3L2XA

Crystal structure of spin labeled t4 lysozyme mutant 115-119rx
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFCNSLCMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Spin Labeled T4 Lysozyme Mutant 115-119RX
rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-12-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3l2xA00
3V2YA 1PQJA 1L12A 114LA 1SWYA 1L11A 4EPIA 3SB7A 3HWLA 1LYHA 111LA 1C69A 110LA 4YXCA 1D3JA 1C6CA 2RAYX 3C7WA 3C8QA 4OO9A 1L55A 2OTZX 1L29A 1L14A 163LA 115LA 183LA 1L75A 119LA 4DAJA 3HU9A 217LA 3HT7A 4EJ4A 1QTDA 172LA 1P3NA 1D2WA 3DKEX 1PQMA 1CU5A 3PDSA 1L47A 225LA 1DYAA 1JTNA 1LYDA 257LA 3DN2A 1L97A 1QUHA 4W59A 1L0JA 2LC9A 3L64A 262LA 3HH6A 2OTYX 206LA 1C6PA 1C6BA 1CTWA 3HTFA 4S0WA 4W57A 1CV4A 1G0JA 1QUGA 4EXMA 4EKPA 1OYUA 3G3WA 129LA 2O7AA 141LA 1L83A 192LA 4I7KA 3NY8A 1QT5A 261LA 1LWKA 3DN4A 4I7PA 3NY9A 1L63A 214LA 1L43A 3OE6A 1D2YA 242LA 236LA 109LA 1L76A 3OE8A 1L06A 1CV0A 4GBRB 1L28A 238LA 1KW5A 4W51A 181LA 1L98A 1L0KA 2Q9DA 4I7OA 151LA 256LA 1C6QA 1SX2A 128LA 229LA 3RZEA 160LA 1L50A 1QT8A 2QARC 4DJHA 1K28A 1QSBA 251LA 174LA 161LA 1T97A 1L61A 173LA 1L01A 180LA 260LA 3C80A 1C6AA 216LA 138LA 1G07A 1KS3A 2RBPA 1L62A 1LI3A 220LA 185LA 1OVJA 131LA 126LA 3GUMA 1CU6A 1L53A 175LA 1G0MA 140LA 2Q9EA 195LA 2LCBA 1P36A 120LA 3DMZA 1QT7A 1L72A 1SSWA 1DYGA 2O4WA 4YX7C 2B72A 4I7QA 2OE4X 2O79A 1CV3A 1T8AA 1L26A 107LA 2B6TA 144LA 3NYAA 3SB5A 1D3NA 112LA 139LA 1L40A 1C6EA 1L86A 103LA 1P64A 2NTGA 189LA 3DN1A 1L30A 3DN3A 4EKSA 3RUNA 1L54A 113LA 198LA 2OU9A 1CU0A 1L07A 197LA 1L22A 1C6HA 2B7XA 2F32A 4ARPA 4ARQA 1G06A 1L41A 1P56A 215LA 223LA 224LA 4LDOA 1OV5A 237LA 3OE9A 1L88A 1L08A 3DNAA 235LA 1QT3A 3GUIA 209LA 254LA 1P7SA 2Z6BA 1PQKA 4DKLA 1G0PA 200LA 2B6YA 255LA 234LA 3EMLA 1L89A 3HT9A 2NTHA 3HDFA 146LA 190LA 1L51A 188LA 1P2LA 1G0QA 4ZPUA 1CV6A 1L82A 249LA 1DYEA 3SB8A 1L10A 4EKRA 201LA 4EKQA 4LDLA 219LA 171LA 1JTMA 2RB2X 1C63A 2ANXA 3HT6A 3SB6A 1L17A 168LA 1CUPA 177LA 1L90A 3HH4A 1L44A 1L58A 167LA 1DYFA 1L81A 5I14A 1JQUA 3HTDA 1L37A 3UONA 227LA 2F2QA 1L57A 2OE7X 122LA 1L31A 1L56A 3K2RA 1C62A 4ARMB 187LA 1L46A 196LA 1T6HA 4W53A 205LA 2B73A 2OU8A 170LA 1G0LA 1SX7A 1QTBA 3DMXA 1TLAA 1C6MA 1L24A 1CV5A 1QT6A 1L94A 1L34A 1C64A 2OU0X 1DYDA 1L70A 1LI6A 3CDVA 258LA 1QTCA 2ANVA 1EPYA 2L78A 157LA 4ARJA 3F9LA 1C6DA 230LA 1C6GA 1G0KA 1L13A 3C8SA 166LA 3C7YA 2LZMA 1L27A 226LA 159LA 1OWZA 3SB9A 130LA 147LA 3SN6R 4W54A 4W52A 1KW7A 1L36A 1DYBA 1L48A 1L52A 3JR6A 123LA 4LZMA 3HUKA 152LA 1L45A 245LA 2B74A 1ZYTA 3CDRA 1QS9A 1T8FA 3HH3A 4W56A 1D9WA 1PQOA 2B6XA 1L92A 3GUKA 3G3XA 1OWYA 4I7SA 2HULA 1L21A 182LA 1L38A 1XJTA 1PQDA 3HUQA 4W55A 1KNIA 3C8RA 3GUJA 1LGUA 104LA 1DYCA 1KY1A 2B75A 4IAPA 1B6IA 1P37A 239LA 3GULA 3SBAA 1L60A 1L02A 125LA 2B6ZA 1L85A 3CDTA 4I7JA 1P2RA 252LA 164LA 5LZMA 212LA 3L2XA 155LA 6LZMA 3D4SA 1L66A 2B70A 1CX7A 1L96A 118LA 247LA 2RB0X 2RH1A 3C7ZA 3CDOA 2QB0B 1QUDA 1LI2A 222LA 1OV7A 243LA 1L71A 1L99A 2HUKA 102LA 149LA 4E97A 4ARLA 213LA 1T8GA 3HDEA 1L15A 143LA 156LA 2B6WA 1OVHA 3OE0A 3CDQA 1LWGA 3G3VA 1C6KA 2IGCA 1L32A 1L19A 1L25A 1C61A 3HUAA 3HTGA 199LA 145LA 231LA 1XEPA 3ODUA 3GUNA 162LA 1QTVA 1LW9A 148LE 1C6IA 2RBRA 1QSQA 1ZURA 1SSYA 4I7MA 4PK0A 246LA 221LA 1LYIA 1OVKA 1C67A 1L20A 3FADA 4AQNA 1L18A 184LA 4LDEA 150LA 4GRVA 4I7RA 3VW7A 1L67A 1L64A 1LYEA 2F47A 1CVKA 4PJZA 1LLHA 169LA 3SBBC 1C60A 1L95A 1ZWNA 1C6LA 232LA 1LGXA 3GUPA 241LA 3QAKA 1QTHA 211LA 4I7TA 1CU3A 1G1VA 3HH5A 1CV1A 2OEAX 1C6NA 1CX6A 1L84A 4ARQB 2A4TA 165LA 1L68A 1I6SA 250LA 2RBOA 1P6YA 1L33A 248LA 2RB1X 1C65A 3DN8A 1L16A 1L49A 1L00A 1CU2A 1PQIA 2HUMA 178LA 108LA 3C81A 3HU8A 176LA 1CUQA 1L74A 218LA 4YXAC 3V2WA 240LA 3C82A 2RBNA 2CUUA 1D3FA 1L23A 1XJUA 2RAZX 3HT8A 1L79A 1QT4A 4K5YA 1L93A 1SWZA 1NHBA 3C83A 4W58A 1KY0A 3HTBA 186LA 3DMVA 1G0GA 1L77A 1LPYA 4I7LA 4EPFA 1L03A 1C6TA 2OE9X 1L35A 142LA 1L05A 3FA0A 1D3MA 1LYGA 1L65A 3GUOA 1G1WA 127LA 1L09A 1LYFA 1L59A 1QUOA 1C66A 3F8VA 1L39A 1QTZA 1P5CA 233LA 2RBQA 3DN6A 3PBLA 1WTHA 1QS5A 1C6FA 1LYJA 1L69A 191LA 3LZMA 1P46A 1L04A 1LGWA 137LA 228LA 210LA 244LA 3DN0A 4I7NA 1C6JA 1L80A 158LA 7LZMA 253LA 1C68A 1L73A 2RBSA 4ARMA 259LA 1L87A 1L91A 1L42A 3FI5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IVMA 3V2YA 1L11A 1C69A 1B7PA 135LA 1GWDA 1BB7A 1C6CA 4G4HA 3C8QA 1HMKA 1RFPA 2I25L 2OTZX 4NGLA 1UIBA 3J6KA 5ILCA 119LA 4TTDA 4DAJA 4EJ4A 2ZWBA 1LZNA 1P3NA 3DKEX 4WLYA 1PQMA 1CU5A 3A6BY 1D6QA 1HELA 1DYAA 2BQNA 257LA 1BWJA 4R0FA 3DN2A 2VB1A 1QUHA 1GFKA 3WUMA 4Z98A 3ZVQA 2DBTA 5I54A 3HH6A 2F2NA 5KXKA 1CTWA 3HTFA 4FDYA 5II3A 3RNXA 4GCDA 1G0JA 4EXMA 1OYUA 1JSEA 4WO9A 1LSCA 2O7AA 1L83A 4I7KA 3NY8A 2C8OA 3NY9A 1H6MA 214LA 1B5WA 4P2EA 236LA 3OE8A 1GF6A 4GBRB 4W51A 1YANA 4EMNA 2F4GA 5APEA 151LA 1T3PA 1QT8A 3RT5X 1YL0X 3TXFA 193LA 4DJHA 3B0IA 2W1MA 161LA 1UIGA 1L01A 260LA 4WG1A 1G7IC 1VDQA 2RBPA 5I4XA 1JJ0A 3A94A 4DQJA 5JENB 131LA 3GUMA 4HJYA 1IY4A 1LZYA 3CT5A 1BQLY 1EQEA 3A96A 4DDAA 2F4AA 4LT2A 4G49A 3AGGG 1AM7A 3NYAA 4NY5A 3CSRA 1B5ZA 3QY4A 1C6EA 4NGKA 4PJ2C 3WU9A 2DQGY 2ZIJA 2LYOA 1B5VA 4EKSA 4I8SA 3RUNA 4I0CA 3A8ZA 1L22A 1TCYA 1LZ6A 1JTOL 4Z46A 215LA 3F6ZA 1OUCA 1GF5A 3SP3A 1L08A 3AYQA 1JPOA 3A92A 209LA 3N9EA 1P7SA 4DKLA 2B6YA 3TXGA 3EMLA 2D6BA 1G0QA 1CV6A 1L82A 2I26L 3P4ZA 3WMKA 1L10A 1GAYA 201LA 1DKKA 4LDLA 1LSFA 1JTMA 2RB2X 1GE4A 4NGVA 2ANXA 4CHXA 1B7QA 1G7JC 168LA 1YQVY 3P65A 1L58A 167LA 1L81A 5I14A 1YKZX 4CFPA 1LZ9A 3HTDA 2YBIA 3UONA 4C3WA 5IDDA 1L57A 1L56A 2LZTA 1C62A 4H92A 205LA 2B73A 1LZ1A 170LA 1LJFA 1L94A 5LA5A 1V7SA 1GB2A 4BADA 5KY1A 1LI6A 3CDVA 1LYSA 4NSIA 1P2CC 5LVGA 2HEFA 4OWAA 1OP9B 1G0KA 1GB5A 1B7RA 3C8SA 1UIHA 3C7YA 1JJ3A 1L27A 1OWZA 1UACY 4NHPA 3SN6R 4W54A 1LJJA 4XJIA 1L52A 5FEKA 123LA 4LZMA 5HNLA 3ZVQB 152LA 4Z3MA 1IC4Y 4RW2A 1D9WA 1HSWA 4GLAA 2HEDA 1BVXA 1ZV5L 3G3XA 1DXJA 2HULA 2HU1A 2IHLA 4W55A 1KNIA 3AZ6A 3C8RA 3G3BB 3TXKA 3GULA 1MLCE 5HMVA 1L02A 1HFZA 2B6ZA 4NGIA 1IOTA 1ZMYL 5DN5A 1LMAA 2NWDX 1LMQA 1XSFA 2RH1A 3CT0A 3C7ZA 4H9FA 4O34A 1C10A 153LA 4B49A 1SQ2L 1L99A 102LA 5C6JA 1GF9A 4YOPA 1IP4A 1BB3A 4XADA 5KXYA 4E97A 213LA 5I4WA 1L15A 4DD0A 156LA 4NWHA 1OVHA 3OE0A 1OUFA 3G3VA 4CJ2A 4GLVA 145LA 1XEPA 1B0DA 162LA 1QTVA 148LE 2RBRA 1DPXA 1SSYA 2BQAA 246LA 1C67A 1L20A 4Z41A 1L18A 4H8YA 4LYTA 5DLAA 3W6EA 169LA 1C60A 1E8LA 232LA 1LGXA 3RU5A 241LA 1QTHA 2DQEY 4HSFA 1LKRA 4H1PA 1CU3A 1QSAA 4UWVA 207LA 1C6NA 1GB0A 250LA 1DI4A 248LA 1JISA 1L49A 2H9KA 4RW1A 1CUQA 1WQOA 1L74A 1WTNA 218LA 4HTQA 4N1CC 3V2WA 1DI3A 3HT8A 1GB9A 4K5YA 4LT1A 4DD1A 1G7LC 1NHBA 1SWZA 1EQ5A 2BQCA 1FKQA 1KY0A 2D91A 1JKCA 4YEMA 4I7LA 1B7SA 1L03A 3TMUA 1L35A 1LZGA 3FA0A 1D0MA 1YAOA 1REMA 5HLLA 5KJ9A 1YKYX 1G1WA 2ZIKA 4H94A 1L09A 4TWSA 4DD9A 1OUEA 1L59A 1QUOA 4HV1A 1B5YA 3AZ7A 5FCPA 1L39A 3GXRA 3DN6A 5B59A 4ET9A 1WTHA 1HEWA 4J0LA 1QS5A 3LZ2A 2FBBA 1L69A 1P46A 1LGWA 2DKVA 137LA 4NFVA 4ETAA 210LA 4D9ZA 2AUBA 4I7NA 1C08C 1C6JA 4J1AA 3WPLA 1C68A 1LSZA 3FI5A 2HEEA 4DWXA 1PQJA 1NDMC 4WLXA 4IATA 3SB7A 1LYOA 2BLXA 4OOOA 4II8A 111LA 4YXCA 1D3JA 3C7WA 4MSTA 1LSMA 3TXHA 1XGQC 1AT5A 163LA 115LA 183LA 4ML7A 4E3UA 1D0KA 4N0JA 2BPUA 1UIFA 1IC5Y 4TX7A 1JKBA 4H9HA 3J4GA 1JTNA 1LYDA 1HFXA 1UUZC 1JWRA 4NGOA 2LC9A 262LA 2ZQ3A 1LZSA 1C6BA 3CQLA 4W57A 4S0WA 5B1GA 1CV4A 1OUDA 4EKPA 1IP1A 141LA 3DN4A 3AGIA 1L63A 1XEJA 3LYZA 3LYMA 3OE6A 5HMJA 4NG1A 1D2YA 1GEZA 1L06A 1CV0A 238LA 2HU3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1IVM A;  3V2Y A;  1L11 A;  1C69 A;  1B7P A;  135L A;  1GWD A;  1BB7 A;  1C6C A;  4G4H A;  3C8Q A;  1HMK A;  1RFP A;  2I25 L;  2OTZ X;  4NGL A;  1UIB A;  3J6K A;  5ILC A;  119L A;  4TTD A;  4DAJ A;  4EJ4 A;  2ZWB A;  1LZN A;  1P3N A;  3DKE X;  4WLY A;  1PQM A;  1CU5 A;  3A6B Y;  1D6Q A;  1HEL A;  1DYA A;  2BQN A;  257L A;  1BWJ A;  4R0F A;  3DN2 A;  2VB1 A;  1QUH A;  1GFK A;  3WUM A;  4Z98 A;  3ZVQ A;  2DBT A;  5I54 A;  3HH6 A;  2F2N A;  5KXK A;  1CTW A;  3HTF A;  4FDY A;  5II3 A;  3RNX A;  4GCD A;  1G0J A;  4EXM A;  1OYU A;  1JSE A;  4WO9 A;  1LSC A;  2O7A A;  1L83 A;  4I7K A;  3NY8 A;  2C8O A;  3NY9 A;  1H6M A;  214L A;  1B5W A;  4P2E A;  236L A;  3OE8 A;  1GF6 A;  4GBR B;  4W51 A;  1YAN A;  4EMN A;  2F4G A;  5APE A;  151L A;  1T3P A;  1QT8 A;  3RT5 X;  1YL0 X;  3TXF A;  193L A;  4DJH A;  3B0I A;  2W1M A;  161L A;  1UIG A;  1L01 A;  260L A;  4WG1 A;  1G7I C;  1VDQ A;  2RBP A;  5I4X A;  1JJ0 A;  3A94 A;  4DQJ A;  5JEN B;  131L A;  3GUM A;  4HJY A;  1IY4 A;  1LZY A;  3CT5 A;  1BQL Y;  1EQE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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