2MEHA

Contribution of hydrophobic effect to the conformational stability of human lysozyme
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQTNSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title Contribution of amino acid substitutions at two different interior positions to the conformational stability of human lysozyme
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 52
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1998-05-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2mehA00
1IR7A 5B07A 1AM7A 2CDSA 1D0KA 2D4JA 5E4PA 135LA 1D6QA 3EO5A 4H9IA 3A6BY 3QY4A 5HNLA 1C7PA 1CKHA 1AT5A 1CKDA 1RI8B 3AGHA 2HECA 2ZYCA 3WU7A 4BS7A 3TMXA 1OQMA 2YBLA 3AW7A 5B06A 1HENA 1JJ0A 4XJHA 1NMMA 1YAPA 1KXYA 2MEFA 3MGWA 4YM8A 1LJJA 3AW6A 4HTKA 1HFZA 1IP6A 1LMOA 1NDMC 1GB3A 3WW6A 4NHPA 1LZGA 2BQAA 1DQJC 1OUBA 1LKSA 3W6BA 4WG1A 1D9UA 3FI7A 2YBIA 4BAPA 4ANRA 3P64A 3LZ2A 1EQ5A 4NGJA 4LYOA 1GEZA 4HV2A 5A3EA 1NBYC 4B0DA 2EIZC 2YBNA 3P65A 3A67Y 2DQEY 4WM2A 4XENA 2LHMA 1FLYA 1GB9A 1LZRA 2EKSC 1IY3A 4TWSA 1LSNA 4M6DA 5LYMA 3TXDA 1HEOA 2H5ZA 4DC4A 1GF3A 4RW2A 1G7IC 1IP3A 4XJIA 1IP2A 3D3DA 4XN6A 1MELL 1BB6A 1OUGA 4KL7A 1EL1A 4ETCA 3LYOA 2FYCA 1FLWA 1LJEA 3TXEA 2MEDA 1HELA 1WQQA 4LYZA 2XTHA 4N5RA 1E8LA 132LA 4H94A 2MEEA 1XGQC 1IEEA 4NSJA 1LSGA 3W6EA 1JITA 1B7SA 5D5CA 1W6ZA 4ML7A 1JTPL 3B0KA 4H8ZA 2MECA 3A8ZA 4QDNA 1GBWA 1YL1X 4XJGA 4DT3A 5KXWA 3TMUA 3TXGA 2Z39A 4B49A 1GE0A 3HFMY 1IOSA 1I56A 4C5FA 1QUSA 1TBYA 3A92A 1IVMA 1NWGA 1UACY 2G4NA 194LA 1B5UA 1RJCB 1N4FA 4UWNA 1W08A 2Z19A 2H9KA 4E3UA 3WUMA 4NGIA 2ZQ3A 3WVYA 4G4HA 2ZNXY 3WL2A 4DD1A 2BQLA 1GB8A 1J1XY 1WTMA 1CJ7A 1B5VA 4G4BA 1F0WA 1IC7Y 1QSWA 5I54A 5IHGA 1TCYA 1VFBC 4NHQA 1BVKC 1LYOA 1O23A 3IJVA 5E9RA 5F16A 4WM1A 1WQPA 4LT0A 1HC0A 1LZDA 3A6CY 5B59A 1KIRC 1C43A 6LYZA 1GB0A 2D4IA 1LZBA 4KPMA 1GFUA 1GF7A 4OWEA 1T3PA 1IR8A 3QE8A 4H8YA 4TUNA 133LA 4HSFA 5I4WA 3D9AC 4N0JA 2HEAA 3RZ4A 4LT3A 2D4KA 2Z37A 1LSZA 3E3DA 1LSCA 4I0CA 4XJFA 1G7JC 4XYYA 1JSFA 4NHTA 3WU9A 3WXUA 2W1XA 3EBAB 1LHKA 1LMTA 1WQMA 2DQHY 1JKAA 4GN3A 1XEKA 1I1ZA 1T6VL 4NGWA 3WPKA 3A90A 1DKJA 4LT2A 4WM5A 1FBIX 1OUAA 4WG7A 4ZIXA 4WLTA 1IP5A 1REMA 208LA 5LA5A 1WVUA 1HEWA 3J6KA 3AZ5A 1LSFA 2BQDA 3CQLA 2Y8PA 5KXYA 4EMNA 3FE0A 4DD9A 1F10A 1UIFA 4ETAA 4N9RA 5LIOA 5LVKA 2BPUA 5KKJA 1IR9A 4OOTA 4PRUA 3W6DA 1FLUA 1IC5Y 1HSWA 4NSIA 5KXLA 2BLYA 1CJ6A 5F9XA 3WU8A 1H87A 1QUTA 2I6ZA 2XBRA 5F14A 5HQ1A 3GXRA 4NWHA 1LZ6A 1B7NA 3LYZA 1JHLA 4UWVA 1JIYA 4MR1A 4LFPA 1GFTA 1AT6A 2C8PA 5LVHA 4PHIA 1IOQA 1LMAA 1LJFA 1ZVYB 5AMYA 5B1FA 1QTKA 4PPOA 1B5XA 1QIOA 3A34A 1HSXA 5F81A 3J4GA 1LHMA 4WL6A 5EBHA 1NBZC 1I20A 1REYA 1LSYA 1BQLY 4NIJA 4PGJB 1NKHA 2MEAA 5B1GA 4R6CA 2W1LA 3W6CA 4L41A 4LYMA 3WH1A 1BB4A 3A93A 5FHWA 3WUAA 1D6PA 1BB3A 3F6ZA 2DQAA 4N1CC 4GN5C 1GBZA 4DYGA 4EOFA 1B7OA 1IWUA 1QQYA 2AUBA 4HTNA 1VAUA 4W96A 3RW8A 2I25L 3HBHA 3CT5A 4LYTA 4ET8A 3CSRA 4CFOA 1GFRA 4N1EI 4Z98A 5ILCA 2D91A 1UIBA 3WPLA 1QDRA 2W1MA 4KT3A 4I8SA 2BQMA 1EQEA 2DQGY 1FLQA 1WQRA 2Z18A 3OJPA 1XGTC 4OWBA 4IATA 1GFHA 2MEBA 1OUCA 4Z41A 5T3FA 1JTOL 4GCEA 4CHXA 2BQKA 3G3AB 2HEBA 4Z3MA 1JKBA 5FEKA 2ZILA 4G4CA 1GFVA 3AZ6A 1LZ4A 3BKHA 1GF8A 1GD6A 1DI5A 2HEDA 1UA6Y 1LZAA 2G4PA 4NFVA 4RW1A 3RU5A 1VDSA 3AB6A 2DQIY 4P2EA 4Z46A 1YKYX 4LYCA 5LAGA 3WVXA 1LSPA 1LMQA 3AGGG 3HBEX 4FDYA 4H91A 1GF0A 5KXKA 5LVGA 1IP1A 1IWYA 3P68A 4DD7A 3N9CA 4H9EA 3WUNA 1GFKA 3A91A 4GCCA 2FBDA 4GLVA 5APCA 4G9SA 4NGKA 4M4OA 4HP0A 1HF4A 4J7VA 5DN5A 3W6AA 1YROA 2F30A 1IY4A 4DD3A 1LZEA 5LA8A 1B5WA 1F6RA 4GLAA 4W94A 2F2NA 1CKCA 5IDDA 207LA 2A7FA 1LYSA 2BQOA 2HUBA 2FYDA 2CWIA 1HEQA 4GN4A 3WMKA 4PRQA 1OUHA 1OUIA 3TMWA 4HTQA 1NDGC 4H9CA 3ATNA 2BQCA 1GWDA 3N9EA 5LINA 2D6BA 3WULA 1JJ3A 1KIPC 1RFPA 3B6LA 1HERA 2DKVA 2EQLA 3ZEKA 1BGIA 3TXFA 4MCKA 3B0OA 5ILFA 4DDCA 5KXMA 4HJYA 3A94A 1GFEA 1H6MA 1LPIA 2IFFY 3TXBA 4NGVA 1IOCA 2BQJA 1GBXA 153LA 5LVJA 3N9AA 5D5FA 1JUGA 1XGUC 1B9OA 1SQ2L 5I5QA 5LXWA 5F9UA 1B7QA 1RE2A 1ZMYL 3ATOA 3AYQA 1C46A 1LJ3A 1YIKA 1BWHA 1HHLA 1IWTA 2DBTA 5FSTA 1DI4A 4IJ4A 3A3QA 3RNXA 1TDYA 1HMKA 4XJDA 1GB7A 1JISA 4NHSA 1JTTL 4YEOA 2RSCA 4YEMA 1QSAA 1GE1A 1ZV5L 3EMSA 4NGZA 5HNCA 154LA 4NSHA 4OWAA 1LJNA 1LSEA 2IHLA 1FDLY 5KXNA 4NY5A 5HMJA 3TXIA 1UC0A 4U3XB 3TXJA 1IP4A 1GBYA 1KXWA 1A2YC 2BLXA 2HU3A 3ZVQB 1PS5A 5HMVA 4J0LA 1HFYA 1UICA 4A7DA 2DQDY 3WPJA 1PZYA 2EPEA 2Z2EA 1LOZA 4H92A 2Z2FA 1LJIA 4H9BA 1VDPA 2LYMA 2ZIJA 1G7LC 1LHJA 2Q0MX 4TTDA 3AZ4A 1F6SA 4H93A 2YBHA 4LFXA 5JENB 1IWZA 4C3WA 2ZIKA 1B5ZA 3WXTA 1LHLA 4WM3A 4AGAA 1AKIA 1GAYA 5L9JA 4WLDA 2DQJY 1LMNA 1B5YA 1IX0A 1UIDA 4WLYA 3OK0A 3ZVQA 1B0DA 1LSBA 3AJNA 4UWUA 5DL9A 1DPXA 1IORA 1XFPL 8LYZA 1NQIA 1LYYA 3HBDA 4RLNA 5KKIA 1GF5A 2Z38A 3P4ZA 3VWOA 5II3A 1KIQC 3EXDA 1JPOA 1JKCA 1LKRA 4H90A 4WM6A 1IO5A 1B7LA 1DPWA 1GF4A 193LA 2A7DA 1HEMA 2B5ZA 5KXXA 1JSEA 1IOTA 2CGIA 2F4GA 3CSZA 4G49A 4HPIA 1SLYA 4HV1A 4QEQA 5C6IA 1LJKA 1OUJA 4N8ZA 1JEFA 1LHHA 3B72A 5C6JA 4YF2A 3LHMA 2I26L 3IWRA 1VDQA 4NGLA 1P2CC 1D0LA 3LZTA 1GF9A 4AXTA 4HJZA 4IASA 4B4JA 5KJ9A 1LZ5A 1LZTA 4J1AA 5KXTA 2HTXA 3AZ7A 4NGYA 4ETEA 1UUZC 2HEEA 1HNLA 1VEDA 1B7MA 1BHZA 2BAAA 2BQIA 2NWDX 4J1BA 1Z55A 1IIZA 1C45A 2Z12A 4YENA 5KXRA 2W1YA 1WQOA 1LZYA 3M18B 4R0FA 4WOAA 4WL7A 5FCPA 4NGOA 2HEFA 4H8XA 4ZEEA 4MSTA 4YOPA 1LMCA 1REXA 5LYZA 4DWXA 1YAOA 1GXV2 2BQEA 4DD2A 1JJ1A 4WO6A 3W6FA 4D9ZA 2MEIA 4DDAA 1B7RA 4CGEA 1FKQA 1YILA 2WARA 5FDJA 5B05A 2BQBA 2FBBA 1YL0X 2YVBA 4RLMA 1GF6A 1KXXA 1GDXA 1GDWA 2ZNWY 1B7PA 4WLXA 1YKXX 5DN4A 1OUFA 3CT0A 1GB6A 4ETDA 1IWVA 3LYTA 1YQVY 4II8A 2F4AA 4DD0A 1HEPA 1TAYA 2YDGA 1QTEA 1BWIA 4LZTA 1VATA 1JKDA 4TSBA 1GFGA 1YAMA 2MEHA 5KY1A 1JWRA 3K3TA 4QY9A 4HPEA 2BQNA 3AGIA 4H1PA 4HJVA 4NWEA 1MLCE 1QDTA 1YANA 4H9FA 1ALCA 1GEVA 1IWWA 1LHIA 1INUA 1LMPA 1XEIA 3LN2A 4H9AA 4LGKA 4XJBA 3QNGA 1FKVA 1UIGA 4BADA 3BKVA 1LZCA 3CT1A 4NHIA 5C6LA 1BB5A 1A4VA 1DKKA 5KXSA 5I4XA 2YBMA 4GCFA 1BB7A 4NG8A 4B4EA 3A96A 2XJWA 1LCNA 1G7MC 2H9JA 2ZYPA 1LSMA 5LYTA 1ZVHL 1LYZA 4BAFA 1GBSA 3WW5A 4TSCA 1IWXA 2BQFA 2LZTA 5J7CA 1XGRC 1OP9B 3SP3A 4ZFPA 4QGZA 1LZ8A 5APEA 4OWCA 1YAQA 1NHEA 3GXKA 2DQFC 5A3ZA 3KAMA 1LSAA 1V7TA 3A3RX 1LZ1A 4WM4A 4OW1A 1EQ4A 1J1PY 1LSDA 1LTMA 3WYHA 1CJ9A 4PJ2C 2X0AA 1C10A 2ZWBA 1G7HC 4FJRA 1CJ8A 3B0IA 6LYTA 5L3IA 2DQCY 4KXIA 5KXOA 1GPQC 2XBSA 4ET9A 4OOOA 4NG1A 1J1OY 5DM9A 1BVXA 2LYZA 1LAAA 1LZSA 1UIEA 2YBJA 3A95A 4LT1A 2MEGA 1GE4A 4OWHA 1OUDA 5KXZA 5LVIA 7LYZA 4CJ2A 2CJLA 2GV0A 1AZFA 1LJHA 1GHLA 1GE2A 4DDBA 5I4YA 1LZNA 2LYOA 3M3UA 3CSQA 2HU1A 4LYBA 3P66A 3TMVA 1CKGA 1D0MA 1GFJA 1REZA 3CB7A 1HFXA 3T36A 3ULRA 4B1AA 2BQHA 1GB2A 5I53A 5FELA 5APDA 1C08C 1GXXA 1DXJA 1NF5A 1VDTA 2LZ2A 5DLAA 1GB5A 1UIHA 1OUEA 3IJUA 4GCDA 134LA 1BWJA 4ETBA 1TEWA 5K7OA 2VB1A 1WQNA 2PC2A 4H9HA 1RCMA 1UBZA 2N5ZA 2YSSC 4TX7A 5L3HA 3TXHA 1FN5A 3LYMA 1LJGA 5APFA 1CNSA 2BQGA 1YKZX 4B4IA 3TXKA 1DZBX 1IC4Y 1CKFA 1GAZA 4X3BA 1LJ4A 3G3BB 5KXPA 1HMLA 1UCOA 1XSFA 2ZQ4A 1WVVA 4RDSA 4CFPA 5IELA 1IP7A 1B2KA 2G4QA 9LYZA 4O34A 1GE3A 4NEBA 2C8OA 4XADA 4NSGA 1GFAA 4GCBA 1UIAA 1DI3A 5M1YA 1WTNA 3T6UA 4WO9A 5HLLA 3RT5X 1V7SA 3W3EA 1XEJA 5LAFA 1XGPC 4WMGA 1LZ9A 1GBOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QY4A 5HNLA 152LA 2ZYCA 1KW5A 1NMMA 3MGWA 1P56A 1LJJA 3AW6A 1SWYA 1HFZA 1GB3A 3WW6A 1CV0A 1OUBA 3W6BA 4WG1A 1T8FA 4ANRA 2F2QA 4B0DA 2EIZC 2YBNA 2DQEY 4WM2A 2LHMA 1FLYA 1GB9A 2H5ZA 1GF3A 4RW2A 4XJIA 178LA 4XN6A 1OUGA 1EL1A 3LYOA 2FYCA 3FA0A 1L01A 1LJEA 188LA 175LA 1JITA 1B7SA 1QTZA 1LGUA 4ML7A 1DYFA 4I7KA 4H8ZA 4QDNA 229LA 224LA 1L70A 1YL1X 119LA 4B49A 1GE0A 1I56A 4C5FA 1L02A 1QUSA 3A92A 1IVMA 1UACY 194LA 1B5UA 1RJCB 2Z19A 210LA 256LA 1J1XY 4AQNA 1QSWA 5I54A 3HT6A 5IHGA 1LYOA 1O23A 5E9RA 4LT0A 1CV4A 5B59A 1G07A 1GF7A 1T3PA 3QE8A 4TUNA 174LA 2D4KA 2Z37A 1LSZA 125LA 1LSCA 4W51A 1G7JC 3DMZA 4NHTA 3EBAB 3DN0A 1LHKA 2DQHY 1I1ZA 1T8GA 192LA 1DYBA 3A90A 157LA 4LT2A 4ZIXA 4WLTA 1WVUA 245LA 3AZ5A 1LSFA 2Y8PA 5KXYA 4EMNA 3FE0A 3FI5A 219LA 113LA 1CX6A 1UIFA 4ZPUA 4N9RA 3SBBC 1IC5Y 2BLYA 1L15A 1CJ6A 6LZMA 1H87A 103LA 2XBRA 5F14A 1G06A 4MR1A 205LA 1GFTA 1KY1A 1IOQA 1LMAA 1LJFA 1ZVYB 1QTHA 5AMYA 5B1FA 4OO9A 1C67A 3VW7A 1QUGA 1REYA 126LA 4PGJB 2Z6BA 4R6CA 1LYEA 1D6PA 1LGWA 2RAZX 1B7OA 3HBHA 3CT5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1IR7 A;  5B07 A;  1AM7 A;  2CDS A;  1D0K A;  2D4J A;  5E4P A;  135L A;  1D6Q A;  3EO5 A;  4H9I A;  3A6B Y;  3QY4 A;  5HNL A;  1C7P A;  1CKH A;  1AT5 A;  1CKD A;  1RI8 B;  3AGH A;  2HEC A;  2ZYC A;  3WU7 A;  4BS7 A;  3TMX A;  1OQM A;  2YBL A;  3AW7 A;  5B06 A;  1HEN A;  1JJ0 A;  4XJH A;  1NMM A;  1YAP A;  1KXY A;  2MEF A;  3MGW A;  4YM8 A;  1LJJ A;  3AW6 A;  4HTK A;  1HFZ A;  1IP6 A;  1LMO A;  1NDM C;  1GB3 A;  3WW6 A;  4NHP A;  1LZG A;  2BQA A;  1DQJ C;  1OUB A;  1LKS A;  3W6B A;  4WG1 A;  1D9U A;  3FI7 A;  2YBI A;  4BAP A;  4ANR A;  3P64 A;  3LZ2 A;  1EQ5 A;  4NGJ A;  4LYO A;  1GEZ A;  4HV2 A;  5A3E A;  1NBY C;  4B0D A;  2EIZ C;  2YBN A;  3P65 A;  3A67 Y;  2DQE Y;  4WM2 A;  4XEN A;  2LHM A;  1FLY A;  1GB9 A;  1LZR A;  2EKS C;  1IY3 A;  4TWS A;  1LSN A;  4M6D A;  5LYM A;  3TXD A;  1HEO A;  2H5Z A;  4DC4 A;  1GF3 A;  4RW2 A;  1G7I C;  1IP3 A;  4XJI A;  1IP2 A;  3D3D A;  4XN6 A;  1MEL L;  1BB6 A;  1OUG A;  4KL7 A;  1EL1 A;  4ETC A;  3LYO A;  2FYC A;  1FLW A;  1LJE A;  3TXE A;  2MED A;  1HEL A; 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 1CJ9 A;  4PJ2 C;  2X0A A;  1C10 A;  2ZWB A;  1G7H C;  4FJR A;  1CJ8 A;  3B0I A;  6LYT A;  5L3I A;  2DQC Y;  4KXI A;  5KXO A;  1GPQ C;  2XBS A;  4ET9 A;  4OOO A;  4NG1 A;  1J1O Y;  5DM9 A;  1BVX A;  2LYZ A;  1LAA A;  1LZS A;  1UIE A;  2YBJ A;  3A95 A;  4LT1 A;  2MEG A;  1GE4 A;  4OWH A;  1OUD A;  5KXZ A;  5LVI A;  7LYZ A;  4CJ2 A;  2CJL A;  2GV0 A;  1AZF A;  1LJH A;  1GHL A;  1GE2 A;  4DDB A;  5I4Y A;  1LZN A;  2LYO A;  3M3U A;  3CSQ A;  2HU1 A;  4LYB A;  3P66 A;  3TMV A;  1CKG A;  1D0M A;  1GFJ A;  1REZ A;  3CB7 A;  1HFX A;  3T36 A;  3ULR A;  4B1A A;  2BQH A;  1GB2 A;  5I53 A;  5FEL A;  5APD A;  1C08 C;  1GXX A;  1DXJ A;  1NF5 A;  1VDT A;  2LZ2 A;  5DLA A;  1GB5 A;  1UIH A;  1OUE A;  3IJU A;  4GCD A;  134L A;  1BWJ A;  4ETB A;  1TEW A;  5K7O A;  2VB1 A;  1WQN A;  2PC2 A;  4H9H A;  1RCM A;  1UBZ A;  2N5Z A;  2YSS C;  4TX7 A;  5L3H A;  3TXH A;  1FN5 A;  3LYM A;  1LJG A;  5APF A;  1CNS A;  2BQG A;  1YKZ X;  4B4I A;  3TXK A;  1DZB X;  1IC4 Y;  1CKF A;  1GAZ A;  4X3B A;  1LJ4 A;  3G3B B;  5KXP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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