1YILA

Structure of hen egg white lysozyme soaked with cu2-xylylbicyclam
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Protein recognition of macrocycles: binding of anti-HIV metallocyclams to lysozyme
pubmed doi rcsb
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1yilA00
1GFUA 3WULA 1FDLY 4PJ2C 4M6DA 1D0MA 1YL0X 4KPMA 5B07A 4GLAA 5FELA 2EQLA 1UACY 1XGUC 1JHLA 4DWXA 1LZDA 1NHEA 4WOAA 1AM7A 1REYA 4N0JA 1JTOL 1LZTA 1IC5Y 4LYMA 4NSGA 2B5ZA 1BWJA 2BQOA 4KT3A 4I0CA 4LT0A 3ATNA 3A91A 3AGIA 1IWYA 4KL7A 4HV1A 1GBYA 3EBAB 1GF0A 1HNLA 2I25L 1DI4A 1LZYA 5HQ1A 5L9JA 4OWBA 1JJ0A 1LSBA 3A3QA 3A95A 3AJNA 1B5VA 1C43A 2HEDA 4C5FA 5KKIA 5I53A 2LZTA 1RCMA 1TEWA 1CKCA 1QSWA 1HEWA 2BQNA 3WYHA 5KXKA 207LA 1GB6A 3AZ7A 4XJFA 3D9AC 2DQHY 1IP5A 1UIDA 2HEBA 1GFGA 1LSDA 1B7PA 2W1YA 3J4GA 3WUAA 1GF4A 1NBYC 1GE2A 1QTEA 1RJCB 5C6JA 3ZVQB 1LSFA 3T36A 1AT6A 2YBLA 2ZIJA 194LA 1F6RA 1LOZA 4RLMA 4RW1A 5I4WA 2ZQ3A 2BQCA 2D4KA 2MECA 4P2EA 2HECA 5L3HA 2DQFC 3AGGG 4E3UA 1OP9B 1DKKA 1LHKA 1LJFA 1C46A 4W94A 3ULRA 1SLYA 5F9UA 5LINA 1B7RA 2GV0A 1G7LC 3J6KA 1IP2A 1IR7A 1C10A 5HLLA 2YBIA 5E9RA 3WPKA 4ET8A 1CKFA 1IOTA 4HJYA 3WW5A 1JIYA 2C8PA 4LFPA 1A2YC 1G7IC 1GF5A 1W6ZA 2XJWA 2Z2EA 3LZTA 1LSYA 4GLVA 2ZNWY 1IOSA 4AXTA 3TMWA 4DD7A 1VDPA 4NWEA 1HC0A 1LKRA 3IJVA 4FDYA 1XGRC 4CFOA 2XTHA 4GN3A 5C6IA 1HERA 1LHMA 1GBSA 4PGJB 1GE3A 4QGZA 3WUMA 2MEIA 4GCBA 3RT5X 3W3EA 4LYTA 1WQRA 2CJLA 1LAAA 1JTPL 1GF3A 4B0DA 1DI3A 6LYTA 1LYZA 4N8ZA 1IEEA 4UWUA 4N5RA 3P66A 1LMPA 1WQQA 1NQIA 4H94A 3G3BB 4H9IA 1GDWA 3KAMA 4XJHA 1AT5A 5I4XA 4CHXA 2F30A 4R6CA 1ZVHL 1GB8A 4GCDA 4DDCA 4BADA 3QY4A 4NWHA 3GXRA 5B05A 1QDTA 1IC4Y 4BAFA 3ZEKA 2BQBA 2F4GA 1JSFA 2G4PA 3A6BY 1NDMC 1O23A 2NWDX 3TMVA 1GHLA 2C8OA 1GFAA 1VAUA 1JKAA 4OWCA 3WU9A 2ZYCA 1I56A 3W6FA 1IWVA 2LHMA 5KKJA 4NSIA 4ETEA 1HMKA 3AZ6A 4NGKA 1LMTA 1LKSA 3BKVA 1GFVA 2LYMA 3D3DA 4OWAA 153LA 2AUBA 1A4VA 3CQLA 3G3AB 3TXDA 1KXYA 4HSFA 1SQ2L 2FYCA 2LYZA 4HV2A 4TSBA 1GBWA 1LSZA 4Z3MA 2MEBA 4NG1A 1YAOA 1IWZA 1FBIX 2BQJA 3F6ZA 4NHTA 4Z98A 5JENB 2MEAA 4B1AA 4IATA 4NHPA 1TAYA 1XGTC 3LZ2A 2HU1A 4ETAA 6LYZA 3QNGA 1YQVY 1AZFA 4H90A 4NIJA 5FHWA 4DC4A 1GFKA 1J1OY 1UIGA 3CT1A 4IJ4A 1VFBC 2Z18A 3CB7A 3M3UA 3TXGA 1LJ4A 1WTNA 3BKHA 1OUJA 2F2NA 1LZBA 1LSEA 3AB6A 3TXEA 4QY9A 5M1YA 1D0KA 1AKIA 3HBHA 3W6BA 1C45A 1OUHA 1GF8A 4H8YA 3OJPA 1HMLA 4WM5A 5B59A 1UA6Y 2D4IA 3RZ4A 1IP3A 1JSEA 1T6VL 1BGIA 2BQAA 4QDNA 1HEOA 3WL2A 3P4ZA 3LYTA 2DQCY 1HEMA 1LMOA 1VDQA 4WG1A 1H87A 2YBMA 4MCKA 1JJ3A 4A7DA 1BQLY 1NF5A 5LXWA 1FKQA 1JKBA 3AYQA 5LAFA 2BQMA 2H9KA 1GEZA 2W1XA 5HMJA 2FBBA 5LVKA 5K7OA 1B7NA 1B2KA 1QUSA 4HPIA 1WQMA 3ZVQA 4D9ZA 3N9AA 4W96A 4WL6A 2IHLA 3B0IA 3TXKA 4ETDA 5KY1A 132LA 1DZBX 2BQLA 1VATA 4NG8A 5LYTA 4UWVA 1IWWA 1GB3A 1LJHA 2Z39A 3A92A 2RSCA 5B1FA 1G7JC 3EO5A 4I8SA 1GB9A 3CT0A 1IX0A 5KXRA 1BB3A 1UIEA 1NKHA 1B5ZA 2X0AA 2DKVA 3EMSA 4IASA 133LA 1LJIA 4LT2A 2DQGY 1ALCA 1J1XY 2CDSA 1XFPL 208LA 3LYZA 4NEBA 3CSRA 2DQAA 3RNXA 2BQFA 4TX7A 1CJ9A 1UIAA 1QQYA 1XSFA 1NBZC 3VWOA 3WMKA 4HJVA 1OUFA 5KXTA 4ML7A 2DBTA 2H9JA 1LSAA 4DYGA 3B72A 1QTKA 1JEFA 1OUBA 4G4CA 1XGQC 3RU5A 5FDJA 3N9CA 4KXIA 1JUGA 1LZ4A 4YEMA 4PPOA 1BB5A 1XGPC 1RFPA 154LA 4WLDA 4ANRA 4NGYA 1LZNA 1BB4A 1HSXA 1JWRA 4DD2A 1LSNA 1LZ5A 5DN5A 1JKCA 1UIHA 4G49A 1JTTL 3LYOA 4X3BA 1ZVYB 2Q0MX 4NGLA 2MEGA 1GB5A 1IP7A 5J7CA 1IVMA 2WARA 3P68A 4ZIXA 4ZFPA 5F81A 1FLYA 4DDAA 5KXSA 1B5XA 1CKHA 1LPIA 3CT5A 3TXFA 1CKDA 3TMXA 1GE4A 4EMNA 1QSAA 1P2CC 4HP0A 3WU7A 4PRUA 8LYZA 4L41A 1GFRA 1GF6A 5IHGA 1LJKA 1MLCE 1MELL 1YKXX 4GN4A 1HEQA 4TSCA 4LT3A 2HEAA 3TXIA 4OWHA 1B7SA 4WG7A 1IOCA 2YBNA 5LA5A 3ATOA 4OWEA 4XYYA 3B0OA 2VB1A 3A3RX 1IR9A 1CKGA 1XEJA 4RW2A 2BQHA 4BAPA 1FLQA 4ZEEA 1LZ9A 1GFJA 4N9RA 2A7DA 4WLXA 1FLWA 4H9EA 2I6ZA 3LHMA 3A6CY 4U3XB 1OUGA 4DD9A 135LA 1BVXA 3P64A 3AZ5A 1LZRA 5APEA 2IFFY 4H9CA 4NFVA 1WVUA 1LZCA 5KXZA 1IR8A 1GB2A 1HELA 2MEEA 1LZEA 4DD1A 3WH1A 2EKSC 4XJBA 1OUCA 7LYZA 1INUA 4WLYA 1KIQC 1OUDA 4J0LA 5LYZA 1B7QA 2F4AA 134LA 4LT1A 2D4JA 1D0LA 2MEFA 3W6DA 4ETCA 3W6EA 1IIZA 3AGHA 3E3DA 5HMVA 4B4EA 1BB7A 1IY4A 4ETBA 2N5ZA 5F16A 1GFHA 3N9EA 5I4YA 1WQOA 193LA 1EQ4A 1YAQA 2CGIA 2Z19A 3QE8A 4WM2A 4CJ2A 1B5YA 1Z55A 4J7VA 4XJDA 1UC0A 4G9SA 1GPQC 4H92A 2ZWBA 2Y8PA 5KXNA 4LFXA 1DXJA 5DL9A 4H1PA 1N4FA 2Z38A 1GWDA 3AW7A 3M18B 1FN5A 1LJJA 1HEPA 4XENA 1DI5A 3TMUA 1FLUA 1LSCA 3W6CA 3TXJA 2BQIA 3WVXA 4EOFA 2Z37A 4RDSA 1FKVA 5ILCA 4WO6A 5DLAA 4G4HA 5I5QA 4NGOA 1KIPC 1WTMA 1BVKC 1J1PY 4II8A 1D6PA 4NHSA 3A8ZA 1LSPA 1YAMA 2Z2FA 4WM3A 4OOTA 1B5WA 1C08C 1OUIA 4NGZA 1LHLA 1DPXA 1UCOA 2DQDY 1YAPA 1LMNA 2YBHA 5LVIA 1LSMA 4H8XA 2BLXA 1CNSA 5LVGA 1QDRA 3WUNA 4LYZA 2ZNXY 5APDA 2EIZC 4LYOA 5A3EA 1TBYA 2YSSC 4M4OA 1GF9A 1LZAA 3A96A 4PRQA 1UBZA 2BLYA 3TXHA 5FCPA 4C3WA 5HNCA 1LZ6A 1TCYA 2CWIA 1G7MC 3AW6A 1C7PA 1D6QA 4DT3A 1CJ7A 1GBXA 1YKYX 1F6SA 3T6UA 1UIBA 1LJNA 1HENA 5KXWA 1JITA 1B9OA 3P65A 4YOPA 4CGEA 4WMGA 5A3ZA 1LMAA 4GCFA 1V7SA 4YM8A 5LVJA 1I20A 1QUTA 4HTNA 4O34A 4WM6A 2ZYPA 1E8LA 4HTQA 1JPOA 5F14A 5KXPA 4PHIA 1EQ5A 1YROA 4GCEA 5KXLA 1B5UA 1CJ8A 1LZSA 1IP4A 1VEDA 3HBDA 1UIFA 2I26L 4R0FA 1VDTA 3HFMY 1LMQA 1CJ6A 5T3FA 4NSJA 4YENA 1IO5A 1F0WA 1W08A 2BQDA 1V7TA 1IY3A 1GE1A 1BWIA 1EQEA 2W1MA 3A67Y 1LHIA 4J1AA 4UWNA 4WO9A 4WL7A 2ZIKA 1REXA 2FBDA 4N1CC 4YEOA 4B4JA 1GXXA 3IJUA 4H93A 5LAGA 4H9HA 4XJGA 4LYBA 5FSTA 1IP6A 5LIOA 2MEDA 2FYDA 3LYMA 1LMCA 3LN2A 1ZMYL 1LZ8A 5ILFA 3SP3A 1GFEA 1RI8B 3AZ4A 4HPEA 4NGJA 4WLTA 4H9FA 5II3A 2DQJY 1HFYA 5D5CA 4Z46A 2ZQ4A 1WVVA 4XJIA 3RW8A 5KXOA 1HHLA 1WQPA 4HTKA 5L3IA 1B7OA 3TXBA 3HBEX 1HSWA 4LGKA 1GBZA 4WM4A 2BQKA 1HFZA 1YILA 3CSZA 1PZYA 4H9AA 4LZTA 2Z12A 3WVYA 4YF2A 1GAYA 4NHIA 3WU8A 2XBRA 5C6LA 1KXWA 1GEVA 1ZV5L 4H9BA 1PS5A 3IWRA 1LCNA 5KJ9A 1TDYA 1VDSA 9LYZA 1GB7A 5LA8A 2PC2A 1OUEA 4CFPA 1LZ1A 1LYSA 3WW6A 1BWHA 1UICA 3A34A 5EBHA 4NGIA 2HEEA 3A90A 2LYOA 4NSHA 5HNLA 5IDDA 5IELA 4NGWA 5DN4A 3EXDA 1DKJA 1KIRC 1LHJA 2YBJA 1LJEA 1WQNA 2HU3A 1XEIA 2D91A 4OW1A 2YVBA 1LYYA 1GBOA 1YANA 3MGWA 5DM9A 1GF7A 5AMYA 1LSGA 2DQIY 2G4QA 2EPEA 5I54A 4G4BA 4AGAA 1KXXA 4TWSA 5B06A 1LHHA 3FE0A 1NDGC 1IWXA 3K3TA 3A93A 4QEQA 4MSTA 4LYCA 1YKZX 5FEKA 3WPJA 5KXYA 1QIOA 1GXV2 2D6BA 5F9XA 5B1GA 5E4PA 5D5FA 1GB0A 1OUAA 1B0DA 4MR1A 5KXXA 1YIKA 5LVHA 1REMA 2DQEY 1F10A 1B7LA 1OQMA 1NWGA 1GDXA 4B49A 5KXMA 1NMMA 3GXKA 4HJZA 3OK0A 2HUBA 4NY5A 4XADA 1B7MA 1D9UA 2BQGA 2XBSA 1IWTA 4WM1A 4H91A 1JJ1A 3CSQA 3FI7A 1LZGA 1DQJC 4J1BA 4DD3A 1T3PA 4FJRA 4NHQA 1DPWA 3W6AA 4N1EI 2BQEA 3B6LA 4GN5C 4B4IA 2ZILA 1I1ZA 5APFA 1JKDA 2W1LA 2G4NA 2BAAA 1RE2A 1JISA 2LZ2A 4BS7A 4TTDA 2YDGA 2MEHA 1GFTA 1HF4A 1GD6A 1IWUA 5APCA 1IP1A 4Z41A 1YL1X 3WXTA 2HEFA 1LTMA 1LYOA 3WPLA 5LYMA 2A7FA 3B0KA 4DDBA 4TUNA 1IORA 4H8ZA 3WXUA 1HFXA 2BPUA 4DD0A 1IC7Y 1G7HC 2H5ZA 1GAZA 4XN6A 3A94A 1BHZA 4GCCA 1BB6A 1LJ3A 4NGVA 1XEKA 4RLNA 1IOQA 4OOOA 1UUZC 1REZA 1EL1A 2HTXA 1H6MA 1GE0A 4ET9A 1LJGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CV4A 1YL0X 1UACY 1XGUC 4DWXA 1LZDA 4WOAA 1IC5Y 4NSGA 1GBYA 1DI4A 5HQ1A 5L9JA 5KKIA 1TEWA 5KXKA 1GB6A 4XJFA 1B7PA 2W1YA 3J4GA 2RBPA 3SBBC 5C6JA 1CU5A 199LA 1L61A 143LA 214LA 232LA 4RW1A 2BQCA 2DQFC 3G3XA 1OP9B 1C46A 5F9UA 1B7RA 222LA 3J6KA 1C10A 3WPKA 3WW5A 1IOTA 1G7IC 1W6ZA 3LZTA 4AXTA 1IOSA 4NWEA 4LDEA 2RBNA 4FDYA 4GN3A 1GE3A 128LA 163LA 1L04A 1DI3A 1QTCA 113LA 254LA 4N5RA 3P66A 1LMPA 3HT7A 3G3BB 4CHXA 4YXCA 3QY4A 2B6ZA 1QSQA 2F4GA 3A6BY 1L53A 1QT5A 1GHLA 4LDLA 1GFAA 3F9LA 4OWCA 4YXAC 4NGKA 224LA 153LA 3GUKA 4I7KA 1L79A 1KXYA 1GBWA 4ARPA 231LA 3F6ZA 4Z98A 1L50A 2MEAA 4B1AA 1XGTC 1L44A 2HU1A 4DC4A 1J1OY 1QUOA 2Z18A 3TXGA 1WTNA 1OUJA 1LZBA 3AB6A 3TXEA 1AKIA 1OUHA 1GF8A 3OJPA 1C6TA 3GUIA 3RZ4A 1JSEA 1T6VL 4EKQA 3WL2A 3LYTA 1LMOA 1H87A 1JTMA 3CDVA 5LXWA 3GUOA 5K7OA 2FBBA 5LVKA 3DN1A 181LA 2IHLA 258LA 2RAZX 3C82A 1G0LA 1VATA 1SWZA 3A92A 1L0KA 1OWZA 1GB9A 3CT0A 1IX0A 5KXRA 1NKHA 2X0AA 2DKVA 1LJIA 1SSYA 2CDSA 115LA 2DQAA 2BQFA 2LC9A 1UIAA 1QQYA 261LA 3VWOA 1OUFA 1LSAA 2Z6BA 4DYGA 1JQUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GFU A;  3WUL A;  1FDL Y;  4PJ2 C;  4M6D A;  1D0M A;  1YL0 X;  4KPM A;  5B07 A;  4GLA A;  5FEL A;  2EQL A;  1UAC Y;  1XGU C;  1JHL A;  4DWX A;  1LZD A;  1NHE A;  4WOA A;  1AM7 A;  1REY A;  4N0J A;  1JTO L;  1LZT A;  1IC5 Y;  4LYM A;  4NSG A;  2B5Z A;  1BWJ A;  2BQO A;  4KT3 A;  4I0C A;  4LT0 A;  3ATN A;  3A91 A;  3AGI A;  1IWY A;  4KL7 A;  4HV1 A;  1GBY A;  3EBA B;  1GF0 A;  1HNL A;  2I25 L;  1DI4 A;  1LZY A;  5HQ1 A;  5L9J A;  4OWB A;  1JJ0 A;  1LSB A;  3A3Q A;  3A95 A;  3AJN A;  1B5V A;  1C43 A;  2HED A;  4C5F A;  5KKI A;  5I53 A;  2LZT A;  1RCM A;  1TEW A;  1CKC A;  1QSW A;  1HEW A;  2BQN A;  3WYH A;  5KXK A;  207L A;  1GB6 A;  3AZ7 A;  4XJF A;  3D9A C;  2DQH Y;  1IP5 A;  1UID A;  2HEB A;  1GFG A;  1LSD A;  1B7P A;  2W1Y A;  3J4G A;  3WUA A;  1GF4 A;  1NBY C;  1GE2 A;  1QTE A;  1RJC B;  5C6J A;  3ZVQ B;  1LSF A;  3T36 A;  1AT6 A;  2YBL A;  2ZIJ A;  194L A;  1F6R A;  1LOZ A;  4RLM A;  4RW1 A;  5I4W A;  2ZQ3 A;  2BQC A;  2D4K A;  2MEC A;  4P2E A;  2HEC A;  5L3H A;  2DQF C;  3AGG G;  4E3U A; 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 2D91 A;  4OW1 A;  2YVB A;  1LYY A;  1GBO A;  1YAN A;  3MGW A;  5DM9 A;  1GF7 A;  5AMY A;  1LSG A;  2DQI Y;  2G4Q A;  2EPE A;  5I54 A;  4G4B A;  4AGA A;  1KXX A;  4TWS A;  5B06 A;  1LHH A;  3FE0 A;  1NDG C;  1IWX A;  3K3T A;  3A93 A;  4QEQ A;  4MST A;  4LYC A;  1YKZ X;  5FEK A;  3WPJ A;  5KXY A;  1QIO A;  1GXV 2;  2D6B A;  5F9X A;  5B1G A;  5E4P A;  5D5F A;  1GB0 A;  1OUA A;  1B0D A;  4MR1 A;  5KXX A;  1YIK A;  5LVH A;  1REM A;  2DQE Y;  1F10 A;  1B7L A;  1OQM A;  1NWG A;  1GDX A;  4B49 A;  5KXM A;  1NMM A;  3GXK A;  4HJZ A;  3OK0 A;  2HUB A;  4NY5 A;  4XAD A;  1B7M A;  1D9U A;  2BQG A;  2XBS A;  1IWT A;  4WM1 A;  4H91 A;  1JJ1 A;  3CSQ A;  3FI7 A;  1LZG A;  1DQJ C;  4J1B A;  4DD3 A;  1T3P A;  4FJR A;  4NHQ A;  1DPW A;  3W6A A;  4N1E I;  2BQE A;  3B6L A;  4GN5 C;  4B4I A;  2ZIL A;  1I1Z A;  5APF A;  1JKD A;  2W1L A;  2G4N A;  2BAA A;  1RE2 A;  1JIS A;  2LZ2 A;  4BS7 A;  4TTD A;  2YDG A;  2MEH A;  1GFT A;  1HF4 A;  1GD6 A;  1IWU A;  5APC A;  1IP1 A;  4Z41 A;  1YL1 X;  3WXT A;  2HEF A;  1LTM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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