5L3HA

Re-refinement of 4dd4; cisplatin coordination chemistry determination at hen egg white lysozyme his15 with standard uncertainties
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Cisplatin coordination chemistry determination at hen egg white lysozyme His15 with ligand distances and angles, and their standard uncertainties, and also reporting a split occupancy effect
doi rcsb
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5l3hA00
1GF6A 1G7JC 1KIQC 1TBYA 4GCCA 4HV2A 4MCKA 1C45A 3T36A 1TDYA 2BQLA 4N5RA 1VFBC 1REYA 1NBZC 2XBSA 3N9AA 3N9CA 1F10A 4ET8A 1NWGA 1IP2A 1B7NA 1FLQA 4DWXA 5FDJA 2YBJA 1YANA 4H9AA 1GF5A 4ETAA 1YROA 5KJ9A 2G4QA 133LA 1LKRA 1YQVY 2BQNA 1IR7A 1IWUA 1LYOA 1LSNA 4O34A 4TSCA 3BKHA 5FHWA 2F30A 3ZVQB 3K3TA 1GBXA 3E3DA 1LAAA 2BQEA 5F16A 1NHEA 4B1AA 2XJWA 3A92A 4DT3A 4WLXA 1IP1A 2IFFY 1F0WA 1D0LA 4B49A 1XSFA 4CFPA 3A91A 4OWAA 4N1CC 3IWRA 1CJ8A 4H9CA 5B1FA 1LJFA 4TX7A 2MEIA 3KAMA 4WL6A 4GCEA 1LHJA 1OP9B 2ZILA 5DN4A 3AZ4A 1FKQA 4WM4A 1GE3A 1LHMA 1LSZA 1H87A 3WVYA 1QSAA 4P2EA 4DD7A 1LSDA 2VB1A 2YSSC 4WG1A 1INUA 208LA 4WO6A 3HBHA 2H9KA 1IVMA 4WLDA 2Z37A 1UACY 3WMKA 1IWXA 1XEKA 1GFKA 2BQDA 1OUAA 2FBBA 2HEEA 2D4JA 3M18B 4HV1A 1HF4A 4WL7A 1IP6A 3WPKA 5A3ZA 1UIEA 1VATA 2EQLA 2HU3A 1LHKA 4LYZA 4LZTA 4D9ZA 4DYGA 1C10A 1GB3A 2C8PA 1IORA 2EPEA 4G4CA 4KPMA 1QTKA 3TXDA 3WUMA 4KXIA 5I4XA 1T3PA 3P65A 3GXRA 3AW7A 2D4KA 4HP0A 4HTNA 3SP3A 4B4IA 1HFYA 4HJVA 1CKCA 1FKVA 2W1YA 1HENA 1LZGA 1LSMA 1BVKC 4NGIA 3A67Y 5LIOA 1JUGA 2DQCY 4LFPA 3W6EA 4CJ2A 1XEJA 1JTTL 1GE4A 193LA 1VEDA 4CGEA 4PRQA 1WQRA 2HEDA 5APEA 4GN5C 1HSXA 1P2CC 3RU5A 2D6BA 1HEOA 1UA6Y 2GV0A 3A93A 5KXRA 1LHIA 4NHIA 3CB7A 4NHTA 1JIYA 1DQJC 1LSGA 2ZYPA 1JKAA 1LZ5A 1G7LC 1LMNA 3A8ZA 1AZFA 5B1GA 4DD2A 4J7VA 1IP3A 1IR9A 3AGIA 3CT1A 1GB6A 4NSGA 5LINA 1AKIA 1DXJA 3WL2A 1WTNA 1ALCA 1LJKA 4HJZA 2BQMA 5I53A 1IOSA 1GE1A 1LHHA 2ZNWY 4CFOA 4QY9A 4PHIA 1PZYA 1IEEA 1DI3A 4FJRA 4QEQA 3F6ZA 1IP5A 1UIGA 5B07A 1WQQA 4LT0A 1XGPC 1IWTA 1NMMA 4NGKA 1GE2A 4H91A 1OUGA 3B6LA 5APFA 4XJGA 1BVXA 1OQMA 4NHSA 1EL1A 2B5ZA 1EQEA 3FE0A 4ETBA 5DLAA 5KKJA 1MELL 1UCOA 2BQIA 3LYTA 1OUHA 4H8ZA 5K7OA 3ATOA 2W1XA 1YAPA 2ZQ4A 4XENA 1QIOA 1OUDA 4RW2A 1GB5A 3TMVA 4MSTA 2XBRA 1YL0X 4OOOA 1XGUC 5B06A 1LHLA 1WVVA 1YAMA 4NHQA 3CSRA 2MEGA 3QNGA 3LZ2A 5LVJA 4NFVA 1UIFA 4QGZA 1UBZA 1LOZA 1QDRA 4RLNA 4R0FA 1EQ5A 3P4ZA 1LSFA 1YKXX 2PC2A 1KIPC 4RLMA 4ANRA 1B7OA 1GBSA 1B9OA 1HEWA 1IWVA 1NF5A 5LVIA 4NGVA 3WU7A 4GCBA 1BWJA 2BQOA 1EQ4A 1JWRA 2H9JA 5KXPA 3A3RX 154LA 3EO5A 1JPOA 5FSTA 1GDWA 5HQ1A 1LZAA 5B05A 4H94A 4WLTA 1B7LA 1SQ2L 4NY5A 4YENA 4NSIA 1UIHA 1O23A 3B0KA 3D9AC 4U3XB 1REZA 3CT5A 4AXTA 1LJNA 1FN5A 2BLXA 4UWUA 1NBYC 1C7PA 1LJEA 4LYBA 1WQMA 1FLUA 2Z19A 1B5UA 3EXDA 132LA 1RFPA 1LMTA 2FBDA 4DD9A 4PPOA 5LXWA 4N9RA 4ETEA 1J1XY 4TUNA 1GEZA 1IX0A 1E8LA 3B0OA 4DDCA 1DKJA 2DQEY 2BQGA 4W94A 1GAZA 3A96A 5FCPA 1HMLA 1HEMA 2BQHA 3TMUA 3CSZA 1VDSA 4J1BA 4IATA 1MLCE 4XADA 2D91A 4XYYA 1HSWA 1BWHA 5II3A 2NWDX 3WVXA 3TXGA 4H93A 3W6DA 5JENB 1C08C 1JTPL 1UIDA 3ZVQA 2CJLA 4GN3A 3TXJA 4OWEA 3WU9A 3VWOA 1HERA 4X3BA 1CKDA 2H5ZA 3J4GA 5IHGA 4DC4A 3OK0A 2YVBA 1JKDA 4IASA 4M4OA 3W3EA 1LZBA 1LSAA 4WM1A 1LZ9A 1NDMC 2G4PA 2HUBA 4M6DA 1UUZC 1YILA 2DQGY 5B59A 4IJ4A 9LYZA 3HBEX 1IC5Y 5FELA 1LZ4A 1HMKA 4MR1A 1JKBA 3WPJA 4NEBA 134LA 1GB9A 1UC0A 1B5XA 8LYZA 3P64A 2Z38A 1BQLY 1TEWA 3TXFA 4A7DA 1LZCA 1GB7A 4LYCA 1I56A 5ILCA 1BB3A 1LZRA 1CJ9A 1SLYA 3AZ6A 1B5ZA 1D6PA 1F6RA 4DDAA 1GAYA 1LZNA 2BAAA 2DKVA 1IP4A 3RZ4A 2Z2EA 1BB5A 2WARA 5APDA 4AGAA 1B7MA 1BGIA 1JEFA 1LTMA 1HEQA 1WVUA 1XFPL 2I26L 4NGLA 3TMXA 3WPLA 2HU1A 5T3FA 3WW5A 5I4WA 5IELA 2X0AA 2EKSC 3RNXA 1WQNA 1B2KA 1XGRC 1LMAA 3OJPA 1DI4A 4HTKA 2YBIA 1FBIX 4GN4A 4KL7A 4B4JA 1OUFA 4NSJA 3A3QA 1REMA 3CQLA 3LYOA 2HEFA 1YAOA 1H6MA 3LN2A 4KT3A 4ET9A 3WYHA 1ZV5L 5E9RA 1LPIA 4WO9A 1JITA 3RW8A 1LZ1A 5LVHA 1GD6A 135LA 3LYZA 4N8ZA 4G4HA 4ML7A 3AYQA 2A7FA 4TTDA 3AZ5A 1LCNA 1FDLY 1LMOA 1RE2A 1HHLA 5L3HA 2W1LA 3MGWA 5D5FA 1LSEA 1GF9A 1BHZA 3HBDA 3LYMA 2BQJA 4H9IA 1JSEA 2Z2FA 1CKHA 5J7CA 4XJFA 5KXTA 2F4AA 1GF3A 2AUBA 1LZYA 3TXEA 1DZBX 2DQHY 4YF2A 3EMSA 3TXIA 4TSBA 5D5CA 5KXZA 4DD0A 2MEFA 2W1MA 3A6CY 1GE0A 1GBZA 1GFAA 3WULA 1AM7A 1XEIA 3CSQA 3AZ7A 4OWHA 3RT5X 4Z41A 1CKFA 6LYTA 2BPUA 3LZTA 4DDBA 5LYZA 4NGYA 4NWEA 1DPXA 2I25L 4WM6A 4GLVA 4DD3A 1GFTA 2ZNXY 1LSYA 2DBTA 2BLYA 1VDPA 4BADA 1F6SA 2BQCA 5F9UA 2Y8PA 1YKYX 5E4PA 1HEPA 4PJ2C 3WXUA 1KXWA 1QUSA 4LYTA 2YBLA 3D3DA 1V7SA 4WOAA 4WG7A 3B72A 5HLLA 4HPEA 3A95A 1LJGA 3B0IA 1C43A 4GCFA 3AJNA 1RI8B 1CKGA 3AGGG 4H9BA 1JJ0A 5FEKA 4XN6A 3IJVA 1JJ3A 1IC4Y 4B4EA 1KXXA 2FYCA 4GCDA 5KXYA 1Z55A 153LA 1OUCA 1OUBA 1IP7A 1GB8A 3LHMA 4Z46A 5KKIA 1HC0A 4OWBA 4B0DA 1GF8A 1LYYA 3J6KA 1CNSA 4H90A 1UICA 5KXKA 1AT6A 4BAFA 5C6LA 1CJ7A 1QTEA 1GBYA 4PGJB 4I0CA 1IO5A 2YBHA 4NSHA 2MEBA 2Z39A 4ZIXA 1BB7A 2Z12A 1FLWA 1BWIA 3A90A 1QSWA 5I54A 2BQFA 1HELA 1GFHA 1PS5A 1W08A 4I8SA 1JSFA 3CT0A 2BQAA 2XTHA 4NIJA 5KXLA 1A2YC 4ZEEA 5KY1A 1LZDA 3QE8A 1YAQA 1YIKA 4G9SA 3AW6A 1B5YA 4LGKA 1J1OY 1LJ3A 4QDNA 1FLYA 1QQYA 1GXXA 4TWSA 1NKHA 1NDGC 4YEOA 4H1PA 4LT1A 3A6BY 3WUAA 4J1AA 4Z3MA 3TXBA 2RSCA 4R6CA 2LYMA 2ZIJA 5LAGA 1OUIA 2MEHA 1IOCA 5HMJA 3ZEKA 2YDGA 3WU8A 2C8OA 7LYZA 1VDTA 4H9FA 3WUNA 3WW6A 4XJDA 4C3WA 1LJJA 4OWCA 1B7QA 1OUEA 4H8YA 1G7MC 3N9EA 1LMCA 1G7HC 1D9UA 2BQKA 4N1EI 4OW1A 5KXNA 4NHPA 5C6JA 2ZYCA 4G4BA 5KXMA 1LJIA 5LAFA 1UIBA 1J1PY 1GF7A 1WTMA 1B0DA 1LMQA 4N0JA 4W96A 1JISA 4GLAA 1GWDA 4EOFA 5F9XA 1DI5A 4E3UA 4BS7A 1GF0A 3BKVA 1WQPA 4NGZA 1GFRA 1TCYA 4DD1A 1LYZA 4L41A 5L3IA 5APCA 1B7RA 3IJUA 1IY3A 4J0LA 4WM5A 2DQIY 2MEAA 1N4FA 2F2NA 3T6UA 3W6FA 1GFGA 4HPIA 4LYOA 2DQFC 5L9JA 1JHLA 3AGHA 2HTXA 4NGWA 4PRUA 3W6BA 2ZQ3A 4YOPA 4ZFPA 5LA5A 2ZWBA 2D4IA 2Q0MX 1LSPA 1QUTA 3G3BB 4NG1A 1VAUA 4UWNA 1DKKA 3WH1A 3ULRA 4XJIA 5AMYA 1IR8A 1IOTA 1GEVA 3FI7A 3AB6A 1LSBA 4Z98A 1JJ1A 5KXOA 1RCMA 3HFMY 1ZVHL 1LZSA 1DPWA 1D0KA 1HFZA 4HTQA 3W6CA 1KXYA 2CGIA 2IHLA 4WMGA 1XGTC 1GDXA 1IY4A 1LZ8A 2YBNA 5HNLA 5F14A 5DL9A 2MECA 4UWVA 2A7DA 1GBWA 4WM2A 194LA 2BQBA 4LT3A 4LYMA 1KIRC 5DN5A 4XJHA 5LA8A 3TMWA 4YEMA 4NWHA 1AT5A 4BAPA 5DM9A 207LA 1HNLA 3EBAB 1I20A 1UIAA 5LVKA 4ETCA 3GXKA 1GF4A 2CWIA 4H92A 4NG8A 1GXV2 2Z18A 1LSCA 4HSFA 1ZVYB 4NGOA 2LZTA 1LZTA 3TXHA 4OOTA 2DQJY 1B5WA 1LKSA 5KXSA 1C46A 1GHLA 1OUJA 1IIZA 1LJ4A 4LT2A 1GFEA 2HEAA 1LJHA 1CJ6A 5IDDA 4NGJA 4YM8A 4CHXA 1B7SA 1GPQC 3TXKA 4HJYA 1T6VL 5EBHA 1LZ6A 1LYSA 2DQDY 2EIZC 5LVGA 1IC7Y 1W6ZA 1RJCB 1IOQA 5I4YA 1I1ZA 1TAYA 4RDSA 1JTOL 4XJBA 1GB2A 1YKZX 1GBOA 1IWWA 1QDTA 1V7TA 2DQAA 2HECA 2N5ZA 1XGQC 1JKCA 4EMNA 5KXXA 3WXTA 1B7PA 5M1YA 4G49A 1IWYA 5C6IA 3P68A 1ZMYL 5HNCA 4H8XA 3G3AB 4FDYA 5KXWA 3ATNA 5I5QA 6LYZA 1B5VA 1HFXA 4ETDA 1GFUA 5LYTA 4H9HA 5HMVA 1D6QA 4H9EA 2F4GA 1IWZA 2CDSA 5A3EA 2LHMA 4WLYA 1GFJA 2LYZA 2LZ2A 1NQIA 2G4NA 3A94A 1VDQA 5ILFA 2MEDA 2MEEA 1GFVA 3QY4A 3M3UA 4II8A 1BB6A 2YBMA 3P66A 2ZIKA 1LMPA 1LZEA 1A4VA 1BB4A 2HEBA 4LFXA 4WM3A 3A34A 1D0MA 1G7IC 5LYMA 5F81A 3W6AA 4RW1A 1GB0A 1WQOA 1REXA 2I6ZA 2LYOA 2FYDA 4C5FA 1YL1X
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4MCKA 122LA 1TDYA 2BQLA 243LA 1NBZC 2XBSA 3C80A 3N9AA 1F10A 4ET8A 1NWGA 1IP2A 1SWZA 1GF5A 1CUQA 1YQVY 1LGUA 3K3TA 3E3DA 4E97A 4N1CC 146LA 4H9CA 2ZILA 2RAZX 1LSZA 1H87A 1QSAA 4P2EA 174LA 1LSDA 2H9KA 4WLDA 103LA 114LA 2Z37A 1L17A 1OUAA 4WL7A 3M18B 4HV1A 1UIEA 2HU3A 1L35A 4LYZA 1PQKA 4LZTA 4DYGA 2C8PA 1IORA 4G4CA 4KPMA 4KXIA 5I4XA 3GUOA 3AW7A 3SP3A 104LA 3D4SA 1CKCA 2W1YA 232LA 1HENA 1JUGA 1XEJA 1JTTL 1GE4A 1ZWNA 1L86A 1OWZA 187LA 1UA6Y 215LA 4NHIA 1L16A 3FA0A 1LSGA 4IAPA 1L45A 5B1GA 1QTDA 1IP3A 1L87A 3AGIA 5LINA 1C6GA 1P2RA 2ZNWY 4CFOA 1KNIA 1PZYA 7LZMA 1IEEA 1DI3A 4LT0A 3C7WA 3HTFA 1GE2A 4H91A 1OUGA 1C62A 1EL1A 1L18A 4W54A 2W1XA 4XENA 1QIOA 3TMVA 2XBRA 3SBAA 1L81A 1DYCA 2MEGA 3QNGA 5LVJA 4NFVA 4QGZA 1LLHA 4RLNA 4R0FA 1EQ5A 1LSFA 2PC2A 4RLMA 1L93A 169LA 1NF5A 1IWVA 4GCBA 2F47A 3A3RX 154LA 1L32A 4NY5A 1SQ2L 185LA 1LJNA 2B74A 2BLXA 1NBYC 1C7PA 1WQMA 1FLUA 1QT5A 3EXDA 3DN2A 2FBDA 1CU3A 5LXWA 4ETEA 1J1XY 1IX0A 2LC9A 2DQEY 1QTVA 5FCPA 2BQHA 3DN6A 1MLCE 2D91A 4XYYA 1BWHA 2B6YA 3WVXA 4H93A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GF6 A;  1G7J C;  1KIQ C;  1TBY A;  4GCC A;  4HV2 A;  4MCK A;  1C45 A;  3T36 A;  1TDY A;  2BQL A;  4N5R A;  1VFB C;  1REY A;  1NBZ C;  2XBS A;  3N9A A;  3N9C A;  1F10 A;  4ET8 A;  1NWG A;  1IP2 A;  1B7N A;  1FLQ A;  4DWX A;  5FDJ A;  2YBJ A;  1YAN A;  4H9A A;  1GF5 A;  4ETA A;  1YRO A;  5KJ9 A;  2G4Q A;  133L A;  1LKR A;  1YQV Y;  2BQN A;  1IR7 A;  1IWU A;  1LYO A;  1LSN A;  4O34 A;  4TSC A;  3BKH A;  5FHW A;  2F30 A;  3ZVQ B;  3K3T A;  1GBX A;  3E3D A;  1LAA A;  2BQE A;  5F16 A;  1NHE A;  4B1A A;  2XJW A;  3A92 A;  4DT3 A;  4WLX A;  1IP1 A;  2IFF Y;  1F0W A;  1D0L A;  4B49 A;  1XSF A;  4CFP A;  3A91 A;  4OWA A;  4N1C C;  3IWR A;  1CJ8 A;  4H9C A;  5B1F A;  1LJF A;  4TX7 A;  2MEI A;  3KAM A;  4WL6 A;  4GCE A;  1LHJ A;  1OP9 B;  2ZIL A;  5DN4 A;  3AZ4 A;  1FKQ A;  4WM4 A;  1GE3 A;  1LHM A;  1LSZ A;  1H87 A;  3WVY A;  1QSA A;  4P2E A;  4DD7 A;  1LSD A;  2VB1 A;  2YSS C;  4WG1 A;  1INU A;  208L A;  4WO6 A;  3HBH A;  2H9K A;  1IVM A;  4WLD A;  2Z37 A;  1UAC Y;  3WMK A;  1IWX A;  1XEK A;  1GFK A; 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 1AT5 A;  4BAP A;  5DM9 A;  207L A;  1HNL A;  3EBA B;  1I20 A;  1UIA A;  5LVK A;  4ETC A;  3GXK A;  1GF4 A;  2CWI A;  4H92 A;  4NG8 A;  1GXV 2;  2Z18 A;  1LSC A;  4HSF A;  1ZVY B;  4NGO A;  2LZT A;  1LZT A;  3TXH A;  4OOT A;  2DQJ Y;  1B5W A;  1LKS A;  5KXS A;  1C46 A;  1GHL A;  1OUJ A;  1IIZ A;  1LJ4 A;  4LT2 A;  1GFE A;  2HEA A;  1LJH A;  1CJ6 A;  5IDD A;  4NGJ A;  4YM8 A;  4CHX A;  1B7S A;  1GPQ C;  3TXK A;  4HJY A;  1T6V L;  5EBH A;  1LZ6 A;  1LYS A;  2DQD Y;  2EIZ C;  5LVG A;  1IC7 Y;  1W6Z A;  1RJC B;  1IOQ A;  5I4Y A;  1I1Z A;  1TAY A;  4RDS A;  1JTO L;  4XJB A;  1GB2 A;  1YKZ X;  1GBO A;  1IWW A;  1QDT A;  1V7T A;  2DQA A;  2HEC A;  2N5Z A;  1XGQ C;  1JKC A;  4EMN A;  5KXX A;  3WXT A;  1B7P A;  5M1Y A;  4G49 A;  1IWY A;  5C6I A;  3P68 A;  1ZMY L;  5HNC A;  4H8X A;  3G3A B;  4FDY A;  5KXW A;  3ATN A;  5I5Q A;  6LYZ A;  1B5V A;  1HFX A;  4ETD A;  1GFU A;  5LYT A;  4H9H A;  5HMV A;  1D6Q A;  4H9E A;  2F4G A;  1IWZ A;  2CDS A;  5A3E A;  2LHM A;  4WLY A;  1GFJ A;  2LYZ A;  2LZ2 A;  1NQI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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