1P3NA

Core redesign back-revertant i103v/core10
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPIYDSLDAVRRAALVNLVFQIGETGAAGFTNSLRYLQQKRWDEAAVNFAKSRWYNQTPNRAKRIITVFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Repacking the Core of T4 lysozyme by automated design
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1p3nA00
240LA 1SSYA 1L98A 1C6LA 3DN0A 1L04A 1DYCA 140LA 3HTGA 1K28A 1P3NA 113LA 1D2YA 2RAYX 3ODUA 2O79A 3CDVA 3DN8A 4DJHA 1QT7A 1C6KA 1C6TA 232LA 1D3NA 4ARMB 1L82A 1CX7A 2B6ZA 150LA 7LZMA 3NYAA 1P2RA 104LA 4I7OA 1CV3A 1CUPA 1LWGA 3DN6A 2B72A 3FA0A 3DN2A 1OYUA 170LA 164LA 1P36A 191LA 2B6XA 1L67A 4W55A 4S0WA 1D9WA 1CU3A 110LA 1G0MA 1QS9A 4LDEA 224LA 2B75A 1L0JA 2RB0X 4YXAC 3LZMA 3SB6A 3HT6A 236LA 1PQKA 248LA 1G06A 152LA 4EPIA 6LZMA 1LI6A 3DN3A 4EXMA 3GUJA 2RH1A 1T8GA 1C6BA 123LA 4I7QA 4I7SA 1L59A 1LYEA 3HH4A 199LA 126LA 1DYAA 4I7MA 1L21A 200LA 1CUQA 256LA 1L27A 1DYGA 1L23A 231LA 257LA 3OE9A 218LA 1C6AA 1SSWA 2ANVA 131LA 4EJ4A 2B73A 253LA 1QSBA 1SWYA 1L02A 165LA 3V2WA 2Q9EA 2RAZX 1L12A 3DMVA 3NY9A 3GULA 3SBBC 1T97A 1L26A 1C6NA 3GUMA 1DYBA 1L55A 1P2LA 192LA 3V2YA 3FADA 260LA 4LZMA 4DKLA 1ZURA 3G3XA 198LA 1L80A 3G3WA 4LDOA 258LA 186LA 188LA 1L73A 2B70A 3CDQA 3DN1A 262LA 1LYDA 4ARQB 1QTHA 245LA 3OE6A 1L61A 3GUIA 3L64A 1P46A 1C67A 1L54A 1L37A 4I7RA 1OVHA 3HUKA 1D3JA 1L88A 227LA 173LA 4PJZA 1C69A 189LA 143LA 1L34A 1L63A 2OTZX 4I7NA 201LA 1PQJA 1CU6A 3C80A 1L65A 1PQMA 5I14A 1L68A 235LA 3HTBA 1CU5A 3C7ZA 3CDTA 5LZMA 1NHBA 4W52A 1EPYA 1C6PA 1OWYA 1L16A 3PBLA 3C8SA 3CDRA 3DN4A 1PQOA 183LA 1L64A 1CU0A 1L76A 1L31A 1DYEA 3DKEX 1G0JA 128LA 2RBRA 160LA 1G0LA 197LA 2OU8A 1L52A 1L43A 4LDLA 2RB1X 4DAJA 3C83A 118LA 149LA 1T6HA 4GBRB 3OE8A 1G0QA 1L47A 1LYFA 3RZEA 2HULA 1CV4A 157LA 144LA 1L99A 2B7XA 4W56A 3OE0A 221LA 223LA 3GUOA 146LA 1L36A 184LA 1QT5A 1XJUA 3NY8A 3RUNA 127LA 3HTDA 1L20A 3F8VA 4AQNA 1L71A 1SX7A 158LA 2OU9A 1QT3A 108LA 1L87A 1LLHA 3HT8A 2Q9DA 3F9LA 1L32A 3SN6R 3VW7A 1KNIA 1KW7A 4W51A 1LYHA 1LWKA 4E97A 1L08A 4ARMA 3SB7A 252LA 1D2WA 1T8FA 180LA 1P5CA 250LA 1I6SA 1L25A 1L42A 1L94A 174LA 1L79A 181LA 1L84A 241LA 1CV1A 155LA 1ZYTA 1QUHA 1G07A 196LA 1CU2A 1L77A 4ARPA 1WTHA 3C8RA 2CUUA 1G0KA 209LA 1L51A 2NTHA 2OE7X 1KS3A 187LA 1L74A 102LA 168LA 1LPYA 3HUAA 205LA 151LA 1C6EA 3UONA 2RBPA 1OVJA 1QTVA 1L93A 147LA 130LA 4K5YA 1QT4A 2F47A 1L05A 1C63A 1L56A 4EPFA 1L29A 228LA 1C68A 1CV5A 215LA 237LA 1L72A 3HUQA 4EKQA 171LA 1L46A 2ANXA 1C64A 2LZMA 3GUNA 3L2XA 3C8QA 161LA 109LA 1L60A 195LA 242LA 3HT7A 142LA 1L91A 4YX7C 255LA 1QSQA 4ZPUA 1L33A 2IGCA 225LA 178LA 1P64A 3C7WA 1QTZA 2O7AA 1L49A 1P37A 1C6GA 1SX2A 2OE9X 4EKPA 1L41A 138LA 1L83A 115LA 1G0GA 246LA 2Z6BA 1L69A 1C6IA 1LI3A 1L86A 1QUOA 1CTWA 1CX6A 238LA 1L53A 1LGXA 190LA 222LA 1LYJA 3QAKA 1P56A 2RBOA 4PK0A 4ARLA 1OVKA 3SB9A 4ARJA 3DNAA 1KY1A 4W58A 103LA 2RBQA 4W54A 1L19A 1C6CA 2F32A 1LGWA 3HH6A 111LA 217LA 122LA 219LA 1L97A 1L89A 4I7LA 1PQIA 141LA 139LA 4ARQA 3SBAA 4I7KA 3FI5A 1QT8A 1L00A 244LA 1L09A 1L0KA 1L95A 1L30A 1C66A 3CDOA 3HU8A 3C82A 1D3MA 2OE4X 2B6WA 129LA 3DMZA 247LA 1QTCA 3EMLA 4W59A 1L85A 1L10A 4W53A 1C65A 1QTDA 2L78A 212LA 4EKSA 1OV7A 1LI2A 206LA 4YXCA 1C6FA 1B6IA 3PDSA 125LA 3SB5A 2QARC 1L15A 1ZWNA 2RBSA 119LA 1KW5A 1LYGA 259LA 1L24A 1G0PA 2NTGA 169LA 145LA 2LC9A 1C6QA 1L28A 1L81A 2HUMA 4I7JA 1L18A 175LA 1TLAA 1G1WA 4IAPA 1QUGA 3HU9A 1DYFA 1L22A 1L11A 3HT9A 137LA 1CV6A 1C6DA 159LA 3DMXA 166LA 1L14A 1L66A 120LA 2QB0B 4I7TA 4I7PA 1XJTA 1P7SA 1JQUA 1OWZA 1C60A 1P6YA 2LCBA 176LA 163LA 1LGUA 234LA 148LE 261LA 2RBNA 3C7YA 4W57A 1L35A 1L07A 3GUKA 162LA 4EKRA 2OU0X 1C61A 3SB8A 1C62A 1L58A 213LA 1T8AA 251LA 1L38A 2B6YA 1L50A 114LA 3HWLA 220LA 1DYDA 2RB2X 211LA 1C6MA 1CVKA 177LA 1LW9A 1L48A 1C6HA 1QT6A 1L01A 216LA 2O4WA 1KY0A 1JTMA 1L57A 3JR6A 1C6JA 233LA 230LA 254LA 3GUPA 1G1VA 1L17A 156LA 107LA 1L03A 229LA 3G3VA 3HH3A 185LA 1L39A 1L44A 243LA 1L13A 3HDFA 1OV5A 3C81A 1L06A 1L40A 1PQDA 182LA 1XEPA 2OTYX 1L70A 239LA 2OEAX 249LA 1SWZA 2B6TA 1L96A 3HDEA 1L92A 2F2QA 1L75A 1CV0A 1D3FA 3HH5A 210LA 1QTBA 1LYIA 214LA 3HTFA 1L45A 167LA 3K2RA 1QS5A 4GRVA 1JTNA 1QUDA 172LA 112LA 1L90A 2HUKA 2A4TA 3D4SA 226LA 2B74A 4OO9A 1L62A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
240LA 3W6EA 3LYTA 1VDQA 1C6LA 1VDPA 1C10A 1YAQA 2IFFY 1DXJA 3HTGA 1PZYA 3HBEX 3CDVA 4DJHA 1C6TA 1QSAA 1D3NA 232LA 2MECA 1L82A 2B6ZA 150LA 3AW7A 1HMLA 1GD6A 1CV3A 1H6MA 3DN6A 3ULRA 5A3EA 5DL9A 164LA 4KPMA 1BVXA 1LYZA 4UWVA 4ETEA 1D9WA 5KXLA 2F2NA 1CJ6A 1CU3A 4N5RA 110LA 3A90A 5LYZA 1QS9A 5E9RA 1GEZA 3CT5A 1HEMA 2RB0X 4LYCA 4YXAC 2Z2EA 3LYMA 2ZIKA 2LHMA 208LA 3HFMY 4DC4A 5I53A 4WM3A 1JKDA 1DKJA 4AXTA 1DYAA 4MCKA 1L21A 1CUQA 1BHZA 4XYYA 1L27A 1GFVA 4NFVA 1DYGA 4BADA 1WTNA 4WLYA 3WVYA 1B7SA 231LA 1WVUA 257LA 3AZ7A 218LA 1SSWA 131LA 5II3A 1MLCE 1OUDA 3D9AC 1OP9B 2BLXA 4G4BA 4WMGA 2RAZX 4CFPA 1C45A 3P4ZA 1L26A 1C6NA 1EL1A 1TBYA 3A3QA 192LA 1JKCA 3FADA 260LA 4LZMA 3LN2A 2DKVA 2BQHA 1REXA 3G3WA 1RE2A 3WPLA 186LA 1L73A 1IOQA 3CDQA 1UIEA 1LYDA 1QTHA 4NGKA 4I7RA 5KKIA 4A7DA 1L88A 8LYZA 5KXXA 1C69A 1L34A 4RLMA 1B9OA 4HSFA 1GE2A 3C80A 5KXOA 2BQBA 1L65A 2BQGA 4NG1A 1B5WA 3B0KA 4NWEA 5I14A 235LA 3HTBA 1CU5A 1XGTC 4WL6A 1LHKA 1EPYA 1KXWA 3P66A 3PBLA 1JKBA 1JPOA 1NF5A 4B0DA 5KXMA 1FLQA 2FYDA 1HERA 3TMUA 4G49A 5F16A 160LA 1G0LA 1L52A 3CSZA 1GBXA 3OE8A 1L47A 1LYFA 3RZEA 2HULA 1CV4A 1C08C 2B7XA 1L99A 3OE0A 3QY4A 3D3DA 223LA 5KXPA 5KXZA 3GUOA 146LA 4Z41A 5L3IA 1XJUA 3NY8A 4LYBA 3WYHA 3BKHA 1VDSA 1GB0A 1SX7A 5LVJA 1IWXA 4DD1A 4N1CC 1DZBX 1LLHA 1LMOA 5KJ9A 1L32A 3VW7A 1A2YC 4OWAA 1JTPL 4W51A 4E97A 4B4IA 4ET9A 1LZTA 2G4QA 4ARMA 1LMTA 252LA 1T8FA 250LA 1L25A 174LA 2BQKA 241LA 1CV1A 3VWOA 1D6PA 4DYGA 9LYZA 5DN4A 3C8RA 209LA 2NTHA 3WU8A 1LSCA 187LA 4NGWA 102LA 4C3WA 3HUAA 151LA 1C6EA 3UONA 2RBPA 4NY5A 1RFPA 1KIQC 194LA 2D4KA 1B7QA 1GFGA 1UC0A 1BGIA 3ZVQA 1I56A 1YANA 2MEDA 1GE4A 3BKVA 1LKSA 5B06A 3LZTA 1LZAA 1CKHA 109LA 195LA 5KKJA 1BB3A 142LA 5DN5A 1L91A 2IGCA 225LA 2HEEA 5KXRA 4XJFA 5IELA 4H8ZA 1QTZA 1YL0X 4PRQA 5I4YA 1IIZA 3AZ6A 3IWRA 1L41A 138LA 4H91A 1G0GA 2Z6BA 1VFBC 2BAAA 2LZ2A 6LYTA 1LI3A 3P65A 3E3DA 1QUOA 4NEBA 1CX6A 238LA 1L53A 1LGXA 1HMKA 5LXWA 1HEPA 1CJ8A 1QTKA 3N9AA 1NWGA 1OVKA 103LA 2DQAA 5F9XA 3J4GA 3N9EA 3HH6A 111LA 4OWCA 1REZA 1PQIA 1RCMA 141LA 3SBAA 1DI3A 1QT8A 4J1BA 1L30A 2HEFA 1C66A 1LCNA 3HU8A 4H8XA 3C82A 3CT1A 1XGPC 1IOCA 5DM9A 3WPJA 247LA 4W59A 1L85A 3K3TA 4NGZA 1C65A 1GFRA 1QTDA 3KAMA 5F9UA 4EKSA 4UWNA 1LJGA 3J6KA 1GB9A 1L15A 259LA 145LA 1L28A 1TLAA 1G1WA 1QUTA 4IAPA 1LZEA 5LVHA 1YAPA 159LA 1LZ6A 1IWWA 3WU9A 4N8ZA 3DMXA 2YBJA 1CJ7A 1PS5A 166LA 1L14A 1B5YA 2DQEY 2HECA 3A3RX 3HBDA 4DT3A 1WQQA 4PRUA 1TEWA 4G4HA 1B7PA 1JJ3A 1JSFA 2I6ZA 2OU0X 4NG8A 2HUBA 114LA 1LMAA 4ZEEA 220LA 2RB2X 211LA 1WQNA 1CVKA 2O4WA 5FEKA 1GE1A 4WLTA 1QQYA 4GCBA 1L17A 4KL7A 2HU3A 3HH3A 1NKHA 4FDYA 3HDFA 4HPIA 3C81A 1PQDA 182LA 4PPOA 1LTMA 249LA 2B6TA 5ILCA 1L92A 1LZYA 1CKGA 1L75A 3A95A 2D91A 3LYOA 3K2RA 1QS5A 2DQGY 1QUDA 172LA 5APCA 3W6AA 4U3XB 4OW1A 2LYZA 1B7MA 1L04A 2YDGA 5FHWA 2XQOA 5F14A 4WG7A 1B7NA 2W1XA 2O79A 1QT7A 1C6KA 4NSGA 1LZCA 4ARMB 4W96A 2Q0MX 3WU7A 1UIFA 1GF5A 1ALCA 104LA 3AB6A 1XFPL 1LWGA 1LHIA 2B72A 3TXHA 3DN2A 1OYUA 170LA 1HSWA 2XJWA 1ZVHL 2F30A 5JENB 1LSPA 3CQLA 4W55A 4S0WA 3W6DA 1HFZA 2B75A 4O34A 5FSTA 1EQ5A 236LA 4FJRA 2DQFC 4EPIA 6LZMA 2BQAA 1LI6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 240L A;  3W6E A;  3LYT A;  1VDQ A;  1C6L A;  1VDP A;  1C10 A;  1YAQ A;  2IFF Y;  1DXJ A;  3HTG A;  1PZY A;  3HBE X;  3CDV A;  4DJH A;  1C6T A;  1QSA A;  1D3N A;  232L A;  2MEC A;  1L82 A;  2B6Z A;  150L A;  3AW7 A;  1HML A;  1GD6 A;  1CV3 A;  1H6M A;  3DN6 A;  3ULR A;  5A3E A;  5DL9 A;  164L A;  4KPM A;  1BVX A;  1LYZ A;  4UWV A;  4ETE A;  1D9W A;  5KXL A;  2F2N A;  1CJ6 A;  1CU3 A;  4N5R A;  110L A;  3A90 A;  5LYZ A;  1QS9 A;  5E9R A;  1GEZ A;  3CT5 A;  1HEM A;  2RB0 X;  4LYC A;  4YXA C;  2Z2E A;  3LYM A;  2ZIK A;  2LHM A;  208L A;  3HFM Y;  4DC4 A;  5I53 A;  4WM3 A;  1JKD A;  1DKJ A;  4AXT A;  1DYA A;  4MCK A;  1L21 A;  1CUQ A;  1BHZ A;  4XYY A;  1L27 A;  1GFV A;  4NFV A;  1DYG A;  4BAD A;  1WTN A;  4WLY A;  3WVY A;  1B7S A;  231L A;  1WVU A;  257L A;  3AZ7 A;  218L A;  1SSW A;  131L A;  5II3 A;  1MLC E;  1OUD A;  3D9A C;  1OP9 B;  2BLX A;  4G4B A;  4WMG A;  2RAZ X;  4CFP A;  1C45 A;  3P4Z A;  1L26 A;  1C6N A;  1EL1 A;  1TBY A;  3A3Q A;  192L A;  1JKC A;  3FAD A;  260L A;  4LZM A;  3LN2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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