2OU0X

1-methylpyrrole in complex with t4 lysozyme l99a
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Predicting absolute ligand binding free energies to a simple model site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2007-02-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2ou0X00
1C6KA 138LA 1PQKA 1KS3A 2LZMA 1SX2A 146LA 3DMVA 1L48A 108LA 1OVJA 3HU9A 1L67A 1D9WA 2O7AA 144LA 1SSYA 2B6YA 234LA 3C7ZA 3HH4A 198LA 1DYBA 3CDTA 254LA 102LA 122LA 246LA 1L87A 1WTHA 139LA 1QTDA 1C67A 2ANXA 4OO9A 186LA 4I7LA 127LA 1SWZA 1L00A 247LA 206LA 4W52A 1P37A 2OU0X 3HUKA 1G06A 1CUQA 1D3NA 1L86A 1KW5A 2RB0X 3C8QA 4LZMA 3DN2A 201LA 174LA 1QUHA 240LA 252LA 4EPIA 130LA 1L20A 2RB2X 1C6PA 2OE4X 3C81A 3DMXA 1DYFA 156LA 4EJ4A 1LYFA 3RUNA 232LA 1C69A 1L47A 3NY9A 1L15A 3DN0A 228LA 2F32A 4S0WA 107LA 4GBRB 1CX6A 1QUDA 1JTNA 3OE9A 3HDEA 1OV7A 187LA 3NY8A 1LGUA 1CU5A 1L0KA 229LA 3G3VA 172LA 1C65A 2QARC 1C6IA 173LA 123LA 1NHBA 1L22A 2Q9EA 1L10A 175LA 210LA 1L42A 209LA 3OE8A 250LA 4LDEA 1L75A 1QT7A 1L29A 3VW7A 243LA 1QUGA 1L92A 110LA 119LA 1QTHA 4W53A 4W59A 1D2YA 1C6AA 2RAYX 3GUOA 4I7PA 1T97A 4ARQB 4W51A 1DYCA 2O4WA 3UONA 3HTFA 1L27A 1OV5A 3ODUA 4ARQA 147LA 3D4SA 131LA 1CV1A 3HT9A 1OWYA 182LA 3GUPA 1D3FA 151LA 118LA 1QUOA 3L2XA 1JTMA 1T8FA 241LA 1L38A 1L06A 3G3WA 2OTZX 1D3MA 1L83A 3C80A 3LZMA 3RZEA 164LA 242LA 2IGCA 143LA 1P6YA 4EXMA 1L72A 158LA 1C6CA 191LA 1L12A 168LA 1T6HA 205LA 1C6NA 112LA 1LGXA 4E97A 1JQUA 1PQIA 1P2RA 185LA 1I6SA 4I7MA 1SX7A 1L85A 1CTWA 1L71A 3F9LA 1L21A 1P7SA 4W58A 221LA 189LA 1CU0A 3CDQA 3JR6A 157LA 195LA 1CUPA 3CDOA 1L51A 1P5CA 4DJHA 1G0QA 1L31A 2B6XA 1L41A 1P46A 3NYAA 3SB6A 1L91A 1L66A 259LA 2QB0B 149LA 1CV4A 3HDFA 4EKPA 137LA 1QS5A 1L46A 1XJUA 4LDLA 1G0JA 3V2YA 4ARMB 4EPFA 1C6FA 220LA 4I7JA 1D3JA 1G0PA 1L44A 262LA 3HTBA 155LA 1L05A 1L45A 184LA 1L37A 1KY1A 152LA 1C6TA 3OE6A 104LA 3SB7A 3DKEX 1L39A 1CU3A 1L70A 1L58A 1L56A 1L01A 2B74A 2OU9A 111LA 3HU8A 3HTDA 1CU6A 3SN6R 213LA 1G1WA 1L09A 3GULA 1LI3A 2RAZX 255LA 3L64A 4YX7C 1L13A 2OE9X 1L90A 1L35A 1L57A 1C64A 1L96A 176LA 1B6IA 1L82A 1C66A 2B7XA 3OE0A 4EKRA 1L63A 3K2RA 197LA 2CUUA 1C6MA 1LYEA 1OWZA 217LA 1L74A 226LA 2LC9A 1L14A 2B6ZA 2RH1A 1CX7A 3SBAA 1G0MA 3HH6A 6LZMA 245LA 1C62A 1QT4A 3G3XA 1G0LA 3SB9A 1ZYTA 160LA 1P2LA 235LA 4YXAC 3SB5A 162LA 1L03A 223LA 4IAPA 4DKLA 3HH5A 4I7QA 161LA 3PBLA 1ZWNA 4ARJA 233LA 1LYGA 2A4TA 1KY0A 2B72A 2Q9DA 4GRVA 3EMLA 1KW7A 2F47A 1CVKA 1P3NA 237LA 3HTGA 1L73A 248LA 1L50A 180LA 1C6QA 1L69A 4W57A 1L36A 1L60A 1L0JA 239LA 3F8VA 1L99A 1C6HA 3C7YA 1KNIA 3HWLA 1L08A 1LYHA 3DN6A 1L18A 142LA 1QT6A 3FI5A 165LA 2RBPA 257LA 196LA 1DYAA 1P56A 3SBBC 1LW9A 1LLHA 3C7WA 3HUQA 1C61A 1L77A 1L61A 1QTBA 238LA 1L19A 4I7KA 4PJZA 1L62A 1P36A 3GUNA 1CV0A 1G0GA 167LA 1L07A 3HT6A 231LA 214LA 113LA 260LA 1T8AA 1L26A 1L32A 140LA 4DAJA 1LYIA 1TLAA 4I7RA 1C60A 261LA 1PQOA 224LA 150LA 4PK0A 1L59A 1QTZA 199LA 4LDOA 1SSWA 159LA 1L79A 1L97A 227LA 4I7OA 1QT5A 1C6EA 2B70A 1QT3A 1L11A 1L80A 1L17A 3HT7A 1LWKA 1G0KA 2B6TA 2LCBA 4K5YA 4ARMA 2RBQA 4I7NA 128LA 1OVHA 200LA 3DMZA 4ZPUA 1L94A 1LWGA 1G07A 163LA 183LA 3PDSA 4W55A 1C6LA 188LA 126LA 181LA 4YXCA 4W54A 215LA 190LA 3C8RA 3HT8A 120LA 1L28A 171LA 1DYGA 1L84A 1P64A 1C6JA 3GUIA 178LA 7LZMA 1D2WA 3HUAA 1L23A 1ZURA 1L53A 211LA 3DN1A 145LA 1L25A 1L34A 1L64A 3CDRA 2Z6BA 141LA 1C6DA 1LYJA 1CV5A 2ANVA 5I14A 4EKSA 2NTHA 1K28A 1L52A 1L93A 225LA 3GUKA 1PQDA 1L88A 2RBNA 1LI6A 2RBRA 4ARPA 1CV6A 219LA 236LA 3DN4A 1L49A 1SWYA 2HUKA 4I7TA 3C8SA 1XEPA 114LA 3V2WA 2OE7X 1L98A 177LA 148LE 1DYDA 253LA 1L65A 1QT8A 1L81A 3CDVA 1DYEA 1CU2A 212LA 258LA 1L40A 3GUMA 218LA 1OYUA 4AQNA 3DNAA 2NTGA 3SB8A 1LYDA 3DN8A 1CV3A 1L24A 4EKQA 1L04A 3GUJA 129LA 249LA 1L33A 222LA 1QTCA 2B75A 4W56A 216LA 4ARLA 2HUMA 3DN3A 192LA 1QTVA 2RBOA 1G1VA 1QS9A 1L30A 2L78A 2B6WA 1L43A 251LA 1OVKA 1QSQA 2RB1X 103LA 3C83A 2F2QA 1LI2A 1T8GA 1LPYA 1L55A 1L89A 4I7SA 230LA 1XJTA 166LA 169LA 1L76A 109LA 1PQMA 1L16A 1LGWA 2OU8A 2HULA 1L95A 3C82A 2B73A 3FA0A 1L02A 125LA 256LA 2O79A 3FADA 1C68A 1C6GA 2RBSA 170LA 1QSBA 1C6BA 1L54A 1PQJA 3QAKA 2OTYX 1L68A 2OEAX 1EPYA 3HH3A 244LA 5LZMA 1C63A 115LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HERA 2YDGA 1KS3A 2LZMA 108LA 1L67A 3A67Y 234LA 1CKDA 2HEDA 2BQHA 4Z46A 254LA 5DLAA 3WUNA 4PGJB 1LSZA 122LA 139LA 3W3EA 2ANXA 1LJ3A 1YL1X 4GLVA 4C3WA 4A7DA 4WM6A 4IASA 1CKHA 1WVVA 4II8A 2VB1A 1KW5A 201LA 1N4FA 240LA 252LA 4XJFA 4ETDA 2Z12A 2OE4X 2YBIA 4NGVA 4ZIXA 156LA 1LYFA 1FKQA 4LFPA 1GFUA 1OUEA 1HEMA 1TAYA 1OUIA 2BQBA 4S0WA 1GF4A 4UWVA 1OUHA 5B1GA 1C65A 1GB2A 1HMLA 1C6IA 3CSZA 123LA 4KT3A 1L10A 4NGJA 3EO5A 1E8LA 1NKHA 4J1BA 4I0CA 4GN4A 1ZVHL 1IOCA 2IFFY 110LA 1NDGC 4N0JA 4YOPA 1IWVA 1GBSA 3T6UA 1DXJA 1J1PY 4LYZA 7LYZA 1HSWA 3UONA 5FSTA 2D6BA 147LA 1WVUA 1BVKC 131LA 3HT9A 1D3FA 2MEBA 3EBAB 3L2XA 1JTMA 241LA 1BB5A 1LSYA 1L06A 4ZFPA 4J0LA 4CFPA 1D3MA 1L83A 4OWCA 2XTHA 4LYTA 164LA 134LA 2IGCA 1CJ6A 4J1AA 1GAYA 2HUBA 1L72A 4ET8A 191LA 4OW1A 1T6HA 1LCNA 5B1FA 205LA 1HC0A 5L3HA 3A8ZA 1EQ4A 1IX0A 1FLYA 1LSAA 1I20A 1JUGA 3W6FA 2Z18A 2LYOA 4W58A 1GE1A 4XADA 1JTPL 157LA 208LA 1DPWA 2I25L 4MCKA 2HU1A 1P46A 1L91A 4EKPA 3W6EA 2X0AA 4B4IA 4Z41A 4ARMB 1QTEA 1C6FA 220LA 1L44A 2LYZA 3D3DA 4H8XA 4CFOA 1YAQA 2ZNXY 4FJRA 1B7MA 1GBZA 4G4HA 5FHWA 2B74A 111LA 2G4PA 1LMPA 1CU6A 5KXKA 1L09A 1HEPA 1LI3A 1UA6Y 255LA 4YX7C 3LYOA 4DQ7A 1L35A 1BQLY 1WTNA 1IP5A 1IP6A 1OUAA 4GCCA 2D4KA 3K2RA 3CT5A 4DD3A 2CUUA 4B0DA 3AZ6A 133LA 5AMYA 3IJUA 1L74A 2Z2EA 5LA8A 1CKGA 3KAMA 1LJHA 5LVGA 5HLLA 4WO9A 3AJNA 162LA 4DKLA 1LMCA 223LA 4IAPA 3HH5A 4WL6A 1EQ5A 3AZ4A 2Q9DA 1OP9B 1IY3A 4W94A 4GRVA 3EMLA 4G4CA 3TXEA 2F47A 1P3NA 1UCOA 1L73A 1L50A 1L69A 4GCEA 1L36A 1ALCA 5LYTA 1L99A 1KNIA 3HWLA 4H9AA 1L08A 1IWWA 142LA 1KXWA 1KXYA 196LA 4H9CA 5B07A 2YBNA 1H87A 1P56A 5A3EA 1LW9A 3IWRA 1LLHA 3HUQA 1UIFA 1QTBA 2EPEA 4PJZA 1L62A 2ZILA 5KXZA 1G0GA 1GDWA 4M6DA 1XEJA 3HT6A 1KIQC 231LA 214LA 113LA 260LA 1T8AA 1L32A 4DAJA 1TLAA 1B2KA 4H9IA 1GB9A 199LA 1SSWA 1L79A 3WUAA 1L97A 2YBMA 2B70A 2G4NA 1L11A 1L80A 2AUBA 4CGEA 1D6PA 1LWKA 4IATA 2RBQA 4N9RA 2I26L 4GCFA 1LWGA 2BQGA 1C6LA 1IVMA 181LA 5DN4A 4W54A 3C8RA 4NWHA 4DWXA 1L28A 4NIJA 1C6JA 3P68A 3HUAA 3DN1A 211LA 3ULRA 1LZBA 1L25A 3AW6A 141LA 1C6DA 1GB0A 1LOZA 2ANVA 4XJBA 4DYGA 1B7SA 1PZYA 3RU5A 1K28A 1LYZA 1LZ5A 1GF9A 1LHIA 4NGYA 2RBRA 5KKIA 236LA 4I7TA 1YQVY 4J7VA 1HEWA 4XN6A 3C8SA 2BPUA 1V7SA 2OE7X 1HFYA 4G4BA 1GFKA 1L81A 2BQFA 3A93A 212LA 5ILFA 1L40A 4N1CC 1UACY 1OYUA 5KXLA 1LYDA 1LJ4A 5FDJA 129LA 4NSJA 2DQFC 3LZ2A 3LN2A 2B75A 2H5ZA 1XSFA 3IJVA 4B1AA 1UICA 3P65A 192LA 2RBOA 2G4QA 1QS9A 1GD6A 4NHSA 5HNCA 1QSQA 103LA 4TUNA 1T8GA 132LA 153LA 166LA 169LA 1LSPA 1TDYA 3OK0A 4HTKA 2OU8A 4WG1A 4XENA 1I56A 3FA0A 1CJ9A 3WMKA 256LA 2W1MA 6LYZA 1C68A 4NHQA 1UUZC 3QAKA 1L68A 3A91A 244LA 2D4JA 4IJ4A 5LYZA 5JENB 1PQKA 5D5FA 146LA 3DMVA 1L48A 4DD7A 3HU9A 1GFHA 144LA 1FLQA 4TTDA 8LYZA 5B06A 1HMKA 3C7ZA 2D91A 2PC2A 1DYBA 5KXRA 3CDTA 1VAUA 3B72A 1RFPA 4X3BA 1WTHA 2DQEY 1LZYA 4YEOA 206LA 4DQJA 2MECA 1G06A 1CUQA 2RB0X 3C8QA 4OOOA 4LZMA 1FDLY 174LA 4EPIA 130LA 2F4AA 3DMXA 1B5UA 1D0KA 1HEOA 1LZDA 3DN0A 4H8YA 2BQNA 2EIZC 1J1XY 107LA 1QUDA 1YAPA 187LA 4DDAA 5LVJA 1CU5A 1J1OY 1WQRA 3G3VA 172LA 4GLAA 2Q9EA 1GAZA 1G7MC 1QUSA 3WYHA 209LA 1QDRA 1YANA 1L75A 1WTMA 4YEMA 3WVXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1HER A;  2YDG A;  1KS3 A;  2LZM A;  108L A;  1L67 A;  3A67 Y;  234L A;  1CKD A;  2HED A;  2BQH A;  4Z46 A;  254L A;  5DLA A;  3WUN A;  4PGJ B;  1LSZ A;  122L A;  139L A;  3W3E A;  2ANX A;  1LJ3 A;  1YL1 X;  4GLV A;  4C3W A;  4A7D A;  4WM6 A;  4IAS A;  1CKH A;  1WVV A;  4II8 A;  2VB1 A;  1KW5 A;  201L A;  1N4F A;  240L A;  252L A;  4XJF A;  4ETD A;  2Z12 A;  2OE4 X;  2YBI A;  4NGV A;  4ZIX A;  156L A;  1LYF A;  1FKQ A;  4LFP A;  1GFU A;  1OUE A;  1HEM A;  1TAY A;  1OUI A;  2BQB A;  4S0W A;  1GF4 A;  4UWV A;  1OUH A;  5B1G A;  1C65 A;  1GB2 A;  1HML A;  1C6I A;  3CSZ A;  123L A;  4KT3 A;  1L10 A;  4NGJ A;  3EO5 A;  1E8L A;  1NKH A;  4J1B A;  4I0C A;  4GN4 A;  1ZVH L;  1IOC A;  2IFF Y;  110L A;  1NDG C;  4N0J A;  4YOP A;  1IWV A;  1GBS A;  3T6U A;  1DXJ A;  1J1P Y;  4LYZ A;  7LYZ A;  1HSW A;  3UON A;  5FST A;  2D6B A;  147L A;  1WVU A;  1BVK C;  131L A;  3HT9 A;  1D3F A;  2MEB A;  3EBA B;  3L2X A;  1JTM A;  241L A;  1BB5 A;  1LSY A;  1L06 A;  4ZFP A;  4J0L A;  4CFP A;  1D3M A;  1L83 A;  4OWC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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