1L87A

Similar hydrophobic replacements of leu 99 and phe 153 within the core of t4 lysozyme have different structural and thermodynamic consequences
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTLRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Similar hydrophobic replacements of Leu99 and Phe153 within the core of T4 lysozyme have different structural and thermodynamic consequences.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l87A00
1CU2A 1T6HA 1L70A 123LA 228LA 1XEPA 1L76A 188LA 3GULA 1L24A 1LWGA 2RB1X 3GUKA 2OEAX 1L81A 1C62A 1D2WA 1C64A 219LA 1CV3A 1L82A 3L64A 4PK0A 4W54A 3DKEX 2Q9DA 1CUQA 1L73A 2CUUA 255LA 2A4TA 3HH3A 3DMZA 3HH6A 1L35A 1L75A 1L03A 1L79A 4W59A 2B72A 214LA 260LA 4ARMB 1I6SA 2LZMA 1L52A 1C67A 246LA 176LA 3C7YA 4EKQA 1SWYA 2B7XA 1T8AA 1L85A 1OVJA 137LA 1P2RA 1C6MA 3C8RA 3PBLA 1P7SA 216LA 4I7KA 2O4WA 1CV5A 1C60A 250LA 1QUDA 172LA 1QS5A 1DYCA 4W57A 1QT7A 3SBAA 182LA 1L06A 3K2RA 6LZMA 3HT6A 150LA 1CU5A 1SX2A 177LA 3NY8A 206LA 1QT8A 2OTZX 3HDFA 113LA 109LA 252LA 1ZYTA 1L16A 1C6LA 156LA 1TLAA 2O79A 3CDTA 4EPFA 118LA 173LA 4W52A 1L47A 3SB9A 3G3VA 4EKSA 1CVKA 119LA 198LA 229LA 3DN0A 4LDLA 2RBRA 247LA 1SX7A 1LPYA 220LA 1C6JA 1L68A 1L15A 4ARMA 1LYDA 4DAJA 1C66A 231LA 1DYFA 184LA 1D3JA 201LA 2LCBA 3RZEA 1KY1A 3RUNA 1L39A 1C6NA 3DMXA 205LA 1OWYA 1L36A 148LE 1QS9A 3SB7A 4S0WA 1PQMA 162LA 1L83A 4LZMA 1L84A 1C6EA 1SWZA 2HUKA 4GBRB 240LA 1OV7A 4AQNA 1C6BA 2OE7X 1LGUA 3HH4A 1LWKA 1P3NA 1L49A 159LA 3G3XA 3HH5A 4I7OA 174LA 3L2XA 3SB5A 1L44A 2HULA 2O7AA 108LA 2OU9A 3GUOA 1CU0A 1D2YA 196LA 1NHBA 4W58A 144LA 4ARJA 1L29A 1L12A 2L78A 4DJHA 168LA 1C6CA 245LA 1L0KA 1L67A 209LA 254LA 115LA 1DYAA 1OWZA 1L51A 2RBOA 4EXMA 2OU0X 1L31A 3NYAA 2Q9EA 1G0PA 1T97A 1L62A 244LA 1L48A 142LA 1QTZA 3DN3A 1L50A 1L11A 103LA 1L98A 1L32A 146LA 4ZPUA 155LA 234LA 167LA 1KS3A 1C68A 4I7RA 223LA 5LZMA 3VW7A 1L22A 1L46A 2B6XA 3C8SA 1LLHA 1CV0A 1PQOA 138LA 1L01A 190LA 1C61A 1P46A 2OTYX 2B70A 3HDEA 180LA 4I7MA 1CX6A 1OVKA 238LA 1L0JA 210LA 3V2WA 1L00A 3HTFA 1L33A 1LYEA 1L95A 253LA 2OE4X 3SN6R 237LA 3C81A 1L13A 1LI3A 2F2QA 1QUGA 2RBQA 2B6TA 104LA 1QTBA 1ZWNA 175LA 4I7TA 1L45A 1L28A 256LA 1QUOA 3CDRA 1CUPA 4K5YA 1G1VA 197LA 1CV6A 1JTMA 3HTBA 3DN8A 226LA 1L38A 1L94A 212LA 157LA 128LA 1LYIA 166LA 4EKPA 4YX7C 4ARLA 1QTDA 125LA 1L54A 261LA 3ODUA 1LGXA 1OV5A 1PQJA 1JQUA 236LA 1L05A 1L10A 1LYHA 1QTCA 217LA 1P2LA 3SB8A 230LA 3CDVA 1D3NA 1T8GA 1D9WA 3C7WA 1P56A 3OE0A 1L41A 1L58A 131LA 1L56A 2RBPA 213LA 3PDSA 1L57A 1EPYA 114LA 1OVHA 1L25A 3G3WA 3GUJA 1L53A 2RH1A 1L88A 224LA 211LA 3HU8A 1L60A 3QAKA 3GUNA 1D3MA 130LA 143LA 1G0GA 1L89A 1C6QA 3HUQA 259LA 4EKRA 1WTHA 4ARQB 1DYEA 1SSYA 1L04A 102LA 3UONA 4DKLA 258LA 186LA 3C80A 152LA 178LA 1LW9A 160LA 3CDQA 3DN1A 1LI2A 1L43A 2RBSA 2NTHA 4I7LA 1LGWA 3FI5A 1L99A 161LA 4W51A 221LA 199LA 1L21A 243LA 2B74A 2NTGA 164LA 195LA 122LA 235LA 1P5CA 110LA 242LA 4PJZA 1C6DA 1B6IA 165LA 1L71A 3SBBC 1L59A 1G0LA 158LA 2ANXA 1P6YA 1G1WA 1XJUA 233LA 145LA 2QARC 181LA 2B75A 1L09A 163LA 1QUHA 1DYBA 1L87A 3C82A 1L86A 1L93A 4I7NA 3HWLA 1PQKA 1L02A 2OU8A 3F9LA 1QT3A 1DYDA 1C65A 1SSWA 2RAYX 169LA 1L34A 249LA 171LA 3F8VA 4ARQA 4GRVA 1L07A 248LA 1L40A 3GUPA 3NY9A 4IAPA 1G06A 1QT5A 1C6PA 2Z6BA 140LA 1PQDA 2B6YA 151LA 1OYUA 139LA 2B6WA 192LA 3OE8A 4LDOA 1QSBA 1L80A 4EPIA 1L64A 1C6KA 241LA 3HUKA 2OE9X 120LA 251LA 4W56A 1DYGA 1C6TA 3HU9A 1L26A 4I7PA 1D3FA 1L18A 3HT9A 3HTGA 183LA 126LA 3DN6A 218LA 1L65A 1L96A 2F47A 1P64A 4W53A 127LA 4OO9A 3DN4A 1T8FA 257LA 1L97A 1L77A 1L63A 4EJ4A 1L27A 1CU6A 1G0MA 2RB0X 3HT8A 225LA 1CU3A 189LA 3V2YA 3D4SA 2B6ZA 1LYJA 3SB6A 1PQIA 1CV4A 1G0JA 1L30A 2ANVA 3C8QA 1CV1A 4YXCA 1G0QA 3C83A 129LA 1L91A 222LA 3HT7A 262LA 2RAZX 2F32A 1L55A 4W55A 1QT6A 2IGCA 1P36A 4I7JA 3OE9A 1KY0A 215LA 1L14A 1L37A 4ARPA 3CDOA 2HUMA 111LA 1LYGA 2RB2X 3DNAA 3JR6A 1LI6A 149LA 1QTVA 1XJTA 227LA 3LZMA 1C6GA 1QT4A 4E97A 1L17A 1L72A 3FA0A 3HTDA 1QSQA 4I7SA 1C63A 1CTWA 1L23A 1L74A 3DMVA 7LZMA 1L92A 1L69A 4YXAC 1L20A 1L19A 1L66A 1KNIA 1L08A 147LA 239LA 4I7QA 112LA 1C6IA 1C6AA 2QB0B 3GUIA 1C6HA 1C6FA 1KW7A 107LA 1ZURA 3EMLA 200LA 1C69A 141LA 170LA 1CX7A 232LA 1G0KA 2B73A 3FADA 3GUMA 1JTNA 3HUAA 3DN2A 1G07A 185LA 1K28A 1L90A 1L61A 1P37A 5I14A 1L42A 2LC9A 1QTHA 187LA 2RBNA 3OE6A 4LDEA 3C7ZA 1LYFA 1KW5A 191LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1T6HA 4WL7A 1PZYA 1GEZA 2ZYCA 188LA 1F0WA 4XJFA 2YBIA 3GULA 1L24A 1C62A 2EIZC 2ZQ4A 219LA 1L82A 5KKJA 4XJBA 2XBRA 3P64A 1JPOA 2AUBA 2CUUA 1GB2A 4WLYA 1LZ5A 2N5ZA 1L35A 1UBZA 1L03A 1T3PA 3OJPA 1DI5A 1C67A 246LA 1IP7A 3HBEX 176LA 3C7YA 4EKQA 2B7XA 1L85A 1OVJA 1WVVA 3C8RA 1CKHA 1GDXA 1C60A 1QUDA 172LA 3K2RA 4NWHA 4KPMA 2VB1A 177LA 5HMJA 206LA 4YENA 4DQ5A 2XQOA 113LA 5KXKA 109LA 4GLVA 1ZYTA 1L16A 2O79A 1ALCA 1GD6A 2EQLA 1GB9A 118LA 1KXXA 1IP1A 4W52A 1LHHA 1LJHA 3SB9A 1RE2A 1CVKA 3AGGG 4QDNA 5APFA 3GXRA 4WM1A 4DAJA 1LYDA 5LA8A 2YDGA 4HSFA 1JKBA 1LSMA 4I0CA 1FN5A 4QEQA 3RZEA 1KY1A 4UWNA 3RUNA 5L9JA 1C6NA 1JJ1A 3DMXA 1IWTA 4B0DA 4I8SA 1UIFA 1IP2A 3WXTA 2BQBA 4WM2A 7LYZA 4RW2A 1IOTA 2OE7X 2Z2EA 1LMCA 1LWKA 159LA 2FYDA 1OUEA 4I7OA 4ZFPA 3L2XA 4NIJA 2O7AA 1CJ7A 4PRUA 2OU9A 1LZAA 2MEFA 4HJVA 4W58A 1YROA 4ARJA 1L29A 1LYSA 1XGTC 168LA 1L0KA 1L67A 5KXPA 1LAAA 1T97A 244LA 1L50A 1L11A 3A91A 2BQMA 4J1BA 5KKIA 1L32A 1KS3A 4I7RA 4LFPA 1L46A 2B6XA 190LA 1C61A 4BADA 133LA 4AXTA 2B70A 2Z37A 4YEMA 238LA 3V2WA 5AMYA 4NHIA 1L00A 2OE4X 3WH1A 1L95A 253LA 3SN6R 5KXOA 1MELL 1IP5A 1ZWNA 1HEMA 3ZEKA 256LA 1CUPA 4K5YA 1HEWA 1B7MA 2FBBA 4TUNA 1LZBA 5B1GA 1UC0A 1KIQC 4XN6A 3CQLA 4HTKA 1PQJA 4DDBA 1YANA 3SB8A 230LA 1F6RA 1WQOA 1BWHA 134LA 1L58A 1GFRA 2Z39A 4OOOA 1EPYA 1L25A 3G3WA 1L53A 1B5XA 2CJLA 3CSRA 4G4BA 1REYA 130LA 4BAFA 3ZVQA 1G0GA 1LZEA 1C6QA 2ZYPA 4EKRA 1WTHA 102LA 1LJKA 1XGRC 4DKLA 5APEA 3DN1A 4WO6A 3CDQA 2ZWBA 3FI5A 1IWZA 1L99A 4W51A 2B74A 4N1EI 4NG8A 122LA 3TXEA 1CKDA 1P5CA 2F4AA 2EKSC 4GCBA 1G0LA 1GFJA 1XJUA 2QARC 1GFKA 4X3BA 5LIOA 4OWCA 2BQGA 1LMAA 1QUHA 1L86A 4G4CA 4I7NA 5LVIA 1H87A 6LYTA 1DYDA 3WW5A 2RAYX 169LA 4R0FA 249LA 3F8VA 4ARQA 1DI4A 2XBSA 1L40A 1LZYA 2BQAA 2Z6BA 1QIOA 2DQFC 1PS5A 139LA 3LZTA 4TTDA 1IP4A 1L64A 5DN4A 4EPIA 4FDYA 1T6VL 241LA 1TCYA 8LYZA 2NWDX 1DPWA 1BB6A 3HTGA 183LA 1L96A 4GCCA 1P64A 127LA 1XEKA 3DN4A 1IORA 1JITA 1L77A 154LA 1L27A 2XTHA 2RB0X 225LA 3V2YA 1GFGA 3SB6A 1IR7A 1GB3A 5I4WA 3ATNA 5LVJA 1REMA 2RAZX 2F32A 1NBYC 1D6QA 1LZGA 1KY0A 2HEEA 5B05A 1IP6A 215LA 3P4ZA 3CDOA 1WTNA 5APCA 3LZMA 1LI6A 149LA 227LA 1LSGA 3FA0A 3HTDA 1QDTA 4YXAC 5L3HA 4BS7A 1IC4Y 3TXJA 4R6CA 239LA 1LZ4A 1C6IA 2FBDA 3GUIA 4NHQA 3TMUA 1C08C 4AGAA 1GF5A 4B4IA 1NMMA 200LA 170LA 1CX7A 1NKHA 2B73A 1GB8A 1JTNA 2PC2A 1GF8A 1L90A 1L61A 1JWRA 1P37A 5I14A 1L42A 2LC9A 3C7ZA 3B0OA 4LYBA 1KW5A 1CU2A 2C8OA 1L70A 4DDCA 1OQMA 228LA 1XEPA 4Z46A 2MEHA 1HHLA 1EQ5A 3EBAB 2YBMA 2I26L 1LJGA 3LYTA 3L64A 1L73A 3J4GA 4ETAA 4GLAA 4B4EA 1L79A 3HBDA 3P65A 1B5YA 6LYZA 4W59A 2B72A 2MECA 3A3RX 3TXKA 4A7DA 1GPQC 1OUHA 2BQKA 1GAZA 5HNCA 1JKAA 5IDDA 1IR8A 1SWYA 1LYOA 3PBLA 5L3IA 1UIDA 4I7KA 1CV5A 3LZ2A 1DYCA 1IO5A 4U3XB 1L06A 6LZMA 1GFUA 1XGPC 150LA 1SX2A 2DQJY 1BHZA 1VEDA 3NY8A 2OTZX 4NSGA 1LZ1A 1VAUA 4EPFA 4ML7A 4H9BA 3WYHA 2BQHA 5A3ZA 1LMTA 229LA 4EMNA 1NDGC 5LINA 1WQPA 1GF4A 1SX7A 2IFFY 4QY9A 1C6JA 4ARMA 1CJ9A 1MLCE 1GBOA 1FBIX 3ULRA 1BB4A 1GE2A 4P2EA 3SB7A 1PQMA 1I20A 162LA 1NDMC 4LZMA 4WM4A 3VWOA 1C6EA 5LYMA 1B7SA 3B6LA 1RJCB 3W6EA 1LJEA 3W6DA 4AQNA 1C6BA 1HMKA 1GFTA 1P3NA 1L49A 4WLXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1T6H A;  4WL7 A;  1PZY A;  1GEZ A;  2ZYC A;  188L A;  1F0W A;  4XJF A;  2YBI A;  3GUL A;  1L24 A;  1C62 A;  2EIZ C;  2ZQ4 A;  219L A;  1L82 A;  5KKJ A;  4XJB A;  2XBR A;  3P64 A;  1JPO A;  2AUB A;  2CUU A;  1GB2 A;  4WLY A;  1LZ5 A;  2N5Z A;  1L35 A;  1UBZ A;  1L03 A;  1T3P A;  3OJP A;  1DI5 A;  1C67 A;  246L A;  1IP7 A;  3HBE X;  176L A;  3C7Y A;  4EKQ A;  2B7X A;  1L85 A;  1OVJ A;  1WVV A;  3C8R A;  1CKH A;  1GDX A;  1C60 A;  1QUD A;  172L A;  3K2R A;  4NWH A;  4KPM A;  2VB1 A;  177L A;  5HMJ A;  206L A;  4YEN A;  4DQ5 A;  2XQO A;  113L A;  5KXK A;  109L A;  4GLV A;  1ZYT A;  1L16 A;  2O79 A;  1ALC A;  1GD6 A;  2EQL A;  1GB9 A;  118L A;  1KXX A;  1IP1 A;  4W52 A;  1LHH A;  1LJH A;  3SB9 A;  1RE2 A;  1CVK A;  3AGG G;  4QDN A;  5APF A;  3GXR A;  4WM1 A;  4DAJ A;  1LYD A;  5LA8 A;  2YDG A;  4HSF A;  1JKB A;  1LSM A;  4I0C A;  1FN5 A;  4QEQ A;  3RZE A;  1KY1 A;  4UWN A;  3RUN A;  5L9J A;  1C6N A;  1JJ1 A;  3DMX A;  1IWT A;  4B0D A;  4I8S A;  1UIF A;  1IP2 A;  3WXT A;  2BQB A;  4WM2 A;  7LYZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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