3C7YA

Mutant r96a of t4 lysozyme in wildtype background at 298k
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRACALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords lysozyme
publication title Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Bacteriophage t4
total genus 60
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3c7yA00
1QSBA 3C83A 4ARQB 1QUDA 1C69A 1L72A 1OV7A 1JQUA 1T6HA 3GUJA 1L51A 1C6FA 4W55A 146LA 187LA 1L22A 1PQKA 2F47A 4I7QA 4YX7C 3DMVA 3FADA 115LA 1OWZA 176LA 1L19A 180LA 1LGXA 1QT7A 4I7JA 4IAPA 3F8VA 7LZMA 109LA 1EPYA 1P56A 3SB6A 258LA 2O4WA 131LA 169LA 1LI6A 3LZMA 1OYUA 1L07A 260LA 1SSWA 1C6QA 1L86A 1L84A 1P3NA 1LWGA 1L99A 4LDLA 3OE8A 3DN3A 1G0LA 1L15A 246LA 1L24A 1CX6A 1P5CA 3HT6A 123LA 1C6IA 1L58A 1LYDA 1SWZA 1L03A 2Z6BA 4W52A 1L61A 2OTYX 3RZEA 1LYHA 1QTVA 1L92A 186LA 2B6TA 1LLHA 1L87A 256LA 1QT8A 1L25A 3HU9A 1L60A 3DN6A 1L11A 3HTFA 3GUOA 128LA 218LA 1L29A 1CU3A 139LA 1G0QA 1L02A 1L12A 4EKQA 3SN6R 165LA 4K5YA 1L83A 2RBOA 1L94A 1KY0A 4W51A 1C6JA 3K2RA 3D4SA 1L74A 192LA 1L43A 224LA 1L56A 1QS9A 211LA 262LA 4W54A 1P37A 4YXAC 184LA 1D3MA 2OU8A 6LZMA 1P64A 1XEPA 189LA 4EKSA 129LA 2RBPA 1P2RA 4GBRB 1L35A 2F2QA 1CU6A 227LA 1QTZA 3DN4A 1C63A 3PDSA 3SBAA 252LA 2B6ZA 1L42A 3C7ZA 201LA 137LA 3C81A 3SB9A 1LI2A 1L32A 3HDEA 174LA 1KNIA 1JTNA 1L82A 2OE7X 1L96A 3SB7A 1D2WA 4EKPA 118LA 158LA 2RAZX 3L64A 1XJTA 1PQIA 190LA 1L71A 1KW5A 220LA 1WTHA 1L41A 2QB0B 167LA 1L16A 4EJ4A 172LA 3OE9A 1C6CA 1I6SA 4I7MA 161LA 144LA 4I7KA 3C80A 4I7OA 1OVJA 3DN8A 1L85A 2OU0X 1L80A 1PQDA 1L66A 1L28A 1L31A 240LA 1L73A 2RH1A 248LA 217LA 231LA 3UONA 1CUPA 1PQMA 3SB8A 4I7TA 250LA 138LA 2RB1X 1L89A 2B6WA 152LA 1K28A 3NY9A 1DYAA 1QT3A 257LA 253LA 1G0KA 3SBBC 2HUMA 157LA 162LA 206LA 1L62A 1L95A 1C68A 5I14A 3HT8A 1P36A 1CU0A 168LA 1QTHA 1L46A 1QS5A 1L97A 1DYBA 1L30A 3CDOA 2ANVA 2RBQA 114LA 4I7LA 3VW7A 236LA 3OE6A 1L21A 1DYFA 1G1WA 1L26A 219LA 2O79A 2RBSA 1NHBA 1C6GA 2B6XA 1L04A 1QUHA 2B72A 1T8GA 185LA 2QARC 1L20A 1D3FA 188LA 1DYGA 1L64A 2LZMA 4EPFA 102LA 229LA 3FA0A 198LA 1CU2A 159LA 241LA 4DKLA 1LGWA 3HH3A 1D2YA 1C61A 1DYDA 1OVHA 1L0KA 3CDTA 4EXMA 120LA 142LA 191LA 1L53A 234LA 205LA 2RB0X 4W56A 2NTGA 178LA 1L10A 141LA 164LA 1L08A 4LDOA 1L55A 1C62A 4ZPUA 4YXCA 2B7XA 130LA 4W53A 2IGCA 3HUQA 1L52A 1G06A 222LA 1P6YA 1L40A 3HU8A 1KS3A 3DKEX 3FI5A 170LA 1L49A 3C82A 1QT4A 1G1VA 1C6MA 2B75A 2RBNA 183LA 1LYGA 3DN2A 1LPYA 1CV3A 1T8AA 1D9WA 1LGUA 112LA 3PBLA 4DJHA 195LA 3GULA 2LC9A 261LA 1C6EA 1TLAA 3CDRA 1T8FA 140LA 1L34A 4ARJA 1PQJA 1PQOA 1QTCA 235LA 1C6LA 1KW7A 238LA 215LA 1L68A 1L01A 1L48A 1OWYA 1T97A 156LA 3NYAA 1P7SA 175LA 3HDFA 1L00A 3DN0A 3HTBA 1CV6A 1OV5A 1L44A 151LA 2HUKA 166LA 2A4TA 4I7SA 1CV0A 1L06A 1L91A 225LA 4I7RA 1L05A 210LA 3SB5A 148LE 2O7AA 1L70A 1LW9A 2NTHA 1KY1A 212LA 2CUUA 126LA 214LA 3C8SA 1LI3A 3GUKA 4S0WA 4W57A 226LA 221LA 125LA 1LYJA 103LA 145LA 1QSQA 1C6TA 2Q9EA 2RAYX 245LA 2F32A 1L67A 1SWYA 108LA 1P46A 3C8QA 3HUAA 1CU5A 4PJZA 1L88A 1L77A 3DMZA 3C8RA 200LA 111LA 1QTBA 3HH5A 1L63A 1QUOA 3HUKA 1C66A 1LYIA 243LA 199LA 3HWLA 1CV5A 171LA 3V2WA 2ANXA 3DMXA 1L38A 107LA 4ARPA 1QT6A 4OO9A 1L75A 4PK0A 3HTDA 1L59A 3G3XA 1L39A 1LYEA 5LZMA 4DAJA 1L65A 1C6DA 1L98A 147LA 1G0GA 242LA 223LA 1L45A 150LA 3CDQA 3V2YA 4ARMA 2OTZX 3GUNA 1L09A 3HT9A 2B70A 1C67A 1L18A 4LZMA 237LA 1L79A 1C6BA 4W58A 1C6HA 1C60A 1D3NA 232LA 1QT5A 1L0JA 3RUNA 1L76A 1L33A 213LA 2Q9DA 3C7YA 113LA 2L78A 2OEAX 4LDEA 2RB2X 4AQNA 163LA 1L13A 182LA 1C6KA 4E97A 119LA 3EMLA 259LA 155LA 3ODUA 1L36A 2B73A 209LA 1C64A 1G07A 3C7WA 1G0PA 2HULA 244LA 2OU9A 177LA 1ZWNA 1JTMA 4ARLA 3JR6A 1D3JA 1L54A 110LA 1C65A 2OE9X 1L27A 3OE0A 4ARMB 1G0MA 173LA 3QAKA 1CTWA 3HH6A 255LA 1CX7A 3GUMA 2B74A 196LA 1CV4A 4W59A 228LA 197LA 1C6PA 1ZURA 1LYFA 1ZYTA 1OVKA 1DYCA 1L57A 249LA 1SX2A 149LA 3G3VA 3NY8A 1L14A 4ARQA 3HTGA 1L23A 247LA 1CUQA 160LA 1L17A 1DYEA 1G0JA 127LA 1QUGA 4I7PA 3L2XA 2B6YA 1L37A 4EKRA 1CV1A 230LA 3F9LA 3HT7A 239LA 3GUIA 1LWKA 1B6IA 4GRVA 1L47A 143LA 3GUPA 3DN1A 1SSYA 122LA 2RBRA 3HH4A 254LA 1L90A 2LCBA 3G3WA 3DNAA 181LA 3CDVA 1QTDA 216LA 1C6NA 2OE4X 1L69A 1SX7A 1CVKA 4EPIA 1L81A 1L50A 251LA 1XJUA 104LA 1C6AA 1P2LA 1L93A 233LA 4I7NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2YBJA 3C83A 4ARQB 1OV7A 1GFEA 1JQUA 1ALCA 1OUFA 2F47A 4YX7C 1IWZA 1KIQC 176LA 1OWZA 3T6UA 6LYTA 4WM2A 1KXXA 1LGXA 1QT7A 1GWDA 4IAPA 1LHHA 109LA 1EPYA 2BQMA 2LYMA 1T3PA 1HEPA 2I26L 1WQMA 2DQAA 3LZMA 4XADA 4LYMA 1G7JC 1JWRA 2YVBA 3IJVA 1HEOA 1P3NA 1GD6A 1FDLY 3DN3A 3AB6A 4LT0A 3WPJA 1GF0A 4ZFPA 123LA 1LKRA 186LA 2B6TA 1LLHA 1L87A 5B1FA 4Z3MA 1L25A 1LTMA 1D6QA 4WM5A 3HTFA 4YOPA 1LYZA 3GUOA 1AZFA 218LA 1CU3A 4I8SA 139LA 1L02A 3W3EA 2ZIKA 4KXIA 4EKQA 1UC0A 3SN6R 165LA 4TWSA 4BADA 4ETAA 1C46A 1CJ7A 1L83A 1FLYA 1L94A 5LYZA 4ZEEA 1L74A 192LA 1LSPA 4OWHA 5A3EA 1YAPA 1P37A 4YXAC 6LZMA 4WM3A 5LVGA 1LJKA 1GF4A 1P2RA 1BHZA 1BGIA 1QTZA 3A8ZA 1GF9A 3GXRA 1BWIA 3EO5A 4NGLA 1HSXA 1I20A 2C8OA 1LSAA 3IWRA 4WO6A 1D2WA 1B9OA 4W94A 3L64A 4DD0A 1VDTA 190LA 3D9AC 1L41A 1UIFA 2QB0B 1G7IC 1L16A 4EJ4A 172LA 1ZVYB 194LA 1WQRA 1C6CA 1GBYA 2MEHA 1QUSA 3C80A 4I7OA 1C7PA 3DN8A 1OVJA 5DLAA 4GCDA 1YAQA 1L31A 5I53A 4EMNA 1LYOA 3W6AA 1BB3A 231LA 3UONA 2F30A 4I7TA 4DQ7A 1LSFA 1IX0A 3EMSA 4H8YA 152LA 5B1GA 1G0KA 1GE1A 1C68A 2Z38A 1CU0A 1HSWA 2DQFC 4WG7A 168LA 4WMGA 1L97A 4ML7A 4XJGA 4I7LA 3BKVA 2YBIA 1C6GA 4R0FA 1L04A 2B72A 185LA 2BQDA 4NGWA 4C3WA 1L20A 2EQLA 4ETCA 1L64A 2LZMA 4BAFA 3FA0A 4DD3A 1GFAA 1DYDA 1IORA 1GF3A 4O34A 4B4JA 1L08A 4TX7A 1XGRC 2IGCA 3HUQA 5KY1A 2DQCY 1L40A 3HU8A 3K3TA 1KS3A 2H9JA 1GDWA 1L49A 1KXYA 5L3IA 1LJHA 2DQHY 1G1VA 1B5WA 1B5XA 5HNLA 1LPYA 3W6FA 1YAOA 1OUEA 4RW2A 1H87A 1LZRA 2DQDY 1C6EA 1TLAA 1T8FA 2N5ZA 3N9EA 3RNXA 3WU9A 1GFHA 5LVIA 1QTCA 1IP5A 1YILA 4LYOA 5FCPA 1UIEA 1LCNA 3A90A 175LA 3HBHA 3HDFA 1IP6A 3P66A 1OUGA 1L44A 4PGJB 2HUKA 1LSNA 2MEEA 1CV0A 1L06A 225LA 2BQBA 4I7RA 1L05A 1J1XY 1GFUA 4OWBA 4AXTA 148LE 1HEWA 2YBHA 4NG1A 3C8SA 226LA 1DKKA 125LA 1CKGA 3TXGA 1LYJA 3ZEKA 5IDDA 3RT5X 245LA 8LYZA 4HTKA 1P46A 1T6VL 4NY5A 1CU5A 1VDSA 1CKFA 1LSMA 1EQ5A 4AGAA 4KPMA 3HH5A 1YL1X 1HNLA 3HUKA 1LYIA 5KJ9A 1CV5A 4WM1A 171LA 1N4FA 3DMXA 4UWUA 1L75A 1UUZC 1OP9B 1BB5A 3TXDA 2LYOA 5LZMA 4B0DA 1E8LA 147LA 1MELL 242LA 150LA 4ARMA 4QEQA 3WMKA 4G49A 1IY3A 4UWVA 2HEDA 4LZMA 1Z55A 1C6BA 1C60A 5LA8A 1QT5A 1DXJA 1YIKA 4WLYA 1IP2A 4HTQA 1QQYA 1TBYA 1H6MA 4H8XA 4G4BA 4LYTA 4N1CC 119LA 1LMQA 1WTMA 1L36A 1C64A 2ZYPA 1TAYA 2XTHA 2HULA 2OU9A 4LFXA 1ZWNA 4PPOA 5E9RA 1HFZA 4ARMB 3OE0A 5HLLA 3QAKA 3HH6A 1MLCE 2ZWBA 196LA 228LA 197LA 1ZURA 1LYFA 1ZYTA 1DYCA 1GF8A 1SX2A 2D4KA 4DD1A 4KL7A 1G7MC 2GV0A 5F9XA 160LA 1IP3A 1GB5A 3A3RX 1C45A 3MGWA 1L37A 1CV1A 239LA 1XGPC 1GB3A 3GUPA 1SSYA 3EBAB 1BB6A 1D0KA 3HH4A 1L90A 3A6CY 3DNAA 181LA 3CDVA 1OUIA 4H1PA 1LZ8A 5C6IA 1L69A 4EPIA 1L81A 104LA 1C6AA 2CWIA 1RE2A 5D5CA 5II3A 1FLUA 1CNSA 3F6ZA 1GDXA 1QSBA 1L72A 4NHSA 1J1OY 5KXKA 4YEOA 4NSIA 1OUCA 4Z41A 146LA 1PQKA 1YL0X 1GB0A 115LA 1GF5A 4TUNA 3LYZA 3F8VA 2F4GA 5KXLA 1LZ1A 1EL1A 4DWXA 4H94A 2FYCA 1VAUA 169LA 1LI6A 2BQNA 2F2NA 1G7LC 1OUJA 1C6QA 3CB7A 1LSCA 1L86A 3J4GA 1L84A 3IJUA 1L99A 4HTNA 4B1AA 1G0LA 246LA 1L24A 1JPOA 2VB1A 1P5CA 1BQLY 1L58A 1LYDA 2Z6BA 3AZ6A 4W52A 5HQ1A 1L92A 1OUBA 256LA 1QT8A 1LJNA 4NSHA 3HU9A 2DQEY 4E3UA 3LZ2A 4N5RA 1JJ1A 5IHGA 4IATA 1C6JA 4QGZA 1GHLA 1QDRA 2MECA 1L43A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2YBJ A;  3C83 A;  4ARQ B;  1OV7 A;  1GFE A;  1JQU A;  1ALC A;  1OUF A;  2F47 A;  4YX7 C;  1IWZ A;  1KIQ C;  176L A;  1OWZ A;  3T6U A;  6LYT A;  4WM2 A;  1KXX A;  1LGX A;  1QT7 A;  1GWD A;  4IAP A;  1LHH A;  109L A;  1EPY A;  2BQM A;  2LYM A;  1T3P A;  1HEP A;  2I26 L;  1WQM A;  2DQA A;  3LZM A;  4XAD A;  4LYM A;  1G7J C;  1JWR A;  2YVB A;  3IJV A;  1HEO A;  1P3N A;  1GD6 A;  1FDL Y;  3DN3 A;  3AB6 A;  4LT0 A;  3WPJ A;  1GF0 A;  4ZFP A;  123L A;  1LKR A;  186L A;  2B6T A;  1LLH A;  1L87 A;  5B1F A;  4Z3M A;  1L25 A;  1LTM A;  1D6Q A;  4WM5 A;  3HTF A;  4YOP A;  1LYZ A;  3GUO A;  1AZF A;  218L A;  1CU3 A;  4I8S A;  139L A;  1L02 A;  3W3E A;  2ZIK A;  4KXI A;  4EKQ A;  1UC0 A;  3SN6 R;  165L A;  4TWS A;  4BAD A;  4ETA A;  1C46 A;  1CJ7 A;  1L83 A;  1FLY A;  1L94 A;  5LYZ A;  4ZEE A;  1L74 A;  192L A;  1LSP A;  4OWH A;  5A3E A;  1YAP A;  1P37 A;  4YXA C;  6LZM A;  4WM3 A;  5LVG A;  1LJK A;  1GF4 A;  1P2R A;  1BHZ A;  1BGI A;  1QTZ A;  3A8Z A;  1GF9 A;  3GXR A;  1BWI A;  3EO5 A;  4NGL A;  1HSX A; 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