1L29A

Replacements of pro86 in phage t4 lysozyme extend an alpha-helix but do not alter protein stability
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKHVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Replacements of Pro86 in phage T4 lysozyme extend an alpha-helix but do not alter protein stability.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1989-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l29A00
3HH5A 1L23A 1L87A 1QT5A 1L25A 192LA 1OV7A 3DKEX 3SB9A 1L88A 3L64A 171LA 3C83A 1PQJA 209LA 1L21A 149LA 1L75A 1L33A 1CV0A 185LA 2O7AA 4ARQB 165LA 1DYCA 1P56A 1CV6A 169LA 1G0KA 2B75A 3UONA 210LA 137LA 1PQOA 1B6IA 4ZPUA 1L38A 3GUMA 159LA 196LA 223LA 2ANVA 1L40A 4I7RA 229LA 4GRVA 4I7QA 181LA 120LA 1OVHA 1JQUA 2B70A 1L24A 3V2WA 1C6AA 1L0JA 2OU0X 2RBNA 1L67A 261LA 1L73A 1XEPA 1L70A 1P64A 1T6HA 234LA 1L28A 228LA 238LA 3K2RA 222LA 2O79A 1DYDA 148LE 1L74A 262LA 2LCBA 1L04A 242LA 2O4WA 1C66A 164LA 1OWZA 1D3NA 4EKSA 3HH4A 1L46A 1D3JA 251LA 1L29A 1KNIA 3FA0A 1L80A 232LA 4LZMA 174LA 4IAPA 3ODUA 2RB1X 1QT8A 2Z6BA 237LA 1P2RA 3C7ZA 3FADA 4I7PA 4ARLA 1QUDA 108LA 1L51A 2OTZX 3SB5A 1CV4A 1L62A 1L65A 3PBLA 1JTNA 3NY9A 1G0QA 231LA 3SBBC 221LA 1G0JA 3OE8A 245LA 4I7LA 1P37A 1DYBA 1T8GA 1L94A 3CDVA 3GUOA 1L18A 1L96A 1CV1A 186LA 1L98A 2OU9A 1C63A 235LA 3C82A 1C67A 236LA 4EJ4A 2B6YA 3C7WA 1CUQA 3CDRA 1L09A 3GUKA 4W57A 4LDEA 110LA 1LYHA 3D4SA 4S0WA 3HUAA 206LA 2F32A 3PDSA 162LA 6LZMA 3DN8A 163LA 1P3NA 3C8QA 4E97A 1L42A 4W56A 220LA 2OE4X 3FI5A 191LA 114LA 151LA 4W54A 3GULA 1KW7A 1QUGA 1SX7A 240LA 1L08A 3DN4A 1L77A 198LA 1LYGA 170LA 2RBSA 190LA 3HT7A 167LA 1L59A 1C65A 2B7XA 1G1WA 246LA 1L60A 107LA 213LA 122LA 233LA 1L26A 3GUNA 3HTFA 138LA 1L11A 1L0KA 1LYIA 2OTYX 4EKRA 1C6BA 3DN1A 4K5YA 1L06A 1C6DA 1L47A 1P2LA 139LA 5I14A 1QTDA 2RBRA 217LA 1G0PA 3OE9A 3F8VA 128LA 1DYGA 241LA 2F2QA 2RAYX 3HTGA 1KW5A 3RUNA 3EMLA 1L03A 3DMVA 3L2XA 1C69A 1P6YA 2B6WA 1K28A 1C6LA 4ARMA 1SWZA 1LI2A 1QUOA 1PQMA 142LA 1EPYA 1L27A 4LDLA 1C6QA 3SBAA 3V2YA 172LA 180LA 4YX7C 3DN6A 1L35A 258LA 1DYFA 4EKQA 1L56A 1CX7A 3HTDA 2B72A 3F9LA 4I7JA 1QUHA 2RBOA 7LZMA 1PQIA 1CU3A 1L83A 189LA 4ARMB 3G3WA 1L91A 212LA 4I7OA 1L84A 1KY0A 4ARPA 1LYFA 1LGWA 3HT8A 1L55A 144LA 3HUQA 176LA 5LZMA 2OU8A 3C81A 119LA 1L02A 4I7TA 226LA 1OVJA 1LPYA 3HTBA 1ZWNA 2HUKA 1L71A 4EPFA 145LA 2LC9A 1L69A 2OE7X 1L58A 3JR6A 3SB6A 1WTHA 1L37A 4I7KA 103LA 248LA 4I7SA 244LA 150LA 3DMXA 4W53A 1L93A 187LA 1LWKA 4YXCA 157LA 3HT6A 3LZMA 256LA 3GUIA 3OE6A 201LA 219LA 3OE0A 230LA 129LA 1C6JA 2B6XA 1L92A 2B6ZA 156LA 1CU0A 1P7SA 2B6TA 1C6PA 131LA 113LA 239LA 1T8AA 1C6KA 4LDOA 1C68A 3G3XA 1P46A 3SB7A 1D9WA 1KS3A 224LA 2OE9X 2RB2X 1L45A 104LA 1L17A 1LYDA 1QTVA 3GUPA 4EPIA 1L95A 177LA 1L49A 1L97A 3DMZA 123LA 3NY8A 1ZYTA 1OWYA 1L36A 1CVKA 1L22A 1QT4A 2CUUA 4DAJA 199LA 1C64A 4I7MA 3VW7A 1C62A 1L12A 1L30A 1L53A 1QTZA 1QT6A 3SB8A 195LA 215LA 2Q9DA 1L86A 1L61A 183LA 1LGXA 1ZURA 3NYAA 1L52A 1OYUA 1L81A 3C80A 1D2YA 1L68A 1G0GA 1XJTA 1SWYA 102LA 2RBPA 1QS5A 161LA 2LZMA 4AQNA 2A4TA 253LA 111LA 3HH6A 1L76A 155LA 1L19A 4W51A 1LWGA 1NHBA 1LI3A 2RB0X 3DN2A 2RBQA 3CDQA 4YXAC 3CDOA 2Q9EA 2ANXA 175LA 1CTWA 1LW9A 4EKPA 140LA 3C8RA 2HULA 1L85A 1D3FA 1QSQA 2B74A 1SX2A 4DJHA 146LA 1T8FA 214LA 243LA 3C8SA 1L50A 188LA 1C6IA 1C6NA 2RAZX 1XJUA 118LA 1C6EA 1L14A 1PQKA 1QT3A 250LA 168LA 1I6SA 1CU6A 1QTCA 1KY1A 127LA 1DYAA 160LA 125LA 1LLHA 1L54A 3HUKA 112LA 1CUPA 1L13A 1L07A 3CDTA 1QSBA 1P5CA 2HUMA 3SN6R 1CV5A 1L39A 3GUJA 252LA 1L79A 4W55A 3HWLA 4W59A 1L20A 1CV3A 1L44A 1JTMA 1L01A 260LA 1C6HA 1L63A 109LA 3HU8A 4PK0A 1SSWA 2F47A 1L57A 1C6CA 141LA 152LA 1DYEA 1L15A 115LA 1C60A 158LA 1T97A 257LA 4W52A 4GBRB 1L43A 184LA 205LA 1L90A 1LGUA 1QTBA 1SSYA 1CX6A 216LA 3DN0A 2NTGA 147LA 1L32A 1G1VA 1P36A 3HT9A 2IGCA 1L00A 178LA 197LA 255LA 1L41A 4OO9A 182LA 225LA 249LA 259LA 1L10A 1D3MA 1C6FA 1G0MA 1L72A 1L89A 2L78A 1QT7A 1L16A 1PQDA 4W58A 2QB0B 1L34A 1L31A 173LA 4I7NA 166LA 2OEAX 143LA 3DNAA 3C7YA 218LA 1G07A 1C6TA 3G3VA 2QARC 3QAKA 4EXMA 247LA 227LA 4DKLA 1C61A 254LA 1CU5A 1L64A 2NTHA 3HDFA 4ARJA 1C6MA 1L99A 211LA 3HH3A 1L66A 1LI6A 1L82A 200LA 1G06A 1LYJA 1OVKA 1CU2A 3HDEA 1L48A 1D2WA 2B73A 3RZEA 3DN3A 1G0LA 1QS9A 126LA 2RH1A 130LA 1TLAA 1LYEA 1QTHA 4PJZA 1L05A 1C6GA 4ARQA 1OV5A 3HU9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2GV0A 1B7MA 2F4AA 4NG1A 3DKEX 1TEWA 171LA 4WLDA 209LA 1L33A 1NMMA 4NSIA 4B4JA 1OUEA 1QDRA 165LA 169LA 137LA 1PQOA 1LYSA 3W6EA 1YROA 1IC4Y 4H91A 5ILCA 1B6IA 4II8A 3GUMA 196LA 223LA 2D6BA 5DL9A 1EL1A 1JKBA 7LYZA 1XGPC 4I7QA 4OWCA 2B70A 1LJIA 2BQKA 1TCYA 1GFHA 1XEPA 1P64A 1FKQA 228LA 4P2EA 238LA 4HTKA 2LCBA 2W1XA 3A3RX 4MR1A 5B1FA 4LT0A 1L46A 5KXLA 1KNIA 1L80A 232LA 1VDPA 174LA 5E9RA 4H9BA 2FYCA 1QT8A 2Z6BA 3C7ZA 3FADA 4ARLA 1L51A 1CV4A 1L65A 1JTNA 231LA 1AT6A 4NHPA 1G0JA 1DYBA 1PS5A 2MEEA 4KPMA 1L18A 1HEPA 3TMUA 2DQCY 1GF6A 5D5FA 1LZSA 4WLTA 1OP9B 1IP3A 110LA 6LYZA 1LYHA 6LZMA 163LA 1D6QA 3B0IA 2CGIA 220LA 2OE4X 1GB6A 3TXHA 1IC7Y 5DM9A 1JISA 5KJ9A 1KW7A 1REMA 4RLMA 2I6ZA 4PHIA 2N5ZA 1B5ZA 3TXJA 3TMVA 1L26A 3GUNA 1RFPA 3ATNA 1L11A 4LYCA 4ET9A 2OTYX 4N1CC 1C6BA 1L06A 5F9XA 153LA 3G3BB 1L47A 5L3IA 1EQ5A 3LZ2A 1UA6Y 134LA 1G0PA 3OE9A 4HTNA 2RAYX 1BQLY 1B7RA 1KW5A 1QUSA 4XADA 3AYQA 3RUNA 3L2XA 1UIHA 2EKSC 3SBAA 4DWXA 1GBWA 1GE3A 4H8YA 5KXSA 4YX7C 1CJ8A 4WOAA 3F9LA 1QUHA 2BQOA 7LZMA 1F10A 1PQIA 1UC0A 4KXIA 1BB3A 4GCBA 1LGWA 3HUQA 1CKFA 1LTMA 1GXV2 119LA 4NSHA 4NSGA 4OWAA 5B06A 4RW1A 4NHSA 4N8ZA 4NSJA 3HTBA 2I26L 2DBTA 4B0DA 2OE7X 4U3XB 1L58A 3SB6A 1WTHA 5LVHA 4I7KA 3F6ZA 244LA 3ZVQA 4LFXA 4Z46A 2W1LA 4W53A 187LA 1I20A 3RU5A 1HNLA 1D9UA 256LA 1XGUC 3A96A 1C6JA 5F16A 3A92A 1P7SA 2B6TA 1N4FA 4OOTA 1UIGA 3ZVQB 1C6KA 1C68A 1P46A 1LJ3A 3SB7A 5B07A 4ANRA 1L17A 1LYDA 2DQEY 1NBYC 1NWGA 1JUGA 4H9EA 4H90A 3DMZA 2LYMA 123LA 1ZYTA 4HP0A 3GXRA 1IR7A 2CUUA 199LA 1C64A 2BPUA 1JTOL 4CFPA 2Q9DA 4C3WA 5KXPA 1LZGA 1L52A 2ZNXY 1D2YA 4NGJA 1G0GA 1Z55A 2LZMA 5LXWA 1B5YA 1GF3A 2DQFC 1IEEA 3FI7A 2RSCA 1I56A 1L19A 1LWGA 1NHBA 1LI3A 2H9JA 1YL1X 1REZA 5FELA 4DT3A 3CDQA 2ZIKA 2EIZC 1DI4A 4IATA 6LYTA 4XJHA 3T6UA 1LZCA 1L85A 1D3FA 1QSQA 2B74A 2ZYCA 4DJHA 1GE1A 3C8SA 243LA 1HEOA 4H8ZA 1C6IA 1JSFA 5I4XA 2RAZX 1XJUA 118LA 1LZBA 1IWVA 2BQBA 4KL7A 1UIAA 4DD7A 1IOCA 127LA 1LLHA 1LMCA 1CUPA 1QSBA 1H6MA 3QNGA 1LJEA 4W55A 4WG1A 1L20A 4IASA 1J1XY 3AZ5A 3A6BY 4DD9A 4ETBA 4WM1A 2MEGA 2BQMA 1DYEA 2G4PA 257LA 158LA 4W52A 1GPQC 1V7TA 2XQOA 2BQLA 1GDXA 4WM4A 1JSEA 2FBBA 1BGIA 216LA 1G1VA 3HT9A 197LA 3B72A 3WVYA 3D3DA 2I25L 2L78A 1QT7A 2C8OA 4EMNA 4ZEEA 3TXGA 1NDGC 4TX7A 2BQJA 3QAKA 1XGRC 2D4IA 3HDFA 5APFA 211LA 4DDCA 1KIQC 4UWVA 4NHTA 200LA 1G06A 1LYJA 1GFAA 1HC0A 4NEBA 2BQFA 1D2WA 5LINA 3DN3A 1LMQA 1G0LA 1HFZA 1ZVYB 3A91A 1JJ1A 130LA 1TLAA 1LYEA 1LHLA 1GF0A 1G7HC 2YBJA 4L41A 4WMGA 4YOPA 3EMLA 3TXKA 1L23A 1QT5A 1JITA 3WYHA 1L88A 1DPWA 1L75A 1ZVHL 2O7AA 5M1YA 1LSNA 1OUGA 1JEFA 1CV6A 3B0OA 1GF4A 1UUZC 210LA 3IWRA 4DDBA 4WO6A 4NGZA 1LZ6A 4OWHA 159LA 3WUNA 1L40A 1YAPA 1BHZA 1OVHA 3V2WA 4GCEA 2OU0X 1WQQA 1DKJA 1L73A 5DLAA 234LA 1G7LC 5ILFA 2F4GA 222LA 1HFXA 262LA 4ZIXA 242LA 3W6DA 4HV1A 4PRQA 4PRUA 3TMXA 1OWZA 4AGAA 1LSEA 4DQ7A 3CT0A 251LA 1L29A 2Z19A 1WQOA 2RB1X 1QSWA 237LA 5LVKA 4I7PA 4H1PA 4NWEA 1L62A 3PBLA 1CKGA 4XJBA 1LMNA 4DQ5A 1P37A 1WTNA 1YAMA 2A7FA 1L94A 3GUOA 4BADA 1CNSA 1CV1A 5C6IA 3SP3A 186LA 1L98A 4Z41A 1GEVA 3C7WA 1CUQA 1B5VA 1L09A 4W57A 206LA 2F32A 162LA 3DN8A 1UCOA 1P3NA 3IJVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2GV0 A;  1B7M A;  2F4A A;  4NG1 A;  3DKE X;  1TEW A;  171L A;  4WLD A;  209L A;  1L33 A;  1NMM A;  4NSI A;  4B4J A;  1OUE A;  1QDR A;  165L A;  169L A;  137L A;  1PQO A;  1LYS A;  3W6E A;  1YRO A;  1IC4 Y;  4H91 A;  5ILC A;  1B6I A;  4II8 A;  3GUM A;  196L A;  223L A;  2D6B A;  5DL9 A;  1EL1 A;  1JKB A;  7LYZ A;  1XGP C;  4I7Q A;  4OWC A;  2B70 A;  1LJI A;  2BQK A;  1TCY A;  1GFH A;  1XEP A;  1P64 A;  1FKQ A;  228L A;  4P2E A;  238L A;  4HTK A;  2LCB A;  2W1X A;  3A3R X;  4MR1 A;  5B1F A;  4LT0 A;  1L46 A;  5KXL A;  1KNI A;  1L80 A;  232L A;  1VDP A;  174L A;  5E9R A;  4H9B A;  2FYC A;  1QT8 A;  2Z6B A;  3C7Z A;  3FAD A;  4ARL A;  1L51 A;  1CV4 A;  1L65 A;  1JTN A;  231L A;  1AT6 A;  4NHP A;  1G0J A;  1DYB A;  1PS5 A;  2MEE A;  4KPM A;  1L18 A;  1HEP A;  3TMU A;  2DQC Y;  1GF6 A;  5D5F A;  1LZS A;  4WLT A;  1OP9 B;  1IP3 A;  110L A;  6LYZ A;  1LYH A;  6LZM A;  163L A;  1D6Q A;  3B0I A;  2CGI A;  220L A;  2OE4 X;  1GB6 A;  3TXH A;  1IC7 Y;  5DM9 A;  1JIS A;  5KJ9 A;  1KW7 A;  1REM A;  4RLM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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