1LGXA

T4 lysozyme mutant l99a/m102q bound by 3,5-difluoroaniline
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title A Model Binding Site for Testing Scoring Functions in Molecular Docking
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-04-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lgxA00
1JTNA 3V2YA 1L39A 1LYFA 1D2YA 3GUNA 3D4SA 195LA 4W52A 1LLHA 1L65A 1T8FA 1C6NA 1CU6A 1L52A 1L15A 1D3JA 3HT8A 3PDSA 3HTBA 157LA 1C61A 256LA 224LA 1K28A 238LA 252LA 2OTZX 1L34A 1L49A 2Q9EA 1L18A 171LA 228LA 1C6JA 102LA 2RH1A 227LA 4ARMA 107LA 4EKRA 3FI5A 1L86A 4I7JA 1C67A 1G0LA 3HU9A 3GUPA 3HH6A 1CU5A 2Q9DA 110LA 217LA 120LA 1QTCA 3SBBC 1L23A 3QAKA 255LA 1XJUA 1L41A 4GBRB 2A4TA 3HUQA 2QB0B 140LA 1DYGA 3GUKA 188LA 2OE4X 197LA 167LA 1CV4A 1G0QA 209LA 206LA 1L92A 4LDLA 3ODUA 1LYHA 3CDRA 4ARLA 1L97A 247LA 2B73A 3DKEX 1D3MA 1QS9A 1OWYA 1C6BA 1L03A 3C7ZA 1QSBA 181LA 210LA 1L54A 236LA 1C6CA 3HH5A 4W53A 3L2XA 1D3FA 1CV3A 3GUIA 2ANVA 1C6LA 1DYBA 1G0GA 1C69A 1QUGA 4ARQB 1L12A 3SB9A 1EPYA 3RUNA 1C6AA 1L21A 3SB5A 4PJZA 3CDOA 1XEPA 168LA 1T8GA 1CU0A 212LA 1P46A 233LA 1LYIA 4EJ4A 1L83A 1KW5A 2RBRA 3OE0A 251LA 1L57A 151LA 1L81A 1XJTA 1CX6A 1DYAA 4I7TA 1NHBA 230LA 1C6QA 1LWGA 1L88A 1CV5A 223LA 2O7AA 108LA 4PK0A 244LA 213LA 1LW9A 1CVKA 3HUAA 1P37A 141LA 1G07A 1LGWA 218LA 259LA 4LDEA 1QT8A 150LA 1C6PA 2RAZX 166LA 1L17A 139LA 1CU3A 3C83A 1L51A 1LYEA 3DN6A 1G1WA 4EXMA 1LGXA 1L44A 1TLAA 3C81A 1PQOA 3JR6A 205LA 4I7SA 1CUPA 1L71A 1OVKA 1P64A 3GUJA 1L07A 2HUKA 2RBNA 3PBLA 4ARMB 6LZMA 1SX7A 1P2LA 163LA 1ZWNA 3HT7A 172LA 3C80A 4ARPA 1L42A 3HTDA 1CTWA 2RB1X 1SSYA 3HU8A 103LA 1LWKA 1L29A 1P6YA 1SWYA 3C82A 1QUOA 5LZMA 201LA 1D2WA 1QTVA 3DN2A 232LA 1L69A 180LA 1QTDA 109LA 3HT6A 3GUMA 2NTHA 1LYGA 1C6FA 1L99A 4OO9A 1C6TA 2OEAX 1OV7A 1C6DA 1L47A 3FA0A 1QTBA 260LA 1KNIA 1JQUA 214LA 1L0JA 3GULA 4LZMA 191LA 4I7RA 178LA 1QTZA 2LCBA 2LZMA 1P2RA 4GRVA 3F9LA 1OWZA 3NY9A 4I7NA 4EKSA 3NYAA 145LA 1L37A 1C62A 1L72A 1OV5A 240LA 1L27A 1C65A 185LA 1L24A 1QT7A 186LA 3SB7A 221LA 1L94A 3HT9A 2O79A 3SB8A 1JTMA 162LA 1CUQA 239LA 243LA 3DN8A 3FADA 1L76A 2F32A 3G3XA 1SWZA 2IGCA 164LA 231LA 1L43A 7LZMA 2B70A 1DYDA 122LA 1L73A 2B6ZA 2RBSA 3F8VA 1QUDA 144LA 4I7PA 1SX2A 1L32A 3VW7A 1CU2A 111LA 3HTGA 1L87A 1KW7A 1D9WA 1L01A 3CDQA 3OE8A 1OYUA 1L70A 1L19A 1L31A 1L56A 126LA 123LA 1L13A 237LA 3C8RA 1L26A 2B7XA 1QT4A 1L02A 3C8SA 1L05A 4DJHA 131LA 2B74A 4ZPUA 119LA 222LA 2O4WA 198LA 1QT5A 1CV1A 3SN6R 149LA 147LA 3NY8A 1L79A 4EKQA 196LA 1G0JA 173LA 4EPIA 3DMZA 1L20A 156LA 146LA 3K2RA 1L90A 225LA 4K5YA 2L78A 1PQDA 129LA 200LA 190LA 1QT6A 1LI3A 2RBQA 3HUKA 2Z6BA 1L10A 3GUOA 174LA 170LA 2OTYX 1L28A 1L55A 1L85A 215LA 187LA 2RB0X 1L38A 1T8AA 4W54A 127LA 3CDVA 254LA 1C6GA 4I7QA 4I7KA 1L98A 1SSWA 4S0WA 1LPYA 115LA 2ANXA 1L00A 1L77A 1CV6A 1OVHA 175LA 114LA 211LA 3C7WA 183LA 1L04A 128LA 1CV0A 1L89A 2B72A 1L36A 118LA 4E97A 169LA 3HH4A 165LA 245LA 160LA 104LA 130LA 3G3WA 3V2WA 1QS5A 262LA 2OE7X 1L25A 1KY0A 1KS3A 1L14A 1LYJA 2NTGA 1L84A 226LA 3L64A 4W55A 258LA 1C6MA 1L75A 177LA 4DKLA 249LA 1T6HA 4IAPA 4W56A 1DYCA 3OE9A 1KY1A 1C60A 1L74A 2F47A 1ZYTA 4AQNA 1L66A 112LA 1L62A 246LA 2OU8A 1P7SA 1T97A 137LA 1PQIA 2B6YA 1L59A 1PQMA 4EKPA 2LC9A 234LA 152LA 2QARC 1C63A 1L63A 3HH3A 216LA 2RB2X 189LA 4I7LA 4YX7C 3HDEA 4I7MA 1P56A 2RAYX 199LA 1C6EA 2CUUA 1L08A 3C8QA 1L95A 1WTHA 241LA 3DN0A 4YXCA 142LA 1L45A 1L16A 184LA 3HWLA 1PQKA 1L96A 158LA 143LA 5I14A 2B6WA 3RZEA 1G0PA 4W59A 242LA 2B6XA 4W57A 4W51A 2OU0X 1LI2A 4LDOA 261LA 3HDFA 113LA 155LA 1L80A 4YXAC 1C64A 1L48A 1PQJA 1QTHA 159LA 1L30A 1L35A 1C66A 1QUHA 1P36A 3DNAA 1C6IA 220LA 3DMVA 1L40A 4W58A 2RBPA 1L06A 1LYDA 229LA 3DN3A 1L58A 3C7YA 4EPFA 1G1VA 1L0KA 1L46A 3HTFA 1L93A 148LE 1ZURA 2F2QA 2OE9X 3DN1A 235LA 2RBOA 3DN4A 2OU9A 3SBAA 3LZMA 1L11A 192LA 1CX7A 1L50A 2HULA 1L61A 4ARJA 1OVJA 2B6TA 3CDTA 4DAJA 248LA 4ARQA 176LA 1G0KA 1D3NA 3DMXA 3EMLA 1B6IA 2B75A 3UONA 250LA 161LA 4I7OA 1L33A 1P3NA 1G06A 1L09A 1L68A 1P5CA 1L67A 1G0MA 1L82A 3OE6A 182LA 1L91A 2HUMA 257LA 219LA 253LA 1L64A 1L22A 1L60A 1I6SA 1L53A 1LGUA 1QT3A 138LA 3SB6A 1C6KA 1C6HA 3G3VA 125LA 1C68A 1QSQA 1DYEA 1LI6A 1DYFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KKJA 5AMYA 3CSZA 1LSFA 1QTEA 4XADA 2G4NA 2D4KA 1LLHA 1WQNA 5KXLA 3PDSA 3HTBA 5LINA 1C61A 224LA 5FCPA 1LPIA 3D3DA 2YBJA 171LA 1HMKA 102LA 1WQOA 4M4OA 1IR9A 1BWJA 5FEKA 1W08A 4LYOA 1G0LA 1NWGA 3HH6A 1A4VA 3HFMY 1B7PA 1MLCE 255LA 5HLLA 1DYGA 1G0QA 2BQKA 5I4XA 3CT1A 3ODUA 1HENA 4ARLA 1L97A 4J0LA 3DKEX 1DI3A 1D3MA 1CKGA 1B7MA 1C6BA 2H5ZA 4LYTA 1NDGC 1UIFA 210LA 181LA 1YAMA 1L54A 4LT1A 3TXFA 3WPLA 4W53A 1I1ZA 1WTMA 5HNLA 1CJ7A 1JJ0A 1LZ9A 1DYBA 1G0GA 4Z98A 1B5YA 4PHIA 1JHLA 4ARQB 3RUNA 1LMNA 3CDOA 5KXPA 2LYZA 1XGTC 3B72A 1L57A 5LAFA 1GAZA 1XJTA 1LHKA 5DLAA 3W6EA 3CT0A 3OJPA 230LA 4PK0A 1B7RA 1LW9A 1CVKA 5J7CA 1P37A 141LA 1LGWA 259LA 4WL6A 1LMOA 2RAZX 1B0DA 3WXUA 1HERA 3C83A 1FN5A 1GFAA 1CJ9A 1G1WA 1TBYA 4NSJA 1CUPA 4CFOA 1CNSA 2XQOA 1OVKA 2CGIA 1JEFA 4ARMB 1TEWA 1C45A 4QEQA 2BLYA 5KJ9A 3HTDA 2ZNXY 1AZFA 1SSYA 1BGIA 2G4PA 1SWYA 1OUIA 1QTVA 4WM2A 5C6LA 1QTDA 4HPIA 109LA 1OP9B 4DDCA 3GUMA 1DPXA 1C6FA 2HUBA 4A7DA 1C6TA 4H9HA 5LIOA 4NHPA 5B06A 1GB5A 1UIAA 4B1AA 4LT0A 1RCMA 1F0WA 4NSIA 1LSGA 5F9XA 178LA 2LCBA 2LZMA 3LYZA 1P2RA 3F9LA 1OWZA 145LA 1O23A 2XBSA 1OV5A 1LJFA 3P65A 1C08C 1L27A 4LYCA 1SQ2L 1QT7A 3A92A 3HT9A 5B59A 4WO9A 1JTMA 162LA 1CUQA 3FADA 2F32A 1SWZA 4C3WA 1JISA 3BKHA 231LA 4IJ4A 1GFRA 2Z2FA 2B6ZA 1INUA 1QUDA 5LYMA 2FYDA 4OWCA 3LN2A 1D9WA 3OE8A 1REXA 1L19A 1VEDA 5LYZA 4H8ZA 1H6MA 2HEBA 5FELA 1UIBA 1L13A 237LA 1L26A 2B7XA 4H93A 4EMNA 4HJZA 1GXXA 2BQFA 4ZPUA 4NHTA 1NBZC 198LA 1QT5A 1CV1A 147LA 1L79A 3WW6A 1IP5A 2BQBA 1IR8A 1BB4A 1G0JA 173LA 3DMZA 2MEHA 146LA 1GE4A 1UICA 4WMGA 1GF6A 1UA6Y 4R0FA 4NGIA 2OTYX 3WH1A 4WLXA 1T8AA 4W54A 3CDVA 4I7KA 1C6GA 1L98A 5FSTA 4S0WA 115LA 4N8ZA 1REZA 5IHGA 4MCKA 1CV6A 4WM1A 1OVHA 175LA 2BQJA 2W1LA 3C7WA 1FDLY 128LA 5L9JA 2B72A 4E97A 3HH4A 4B49A 165LA 4YENA 4HJYA 5KXZA 1UCOA 1QS5A 262LA 1L25A 5HNCA 1KS3A 2DQEY 4II8A 1KIQC 258LA 4H8XA 4DQ5A 4CHXA 4LYZA 4W56A 1C60A 2B5ZA 4PGJB 1D0LA 1L66A 1IP6A 5A3EA 5E4PA 1L59A 1F6RA 4EOFA 1VDTA 3RZ4A 2QARC 1G7HC 2CJLA 3LHMA 4YM8A 1PZYA 3TMUA 1ZMYL 1P56A 1RFPA 1LJIA 9LYZA 1C6EA 2BQEA 4H92A 3AGGG 1L08A 1XGPC 142LA 4Z3MA 1GFTA 8LYZA 1L96A 158LA 4H9BA 4QY9A 1YAQA 4WG1A 2B6WA 4W59A 3EMSA 2H9JA 134LA 4W51A 3ATNA 1VFBC 5HQ1A 4N5RA 1LI2A 1DQJC 2IHLA 261LA 3WYHA 1L30A 1KIPC 1WQMA 2DQGY 2Y8PA 1P36A 4HPEA 5IELA 2RBPA 4CFPA 1GF3A 1LYDA 3DN3A 1RI8B 1G1VA 1DXJA 1QTKA 1GB9A 1YIKA 235LA 2RBOA 3DN4A 1JKCA 3LZMA 1L61A 1C10A 4XJDA 1QIOA 1G7IC 4OW1A 248LA 3TXGA 4NFVA 1D3NA 1LJGA 2B75A 3UONA 1LMQA 1BVXA 1L33A 1L09A 1P5CA 182LA 257LA 4N1EI 1TCYA 5B05A 1LZBA 3ZEKA 1L22A 1I6SA 2C8OA 4N9RA 4DQ7A 1WQPA 2D91A 4RLNA 1DYFA 4H9EA 3RT5X 1JTNA 3V2YA 2ZYCA 3CQLA 1LYFA 2BQNA 4DD3A 1D2YA 3D4SA 1IO5A 2F2NA 195LA 4W52A 2I26L 1C6NA 1L52A 4UWVA 5DM9A 1D3JA 3HT8A 252LA 5I4WA 2Q9EA 4ML7A 228LA 1B5ZA 1C6JA 1W6ZA 107LA 2D4JA 1NDMC 4XJBA 2Q9DA 217LA 1QTCA 3SBBC 4H8YA 3W6AA 1SLYA 1L41A 2A4TA 2BQGA 2QB0B 3P68A 140LA 188LA 2OE4X 1IWVA 209LA 5B1GA 1XSFA 2Z18A 4BAFA 1XGUC 1L92A 3CDRA 2DQDY 247LA 5F9UA 1HELA 4OWEA 1L03A 1C6CA 3HH5A 4U3XB 2DQAA 3GUIA 4WLYA 3TXEA 1GF8A 1GFUA 4GLVA 4KPMA 1EPYA 1HNLA 1AT6A 4Z46A 1G7JC 1XEPA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5KKJ A;  5AMY A;  3CSZ A;  1LSF A;  1QTE A;  4XAD A;  2G4N A;  2D4K A;  1LLH A;  1WQN A;  5KXL A;  3PDS A;  3HTB A;  5LIN A;  1C61 A;  224L A;  5FCP A;  1LPI A;  3D3D A;  2YBJ A;  171L A;  1HMK A;  102L A;  1WQO A;  4M4O A;  1IR9 A;  1BWJ A;  5FEK A;  1W08 A;  4LYO A;  1G0L A;  1NWG A;  3HH6 A;  1A4V A;  3HFM Y;  1B7P A;  1MLC E;  255L A;  5HLL A;  1DYG A;  1G0Q A;  2BQK A;  5I4X A;  3CT1 A;  3ODU A;  1HEN A;  4ARL A;  1L97 A;  4J0L A;  3DKE X;  1DI3 A;  1D3M A;  1CKG A;  1B7M A;  1C6B A;  2H5Z A;  4LYT A;  1NDG C;  1UIF A;  210L A;  181L A;  1YAM A;  1L54 A;  4LT1 A;  3TXF A;  3WPL A;  4W53 A;  1I1Z A;  1WTM A;  5HNL A;  1CJ7 A;  1JJ0 A;  1LZ9 A;  1DYB A;  1G0G A;  4Z98 A;  1B5Y A;  4PHI A;  1JHL A;  4ARQ B;  3RUN A;  1LMN A;  3CDO A;  5KXP A;  2LYZ A;  1XGT C;  3B72 A;  1L57 A;  5LAF A;  1GAZ A;  1XJT A;  1LHK A;  5DLA A;  3W6E A;  3CT0 A;  3OJP A;  230L A;  4PK0 A;  1B7R A;  1LW9 A;  1CVK A;  5J7C A;  1P37 A;  141L A;  1LGW A;  259L A;  4WL6 A;  1LMO A;  2RAZ X;  1B0D A;  3WXU A;  1HER A; 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