1CV6A

T4 lysozyme mutant v149m
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRMITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Methionine and alanine substitutions show that the formation of wild-type-like structure in the carboxy-terminal domain of T4 lysozyme is a rate-limiting step in folding.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-08-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1cv6A00
1G1VA 2QARC 160LA 1L70A 1L77A 3DN3A 1C60A 3L64A 3RZEA 231LA 2B7XA 118LA 3HT9A 1G0QA 1L64A 4I7KA 123LA 3UONA 1L71A 1L15A 1QTZA 1QTDA 4EKSA 1G0GA 2RBOA 2OEAX 1C61A 4YXCA 2NTHA 4YXAC 4DKLA 4I7TA 1T8FA 4ARMA 216LA 237LA 3HU9A 1KW7A 214LA 4W52A 1QT7A 3DKEX 1L55A 1L72A 4I7LA 1SX2A 4PJZA 2LC9A 1D2WA 262LA 2B74A 1CUQA 1L33A 173LA 1SWYA 4ARQB 1KNIA 3L2XA 1L90A 4ARJA 228LA 195LA 1P64A 3DMVA 4ARPA 3DMXA 235LA 3SN6R 1L87A 1L08A 3HH3A 2RB0X 2RB2X 3SBBC 155LA 3HDFA 1XEPA 1G0PA 1L23A 1L40A 1L68A 1CV5A 3OE9A 1P2LA 131LA 3F9LA 102LA 115LA 3HT7A 242LA 1L61A 3V2YA 1L96A 3FA0A 1DYDA 1LWKA 1L47A 3CDRA 3CDTA 211LA 1DYEA 1D2YA 146LA 3SBAA 229LA 1JTMA 3CDVA 3G3VA 1C65A 196LA 1L42A 227LA 4W54A 1L66A 6LZMA 4W59A 3NYAA 138LA 4EPIA 3C7WA 2F2QA 1L09A 3CDQA 1CV0A 2F32A 1QT4A 1L84A 166LA 4W57A 3HTGA 1L82A 114LA 1CU6A 104LA 1D3NA 4LDEA 3V2WA 1QSBA 182LA 1L97A 1C6GA 1CU2A 1P2RA 1C64A 161LA 224LA 1CVKA 1KS3A 3C82A 253LA 3SB9A 4I7OA 1SX7A 2B73A 1L04A 2L78A 226LA 245LA 3HTBA 128LA 3SB8A 1DYCA 163LA 1KW5A 1CTWA 1KY0A 137LA 4S0WA 4E97A 1C6JA 1C63A 1QS9A 2Z6BA 1L45A 1PQIA 2F47A 1TLAA 1L17A 2LCBA 2RAYX 1OWYA 174LA 4EKPA 1L20A 1L85A 1C6DA 1L79A 1L00A 1L50A 2B6ZA 164LA 3PBLA 1T8GA 1CU3A 1L11A 1P46A 176LA 1L83A 1OVHA 3C7YA 209LA 254LA 1LGUA 4YX7C 170LA 233LA 188LA 171LA 184LA 1LI3A 172LA 1L25A 1ZURA 1CV1A 1D3FA 2RBQA 1L93A 1L74A 1L81A 107LA 1LYHA 3GUMA 181LA 1L32A 2B6TA 3DN0A 1OWZA 1QUDA 218LA 4EKQA 1L65A 1C6NA 141LA 3C8RA 1I6SA 3SB5A 140LA 1L53A 3GUJA 217LA 3OE8A 1CX7A 1L27A 1L59A 3HU8A 1B6IA 3DN1A 255LA 147LA 1T8AA 2B6XA 4W53A 3C81A 109LA 1QUGA 1G0KA 3FADA 1L58A 1D9WA 251LA 4W58A 2B70A 3K2RA 1L03A 1LI2A 4I7SA 145LA 1SWZA 4W56A 3ODUA 198LA 3NY9A 3HH5A 187LA 1L0JA 1C6BA 1DYFA 1DYAA 1L16A 3SB6A 4I7JA 4EJ4A 1L21A 258LA 230LA 1L07A 2OE7X 1L60A 1LYEA 238LA 215LA 1KY1A 232LA 249LA 4GRVA 1QUOA 2B6YA 4ARMB 236LA 129LA 1C6CA 3OE6A 1L88A 130LA 168LA 2OE4X 1C6IA 1G06A 1L51A 1QT8A 3C7ZA 3DN8A 1ZYTA 250LA 1P7SA 1L57A 1L69A 260LA 1LGXA 1C6FA 1C62A 190LA 1OYUA 4LZMA 1L49A 3HT6A 1L31A 1CX6A 3DN4A 1L26A 1L75A 247LA 1G0JA 1L52A 1XJUA 3GUNA 2RBPA 1LWGA 3G3WA 1K28A 1LYFA 178LA 1L06A 4AQNA 1QTCA 3DNAA 3EMLA 3HUKA 1L86A 1L19A 3HTDA 1L56A 1P37A 1L05A 3DN6A 1LW9A 1P56A 156LA 3GUIA 143LA 1LLHA 4ZPUA 1LYJA 1L24A 2ANVA 1L62A 1L12A 2NTGA 139LA 3PDSA 177LA 1D3MA 1L39A 1L29A 3DN2A 3JR6A 108LA 169LA 3HT8A 2RBSA 165LA 1L36A 219LA 4W55A 3HTFA 125LA 1L92A 1L95A 1DYGA 159LA 1JQUA 1C6EA 2OE9X 120LA 3HH6A 119LA 4DJHA 186LA 3F8VA 4I7RA 1QS5A 1L98A 158LA 183LA 4K5YA 2B6WA 3C8QA 241LA 1L37A 5LZMA 127LA 1QTVA 2OU9A 1OV5A 4ARQA 1L35A 259LA 149LA 1XJTA 110LA 1L02A 192LA 175LA 1QT3A 3HDEA 2O7AA 261LA 1C6LA 2O4WA 1C6QA 1P5CA 1OVKA 252LA 2HULA 1NHBA 223LA 3GUOA 220LA 4OO9A 4EXMA 5I14A 162LA 180LA 1SSYA 4I7QA 3HH4A 2RAZX 4LDLA 197LA 201LA 206LA 1L10A 1PQMA 1G0LA 248LA 2Q9DA 3RUNA 2RBNA 1EPYA 2ANXA 1C67A 3HUAA 3G3XA 4I7MA 3GULA 1L80A 4ARLA 148LE 191LA 199LA 1L13A 222LA 1CV4A 1QT5A 1CV3A 1P6YA 225LA 4IAPA 126LA 1LYDA 144LA 157LA 2QB0B 122LA 1OVJA 1C6KA 3C83A 111LA 1L76A 1L41A 2O79A 4I7NA 152LA 189LA 1LI6A 3CDOA 1C6PA 1LYIA 3HUQA 113LA 1P36A 4GBRB 2OU8A 151LA 1D3JA 4I7PA 1LPYA 4EPFA 3LZMA 1C6MA 1SSWA 2OTZX 4EKRA 1C6TA 1C69A 1L01A 4PK0A 3VW7A 2B72A 2IGCA 1C6HA 257LA 1ZWNA 1T97A 2OTYX 1L0KA 1L30A 112LA 1L28A 1L99A 1PQDA 185LA 1L46A 4LDOA 243LA 239LA 234LA 4DAJA 1G0MA 1C68A 1L34A 1L22A 1L63A 1LYGA 1QUHA 2RH1A 1T6HA 1L94A 3HWLA 2RBRA 246LA 1L44A 1L14A 150LA 213LA 2HUKA 1QSQA 167LA 1L73A 2Q9EA 142LA 244LA 3GUKA 7LZMA 1JTNA 221LA 1L48A 1OV7A 3D4SA 1C6AA 200LA 2CUUA 1C66A 205LA 2LZMA 1L89A 1P3NA 3DMZA 1L43A 1G07A 2HUMA 3QAKA 1CU0A 1CV6A 1QT6A 4W51A 212LA 256LA 1DYBA 1CU5A 2A4TA 210LA 3C8SA 3SB7A 1QTBA 3OE0A 1L91A 1WTHA 103LA 3C80A 3GUPA 1L38A 1L18A 1PQOA 3FI5A 2RB1X 3NY8A 1L54A 2B75A 1LGWA 240LA 1L67A 1QTHA 1PQJA 2OU0X 1G1WA 1PQKA 1CUPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OQMA 5ILCA 8LYZA 1C60A 3L64A 231LA 1HERA 5A3EA 3CSQA 4LT3A 3UONA 1QTZA 4MR1A 216LA 237LA 4W52A 214LA 3RU5A 1QT7A 1L72A 4I7LA 4PJZA 2B74A 1H6MA 1SWYA 3TXBA 4WLYA 3L2XA 1OUBA 4UWUA 4HTQA 1LHHA 1GF6A 1L87A 1L08A 1B7SA 1OUAA 2ZILA 1CKCA 2VB1A 3WUAA 1P2LA 6LYZA 3W6FA 1B7MA 4X3BA 3A8ZA 3V2YA 1YL1X 1NBYC 3CDTA 1IWTA 211LA 1DYEA 3A3QA 3SBAA 1IOSA 5I4YA 4QY9A 3CDVA 1BGIA 3WPLA 1L66A 1LKSA 3WXUA 3N9EA 6LZMA 3NYAA 1I20A 3TXFA 3C7WA 2F2QA 3TXEA 1JTOL 3B0IA 3EXDA 1JTPL 1GFAA 3RZ4A 1CV0A 5F9XA 2BQMA 1V7TA 4DQ5A 3B0KA 3LZTA 4W57A 5KY1A 1EQEA 2EQLA 1CU6A 1V7SA 1LSPA 4WM3A 4N9RA 1CU2A 1CKGA 5KXZA 2LZTA 5D5CA 1KXXA 1IORA 1LZ8A 2ZIKA 2D4JA 1N4FA 128LA 163LA 5FHWA 4LYOA 1C6JA 1D0LA 1L45A 4IASA 3TXIA 4II8A 174LA 4W96A 1JSFA 3W6EA 1C6DA 1L50A 164LA 5HMVA 1WQRA 1GFEA 1T8GA 3K3TA 2CDSA 209LA 1G7LC 3LYZA 4YX7C 4NGIA 1NDMC 4GN5C 1CV1A 1NHEA 1WQNA 2DQHY 1L81A 4H8YA 107LA 1JJ0A 1LYHA 1GBWA 4WG7A 1KIPC 2B6TA 3DN0A 1LHLA 218LA 4EKQA 3C8RA 1I6SA 2YBHA 4H90A 1G7IC 1B5WA 1L27A 4B0DA 1BVXA 4FDYA 1C46A 1B6IA 147LA 4W53A 1GBYA 109LA 1IWYA 2YBLA 3IJUA 4RW1A 154LA 3AZ6A 4AXTA 5APEA 1LMAA 3K2RA 4BAFA 2I6ZA 1L03A 4W56A 3LYMA 198LA 1GHLA 1GF3A 3NY9A 3HH5A 187LA 2YSSC 1C6BA 4PRUA 4YM8A 4HJZA 1NF5A 230LA 1L07A 215LA 1KY1A 232LA 2F30A 4Z98A 4M6DA 1J1PY 2BQBA 1L88A 1LJIA 1LZEA 168LA 1UA6Y 2DQGY 1BWHA 1L51A 3C7ZA 5APCA 3DN8A 4B4JA 250LA 4WM1A 3TXHA 1RJCB 4NGJA 1C6FA 190LA 1OYUA 4NGVA 4W94A 1L75A 2BQLA 1CJ9A 1G0JA 4GLAA 1IP4A 4ET9A 5LA8A 1LSMA 178LA 4LFXA 1FBIX 1QTCA 3EMLA 3HUKA 3ATOA 1L19A 3HTDA 3ULRA 156LA 4P2EA 1LLHA 2DQCY 1L24A 2ANVA 4WG1A 1L62A 4H91A 1LKRA 1GE0A 3AW7A 5L3IA 1GPQC 1L39A 3JR6A 108LA 169LA 1QUSA 1G7MC 1LSNA 1L95A 1DYGA 3WU7A 2YBNA 1JSEA 1SLYA 1JQUA 5LVIA 1B7OA 186LA 3F8VA 5II3A 1QS5A 1NBZC 4N1EI 4NWEA 3WUNA 3A90A 1LZ5A 1UBZA 5LZMA 241LA 4ARQA 5FCPA 1L35A 2HEFA 2RSCA 1W6ZA 3HDEA 1OUJA 261LA 1C6LA 2W1XA 2O4WA 2HULA 4XADA 223LA 1BHZA 3HH4A 1GF4A 1PQMA 1JKBA 1HENA 1IP1A 4TUNA 1C67A 1JKAA 1LJHA 4G9SA 2C8PA 1A2YC 4XENA 1HC0A 1JHLA 1IP6A 148LE 1W08A 4GCFA 1QT5A 4OWEA 1IC4Y 2ZNWY 126LA 1GBZA 1LYDA 4RLMA 111LA 1L41A 4H9HA 3EO5A 1JJ1A 1GD6A 113LA 1ZVYB 1YL0X 3B6LA 2BPUA 4CFOA 3RW8A 4WLDA 4HPIA 4L41A 5F81A 5E4PA 1GB6A 3WPJA 1SSWA 2DQAA 1TCYA 4WLTA 2B72A 1OUEA 1L30A 1L28A 1LZSA 239LA 4U3XB 2MEHA 3J4GA 1C68A 5LVKA 1TBYA 4H8ZA 4OWBA 2RH1A 4OOOA 1LZ6A 5F9UA 2X0AA 5KXMA 4OWHA 1DI5A 4PHIA 5KKJA 150LA 1QSQA 167LA 4H9FA 5HLLA 1OV7A 2D91A 4OWCA 5L9JA 200LA 2MEIA 1REMA 205LA 2LZMA 3A94A 3DMZA 3GXKA 1L43A 4W51A 3W6DA 1LSCA 212LA 3AZ7A 4LZTA 1VDPA 210LA 2MEBA 3C8SA 1HFXA 4GN4A 1KXYA 1WTHA 3GUPA 1L38A 1L18A 1AKIA 1WTNA 3NY8A 2MECA 1QQYA 5I4XA 1QUTA 1UACY 1PQJA 2OU0X 1CUPA 1G1VA 1L70A 2A7FA 4LT0A 2Z2EA 3RZEA 2N5ZA 1FKVA 1IOTA 5LVGA 4GCCA 1G0QA 4I7KA 5C6IA 123LA 1REZA 3N9CA 1LOZA 1G0GA 2RBOA 1C61A 7LYZA 4YXCA 3MGWA 1GFUA 3A92A 3WXTA 1CUQA 1A4VA 1VDSA 1D0MA 3GXRA 1YROA 1KNIA 2DQDY 1VEDA 1I1ZA 4ARPA 1IR7A 1C10A 1XFPL 1GWDA 2F2NA 4G4HA 4H9AA 1LZRA 4Z46A 4PRQA 155LA 3HDFA 4B1AA 1HEMA 1L23A 4DD1A 1AT6A 4N8ZA 1HSWA 1HEOA 1C7PA 115LA 1LHKA 242LA 4N5RA 1LPIA 1LSBA 1VDTA 2ZQ3A 5A3ZA 1L47A 1D2YA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1OQM A;  5ILC A;  8LYZ A;  1C60 A;  3L64 A;  231L A;  1HER A;  5A3E A;  3CSQ A;  4LT3 A;  3UON A;  1QTZ A;  4MR1 A;  216L A;  237L A;  4W52 A;  214L A;  3RU5 A;  1QT7 A;  1L72 A;  4I7L A;  4PJZ A;  2B74 A;  1H6M A;  1SWY A;  3TXB A;  4WLY A;  3L2X A;  1OUB A;  4UWU A;  4HTQ A;  1LHH A;  1GF6 A;  1L87 A;  1L08 A;  1B7S A;  1OUA A;  2ZIL A;  1CKC A;  2VB1 A;  3WUA A;  1P2L A;  6LYZ A;  3W6F A;  1B7M A;  4X3B A;  3A8Z A;  3V2Y A;  1YL1 X;  1NBY C;  3CDT A;  1IWT A;  211L A;  1DYE A;  3A3Q A;  3SBA A;  1IOS A;  5I4Y A;  4QY9 A;  3CDV A;  1BGI A;  3WPL A;  1L66 A;  1LKS A;  3WXU A;  3N9E A;  6LZM A;  3NYA A;  1I20 A;  3TXF A;  3C7W A;  2F2Q A;  3TXE A;  1JTO L;  3B0I A;  3EXD A;  1JTP L;  1GFA A;  3RZ4 A;  1CV0 A;  5F9X A;  2BQM A;  1V7T A;  4DQ5 A;  3B0K A;  3LZT A;  4W57 A;  5KY1 A;  1EQE A;  2EQL A;  1CU6 A;  1V7S A;  1LSP A;  4WM3 A;  4N9R A;  1CU2 A;  1CKG A;  5KXZ A;  2LZT A;  5D5C A;  1KXX A;  1IOR A;  1LZ8 A;  2ZIK A;  2D4J A;  1N4F A;  128L A;  163L A;  5FHW A;  4LYO A;  1C6J A;  1D0L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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