1D2WA

N-terminal domain core methionine mutation
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTMGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Use of differentially substituted selenomethionine proteins in X-ray structure determination.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 55
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-09-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1d2wA00
109LA 3C7YA 2Q9DA 192LA 3DN3A 1L87A 1L0KA 1CU5A 1CU6A 1L44A 1L48A 3LZMA 4EKQA 2QARC 200LA 3NY8A 1LWGA 1QSBA 3HDFA 178LA 3PDSA 149LA 1C6FA 1P37A 1L20A 2RB1X 3G3XA 3GUMA 4ARJA 1L95A 1XJUA 3CDVA 3DN2A 219LA 119LA 2RBRA 131LA 1CU3A 3NY9A 3HWLA 1C60A 1CV0A 1G07A 1G0GA 1C69A 1CU2A 1L17A 1ZYTA 3C80A 1L40A 2B7XA 3DN6A 1QTZA 2LC9A 2LCBA 1D2WA 7LZMA 180LA 195LA 4ARQB 1QT8A 1L37A 256LA 206LA 212LA 1L80A 4I7JA 3GUOA 1C67A 1XEPA 112LA 227LA 2OE7X 177LA 156LA 3G3VA 2B6TA 1C6EA 1L33A 1L63A 2RBNA 167LA 1CVKA 1L06A 4ARLA 225LA 1PQKA 3C7ZA 1LYFA 2OTYX 239LA 2HULA 2QB0B 2B6YA 2RB0X 3GUJA 220LA 1L74A 1CTWA 2O79A 2B6XA 1P56A 198LA 1L35A 1L90A 108LA 1JTNA 1L73A 1G0PA 1CX6A 1QTVA 4DJHA 1L28A 1QUHA 1L25A 1L79A 1QS9A 2CUUA 1L75A 218LA 188LA 1L72A 4PK0A 115LA 3GUIA 139LA 1B6IA 4I7PA 2B74A 129LA 1L34A 4W51A 3SB7A 2NTHA 3DN8A 2B73A 1L93A 242LA 2ANVA 1L18A 215LA 249LA 4I7KA 3C81A 1L41A 1QT4A 183LA 1QT6A 4EPFA 3HTDA 4LZMA 3CDOA 1L43A 3HU8A 3SN6R 236LA 1C65A 1C6CA 130LA 1P7SA 4YX7C 1D3JA 3JR6A 1DYFA 123LA 1CV4A 128LA 1G0MA 3OE9A 157LA 1QSQA 1L36A 4EKSA 235LA 1C6PA 1DYBA 1T8GA 1L98A 1LGXA 233LA 1L07A 147LA 1QS5A 1C6GA 1L27A 3V2WA 4W57A 255LA 2RAZX 1KS3A 3HUAA 3ODUA 1KW7A 1C6NA 1OWZA 1L66A 1OV5A 1P2LA 3SB5A 1T6HA 3DMXA 2RBQA 1L31A 3DN1A 4IAPA 1C6JA 1L32A 1L12A 1L39A 3SB8A 1D9WA 1G0QA 1C64A 4YXAC 1OVKA 1L81A 1QTCA 4W53A 145LA 4I7QA 120LA 1DYCA 4EKRA 3C8QA 1L0JA 1L57A 1L00A 2OE4X 3G3WA 155LA 170LA 189LA 1L64A 159LA 1L03A 252LA 1CU0A 248LA 1L77A 1C62A 1C68A 1L46A 1P6YA 1QUGA 1ZWNA 1L88A 4K5YA 4DKLA 1G06A 245LA 1L85A 4AQNA 1CX7A 1CUPA 1WTHA 1L70A 259LA 1CV1A 1P64A 4I7LA 1P5CA 1G0LA 1L59A 2RB2X 4I7MA 1D3FA 114LA 1LLHA 3GUNA 2B72A 1QTDA 1C6KA 3CDTA 4I7OA 1L96A 3UONA 103LA 1L62A 1CV6A 1L99A 3V2YA 1L55A 3QAKA 231LA 1L58A 253LA 2O7AA 2OE9X 4S0WA 181LA 257LA 1QTBA 3FI5A 144LA 1L61A 1L14A 1L42A 3FADA 3GUKA 1QT5A 3F9LA 140LA 246LA 3CDRA 190LA 1C6AA 199LA 1L11A 3RUNA 1SWZA 2F32A 3OE0A 1L15A 1DYAA 1CUQA 3C83A 169LA 1L76A 2F47A 1D3MA 3HTGA 1L13A 229LA 163LA 137LA 1LYEA 1EPYA 1QTHA 142LA 1G0JA 1DYDA 1C61A 1C6HA 1PQOA 1L49A 2B6WA 1P2RA 158LA 3DN4A 3DMVA 1LI2A 2RBOA 1P46A 1C6LA 3HH5A 247LA 1LWKA 126LA 254LA 3HT6A 1C6BA 1G1VA 1L47A 125LA 1P36A 4ARPA 162LA 3OE8A 1JTMA 1L67A 3HTFA 1L22A 1PQDA 122LA 3RZEA 1L91A 138LA 3D4SA 210LA 148LE 4I7NA 4LDLA 216LA 4EKPA 3C82A 4GBRB 1LI6A 205LA 241LA 1LI3A 222LA 3SBAA 3C8RA 1L09A 127LA 2HUKA 1C63A 1L54A 251LA 1L51A 238LA 4W52A 3HU9A 2O4WA 1LYGA 3OE6A 187LA 1L24A 1NHBA 228LA 2Q9EA 1C6QA 5LZMA 118LA 2B6ZA 1KY1A 1OVJA 1LGWA 1L97A 3DNAA 3DN0A 3SB6A 1DYEA 4I7RA 173LA 3FA0A 1D3NA 4I7SA 1L52A 2OU8A 184LA 234LA 1K28A 3GUPA 3HH3A 1PQMA 1L56A 2NTGA 1L68A 1LW9A 209LA 4GRVA 160LA 2OTZX 4ARQA 1L04A 4LDEA 2A4TA 1L30A 1L65A 3NYAA 214LA 2ANXA 1L53A 1L45A 1OV7A 3HT7A 1I6SA 2L78A 1LYJA 5I14A 1L05A 4ZPUA 110LA 1L29A 174LA 221LA 1L02A 1L83A 146LA 1P3NA 191LA 2OU0X 1C66A 1KW5A 176LA 1T97A 1L21A 172LA 3K2RA 4W56A 111LA 260LA 151LA 1LPYA 197LA 1PQIA 201LA 1L26A 4DAJA 1C6MA 1OYUA 1ZURA 175LA 1LYIA 223LA 4LDOA 3C8SA 1LGUA 1SWYA 4E97A 1CV5A 1G1WA 1L94A 1L82A 1L84A 186LA 261LA 3SB9A 3F8VA 2RBPA 230LA 2B70A 1L60A 2F2QA 211LA 4PJZA 1L23A 1TLAA 3CDQA 240LA 1KY0A 1L69A 2RAYX 1L10A 1G0KA 232LA 2IGCA 3DKEX 1L86A 107LA 1JQUA 1QT7A 4ARMA 1QUDA 165LA 2OEAX 196LA 1OWYA 3HH4A 104LA 1LYHA 102LA 1C6TA 3HT9A 224LA 1QT3A 3HH6A 3VW7A 1L38A 1PQJA 143LA 161LA 6LZMA 1L01A 3L64A 2RBSA 3HUKA 4I7TA 1L50A 166LA 152LA 217LA 262LA 1C6IA 1L89A 2HUMA 1D2YA 2OU9A 168LA 1SX7A 1T8AA 1LYDA 1SX2A 4W55A 250LA 164LA 141LA 1L16A 258LA 1SSWA 3C7WA 3HT8A 1OVHA 1QUOA 4EJ4A 3GULA 1KNIA 171LA 244LA 4OO9A 243LA 3SBBC 185LA 3HDEA 182LA 3HUQA 4EPIA 2B75A 2RH1A 1L08A 213LA 4W58A 4ARMB 2Z6BA 3L2XA 2LZMA 1L19A 3EMLA 3DMZA 1T8FA 4W59A 1XJTA 3PBLA 1C6DA 4YXCA 150LA 237LA 1SSYA 4EXMA 4W54A 1L71A 1CV3A 1L92A 113LA 226LA 1DYGA 3HTBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Q9DA 4GCBA 192LA 5KXRA 1CU5A 153LA 4DD7A 4KL7A 5C6IA 1L44A 4H91A 3TXBA 5LVHA 1LWGA 4Z46A 1QSBA 5B07A 178LA 1JTTL 1C6FA 1WVUA 3P65A 1CJ7A 1YL0X 3CDVA 4XJHA 1GPQC 2RBRA 5B1GA 4GN3A 5F81A 3TMVA 1GB7A 1I1ZA 3G3AB 4NHQA 2DQCY 3QY4A 3A93A 1L40A 5FCPA 2B7XA 4XYYA 1IWVA 2LC9A 2LCBA 1D2WA 1UC0A 4GN4A 4N5RA 1UIDA 4UWNA 256LA 212LA 4A7DA 4M6DA 3A92A 1INUA 5HNLA 2OE7X 156LA 1UIBA 1LZ1A 1C6EA 1L63A 1CVKA 1L06A 225LA 1LYFA 239LA 1NKHA 3GUJA 3TMWA 2HEBA 198LA 1JKCA 1L73A 1CX6A 1L79A 4KPMA 1LJ4A 1N4FA 1QS9A 1L75A 1XFPL 218LA 5FDJA 1L72A 4PK0A 1WQNA 2W1MA 5M1YA 1IP7A 5I53A 1B6IA 4LT1A 129LA 5K7OA 3SB7A 3DN8A 2B73A 1L93A 4H92A 1GF3A 1RFPA 1QT6A 1LHJA 2DQGY 4RDSA 3WL2A 1QSQA 1L36A 4W96A 4LYZA 1C6PA 4OWHA 1GB9A 1YAQA 4W57A 2RAZX 3AGHA 1QQYA 2F4GA 3ODUA 1IC5Y 1C6NA 1GBSA 1OWZA 1CKFA 4NWHA 5F16A 1F0WA 1NF5A 1T6HA 3DMXA 4HJZA 2RBQA 1UCOA 1CKHA 2BAAA 4IAPA 4BS7A 3SB8A 1B7MA 1D9WA 1LYYA 4YXAC 3F6ZA 4CGEA 145LA 5LVJA 3W3EA 2OE4X 1L00A 170LA 4DDAA 1C68A 1LSEA 2A7DA 1QUGA 5KXSA 4B0DA 4DKLA 1LMPA 1LZ9A 3LZTA 1NBYC 1LJNA 1P5CA 1HENA 3AGIA 2N5ZA 1L59A 1D3FA 2BQLA 2MEHA 1F6SA 1GF9A 1LZNA 1CV6A 3V2YA 1VDSA 231LA 2W1LA 1L58A 253LA 1B5XA 5T3FA 1YAPA 1GBXA 3GUKA 3EO5A 199LA 3AJNA 1D9UA 4J7VA 1DYAA 1CUQA 1OUCA 1LSFA 3LYTA 169LA 2EIZC 1QDRA 3CSZA 2XJWA 1JISA 1LYEA 1EPYA 1QTHA 3WVXA 1PQOA 1L49A 5F9XA 5KXPA 1KXXA 158LA 1FBIX 3HH5A 1LWKA 1GB8A 1JTPL 2MEFA 5KXXA 2ZILA 1IWZA 5HQ1A 4NSGA 4DQJA 1L22A 3RZEA 210LA 1JJ3A 4LDLA 1BB3A 2LZTA 4GBRB 205LA 2Z2FA 4HTQA 1JITA 3G3BB 1NMMA 5IHGA 1L09A 1HMLA 4W52A 3HU9A 5II3A 1LMCA 3A94A 3OE6A 1IY4A 3E3DA 1FKQA 1BVXA 118LA 2D4KA 1OP9B 1L97A 1LZ6A 3DNAA 3DN0A 1LMQA 5FELA 1IWXA 1B5ZA 1L52A 4J1BA 5DL9A 1PS5A 1L68A 5KJ9A 1G7HC 1LZDA 1A2YC 4LYTA 4FJRA 1OUEA 1L65A 1DI3A 1UIGA 214LA 2BPUA 1GFVA 1L45A 1LMOA 1HEOA 1OV7A 3LYMA 1JWRA 5APCA 110LA 4HTNA 3P64A 1P3NA 4WO9A 2OU0X 2HU1A 2NWDX 3B6LA 1T97A 1LZ4A 2VB1A 172LA 4PHIA 4H1PA 4B49A 5LXWA 197LA 1PQIA 1L26A 3EBAB 1ZURA 175LA 5KKIA 223LA 4E97A 1G1WA 1L94A 3W6DA 261LA 3SB9A 186LA 1GXXA 3F8VA 1L60A 1L23A 240LA 1D6PA 1L69A 4PRQA 1L10A 4LYMA 4WMGA 4EMNA 1JKDA 1QT7A 4ARMA 3ATOA 1QTKA 2LYMA 196LA 1OWYA 4GN5C 102LA 1EQEA 1C6TA 4DD9A 1QT3A 1PQJA 1LMAA 2DQAA 4R6CA 1LHHA 3D9AC 1YILA 4DD2A 1D2YA 1XGRC 4ZFPA 1IR8A 1SX7A 1T8AA 3OK0A 2DQEY 4C5FA 4OOOA 4NWEA 1HHLA 1QUOA 1GF8A 3GULA 1F6RA 243LA 3HDEA 2ZNXY 4LT2A 5KY1A 1LKSA 1L08A 4W58A 4H8XA 4ARMB 1HFXA 2LZMA 3EMLA 3DMZA 3A6BY 3AGGG 1C6DA 4W54A 4WL7A 1L71A 1GAZA 1UA6Y 4NY5A 3TXEA 5KXKA 4EOFA 3TMUA 4BAPA 1E8LA 2QARC 1B5YA 200LA 3WULA 3HFMY 3HDFA 1LSDA 1P37A 3LN2A 3G3XA 1GD6A 2ZWBA 1IWWA 1L95A 4G4CA 131LA 4OW1A 1LZ5A 3HWLA 5B06A 5KXLA 5F14A 1CU2A 4TWSA 2BQBA 3C80A 2MEDA 1QTZA 1DI5A 1JTOL 4ET9A 5KXOA 7LZMA 180LA 195LA 1QTEA 4ARQB 3A67Y 1L80A 4I7JA 5DN4A 1CKDA 4YOPA 4ETCA 1PZYA 1LZBA 6LYTA 1GB5A 1C10A 2B6TA 3J6KA 167LA 2Y8PA 1B7QA 3C7ZA 2BQHA 2B6YA 1L74A 2B6XA 1P56A 1L90A 1JTNA 3LHMA 1QTVA 1LHKA 1L28A 4E3UA 2CJLA 1REZA 5L3HA 1B7PA 1BB6A 1XGPC 115LA 4XJGA 3RT5X 4I7PA 2B74A 1WQOA 1L34A 2XBSA 1UACY 1LJKA 2ANVA 1IC7Y 3C81A 1GF7A 4PGJB 2DQFC 2H9JA 1QT4A 4EPFA 4XN6A 3HU8A 3A6CY 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2Q9D A;  4GCB A;  192L A;  5KXR A;  1CU5 A;  153L A;  4DD7 A;  4KL7 A;  5C6I A;  1L44 A;  4H91 A;  3TXB A;  5LVH A;  1LWG A;  4Z46 A;  1QSB A;  5B07 A;  178L A;  1JTT L;  1C6F A;  1WVU A;  3P65 A;  1CJ7 A;  1YL0 X;  3CDV A;  4XJH A;  1GPQ C;  2RBR A;  5B1G A;  4GN3 A;  5F81 A;  3TMV A;  1GB7 A;  1I1Z A;  3G3A B;  4NHQ A;  2DQC Y;  3QY4 A;  3A93 A;  1L40 A;  5FCP A;  2B7X A;  4XYY A;  1IWV A;  2LC9 A;  2LCB A;  1D2W A;  1UC0 A;  4GN4 A;  4N5R A;  1UID A;  4UWN A;  256L A;  212L A;  4A7D A;  4M6D A;  3A92 A;  1INU A;  5HNL A;  2OE7 X;  156L A;  1UIB A;  1LZ1 A;  1C6E A;  1L63 A;  1CVK A;  1L06 A;  225L A;  1LYF A;  239L A;  1NKH A;  3GUJ A;  3TMW A;  2HEB A;  198L A;  1JKC A;  1L73 A;  1CX6 A;  1L79 A;  4KPM A;  1LJ4 A;  1N4F A;  1QS9 A;  1L75 A;  1XFP L;  218L A;  5FDJ A;  1L72 A;  4PK0 A;  1WQN A;  2W1M A;  5M1Y A;  1IP7 A;  5I53 A;  1B6I A;  4LT1 A;  129L A;  5K7O A;  3SB7 A;  3DN8 A;  2B73 A;  1L93 A;  4H92 A;  1GF3 A;  1RFP A;  1QT6 A;  1LHJ A;  2DQG Y;  4RDS A;  3WL2 A;  1QSQ A;  1L36 A; 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