4NEBA

Previously de-ionized hew lysozyme batch crystallized in 0.5 m mncl2
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Weak protein-cationic co-ion interactions addressed by X-ray crystallography and mass spectrometry.
pubmed doi rcsb
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-10-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4nebA00
5K7OA 4HPEA 194LA 3WU9A 1YILA 3A96A 1LJIA 4ZFPA 1OUAA 4RLMA 2ZIJA 1FLWA 1OUHA 1XGPC 3LYZA 4IASA 4WLDA 1GBWA 4B4JA 1JPOA 2ZYCA 2GV0A 4EMNA 153LA 3CB7A 2FBBA 5DN5A 5FELA 4OOTA 3WU7A 4LYZA 4LT2A 2DQIY 1E8LA 132LA 3CSRA 4DDBA 1AT5A 1UA6Y 1AM7A 1D6QA 2HU1A 2HU3A 1LJGA 4WLYA 4HPIA 5C6IA 1IOTA 1JJ3A 4W94A 2HECA 3W6BA 2Z39A 4ETEA 1IP3A 1G7IC 1HMLA 1LZDA 1LZSA 3A6BY 1OUEA 4LFXA 4WM1A 4XJBA 4GCDA 2LZTA 4KL7A 1TBYA 1GF4A 4B0DA 5M1YA 1GB5A 2ZYPA 154LA 3ZVQB 134LA 2YBLA 1CKCA 1HEWA 1QTKA 5KXMA 3WPJA 1HELA 1LMPA 3WUNA 4GCCA 1WQPA 1OQMA 4RDSA 1GF0A 4NHQA 5APCA 4NGOA 2XTHA 1IC5Y 5KXPA 3WXTA 4LZTA 1LSZA 3TXIA 4FDYA 1VDTA 3N9EA 4ML7A 5I54A 3VWOA 1QDRA 4H1PA 1JIYA 4YENA 1LJKA 1D0KA 1GF6A 1HEOA 1F10A 5F16A 1V7SA 2FYCA 4WLTA 3SP3A 2ZIKA 1B2KA 2YBHA 4WO6A 1LKRA 1GXXA 2N5ZA 4AGAA 1JJ1A 2BQAA 1LSBA 1QSWA 1CKFA 2YBJA 1RCMA 4GCEA 4CJ2A 2YDGA 1C7PA 2EIZC 5EBHA 1GF9A 4B49A 2BLYA 4H90A 4G4BA 1JITA 1T3PA 2D91A 1LTMA 4HJYA 3RU5A 4Z41A 1DKKA 1REXA 4XJHA 3CT1A 3G3AB 1KXWA 1VDPA 3CQLA 4RW1A 3WPLA 2BQDA 4WG1A 3B0OA 1DPWA 1GFHA 1BB5A 4NWEA 5KXZA 2X0AA 3HFMY 1LZNA 4YEOA 4AXTA 1CJ8A 1FKVA 2D6BA 2MEEA 1LJFA 3W6EA 3MGWA 4OWEA 1WQMA 3WW5A 3AZ7A 3AZ4A 135LA 3LYMA 4LT3A 5HMJA 4L41A 3OK0A 4B1AA 1LMCA 2BQLA 1XFPL 2C8PA 1BQLY 1HFXA 3IJUA 3EMSA 3A67Y 1VDQA 5ILFA 2D4KA 2IFFY 5L3IA 4GLAA 1OUDA 1LZ9A 4QEQA 1YAPA 1LZAA 1WQNA 3TMXA 1NWGA 3B72A 2H5ZA 1EL1A 1LCNA 1CKDA 3TXHA 3WXUA 2XBSA 4H9AA 2BQKA 3K3TA 4M6DA 4Z46A 1GB0A 4R6CA 2DBTA 1GFTA 2FBDA 3F6ZA 4DD3A 5KXTA 4GCBA 1AKIA 4N8ZA 4TSCA 1WQOA 2MEAA 5ILCA 1CNSA 1BVKC 5APEA 5DM9A 1JKBA 1IY3A 2HUBA 3B0IA 4J1BA 1IP7A 2HEFA 2CGIA 1YKZX 1DQJC 4WM6A 1B7MA 1IX0A 2NWDX 3N9CA 4RLNA 5B07A 1T6VL 2Z37A 3CT0A 1FLYA 5DL9A 4CFPA 3LHMA 4DD2A 1LMAA 1XGQC 2LHMA 2MEBA 5FDJA 1LSGA 1LHKA 1ALCA 5FSTA 4RW2A 4UWVA 1LHJA 1YKXX 1GB7A 2EQLA 3A93A 1GE0A 3AZ6A 1RJCB 3EXDA 1OUFA 3WL2A 2PC2A 4G4HA 1N4FA 1RE2A 3TXJA 1IOCA 1HFZA 1EQ4A 3TXGA 4Z98A 5I4XA 4BS7A 4NGJA 5LVIA 5LIOA 1IOQA 1I56A 1LJHA 4NSJA 1G7LC 3AGGG 4PGJB 2YBNA 1IO5A 5LVKA 1JJ0A 1HERA 3A92A 1UCOA 133LA 4NSIA 3W6DA 1CKGA 4NGWA 1B0DA 4HTNA 2DQEY 1KXXA 3J4GA 1JWRA 1HEPA 1LKSA 2G4QA 3LYOA 4XYYA 6LYZA 5HLLA 1IWYA 1SQ2L 1GB8A 1VAUA 1XEKA 4LYBA 4NGYA 1NF5A 1EQ5A 1GFUA 1CJ6A 1BWJA 1VFBC 1P2CC 4C3WA 1GFGA 4NHSA 1LJEA 2BQOA 1RFPA 3WU8A 4XJFA 1WQRA 1WVUA 3GXRA 1GE1A 2DKVA 2Y8PA 4GCFA 4LYOA 4WM4A 3P68A 1C10A 4PHIA 4TSBA 5C6JA 3A3RX 4DT3A 1LSNA 5I5QA 1D0LA 1I20A 1LJJA 2C8OA 1XSFA 1A2YC 1GDXA 3FI7A 4I0CA 1YANA 1HF4A 1LZCA 5KY1A 1LHHA 1QQYA 5LA5A 1HNLA 4CGEA 5I4WA 1C46A 3AYQA 4GN5C 1GFVA 1B5XA 5LYZA 5LAFA 3TMVA 4ETBA 5F9UA 1GBZA 2BPUA 2LYZA 4NGZA 1B7QA 5E4PA 4U3XB 1NDGC 2Z12A 1JISA 1LZRA 1RI8B 1HENA 1NQIA 2W1XA 4HV2A 4GLVA 1FDLY 1LZBA 3QNGA 1REYA 4ZIXA 4HSFA 4IJ4A 2EKSC 2MEHA 3AZ5A 5KXNA 193LA 1UBZA 4PRUA 1OUCA 4D9ZA 1GBSA 1HHLA 5KKIA 1IC7Y 2BQGA 1JUGA 3TMWA 1UACY 4DD7A 1OUIA 1GB9A 3B0KA 4YOPA 1LZEA 1BWIA 5KXLA 1LMTA 1LSDA 2BAAA 1YIKA 3A34A 5FEKA 4QGZA 5HQ1A 1BHZA 1FLUA 4XJIA 4WM5A 4HJZA 2CJLA 2BQBA 4TTDA 5AMYA 4WG7A 4I8SA 2Z2FA 3N9AA 1XEIA 5A3EA 1LYSA 1UIAA 1IVMA 2LYOA 3AW7A 2W1LA 1IP6A 1B7SA 2BQJA 1DI5A 2XJWA 4NSGA 1NKHA 3T6UA 1UIDA 1IWXA 4QDNA 4DD9A 5HNLA 2BQHA 5J7CA 1INUA 1GE3A 1YAOA 1PS5A 3HBHA 4H93A 4UWNA 3RZ4A 1VATA 4TX7A 2A7DA 4NIJA 5LYMA 1GFKA 5D5CA 1C08C 1IC4Y 4DD1A 1QDTA 1LZ1A 1BVXA 1DI4A 2Z2EA 3ZVQA 1YKYX 4DDCA 4NGVA 4ZEEA 1BWHA 3M18B 4XENA 1LYZA 2D4IA 4NGIA 2I6ZA 4WOAA 1JSEA 1GBYA 1BB3A 3AGIA 5F81A 2IHLA 5F9XA 1REZA 5IELA 2MECA 1LSMA 1JTPL 1LMOA 1LZTA 5I53A 1NHEA 1UUZC 1LSAA 1IOSA 2Z38A 1JKAA 5HMVA 4MCKA 3LZTA 1IWUA 1LHLA 3WUAA 4NHIA 3W6FA 1CKHA 1YAQA 1AZFA 4WM3A 1G7HC 3HBEX 207LA 4R0FA 3A95A 1HC0A 4ET8A 1JHLA 4GN4A 4LYTA 1AT6A 3WMKA 1YROA 3WUMA 3A91A 2G4PA 4P2EA 3CSZA 1HEMA 1OUJA 1LSFA 1UIEA 1LSEA 4II8A 4H94A 4KPMA 2MEFA 5B06A 1LAAA 1KIPC 5JENB 3G3BB 1LZ4A 3RT5X 1WTMA 1CJ9A 1OP9B 2I26L 4NWHA 3EBAB 1MLCE 1HMKA 1QTEA 3CSQA 4B4IA 3QE8A 3W6AA 3BKVA 5LAGA 1NMMA 4WL7A 1F6RA 1W08A 1GFAA 4NGLA 4HJVA 3LN2A 4NEBA 9LYZA 3A90A 1LMQA 2ZQ4A 4HP0A 1VDSA 1NDMC 4H9BA 1B5VA 4NG8A 5KJ9A 5KXKA 1IP5A 3GXKA 3WULA 1UIHA 1F6SA 1OUGA 1GB3A 2BQCA 2YVBA 2FYDA 3P4ZA 5LA8A 3TXKA 1XGRC 1B7PA 4M4OA 4E3UA 2I25L 2HEDA 4A7DA 4BAPA 1KIQC 3ULRA 5IHGA 3LZ2A 1QSAA 4UWUA 3TXDA 4XJDA 4ETCA 3P66A 4OWAA 4YEMA 3E3DA 3ATNA 1BB7A 6LYTA 2ZILA 2DQDY 4DD0A 4IATA 4G49A 1LHIA 2Z19A 1GAZA 4OW1A 2H9JA 2BLXA 5KXSA 2HEBA 4LYMA 5FHWA 2BQEA 1TCYA 2F4GA 4PPOA 4NG1A 5KXYA 4ANRA 1IR7A 1JKCA 2MEDA 4CHXA 3LYTA 1DZBX 1IP1A 1LJNA 4WMGA 2RSCA 2VB1A 1LYOA 2H9KA 2W1YA 1LSPA 2Q0MX 4PJ2C 1FKQA 1GB2A 1HFYA 4HV1A 5LINA 2F2NA 3EO5A 1GBXA 2B5ZA 1J1OY 4O34A 3AJNA 2DQGY 3ZEKA 1BB6A 1LHMA 1HEQA 1IR8A 3B6LA 1LZGA 1B7LA 1LZ5A 1B5WA 5IDDA 4EOFA 208LA 1OUBA 1DI3A 1B5UA 3CT5A 1LSCA 3D9AC 4J7VA 4N1EI 5L3HA 2CDSA 4QY9A 4OWCA 2LYMA 5APDA 5II3A 1G7MC 1XEJA 4J0LA 3WPKA 1XGUC 2YSSC 4NY5A 1LOZA 1SLYA 4NGKA 1O23A 4B4EA 5FCPA 3WH1A 3OJPA 4DWXA 1B5ZA 4YF2A 2ZNXY 3QY4A 1GAYA 5LVHA 1D6PA 1JEFA 1WTNA 4WO9A 4N9RA 3W3EA 2G4NA 2ZNWY 2Z18A 1LJ4A 3WYHA 1D0MA 1LMNA 1QUTA 4ET9A 5KXWA 3P65A 4NHTA 3A3QA 5APFA 4J1AA 4Z3MA 3J6KA 2DQCY 1JTTL 5T3FA 1VEDA 4H8XA 3FE0A 4TWSA 1KIRC 1KXYA 2XBRA 4N1CC 4NSHA 1ZV5L 4WL6A 3RW8A 1QIOA 4FJRA 5I4YA 4ETAA 2DQFC 4PRQA 1IY4A 5KXRA 1GF7A 1REMA 4H9HA 4N5RA 5B1FA 2WARA 2HTXA 1IWVA 4GN3A 2BQMA 1DKJA 1W6ZA 4LT1A 5A3ZA 1TEWA 2DQAA 3IWRA 5B05A 1YL0X 4H9FA 1GPQC 1PZYA 4ETDA 5LYTA 5KXOA 1LZYA 2LZ2A 1UICA 3BKHA 4H8ZA 3KAMA 1B9OA 1EQEA 1GF3A 3A8ZA 4XADA 4DDAA 3WW6A 2W1MA 4BADA 1IWZA 1GEVA 1IIZA 1YAMA 3D3DA 3IJVA 1LJ3A 4H9IA 1BB4A 2HEEA 4LFPA 1YL1X 5KKJA 1UIGA 3A6CY 4G4CA 4H91A 1GFRA 1IR9A 1HSXA 4G9SA 1GD6A 1UIFA 1GWDA 1UC0A 4DC4A 1WVVA 2MEIA 1D9UA 1GDWA 1WQQA 4CFOA 5D5FA 2DQJY 1DPXA 3TMUA 3AW6A 3M3UA 4H8YA 4OWHA 1FLQA 1GE2A 2D4JA 4WLXA 3ATOA 1NBYC 4X3BA 4MSTA 4N0JA 1J1XY 1LSYA 1UIBA 1Z55A 1QUSA 2BQNA 4DYGA 3TXFA 5HNCA 1GBOA 1MELL 2ZWBA 4OWBA 1GF8A 3AGHA 5DLAA 1GB6A 4WM2A 1IP4A 1LYYA 2YBIA 1A4VA 5L9JA 1H87A 3T36A 1GF5A 2ZQ3A 8LYZA 4H9CA 5KXXA 1GEZA 2MEGA 4MR1A 4NHPA 1C43A 4BAFA 5F14A 1IWWA 5DN4A 3TXEA 4YM8A 3W6CA 1GE4A 5B1GA 1GFJA 1B7NA 1B7RA 1B5YA 3HBDA 5LXWA 1G7JC 2F30A 1TAYA 1FBIX 1V7TA 1GFEA 1ZVHL 2BQIA 1IORA 1ZVYB 2F4AA 5C6LA 4LYCA 1B7OA 1FN5A 1YQVY 1CJ7A 2CWIA 3RNXA 5LVJA 1JSFA 1ZMYL 1LZ8A 4XJGA 2HEAA 2DQHY 3A94A 4W96A 4C5FA 4KXIA 3WVXA 2EPEA 4H92A 1NBZC 4XN6A 1HSWA 2YBMA 2A7FA 1C45A 2BQFA 4KT3A 1LPIA 4LGKA 4LT0A 3TXBA 3P64A 3AB6A 1IP2A 1I1ZA 4OOOA 2AUBA 7LYZA 1XGTC 4H9EA 4TUNA 3WVYA 5B59A 1H6MA 1F0WA 1GXV2 1IWTA 1GHLA 5E9RA 1JTOL 4HTQA 1BGIA 4HTKA 5LVGA 4NFVA 1DXJA 1TDYA 1LZ6A 1JKDA 1J1PY 1IEEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L68A 3WU9A 2B74A 3LYZA 4B4JA 164LA 2GV0A 187LA 5DN5A 5FELA 4I7KA 4OOTA 1L23A 205LA 3CDQA 3CSRA 4DDBA 3C8SA 1AT5A 2XQOA 1D6QA 2HU1A 2HU3A 1LJGA 4HPIA 1L86A 1HMLA 1G7IC 1PQJA 4XJBA 4EPIA 4GCDA 1C6FA 1GF4A 2ZYPA 1HEWA 1LI3A 1CV5A 4GCCA 240LA 2B7XA 4NGOA 2XTHA 3GUKA 1QUDA 4LZTA 3N9EA 5I54A 2LCBA 1JIYA 1HEOA 1QT6A 1V7SA 3SP3A 1B2KA 2YBHA 4WO6A 1C6QA 2OTZX 1QS5A 170LA 4DAJA 4B49A 1JITA 4HJYA 1LTMA 4DJHA 1DKKA 3HT6A 3CT1A 3WPLA 1KXWA 4RW1A 2BQDA 3NYAA 1DPWA 1BB5A 3FA0A 4YXCA 2D6BA 2MEEA 3VW7A 123LA 3MGWA 1PQIA 4YX7C 3WW5A 1L94A 1LMCA 1XFPL 3IJUA 3EMSA 1QUOA 142LA 1OVJA 1EL1A 3TXHA 2XBSA 4Z46A 1GFTA 253LA 189LA 2ANVA 4TSCA 1CNSA 5DM9A 2HUBA 1IP7A 2HEFA 1L31A 2NWDX 4RLNA 2Z37A 1SX7A 4DD2A 1XGQC 2LHMA 235LA 1LHJA 1YKXX 1GB7A 3HDEA 158LA 2NTGA 3HUQA 1KW7A 2PC2A 1L55A 1L0JA 3TXGA 3UONA 4BS7A 4NGJA 5LVIA 1I56A 1LGWA 1QSBA 1C64A 1QUGA 2RBNA 1UCOA 4LZMA 1CKGA 4NGWA 4HTNA 2DQEY 1KXXA 1HEPA 1LKSA 4XYYA 1GFUA 165LA 1L02A 1DYCA 1CJ6A 4NHSA 1RFPA 3WU8A 2RBQA 1WQRA 4GCFA 2Y8PA 4TSBA 1D2YA 1I20A 1XSFA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5K7O A;  4HPE A;  194L A;  3WU9 A;  1YIL A;  3A96 A;  1LJI A;  4ZFP A;  1OUA A;  4RLM A;  2ZIJ A;  1FLW A;  1OUH A;  1XGP C;  3LYZ A;  4IAS A;  4WLD A;  1GBW A;  4B4J A;  1JPO A;  2ZYC A;  2GV0 A;  4EMN A;  153L A;  3CB7 A;  2FBB A;  5DN5 A;  5FEL A;  4OOT A;  3WU7 A;  4LYZ A;  4LT2 A;  2DQI Y;  1E8L A;  132L A;  3CSR A;  4DDB A;  1AT5 A;  1UA6 Y;  1AM7 A;  1D6Q A;  2HU1 A;  2HU3 A;  1LJG A;  4WLY A;  4HPI A;  5C6I A;  1IOT A;  1JJ3 A;  4W94 A;  2HEC A;  3W6B A;  2Z39 A;  4ETE A;  1IP3 A;  1G7I C;  1HML A;  1LZD A;  1LZS A;  3A6B Y;  1OUE A;  4LFX A;  4WM1 A;  4XJB A;  4GCD A;  2LZT A;  4KL7 A;  1TBY A;  1GF4 A;  4B0D A;  5M1Y A;  1GB5 A;  2ZYP A;  154L A;  3ZVQ B;  134L A;  2YBL A;  1CKC A;  1HEW A;  1QTK A;  5KXM A;  3WPJ A;  1HEL A;  1LMP A;  3WUN A;  4GCC A;  1WQP A;  1OQM A;  4RDS A;  1GF0 A;  4NHQ A;  5APC A;  4NGO A;  2XTH A;  1IC5 Y;  5KXP A;  3WXT A;  4LZT A;  1LSZ A;  3TXI A;  4FDY A;  1VDT A;  3N9E A;  4ML7 A;  5I54 A;  3VWO A;  1QDR A;  4H1P A;  1JIY A;  4YEN A;  1LJK A;  1D0K A; 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 1WVV A;  2MEI A;  1D9U A;  1GDW A;  1WQQ A;  4CFO A;  5D5F A;  2DQJ Y;  1DPX A;  3TMU A;  3AW6 A;  3M3U A;  4H8Y A;  4OWH A;  1FLQ A;  1GE2 A;  2D4J A;  4WLX A;  3ATO A;  1NBY C;  4X3B A;  4MST A;  4N0J A;  1J1X Y;  1LSY A;  1UIB A;  1Z55 A;  1QUS A;  2BQN A;  4DYG A;  3TXF A;  5HNC A;  1GBO A;  1MEL L;  2ZWB A;  4OWB A;  1GF8 A;  3AGH A;  5DLA A;  1GB6 A;  4WM2 A;  1IP4 A;  1LYY A;  2YBI A;  1A4V A;  5L9J A;  1H87 A;  3T36 A;  1GF5 A;  2ZQ3 A;  8LYZ A;  4H9C A;  5KXX A;  1GEZ A;  2MEG A;  4MR1 A;  4NHP A;  1C43 A;  4BAF A;  5F14 A;  1IWW A;  5DN4 A;  3TXE A;  4YM8 A;  3W6C A;  1GE4 A;  5B1G A;  1GFJ A;  1B7N A;  1B7R A;  1B5Y A;  3HBD A;  5LXW A;  1G7J C;  2F30 A;  1TAY A;  1FBI X;  1V7T A;  1GFE A;  1ZVH L;  2BQI A;  1IOR A;  1ZVY B;  2F4A A;  5C6L A;  4LYC A;  1B7O A;  1FN5 A;  1YQV Y;  1CJ7 A;  2CWI A;  3RNX A;  5LVJ A;  1JSF A;  1ZMY L;  1LZ8 A;  4XJG A;  2HEA A;  2DQH Y;  3A94 A;  4W96 A;  4C5F A;  4KXI A;  3WVX A;  2EPE A;  4H92 A;  1NBZ C;  4XN6 A;  1HSW A;  2YBM A;  2A7F A;  1C45 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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