218LA

Protein structure plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVANLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Protein structural plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in T4 lysozyme.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 218lA00
3RZEA 1QTHA 258LA 4EPIA 4EJ4A 1L10A 1QT7A 3HTDA 1G06A 3C8SA 1LI6A 3DMZA 3GUIA 3HH6A 3DN1A 1CX6A 1L00A 1CU2A 1QUDA 221LA 148LE 3SBBC 2B7XA 229LA 1LI3A 2B6YA 1C6MA 188LA 1DYAA 157LA 242LA 1L88A 175LA 145LA 3JR6A 1OYUA 1L84A 1P64A 130LA 1ZURA 1L23A 1LGWA 2B6WA 4W53A 2B73A 3F9LA 1D3FA 1L33A 4LDLA 1LWKA 1DYEA 1OVJA 3CDTA 1LW9A 108LA 4YXAC 1QUOA 2Q9DA 3UONA 1CV6A 1KY1A 1L16A 1L51A 1L71A 2F32A 166LA 1L35A 200LA 1PQOA 158LA 225LA 1L40A 254LA 2OU8A 4LDOA 1CTWA 3HWLA 1L90A 4ARJA 1C6QA 122LA 3C83A 4I7OA 1LYHA 1LYJA 1L44A 2B75A 1CV4A 113LA 1KS3A 4YXCA 262LA 2LCBA 185LA 1L48A 1QS9A 2RB1X 3C7WA 102LA 234LA 139LA 1L50A 2RBRA 1QTDA 1L98A 249LA 152LA 141LA 2B70A 149LA 1L60A 1CV1A 224LA 1QT5A 1EPYA 1WTHA 1CU5A 1LPYA 240LA 4DKLA 1L77A 3HT7A 1P6YA 192LA 186LA 222LA 1L21A 1L75A 1L02A 3DMXA 1C61A 1C6TA 244LA 3C82A 3CDOA 1C6BA 142LA 1QT4A 1LLHA 1TLAA 6LZMA 1L95A 2Q9EA 4EKQA 1P7SA 167LA 1KY0A 104LA 1CV3A 1LGXA 172LA 1LYFA 4W52A 4EKSA 1L85A 1L27A 140LA 1L43A 1D2YA 2F47A 1L24A 3PDSA 1L08A 1C66A 1L34A 2OTYX 177LA 2QARC 1JQUA 4DJHA 257LA 1L30A 127LA 1PQIA 3DN8A 4ARQB 160LA 4W51A 243LA 1L28A 191LA 3LZMA 2ANXA 176LA 1CU6A 144LA 5I14A 2CUUA 3G3WA 4LDEA 1QT3A 1QTZA 3ODUA 1L56A 2LZMA 1QTVA 2RBPA 1L52A 1L37A 1L15A 1L91A 2B6XA 3SN6R 1CV5A 1SSWA 3V2WA 239LA 1L80A 2OE4X 1P36A 128LA 3OE8A 165LA 1P5CA 1D3MA 205LA 2OU0X 1G0LA 236LA 115LA 2O7AA 3HH4A 3G3VA 3VW7A 1QTCA 2RBSA 4ARQA 2HUMA 1C6HA 151LA 1P37A 1L94A 4PJZA 174LA 1L73A 226LA 197LA 1L49A 1C6IA 237LA 1C6LA 171LA 3CDRA 1L86A 1L79A 1SSYA 1G1WA 3GUKA 2RBNA 3HTGA 1L0KA 2LC9A 190LA 4W56A 155LA 1C6PA 182LA 1L68A 3C81A 1KW7A 1L63A 1D3JA 2B6TA 137LA 2B74A 1L82A 2NTHA 212LA 3FADA 1L64A 2HUKA 1L65A 4EKRA 1SWYA 216LA 214LA 3GUNA 1KNIA 4I7QA 195LA 1T8GA 125LA 1L25A 1G0GA 1G0KA 1L55A 4ARMA 3SB9A 3C7ZA 218LA 1XEPA 2L78A 1L13A 181LA 1L66A 251LA 2B72A 2RAYX 1G0MA 1ZYTA 1C62A 253LA 4E97A 1KW5A 1L72A 2NTGA 235LA 2RBQA 1CU3A 2RAZX 3DN4A 3HH3A 1OV7A 1LYEA 107LA 213LA 1XJTA 3QAKA 3HDEA 1T8FA 248LA 3OE6A 1G0QA 4AQNA 1L39A 2B6ZA 3SBAA 1L76A 189LA 3C8RA 1DYGA 219LA 1C65A 163LA 1OV5A 3FI5A 1L74A 1C6DA 1QT8A 3FA0A 1L05A 1L11A 1P56A 4I7MA 4LZMA 1L29A 1C6FA 3GUPA 1D3NA 245LA 3HUKA 1OWZA 5LZMA 246LA 3HT8A 1L61A 1PQDA 1C69A 1LYGA 169LA 2RB2X 4ARLA 1L01A 1SX7A 3HT9A 3CDQA 1OWYA 1L14A 1CU0A 1L89A 1L12A 4K5YA 233LA 1L07A 1B6IA 1L83A 1CV0A 1CUQA 1L45A 3L64A 1L87A 1L99A 2OE9X 1I6SA 1L26A 260LA 1K28A 1L36A 4ZPUA 3OE9A 1L0JA 164LA 1T97A 1DYFA 255LA 3DN0A 1LGUA 256LA 118LA 1L32A 206LA 1C6AA 1P46A 241LA 1LYIA 1JTMA 1L09A 3RUNA 1SX2A 1QT6A 180LA 1LI2A 2A4TA 3HU9A 2RH1A 1L57A 1DYBA 3SB8A 210LA 1L04A 4ARPA 2HULA 123LA 1P3NA 3HTFA 4YX7C 1L69A 4W57A 3F8VA 4I7TA 3DNAA 187LA 126LA 1T6HA 1L58A 3HT6A 3SB7A 4ARMB 1OVKA 119LA 1L38A 1L92A 1LWGA 2QB0B 1L47A 1QUHA 3NYAA 1L19A 4GRVA 196LA 259LA 1L41A 3DN2A 111LA 3OE0A 1L46A 1D9WA 4I7KA 3GUOA 150LA 3DMVA 198LA 2IGCA 3NY9A 4I7RA 1C6JA 1D2WA 3DN3A 138LA 2ANVA 227LA 3HTBA 2O79A 1L67A 3SB5A 1L31A 162LA 4OO9A 3C80A 3DKEX 2OE7X 1G07A 3DN6A 1L62A 1G1VA 131LA 228LA 3D4SA 1QSQA 1L06A 2RB0X 183LA 238LA 147LA 1L42A 4I7PA 114LA 1G0PA 2OEAX 146LA 1L53A 3SB6A 1CUPA 201LA 4EPFA 4S0WA 2F2QA 1C63A 1C60A 1OVHA 3GUMA 3HUQA 173LA 1C6EA 1ZWNA 4PK0A 1L17A 1C64A 1CX7A 4W58A 3C7YA 217LA 129LA 103LA 161LA 184LA 4DAJA 170LA 110LA 1T8AA 4EXMA 1DYDA 1QTBA 3PBLA 3HDFA 1C67A 1C6CA 247LA 3HUAA 3HU8A 4W54A 3EMLA 2OU9A 1DYCA 223LA 1L93A 1L81A 1LYDA 1SWZA 143LA 3GULA 1L18A 112LA 209LA 1L03A 4GBRB 120LA 1C6GA 215LA 199LA 1P2RA 231LA 1XJUA 1C68A 4IAPA 220LA 3HH5A 1L97A 1QUGA 3NY8A 4W59A 1PQKA 3G3XA 1NHBA 1L70A 2RBOA 211LA 3V2YA 1G0JA 1QSBA 3C8QA 261LA 4I7SA 4EKPA 1L22A 1QS5A 1JTNA 4I7NA 1PQMA 1C6KA 109LA 232LA 252LA 156LA 3K2RA 2Z6BA 230LA 178LA 1L20A 1PQJA 1C6NA 7LZMA 4I7LA 3CDVA 4W55A 3GUJA 4I7JA 168LA 2O4WA 1L96A 1P2LA 1L59A 1CVKA 159LA 2OTZX 250LA 3L2XA 1L54A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3RZEA 1FKVA 1LHHA 258LA 3WU9A 1EQ5A 1L10A 3HTDA 5C6LA 5L3HA 1LI6A 2HEBA 4CFPA 1D0LA 5I4WA 221LA 148LE 1JTTL 2B7XA 4NSIA 1OUJA 2LZ2A 1DYAA 2H9JA 4RW2A 1L88A 145LA 3WVXA 130LA 2I26L 1L23A 4W94A 2Z18A 1D0MA 1DPXA 2YBMA 4EOFA 3WYHA 4LDLA 3AZ5A 1OVJA 5A3ZA 1CV6A 3AJNA 1GFAA 1L71A 1IP3A 1PQOA 1L40A 2OU8A 3HWLA 4H1PA 5IDDA 4RLNA 1DZBX 3RW8A 5EBHA 4DC4A 1YKXX 3C7WA 4NFVA 2CJLA 4D9ZA 1L50A 4M4OA 4PPOA 1OUCA 3A8ZA 4LYTA 3CSQA 1GFJA 5KXKA 4NIJA 1LYOA 2HU3A 4C5FA 3CSRA 1IWUA 1C43A 3WH1A 1HF4A 1B2KA 2MEEA 1L02A 2RSCA 3CT5A 3C82A 3CDOA 1LLHA 3AW6A 3A93A 1KY0A 104LA 1CV3A 172LA 4H9CA 1JEFA 2BQKA 1D2YA 132LA 1L24A 4LYZA 3PDSA 4NWHA 4ZEEA 2W1LA 2QARC 2BQIA 4ARQB 160LA 4BS7A 243LA 1LHIA 1J1PY 1L28A 3E3DA 176LA 1GF6A 1VFBC 144LA 3N9CA 5LINA 3B0KA 2CUUA 3B0IA 1QTZA 3ODUA 1L56A 1IORA 1IR7A 5FEKA 5ILFA 1P36A 1IWTA 128LA 2G4PA 4DD2A 1YAMA 4H91A 1IP4A 2OU0X 2Q0MX 236LA 1B7MA 5AMYA 1IC5Y 2HUMA 1C6HA 3SP3A 4N8ZA 1CKHA 1O23A 4MR1A 1EQEA 4W56A 2MEFA 1QTEA 1RE2A 4HTKA 3ZVQB 1L63A 4GLVA 212LA 4UWUA 3A67Y 4G49A 1L65A 4KPMA 5DL9A 1FLQA 1UIGA 125LA 1G0GA 4H8YA 3SB9A 218LA 181LA 1L66A 251LA 1G0MA 1LSAA 1H6MA 1OUBA 4G4BA 5KXLA 4GN5C 1B5XA 1LMQA 2F2NA 1YIKA 1OV7A 1ALCA 1LJJA 1LYEA 1GWDA 1QSWA 3OE6A 5LYTA 4HTQA 4WM2A 1TCYA 1L39A 4NWEA 1IWXA 189LA 5LA5A 2BQAA 1QT8A 1P56A 4A7DA 1C6FA 3GUPA 5F9UA 1OP9B 4CJ2A 246LA 3HT8A 1GBSA 1BWIA 1TEWA 1SX7A 5KXXA 1VEDA 3HT9A 9LYZA 1CU0A 2LYMA 4WO9A 233LA 4GN3A 1HMLA 5KKJA 4HV1A 4LGKA 2HECA 135LA 4XADA 1IWVA 1K28A 164LA 1T97A 5T3FA 2XTHA 1IIZA 256LA 118LA 2H5ZA 2IFFY 1C6AA 3TXFA 1L09A 1LYIA 3RUNA 1JTPL 193LA 2BQBA 4R6CA 2BQHA 1B7PA 2DQGY 1W6ZA 4J1BA 2FYDA 1IEEA 4WM4A 1L04A 1JKAA 5HQ1A 4YX7C 1B7OA 3DNAA 1FLWA 1T6HA 3M3UA 4OW1A 3SB7A 4ARMB 4YENA 2AUBA 2F4GA 2MEHA 3NYAA 1L19A 5KXZA 1XGTC 3OE0A 3HBEX 198LA 1UBZA 5KXTA 1FDLY 4TX7A 3NY9A 1C7PA 3SB5A 4OO9A 2LYOA 3C80A 1B9OA 4NHSA 1IP2A 4TTDA 2NWDX 3RNXA 4DD1A 4WM1A 4L41A 3EXDA 1HSXA 3D4SA 1QSQA 1GB0A 3F6ZA 2RB0X 4HP0A 1LZTA 2ZIJA 5APCA 1L42A 2W1YA 5LIOA 1G0PA 1DI5A 1L53A 1CUPA 4EPFA 2W1MA 1C63A 4H93A 3D3DA 2XBRA 1LJNA 173LA 2MEBA 2FBDA 3EO5A 1LZCA 1CX7A 4LYMA 1IR9A 129LA 1C08C 1UIAA 1AT6A 3RT5X 1GFGA 1T8AA 1QTBA 1C67A 1LSGA 3HUAA 1HERA 1L93A 1LHMA 2BQDA 112LA 3N9EA 1XJUA 4IAPA 3HH5A 2YBLA 1E8LA 1D0KA 1UUZC 1UIEA 2RBOA 3VWOA 3V2YA 4EKPA 3CQLA 1L22A 3W6CA 3WULA 1JTNA 1LJIA 1GFRA 1PQMA 109LA 252LA 2HU1A 2W1XA 1UC0A 7LZMA 2BLXA 3CDVA 4I7JA 1WQPA 3TXHA 4XYYA 5M1YA 1L96A 7LYZA 1HFXA 2OTZX 3KAMA 1CJ9A 2DQCY 4Z41A 3WL2A 1QT7A 4O34A 1GD6A 3DMZA 3DN1A 2EKSC 5KXOA 1HEWA 5LAGA 2XQOA 1C6MA 188LA 1G7LC 4XN6A 1OUHA 1GFTA 2BQLA 1I1ZA 2DQHY 3JR6A 1L84A 2EQLA 2ZYPA 4H9AA 1ZURA 1GF0A 1LGWA 5C6IA 4NSHA 1LWKA 1PS5A 1OUFA 4WL7A 5KXSA 3CB7A 1KY1A 2A7FA 4HSFA 3K3TA 200LA 158LA 225LA 1B5VA 3ATNA 1CTWA 1L90A 1C6QA 4H8XA 1LYHA 1LYJA 3W3EA 5II3A 2BLYA 3T36A 2Z37A 1OUEA 2LCBA 1L48A 2RB1X 234LA 4LT2A 249LA 4OOOA 4H92A 1NBZC 4NSJA 1CV1A 1LZ6A 1QT5A 1EPYA 1CU5A 1KXWA 1V7TA 4B49A 1KIRC 1L77A 194LA 222LA 3LYOA 3HBHA 3DMXA 1C6TA 244LA 1LSDA 1C6BA 4Z98A 1QT4A 1CJ8A 2F4AA 4Z46A 1L95A 1LSFA 3LZTA 1UA6Y 4UWNA 4EKQA 5JENB 3D9AC 4IASA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3RZE A;  1FKV A;  1LHH A;  258L A;  3WU9 A;  1EQ5 A;  1L10 A;  3HTD A;  5C6L A;  5L3H A;  1LI6 A;  2HEB A;  4CFP A;  1D0L A;  5I4W A;  221L A;  148L E;  1JTT L;  2B7X A;  4NSI A;  1OUJ A;  2LZ2 A;  1DYA A;  2H9J A;  4RW2 A;  1L88 A;  145L A;  3WVX A;  130L A;  2I26 L;  1L23 A;  4W94 A;  2Z18 A;  1D0M A;  1DPX A;  2YBM A;  4EOF A;  3WYH A;  4LDL A;  3AZ5 A;  1OVJ A;  5A3Z A;  1CV6 A;  3AJN A;  1GFA A;  1L71 A;  1IP3 A;  1PQO A;  1L40 A;  2OU8 A;  3HWL A;  4H1P A;  5IDD A;  4RLN A;  1DZB X;  3RW8 A;  5EBH A;  4DC4 A;  1YKX X;  3C7W A;  4NFV A;  2CJL A;  4D9Z A;  1L50 A;  4M4O A;  4PPO A;  1OUC A;  3A8Z A;  4LYT A;  3CSQ A;  1GFJ A;  5KXK A;  4NIJ A;  1LYO A;  2HU3 A;  4C5F A;  3CSR A;  1IWU A;  1C43 A;  3WH1 A;  1HF4 A;  1B2K A;  2MEE A;  1L02 A;  2RSC A;  3CT5 A;  3C82 A;  3CDO A;  1LLH A;  3AW6 A;  3A93 A;  1KY0 A;  104L A;  1CV3 A;  172L A;  4H9C A;  1JEF A;  2BQK A;  1D2Y A;  132L A;  1L24 A;  4LYZ A;  3PDS A;  4NWH A;  4ZEE A;  2W1L A;  2QAR C;  2BQI A;  4ARQ B;  160L A;  4BS7 A;  243L A; 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