5APEA

Hen egg white lysozyme reference dataset odd frames
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
publication title Terahertz Radiation Induces Non-Thermal Structural Changes Associated with Frohlich Condensation in a Protein Crystal
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME C
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-09-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5apeA00
3LHMA 1I56A 4DWXA 2Z38A 4R6CA 3CB7A 1B5ZA 2XBSA 1IP5A 3A95A 3TXHA 1UACY 1IC5Y 5ILFA 1B7PA 4RLNA 5F81A 1XEIA 154LA 4II8A 4WM5A 4EOFA 4QY9A 1UIBA 1LSNA 1UICA 2W1MA 4LYMA 2BQMA 1LSEA 1LZTA 2H5ZA 1JIYA 1VAUA 2YVBA 1FLYA 4OWCA 3IJUA 1FKQA 1FLQA 4AGAA 4J7VA 1CJ7A 1LYYA 4H91A 1RJCB 3P66A 5L9JA 1G7MC 1IP7A 2BQCA 4NFVA 1C43A 2BQBA 1F6RA 4NHSA 2MEIA 4GCCA 2H9JA 2ZYCA 1OUJA 3WVYA 3TXGA 1LZEA 1B7QA 1RFPA 4TSBA 1GBWA 1YANA 2BQFA 5AMYA 1QDTA 5C6IA 1GAZA 1GFHA 1VATA 1C7PA 1GXXA 1NBYC 2W1XA 4WLYA 1HERA 4QGZA 1LSYA 1JKAA 1OUEA 1JTTL 3AB6A 2XJWA 1LZBA 4H93A 1GXV2 1IY3A 1CKGA 3N9EA 5T3FA 4KL7A 1BB7A 4PRUA 4WG7A 1XGRC 1LMQA 1EQEA 4W96A 2ZNXY 1OUDA 1GFVA 5KXMA 4OOOA 3WXUA 1OUGA 2MEEA 3A91A 1HHLA 3KAMA 2DBTA 4NG8A 1GE3A 1LZGA 4NG1A 4WM2A 1IORA 4J0LA 4XJFA 5APDA 4ET8A 1GF3A 2CDSA 4B4IA 4HV1A 5DN4A 4ANRA 1LHMA 2HU3A 1I1ZA 4H9FA 4WM3A 1VEDA 4YENA 1NHEA 2Q0MX 1LZNA 3WXTA 4YEMA 1LSFA 4PJ2C 4ETAA 1ALCA 2BQJA 3BKVA 4CFOA 7LYZA 1QQYA 2DQGY 3W6DA 1XEJA 3WUNA 1NMMA 1JPOA 4NSHA 1IO5A 1CJ6A 3FE0A 3HBDA 1LSAA 5HNCA 1LTMA 4LT1A 3N9AA 4B0DA 4NHQA 5DL9A 4ETCA 3A34A 2IHLA 1FDLY 1YKXX 3RW8A 1JTPL 1GPQC 1J1OY 3MGWA 1NF5A 5LINA 3HBHA 4HSFA 1IR7A 1LJIA 2D91A 4P2EA 4WLXA 3W6FA 1REZA 2Y8PA 4YM8A 4XENA 1UC0A 3W6BA 2AUBA 2XBRA 1DKJA 3TXFA 3AGGG 2HU1A 1NDGC 1VDPA 1KXYA 3A67Y 3TMWA 5I4YA 8LYZA 3M18B 1A4VA 1HENA 1UUZC 3A94A 133LA 1LZ1A 1VDSA 3EMSA 3P68A 3WL2A 2FYDA 4MSTA 3WPJA 1LZSA 4NEBA 4HJVA 1INUA 4W94A 132LA 1HEOA 1LMNA 3K3TA 4E3UA 4PGJB 5I4XA 1I20A 1UA6Y 193LA 1LSCA 3AZ4A 4WO9A 5K7OA 1D0KA 3LZ2A 3LYZA 3TXDA 1LZ5A 2D4IA 1XGPC 5DLAA 1C10A 4LT0A 2HTXA 1AT6A 4FDYA 3ULRA 4DDCA 4YF2A 1B5XA 1QTEA 1WVVA 3RU5A 4ML7A 1OUFA 4L41A 5LAGA 4WMGA 5LVIA 1JKCA 1OUCA 208LA 2ZIKA 5HLLA 3CSZA 1XSFA 2Z2FA 3BKHA 2F4GA 4I8SA 2LYOA 4TUNA 4NHPA 1OUAA 4DD0A 4KXIA 1TCYA 4I0CA 1XEKA 1GF6A 1GE1A 3CSRA 1GDXA 1LZCA 2HUBA 5F14A 1CJ8A 3B72A 1WQNA 3A3QA 1LMOA 1YILA 4NSJA 1GFKA 5II3A 4RLMA 4OOTA 4M6DA 2EQLA 4D9ZA 1QDRA 5EBHA 1IOCA 1JKDA 4BAFA 1HEWA 2LYMA 3WU8A 4C3WA 1NWGA 5E9RA 3GXKA 4RDSA 4U3XB 1BWHA 1CKDA 1AZFA 5B07A 1OUHA 1OP9B 1ZVHL 4DD2A 2HEAA 1IX0A 3A92A 4UWVA 1F0WA 2YBHA 5KXPA 1YAOA 3LZTA 4UWUA 4YEOA 5JENB 3A93A 2HEDA 5LVJA 2BLYA 1HFXA 1D6PA 1UIAA 1IIZA 3CT1A 1GFUA 3AZ6A 1C46A 3W3EA 1LKSA 3D9AC 3QE8A 1HF4A 5FSTA 4WG1A 3WW6A 1YKYX 1LSPA 1GD6A 2F4AA 1LMTA 4DD7A 2BQNA 4GLAA 2W1YA 4OW1A 2I25L 3T36A 4LFXA 2F30A 2EPEA 1ZVYB 4NY5A 5APFA 3WYHA 3B0KA 1CKHA 1IOTA 3N9CA 3ZVQB 3TMVA 5LVGA 4WLTA 2BAAA 4H1PA 3A6BY 1LJGA 1F6SA 1GWDA 1BVKC 1N4FA 3RT5X 5KJ9A 2WARA 4HTKA 2CGIA 4XJHA 4LYBA 4G4BA 1GFAA 1LSZA 3AZ5A 2DQFC 4NGJA 5KKJA 1B7MA 1JEFA 3VWOA 5IELA 1GB9A 2B5ZA 1CKCA 3TXJA 5C6JA 5A3ZA 4NHIA 4N0JA 5J7CA 1QUTA 3AJNA 4H9BA 2I26L 1NDMC 2NWDX 2HEFA 2N5ZA 1LJ4A 1LYOA 4HP0A 1QTKA 4XN6A 5L3HA 4H94A 4XJGA 3ATOA 2C8PA 4DDBA 1IP6A 1REMA 3WUAA 4B4JA 5KKIA 1G7IC 5APEA 1HEQA 1LJFA 3A8ZA 1EL1A 5KXNA 1LYZA 1UBZA 4LYZA 1LCNA 1UIGA 4BS7A 1BB3A 1BB4A 4G9SA 1TBYA 3ZVQA 1EQ5A 4YOPA 4GLVA 1JUGA 1TDYA 4XYYA 5KXTA 1HSWA 1PS5A 2YBNA 2LYZA 1LSDA 5B1FA 4ET9A 2C8OA 4Z46A 4H9HA 1GF5A 4UWNA 4OWAA 3QY4A 1GE0A 1O23A 1WQPA 1VDTA 2MEBA 4IATA 1IVMA 4HPEA 4NWHA 1GDWA 2BQEA 1P2CC 1DI5A 4PHIA 1YQVY 1IWWA 1GB3A 4GN3A 4PRQA 153LA 1WVUA 2YSSC 4M4OA 1GF0A 1UIHA 1YROA 2BQIA 4MCKA 5I5QA 3TMXA 4DD1A 1IR9A 4C5FA 1T6VL 4WLDA 1T3PA 3F6ZA 1KIQC 5D5CA 1LHHA 4WM4A 1CKFA 1RE2A 2ZYPA 4NGKA 3WW5A 2CJLA 1GF8A 4XJBA 2LZTA 1NKHA 1YAPA 1LJ3A 3TXBA 1JJ3A 3A96A 1DPWA 4TTDA 1LZ8A 3CQLA 1JKBA 1VFBC 4J1BA 2LHMA 1GFEA 1KXXA 4H9CA 2CWIA 5DN5A 3RNXA 5M1YA 4GN4A 4A7DA 3P65A 1GF4A 1MLCE 2BQAA 1LPIA 2YBJA 4TWSA 1D6QA 1WTMA 1UIFA 1GFRA 5LVHA 4BADA 1IWZA 1IEEA 4LYTA 4H9IA 1GB0A 5KXYA 4H9EA 1ZMYL 5KXKA 1CNSA 1LMPA 1DQJC 1G7HC 5B1GA 3W6EA 4HTNA 1WQMA 207LA 1RCMA 3HFMY 5A3EA 1JISA 4X3BA 1JWRA 5KXOA 4Z41A 1GB8A 1AKIA 5D5FA 3CSQA 3EO5A 4Z98A 2A7DA 3WUMA 2YBLA 1BQLY 4CHXA 4ZIXA 2H9KA 1IWYA 1GB2A 5LAFA 1TAYA 2D4JA 1HEPA 1WQOA 1XFPL 4LFPA 4NGZA 5F9UA 5LYZA 1HMKA 1FN5A 4OWBA 3HBEX 4BAPA 1QIOA 2ZNWY 4G49A 1D0MA 3SP3A 1B0DA 3A3RX 4DD3A 1B7RA 4NSGA 5LYMA 1IC4Y 1GBYA 1DI3A 5KY1A 3GXRA 1KIPC 4LYCA 3LYTA 1IP1A 4ETDA 1JTOL 3TXIA 1LZ4A 1W6ZA 1QSWA 1Z55A 1HEMA 3B0OA 3CT5A 2ZQ3A 1IOQA 135LA 1LAAA 2W1LA 1LHIA 4TX7A 5IHGA 1BGIA 4IJ4A 4OWHA 2ZILA 134LA 1OUBA 2Z2EA 3EBAB 1GBZA 1OQMA 4WL6A 1LZ6A 5I53A 1LSMA 1GB5A 1IP4A 3AW6A 4ETBA 4NGIA 5B05A 2HEEA 1QSAA 2F2NA 5KXWA 4LGKA 9LYZA 1UCOA 4ETEA 1JSEA 1IP2A 1IR8A 1WQQA 2FYCA 1GBOA 4N9RA 2BQKA 4GCBA 1LZRA 5B59A 1B5UA 1GE2A 4H90A 4EMNA 4WM1A 1LOZA 4GCEA 5KXSA 3IWRA 3FI7A 4HTQA 2MEGA 1IOSA 3ATNA 4HV2A 4ZFPA 4WOAA 5FHWA 2G4PA 1B7NA 3D3DA 1IP3A 1YAQA 1REYA 1EQ4A 1JITA 4H8XA 4O34A 4QDNA 1FLWA 4FJRA 4RW1A 2I6ZA 3WPKA 5C6LA 4RW2A 1XGUC 5L3IA 4ZEEA 1B9OA 1WTNA 1H87A 2BQGA 5FELA 1B5VA 3AZ7A 4DC4A 5LXWA 5ILCA 2DQEY 1B5YA 3TXKA 2MEFA 1BHZA 1JHLA 1J1PY 3LYMA 2BLXA 1GB6A 4KPMA 4CGEA 1BWIA 5LYTA 3B0IA 3OK0A 4H9AA 4LT2A 4Z3MA 5I54A 1IY4A 3P4ZA 1GB7A 1HFYA 1HC0A 1C08C 2MEHA 1E8LA 3G3AB 1RI8B 2ZIJA 4WL7A 1BB5A 5HMJA 4J1AA 1DI4A 1J1XY 2BPUA 2ZWBA 3LN2A 1GEZA 1LZYA 1HSXA 1UIDA 2YDGA 2YBIA 3AW7A 1PZYA 3EXDA 1GFJA 2DQCY 1DPXA 5DM9A 1LMAA 1NBZC 4XADA 1XGTC 3WU9A 2BQHA 3E3DA 4HJZA 1HMLA 2DQJY 4GCFA 1REXA 5FEKA 4DT3A 1UIEA 5KXRA 4IASA 194LA 5HMVA 1ZV5L 3TMUA 4N8ZA 1VDQA 3WVXA 5E4PA 5HQ1A 5KXXA 1HFZA 4NGLA 3WMKA 2DQHY 1LJHA 2FBDA 2XTHA 5APCA 1B7SA 4WO6A 1BVXA 1LYSA 3M3UA 1BB6A 4N1CC 1SLYA 1TEWA 2X0AA 4B49A 2MECA 1NQIA 3P64A 5LVKA 1FKVA 1MELL 4N5RA 1C45A 1JJ0A 4DD9A 2BQLA 4WM6A 1QUSA 2HEBA 1YL1X 1XGQC 2EKSC 1KXWA 2A7FA 1WQRA 3AYQA 2D4KA 4G4HA 4H8YA 1DZBX 3J4GA 1IWXA 2Z39A 4NIJA 5F9XA 3WULA 4AXTA 3A90A 1HNLA 1B7OA 1LZAA 1YAMA 2Z12A 1LHLA 4N1EI 1LMCA 3LYOA 4G4CA 2PC2A 1G7LC 4NSIA 3AGIA 1FBIX 2Z37A 4NGVA 4B4EA 1G7JC 2EIZC 1D0LA 4NGWA 1CJ9A 1LJEA 1IWTA 1GBXA 1LSGA 4B1AA 5F16A 1LHJA 3WPLA 5KXLA 1BWJA 1OUIA 2IFFY 2MEDA 5I4WA 4H92A 4HPIA 4NGYA 1D9UA 1GHLA 2BQOA 1LHKA 2DQIY 2FBBA 2HECA 4NGOA 1GE4A 2GV0A 4NWEA 4XJDA 2Z18A 1YIKA 1GAYA 1IWVA 1AT5A 3B6LA 5FDJA 4OWEA 5B06A 4MR1A 3J6KA 3W6AA 1LZDA 5LIOA 5KXZA 1IC7Y 2BQDA 5HNLA 1JJ1A 1LSBA 2G4NA 2LZ2A 3W6CA 1KIRC 3TXEA 3AGHA 1JSFA 4GN5C 5LA5A 4LZTA 4TSCA 1W08A 3CT0A 3T6UA 4LT3A 5IDDA 1SQ2L 6LYTA 1IWUA 3WH1A 1B5WA 1H6MA 2RSCA 4CJ2A 2D6BA 1LZ9A 2YBMA 1V7SA 6LYZA 1GEVA 4PPOA 4DDAA 2DQDY 1LJKA 2G4QA 1B7LA 1GF7A 3IJVA 4R0FA 2VB1A 3ZEKA 1GFTA 2DQAA 4DYGA 1LJJA 4XJIA 1LJNA 4CFPA 1GFGA 3OJPA 2MEAA 5FCPA 4QEQA 1HELA 1YL0X 3G3BB 2Z19A 1GBSA 3WU7A 4HJYA 1F10A 4LYOA 4GCDA 1B2KA 1V7TA 4KT3A 4H8ZA 3RZ4A 3QNGA 2ZQ4A 4NHTA 5LA8A 1YKZX 1DKKA 1DXJA 1GF9A 1A2YC 2DKVA 1LKRA 1AM7A 1FLUA 3A6CY
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LHMA 1L83A 2Z38A 1L67A 3GUPA 3DNAA 1UACY 4PK0A 1PQDA 2W1MA 2BQMA 173LA 1VAUA 3C8RA 1LWGA 255LA 4H91A 1RJCB 4NFVA 2OU0X 1OUJA 3OE8A 1GBWA 1YANA 1QDTA 3SB8A 1VATA 3DMZA 2ANXA 1LSYA 2B74A 3C7WA 1BB7A 4OOOA 3WXUA 1XEPA 2DBTA 4NG8A 1GE3A 5APDA 4ET8A 1DYDA 1C6IA 4DQ5A 1L19A 3WXTA 4DKLA 4PJ2C 1L89A 3WUNA 1IO5A 1CJ6A 1QS5A 2OE4X 4LT1A 239LA 3A34A 2IHLA 1YKXX 2OEAX 1J1OY 1NF5A 3W6FA 1REZA 3GUMA 1UC0A 2AUBA 3TXFA 3AGGG 1D2WA 120LA 1PQKA 5I4YA 1P2LA 8LYZA 1A4VA 186LA 133LA 1LZ1A 3HT9A 1INUA 1D3MA 1I20A 4W56A 3ULRA 4FDYA 4ML7A 1CU5A 1L03A 4L41A 208LA 143LA 3OE6A 3BKHA 123LA 4DD0A 1XEKA 1L65A 2HUBA 3B72A 1LMOA 4D9ZA 5EBHA 1L24A 1IOCA 4W59A 3WU8A 227LA 4EJ4A 2RAYX 1NWGA 4GBRB 4RDSA 1BWHA 1OP9B 171LA 1L96A 4YEOA 1I6SA 3A93A 1UIAA 1D6PA 1GFUA 1C46A 3W3EA 1LKSA 3D9AC 3F9LA 1LSPA 1L61A 1QTVA 2BQNA 4OW1A 3T36A 3EMLA 4NY5A 1L13A 1G06A 3TMVA 3A6BY 1LJGA 1F6SA 254LA 1BVKC 3RT5X 2WARA 4XJHA 2DQFC 5KKJA 1L27A 5C6JA 5A3ZA 2I26L 3SB6A 2NWDX 110LA 2N5ZA 1LJ4A 3HH4A 4XN6A 3ATOA 3SBBC 2C8PA 4DDBA 4B4JA 147LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3LHM A;  1I56 A;  4DWX A;  2Z38 A;  4R6C A;  3CB7 A;  1B5Z A;  2XBS A;  1IP5 A;  3A95 A;  3TXH A;  1UAC Y;  1IC5 Y;  5ILF A;  1B7P A;  4RLN A;  5F81 A;  1XEI A;  154L A;  4II8 A;  4WM5 A;  4EOF A;  4QY9 A;  1UIB A;  1LSN A;  1UIC A;  2W1M A;  4LYM A;  2BQM A;  1LSE A;  1LZT A;  2H5Z A;  1JIY A;  1VAU A;  2YVB A;  1FLY A;  4OWC A;  3IJU A;  1FKQ A;  1FLQ A;  4AGA A;  4J7V A;  1CJ7 A;  1LYY A;  4H91 A;  1RJC B;  3P66 A;  5L9J A;  1G7M C;  1IP7 A;  2BQC A;  4NFV A;  1C43 A;  2BQB A;  1F6R A;  4NHS A;  2MEI A;  4GCC A;  2H9J A;  2ZYC A;  1OUJ A;  3WVY A;  3TXG A;  1LZE A;  1B7Q A;  1RFP A;  4TSB A;  1GBW A;  1YAN A;  2BQF A;  5AMY A;  1QDT A;  5C6I A;  1GAZ A;  1GFH A;  1VAT A;  1C7P A;  1GXX A;  1NBY C;  2W1X A;  4WLY A;  1HER A;  4QGZ A;  1LSY A;  1JKA A;  1OUE A;  1JTT L;  3AB6 A;  2XJW A;  1LZB A;  4H93 A;  1GXV 2;  1IY3 A;  1CKG A;  3N9E A;  5T3F A;  4KL7 A;  1BB7 A;  4PRU A;  4WG7 A;  1XGR C;  1LMQ A;  1EQE A;  4W96 A;  2ZNX Y;  1OUD A;  1GFV A;  5KXM A;  4OOO A;  3WXU A;  1OUG A;  2MEE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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