4HTNA

Mitigation of x-ray damage in macromolecular crystallography by submicrometer line focusing; total dose 1.32 x 10e+12 x-ray photons
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Mitigation of X-ray damage in macromolecular crystallography by submicrometre line focusing.
pubmed doi rcsb
total genus 53
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-11-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4htnA00
2MECA 2Z12A 1B0DA 3TXDA 3WPKA 1HFYA 4HPEA 5I4YA 1UBZA 3CSZA 4IASA 3N9CA 4YEOA 4TTDA 4DWXA 1WVVA 2BQMA 1IR9A 2Z39A 1SLYA 2DQEY 1GE0A 1O23A 2RSCA 4TSCA 4BAPA 1NBYC 5APEA 4XYYA 3WU8A 5A3ZA 3B6LA 1B5WA 1CNSA 5M1YA 3TMWA 3WMKA 1REXA 1LZRA 4Z41A 4H9IA 1HEPA 4NSGA 1GE3A 1IWVA 3RT5X 3A91A 2LHMA 1GE2A 1LJEA 4XADA 2BPUA 1LZEA 4UWNA 1LZ6A 4YENA 4GCEA 5E9RA 2ZNXY 4NIJA 2YSSC 3W3EA 5LAGA 1GFUA 4PRQA 5KXKA 1IOSA 2ZIJA 1W08A 3CQLA 4N5RA 4NWHA 2ZILA 3B0KA 2BQHA 4UWVA 1HSXA 4MSTA 1IP3A 2D91A 4P2EA 1JJ1A 3SP3A 1YKZX 2FYCA 2VB1A 1LHLA 4H92A 4XN6A 4KXIA 1T3PA 1IWUA 1KIPC 4AGAA 4Z46A 1B2KA 4HTQA 1NDMC 3D3DA 3MGWA 1YAMA 4NGWA 1NKHA 3WH1A 1UIBA 2D4KA 4G49A 1C43A 4ET9A 1HEMA 1XGQC 1GF3A 1H6MA 4HTNA 1XGRC 1IEEA 3BKHA 4O34A 1DXJA 1LSBA 1ALCA 5J7CA 4G9SA 1QTKA 3WYHA 4OOTA 1GWDA 4N1CC 1GF8A 1EQ4A 4LFPA 4NWEA 3CB7A 2ZQ3A 4N1EI 1H87A 2DQJY 4NSHA 1OP9B 1HENA 4D9ZA 1DPXA 1GBSA 1LYOA 1GPQC 1QTEA 1LJFA 1LOZA 4RLNA 1REMA 2DQAA 3RU5A 2D4JA 4HJYA 2LZ2A 1KXWA 4NSJA 1DI4A 1GDWA 2XTHA 4EOFA 1LSMA 3LYTA 1JEFA 3ZVQB 5LYMA 1QDRA 3G3BB 2BQKA 2G4QA 4N9RA 4WLDA 1EQEA 1D0LA 4LYBA 1HELA 1Z55A 4ANRA 3IJVA 1FBIX 5APCA 154LA 1W6ZA 2EPEA 5IDDA 4H8YA 5LVGA 2XBSA 1JITA 2MEFA 1GAYA 1GXXA 3WXUA 4CJ2A 1IWZA 3ATNA 1HF4A 3HBEX 4NHPA 1GHLA 2BQBA 1LJ4A 5T3FA 3WU7A 5DL9A 3WUAA 4NGZA 4H8ZA 4J7VA 3HBHA 4LZTA 3WPJA 4FDYA 5IHGA 1C45A 2ZNWY 1VAUA 1OUJA 2BLYA 2C8OA 3ATOA 4RLMA 4WLYA 4NGLA 5FEKA 1HMLA 207LA 1HHLA 3AW7A 3AZ6A 1JWRA 4H8XA 2BQNA 4FJRA 4H9FA 2Z38A 1PZYA 4WM5A 3LZTA 1GBZA 1LSCA 1OUCA 3CT1A 1LZAA 1ZVYB 4OWHA 1XGTC 4MCKA 3WW6A 1GFTA 1REZA 1GDXA 2IHLA 1QUTA 1JKBA 5APFA 1JISA 4CFPA 153LA 3A95A 1CJ9A 4KT3A 2ZIKA 1WQMA 3W6BA 4ETEA 1LZ9A 5I54A 1LKSA 4N0JA 1RCMA 1QSAA 4NGJA 4YEMA 1DPWA 1HFXA 1J1OY 1TAYA 1IP1A 1HEOA 1IP5A 4H9EA 1VDSA 2BQDA 5E4PA 4B0DA 4N8ZA 1LSGA 1LAAA 2Z2FA 5KXNA 3F6ZA 5B59A 3RZ4A 1GFKA 3N9EA 5APDA 1TBYA 4H9AA 3AJNA 4NHSA 3HBDA 1HERA 3RNXA 1GFHA 2MEHA 2BQFA 4PJ2C 5LXWA 1JSEA 2MEIA 1UIDA 1TCYA 4OOOA 1I1ZA 3LYOA 1WVUA 2YBNA 1VDQA 1LMTA 1BWHA 1G7JC 1LYYA 1XEIA 1IC4Y 5LA5A 4LYMA 134LA 3LYZA 1XGPC 2D4IA 1BB3A 3QE8A 4DD3A 1IWTA 1RFPA 2DKVA 1KIRC 3A3RX 1IWYA 4LFXA 3LN2A 5LAFA 1JTOL 2YBHA 4GN4A 2X0AA 4WLTA 1CKDA 2BQOA 3A94A 4YOPA 2HEBA 3A96A 5IELA 3A92A 4NGYA 3WVXA 1CKHA 1LTMA 1YL0X 5ILCA 5KKJA 3A67Y 4B4EA 1B7QA 2BQCA 3A34A 4PHIA 1FLQA 5B1GA 5KXYA 1IP4A 4X3BA 4GCDA 3TXJA 3J4GA 5L3HA 3EMSA 4BS7A 2Y8PA 3P64A 4NG1A 1IR7A 1QUSA 1N4FA 4L41A 2BQJA 4H9CA 3ULRA 4DD7A 4OWAA 4DDAA 2H9KA 4J0LA 4C3WA 4ZIXA 1GF5A 1B7OA 1YL1X 1GF4A 1GBOA 4NSIA 1UCOA 1I56A 4Z98A 1GE1A 1PS5A 5LYZA 2G4PA 2HUBA 4LT0A 5A3EA 1LPIA 2HEFA 1INUA 2HTXA 1AM7A 1BB5A 1YAPA 2NWDX 4NGOA 3CSQA 1FKQA 5KJ9A 1LMQA 3WPLA 1OUFA 1LZDA 2IFFY 4WMGA 2YBMA 3QY4A 1QSWA 1XEJA 8LYZA 3LZ2A 4ETCA 1WTMA 2ZYPA 4MR1A 5B1FA 1F0WA 4E3UA 4A7DA 2F30A 3AYQA 3B0IA 1G7IC 5LIOA 2HECA 1DI3A 1UA6Y 4M6DA 4TUNA 3FI7A 3WU9A 2ZQ4A 3A93A 5LYTA 4PRUA 4TX7A 208LA 3WL2A 2Z2EA 1GBWA 1LSPA 1UUZC 1G7HC 3K3TA 1LSZA 1UACY 4QY9A 5KXSA 5HQ1A 2C8PA 1A4VA 5D5FA 1IC5Y 2HEEA 1FLUA 1D0MA 3W6EA 5KXZA 5FELA 4DD0A 2W1YA 3OK0A 1LJHA 3T6UA 1JPOA 5DN4A 4H9HA 3EXDA 3A6BY 1IY3A 1QIOA 1CJ8A 1B7NA 1LHJA 1YANA 3A8ZA 1FKVA 1OUBA 1AT5A 3LYMA 4ML7A 3RW8A 3T36A 1LMNA 1YAOA 2YBIA 1A2YC 4NGKA 3VWOA 3WVYA 4BADA 5LVHA 4OWEA 2DQIY 1CKFA 4RW1A 4HJVA 4DDCA 5F14A 1KIQC 4G4HA 1WQOA 4NHIA 2BQEA 4GCCA 1LZYA 4LYOA 1TDYA 4CGEA 3WULA 4LGKA 1B5ZA 1GB5A 4NEBA 1RE2A 2DQFC 1OUHA 2DQDY 4DC4A 2A7DA 132LA 2CWIA 3AGHA 2LZTA 4G4BA 1LSFA 4IATA 5DM9A 4BAFA 2FYDA 4CFOA 4ZFPA 1RJCB 1B5VA 1NDGC 194LA 2CJLA 1LSDA 4NHQA 4DYGA 1B9OA 1LSAA 1YROA 1CKCA 4PGJB 4NY5A 4LT2A 4J1BA 1G7MC 2Z18A 6LYZA 1BQLY 1SQ2L 2EKSC 1HNLA 1UIFA 1CJ7A 1E8LA 1LZ1A 5LVJA 5L3IA 2N5ZA 1WQRA 4KL7A 5FCPA 4GN3A 3WUMA 1CKGA 2LYOA 4GN5C 3A90A 4H93A 4GCBA 4H1PA 4J1AA 3AZ4A 4WM3A 1LZSA 2I26L 4GLVA 5HLLA 2FBDA 1JKDA 2AUBA 3TXGA 5KXRA 1LJJA 1JKAA 4DT3A 2LYMA 4HPIA 5DLAA 1LMCA 4U3XB 4XJBA 1LCNA 2CGIA 4H90A 4XJHA 1F6RA 1GF0A 4IJ4A 2YBLA 1JSFA 2H9JA 1F10A 3P4ZA 4WO6A 5I4XA 4H9BA 1VEDA 2CDSA 1GBYA 1YQVY 4DD9A 1D0KA 2DBTA 4KPMA 1GF6A 1LZ5A 4TSBA 5B07A 4ZEEA 5C6LA 1GEZA 1LSNA 5LVIA 1XGUC 4CHXA 2YBJA 2MEGA 4ETAA 1LZCA 3TMVA 5KXPA 3AW6A 4H91A 4EMNA 2F2NA 3CT5A 4QGZA 5I4WA 1LJ3A 1NMMA 2BQAA 2I6ZA 3ZEKA 1LMPA 3WUNA 4M4OA 4HV2A 1LMOA 1XSFA 1OUDA 4LYZA 3LHMA 3G3AB 4DDBA 133LA 1WQPA 1LJKA 4NFVA 1NBZC 1BB7A 5AMYA 5LA8A 1F6SA 1FN5A 1GB6A 1LZNA 2W1LA 1BWJA 2W1XA 1GB3A 4Z3MA 3KAMA 5DN5A 5I53A 1HSWA 4NGIA 1UIGA 5F9UA 1OUEA 5KXTA 5KXOA 5FHWA 1JJ3A 1GEVA 1GB9A 2D6BA 3AB6A 1IX0A 4HSFA 1QDTA 5C6JA 1JHLA 3WW5A 1LZ4A 1HFZA 1LHKA 1EQ5A 1YKXX 4B4IA 1GFGA 3EO5A 2GV0A 2HEAA 1FLYA 1IOQA 1NHEA 4NHTA 4WM6A 1D6QA 3CSRA 1GBXA 1HMKA 1I20A 3OJPA 1C7PA 1XEKA 1FLWA 1YKYX 1GFRA 2I25L 1IP6A 1LJNA 5I5QA 1UIEA 3N9AA 1IY4A 1B5UA 1C08C 3P66A 5KXMA 4B49A 1UC0A 1LSEA 5JENB 1XFPL 4WG1A 3ZVQA 1OQMA 2DQCY 4WL6A 5D5CA 4LT3A 1DI5A 1LHIA 1LKRA 2F4GA 1NWGA 1LZ8A 3M18B 2H5ZA 3HFMY 4I8SA 1GB0A 193LA 2HU3A 5LVKA 5ILFA 2Q0MX 1AZFA 1GB2A 4YF2A 1B7LA 2W1MA 1YAQA 2BAAA 1RI8B 1D6PA 1LYSA 2YDGA 2F4AA 7LYZA 2MEDA 1KXYA 1DKKA 1DZBX 1IP7A 1HEQA 1NF5A 5HNCA 1GB8A 4UWUA 3AZ5A 2MEBA 1AKIA 1GB7A 2WARA 4TWSA 1GD6A 1YILA 2BQLA 1WQQA 1BB6A 3TXFA 4OWBA 1LJIA 3W6DA 3W6CA 3EBAB 4XJFA 1T6VL 4C5FA 5KY1A 1FDLY 3AGGG 4AXTA 5KXLA 1GFVA 6LYTA 4RW2A 1V7SA 3QNGA 1YIKA 2HEDA 1HEWA 1B7RA 1IO5A 5C6IA 4YM8A 1B5XA 2DQHY 3TXKA 1LMAA 4WM4A 1GF7A 1JTPL 3IJUA 2G4NA 2A7FA 4W96A 1VDTA 1ZVHL 4HP0A 3M3UA 3B0OA 1OUAA 1LZTA 3A6CY 4WL7A 2XJWA 5EBHA 1JJ0A 4DD2A 1IIZA 3J6KA 4QDNA 4XJGA 1GF9A 1GFJA 4WO9A 4OW1A 135LA 1CJ6A 5HMVA 5F16A 3TXHA 1LJGA 1HC0A 3TMXA 3GXRA 1UIHA 4WLXA 9LYZA 1LHHA 4HJZA 1MELL 2DQGY 5KKIA 1C10A 1WQNA 1IVMA 1IWXA 1J1PY 1VATA 1ZMYL 2BQGA 1IOTA 1B5YA 4LYCA 5HMJA 1IOCA 4WM2A 3WXTA 5II3A 1B7SA 4I0CA 2ZYCA 3IWRA 4G4CA 4GCFA 2BLXA 4XENA 4WG7A 1GFEA 4B1AA 5B06A 1P2CC 4DD1A 3TXEA 2LYZA 2PC2A 1BVKC 3AGIA 5B05A 1AT6A 1GE4A 3CT0A 4HV1A 5HNLA 4ET8A 2FBBA 4HTKA 2MEAA 3BKVA 1B7PA 1BB4A 4ETBA 5K7OA 1B7MA 1IR8A 2MEEA 1G7LC 2HU1A 1MLCE 1ZV5L 3P65A 2BQIA 3P68A 3B72A 4R6CA 1BVXA 5F81A 1LHMA 4NGVA 3AZ7A 3A3QA 2EIZC 1JUGA 1WTNA 1UIAA 2Z37A 3W6AA 1LZGA 1EL1A 3W6FA 1IWWA 1UICA 4NG8A 1LZBA 2XBRA 1IORA 2YVBA 5LINA 4WOAA 1VDPA 4XJDA 1TEWA 4B4JA 1JTTL 1DKJA 1LYZA 4QEQA 1BWIA 1GXV2 4RDSA 4W94A 2EQLA 4WM1A 1J1XY 1KXXA 4R0FA 4H94A 1C46A 3GXKA 5FDJA 4XJIA 4LYTA 4II8A 4LT1A 3D9AC 4OWCA 1V7TA 5KXWA 1DQJC 1REYA 3FE0A 5F9XA 1BGIA 3TXBA 5L9JA 3TMUA 1JIYA 1VFBC 1JKCA 3E3DA 4GLAA 1OUGA 5FSTA 3TXIA 1D9UA 5KXXA 2ZWBA 1NQIA 2Z19A 1BHZA 1OUIA 1QQYA 1IC7Y 4ETDA 4PPOA 1LSYA 2B5ZA 1GFAA 1IP2A 1GAZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B0DA 3WPKA 1L24A 4IASA 4DWXA 2BQMA 2DQEY 1L42A 221LA 1L63A 3DN1A 4TSCA 4BAPA 147LA 4I7RA 1HEPA 4NSGA 2B70A 2LHMA 1LJEA 4XADA 170LA 5E9RA 1L58A 162LA 4NIJA 3W3EA 5KXKA 2L78A 1L85A 3B0KA 4P2EA 1SX7A 1YKZX 1YAMA 1L97A 3WH1A 1UIBA 1L16A 1XGRC 3BKHA 4W55A 1DXJA 4G9SA 178LA 1L53A 4NSHA 4D9ZA 1LYOA 1GPQC 1LJFA 1LOZA 3L2XA 2LZ2A 1GDWA 4EOFA 2NTHA 5LYMA 4N9RA 210LA 1L19A 154LA 1KY1A 4H8YA 1L17A 2MEFA 1GAYA 3HH3A 2OU9A 1IWZA 3ATNA 3HBEX 1LJ4A 3WU7A 3WUAA 3WPJA 2C8OA 4RLMA 3K2RA 1HHLA 3AZ6A 1PZYA 3LZTA 4IAPA 3CT1A 1LZAA 3HWLA 3WW6A 1GFTA 1QT7A 4CFPA 153LA 2ZIKA 3W6BA 5I54A 251LA 1QSAA 3HU9A 2Z2FA 3RZ4A 3AJNA 4NHSA 3RNXA 2MEHA 2RBNA 250LA 2YBNA 234LA 236LA 2HUKA 1LMTA 1BWHA 1G7JC 1LYYA 1CUPA 3LYZA 1BB3A 1C6LA 3SB6A 1IWTA 1KIRC 5LAFA 2YBHA 2X0AA 1CKDA 172LA 1CKHA 1YL0X 3DKEX 4DJHA 125LA 151LA 5L3HA 2Y8PA 1L0JA 4L41A 1L23A 4OWAA 4J0LA 1YL1X 2CUUA 1AM7A 3CSQA 4I7QA 1L35A 1XJUA 2O7AA 2YBMA 3QY4A 3HT6A 235LA 1KW5A 3LZ2A 4ETCA 5B1FA 1F0WA 4E3UA 4A7DA 2F30A 1L39A 2HECA 4M6DA 1UA6Y 3FI7A 3A93A 1L55A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2MEC A;  2Z12 A;  1B0D A;  3TXD A;  3WPK A;  1HFY A;  4HPE A;  5I4Y A;  1UBZ A;  3CSZ A;  4IAS A;  3N9C A;  4YEO A;  4TTD A;  4DWX A;  1WVV A;  2BQM A;  1IR9 A;  2Z39 A;  1SLY A;  2DQE Y;  1GE0 A;  1O23 A;  2RSC A;  4TSC A;  4BAP A;  1NBY C;  5APE A;  4XYY A;  3WU8 A;  5A3Z A;  3B6L A;  1B5W A;  1CNS A;  5M1Y A;  3TMW A;  3WMK A;  1REX A;  1LZR A;  4Z41 A;  4H9I A;  1HEP A;  4NSG A;  1GE3 A;  1IWV A;  3RT5 X;  3A91 A;  2LHM A;  1GE2 A;  1LJE A;  4XAD A;  2BPU A;  1LZE A;  4UWN A;  1LZ6 A;  4YEN A;  4GCE A;  5E9R A;  2ZNX Y;  4NIJ A;  2YSS C;  3W3E A;  5LAG A;  1GFU A;  4PRQ A;  5KXK A;  1IOS A;  2ZIJ A;  1W08 A;  3CQL A;  4N5R A;  4NWH A;  2ZIL A;  3B0K A;  2BQH A;  4UWV A;  1HSX A;  4MST A;  1IP3 A;  2D91 A;  4P2E A;  1JJ1 A;  3SP3 A;  1YKZ X;  2FYC A;  2VB1 A;  1LHL A;  4H92 A;  4XN6 A;  4KXI A;  1T3P A;  1IWU A;  1KIP C;  4AGA A;  4Z46 A;  1B2K A;  4HTQ A;  1NDM C;  3D3D A;  3MGW A;  1YAM A;  4NGW A;  1NKH A;  3WH1 A;  1UIB A;  2D4K A;  4G49 A;  1C43 A;  4ET9 A;  1HEM A;  1XGQ C;  1GF3 A; 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 5KKI A;  1C10 A;  1WQN A;  1IVM A;  1IWX A;  1J1P Y;  1VAT A;  1ZMY L;  2BQG A;  1IOT A;  1B5Y A;  4LYC A;  5HMJ A;  1IOC A;  4WM2 A;  3WXT A;  5II3 A;  1B7S A;  4I0C A;  2ZYC A;  3IWR A;  4G4C A;  4GCF A;  2BLX A;  4XEN A;  4WG7 A;  1GFE A;  4B1A A;  5B06 A;  1P2C C;  4DD1 A;  3TXE A;  2LYZ A;  2PC2 A;  1BVK C;  3AGI A;  5B05 A;  1AT6 A;  1GE4 A;  3CT0 A;  4HV1 A;  5HNL A;  4ET8 A;  2FBB A;  4HTK A;  2MEA A;  3BKV A;  1B7P A;  1BB4 A;  4ETB A;  5K7O A;  1B7M A;  1IR8 A;  2MEE A;  1G7L C;  2HU1 A;  1MLC E;  1ZV5 L;  3P65 A;  2BQI A;  3P68 A;  3B72 A;  4R6C A;  1BVX A;  5F81 A;  1LHM A;  4NGV A;  3AZ7 A;  3A3Q A;  2EIZ C;  1JUG A;  1WTN A;  1UIA A;  2Z37 A;  3W6A A;  1LZG A;  1EL1 A;  3W6F A;  1IWW A;  1UIC A;  4NG8 A;  1LZB A;  2XBR A;  1IOR A;  2YVB A;  5LIN A;  4WOA A;  1VDP A;  4XJD A;  1TEW A;  4B4J A;  1JTT L;  1DKJ A;  1LYZ A;  4QEQ A;  1BWI A;  1GXV 2;  4RDS A;  4W94 A;  2EQL A;  4WM1 A;  1J1X Y;  1KXX A;  4R0F A;  4H94 A;  1C46 A;  3GXK A;  5FDJ A;  4XJI A;  4LYT A;  4II8 A;  4LT1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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