1CV4A

T4 lysozyme mutant l118m
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSMRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Methionine and alanine substitutions show that the formation of wild-type-like structure in the carboxy-terminal domain of T4 lysozyme is a rate-limiting step in folding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-08-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1cv4A00
1QUGA 3C83A 3HTBA 4GBRB 4PK0A 256LA 1G0MA 1KW7A 3SN6R 1KY1A 2RAZX 1JQUA 1L54A 3GUNA 3C81A 1CU5A 126LA 1L20A 1L25A 2NTHA 3RZEA 1L31A 3G3WA 109LA 1C6DA 1C68A 1DYFA 3HT7A 1L24A 195LA 1SX7A 4ZPUA 3FA0A 1L14A 1L00A 2HUMA 3DN4A 1L49A 160LA 110LA 1L91A 1C6HA 1L45A 1L10A 1L84A 1C6NA 1OVKA 1C64A 1L61A 177LA 1L73A 257LA 190LA 176LA 1JTNA 128LA 215LA 3F8VA 3GUIA 131LA 1P2LA 249LA 235LA 2Q9EA 1L51A 4OO9A 156LA 1L40A 1QTCA 1L77A 3DN0A 4AQNA 1L75A 1OVHA 1P37A 3PDSA 4W58A 2B73A 219LA 123LA 114LA 2Z6BA 1L42A 3C8QA 1L93A 1LGXA 150LA 1L05A 3C82A 3DN2A 1L74A 2OEAX 212LA 1QUDA 2OTYX 3C7YA 158LA 1P7SA 3L64A 2LC9A 3GUMA 4DJHA 104LA 1C6LA 1QTZA 4ARJA 209LA 3K2RA 3PBLA 1DYCA 1CU3A 2Q9DA 3UONA 148LE 3OE6A 1CU2A 1L27A 4I7TA 3FADA 1QS9A 3SBBC 1L50A 201LA 2OE7X 2O79A 4EPFA 3CDRA 173LA 3ODUA 3CDQA 1L12A 1LYFA 1OV7A 4W53A 4YXAC 185LA 4W55A 152LA 1PQDA 222LA 3SBAA 3C8RA 3HH6A 2RH1A 1L32A 4DKLA 1L88A 165LA 3DN6A 253LA 2QARC 5LZMA 3OE0A 113LA 2QB0B 1L95A 1OVJA 3GUKA 1JTMA 4ARLA 182LA 1CTWA 1DYDA 1C61A 1L30A 1L89A 1G0KA 1C6GA 1KY0A 4EPIA 1C6JA 2RAYX 1CX7A 214LA 1KW5A 1PQIA 1L09A 170LA 143LA 4W56A 1L48A 1LI2A 1P36A 1L60A 2B74A 4EKRA 1L96A 4I7MA 1L36A 261LA 1I6SA 252LA 1T8GA 187LA 167LA 1D3FA 200LA 1L16A 2L78A 2B6WA 3HTGA 4I7OA 1G06A 1C6MA 1L59A 1OWYA 1G1VA 1G0LA 3DKEX 3HT6A 3HU9A 1L82A 1P56A 2B6YA 1L43A 4W59A 1L52A 1P46A 4EJ4A 120LA 1L69A 1QTDA 1L62A 250LA 223LA 3CDTA 246LA 118LA 3GUJA 1L87A 239LA 4W51A 181LA 1C63A 1T97A 4LZMA 1ZWNA 2OU8A 4W52A 218LA 1C6TA 1L94A 102LA 4ARMB 2HUKA 1L07A 1KS3A 3RUNA 3G3VA 3SB9A 1DYEA 224LA 3HH5A 236LA 4I7JA 1OV5A 217LA 1ZYTA 1C6FA 1L06A 3OE8A 1L63A 3HUAA 175LA 4EKPA 213LA 1C66A 4LDEA 1CUPA 2O4WA 1QT8A 1L68A 1D2WA 122LA 1QSQA 1LYHA 1LGWA 240LA 130LA 2RBQA 1L64A 1L92A 3SB7A 140LA 1L56A 1TLAA 1CX6A 1QTHA 2A4TA 2CUUA 2B7XA 3OE9A 1LLHA 1L22A 262LA 1QT3A 244LA 1P2RA 1CU0A 1L19A 1C6PA 259LA 1LYIA 111LA 155LA 1C67A 1L02A 3V2WA 1D9WA 1L04A 229LA 188LA 1G0JA 1L38A 1LYGA 2B75A 4DAJA 103LA 1L90A 112LA 3C80A 4ARQA 1G0QA 1L34A 3DMXA 1PQKA 3HDFA 1L18A 3D4SA 231LA 3NYAA 1C6IA 1PQJA 2RB0X 1QT5A 119LA 1CV6A 1EPYA 1QT4A 2F47A 4ARMA 1L99A 5I14A 1CVKA 4I7NA 232LA 149LA 1L86A 3GUPA 1T8FA 2O7AA 247LA 1P3NA 4YX7C 191LA 141LA 3SB5A 227LA 3HT9A 6LZMA 3HH3A 1L85A 1CV4A 1NHBA 2RBSA 1T8AA 3HDEA 1KNIA 2OTZX 139LA 2B72A 206LA 1XJUA 1XEPA 1L67A 169LA 1L15A 2OU9A 3DMZA 225LA 7LZMA 1L46A 3DN3A 4I7KA 1DYBA 254LA 1LI6A 210LA 2ANXA 3F9LA 2OE4X 178LA 189LA 1L35A 186LA 4EXMA 1C6AA 3FI5A 1LI3A 1LYDA 1L17A 1G1WA 1L55A 3C7ZA 4LDLA 4EKSA 144LA 1C6QA 1OWZA 1L72A 258LA 1QS5A 2F32A 4W54A 1C60A 1L70A 4S0WA 1L23A 1L65A 260LA 1C69A 1L29A 3GUOA 3C8SA 1T6HA 1L33A 163LA 4E97A 2OU0X 1QTBA 3DNAA 3HUKA 3GULA 166LA 3SB6A 1WTHA 2OE9X 4K5YA 234LA 1L81A 1C62A 1G0PA 3SB8A 1SX2A 138LA 3DN1A 2HULA 3HUQA 2B6XA 216LA 1C6BA 1LWKA 1L13A 2RB2X 1L47A 3CDVA 1P64A 164LA 3DN8A 1LW9A 1L53A 1D3JA 1PQOA 4I7PA 2F2QA 2RBPA 3V2YA 2RBOA 3DMVA 233LA 3L2XA 3HTFA 2RBNA 1QUOA 197LA 4I7LA 241LA 2LCBA 127LA 1D2YA 3NY9A 2RB1X 184LA 1C6KA 1L26A 3HTDA 4I7SA 3HT8A 3C7WA 168LA 107LA 4W57A 4EKQA 3VW7A 1L08A 4IAPA 1SWZA 3HH4A 1L21A 1D3NA 1CU6A 1L0KA 1QUHA 2B70A 3HWLA 1CV1A 171LA 1CV5A 237LA 1L03A 1L79A 1C6EA 1L37A 245LA 1LWGA 142LA 108LA 180LA 251LA 1CUQA 115LA 4PJZA 1SSWA 248LA 205LA 1ZURA 1LPYA 2B6ZA 221LA 125LA 1L11A 1L0JA 3NY8A 199LA 1LYJA 1LYEA 1OYUA 1L28A 1L66A 4LDOA 198LA 196LA 238LA 3QAKA 4ARPA 226LA 1L41A 1L57A 2RBRA 161LA 1P6YA 230LA 4YXCA 1C65A 1L44A 1PQMA 2ANVA 255LA 1G0GA 1L39A 3G3XA 1QT6A 1L01A 183LA 1K28A 1L98A 211LA 172LA 2NTGA 1QTVA 3EMLA 4GRVA 243LA 1QT7A 1CV3A 162LA 147LA 137LA 1L83A 1D3MA 146LA 1L71A 3LZMA 3JR6A 1G07A 1CV0A 157LA 1SSYA 4I7RA 1L97A 228LA 1DYGA 159LA 1XJTA 192LA 2LZMA 1DYAA 145LA 2B6TA 2IGCA 220LA 1QSBA 1L76A 3CDOA 174LA 1L80A 1P5CA 1SWYA 3HU8A 1C6CA 4I7QA 129LA 1L58A 1B6IA 151LA 242LA 1LGUA 4ARQB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Y8PA 4HTNA 4PK0A 256LA 2HUBA 1KW7A 1IWWA 2G4NA 5LAGA 2RAZX 1L54A 3GUNA 1GFRA 4NHQA 4N1CC 4N5RA 5LVKA 3RZEA 1C68A 2W1XA 195LA 3FA0A 4ET9A 4NHIA 3TXBA 110LA 1QUSA 1L10A 3QY4A 4ANRA 5KJ9A 1AZFA 190LA 176LA 4HTQA 215LA 3F8VA 2Z39A 2H9JA 1QTCA 3DN0A 3TXDA 1L75A 1LZ8A 4W58A 5ILFA 2B73A 219LA 5KXPA 1ZVHL 1LGXA 1HMLA 1CJ9A 1L05A 1L74A 1QUDA 2OTYX 4WM4A 1IP2A 3L64A 5LAFA 5DN5A 4WM1A 3LYTA 104LA 1GEVA 1LMAA 1UACY 4ARJA 209LA 3PBLA 4LYBA 1IIZA 3OE6A 5APFA 1L27A 4I7TA 1BB7A 1L50A 4HJVA 1NMMA 2OE7X 2O79A 9LYZA 1JHLA 173LA 2ZIKA 4XJIA 1DKJA 5LYMA 5LVHA 1JKCA 3WH1A 4N0JA 4DD0A 1LYYA 3C8RA 1B5XA 3HH6A 3DN6A 4B4EA 5LYTA 3OE0A 4RW2A 1DXJA 1JTMA 1JJ0A 1CTWA 1GD6A 4H94A 1FLQA 1LZRA 1LMOA 1G0KA 4EPIA 214LA 1KW5A 3MGWA 1LMCA 5C6JA 4YENA 170LA 143LA 4ETCA 1L48A 1LI2A 1L60A 1XEJA 1L96A 261LA 1T8GA 1XGQC 1LMTA 2L78A 1LAAA 1LMQA 1J1XY 135LA 3DKEX 3BKHA 1G1VA 1P56A 5ILCA 3A34A 1P46A 1BB5A 1GF5A 1QTDA 250LA 4KXIA 118LA 3E3DA 1LHIA 1C63A 1T97A 2OU8A 4NHTA 3OJPA 102LA 4G4CA 3RUNA 4DDBA 3G3VA 1DYEA 3HH5A 236LA 2DQGY 1F10A 2MEHA 4NWEA 5LVJA 1GB9A 175LA 2HEDA 1GFAA 3ATNA 5K7OA 4B49A 3LZ2A 3B6LA 1LGWA 1D0LA 4W94A 1GE1A 3B0IA 4GLVA 4GLAA 1CX6A 2BQDA 2A4TA 3A96A 4TWSA 4RLMA 262LA 1CKFA 1LZSA 1IR9A 155LA 1V7SA 1OUAA 1GF7A 1T3PA 207LA 2PC2A 3WVYA 4U3XB 1B7QA 1MLCE 1LZ1A 3C80A 1L34A 1PQKA 3AW6A 4J1BA 3ZVQA 1LMPA 2BLXA 154LA 1YKXX 119LA 1CV6A 1EPYA 1QT4A 1I20A 4TSBA 1CVKA 4XJGA 149LA 3GUPA 1T8FA 4H9CA 247LA 1P3NA 5L9JA 191LA 227LA 6LZMA 1GBZA 4LT3A 1LPIA 1B7NA 3WXTA 3WW6A 1GB5A 1NHBA 1IY4A 1LHMA 1T8AA 2OTZX 3B0KA 1OUCA 4XYYA 4RDSA 3G3AB 2OU9A 3DMZA 1GPQC 1L46A 3AZ6A 4H90A 1OUGA 1LI6A 1JITA 1LYOA 3G3BB 4H91A 2Z2EA 178LA 189LA 4ZEEA 1TEWA 1C6AA 3FI5A 1LYDA 1UIBA 144LA 1C6QA 1GE4A 1QS5A 1WQQA 3IWRA 4DYGA 153LA 4W54A 1L23A 3SP3A 2ZWBA 2HEEA 4TUNA 3C8SA 1B5UA 1T6HA 1L33A 5FEKA 1DI5A 1ALCA 1SLYA 1T6VL 3SB6A 5D5FA 2OE9X 4K5YA 2D4KA 2LHMA 1XEKA 3TXGA 3A67Y 5APDA 1SX2A 1LJNA 3DN1A 4IATA 3CDVA 2YBMA 164LA 1H87A 4OWBA 1IOSA 1HELA 4I7PA 3V2YA 1D6QA 3HTFA 4QEQA 1N4FA 3D3DA 2LCBA 4ZFPA 3AZ4A 4G9SA 2H9KA 4XENA 4WLTA 5B59A 2MEAA 4CJ2A 2GV0A 1GE2A 107LA 3VW7A 1D3NA 1L0KA 3HFMY 1CV1A 171LA 4HP0A 1QQYA 1YAMA 1B0DA 1UCOA 142LA 3W6AA 1IP3A 3M3UA 3A91A 1LSEA 5HNLA 5A3ZA 2EKSC 3WUNA 1OUIA 199LA 4BAPA 2FBBA 1EQEA 1GFEA 3WPJA 1B7MA 5KXKA 3WL2A 238LA 2DQCY 4ETAA 1IP7A 1LZDA 1L57A 1BGIA 230LA 3EBAB 3LHMA 1G0GA 1QT6A 2F30A 2Z37A 4HJYA 2NTGA 5HNCA 1QTVA 5B07A 2X0AA 4GRVA 1HFYA 1GXV2 4W96A 1CV0A 1SSYA 228LA 3TXJA 1XJTA 145LA 1L76A 1NF5A 1QSWA 3HU8A 2IFFY 4I7QA 129LA 2YBHA 4ARQB 2DQEY 3SN6R 4B0DA 1IC5Y 1CU5A 126LA 1L25A 1GBSA 1UIEA 2BQIA 4HV2A 3HT7A 4NGVA 1GDXA 1IOQA 4EOFA 1L91A 3TXKA 1L45A 208LA 1C6NA 4CFPA 1C64A 1L73A 1AM7A 5B1GA 1HEWA 2XTHA 131LA 1OUBA 2YBNA 5II3A 194LA 2Z38A 156LA 1L40A 4WL6A 1VDPA 4AQNA 4KL7A 1OVHA 4H8YA 1P37A 1HFXA 1IC7Y 3TXFA 3ZEKA 114LA 2Z6BA 1L93A 150LA 4LYCA 1HF4A 3WVXA 3WPLA 2LC9A 3AGHA 1EQ4A 1PS5A 1BWIA 3K2RA 1GB7A 3UONA 1HEQA 1CU2A 1D0MA 3AGIA 3FADA 1WQNA 4EPFA 1REMA 3EXDA 1IWXA 3CDRA 1JIYA 1LYFA 1OV7A 4W53A 185LA 1G7HC 6LYTA 152LA 1PQDA 2XBRA 2RH1A 3LZTA 1LZGA 4DKLA 4O34A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2Y8P A;  4HTN A;  4PK0 A;  256L A;  2HUB A;  1KW7 A;  1IWW A;  2G4N A;  5LAG A;  2RAZ X;  1L54 A;  3GUN A;  1GFR A;  4NHQ A;  4N1C C;  4N5R A;  5LVK A;  3RZE A;  1C68 A;  2W1X A;  195L A;  3FA0 A;  4ET9 A;  4NHI A;  3TXB A;  110L A;  1QUS A;  1L10 A;  3QY4 A;  4ANR A;  5KJ9 A;  1AZF A;  190L A;  176L A;  4HTQ A;  215L A;  3F8V A;  2Z39 A;  2H9J A;  1QTC A;  3DN0 A;  3TXD A;  1L75 A;  1LZ8 A;  4W58 A;  5ILF A;  2B73 A;  219L A;  5KXP A;  1ZVH L;  1LGX A;  1HML A;  1CJ9 A;  1L05 A;  1L74 A;  1QUD A;  2OTY X;  4WM4 A;  1IP2 A;  3L64 A;  5LAF A;  5DN5 A;  4WM1 A;  3LYT A;  104L A;  1GEV A;  1LMA A;  1UAC Y;  4ARJ A;  209L A;  3PBL A;  4LYB A;  1IIZ A;  3OE6 A;  5APF A;  1L27 A;  4I7T A;  1BB7 A;  1L50 A;  4HJV A;  1NMM A;  2OE7 X;  2O79 A;  9LYZ A;  1JHL A;  173L A;  2ZIK A;  4XJI A;  1DKJ A;  5LYM A;  5LVH A;  1JKC A;  3WH1 A;  4N0J A;  4DD0 A;  1LYY A;  3C8R A;  1B5X A;  3HH6 A;  3DN6 A;  4B4E A;  5LYT A;  3OE0 A;  4RW2 A;  1DXJ A;  1JTM A;  1JJ0 A;  1CTW A;  1GD6 A;  4H94 A;  1FLQ A;  1LZR A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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