1FBIX

Crystal structure of a cross-reaction complex between fab f9.13.7 and guinea-fowl lysozyme
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNSQATNRNTDGSTDYGVLQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALQSSDITATANCAKKIVSDGNGMNAWVAWRKHCKGTDVRVWIKGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Complex (antibody/antigen)
molecule keywords IGG1 F9.13.7 FAB (LIGHT CHAIN)
publication title Crystal structure of a cross-reaction complex between Fab F9.13.7 and guinea fowl lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
total genus 39
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence Y
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-01-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1fbiX00
1B7MA 4WG1A 3AZ5A 4WMGA 3ZVQB 1WQPA 1JUGA 2CGIA 5C6JA 3AGGG 3TXDA 1GF8A 1QUSA 4GN3A 1YAMA 4DC4A 1CJ6A 1B7OA 1D0MA 4KPMA 1RJCB 4YEOA 4J0LA 1BVXA 1LHIA 3BKVA 3CSQA 1SQ2L 1NHEA 1XGRC 1IVMA 2FBBA 5J7CA 1HMLA 3EBAB 1JTOL 1IR7A 1YKYX 5ILCA 2X0AA 1AZFA 3AZ4A 1GFRA 2FBDA 1GBYA 3CT5A 5B06A 4OWEA 5DN5A 5I4XA 4HTQA 1JKCA 5KXTA 1NBYC 3CT0A 5LVJA 4CFOA 5LAFA 1GE4A 1CJ7A 3W6DA 1GB9A 1GXV2 5KJ9A 1LZTA 7LYZA 4XJGA 1J1PY 2A7FA 1GDXA 4G49A 1IP7A 4DDCA 4XJDA 2Q0MX 4G4BA 4PHIA 2MEFA 3CQLA 1ZVYB 1HFZA 3LN2A 3TMUA 3WMKA 2W1LA 2BQMA 4H9CA 4DD1A 1YAPA 5HNCA 4LFXA 3A91A 1B5UA 4NWHA 4PRQA 1IWUA 1KIRC 3WPJA 2EPEA 1QDRA 3ATOA 1NDMC 2DQFC 5B1FA 9LYZA 1GB8A 1GFJA 3P66A 1HELA 4NHQA 1GFAA 1IWZA 4CJ2A 1OUDA 4B1AA 1LZ1A 4PJ2C 1LMQA 3M3UA 5L3HA 5KXYA 1H87A 3WL2A 1I1ZA 2MEEA 1LSCA 2YBMA 1GBZA 1C46A 1EQ5A 4P2EA 3WH1A 4G4HA 1RCMA 4HPIA 3A94A 4NGLA 4YOPA 4MSTA 1HEPA 1QSAA 4YEMA 4R0FA 3N9AA 1IP1A 5I5QA 1UIEA 2MECA 1TEWA 4WM6A 1HFXA 4M6DA 1C08C 1EQEA 4WG7A 1JJ0A 2NWDX 1LOZA 2G4QA 1B0DA 4OW1A 4ML7A 1C7PA 1N4FA 1NQIA 3A3QA 4HJZA 1UIAA 1WVUA 2D6BA 2BQKA 1FN5A 4N1CC 4XJFA 2BQFA 2HEBA 1GF7A 3A96A 3G3AB 1NWGA 4DT3A 4RLMA 4NIJA 2ZYPA 1B2KA 3ZEKA 4EOFA 1HF4A 1CNSA 5I4WA 1XEJA 1BB3A 2VB1A 1GF3A 1JTPL 1LSZA 2G4NA 1LMOA 5KXLA 2MEHA 1JKAA 1VAUA 1ALCA 4DD3A 1UCOA 4PRUA 5APCA 3A3RX 3P65A 4N5RA 4Z46A 4LT2A 1F6SA 1QTEA 4NGZA 3OJPA 1YANA 4BAPA 5I54A 1JWRA 1IC7Y 3P68A 5F16A 1B5ZA 1LZ8A 1UACY 5DL9A 4H9EA 1LSAA 4ZFPA 3AZ6A 1DKJA 5KXSA 1AT5A 1BB7A 1DI5A 2H9JA 5KY1A 2XBRA 2Z19A 2YBLA 1GBSA 4XENA 4B4IA 1XGUC 1GF4A 2D91A 2Y8PA 4GCCA 1BVKC 1GE3A 4CHXA 1LZ4A 1NKHA 2C8OA 1GXXA 3IWRA 1LJIA 2DQAA 3WULA 3ZVQA 1FLUA 1LSMA 3A8ZA 1JKDA 1BWIA 1UC0A 5LXWA 4MR1A 1IP4A 1KXYA 1LJ4A 1IEEA 4H8ZA 2YBIA 2ZIKA 2BQAA 1C45A 1OUCA 2DQJY 4GN4A 5F9XA 3A67Y 4ZEEA 1IC4Y 1LHLA 1NBZC 3WU8A 1LZEA 3W6BA 3W6FA 1GB2A 5DN4A 4DWXA 5M1YA 1HC0A 1GAZA 3TMWA 3N9EA 1GBWA 1IIZA 1JJ3A 5E4PA 4Z41A 4WO6A 1B5WA 5DM9A 4HV1A 4L41A 2BQDA 3TXEA 3AW7A 5B1GA 3B6LA 1FLWA 1IOTA 1GF5A 1GHLA 4TSBA 1YAOA 2BQIA 1UIFA 2ZIJA 3WXUA 2DQEY 1GPQC 2I26L 3AGIA 1LYOA 3RU5A 1IOCA 4WLDA 4B0DA 1I56A 2BLXA 1JKBA 4LYOA 4ANRA 2Z2FA 2BQEA 4Z3MA 3QNGA 3VWOA 1HFYA 1J1XY 1JISA 2ZYCA 1KXXA 1JHLA 1GFGA 4O34A 4B49A 3AGHA 4HP0A 1H6MA 2MEIA 4ETCA 5L9JA 3W6AA 2CWIA 5II3A 1IP3A 4DD9A 4NG8A 4IASA 5LVIA 1IR9A 1LZDA 3BKHA 1LSEA 2DQGY 4HTKA 1WQNA 4NWEA 4NGOA 1EQ4A 4OWAA 2D4IA 4UWVA 3A34A 3WW6A 2HEAA 1IWXA 1P2CC 4AXTA 4HTNA 3P64A 1IP6A 1OUAA 1E8LA 4FDYA 1W08A 2YBHA 1LAAA 4WM5A 1GAYA 3A95A 1F6RA 5HMVA 1D0LA 5B07A 5HQ1A 4H94A 5IELA 4HSFA 4HJYA 3AYQA 5LYMA 4CGEA 4WOAA 4NGJA 5IHGA 1YKXX 4LFPA 5LYTA 1D0KA 4WLYA 4OOTA 5IDDA 1HEMA 1LJFA 3EXDA 2LYMA 1O23A 2F4GA 1LZ5A 3HFMY 1LMCA 3J4GA 2Z37A 1QTKA 1VDTA 4LYZA 4W94A 1GE2A 1QUTA 4NGKA 5KXOA 2Z18A 1DI3A 3QY4A 1B7NA 3HBEX 4HPEA 135LA 1LZGA 1BWJA 2HTXA 3B72A 2BQJA 3GXKA 4J7VA 4LYBA 4QGZA 1DPWA 1TCYA 1LJEA 1LKSA 1PS5A 1OQMA 1YL0X 1LZ9A 2LYZA 3AB6A 1LZNA 207LA 3EMSA 4WLTA 3WU9A 4G9SA 3IJVA 1B5VA 1IX0A 1HENA 1ZV5L 2LHMA 2MEGA 4YM8A 1PZYA 2HECA 3MGWA 1OUHA 2A7DA 1LJKA 1G7MC 1HEWA 2Z39A 5C6IA 3T36A 2DQDY 1LZSA 4BS7A 2EIZC 1DQJC 1GB5A 4OWCA 1AT6A 1VATA 1I20A 1A2YC 2EKSC 2H9KA 4GLAA 4ETDA 5HLLA 1NMMA 4LYTA 3A92A 1B5YA 2BQNA 1F10A 2Z38A 1DZBX 1CJ8A 1JJ1A 2RSCA 154LA 1B7LA 1OUGA 5D5FA 4DD0A 2F30A 1GD6A 4NHTA 5LVHA 1KIQC 5FHWA 1CKHA 4I0CA 1GE1A 1HERA 1GFHA 4GN5C 5C6LA 5I4YA 1MELL 5KKIA 3AJNA 1LSYA 2ZWBA 2G4PA 1LMPA 4I8SA 2W1XA 1B7SA 4NFVA 1LMTA 1VFBC 5KXKA 2Z2EA 3CB7A 4CFPA 2I25L 1IP5A 1GB3A 2HU1A 4NG1A 1CJ9A 4WM3A 4H91A 2YDGA 1FKQA 2YVBA 5F81A 2IFFY 2ZILA 4GLVA 4H8YA 1B7QA 4J1BA 4WL6A 1LZYA 4II8A 4NGIA 1VDQA 4N0JA 3RT5X 5LINA 4LGKA 1GE0A 4ET8A 1TDYA 4H90A 5APDA 1TBYA 4LYMA 1HSXA 1LZAA 2CDSA 1WTNA 2EQLA 2HUBA 4NHPA 1ZMYL 2BQLA 4UWNA 3TXHA 3TXKA 4PGJB 2BQCA 1GF6A 1C10A 1GB7A 2XJWA 2FYDA 4YF2A 3WVXA 1B7PA 5KKJA 4HJVA 1GDWA 1JSFA 4XJBA 1C43A 3TXBA 4ET9A 4ETAA 1LHHA 5LA5A 3QE8A 4YENA 4UWUA 1GF9A 1DXJA 1T6VL 5KXMA 1JTTL 1XGTC 1YIKA 1LJNA 5KXNA 1WVVA 4DD7A 5LYZA 1REYA 1D6QA 4Z98A 1LHKA 4H9HA 1CKGA 132LA 134LA 1QSWA 3TMVA 5DLAA 133LA 2B5ZA 5FCPA 3LYMA 1KXWA 1AKIA 5KXXA 1GWDA 1HEOA 4TX7A 3W3EA 2CJLA 1AM7A 1LJJA 5D5CA 4TUNA 3T6UA 4C3WA 1REMA 5KXWA 3WUNA 1JSEA 1NF5A 1XGPC 4BAFA 3RZ4A 1D6PA 3LZTA 3WXTA 2ZQ3A 4NGYA 1B5XA 1LMAA 2YSSC 3TXGA 3M18B 4BADA 3SP3A 3CSZA 4XJIA 2WARA 5A3EA 3CT1A 5E9RA 4ETEA 4NSIA 3G3BB 1DPXA 2XBSA 3B0IA 5KXZA 3HBDA 4NHSA 1JPOA 5EBHA 1FKVA 4HV2A 4LT0A 3TXJA 1FLYA 1RFPA 2HEFA 3E3DA 1YQVY 5LIOA 4EMNA 3J6KA 2FYCA 1DKKA 6LYZA 1UIDA 3RW8A 1F0WA 1G7HC 1TAYA 4H8XA 1BQLY 1GEVA 4C5FA 1REZA 4XN6A 3FI7A 1YL1X 1LSBA 2GV0A 2ZNWY 5FELA 5A3ZA 5KXRA 1WQQA 193LA 2BAAA 3OK0A 3P4ZA 5LA8A 3WVYA 1BWHA 3KAMA 4H9FA 4MCKA 5AMYA 2H5ZA 2BQOA 8LYZA 2YBJA 1BB5A 1XSFA 5F14A 3TXIA 194LA 1QDTA 2YBNA 1UIHA 2F4AA 3B0OA 4OOOA 4G4CA 2DQCY 3A6BY 4H1PA 2LYOA 3WYHA 1GB0A 2D4JA 1YILA 1UIGA 1LZ6A 4WM4A 1LYYA 1LHMA 2BPUA 3WPLA 3WU7A 3ATNA 1IOSA 1GEZA 1ZVHL 4NEBA 4TWSA 3TMXA 4B4JA 1LYSA 5L3IA 3LYTA 3EO5A 4H93A 1CKFA 4PPOA 1JEFA 1FDLY 3A93A 2IHLA 4LT1A 3TXFA 1GFVA 3WW5A 1IWWA 1EL1A 1OP9B 4NY5A 2MEBA 1WTMA 1VDPA 3W6EA 1G7LC 1BB4A 1LKRA 4DYGA 1UA6Y 2HEEA 4X3BA 1YAQA 1UBZA 2I6ZA 4DD2A 1SLYA 1CKDA 1WQOA 4WM2A 4OWBA 4H9IA 3WPKA 4RW2A 5LAGA 1XGQC 4NGWA 5KXPA 4H9AA 1LZBA 1IC5Y 1OUIA 1LZRA 1CKCA 4LT3A 2C8PA 3CSRA 4M4OA 1LCNA 2HU3A 3D9AC 2BQHA 4WLXA 3AZ7A 4KXIA 5K7OA 1T3PA 1GF0A 1IOQA 208LA 2F2NA 4GCFA 4J1AA 1G7IC 3B0KA 4NGVA 1IY3A 5T3FA 1OUJA 5APFA 2BLYA 4W96A 6LYTA 5JENB 1W6ZA 4ETBA 2D4KA 1GFEA 1DI4A 4U3XB 5F9UA 2Z12A 4QY9A 1GB6A 4RDSA 2DQIY 2W1MA 5B59A 1OUEA 1LPIA 1HMKA 153LA 3WUMA 1LYZA 4N1EI 1LJGA 4KL7A 1UICA 1BHZA 3D3DA 1INUA 2MEAA 4IATA 1RE2A 1V7SA 4GCDA 4OWHA 4E3UA 4LZTA 2N5ZA 1BGIA 3F6ZA 4R6CA 1LMNA 1GBXA 3N9CA 1HNLA 1LSPA 1UUZC 4NSHA 4GCEA 4ZIXA 4NHIA 5B05A 4XYYA 1IY4A 4B4EA 2ZNXY 4FJRA 4GCBA 4KT3A 1UIBA 3LHMA 1MLCE 3A6CY 4IJ4A 4XADA 1HEQA 1IWTA 1XFPL 1G7JC 4DDAA 2LZTA 2BQBA 1GBOA 5LVKA 1IO5A 1IWYA 1LTMA 3FE0A 2PC2A 3LYOA 4NSJA 3GXRA 1WQRA 1GFTA 3ULRA 1FLQA 1YROA 2XTHA 4WL7A 1LJ3A 4N9RA 2DKVA 3K3TA 3AW6A 4NSGA 2DQHY 1VEDA 4RW1A 5LVGA 1IWVA 2BQGA 1GFKA 1IR8A 3RNXA 5ILFA 4QDNA 1LSDA 4QEQA 2DBTA 3IJUA 1JIYA 1BB6A 1QIOA 4N8ZA 1V7TA 4RLNA 5FSTA 1LSNA 1OUBA 5I53A 1XEIA 1RI8B 1YKZX 4H92A 5FEKA 2AUBA 1VDSA 4LYCA 4A7DA 1GFUA 4AGAA 2ZQ4A 2LZ2A 1HSWA 3W6CA 4DDBA 1LSFA 1LZCA 1REXA 2W1YA 4TTDA 4D9ZA 1LSGA 4H9BA 1IP2A 1B7RA 1FBIX 5APEA 5HMJA 1QQYA 4TSCA 1A4VA 1WQMA 3A90A 4XJHA 3LYZA 1XEKA 5HNLA 1LHJA 3WUAA 1OUFA 1IORA 2HEDA 3LZ2A 1J1OY 1LJHA 1JITA 1NDGC 4WM1A 4WO9A 5FDJA 1Z55A 1KIPC 1D9UA 2MEDA 3HBHA 1HHLA 1B9OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WG1A 3ZVQB 3LZMA 1L92A 4GN3A 1L25A 2RB1X 224LA 1SQ2L 4ARQB 177LA 5ILCA 1L49A 1CV1A 3HTFA 1GBYA 3CT5A 5B06A 244LA 4OWEA 3CT0A 1QT8A 1SSYA 1GE4A 1GXV2 4XJGA 1L81A 229LA 2A7FA 1OVHA 4G49A 1C6MA 2Q0MX 4PHIA 3TMUA 2BQMA 4PRQA 3ATOA 1NDMC 5B1FA 4CJ2A 185LA 1G0GA 1L65A 4PJ2C 5L3HA 130LA 142LA 1L43A 209LA 3WL2A 1P37A 1D3MA 2YBMA 1GBZA 233LA 3HH6A 1T8AA 1QSAA 4R0FA 1IP1A 1UIEA 1TEWA 4WM6A 4M6DA 4WG7A 2CUUA 165LA 1LOZA 4OW1A 2B6TA 1N4FA 1UIAA 4XJFA 4DT3A 4RLMA 4NIJA 4I7OA 1HF4A 1BB3A 1GF3A 1P6YA 238LA 1UCOA 4PRUA 2OTYX 3P65A 114LA 1L08A 1F6SA 1QTEA 2LZMA 4NGZA 3OJPA 4EKSA 1L85A 147LA 4DQ5A 1JWRA 5F16A 1LZ8A 3V2YA 3G3WA 3C8QA 2XBRA 2Z19A 1G06A 1L07A 4XENA 1GF4A 4GCCA 1BVKC 3ZVQA 1BWIA 4MR1A 2YBIA 4ZEEA 1IC4Y 1LZEA 1L37A 1GB2A 5DN4A 173LA 4YX7C 1GAZA 3N9EA 140LA 1GBWA 170LA 1L69A 1TLAA 5B1GA 1FLWA 141LA 2BQIA 1UIFA 1GPQC 161LA 4W52A 1LYFA 2Z2FA 1DYEA 1L57A 3HTBA 1L18A 1KXXA 1GFGA 171LA 4B49A 1H6MA 2MEIA 5L9JA 1IP3A 5LVIA 1LW9A 1WQNA 1L19A 1L31A 253LA 2RB2X 1P2CC 241LA 137LA 1L17A 1W08A 2YBHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1B7M A;  4WG1 A;  3AZ5 A;  4WMG A;  3ZVQ B;  1WQP A;  1JUG A;  2CGI A;  5C6J A;  3AGG G;  3TXD A;  1GF8 A;  1QUS A;  4GN3 A;  1YAM A;  4DC4 A;  1CJ6 A;  1B7O A;  1D0M A;  4KPM A;  1RJC B;  4YEO A;  4J0L A;  1BVX A;  1LHI A;  3BKV A;  3CSQ A;  1SQ2 L;  1NHE A;  1XGR C;  1IVM A;  2FBB A;  5J7C A;  1HML A;  3EBA B;  1JTO L;  1IR7 A;  1YKY X;  5ILC A;  2X0A A;  1AZF A;  3AZ4 A;  1GFR A;  2FBD A;  1GBY A;  3CT5 A;  5B06 A;  4OWE A;  5DN5 A;  5I4X A;  4HTQ A;  1JKC A;  5KXT A;  1NBY C;  3CT0 A;  5LVJ A;  4CFO A;  5LAF A;  1GE4 A;  1CJ7 A;  3W6D A;  1GB9 A;  1GXV 2;  5KJ9 A;  1LZT A;  7LYZ A;  4XJG A;  1J1P Y;  2A7F A;  1GDX A;  4G49 A;  1IP7 A;  4DDC A;  4XJD A;  2Q0M X;  4G4B A;  4PHI A;  2MEF A;  3CQL A;  1ZVY B;  1HFZ A;  3LN2 A;  3TMU A;  3WMK A;  2W1L A;  2BQM A;  4H9C A;  4DD1 A;  1YAP A;  5HNC A;  4LFX A;  3A91 A;  1B5U A;  4NWH A;  4PRQ A;  1IWU A;  1KIR C;  3WPJ A;  2EPE A;  1QDR A;  3ATO A;  1NDM C;  2DQF C;  5B1F A;  9LYZ A;  1GB8 A;  1GFJ A;  3P66 A;  1HEL A;  4NHQ A;  1GFA A;  1IWZ A; 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 3TMX A;  4B4J A;  1LYS A;  5L3I A;  3LYT A;  3EO5 A;  4H93 A;  1CKF A;  4PPO A;  1JEF A;  1FDL Y;  3A93 A;  2IHL A;  4LT1 A;  3TXF A;  1GFV A;  3WW5 A;  1IWW A;  1EL1 A;  1OP9 B;  4NY5 A;  2MEB A;  1WTM A;  1VDP A;  3W6E A;  1G7L C;  1BB4 A;  1LKR A;  4DYG A;  1UA6 Y;  2HEE A;  4X3B A;  1YAQ A;  1UBZ A;  2I6Z A;  4DD2 A;  1SLY A;  1CKD A;  1WQO A;  4WM2 A;  4OWB A;  4H9I A;  3WPK A;  4RW2 A;  5LAG A;  1XGQ C;  4NGW A;  5KXP A;  4H9A A;  1LZB A;  1IC5 Y;  1OUI A;  1LZR A;  1CKC A;  4LT3 A;  2C8P A;  3CSR A;  4M4O A;  1LCN A;  2HU3 A;  3D9A C;  2BQH A;  4WLX A;  3AZ7 A;  4KXI A;  5K7O A;  1T3P A;  1GF0 A;  1IOQ A;  208L A;  2F2N A;  4GCF A;  4J1A A;  1G7I C;  3B0K A;  4NGV A;  1IY3 A;  5T3F A;  1OUJ A;  5APF A;  2BLY A;  4W96 A;  6LYT A;  5JEN B;  1W6Z A;  4ETB A;  2D4K A;  1GFE A;  1DI4 A;  4U3X B;  5F9U A;  2Z12 A;  4QY9 A;  1GB6 A;  4RDS A;  2DQI Y;  2W1M A;  5B59 A;  1OUE A;  1LPI A;  1HMK A;  153L A;  3WUM A;  1LYZ A;  4N1E I;  1LJG A;  4KL7 A;  1UIC A;  1BHZ A;  3D3D A;  1INU A;  2MEA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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