1GF8A

Crystal structure of mutant human lysozyme substituted at the surface positions
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KSFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Positive contribution of hydration structure on the surface of human lysozyme to the conformational stability.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 53
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1gf8A00
1AM7A 2ZIJA 1YKZX 2D6BA 5KXTA 2I25L 1C45A 2W1LA 4W94A 4WL7A 4EOFA 1QUTA 1JKAA 1B0DA 1WVUA 2YSSC 4B4EA 4TSBA 4EMNA 4RLNA 5E9RA 5LAFA 1IOTA 2H9KA 4ZEEA 4DDBA 4UWNA 4CJ2A 1HF4A 1JWRA 1NBYC 5F9UA 1GDWA 2ZIKA 3G3AB 1QIOA 2HU3A 2X0AA 4J1AA 1IY4A 3TXFA 2LZTA 1W6ZA 2DQAA 1LSNA 4KPMA 1DI3A 4HP0A 4I8SA 4NGZA 2BQCA 1KXWA 3A90A 3WW6A 1WQOA 4FJRA 1LJ4A 1JTTL 5K7OA 1XEKA 3IJUA 4OWEA 1LZ4A 1IWZA 4LT1A 3IJVA 1LAAA 1UCOA 2MEEA 4LYTA 3WW5A 1GFUA 135LA 4WM2A 1YILA 4G49A 1LJGA 4X3BA 1YROA 5I54A 1IC5Y 2D4IA 4GCCA 4WO9A 3TXJA 5LA5A 5AMYA 4WO6A 3RNXA 4C3WA 3TXIA 1ZVYB 1UIGA 1G7MC 4BADA 6LYTA 1D6PA 2ZNXY 1FLYA 3AGHA 4TTDA 1RFPA 4OWAA 4WOAA 3TXKA 5I5QA 1BB6A 1HNLA 5APDA 3A93A 1JKDA 5KXMA 1INUA 2Z38A 4RLMA 4NHTA 1LMTA 4H8XA 1VAUA 4G9SA 5B06A 4GLAA 1LMNA 1LZGA 4YOPA 1OUGA 3AW6A 2YBMA 1IOCA 1GB0A 4CFPA 1HC0A 1HFZA 1HEMA 1GBOA 2BQDA 2Z18A 4NIJA 2C8OA 2BQIA 3FI7A 1WTNA 4CFOA 3QE8A 1GBSA 4H1PA 1IO5A 2Z39A 4OOOA 1VDQA 4AGAA 4B1AA 5C6JA 4H9IA 4ETEA 1B5UA 1B7PA 1KIPC 4H94A 2ZNWY 3ZEKA 3CSQA 3ATNA 1LHHA 2Y8PA 2H9JA 1LKSA 3LYOA 4NG8A 4ETCA 1JIYA 1RCMA 1JITA 1G7JC 1GFEA 2F2NA 4GN5C 1EL1A 1LSDA 1YKXX 4NGWA 2C8PA 5FHWA 1LZRA 1PZYA 2BPUA 3A6BY 3P65A 5D5CA 1IY3A 1LZ9A 5II3A 4XJHA 2DQJY 1NHEA 1CJ7A 4N1EI 2YBIA 2G4PA 4QGZA 2YVBA 4KXIA 4N9RA 2BQOA 4NSJA 1UIDA 5DL9A 1WQMA 1AT5A 3A96A 1JTOL 4TSCA 1CJ8A 1KXYA 4H8ZA 1RJCB 1B7RA 1DI5A 5LINA 5APCA 2LYZA 1FDLY 4LT3A 4NEBA 1LSCA 3W6AA 1NDMC 1OUHA 3TXBA 2EKSC 154LA 1H6MA 1LZ6A 1LSZA 4OWCA 3WVXA 4B4JA 2FYCA 1YIKA 1IP5A 2DQDY 2FYDA 2HU1A 1LZAA 5F9XA 1B7OA 1VDTA 4LYZA 1LJ3A 5L3IA 4II8A 4LYCA 3LZ2A 1MLCE 2DQHY 3F6ZA 4OWBA 1EQ4A 4XJGA 3P64A 1JHLA 1F10A 1GB2A 4LFXA 3WVYA 5KXOA 134LA 4WM5A 4NHSA 1FKQA 1LJNA 3CT0A 2LHMA 4YEOA 1JTPL 4HV2A 2BQGA 133LA 4N1CC 4DDCA 2LYOA 4BAPA 1HSXA 3AYQA 1GBYA 1GB8A 1LSBA 1IOSA 1JJ3A 3CT5A 4LYMA 4ML7A 4UWUA 4XN6A 1CKFA 5LXWA 1J1OY 1IWWA 3TMWA 1LZ1A 1D6QA 3ZVQB 1QTKA 3CB7A 4HV1A 1LTMA 1V7TA 4ETBA 4DC4A 3HBDA 5HNCA 3HBHA 2RSCA 1LZDA 1J1PY 1LSGA 1OUAA 5KXLA 4HPEA 2Z2FA 4PHIA 2BQJA 1LSPA 1ZVHL 1LZ8A 1LJJA 4RW2A 1WQNA 2YBNA 1UIBA 5DM9A 1IIZA 1LYYA 6LYZA 1F6RA 1W08A 4XJBA 5I53A 1NWGA 1HEPA 3WPKA 1OUFA 1CNSA 1WQPA 2BQHA 4N5RA 4C5FA 5ILCA 5FCPA 4ET8A 5FSTA 1QDTA 5LYTA 1HHLA 1VDSA 1SQ2L 1N4FA 1LHKA 1GB5A 2DQEY 2H5ZA 4P2EA 5KKJA 4PRUA 2ZQ3A 4RDSA 5KXSA 1EQ5A 1LZTA 4NG1A 9LYZA 1ZV5L 4HSFA 5J7CA 2BLXA 1GF9A 1JSEA 1LCNA 3EBAB 5KXYA 3TMUA 7LYZA 2D4JA 5L3HA 3LYMA 4XJIA 3WULA 4AXTA 2IHLA 2W1MA 1FLQA 5D5FA 1B2KA 1IC4Y 1GB9A 1UIFA 1LZSA 2HEBA 3LZTA 1GB6A 4NY5A 5KXXA 2PC2A 4HPIA 5LVKA 1WQRA 1UC0A 1A4VA 2BQBA 5KXWA 1UICA 4H93A 4A7DA 4XJFA 1JKCA 1GF4A 1GFGA 5LIOA 5KXRA 2YBHA 1D0LA 4U3XB 132LA 1JJ1A 1O23A 1GE2A 1IOQA 1B5ZA 1C43A 1I56A 1REXA 1JPOA 1GEVA 1REYA 5FELA 3TMXA 4BS7A 1GBWA 1LMCA 1BB4A 3OJPA 1VEDA 1C7PA 1LHLA 2YBLA 2Z19A 4PGJB 4I0CA 1LZCA 3B72A 3SP3A 4J0LA 3BKVA 1UA6Y 4E3UA 4H9AA 2G4QA 2B5ZA 4M6DA 193LA 2BQNA 2MEGA 4WM6A 2N5ZA 2WARA 3BKHA 5B1GA 5IHGA 4DT3A 2HEEA 1GAYA 1T6VL 4NGKA 3W6DA 1FN5A 1DQJC 2HECA 4YM8A 3WXTA 4G4HA 4R6CA 2MEHA 1BGIA 2W1XA 1GF6A 1JEFA 4LYBA 5FDJA 5KXZA 2I26L 4HTNA 4IATA 8LYZA 1OUEA 4WM4A 1LJKA 4LYOA 4N8ZA 4YEMA 1HMKA 1RE2A 1TEWA 4KT3A 1CKCA 5LA8A 3CT1A 4ETAA 1C46A 1BWJA 1DPXA 5I4YA 3A91A 3RZ4A 4NGJA 1LZEA 1XFPL 1FKVA 1IP4A 3B0OA 1OUBA 5KXKA 5F16A 1UUZC 5LAGA 1D0MA 3LYTA 1B7LA 1A2YC 1JJ0A 3A3QA 1IWTA 3N9EA 4WG1A 2Z37A 1BWHA 1OQMA 1DPWA 1GHLA 3G3BB 1XSFA 207LA 3TXHA 5I4WA 1IR8A 1GFAA 5LYZA 4HJZA 2Q0MX 3AGGG 4XADA 4GN4A 1BB5A 4TWSA 1LOZA 1TBYA 3AW7A 1LMOA 1GFRA 1HSWA 2BLYA 1DKJA 4ET9A 1B7SA 3ULRA 1IP7A 3LYZA 1LJFA 1LZ5A 1LSYA 2F4AA 4NHIA 5KXNA 2Z12A 1UIAA 2BAAA 3WPLA 4NHQA 4QDNA 4WG7A 4OW1A 3RU5A 4B0DA 4LGKA 3AZ4A 1GE0A 5B59A 1GAZA 1H87A 1LZNA 1OP9B 4DD3A 4ZIXA 1NDGC 1YKYX 2MEBA 4MCKA 4MR1A 1GE1A 3CQLA 1E8LA 2CJLA 4G4CA 5C6IA 1G7HC 1DZBX 4H9CA 1GF7A 2NWDX 4N0JA 1C08C 3K3TA 3J4GA 4R0FA 3W6CA 1G7LC 4Z3MA 4DD2A 2LZ2A 1HEOA 2A7DA 2ZQ4A 5LVJA 5M1YA 1BWIA 5E4PA 3W3EA 3ZVQA 1MELL 1GEZA 4NSGA 5T3FA 2FBDA 2MECA 2YBJA 4DD0A 4PRQA 1LMQA 4DWXA 1NBZC 4LT2A 4QY9A 2XBRA 4YENA 1BHZA 3N9AA 1JSFA 1QDRA 1WQQA 1HFXA 1SLYA 3TXDA 4DD9A 1QUSA 1FLUA 1VDPA 1J1XY 4H91A 4CGEA 1KIQC 4WM3A 1LZBA 1IP6A 2MEFA 4H9EA 4Z41A 5LYMA 5B1FA 1FLWA 4GN3A 4QEQA 1GE3A 4CHXA 1LJHA 2D91A 3WYHA 1IP1A 5APFA 5LVHA 1GF3A 208LA 5B07A 3HFMY 3RT5X 5HMVA 4TUNA 4IJ4A 1I1ZA 4XENA 4LT0A 3RW8A 1IR7A 3AZ6A 1BB7A 3E3DA 1IP2A 1JKBA 1GBXA 3A67Y 3D3DA 1BB3A 3M18B 5APEA 4NFVA 4ZFPA 2XTHA 1IP3A 4DD1A 4WMGA 1V7SA 4GLVA 1D0KA 1GF8A 4WLYA 4NGIA 5LVIA 3AZ7A 4PPOA 3P68A 2HEDA 1HERA 2VB1A 3WMKA 1VFBC 4WM1A 2BQMA 3A92A 4H8YA 1IC7Y 1GB3A 1B5YA 3J6KA 4IASA 1WTMA 1LSAA 3LN2A 1LYOA 3W6BA 1FBIX 3IWRA 1IWVA 1YAQA 2LYMA 2BQKA 3A94A 3AB6A 3TMVA 1TAYA 5JENB 1XGRC 3WU8A 3WU7A 3D9AC 4DYGA 2HTXA 3A6CY 1DI4A 1HELA 1GXXA 194LA 3TXGA 4J7VA 1QTEA 1YAPA 1AKIA 3GXRA 1LSFA 1LSMA 1GPQC 5A3EA 1GXV2 1XEIA 4H92A 1CJ9A 1IWYA 1LJEA 2ZWBA 2EPEA 2EQLA 1BQLY 2Z2EA 1LHIA 1LKRA 4YF2A 5HQ1A 2ZYCA 2A7FA 1HFYA 3A95A 3MGWA 3N9CA 1LHMA 1IORA 2F30A 4HTQA 4B4IA 5KJ9A 2GV0A 3WUNA 3B0KA 1IWUA 2DBTA 1LZYA 3M3UA 2W1YA 1PS5A 1T3PA 1XGTC 1YAMA 2CDSA 3B0IA 3AZ5A 4J1BA 1UACY 5HNLA 1EQEA 1TDYA 1NMMA 1OUIA 2CWIA 4RW1A 4WLTA 1HEQA 3TXEA 1ZMYL 3FE0A 4LZTA 2XBSA 4LFPA 5DN5A 1UBZA 4L41A 1OUCA 1GD6A 4XYYA 1B7MA 1GE4A 2MEDA 2HUBA 5I4XA 2I6ZA 5EBHA 1LYZA 1IWXA 1DKKA 1B7NA 5IELA 5F81A 3P4ZA 2IFFY 4NSHA 4O34A 4HJVA 3KAMA 3T6UA 1LMAA 1NQIA 5L9JA 3EMSA 1GBZA 1OUDA 2D4KA 5A3ZA 4M4OA 1YQVY 4GCEA 1CKDA 4H9HA 3VWOA 3WL2A 4UWVA 1GF5A 1HMLA 2HEFA 4NSIA 1GFTA 2DQGY 4TX7A 3AJNA 1GWDA 1B9OA 4GCDA 1P2CC 1F0WA 4G4BA 1CKHA 1QQYA 5IDDA 2MEIA 1B5XA 4GCFA 4GCBA 3WU9A 5LVGA 1XGPC 1VATA 1HEWA 1YL0X 1F6SA 1LYSA 5KY1A 1C10A 4DDAA 1G7IC 3WPJA 1UIHA 3AGIA 3HBEX 4DD7A 1REZA 1HENA 1YANA 4BAFA 1NF5A 5HLLA 1NKHA 3LHMA 4OOTA 4W96A 1LSEA 2DKVA 2YDGA 4FDYA 1RI8B 2FBBA 4NWEA 5KKIA 3W6FA 4NGOA 1GDXA 3WUAA 1LJIA 1LPIA 1IX0A 3WUMA 4H9FA 5B05A 1B5WA 1XGQC 1XGUC 2DQIY 1IR9A 3EXDA 1WVVA 3GXKA 4KL7A 4NGLA 2AUBA 2XJWA 2ZILA 3A3RX 1GB7A 4HJYA 1BVKC 3CSRA 4MSTA 1GF0A 1QSWA 2F4GA 1GFVA 1KXXA 2DQFC 4ANRA 1XEJA 3A8ZA 5ILFA 1I20A 2CGIA 3T36A 1REMA 3ATOA 4OWHA 4XJDA 5DLAA 2BQEA 1IEEA 1OUJA 2ZYPA 5F14A 2DQCY 4NGVA 2G4NA 4B49A 1BVXA 1AZFA 3QNGA 1Z55A 3WH1A 153LA 1ALCA 1CJ6A 5KXPA 2MEAA 1CKGA 1GFHA 4H90A 1D9UA 3CSZA 1YAOA 1LMPA 5HMJA 3P66A 1IVMA 2BQFA 4ETDA 1JUGA 1UIEA 1B7QA 2BQAA 1YL1X 2EIZC 4D9ZA 5DN4A 4PJ2C 1JISA 4WLDA 3QY4A 4H9BA 4HTKA 3A34A 4NHPA 4NWHA 4NGYA 4Z98A 1DXJA 4Z46A 4WL6A 1GFKA 1LHJA 1KIRC 5C6LA 1QSAA 3B6LA 1B5VA 3W6EA 3OK0A 3WXUA 1AT6A 1GFJA 3EO5A 5FEKA 2HEAA 2BQLA 1TCYA 4WLXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1AM7A 2OE7X 1YKZX 2ZIJA 186LA 1C6AA 4W94A 4WL7A 1QT4A 1L34A 1L08A 4ZEEA 4UWNA 1NBYC 4I7TA 3HH5A 2ZIKA 4J1AA 2DQAA 2BQCA 3A90A 1WQOA 1L31A 222LA 1UCOA 3WW5A 3DMZA 4WM2A 5LA5A 1YROA 4WO9A 4WO6A 1ZVYB 4BADA 6LYTA 1D6PA 4OWAA 4DQJA 3TXKA 1BB6A 1HNLA 5APDA 5KXMA 1INUA 4RLMA 3D4SA 1XJUA 1T97A 3SB8A 1L42A 4GLAA 3AW6A 2YBMA 1IOCA 1GB0A 4CFPA 2BQDA 111LA 2BQIA 2Z39A 5LZMA 1VDQA 4B1AA 4H9IA 4ETEA 1B5UA 1B7PA 3ZEKA 2Y8PA 3LYOA 1JIYA 1L36A 4GN5C 1LSDA 147LA 1L22A 4W57A 5II3A 4XJHA 4QGZA 4EKRA 4H8ZA 2LYZA 3TXBA 154LA 4LZMA 3WVXA 4OWCA 1QTHA 1PQIA 2OU0X 171LA 2HU1A 166LA 1LZAA 1B7OA 1VDTA 3OE9A 4LYZA 5L3IA 2OTYX 1DYBA 4XJGA 1F10A 1LYGA 4LFXA 173LA 5KXOA 134LA 1OYUA 158LA 1LJNA 1JTPL 2BQGA 4DDCA 212LA 1GB8A 2ANVA 3CT5A 4LYMA 4OO9A 1QT7A 1LZ1A 2ANXA 199LA 4DKLA 1QTKA 1V7TA 1L56A 4DC4A 185LA 1D9WA 1L77A 2Z2FA 4PHIA 1LYIA 1LSPA 102LA 1C6EA 140LA 1LYYA 1F6RA 1W08A 5I53A 1OWYA 1WQPA 2BQHA 4N5RA 1CU0A 4ET8A 1QDTA 5LYTA 164LA 1L02A 2DQEY 4PRUA 160LA 230LA 4RDSA 5KXSA 1ZV5L 4HSFA 176LA 2BLXA 4YXCA 2HUKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1AM7 A;  2ZIJ A;  1YKZ X;  2D6B A;  5KXT A;  2I25 L;  1C45 A;  2W1L A;  4W94 A;  4WL7 A;  4EOF A;  1QUT A;  1JKA A;  1B0D A;  1WVU A;  2YSS C;  4B4E A;  4TSB A;  4EMN A;  4RLN A;  5E9R A;  5LAF A;  1IOT A;  2H9K A;  4ZEE A;  4DDB A;  4UWN A;  4CJ2 A;  1HF4 A;  1JWR A;  1NBY C;  5F9U A;  1GDW A;  2ZIK A;  3G3A B;  1QIO A;  2HU3 A;  2X0A A;  4J1A A;  1IY4 A;  3TXF A;  2LZT A;  1W6Z A;  2DQA A;  1LSN A;  4KPM A;  1DI3 A;  4HP0 A;  4I8S A;  4NGZ A;  2BQC A;  1KXW A;  3A90 A;  3WW6 A;  1WQO A;  4FJR A;  1LJ4 A;  1JTT L;  5K7O A;  1XEK A;  3IJU A;  4OWE A;  1LZ4 A;  1IWZ A;  4LT1 A;  3IJV A;  1LAA A;  1UCO A;  2MEE A;  4LYT A;  3WW5 A;  1GFU A;  135L A;  4WM2 A;  1YIL A;  4G49 A;  1LJG A;  4X3B A;  1YRO A;  5I54 A;  1IC5 Y;  2D4I A;  4GCC A;  4WO9 A;  3TXJ A;  5LA5 A;  5AMY A;  4WO6 A;  3RNX A;  4C3W A;  3TXI A;  1ZVY B;  1UIG A;  1G7M C;  4BAD A;  6LYT A;  1D6P A;  2ZNX Y;  1FLY A;  3AGH A;  4TTD A;  1RFP A;  4OWA A;  4WOA A;  3TXK A;  5I5Q A;  1BB6 A;  1HNL A;  5APD A;  3A93 A;  1JKD A;  5KXM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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