218LA

Protein structure plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVANLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Protein structural plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 57
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 218lA00
3HT6A 1L44A 175LA 251LA 2RBPA 1L22A 1C66A 1C6AA 1L96A 221LA 1C6FA 182LA 1L37A 1L49A 2QB0B 3HH3A 1L25A 1NHBA 200LA 3OE8A 147LA 2OTYX 3L64A 1XJTA 3SB8A 229LA 3SBBC 1ZYTA 107LA 1LGUA 4GBRB 1L34A 3HDEA 1L86A 1CV0A 1DYAA 1CUPA 181LA 1CVKA 1L36A 206LA 1L97A 1CV6A 1L79A 242LA 1P6YA 232LA 1L70A 3HWLA 3NYAA 4DAJA 143LA 149LA 1L24A 1L33A 224LA 220LA 199LA 1L50A 1JQUA 1XJUA 1L00A 3DNAA 4W59A 244LA 1G1WA 241LA 177LA 183LA 1G0PA 1QTVA 3OE9A 111LA 2B6TA 3HU9A 223LA 2CUUA 3C7ZA 174LA 4EKSA 1G06A 137LA 178LA 1LYIA 104LA 1LGXA 2F2QA 3DMVA 1C61A 4PJZA 1C68A 4E97A 1OVKA 239LA 1P3NA 2OU9A 1T8AA 4I7OA 115LA 3DN6A 3HTBA 155LA 163LA 1L43A 1QT8A 120LA 1G0KA 3C7YA 3SN6R 172LA 1L88A 168LA 125LA 122LA 164LA 1D3JA 1CU2A 1QTHA 131LA 4EKPA 1CX7A 2RBRA 1LW9A 1L94A 1G07A 1L45A 1L84A 196LA 1C6CA 1CU6A 2A4TA 4W56A 1L71A 1SWYA 240LA 171LA 1QUDA 210LA 1L99A 1LPYA 1PQOA 1L95A 4EKRA 1L39A 1OV5A 1L81A 1C6DA 262LA 1L15A 1D3NA 1LYEA 139LA 1L05A 3GUMA 237LA 1L76A 1L21A 1WTHA 1L80A 2Z6BA 138LA 235LA 3HH6A 2L78A 4ARQB 1LI2A 1P2LA 108LA 1QSBA 3PDSA 5LZMA 4I7KA 192LA 1LYFA 4PK0A 3SB7A 1SX7A 3DN3A 180LA 142LA 1L23A 160LA 3HH5A 1DYDA 3JR6A 1LYDA 3C8RA 1L13A 114LA 4W57A 3GUOA 260LA 1PQJA 1L60A 109LA 1L18A 1L01A 1L17A 1L46A 3GUKA 1L30A 1SWZA 3GUIA 148LE 186LA 243LA 1C6BA 1OWZA 1QTBA 3CDVA 227LA 140LA 1P36A 184LA 152LA 1L53A 1L69A 1L38A 190LA 151LA 1QUHA 2HULA 1C69A 1KNIA 1ZURA 1L12A 3HT9A 1L64A 1CU5A 1G1VA 1L48A 4I7LA 1L56A 3FADA 218LA 1L59A 3GUJA 4LDEA 1OV7A 1KS3A 3QAKA 3RUNA 215LA 1PQIA 2B75A 2RB2X 1CV5A 1C6EA 2OTZX 159LA 1L73A 3C8QA 3HU8A 3NY9A 1QT7A 3SBAA 233LA 2RBQA 252LA 1G0JA 2O79A 158LA 1L75A 3HTFA 1EPYA 2B73A 1L35A 129LA 1C6PA 1DYCA 253LA 3OE0A 4EXMA 2NTGA 156LA 1G0GA 1P7SA 1OVJA 3C81A 4W52A 2QARC 1L47A 3UONA 259LA 4YXAC 2ANXA 3HDFA 2OE9X 1L90A 3HUAA 219LA 141LA 1L10A 1C6QA 188LA 1L61A 1OYUA 1QS5A 1D3MA 1JTMA 197LA 2Q9EA 1I6SA 234LA 3LZMA 3DN8A 1L85A 1L55A 226LA 1L66A 216LA 254LA 3SB5A 1CV4A 3DN1A 211LA 1CX6A 2RBNA 2NTHA 3C80A 1ZWNA 3F8VA 2OU0X 1QUOA 2LCBA 256LA 4S0WA 1QS9A 1C63A 3HH4A 1QT4A 4OO9A 150LA 4DKLA 2OEAX 3G3WA 1L82A 1L74A 4AQNA 1KW5A 2OE4X 212LA 4ARPA 248LA 128LA 1SX2A 1B6IA 1LI6A 2B70A 1L32A 3EMLA 1QT6A 1CTWA 1L54A 1C6MA 187LA 161LA 1PQKA 228LA 4K5YA 2RB1X 1CU3A 1G0MA 255LA 3C8SA 1PQMA 205LA 162LA 176LA 1CV3A 1QTZA 1G0LA 2B74A 3DMZA 4YX7C 3CDQA 3DKEX 145LA 1L89A 1SSYA 4IAPA 1L06A 1CUQA 1LWKA 230LA 3HT8A 2O4WA 1D9WA 1D2YA 1QT3A 3DMXA 249LA 195LA 2LZMA 1C6TA 3FI5A 1L77A 1L26A 1L11A 1LI3A 1OWYA 1L19A 1LLHA 1P2RA 3SB6A 1LWGA 4W54A 3V2WA 3CDRA 1L51A 3DN4A 1L63A 3DN2A 1L29A 1L40A 1C6IA 2B6ZA 1L67A 1G0QA 1L65A 2B7XA 1L72A 1C6HA 1L28A 2IGCA 173LA 144LA 1L0JA 2RB0X 191LA 2B6WA 4ARQA 2HUKA 1L07A 1L27A 1P37A 214LA 2LC9A 3ODUA 222LA 3F9LA 4I7SA 2OU8A 113LA 2B6YA 1DYEA 157LA 2OE7X 2B72A 4W58A 119LA 1LGWA 1L52A 4LDLA 4ARMB 1T97A 112LA 217LA 3GULA 1P5CA 4I7PA 2RAZX 3RZEA 3PBLA 2RBOA 1T8GA 4ARJA 1D3FA 1L92A 1LYHA 1P64A 1L57A 4I7QA 1P56A 2ANVA 4GRVA 3OE6A 1L08A 3C82A 1CU0A 1L42A 1L14A 1DYBA 5I14A 1C6NA 3GUNA 170LA 3SB9A 1LYJA 1XEPA 1L87A 246LA 4YXCA 127LA 185LA 4I7MA 1L93A 1KW7A 2RBSA 1L04A 3C7WA 4ZPUA 2Q9DA 1L58A 1LYGA 225LA 1SSWA 1K28A 169LA 1D2WA 3HTGA 1C64A 1L62A 3CDTA 1L91A 3VW7A 238LA 146LA 6LZMA 1C60A 1C6JA 1C67A 2HUMA 1DYFA 167LA 2O7AA 1JTNA 209LA 245LA 4ARMA 1C6GA 1QTDA 130LA 2F47A 1L68A 1T6HA 3DN0A 1L0KA 3HUQA 118LA 4EJ4A 1L20A 166LA 1QTCA 2RH1A 4DJHA 1DYGA 1L03A 247LA 4EPIA 258LA 1TLAA 110LA 1C6KA 2RAYX 3L2XA 1KY1A 201LA 4I7TA 3C83A 198LA 1OVHA 3D4SA 4I7JA 189LA 2F32A 1C6LA 231LA 4W53A 3HT7A 1L09A 257LA 1L16A 3V2YA 250LA 3G3XA 1L02A 1C62A 3GUPA 4W55A 1QSQA 3CDOA 4EKQA 4I7RA 1PQDA 1P46A 1L98A 1C65A 3FA0A 213LA 1QT5A 3K2RA 3G3VA 1L83A 261LA 126LA 236LA 102LA 2B6XA 1QUGA 103LA 3NY8A 4I7NA 3HUKA 123LA 165LA 7LZMA 1CV1A 3HTDA 4LDOA 4W51A 4LZMA 1KY0A 4ARLA 4EPFA 1L31A 1T8FA 1L41A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GFHA 4NSJA 2ZIJA 2D4JA 1L96A 1L49A 1NDMC 4C3WA 4EOFA 147LA 2OTYX 1GDWA 5KJ9A 1LGUA 4GBRB 1F6SA 2B5ZA 1DYAA 2MECA 1WVVA 1RCMA 5HMJA 5FELA 4DD0A 1CVKA 206LA 1IORA 1CV6A 1DKJA 1W6ZA 1L79A 1C10A 1GFRA 1P6YA 232LA 2CWIA 3HWLA 1YILA 4QY9A 149LA 4G4BA 2DBTA 220LA 4WLXA 1VDSA 1G1WA 2I25L 3OE9A 111LA 4DDAA 4OWBA 4LT1A 178LA 1B5ZA 4LYTA 1LGXA 4NWEA 1GDXA 1P3NA 2OU9A 2MEBA 1T8AA 1QDTA 163LA 3ZVQB 1LZSA 1LSYA 1GFUA 1L88A 5B07A 4NHQA 164LA 4NGYA 4WM6A 2LZTA 1LMTA 1L94A 1JIYA 2IHLA 4II8A 1C6CA 5LYTA 2A4TA 1PS5A 240LA 5FEKA 1TEWA 171LA 1BQLY 1LMCA 1TAYA 1L95A 1WQPA 1C6DA 1LZEA 3WUNA 4PRUA 1GE3A 139LA 4ZFPA 5LVGA 5FCPA 3AW6A 1L76A 1WTHA 1L80A 235LA 2L78A 1AM7A 108LA 4LYBA 1NF5A 1WQRA 3SB7A 3TXDA 4DYGA 2XTHA 1LYZA 3DN3A 160LA 2HU3A 1ALCA 2C8OA 5C6LA 3JR6A 1LYDA 3C8RA 1AT6A 1LJKA 1HENA 1MLCE 3QY4A 2BQNA 4EMNA 1L18A 3J4GA 4H93A 1HSWA 1L46A 4GN5C 3GUIA 148LE 186LA 4H90A 3G3AB 1AKIA 1OWZA 1LKSA 3WXTA 5D5FA 2HULA 4J1AA 4XADA 1C69A 1KNIA 1EL1A 1ZURA 1L12A 5KXXA 4I7LA 4LGKA 1OUDA 5I5QA 4OWAA 4LDEA 4XYYA 3TMXA 3QAKA 5I4XA 208LA 1D9UA 1HFZA 2RB2X 3HU8A 1B9OA 1GFGA 2F4GA 4HJVA 252LA 4H91A 2O79A 158LA 3HTFA 1EPYA 1W08A 1FLYA 3RZ4A 1LTMA 1C43A 1B7PA 3UONA 4YXAC 5ILCA 1C08C 3HDFA 4IASA 1IOCA 1L90A 141LA 4RLMA 1G7MC 2Z2FA 1KXWA 1L61A 1B5VA 5LYZA 2WARA 1YQVY 3DN8A 4CJ2A 1B7MA 4TWSA 1L66A 254LA 3SB5A 211LA 1CX6A 1NQIA 2NTHA 1CJ7A 4S0WA 2YBIA 2D4KA 1QT4A 150LA 4DKLA 1J1OY 5HNLA 4WG7A 4ARPA 2BQKA 1SX2A 2B70A 3EMLA 1QT6A 3K3TA 187LA 1PQKA 2I26L 1B5UA 1G0MA 1LSGA 255LA 176LA 1IY3A 3DMZA 4YX7C 1SSYA 1L06A 2BQHA 135LA 3HT8A 1D9WA 4ETEA 3DMXA 1IWYA 1GBZA 2LZMA 3FI5A 5A3EA 3E3DA 1LLHA 2HEFA 1L51A 3WVXA 3AZ5A 5IDDA 1FLUA 4GCCA 2B6ZA 4LYZA 2B7XA 4C5FA 3ATNA 4PJ2C 2LC9A 1P37A 1LZTA 1UUZC 3F6ZA 1L52A 2PC2A 5KXPA 4ARMB 3GULA 1P5CA 3PBLA 1UICA 1QSWA 3CT0A 1T8GA 4LFPA 5KXLA 1LOZA 3A94A 1REZA 4GRVA 4WG1A 3C82A 1CU0A 1L42A 3WH1A 1C6NA 3GUNA 1LYOA 1XEPA 3AGGG 5HLLA 185LA 3A92A 4WM2A 4I7MA 5D5CA 1KW7A 2CDSA 1NHEA 2NWDX 5E4PA 1L04A 2BQGA 4ZPUA 1REYA 169LA 1B0DA 1LMNA 4DC4A 3CDTA 1G7LC 1D0KA 2IFFY 3WW5A 4H8YA 1DYFA 4DDBA 1GHLA 4N9RA 1LJ4A 1IP5A 1YAMA 1IWZA 2Z39A 3DN0A 1YIKA 1SLYA 3D9AC 3LZTA 4EJ4A 1B5WA 247LA 1TLAA 2LYOA 4BS7A 5KXTA 1XGRC 1GAZA 1LJEA 1E8LA 1F0WA 1KY1A 201LA 198LA 1G7IC 3D4SA 1NBYC 1RJCB 1KIRC 4W53A 3MGWA 4X3BA 250LA 3G3XA 5LAFA 5LA5A 3GUPA 3CDOA 2H9JA 4EKQA 1GBXA 2YSSC 3A95A 1LZBA 1L98A 4HTQA 4CHXA 1C65A 1OUBA 1L83A 1DI4A 102LA 1BB4A 3WW6A 4I7NA 165LA 1UIFA 4WMGA 3HTDA 4W51A 2EPEA 5APCA 1JSEA 1IP6A 5II3A 4NGOA 5F16A 175LA 2RBPA 1L22A 1C6AA 1BWJA 3RW8A 2Z19A 1GB9A 2QB0B 3HH3A 1L25A 1GPQC 1GF5A 4TSCA 3L64A 4CFOA 1ZYTA 107LA 1IVMA 4LYOA 1L34A 4BAPA 1C46A 1CUPA 3IJUA 1L36A 4ML7A 4P2EA 1GFTA 3IWRA 4PRQA 1JWRA 1OP9B 1L70A 4DAJA 1P2CC 1WQNA 1L24A 1ZVYB 1YAOA 1DKKA 224LA 4LZTA 4W59A 3DNAA 3TXFA 1YL0X 244LA 4MR1A 4ET8A 1G0PA 1LHMA 223LA 2CUUA 3C7ZA 174LA 4J0LA 5AMYA 5HMVA 1UIGA 137LA 1LJHA 1LYIA 5LA8A 104LA 1V7TA 1IOTA 4AXTA 1GB5A 1WQQA 5L9JA 1YKZX 4ETAA 1GF9A 1ZVHL 4TSBA 4I7OA 5F9XA 3HTBA 155LA 4NG8A 4ET9A 1L43A 3W6AA 1LCNA 1WQOA 2HEAA 3SN6R 1GF7A 4NFVA 172LA 122LA 2DQGY 3EO5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GFH A;  4NSJ A;  2ZIJ A;  2D4J A;  1L96 A;  1L49 A;  1NDM C;  4C3W A;  4EOF A;  147L A;  2OTY X;  1GDW A;  5KJ9 A;  1LGU A;  4GBR B;  1F6S A;  2B5Z A;  1DYA A;  2MEC A;  1WVV A;  1RCM A;  5HMJ A;  5FEL A;  4DD0 A;  1CVK A;  206L A;  1IOR A;  1CV6 A;  1DKJ A;  1W6Z A;  1L79 A;  1C10 A;  1GFR A;  1P6Y A;  232L A;  2CWI A;  3HWL A;  1YIL A;  4QY9 A;  149L A;  4G4B A;  2DBT A;  220L A;  4WLX A;  1VDS A;  1G1W A;  2I25 L;  3OE9 A;  111L A;  4DDA A;  4OWB A;  4LT1 A;  178L A;  1B5Z A;  4LYT A;  1LGX A;  4NWE A;  1GDX A;  1P3N A;  2OU9 A;  2MEB A;  1T8A A;  1QDT A;  163L A;  3ZVQ B;  1LZS A;  1LSY A;  1GFU A;  1L88 A;  5B07 A;  4NHQ A;  164L A;  4NGY A;  4WM6 A;  2LZT A;  1LMT A;  1L94 A;  1JIY A;  2IHL A;  4II8 A;  1C6C A;  5LYT A;  2A4T A;  1PS5 A;  240L A;  5FEK A;  1TEW A;  171L A;  1BQL Y;  1LMC A;  1TAY A;  1L95 A;  1WQP A;  1C6D A;  1LZE A;  3WUN A;  4PRU A;  1GE3 A;  139L A;  4ZFP A;  5LVG A;  5FCP A;  3AW6 A;  1L76 A;  1WTH A;  1L80 A;  235L A;  2L78 A;  1AM7 A;  108L A;  4LYB A;  1NF5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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