3A95A

Crystal structure of hen egg white lysozyme soaked with 100mm rhcl3 at ph3.8
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Elucidation of Metal-Ion Accumulation Induced by Hydrogen Bonds on Protein Surfaces by Using Porous Lysozyme Crystals Containing Rh(III) Ions as the Model Surfaces
pubmed doi rcsb
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3a95A00
4NHTA 4WM5A 3N9EA 4XJBA 1CNSA 3J4GA 4PRUA 1CKFA 4N1EI 1UIAA 5FEKA 5KXSA 3N9AA 4NGLA 1WQPA 2ZIKA 4Z41A 1HSXA 3K3TA 1MELL 4N0JA 1XGPC 2Z38A 1JJ0A 4NSIA 3E3DA 4RLMA 3WH1A 4G49A 4OW1A 1UIHA 2BLYA 4A7DA 5ILCA 1NHEA 3LZTA 4H90A 1LHHA 1HEOA 1B7OA 4H9EA 2HEDA 4BAPA 4DWXA 1TDYA 4HJVA 1BB6A 3OJPA 1KXXA 2H9JA 3WUMA 1QDTA 1IP5A 4H9FA 4ML7A 1LSDA 4HTNA 3TXHA 2HEFA 2A7FA 1F10A 1HFYA 1C7PA 4CFPA 1XEJA 1LJHA 4EMNA 1LHJA 4WG7A 1J1XY 5KXTA 2AUBA 5LXWA 1B7RA 1LCNA 2F4GA 4NGYA 2YVBA 1XGRC 1GBSA 2CDSA 2EKSC 4PHIA 1OUAA 208LA 4RDSA 4W94A 5L3HA 1LZRA 135LA 1JJ1A 1GD6A 1GF7A 2YBJA 4O34A 4C5FA 5IELA 1UICA 8LYZA 4H8XA 1QUSA 1QDRA 5APDA 1FN5A 1GE3A 1HEMA 1TAYA 3FE0A 3P4ZA 2ZQ4A 1C10A 4TWSA 1GFTA 1HF4A 1GFRA 1NDGC 5I53A 3P66A 4HTQA 4KT3A 1LZSA 1GAYA 1CKDA 1C43A 1G7JC 5B05A 7LYZA 2D4IA 4WL6A 1NBYC 2EPEA 4X3BA 1H87A 1YKYX 3EO5A 1GEVA 1GBWA 4G4BA 2ZQ3A 3RZ4A 4KPMA 1LJ3A 5LAGA 1ZV5L 3LYMA 1Z55A 1J1PY 5LAFA 3ZVQB 4ETDA 3ATNA 2HEAA 1I1ZA 1LZ4A 4WM1A 4E3UA 1HC0A 1GBXA 3A96A 3WPJA 4ZFPA 1RJCB 2ZYPA 4KL7A 4HJYA 5KXWA 1JITA 1LSYA 2LYZA 3LZ2A 1LHLA 3A92A 3QE8A 1OUEA 1GB0A 1GB6A 3A34A 3B0KA 4LGKA 1HEWA 5KXNA 2G4NA 3D9AC 4HSFA 1CJ8A 1EQEA 1G7MC 4LYZA 4YEOA 4AXTA 1PZYA 4XJHA 5KXMA 4J7VA 1TBYA 4IJ4A 4LT1A 1GDWA 4WG1A 1G7LC 3B0IA 3IJUA 1JSFA 3WXUA 1YIKA 1OUDA 2CWIA 1JUGA 4R6CA 1B7NA 1LZDA 1IWUA 1QUTA 3AGHA 2W1LA 4GLVA 1QIOA 1IY4A 2MEEA 1CJ7A 4WOAA 1LZCA 1B5UA 4P2EA 1YANA 2DQGY 1DI5A 1NMMA 2G4QA 3CSZA 5F16A 5LYTA 1OUJA 4NHQA 2LZ2A 2Q0MX 2YBLA 5APFA 1GEZA 1UC0A 4XENA 1BB3A 2I26L 4PRQA 3N9CA 4II8A 4WMGA 4WL7A 5B07A 5HNLA 2PC2A 2H9KA 4ETEA 1DQJC 1HHLA 1B5ZA 3B0OA 4ETCA 1OUHA 1LJ4A 4ET9A 3W6EA 1CKHA 2CJLA 5KXPA 1WTNA 3TXJA 1HERA 2RSCA 1GBYA 1IR9A 3W6CA 4WO9A 3TMUA 3QY4A 2BQFA 2BQIA 1LZAA 1LHMA 2FYDA 1LJFA 1WQQA 3T6UA 5KXKA 4LT0A 154LA 5A3EA 3AGIA 5KKIA 3A6BY 5LA5A 3ZVQA 3A6CY 4NHIA 5LVHA 4LYMA 1LMOA 4B4IA 133LA 1FKVA 2HU1A 4TX7A 1C45A 4KXIA 1LSFA 1LZEA 3WUNA 4B0DA 1NF5A 2XBSA 1ZMYL 5A3ZA 3WL2A 1T6VL 1IP1A 3AZ5A 3IWRA 4H93A 1FLYA 1LKSA 4UWNA 5FSTA 3TXBA 1IWYA 4XADA 4QDNA 3VWOA 5E4PA 3WYHA 1J1OY 1LYYA 1HMLA 3WUAA 5HMJA 2YBMA 5C6LA 4DDCA 1D9UA 2ZYCA 1HEQA 4DC4A 1H6MA 2Z2FA 2HU3A 5HNCA 1V7SA 5E9RA 5APCA 3WW6A 4DT3A 4XN6A 1SQ2L 3TMXA 1YAOA 1UUZC 1XEIA 4OOOA 5LVIA 1GHLA 4BS7A 5J7CA 3RT5X 1C08C 5LYMA 2DBTA 4H92A 2DQFC 4OOTA 4DYGA 2DQEY 2YBNA 4J1AA 4J1BA 1LYOA 1OQMA 5HMVA 5B1GA 1GE4A 1GXXA 2GV0A 5I4YA 2EQLA 5DM9A 3HBHA 1IIZA 1I20A 2CGIA 4M4OA 4MCKA 5I4WA 1IOQA 3AZ7A 1NDMC 1LMNA 3CB7A 4LYTA 4NWHA 1D0LA 3AW6A 1AT6A 4TSBA 2H5ZA 4NY5A 4H8ZA 4MSTA 4HP0A 1LMCA 207LA 2W1YA 2W1XA 3B72A 4B4EA 4NG1A 1GAZA 1GE1A 1GFHA 1GFGA 2BQNA 1A2YC 1W6ZA 3A93A 4IASA 1UIFA 3WPKA 5C6IA 2BQGA 4DDBA 3AZ6A 1HMKA 4HV2A 4ETAA 1CJ6A 2ZWBA 3P65A 4WO6A 4OWCA 4NHPA 2HEEA 1DPWA 1AZFA 5K7OA 1JTPL 5KXOA 4LFPA 2W1MA 4GN4A 3M18B 4MR1A 1GFVA 1DPXA 4GN5C 1HFZA 2F4AA 5L3IA 2EIZC 4BAFA 2I25L 2DQDY 3ZEKA 1V7TA 4XJFA 4NGZA 1JKDA 2A7DA 1IP6A 4I8SA 3D3DA 3TXDA 1W08A 9LYZA 5B1FA 4G9SA 1DZBX 1GFEA 3AZ4A 1JKBA 3WVYA 2WARA 1E8LA 4Z46A 1OUFA 2XBRA 3WXTA 1G7HC 1REZA 4N9RA 1DI3A 1N4FA 2LYOA 1OP9B 1OUBA 1IR8A 1B7LA 1NWGA 2YBHA 4H8YA 4NGWA 1HEPA 5L9JA 1YKZX 5B06A 193LA 5KXYA 3P68A 5LIOA 1LMAA 4YENA 1TCYA 1LZYA 3AGGG 2MEIA 194LA 1GE0A 1QQYA 4NHSA 1C46A 1ALCA 1BWJA 4H9HA 4TTDA 4DD1A 4ET8A 1KXWA 1BHZA 1GB8A 1VDTA 1JTOL 4U3XB 3SP3A 5LVJA 5LVGA 1GBOA 4ANRA 4DD9A 3OK0A 5D5FA 1EQ5A 4NGVA 1B7PA 1JEFA 1LSBA 4WLYA 4Z3MA 5HLLA 4XYYA 4LZTA 4NG8A 5JENB 5KJ9A 5B59A 1IWXA 1B5WA 1LYSA 1YAPA 2NWDX 1GFJA 1LTMA 5KXRA 1B2KA 2BAAA 2FBDA 3MGWA 5FELA 1LSNA 1JIYA 1LSCA 1QSAA 4NSHA 3CQLA 2BLXA 3KAMA 4ETBA 1JISA 1LHIA 1B5VA 1D0KA 1EL1A 4NEBA 4NSGA 4CFOA 1LMTA 1WQNA 1KIPC 3G3BB 4ZIXA 4GCBA 4H9CA 1BVKC 1D6PA 1FLQA 2Z12A 4TUNA 4M6DA 1IP3A 4C3WA 1UBZA 5I54A 4YF2A 4XJGA 2MEAA 4WM6A 1GFAA 4FJRA 1BWIA 2DQAA 1DKKA 4HTKA 3TXFA 3TXGA 1LKRA 1OUGA 4WM4A 1IR7A 1YROA 4CJ2A 1B5XA 6LYTA 1XFPL 2D4KA 3FI7A 5D5CA 1B9OA 1IWWA 5DN5A 3BKVA 1BB5A 4I0CA 4LYBA 4NGIA 1IWVA 1JJ3A 5HQ1A 2MEBA 3RNXA 1QSWA 1LAAA 3LHMA 1NQIA 2D91A 2HUBA 3A90A 3CT5A 2ZNXY 4LFXA 2B5ZA 4IATA 3LN2A 1QTKA 5F81A 1LOZA 4GCDA 3WMKA 2BQLA 1LZ1A 2MEFA 1GF5A 3A3RX 4DD3A 1LJEA 1GB2A 5F14A 3A3QA 134LA 1LJKA 1HENA 1IY3A 1PS5A 5KKJA 1VDQA 2Y8PA 5I4XA 1B0DA 1FKQA 4QEQA 4WM2A 4QY9A 3A95A 1IORA 1BQLY 1D6QA 1JWRA 1LZBA 1RCMA 1LSGA 2DQJY 1LJGA 1AKIA 1LSPA 2HEBA 1IC5Y 4TSCA 2BQJA 4OWAA 3BKHA 1IWZA 1GFKA 3CSQA 1KXYA 2D4JA 5T3FA 4H9BA 1VAUA 1LJNA 1D0MA 1JHLA 2DKVA 3TMVA 1GDXA 4H9AA 5LVKA 3A8ZA 1AT5A 2ZNWY 3AYQA 4NGJA 4NGOA 1B7MA 1UIEA 2BQHA 1DKJA 1OUCA 3ATOA 4DDAA 1UIBA 1UIGA 3HBEX 1AM7A 2FYCA 4PJ2C 4J0LA 1GBZA 1GPQC 2LHMA 5DN4A 2BQBA 4GCFA 1GF9A 2Z39A 4RW1A 3A94A 1LZ6A 1XSFA 1YL0X 1RE2A 4LT2A 5LA8A 1BGIA 3WVXA 1F0WA 1LJIA 1KIRC 1INUA 2Z19A 3LYOA 4NSJA 4YEMA 4PGJB 4DD7A 4NFVA 6LYZA 5EBHA 4W96A 1REMA 1B7QA 1G7IC 1NBZC 1REYA 1UA6Y 1WQMA 1YL1X 1IOCA 1MLCE 2Z37A 3AW7A 4LYOA 3RU5A 3ULRA 2G4PA 2XJWA 1O23A 4G4CA 1YILA 4N1CC 1GE2A 4XJDA 1SLYA 1LHKA 1UIDA 2BPUA 2BQOA 1JPOA 4L41A 4LYCA 4YM8A 4N5RA 1GXV2 1KIQC 5APEA 5KY1A 1TEWA 1GF3A 1XEKA 3GXRA 2F30A 2YDGA 1IEEA 4UWUA 4EOFA 153LA 1IOTA 4WLDA 4B4JA 4NGKA 4H91A 1EQ4A 4B1AA 1IP2A 2BQEA 1LSZA 4RLNA 1OUIA 1A4VA 4WLXA 1LSAA 1BVXA 3WU7A 1GFUA 3TMWA 3TXKA 2MEDA 4YOPA 3EBAB 1F6RA 2MECA 3B6LA 2MEGA 2YBIA 2F2NA 2Z2EA 1LZ8A 1YQVY 4GLAA 1P2CC 1ZVHL 1B7SA 4GN3A 1IOSA 1REXA 4CGEA 1WVUA 1VDPA 2LYMA 4GCEA 1GF8A 5F9UA 1VEDA 3IJVA 3P64A 1UACY 1QTEA 5IHGA 5DLAA 1BB4A 2DQHY 1CJ9A 1LZTA 3HBDA 1GF0A 4PPOA 1DI4A 1JKAA 4HPEA 2C8PA 2C8OA 2ZIJA 4HJZA 1GB3A 1NKHA 1IP4A 4R0FA 1HSWA 4OWBA 1GWDA 5DL9A 4WLTA 1FDLY 4HV1A 1XGUC 3HFMY 2YSSC 5C6JA 4NIJA 4XJIA 2DQIY 1RI8B 3EMSA 1WVVA 3LYTA 3CSRA 3WPLA 1XGQC 2BQKA 1I56A 1JSEA 2BQAA 5LINA 1LPIA 1LZ9A 4DD0A 1VDSA 4N8ZA 3GXKA 3W6DA 1IC7Y 2DQCY 2HECA 3W6FA 2Z18A 4Z98A 1WQRA 1IVMA 1LMQA 1LZNA 132LA 4HPIA 5F9XA 3W6BA 5I5QA 2IHLA 1HFXA 1LSMA 3TXIA 1XGTC 4CHXA 3TXEA 1LJJA 1LZGA 1LMPA 4AGAA 2BQMA 1JKCA 5FHWA 3AB6A 3EXDA 3G3AB 3QNGA 1FBIX 2BQDA 1HELA 1YAQA 1T3PA 1WQOA 2VB1A 1LZ5A 4FDYA 2D6BA 5LYZA 1DXJA 3WULA 3W3EA 4WM3A 3T36A 4D9ZA 3F6ZA 1IC4Y 4LT3A 4NWEA 4ZEEA 2IFFY 1CKCA 1FLWA 1GB5A 1UCOA 1F6SA 2ZILA 2FBBA 1FLUA 5FCPA 2X0AA 1WTMA 1ZVYB 4RW2A 1GB7A 4BADA 3AJNA 3CT1A 3CT0A 1GF6A 1YAMA 4OWHA 5ILFA 1IX0A 1B5YA 3LYZA 1IP7A 5II3A 1IWTA 2N5ZA 2MEHA 5FDJA 3WU9A 4B49A 1LSEA 3M3UA 1IO5A 1LYZA 5KXLA 2XTHA 1VFBC 2I6ZA 1GF4A 4DD2A 2HTXA 4H1PA 1BB7A 2BQCA 5IDDA 3WW5A 3WU8A 4H94A 1YKXX 3W6AA 3RW8A 4H9IA 1BWHA 3J6KA 4UWVA 5KXXA 5AMYA 1JTTL 5KXZA 2LZTA 4G4HA 1HNLA 1VATA 1GB9A 5M1YA 1RFPA 3A67Y 4QGZA 3A91A 4GCCA 1CKGA 4OWEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L35A 4WM5A 4W54A 1CNSA 1CKFA 115LA 3N9AA 4I7KA 1L15A 4N0JA 4RLMA 4LDLA 1CX7A 2BLYA 1B7OA 3RZEA 4BAPA 1TDYA 149LA 1L60A 1QDTA 1LSDA 4HTNA 4W56A 3HUQA 1LHJA 5KXTA 1QTDA 5LXWA 1LCNA 3C8RA 119LA 1QTBA 4W94A 1OUAA 208LA 4BS7A 4O34A 3C82A 1P6YA 4H8XA 1QUSA 1GFRA 1C65A 4HTQA 1L05A 2EPEA 1YKYX 3EO5A 1GEVA 1GBWA 232LA 3HU8A 5LAGA 1Z55A 1J1PY 1L83A 219LA 3ATNA 4WM1A 3C7YA 4E3UA 1HC0A 1GBXA 3A96A 152LA 4HJYA 2LYZA 1GB0A 4LGKA 139LA 1HEWA 2G4NA 1C67A 3D9AC 4XJHA 4J7VA 221LA 3SB7A 3IJUA 1JSFA 186LA 2QB0B 1QIOA 1IY4A 1CJ7A 1B5UA 162LA 4ARJA 4P2EA 1YANA 1C63A 1GEZA 1L95A 2QARC 1G06A 4XENA 4II8A 238LA 260LA 1L55A 1L76A 2CJLA 1CVKA 3TXJA 2RSCA 3W6CA 1LLHA 1P36A 3QY4A 2BQIA 1LJFA 5KXKA 2OU8A 4LT0A 3AGIA 1C6LA 3A6CY 1L47A 4KXIA 1LZEA 1ZMYL 1IP1A 3AZ5A 125LA 5FSTA 4XADA 4QDNA 3VWOA 3SB8A 3DN4A 1G07A 2Q9EA 3OE6A 4DC4A 2Z2FA 245LA 1UUZC 165LA 4OOOA 144LA 4H92A 2YBNA 1DYBA 4J1BA 1LYOA 1GE4A 5I4YA 3HBHA 1I20A 4M4OA 5I4WA 1IOQA 4LYTA 1D0LA 3AW6A 3G3VA 4TSBA 4I7LA 1D3JA 2BQNA 3OE8A 4IASA 3A93A 3WPKA 1W6ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4NHT A;  4WM5 A;  3N9E A;  4XJB A;  1CNS A;  3J4G A;  4PRU A;  1CKF A;  4N1E I;  1UIA A;  5FEK A;  5KXS A;  3N9A A;  4NGL A;  1WQP A;  2ZIK A;  4Z41 A;  1HSX A;  3K3T A;  1MEL L;  4N0J A;  1XGP C;  2Z38 A;  1JJ0 A;  4NSI A;  3E3D A;  4RLM A;  3WH1 A;  4G49 A;  4OW1 A;  1UIH A;  2BLY A;  4A7D A;  5ILC A;  1NHE A;  3LZT A;  4H90 A;  1LHH A;  1HEO A;  1B7O A;  4H9E A;  2HED A;  4BAP A;  4DWX A;  1TDY A;  4HJV A;  1BB6 A;  3OJP A;  1KXX A;  2H9J A;  3WUM A;  1QDT A;  1IP5 A;  4H9F A;  4ML7 A;  1LSD A;  4HTN A;  3TXH A;  2HEF A;  2A7F A;  1F10 A;  1HFY A;  1C7P A;  4CFP A;  1XEJ A;  1LJH A;  4EMN A;  1LHJ A;  4WG7 A;  1J1X Y;  5KXT A;  2AUB A;  5LXW A;  1B7R A;  1LCN A;  2F4G A;  4NGY A;  2YVB A;  1XGR C;  1GBS A;  2CDS A;  2EKS C;  4PHI A;  1OUA A;  208L A;  4RDS A;  4W94 A;  5L3H A;  1LZR A;  135L A;  1JJ1 A;  1GD6 A;  1GF7 A;  2YBJ A;  4O34 A;  4C5F A;  5IEL A;  1UIC A;  8LYZ A;  4H8X A;  1QUS A;  1QDR A;  5APD A;  1FN5 A;  1GE3 A;  1HEM A;  1TAY A;  3FE0 A;  3P4Z A;  2ZQ4 A;  1C10 A;  4TWS A; 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 1WVV A;  3LYT A;  3CSR A;  3WPL A;  1XGQ C;  2BQK A;  1I56 A;  1JSE A;  2BQA A;  5LIN A;  1LPI A;  1LZ9 A;  4DD0 A;  1VDS A;  4N8Z A;  3GXK A;  3W6D A;  1IC7 Y;  2DQC Y;  2HEC A;  3W6F A;  2Z18 A;  4Z98 A;  1WQR A;  1IVM A;  1LMQ A;  1LZN A;  132L A;  4HPI A;  5F9X A;  3W6B A;  5I5Q A;  2IHL A;  1HFX A;  1LSM A;  3TXI A;  1XGT C;  4CHX A;  3TXE A;  1LJJ A;  1LZG A;  1LMP A;  4AGA A;  2BQM A;  1JKC A;  5FHW A;  3AB6 A;  3EXD A;  3G3A B;  3QNG A;  1FBI X;  2BQD A;  1HEL A;  1YAQ A;  1T3P A;  1WQO A;  2VB1 A;  1LZ5 A;  4FDY A;  2D6B A;  5LYZ A;  1DXJ A;  3WUL A;  3W3E A;  4WM3 A;  3T36 A;  4D9Z A;  3F6Z A;  1IC4 Y;  4LT3 A;  4NWE A;  4ZEE A;  2IFF Y;  1CKC A;  1FLW A;  1GB5 A;  1UCO A;  1F6S A;  2ZIL A;  2FBB A;  1FLU A;  5FCP A;  2X0A A;  1WTM A;  1ZVY B;  4RW2 A;  1GB7 A;  4BAD A;  3AJN A;  3CT1 A;  3CT0 A;  1GF6 A;  1YAM A;  4OWH A;  5ILF A;  1IX0 A;  1B5Y A;  3LYZ A;  1IP7 A;  5II3 A;  1IWT A;  2N5Z A;  2MEH A;  5FDJ A;  3WU9 A;  4B49 A;  1LSE A;  3M3U A;  1IO5 A;  1LYZ A;  5KXL A;  2XTH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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