3N9EA

Mite-y lysozyme: promite
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Mite-y Lysozyme Crystals and Structures
rcsb
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2010-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3n9eA00
1VEDA 1HEQA 2W1LA 1ALCA 3WU9A 1HHLA 1LSCA 1W08A 3LYOA 4J0LA 4C5FA 2DQEY 5LVGA 1IY3A 2RSCA 4J1BA 3WU8A 2YBNA 1B5VA 1JSEA 1OUIA 3GXKA 2Z39A 2BQLA 4BADA 1LZGA 1NF5A 4ET8A 3LHMA 1AT6A 1OQMA 2DQFC 1LJ4A 2BQCA 2BQJA 1EL1A 1B7OA 1GBZA 5HLLA 1SLYA 1KIRC 4PGJB 4MSTA 2I25L 4U3XB 4Z3MA 1B9OA 2ZNXY 1QSAA 5JENB 3TMXA 2F4AA 1LTMA 2BQHA 1GF3A 1BB3A 1IP4A 4NY5A 5T3FA 3A3RX 1TCYA 5KXNA 2C8OA 1GE4A 4G49A 4H9IA 3A6BY 4TSCA 1HELA 1YANA 1JJ1A 2AUBA 1CNSA 4QEQA 2LHMA 4ETCA 2DBTA 5KXYA 2MEGA 4HP0A 4NGKA 5E4PA 1UIFA 1C08C 5APCA 1T6VL 4LYBA 1JPOA 1LPIA 5AMYA 1ZV5L 5KXZA 1JTOL 1LHMA 1YAOA 2H9JA 4H91A 4DD0A 1JKDA 1CJ7A 3QE8A 1GFGA 2D4IA 5KXWA 5F16A 1V7TA 2MEAA 4Z98A 2D91A 5KKIA 1UA6Y 5B05A 1RJCB 3AGGG 1GXV2 5I4XA 4NHQA 3TMVA 3A90A 3G3AB 4I8SA 4ETAA 4HTQA 1GHLA 1LJFA 1DQJC 3W6EA 4CHXA 2YBHA 1LZSA 1YKYX 3LZTA 4N1CC 5LAGA 1CKCA 1NBYC 1BB7A 1QTEA 3TMWA 4XJFA 2X0AA 3WUAA 5KJ9A 1LMTA 5APDA 3WPJA 3A95A 1D0MA 1JKCA 1F6SA 1LHKA 4LGKA 3ZVQA 1XEIA 1B7MA 1FLWA 1OUGA 1GF7A 1YROA 4HPIA 1PS5A 1IWUA 1HSWA 1LSBA 1C46A 2W1XA 2W1YA 1BVKC 1F10A 2XBSA 1B7PA 1IIZA 4PPOA 2XJWA 4TX7A 4XENA 4CFOA 1LSZA 2Z19A 5LYTA 1V7SA 5C6LA 2CDSA 1GFUA 2FYCA 4B4EA 3EXDA 1JHLA 1JJ0A 2BQAA 1HENA 4DD3A 5B59A 4H8YA 1UIGA 4RLMA 4RLNA 5HNLA 1JEFA 1B7SA 1IO5A 1CJ8A 2ZQ3A 4YENA 1GFKA 5DM9A 4YEMA 5I4WA 1DKJA 1G7LC 2Q0MX 5LINA 1FKQA 1LJJA 4ET9A 2WARA 1IC5Y 4WM5A 4DWXA 2BPUA 1C45A 2HEDA 194LA 1LMQA 2ZQ4A 4NHPA 5FCPA 1LZDA 4ETDA 1LOZA 1NDGC 5J7CA 4OWAA 1WVUA 1UIBA 4R0FA 4ZFPA 1XEKA 4WLXA 1YAPA 1XEJA 2EQLA 2BQEA 5D5CA 3FI7A 1B5ZA 1LJKA 3A6CY 5IELA 1TBYA 4HPEA 2H5ZA 1GWDA 1ZMYL 2W1MA 4TWSA 2CGIA 1GFTA 3LYMA 3B0IA 3WPKA 4HSFA 1GE1A 4XJHA 4AXTA 4DD7A 1OP9B 4ZEEA 4H1PA 1GD6A 7LYZA 2Z37A 4GCDA 1IEEA 1KXYA 1GB2A 1HFZA 1NWGA 1YILA 1PZYA 5KXMA 1GE0A 2MEEA 1LHLA 1DZBX 5APFA 1GAZA 1XGTC 1DI5A 3AW7A 4TTDA 1HMKA 1B5XA 4J7VA 1QSWA 3B0OA 4HV1A 1B7LA 4LYCA 4DC4A 3AYQA 1IX0A 1SQ2L 4PRUA 1BB6A 1B7QA 3LZ2A 4RW2A 2F4GA 1HFYA 4LFXA 4G9SA 4NG1A 4H9CA 3TXFA 1AM7A 1GE2A 1UUZC 1UIHA 1GBYA 193LA 1LZ6A 1IP2A 1LKSA 4FDYA 3WH1A 1GB9A 1GDXA 2EPEA 5KKJA 3CT5A 4NGOA 5F14A 2YBLA 1OUCA 4OW1A 3W6DA 2YDGA 5KY1A 1LKRA 4LZTA 1LZ8A 3P4ZA 5M1YA 5I4YA 1G7JC 2HEFA 1BVXA 1NMMA 3P64A 4GCFA 3B6LA 4QDNA 5LA5A 3AGHA 3CSRA 4FJRA 1IC4Y 1DI3A 1GB8A 4H9BA 1UIDA 5HQ1A 1LZRA 5IHGA 4HJVA 4HTNA 1QTKA 1GFJA 2BQGA 1XGUC 1B0DA 1HEPA 1LMNA 5FSTA 1WVVA 2A7DA 1IP5A 1QUSA 4GN4A 1UACY 4W96A 5K7OA 1BWHA 1JUGA 4R6CA 1G7MC 1IWXA 4WMGA 4NFVA 4OOTA 5HMVA 4G4HA 1YAMA 4OOOA 2IFFY 3CQLA 5KXOA 1GDWA 1GEZA 3N9CA 4O34A 2DQCY 1H87A 3AZ5A 4GLVA 2BQIA 1FLYA 1CKDA 1JWRA 4H90A 4WLTA 1B7RA 1T3PA 3B0KA 4NHIA 1LZAA 3A93A 1IY4A 4M4OA 4HJYA 3WL2A 3WYHA 4XJDA 4ETBA 4YOPA 1OUEA 3EMSA 132LA 4IATA 1YL1X 1NDMC 4NGJA 5KXSA 1REXA 3A34A 1D0LA 5C6IA 2I6ZA 2HTXA 4H9EA 5A3EA 4GN5C 2ZYPA 3J6KA 4OWBA 5F9XA 3CSZA 2YBIA 1REZA 1HNLA 4B4IA 4H92A 3K3TA 1IP3A 2MEIA 2CWIA 1JSFA 1ZVHL 2Z2FA 1J1XY 4P2EA 2VB1A 3IWRA 4XJIA 4CFPA 1HFXA 5F81A 1GF8A 1GFVA 4XADA 5KXLA 1CKGA 2D6BA 2HU3A 5APEA 4YM8A 1I56A 1IP1A 1KIQC 2DKVA 1TEWA 207LA 4J1AA 1B7NA 1LSYA 3CSQA 5FHWA 1QUTA 4YF2A 4H94A 2PC2A 3AZ4A 5KXKA 1JKAA 1JJ3A 4DYGA 2HUBA 3G3BB 4DD9A 4X3BA 1OUAA 1WQPA 1OUHA 5B1GA 1E8LA 1GFEA 5LYMA 4UWVA 5A3ZA 1C43A 1LZBA 3F6ZA 1OUBA 2BQBA 3WVYA 1FDLY 5L9JA 2B5ZA 4QGZA 5I53A 4WLDA 4PHIA 3T36A 3W6BA 1CJ6A 3A94A 2BQKA 3EBAB 1CKHA 4ML7A 3RZ4A 1LYOA 4NGIA 5LVJA 2LZTA 3HBEX 4WL7A 5LAFA 2DQGY 6LYZA 1GFAA 3J4GA 1GF9A 4Z46A 1I1ZA 2MEDA 1IORA 1QDRA 2MEFA 2Z2EA 4WM6A 5HNCA 4WOAA 1KIPC 4IASA 3TXGA 3W3EA 1IWYA 9LYZA 2ZYCA 2DQAA 1WQOA 1UICA 5DN5A 1KXWA 5KXXA 4NSJA 4AGAA 4EOFA 1F0WA 1OUDA 1QQYA 5E9RA 4GCEA 1VDTA 5HMJA 5FDJA 1B2KA 3TXHA 1LZ4A 1IVMA 1LZNA 2YSSC 1I20A 2NWDX 1D6QA 3TXEA 4BS7A 2BLXA 1LSEA 4LYTA 1LMAA 4N0JA 3TXIA 1VATA 4IJ4A 1GBWA 1GXXA 2LZ2A 3A92A 1RFPA 1IWTA 5D5FA 3WUNA 5L3HA 4C3WA 1IR7A 4WG1A 4XJBA 1MLCE 1XSFA 1OUFA 4H9FA 1GBOA 3WULA 1A4VA 1LCNA 1LMOA 1N4FA 3M18B 5B07A 4CJ2A 3QY4A 1LJNA 4NWHA 1WQQA 3B72A 4M6DA 1NHEA 4N1EI 2YBMA 2BQFA 5ILFA 1BGIA 3TXBA 2DQDY 2LYZA 134LA 4CGEA 1XGPC 3WU7A 3LYZA 1GB6A 1IOCA 3WW5A 1BB5A 5KXPA 4N9RA 1BWJA 1LJGA 5ILCA 2C8PA 4YEOA 3TXDA 4UWUA 1QDTA 3GXRA 3W6FA 1NKHA 1TDYA 1VDPA 2FYDA 2Y8PA 3D9AC 2HU1A 4B0DA 1HEMA 4HTKA 5DL9A 4WM1A 1D0KA 4H8ZA 3HFMY 1D6PA 4OWCA 1LHIA 1J1PY 3M3UA 4GN3A 4DDAA 1J1OY 3MGWA 4NSGA 4DT3A 3AGIA 1LHJA 1W6ZA 1LJHA 1QIOA 8LYZA 2MEHA 5EBHA 3QNGA 4H93A 3TXKA 1IC7Y 1IOTA 1G7IC 1LZ1A 3HBHA 1KXXA 3WPLA 3WXTA 4XJGA 2EKSC 4E3UA 1FN5A 4L41A 3FE0A 5II3A 1UIEA 1DXJA 1YKZX 1MELL 2DQJY 2ZWBA 1IP6A 4H9HA 3IJUA 153LA 2FBDA 2ZILA 1IR9A 3LYTA 4NG8A 1RI8B 1FKVA 4GCBA 3E3DA 2H9KA 4LT2A 3AW6A 4WG7A 3W6CA 2CJLA 2LYMA 1LZYA 1UBZA 4UWNA 2BQMA 1FBIX 1H6MA 4A7DA 1O23A 4LT1A 4WO6A 3A91A 3ATOA 1EQEA 1B5UA 1LSDA 133LA 4WM4A 4WO9A 1AZFA 1GB5A 2BQNA 2FBBA 3LN2A 1IR8A 4XN6A 5B1FA 4DDBA 4DD2A 2HEBA 1LMCA 2G4QA 1YKXX 1GBSA 4N8ZA 1LSAA 1WQRA 4G4BA 4B49A 1C7PA 4GCCA 1YL0X 3P66A 1LMPA 5I5QA 1DI4A 1LYZA 2F30A 3SP3A 1IP7A 1HEWA 5KXTA 1HC0A 1YAQA 4NSHA 4WM2A 5FELA 1ZVYB 3WUMA 3ZVQB 5L3IA 1LSPA 3RW8A 4TSBA 2Z18A 1BHZA 4LT3A 1YIKA 1OUJA 1GB3A 1LJ3A 3AZ6A 4LYMA 1INUA 4G4CA 1G7HC 1HMLA 1LZ9A 5B06A 3ATNA 1LZ5A 3P68A 4B4JA 1UIAA 1IOQA 1F6RA 1GEVA 1HEOA 1LJIA 2HEAA 3OK0A 1WQMA 4NGZA 4WLYA 2BQDA 4H8XA 4NGWA 1DKKA 1JISA 4KXIA 5F9UA 4RW1A 1GFHA 4NHSA 4ANRA 1P2CC 3RT5X 2EIZC 1HF4A 1VAUA 1AKIA 1D9UA 1TAYA 4NGVA 1IWZA 2YBJA 1LYYA 3D3DA 3RNXA 1CKFA 5LVKA 3WXUA 4KL7A 3W6AA 154LA 4LFPA 2ZIKA 5LIOA 1XFPL 4B1AA 1RE2A 4BAPA 2MEBA 1LSGA 2HECA 3AJNA 3AB6A 3TXJA 6LYTA 4NGLA 2BAAA 2ZNWY 3WW6A 2XTHA 1GPQC 4NIJA 4OWHA 4HV2A 1LSFA 4WM3A 4NEBA 4OWEA 1B5WA 1LZEA 1LZCA 4N5RA 1JTTL 3OJPA 1IWWA 1FLQA 1UCOA 2YVBA 3N9EA 1JTPL 1LSNA 2D4KA 1LZTA 4QY9A 2G4PA 2Z38A 4RDSA 3ZEKA 3A96A 4PJ2C 1XGQC 2N5ZA 1YQVY 1WTMA 3BKVA 2DQHY 2DQIY 4KPMA 1XGRC 4PRQA 4ETEA 4I0CA 3ULRA 3VWOA 5DN4A 1LYSA 4BAFA 2IHLA 4DD1A 1BB4A 1NBZC 4D9ZA 3EO5A 1DPWA 1LSMA 4Z41A 1WTNA 3A3QA 1VDSA 5LVHA 2A7FA 4MCKA 4NHTA 3TMUA 1FLUA 2MECA 3AZ7A 5FEKA 3N9AA 1WQNA 3P65A 3RU5A 4KT3A 5LVIA 3A67Y 1LHHA 1GB7A 3HBDA 208LA 1B5YA 1HERA 3WVXA 5LXWA 1LJEA 5KXRA 1JITA 3A8ZA 1JIYA 4XYYA 1REYA 2ZIJA 1EQ4A 1GAYA 1LAAA 2LYOA 4W94A 4LYZA 2HEEA 5DLAA 5LA8A 5LYZA 1IWVA 1HSXA 4DDCA 4NGYA 1A2YC 3WMKA 1CJ9A 2GV0A 4NSIA 1EQ5A 1VFBC 1DPXA 1GF5A 1JKBA 2Z12A 2F2NA 4HJZA 1C10A 2G4NA 4NWEA 3CT1A 4LYOA 4MR1A 5IDDA 1UC0A 1BWIA 1GE3A 1AT5A 4ZIXA 4H9AA 5I54A 1BQLY 1GFRA 1IOSA 1GF4A 4II8A 2BQOA 3KAMA 1Z55A 3CT0A 1GF6A 1REMA 1VDQA 1GBXA 5C6JA 4WL6A 3IJVA 2I26L 4EMNA 2BLYA 3T6UA 3BKHA 4TUNA 4GLAA 2XBRA 4LT0A 1NQIA 2D4JA 3CB7A 1GF0A 1RCMA 135LA 1GB0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CU2A 1L19A 1VEDA 3FI5A 1L76A 3LYOA 1L61A 2YBNA 1JSEA 1C6QA 1AT6A 1GBZA 5HLLA 4MSTA 1C64A 2F4AA 3FA0A 2BQHA 1LYJA 3A3RX 5KXNA 1P64A 1GE4A 184LA 2DBTA 1LGUA 4NGKA 1UIFA 1L71A 4LYBA 4E97A 5AMYA 1ZV5L 4DD0A 1T8FA 4W52A 2D4IA 1V7TA 2MEAA 113LA 1ZWNA 4NHQA 4I7KA 3TMVA 1GHLA 1L26A 1LZSA 1L50A 1CKCA 1NBYC 1QTEA 1LMTA 1G1WA 1D0MA 3ODUA 1C63A 1JKCA 1L89A 2OU9A 1B7MA 1OUGA 1L54A 1IWUA 2W1XA 1LSBA 1C46A 1B7PA 1IIZA 1SWYA 2OE9X 1JHLA 1JJ0A 2BQAA 4DD3A 130LA 1UIGA 4RLMA 1JEFA 2ZQ3A 4YENA 5LINA 2BPUA 1OWZA 2HEDA 194LA 4NHPA 1L23A 1NDGC 1QT4A 1L30A 1UIBA 1XEKA 1YAPA 151LA 1XEJA 1LPYA 1LJKA 2H5ZA 4I7JA 5KXMA 3WPKA 3V2YA 3B0IA 2HUMA 7LYZA 1KXYA 3EMLA 230LA 1QUGA 1HFZA 1NWGA 125LA 2RB0X 1CX7A 3AW7A 1QSWA 3B0OA 4DC4A 1BB6A 1HFYA 4H9CA 1GBYA 2HEFA 1L60A 3NYAA 122LA 158LA 1GB8A 4H9BA 1UIDA 4HJVA 3NY9A 2BQGA 1WVVA 1CV0A 1BWHA 5HMVA 4NFVA 1L75A 3CQLA 4LZMA 1SX2A 4H90A 4EKRA 241LA 3B0KA 3A93A 180LA 1QSBA 3WL2A 1OUEA 1NDMC 1D0LA 197LA 1CU6A 4GN5C 252LA 4B4IA 4H92A 2MEIA 1L70A 1ZVHL 4W59A 1J1XY 3IWRA 1L67A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1VED A;  1HEQ A;  2W1L A;  1ALC A;  3WU9 A;  1HHL A;  1LSC A;  1W08 A;  3LYO A;  4J0L A;  4C5F A;  2DQE Y;  5LVG A;  1IY3 A;  2RSC A;  4J1B A;  3WU8 A;  2YBN A;  1B5V A;  1JSE A;  1OUI A;  3GXK A;  2Z39 A;  2BQL A;  4BAD A;  1LZG A;  1NF5 A;  4ET8 A;  3LHM A;  1AT6 A;  1OQM A;  2DQF C;  1LJ4 A;  2BQC A;  2BQJ A;  1EL1 A;  1B7O A;  1GBZ A;  5HLL A;  1SLY A;  1KIR C;  4PGJ B;  4MST A;  2I25 L;  4U3X B;  4Z3M A;  1B9O A;  2ZNX Y;  1QSA A;  5JEN B;  3TMX A;  2F4A A;  1LTM A;  2BQH A;  1GF3 A;  1BB3 A;  1IP4 A;  4NY5 A;  5T3F A;  3A3R X;  1TCY A;  5KXN A;  2C8O A;  1GE4 A;  4G49 A;  4H9I A;  3A6B Y;  4TSC A;  1HEL A;  1YAN A;  1JJ1 A;  2AUB A;  1CNS A;  4QEQ A;  2LHM A;  4ETC A;  2DBT A;  5KXY A;  2MEG A;  4HP0 A;  4NGK A;  5E4P A;  1UIF A;  1C08 C;  5APC A;  1T6V L;  4LYB A;  1JPO A;  1LPI A;  5AMY A;  1ZV5 L;  5KXZ A;  1JTO L;  1LHM A;  1YAO A;  2H9J A;  4H91 A;  4DD0 A;  1JKD A;  1CJ7 A;  3QE8 A;  1GFG A;  2D4I A;  5KXW A;  5F16 A;  1V7T A;  2MEA A;  4Z98 A;  2D91 A;  5KKI A;  1UA6 Y;  5B05 A; 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 1UCO A;  2YVB A;  3N9E A;  1JTP L;  1LSN A;  2D4K A;  1LZT A;  4QY9 A;  2G4P A;  2Z38 A;  4RDS A;  3ZEK A;  3A96 A;  4PJ2 C;  1XGQ C;  2N5Z A;  1YQV Y;  1WTM A;  3BKV A;  2DQH Y;  2DQI Y;  4KPM A;  1XGR C;  4PRQ A;  4ETE A;  4I0C A;  3ULR A;  3VWO A;  5DN4 A;  1LYS A;  4BAF A;  2IHL A;  4DD1 A;  1BB4 A;  1NBZ C;  4D9Z A;  3EO5 A;  1DPW A;  1LSM A;  4Z41 A;  1WTN A;  3A3Q A;  1VDS A;  5LVH A;  2A7F A;  4MCK A;  4NHT A;  3TMU A;  1FLU A;  2MEC A;  3AZ7 A;  5FEK A;  3N9A A;  1WQN A;  3P65 A;  3RU5 A;  4KT3 A;  5LVI A;  3A67 Y;  1LHH A;  1GB7 A;  3HBD A;  208L A;  1B5Y A;  1HER A;  3WVX A;  5LXW A;  1LJE A;  5KXR A;  1JIT A;  3A8Z A;  1JIY A;  4XYY A;  1REY A;  2ZIJ A;  1EQ4 A;  1GAY A;  1LAA A;  2LYO A;  4W94 A;  4LYZ A;  2HEE A;  5DLA A;  5LA8 A;  5LYZ A;  1IWV A;  1HSX A;  4DDC A;  4NGY A;  1A2Y C;  3WMK A;  1CJ9 A;  2GV0 A;  4NSI A;  1EQ5 A;  1VFB C;  1DPX A;  1GF5 A;  1JKB A;  2Z12 A;  2F2N A;  4HJZ A;  1C10 A;  2G4N A;  4NWE A;  3CT1 A;  4LYO A;  4MR1 A;  5IDD A;  1UC0 A;  1BWI A;  1GE3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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