4H9BA

Radiation damage study of lysozyme - 0.70 mgy
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Insights into the mechanism of X-ray-induced disulfide-bond cleavage in lysozyme crystals based on EPR, optical absorption and X-ray diffraction studies.
pubmed doi rcsb
total genus 53
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-09-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4h9bA00
1IC4Y 1LSNA 4R0FA 5KKJA 1INUA 1DPWA 1VDSA 2BQHA 3ZVQA 1BGIA 1HNLA 2BQKA 5C6JA 2ZIJA 4H8XA 1GB2A 1FLWA 3AW6A 1GDXA 1B5ZA 2ZNXY 4GLVA 4WLDA 3P68A 3WPLA 3WU7A 1IR9A 1UA6Y 4HP0A 4J7VA 4UWUA 1YROA 1LMCA 1GEVA 1GFHA 1OUHA 4H8YA 5I4XA 5KXWA 5L3IA 1TCYA 5LVHA 2Z37A 2Y8PA 1GB7A 4UWNA 5DN4A 4DD1A 1IP7A 1C45A 1SQ2L 2BLXA 1UIAA 2D91A 4LT3A 4TSBA 1N4FA 1IP5A 5KXTA 2MEEA 1DKKA 1I20A 1NKHA 1HC0A 3TXHA 1IOSA 2W1LA 4LYZA 4WM6A 1YL0X 4J0LA 2HEFA 4PRUA 1GE3A 3WYHA 4WL7A 2EIZC 1HERA 3WMKA 2BAAA 2BQEA 2Q0MX 1VDQA 1OUBA 3AGIA 4YM8A 5LAFA 5KXOA 4Z46A 1GFEA 1IP4A 2HEEA 1IWXA 1LJKA 4H9CA 1AZFA 5T3FA 4IJ4A 2HTXA 1IY3A 2YBNA 2B5ZA 4GCCA 4J1AA 4NHTA 1IIZA 4DYGA 4ZEEA 5LAGA 2MEAA 1UIBA 134LA 5B07A 4LYBA 1IOCA 2I6ZA 4J1BA 4NWEA 4X3BA 2FYCA 4AXTA 1QSWA 2X0AA 1LHMA 2HEAA 2XBRA 4DC4A 2I26L 2W1MA 1D0KA 4NIJA 2BQLA 3LYOA 5LA5A 5F9UA 3LHMA 3TXFA 1V7SA 3AW7A 3RW8A 1RCMA 3T6UA 5LXWA 2VB1A 2LYZA 2DQCY 1G7IC 3TXDA 2BQJA 1B7NA 1CKHA 4ETCA 1GHLA 1GF6A 1LZDA 2YBLA 4GN4A 4NGOA 4NHQA 4PJ2C 1PZYA 1YANA 4NFVA 4TUNA 1AM7A 1LKSA 1I56A 4TTDA 4NY5A 4PHIA 3G3BB 3ATNA 1EQ5A 4M4OA 1HFYA 3B6LA 1LZGA 4CGEA 1IWYA 2FBDA 1FBIX 1LHLA 2NWDX 1GB3A 1QSAA 2YBMA 1LSPA 1JSEA 1IR7A 1RFPA 4LFXA 5F9XA 4A7DA 4CJ2A 1HEMA 2BQFA 1OUAA 1UIGA 4Z3MA 1LJIA 1QTKA 2C8PA 2LZTA 2YBIA 3W6FA 5LA8A 3P64A 3TXIA 4NEBA 4BAFA 1LMOA 3IWRA 4MSTA 4GCFA 135LA 1HMKA 4OOOA 3FE0A 4QEQA 4ET8A 208LA 4OWAA 2YBHA 3WXUA 1IX0A 1CJ6A 3CQLA 1W6ZA 5APDA 1G7HC 3ATOA 1T6VL 1GF5A 1LPIA 1JTPL 2DQGY 3A6CY 5KXSA 3P4ZA 5APEA 1JJ1A 1BB4A 9LYZA 1GFRA 1YIKA 5APCA 1B7OA 1LZ1A 2PC2A 4HPEA 4WM4A 1JEFA 4WLYA 2BQBA 2BQIA 1TDYA 1B9OA 1IWVA 3GXRA 1LMPA 1GFKA 1P2CC 4H90A 4KPMA 3AGHA 5HNLA 1F6SA 1UIFA 3CSRA 4UWVA 1B7MA 3CT0A 4TSCA 3TXEA 1A4VA 1H87A 1NF5A 3AB6A 1GB9A 1YILA 4BS7A 4LYOA 5E9RA 3P66A 1IEEA 1T3PA 1SLYA 2BLYA 4H1PA 1LZTA 4II8A 1CKCA 3K3TA 4RW2A 4HTNA 5DN5A 1HEWA 2HEBA 4OWCA 5B59A 3WW6A 4FJRA 5HMVA 1XSFA 4Z98A 4WMGA 5A3EA 4NGVA 1XFPL 1AT6A 3B0KA 4G9SA 1QUSA 1GBXA 2F2NA 1CKDA 4OWBA 4NG1A 2Z38A 1VEDA 5KJ9A 3VWOA 207LA 4NSHA 5KXMA 1IWUA 3EO5A 3N9EA 4N5RA 4YENA 4DD9A 3WU8A 5IHGA 2LYOA 2MEFA 1B5WA 1JJ0A 4BAPA 1VDTA 2CWIA 1GFTA 3WW5A 1GFGA 1JSFA 2YSSC 2WARA 4LFPA 2ZIKA 5LIOA 6LYZA 4GN3A 4XADA 3W6DA 4RLNA 3LYZA 4D9ZA 1BWJA 1IWWA 2Z2FA 4PGJB 4DD2A 5KXRA 4NGJA 3EBAB 1ALCA 3WUMA 4XN6A 1DZBX 1LJGA 4R6CA 1WQNA 1H6MA 4W96A 1YAQA 3A3RX 3ZEKA 1GEZA 1LJFA 2ZILA 1KIRC 133LA 1GBWA 1LZ9A 3W6EA 5IELA 1LJ3A 1LZNA 3A6BY 1LMTA 1IY4A 1OQMA 1HFXA 4DWXA 4ETAA 4ETDA 5K7OA 1UUZC 1LZBA 2I25L 4NGLA 1LYOA 1GF3A 1OUIA 1JUGA 3A90A 4XJFA 3A91A 1NHEA 1DQJC 3G3AB 2CDSA 4WO9A 3WH1A 1TEWA 2BPUA 1LSBA 2MEDA 1YKYX 4OWHA 3EMSA 4NGWA 2BQGA 2D4IA 4DT3A 2DQHY 4NGYA 3A67Y 4CHXA 1GB0A 1LZAA 1FLYA 2YVBA 1LSGA 4L41A 1LJNA 1UIEA 1NWGA 4CFOA 1WTMA 1GFAA 1LZYA 1UC0A 2YBJA 1W08A 4XJDA 1GE2A 1FLQA 1LSMA 3GXKA 5I4WA 1CKFA 1LJEA 4CFPA 1V7TA 3TXBA 5LVGA 1BB7A 5AMYA 3RZ4A 4QY9A 5LYTA 2F4GA 1JJ3A 1LSYA 1OUFA 1GD6A 1LHIA 4GN5C 4WL6A 1UCOA 4H94A 3WL2A 1YL1X 3P65A 1WQRA 4NWHA 1LYSA 1WQMA 5DL9A 4WOAA 1UIDA 2RSCA 4H92A 1HEPA 4NHSA 1YAMA 1OUCA 4IATA 5F16A 1QQYA 5LYZA 5KXKA 2F30A 5KXZA 1VAUA 5HLLA 1LZCA 1IP6A 1QIOA 1XGTC 2DBTA 2Z2EA 1BVKC 1VATA 4EMNA 2DQIY 5B05A 4LT2A 1IORA 2EKSC 4RDSA 4G49A 1WQPA 1I1ZA 1WTNA 3TXJA 132LA 1LSFA 2H5ZA 4G4CA 1CJ9A 1GF9A 3A94A 5FSTA 4Z41A 1QDTA 1GF0A 1BB3A 2BQNA 4N1EI 1IC5Y 1GE1A 4NHPA 1D6QA 1Z55A 2LZ2A 3J6KA 1A2YC 1HEQA 1PS5A 4GCBA 4RLMA 1LZSA 2IHLA 1GAYA 5KKIA 2A7FA 3WUAA 3TMVA 1IR8A 1GAZA 4FDYA 2F4AA 5KXYA 4B1AA 2Z12A 2DQEY 1DI5A 2Z39A 1WVUA 2AUBA 2H9JA 1QTEA 5D5CA 4ANRA 4H93A 1LZEA 1LTMA 1REMA 4YOPA 4N9RA 2G4QA 3QNGA 5KY1A 1JTOL 1DKJA 1UICA 1DI3A 4B49A 1F6RA 1O23A 2N5ZA 3AJNA 2DQFC 5B1FA 1ZVHL 3N9CA 4H9EA 3RNXA 3AZ6A 2MEHA 1NMMA 4I8SA 1GWDA 1JKBA 1NDMC 3LN2A 1F10A 3AZ7A 4WLXA 1ZMYL 1BB5A 1GFJA 1QUTA 3AZ5A 1UACY 2LHMA 1ZV5L 1FLUA 1WVVA 3N9AA 1AKIA 2D4KA 1C46A 4XYYA 3A3QA 194LA 1OP9B 4WM3A 1D0LA 5I54A 3WVXA 4O34A 1JISA 5FELA 2ZYCA 4C3WA 4H9AA 3OJPA 1BQLY 4WLTA 5DLAA 1YQVY 1CJ8A 3TMWA 1LJJA 3LZ2A 2XTHA 3BKVA 4XJHA 3B0OA 1GB6A 5L3HA 5L9JA 8LYZA 4B0DA 1J1PY 1GXV2 1BB6A 1GBSA 3WULA 193LA 4YEOA 3TXGA 4G4HA 1JPOA 1MLCE 2DQAA 1LCNA 1LMNA 3B72A 4HJZA 1LZ6A 3HBDA 1C43A 2H9KA 4M6DA 4LT1A 5HNCA 4KT3A 4HTKA 5LINA 2DQDY 4WG7A 1WQOA 4NSGA 1DPXA 1LHHA 4XENA 3IJVA 4HV2A 1D0MA 4LYCA 1G7LC 2LYMA 3AZ4A 4XJBA 3CSZA 1BWHA 3W6AA 2D6BA 3A93A 4AGAA 6LYTA 1GDWA 1NBYC 3T36A 2ZQ3A 4TX7A 1LOZA 3WPJA 1XGUC 3AYQA 3MGWA 1IOQA 4C5FA 5FCPA 1GF8A 3TMUA 3WXTA 4ETBA 1FN5A 3J4GA 1XGQC 1HHLA 3WPKA 3ULRA 2Z18A 2D4JA 1LAAA 1NQIA 2GV0A 1J1XY 3A8ZA 3D9AC 1BWIA 2MECA 3LZTA 1C7PA 4NGZA 5KXPA 1B7QA 1BHZA 1XEKA 5FDJA 5KXLA 4I0CA 4EOFA 4PPOA 3WU9A 4PRQA 1ZVYB 1B5XA 2ZYPA 4B4EA 4HSFA 2W1XA 4P2EA 2CGIA 4B4JA 1QDRA 5I4YA 4LGKA 4N1CC 1EQEA 4HJVA 1J1OY 1DXJA 4G4BA 2FYDA 4XJGA 2BQOA 1JKDA 1WQQA 2HU3A 1BVXA 1LZ4A 1YKXX 1E8LA 1LHJA 1KXXA 5F14A 4MR1A 1LMQA 1XEJA 5J7CA 4ET9A 1GE4A 5II3A 3RT5X 3F6ZA 4ZFPA 5A3ZA 4WM1A 3QY4A 1GFUA 5HQ1A 4U3XB 1GBYA 1C10A 2G4NA 5F81A 154LA 2BQMA 4BADA 1B7RA 1XGPC 4E3UA 1HF4A 4H9FA 4WM2A 3IJUA 4ETEA 1JKAA 2EPEA 2MEGA 3AGGG 3W6CA 5LYMA 2DQJY 4LYMA 4LYTA 4LZTA 4WM5A 3B0IA 3CT5A 3LYTA 1G7MC 1KIPC 2HU1A 1GF7A 2YDGA 3KAMA 4QGZA 4ZIXA 1LMAA 5JENB 1IOTA 1B7LA 4W94A 4YF2A 5LVKA 1FDLY 1LSDA 2HUBA 1NDGC 1GE0A 1RI8B 1FKVA 1JWRA 4HV1A 5B1GA 1GBZA 1LKRA 1IVMA 1REXA 1TAYA 1OUEA 5C6IA 3HBEX 1IC7Y 1VDPA 3WUNA 3A96A 5IDDA 1KXYA 1LSZA 1GB8A 4N8ZA 5DM9A 1HFZA 4DDCA 2MEIA 1TBYA 4YEMA 153LA 1LHKA 4MCKA 1JITA 2ZWBA 4GLAA 3D3DA 1LSAA 1C08C 3A34A 3A95A 5I53A 4NSIA 5C6LA 5FEKA 1OUDA 1B7PA 4TWSA 5EBHA 1IP2A 3WVYA 1OUGA 2EQLA 1CJ7A 5LVJA 1LZ8A 1D9UA 1LSCA 1EQ4A 4HTQA 4HJYA 1UBZA 4WO6A 4NGIA 1IWZA 4QDNA 4B4IA 1VFBC 4ML7A 4DDBA 4DD3A 1HELA 3RU5A 1LYZA 1LYYA 2Z19A 2XBSA 1B2KA 1HEOA 4GCDA 4H91A 1IP3A 3LYMA 1B5VA 4KL7A 1RE2A 3W6BA 3HBHA 4N0JA 4OWEA 2FBBA 5LVIA 1IO5A 4HPIA 1GXXA 3E3DA 4KXIA 4H9IA 3OK0A 4OOTA 5ILFA 2DKVA 4RW1A 1B5YA 1G7JC 3FI7A 7LYZA 3EXDA 1HSWA 4DD0A 4H9BA 3CB7A 1YAPA 1F0WA 1RJCB 4IASA 1HENA 1CNSA 3SP3A 2BQDA 3CT1A 3W3EA 3M3UA 1UIHA 2HEDA 1HMLA 5D5FA 1IWTA 5M1YA 2MEBA 2ZQ4A 1B5UA 1JTTL 1REZA 1YKZX 1GBOA 4LT0A 2BQAA 5FHWA 3HFMY 1LJHA 2IFFY 1B7SA 5E4PA 3BKHA 5I5QA 3ZVQB 1LZ5A 1JHLA 4OW1A 2BQCA 1GF4A 4WG1A 1IP1A 4DDAA 5ILCA 5HMJA 4GCEA 3TXKA 1EL1A 1FKQA 1LSEA 2C8OA 1LZRA 4XJIA 1GPQC 1REYA 2ZNWY 1XGRC 1OUJA 2HECA 4H8ZA 1NBZC 1KXWA 1JKCA 1LJ4A 3CSQA 4DD7A 3M18B 1D6PA 1B0DA 1GB5A 1YAOA 2G4PA 4NHIA 1CKGA 2XJWA 1XEIA 2CJLA 4H9HA 5KXXA 4NG8A 2W1YA 1AT5A 4NSJA 1MELL 5B06A 1JIYA 5KXNA 1DI4A 4NGKA 3A92A 1KIQC 1HSXA 2A7DA 5APFA 1GFVA 3TMXA 3QE8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1INUA 3SB7A 5C6JA 113LA 1L90A 3AW6A 2ZNXY 1L96A 3P68A 1IR9A 1C6NA 4HP0A 4J7VA 1LYEA 1YROA 1GEVA 3C81A 2Y8PA 238LA 3SN6R 1GB7A 5DN4A 4E97A 1IP7A 1L80A 1ZURA 1QT6A 1UIAA 4LT3A 5KXTA 1DKKA 1I20A 1HC0A 3TXHA 1T6HA 2RH1A 1L37A 1YL0X 4PRUA 1GE3A 3WMKA 138LA 2BAAA 1CUQA 1VDQA 1D3NA 4DQ5A 5LAFA 5KXOA 231LA 1IP4A 2HEEA 1LJKA 4J1AA 2B5ZA 119LA 5LAGA 242LA 1IOCA 2I6ZA 1SWZA 1CUPA 155LA 2I26L 2W1MA 4NIJA 1L87A 1L83A 3HT9A 3TXFA 1C6KA 3HU8A 4W55A 1LYFA 5LXWA 210LA 2DQCY 3TXDA 4ETCA 2BQJA 146LA 3HT8A 2B70A 258LA 4GN4A 1PZYA 4TUNA 1OVJA 1EQ5A 1LZGA 1QT5A 1IWYA 1FBIX 1GB3A 1QSAA 1JSEA 1RFPA 1QTCA 1OUAA 149LA 2LZTA 247LA 1D2WA 3L64A 135LA 4OOOA 3FE0A 3DKEX 1CJ6A 4ARMA 1GF5A 1JTPL 1LZ1A 3F9LA 1GFKA 1CV1A 1L32A 4UWVA 180LA 4BS7A 218LA 1C66A 1T3PA 2BLYA 4H1PA 1L04A 1L21A 2HEBA 5HMVA 4NGVA 1XFPL 2F2NA 2Z38A 1IWUA 1B5WA 2CWIA 3WW5A 2WARA 2ZIKA 4XADA 2Z2FA 5KXRA 4I7MA 1DZBX 4W53A 1LJGA 3DN1A 1GEZA 1L40A 5IELA 4ETDA 127LA 152LA 1JUGA 3A91A 4WO9A 3WH1A 1LSBA 1YKYX 3EMSA 4NGYA 1G0GA 1LZAA 2YVBA 1UIEA 1NWGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1IC4 Y;  1LSN A;  4R0F A;  5KKJ A;  1INU A;  1DPW A;  1VDS A;  2BQH A;  3ZVQ A;  1BGI A;  1HNL A;  2BQK A;  5C6J A;  2ZIJ A;  4H8X A;  1GB2 A;  1FLW A;  3AW6 A;  1GDX A;  1B5Z A;  2ZNX Y;  4GLV A;  4WLD A;  3P68 A;  3WPL A;  3WU7 A;  1IR9 A;  1UA6 Y;  4HP0 A;  4J7V A;  4UWU A;  1YRO A;  1LMC A;  1GEV A;  1GFH A;  1OUH A;  4H8Y A;  5I4X A;  5KXW A;  5L3I A;  1TCY A;  5LVH A;  2Z37 A;  2Y8P A;  1GB7 A;  4UWN A;  5DN4 A;  4DD1 A;  1IP7 A;  1C45 A;  1SQ2 L;  2BLX A;  1UIA A;  2D91 A;  4LT3 A;  4TSB A;  1N4F A;  1IP5 A;  5KXT A;  2MEE A;  1DKK A;  1I20 A;  1NKH A;  1HC0 A;  3TXH A;  1IOS A;  2W1L A;  4LYZ A;  4WM6 A;  1YL0 X;  4J0L A;  2HEF A;  4PRU A;  1GE3 A;  3WYH A;  4WL7 A;  2EIZ C;  1HER A;  3WMK A;  2BAA A;  2BQE A;  2Q0M X;  1VDQ A;  1OUB A;  3AGI A;  4YM8 A;  5LAF A;  5KXO A;  4Z46 A;  1GFE A;  1IP4 A;  2HEE A;  1IWX A;  1LJK A;  4H9C A;  1AZF A;  5T3F A;  4IJ4 A;  2HTX A;  1IY3 A;  2YBN A;  2B5Z A;  4GCC A;  4J1A A;  4NHT A;  1IIZ A;  4DYG A;  4ZEE A;  5LAG A;  2MEA A;  1UIB A;  134L A; 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 1UBZ A;  4WO6 A;  4NGI A;  1IWZ A;  4QDN A;  4B4I A;  1VFB C;  4ML7 A;  4DDB A;  4DD3 A;  1HEL A;  3RU5 A;  1LYZ A;  1LYY A;  2Z19 A;  2XBS A;  1B2K A;  1HEO A;  4GCD A;  4H91 A;  1IP3 A;  3LYM A;  1B5V A;  4KL7 A;  1RE2 A;  3W6B A;  3HBH A;  4N0J A;  4OWE A;  2FBB A;  5LVI A;  1IO5 A;  4HPI A;  1GXX A;  3E3D A;  4KXI A;  4H9I A;  3OK0 A;  4OOT A;  5ILF A;  2DKV A;  4RW1 A;  1B5Y A;  1G7J C;  3FI7 A;  7LYZ A;  3EXD A;  1HSW A;  4DD0 A;  4H9B A;  3CB7 A;  1YAP A;  1F0W A;  1RJC B;  4IAS A;  1HEN A;  1CNS A;  3SP3 A;  2BQD A;  3CT1 A;  3W3E A;  3M3U A;  1UIH A;  2HED A;  1HML A;  5D5F A;  1IWT A;  5M1Y A;  2MEB A;  2ZQ4 A;  1B5U A;  1JTT L;  1REZ A;  1YKZ X;  1GBO A;  4LT0 A;  2BQA A;  5FHW A;  3HFM Y;  1LJH A;  2IFF Y;  1B7S A;  5E4P A;  3BKH A;  5I5Q A;  3ZVQ B;  1LZ5 A;  1JHL A;  4OW1 A;  2BQC A;  1GF4 A;  4WG1 A;  1IP1 A;  4DDA A;  5ILC A;  5HMJ A;  4GCE A;  3TXK A;  1EL1 A;  1FKQ A;  1LSE A;  2C8O A;  1LZR A;  4XJI A;  1GPQ C;  1REY A;  2ZNW Y;  1XGR C;  1OUJ A;  2HEC A;  4H8Z A;  1NBZ C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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