9C A;  5KXO A;  5F81 A;  2MED A;  5HMV A;  2HED A;  1LJ4 A;  4H1P A;  7LYZ A;  2DBT A;  3B0K A;  1REM A;  4LYO A;  3M18 B;  2LYM A;  3OJP A;  1H87 A;  8LYZ A;  1LHL A;  4H9C A;  1QUT A;  4RLM A;  4NSG A;  4H93 A;  1GFA A;  2BQN A;  2DQF C;  1A2Y C;  1FBI X;  1GFR A;  5KXW A;  1AKI A;  1YAM A;  4H90 A;  5APE A;  1NMM A;  3B6L A;  1GFH A;  1XGQ C;  1NF5 A;  4KXI A;  2MEC A;  3J4G A;  1RE2 A;  4HJZ A;  4WLY A;  3RT5 X;  3WL2 A;  1GXX A;  4GCB A;  1IC7 Y;  2Z37 A;  3A6C Y;  1JIY A;  3WVX A;  5II3 A;  1E8L A;  1JPO A;  1NBZ C;  1SQ2 L;  3LYT A;  2BQG A;  1IVM A;  1HEL A;  1OP9 B;  1CJ8 A;  4H9I A;  2BQM A;  4TSB A;  1QSA A;  4XEN A;  135L A;  1YRO A;  1YAN A;  3ATN A;  1LSF A;  1HEQ A;  2I26 L;  6LYT A;  1HEN A;  1GB5 A;  4LYZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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