2OU0X

1-methylpyrrole in complex with t4 lysozyme l99a
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Predicting absolute ligand binding free energies to a simple model site.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2007-02-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2ou0X00
1L75A 3HH6A 1QTDA 1DYGA 242LA 1LGUA 2B75A 119LA 2HUKA 3HT7A 2Q9DA 1G0GA 1P46A 1QT5A 3HU8A 1L12A 1EPYA 1XEPA 3V2YA 168LA 5I14A 244LA 112LA 1L01A 1T8GA 1ZYTA 1L37A 2OE9X 3C7ZA 4EKQA 3DMXA 4I7KA 4I7NA 1LYGA 1T8AA 1C69A 240LA 227LA 1LYEA 2A4TA 2RBRA 1SX7A 1L72A 3PBLA 7LZMA 2F47A 1L82A 4OO9A 1L77A 2B72A 141LA 2RAYX 197LA 107LA 1LYJA 1L99A 1XJUA 3C80A 1L24A 257LA 3DN6A 151LA 249LA 1D2WA 4I7QA 1L09A 1L18A 1OVHA 3SB9A 3HUKA 3GUIA 1L61A 118LA 1C6BA 1KS3A 1L33A 1SSYA 248LA 1PQMA 126LA 3GUMA 109LA 5LZMA 4W53A 1QSBA 4I7RA 1L95A 173LA 4LZMA 1C6NA 1L87A 2OU8A 125LA 1L40A 3DN3A 1L94A 3HT8A 1L73A 4GRVA 180LA 1LLHA 1QTZA 1LPYA 139LA 225LA 3HUAA 1C6PA 260LA 1G1VA 1OWYA 169LA 1T97A 222LA 164LA 2RBSA 230LA 177LA 211LA 1C65A 145LA 1P56A 1L03A 255LA 190LA 1C6TA 1D3NA 4DAJA 210LA 2B6YA 1D3FA 1L00A 1C6LA 2IGCA 245LA 4AQNA 1L65A 3SBBC 3GUJA 3G3VA 1C6KA 2RBPA 1QSQA 3LZMA 1P6YA 1L10A 1CU0A 156LA 160LA 3CDOA 1G0KA 162LA 3G3WA 4W55A 1L20A 1QT6A 178LA 2LZMA 1LYDA 1L71A 1PQOA 1L48A 1CV5A 4YXCA 3FA0A 174LA 1L16A 3RUNA 1B6IA 1L67A 1SX2A 231LA 254LA 2B6ZA 1OV5A 4ARQA 1LWKA 2RBOA 4LDEA 4E97A 4W54A 4W58A 229LA 1L56A 131LA 3JR6A 3CDQA 1L25A 2B7XA 226LA 1C6IA 1QTVA 3DKEX 3HUQA 1ZWNA 1SWZA 1G1WA 1L85A 3CDRA 3HT6A 1L57A 1L66A 120LA 1L79A 2HUMA 1LYHA 111LA 3HH5A 3DN8A 2QB0B 213LA 3OE0A 3V2WA 1L02A 3C7YA 1LGWA 4ARMB 191LA 183LA 176LA 4ARLA 2RH1A 1LYIA 1L62A 228LA 223LA 4ZPUA 3SBAA 1QTCA 167LA 243LA 1DYDA 1C6MA 261LA 4I7TA 1L23A 1CV6A 3DN0A 3C7WA 3SB8A 1C6JA 2NTHA 3F9LA 1P7SA 4I7LA 1L51A 1L30A 1G0JA 3DN1A 159LA 1DYBA 172LA 1I6SA 2F2QA 3DN2A 1L80A 196LA 3K2RA 1C6CA 1P64A 1L81A 130LA 1C6EA 3G3XA 3C8SA 1L21A 4I7SA 1TLAA 241LA 3HTGA 3NY8A 2OTZX 1L07A 1WTHA 3D4SA 1KW7A 224LA 1C67A 1LWGA 238LA 128LA 3L64A 3NY9A 1OVKA 201LA 1OVJA 252LA 1K28A 219LA 2CUUA 1L19A 4LDLA 235LA 1L50A 1CV0A 1JTNA 1L58A 1L0KA 4DJHA 233LA 232LA 1L42A 4PK0A 1L63A 1L46A 2O79A 259LA 216LA 3HU9A 2QARC 195LA 1QTBA 108LA 1T8FA 2LC9A 1L35A 3GUKA 3ODUA 122LA 1T6HA 1D9WA 1L49A 1CV4A 1L41A 1P37A 103LA 1QUGA 3NYAA 256LA 1L89A 1C63A 4I7PA 2RB0X 163LA 189LA 4EKPA 1QS9A 1CUPA 2RBNA 1L28A 2OE4X 3CDTA 4W59A 4W51A 3DN4A 1LI2A 1L26A 3GUNA 1L15A 114LA 1QS5A 4YXAC 155LA 182LA 4EKRA 2L78A 1QUOA 3HT9A 1L86A 1L91A 4ARPA 1KY1A 198LA 1L17A 1G0PA 1L43A 113LA 247LA 170LA 1D3MA 1C6GA 1PQKA 1DYCA 3HWLA 3F8VA 1CU3A 236LA 187LA 2OE7X 1G06A 3FI5A 188LA 1QTHA 1SWYA 4S0WA 1L04A 234LA 239LA 1PQIA 1PQJA 1L76A 3UONA 6LZMA 1G07A 4EPFA 184LA 1CUQA 1L14A 251LA 1L53A 3C81A 3SN6R 1DYAA 1P3NA 1L64A 3C8QA 2B6TA 1L32A 1L11A 192LA 237LA 1L36A 1JTMA 1L22A 181LA 3L2XA 1L92A 3SB7A 1L55A 3SB6A 1P2LA 4IAPA 4GBRB 1ZURA 221LA 1DYEA 1L60A 1L27A 1L06A 2RAZX 102LA 129LA 127LA 149LA 4ARMA 4EXMA 4PJZA 4LDOA 104LA 3GUOA 215LA 3C8RA 1C6HA 4I7MA 2ANXA 1LI3A 3HDFA 3HTBA 1L98A 4W56A 1C62A 146LA 1OYUA 1CTWA 185LA 1XJTA 200LA 1L39A 1C66A 1L90A 250LA 4I7OA 3HTFA 1L68A 148LE 186LA 140LA 3GUPA 1L45A 2ANVA 1L83A 3C83A 4I7JA 4EPIA 1L52A 1L08A 1L31A 199LA 1G0MA 1C64A 1L84A 3CDVA 1CX6A 3C82A 4EKSA 2RBQA 171LA 1CV3A 1L44A 3SB5A 2NTGA 1L13A 1DYFA 253LA 1D2YA 217LA 2O4WA 4W57A 1L97A 110LA 137LA 1CV1A 1L96A 1QT8A 1C61A 150LA 1L70A 3OE8A 4ARJA 1CU6A 1QT7A 1PQDA 1L34A 2OEAX 1C6FA 1CU5A 138LA 1L69A 1L74A 1LI6A 3HH4A 2B74A 1C6AA 2B70A 1C6QA 212LA 1CU2A 143LA 4EJ4A 205LA 3FADA 1L88A 2B6XA 1D3JA 165LA 175LA 1OWZA 3DMVA 1G0LA 1SSWA 1KW5A 206LA 214LA 2B6WA 144LA 1G0QA 2O7AA 1L29A 3HTDA 209LA 147LA 1L05A 1L38A 161LA 3GULA 1P5CA 1KNIA 4K5YA 1L93A 258LA 220LA 2OU0X 1OV7A 142LA 3HH3A 1C60A 3VW7A 1QUHA 3QAKA 1CVKA 1P36A 3EMLA 115LA 123LA 3HDEA 3OE9A 152LA 1LW9A 1QT4A 3DNAA 1NHBA 3PDSA 4ARQB 1CX7A 262LA 3RZEA 1P2RA 1JQUA 1L54A 3DMZA 2F32A 1L0JA 1L59A 4YX7C 246LA 1C68A 2B73A 158LA 218LA 4DKLA 1KY0A 2Q9EA 1LYFA 1C6DA 1QT3A 2LCBA 166LA 2HULA 2Z6BA 3OE6A 2RB2X 1QUDA 1LGXA 2OU9A 1L47A 2RB1X 157LA 4W52A 2OTYX
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4Z98A 1L75A 3HH6A 2B75A 4NGKA 2F30A 4ML7A 1NDMC 2H9KA 1G0GA 1GF8A 4NGJA 1L12A 1JKBA 1LSGA 2G4QA 3CQLA 4J1BA 1F10A 3DMXA 4N1CC 4WL6A 3QE8A 240LA 1NWGA 4YF2A 1HEPA 2RBRA 3WXTA 1GFTA 5L9JA 1GWDA 4OO9A 1L77A 2B72A 4ET9A 197LA 1HMKA 107LA 1TEWA 257LA 3AZ4A 1GB3A 4DD3A 3TXJA 1DXJA 1GF7A 1L09A 3WUAA 1HFXA 1HSXA 1GB2A 1SSYA 1LJHA 248LA 4H9HA 3GUMA 126LA 5APFA 4LT0A 3AYQA 1REZA 4I8SA 125LA 1L40A 3DN3A 5KKIA 1CKCA 3HT8A 180LA 3A6CY 3HUAA 139LA 1LZGA 2AUBA 260LA 3FE0A 4LT1A 1OWYA 5EBHA 1T97A 1OUCA 177LA 4OOOA 3M3UA 1P56A 255LA 1LHHA 1GE1A 2B6YA 1D3FA 1L00A 1HERA 4N8ZA 3P4ZA 5HNLA 1GB7A 1OUBA 3LZMA 1P6YA 3TXKA 1CU0A 2BQKA 3CDOA 5KY1A 1QDRA 5M1YA 1VEDA 1B7SA 3AW7A 1EQEA 5I4YA 4B49A 5F16A 1L16A 2X0AA 5DN5A 3RUNA 3AJNA 4RW2A 1L67A 231LA 1IP6A 1OV5A 4YEOA 1GE3A 1HEWA 3J6KA 1UIBA 3B72A 4LDEA 4W58A 1IR7A 3JR6A 2I25L 5LVHA 3CDQA 1C6IA 1ZWNA 1SWZA 3LYMA 3ATNA 3ZEKA 2G4PA 2LYZA 2ZIJA 1L66A 120LA 1IP2A 1D9UA 1KIPC 1JTPL 2H9JA 3E3DA 2Z12A 4ETBA 1GFAA 4OWCA 5KXLA 4H1PA 4ZPUA 1I20A 4I7TA 261LA 2CJLA 1L23A 1H87A 1REXA 3SB8A 1JJ3A 3TXBA 1JKDA 3F9LA 5D5FA 1CKGA 3DN1A 1DYBA 2MEBA 3K2RA 3QNGA 4NHTA 2GV0A 1L81A 4H9CA 1HMLA 4H9AA 4HP0A 3G3AB 3NY8A 2IHLA 1F0WA 238LA 3RW8A 1J1XY 3IWRA 1PS5A 4XJHA 1BB4A 4LYMA 1PZYA 3WUNA 2H5ZA 1W08A 219LA 4UWVA 2CUUA 3OJPA 1KXWA 235LA 5I54A 1JTNA 4HTKA 1BWHA 1IP1A 4CJ2A 1L58A 1L0KA 1JISA 3W6DA 4DJHA 1B0DA 5K7OA 3J4GA 1YAQA 1L63A 1LJ4A 216LA 2QARC 2DQCY 195LA 1FKVA 1T8FA 1ZVYB 4KL7A 3B6LA 1L49A 1GFUA 1DQJC 1BB3A 4LFXA 1GF5A 1TCYA 2MEDA 1RFPA 1QS9A 1UICA 1L28A 2OE4X 4W51A 3DN4A 1LI2A 1L26A 5A3ZA 1QS5A 1JUGA 1FBIX 1QUOA 1UIHA 2XQOA 1OUDA 4ARPA 2XBRA 1KY1A 6LYTA 1B5XA 2BQHA 2BQBA 1IWZA 1GF4A 1LCNA 1FLQA 1PQKA 4H9IA 1G7HC 5LVIA 187LA 2OE7X 4KXIA 4S0WA 1L04A 1WQMA 1HF4A 1PQJA 3WW5A 184LA 1XFPL 1CUQA 1DYAA 1L32A 5LVJA 237LA 1L36A 3SB7A 2HEFA 1LTMA 4IAPA 1V7TA 3VWOA 2BQCA 1GBSA 2RAZX 4LT2A 154LA 4ARMA 4PJZA 4LDOA 104LA 5FEKA 3C8RA 2I6ZA 1C6HA 1JJ0A 1GF6A 1LI3A 1GDWA 1LYOA 5E4PA 3WPLA 4IASA 2Z38A 1IVMA 1C66A 3A91A 1L90A 4AGAA 1L45A 2ANVA 4EPIA 1L31A 1JHLA 1C64A 1I1ZA 4Z41A 1INUA 1JITA 1L13A 1YILA 1IP7A 2DKVA 1D2YA 2Z19A 4QGZA 5IHGA 4LFPA 4W57A 110LA 3ATOA 1L96A 1WVVA 1QT8A 1UIAA 3OK0A 4XN6A 1JPOA 4HSFA 3HBEX 3HBHA 1LSCA 5F14A 1CU5A 1IWTA 1L74A 4R6CA 3HH4A 1C6AA 212LA 4EJ4A 2ZYPA 1WQOA 175LA 1I56A 1LMNA 206LA 1G0QA 1UC0A 2ZQ3A 147LA 1L38A 2MEEA 1KNIA 4TX7A 3A94A 2OU0X 1LZYA 1IOQA 1P36A 1GE4A 1CJ8A 5LYMA 3P64A 3N9CA 3PDSA 4ARQB 262LA 1VDQA 3DMZA 4H9BA 4RLNA 4A7DA 1VDTA 4CHXA 246LA 4G9SA 158LA 4NSHA 1LMQA 4ET8A 5KXMA 4DKLA 1C6DA 1QT3A 2LCBA 1T3PA 1DI3A 3IJUA 1LGXA 2RB1X 4W52A 1YROA 9LYZA 1QTDA 1DYGA 242LA 1LGUA 119LA 3HT7A 1GEVA 1GFRA 1IWUA 1EPYA 1WQPA 2BQAA 1LZ9A 3V2YA 244LA 2PC2A 4LZTA 1ZYTA 2OE9X 4I7KA 2Y8PA 5FSTA 1T8AA 1DI4A 2A4TA 3B0IA 5LIOA 1B5VA 3T36A 1HNLA 3DN6A 1IR9A 2D4JA 1D2WA 1IWXA 3GXKA 2CWIA 5B06A 1AT6A 4GCBA 4DD2A 3GUIA 2EQLA 4NSIA 3TMWA 5ILFA 1KS3A 1L33A 4L41A 5LZMA 1QSBA 4I7RA 4LYCA 2DQGY 1C6NA 1J1PY 1GDXA 1LKSA 4GLAA 3EMSA 4OWAA 3AW6A 2MECA 4OWBA 1LPYA 225LA 1LHKA 2RBSA 230LA 1XGUC 1LZ5A 4NG1A 5J7CA 145LA 3A93A 3ZVQA 1C6TA 4LYBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4Z98 A;  1L75 A;  3HH6 A;  2B75 A;  4NGK A;  2F30 A;  4ML7 A;  1NDM C;  2H9K A;  1G0G A;  1GF8 A;  4NGJ A;  1L12 A;  1JKB A;  1LSG A;  2G4Q A;  3CQL A;  4J1B A;  1F10 A;  3DMX A;  4N1C C;  4WL6 A;  3QE8 A;  240L A;  1NWG A;  4YF2 A;  1HEP A;  2RBR A;  3WXT A;  1GFT A;  5L9J A;  1GWD A;  4OO9 A;  1L77 A;  2B72 A;  4ET9 A;  197L A;  1HMK A;  107L A;  1TEW A;  257L A;  3AZ4 A;  1GB3 A;  4DD3 A;  3TXJ A;  1DXJ A;  1GF7 A;  1L09 A;  3WUA A;  1HFX A;  1HSX A;  1GB2 A;  1SSY A;  1LJH A;  248L A;  4H9H A;  3GUM A;  126L A;  5APF A;  4LT0 A;  3AYQ A;  1REZ A;  4I8S A;  125L A;  1L40 A;  3DN3 A;  5KKI A;  1CKC A;  3HT8 A;  180L A;  3A6C Y;  3HUA A;  139L A;  1LZG A;  2AUB A;  260L A;  3FE0 A;  4LT1 A;  1OWY A;  5EBH A;  1T97 A;  1OUC A;  177L A;  4OOO A;  3M3U A;  1P56 A;  255L A;  1LHH A;  1GE1 A;  2B6Y A;  1D3F A;  1L00 A;  1HER A;  4N8Z A;  3P4Z A;  5HNL A;  1GB7 A;  1OUB A;  3LZM A;  1P6Y A;  3TXK A;  1CU0 A;  2BQK A;  3CDO A;  5KY1 A;  1QDR A;  5M1Y A;  1VED A;  1B7S A;  3AW7 A;  1EQE A;  5I4Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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