1YAPA

Contribution of hydrophobic residues to the stability of human lysozyme: calorimetric studies and x-ray structural analysis of the five isoleucine to valine mutants
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQVNSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title Contribution of hydrophobic residues to the stability of human lysozyme: calorimetric studies and X-ray structural analysis of the five isoleucine to valine mutants.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 48
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-09-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1yapA00
1N4FA 1HEMA 4WM5A 5KY1A 1LYZA 4G4BA 4CFOA 4B4JA 4WOAA 4CHXA 2Z2FA 1EQ5A 1LAAA 2Y8PA 2MEIA 2D6BA 4ETDA 3TXKA 4GCBA 3AZ5A 1AKIA 1QQYA 1YAPA 1HFXA 1H87A 2ZILA 4LGKA 4WM6A 4ZEEA 1LSNA 4OOOA 1VDTA 4QY9A 2MEDA 3EO5A 1FLYA 1LHKA 1GAYA 1B7MA 3EXDA 4B49A 1HFYA 1JPOA 4E3UA 1UA6Y 2ZQ4A 1GB9A 3KAMA 1RFPA 1WQOA 2HEEA 5HMJA 4NGKA 4OWCA 3TMUA 3ULRA 1LSCA 3ZVQA 1YAOA 3P64A 1BWHA 1UIBA 4GCCA 4H9EA 1UIEA 5KXRA 1YKXX 4Z41A 1H6MA 2HEDA 1JEFA 4XJDA 3RZ4A 1RJCB 4OOTA 1D0LA 1QTKA 1OUDA 4EOFA 1BWJA 3HFMY 1GDWA 1LJGA 3RW8A 3MGWA 5C6LA 1LKRA 1GFTA 4NHIA 1KIQC 4TWSA 4XJHA 3TXJA 4DD9A 3N9EA 2NWDX 2G4PA 1DI4A 1LHIA 134LA 2DQFC 5DLAA 1CKFA 1GFKA 1PS5A 1YAQA 4R0FA 1DPWA 2HTXA 1LZ1A 4LZTA 1JJ0A 4IATA 5LXWA 1GE3A 1UBZA 4DDBA 1D6QA 2G4QA 3G3BB 4WLYA 1REXA 1WVVA 5LYZA 5F9UA 4H90A 2D4JA 2Z19A 4LFPA 4LYMA 4RW2A 5T3FA 4HP0A 135LA 1BWIA 1WQRA 4NWHA 4NY5A 4CJ2A 1LYYA 3A93A 1UACY 3W6EA 1JWRA 1IOQA 2BQBA 3CQLA 1GXXA 4ML7A 3A92A 1YKZX 1YQVY 4B1AA 2A7DA 5KXPA 3IJVA 4W96A 3EMSA 3AGHA 1CKHA 1LSYA 4AGAA 5LVIA 1B2KA 3HBHA 4YEMA 5LIOA 3BKVA 2VB1A 1IWUA 3WXUA 1NBZC 1CKGA 3LYTA 2D4IA 1A2YC 5HNLA 4DC4A 4G9SA 4H9FA 5KXMA 3F6ZA 153LA 3GXRA 1LMNA 2YDGA 1LJJA 1IOSA 1LJ4A 4FDYA 3CT0A 4LYOA 1XEJA 2C8OA 4LT3A 1GB2A 1LZCA 1LMOA 1LMTA 4ET8A 4KL7A 1HSXA 4A7DA 4LT2A 4TSBA 2N5ZA 3A6BY 1LHJA 1QUSA 2ZIJA 3A96A 5KXWA 1D0KA 1GB7A 2BQFA 1JKAA 3GXKA 3EBAB 5D5FA 1D9UA 1B7OA 5APEA 1LSMA 1T6VL 2YBLA 1LZYA 4NSJA 1NQIA 2HU3A 2F30A 4PPOA 4WL7A 1LZRA 4ETAA 1LYOA 3J4GA 3CB7A 3TXBA 4NGJA 4X3BA 1G7IC 5M1YA 1I20A 1F0WA 3CT1A 1FKVA 4WLTA 1GFAA 1FKQA 1EQEA 4H9AA 5KXKA 1GB6A 4J7VA 3WU8A 1DKJA 4OWAA 2BQJA 4OWBA 1LZAA 207LA 1C10A 4YOPA 5KJ9A 1NMMA 5I54A 5APDA 4KXIA 1ZV5L 2A7FA 1XGPC 1GB0A 2YBJA 1OUIA 4NGIA 5FCPA 3WW6A 1OUHA 5FSTA 1C45A 4PJ2C 1V7TA 2BQDA 1D6PA 1RE2A 3AW7A 3WH1A 1CKDA 5A3EA 1UIFA 2Z39A 5IELA 1B7LA 3CT5A 4N5RA 1LMCA 2Z12A 4H91A 1LJNA 4IASA 1B0DA 3J6KA 4LYCA 3WL2A 4I8SA 4WLXA 1UICA 1B5UA 1KIPC 1JKBA 2H5ZA 1JKDA 4NHTA 5B1FA 4L41A 1MLCE 2F4AA 2LYMA 3A95A 2ZWBA 5C6IA 1RCMA 5B59A 2H9KA 3ZEKA 1HF4A 1IC7Y 1FDLY 5KXLA 5KXYA 1W6ZA 1WQQA 1C7PA 2XTHA 2HEAA 1B5WA 3WU9A 3HBEX 4WG7A 1AM7A 1TEWA 4HJVA 2LYOA 5I5QA 1XEIA 1EQ4A 1PZYA 3RU5A 1AT5A 1OUCA 4OWHA 2IFFY 5DL9A 2B5ZA 1ALCA 1AZFA 4OW1A 1LYSA 1INUA 2BLYA 1GF9A 1BB7A 1BB5A 1LZ9A 4QGZA 3P66A 1GBWA 1W08A 2H9JA 1VATA 1UIHA 2XJWA 4II8A 4ZIXA 1IR8A 1B5ZA 2X0AA 4H8XA 2BQEA 3CSZA 5AMYA 4NGYA 1IOTA 1JTOL 4QEQA 4RDSA 1IWZA 2ZQ3A 1GF0A 3BKHA 3M18B 5LVHA 3A34A 4GN3A 5LYMA 1QTEA 3ZVQB 1TBYA 3W6FA 3WXTA 4DD7A 2DQCY 4HPEA 5L9JA 4LYZA 4CGEA 4RLMA 1BHZA 3SP3A 4UWNA 3B6LA 2F2NA 1B5XA 1JIYA 1GFRA 1GAZA 4N9RA 4DD1A 1LSDA 2RSCA 4HTNA 1BQLY 1HMKA 1C08C 3P65A 2FBBA 4BADA 1YANA 3B0KA 3W6AA 1RI8B 1GE2A 3A67Y 3T6UA 1GF8A 1LZSA 5HQ1A 2W1XA 2HEBA 1GFVA 1BGIA 1JHLA 2BQLA 1KXWA 2ZNWY 3LYZA 4C3WA 3D3DA 4TX7A 5J7CA 2D91A 1LMAA 4G4CA 4DWXA 2ZIKA 1LZ6A 2CDSA 1GBYA 2BQNA 4GCEA 5KKJA 4BAFA 4UWVA 2FBDA 2LZ2A 1CJ7A 193LA 2EPEA 4H9BA 4YEOA 2DQHY 2ZNXY 5DN4A 2W1MA 4J0LA 1GDXA 1OUJA 4OWEA 4IJ4A 5FHWA 5APCA 4U3XB 4HTKA 2Z37A 1J1OY 4NGVA 194LA 1GBXA 4LFXA 1GFJA 1LZ5A 2Z18A 4UWUA 1WTMA 1JITA 1WVUA 3TXGA 1GE0A 1G7MC 1J1XY 2I25L 1LSAA 1LZGA 1BVXA 2BQKA 3AZ7A 3IWRA 4J1AA 3A91A 4XYYA 1CJ9A 1GD6A 1IWWA 1GEZA 1FLUA 2DQDY 1OUEA 1LSEA 1F6RA 1NHEA 1KXXA 4HJYA 2FYDA 1GFEA 4TSCA 3WUAA 3LHMA 1HFZA 2DKVA 3AYQA 1B5VA 2BQMA 1IY3A 6LYZA 5HLLA 1MELL 1LSFA 1O23A 5I4XA 2BAAA 1DI3A 3N9CA 3WUMA 4NSHA 5IHGA 1I1ZA 2I6ZA 1IP1A 4QDNA 1HEQA 1AT6A 1LZEA 1V7SA 3W6DA 2DBTA 4GN5C 1GB8A 4GCFA 3T36A 5F81A 4NGOA 1YIKA 2HU1A 2YVBA 5B07A 2HECA 4DD3A 1UIAA 3RT5X 1LZDA 3TXFA 4N8ZA 5APFA 4H9HA 5A3ZA 1C43A 1EL1A 4N0JA 1HEOA 4NHPA 3FE0A 1OP9B 4RW1A 5II3A 4DT3A 1DZBX 5HMVA 1TDYA 1VFBC 1YL1X 3P4ZA 1GF3A 1T3PA 2XBSA 4LT0A 4CFPA 1YILA 3QY4A 3B0IA 1JJ3A 2EQLA 4WO9A 1J1PY 2ZYCA 2EIZC 4N1EI 5FDJA 5KXOA 1YROA 4HV1A 5KXTA 5L3IA 1ZVHL 1GFUA 4GCDA 1HEPA 4DDAA 1IWYA 1XGTC 1LTMA 4HJZA 1IOCA 2IHLA 2MEFA 2W1YA 4H8ZA 4KPMA 2BQHA 1LSPA 1GPQC 1GWDA 3AGIA 1TCYA 1IORA 4NGZA 1LCNA 4XADA 1IY4A 2GV0A 2BLXA 1OUGA 1LSBA 1GHLA 3W3EA 2DQEY 3K3TA 2BQAA 4NGLA 3TXIA 5I53A 4YF2A 1YKYX 3B72A 1NBYC 1OUAA 5F9XA 5E9RA 3OJPA 5LAFA 1DI5A 1LZ4A 1LJEA 4WMGA 4TTDA 2Q0MX 2DQIY 5LA8A 4ETEA 4B4IA 3WUNA 1ZMYL 1GB3A 5LYTA 3N9AA 1HMLA 1I56A 4B0DA 1F10A 2CJLA 2CWIA 4DD0A 5JENB 1IX0A 3WMKA 8LYZA 1VDQA 4PRQA 1XFPL 4NIJA 1QDTA 2DQAA 3AW6A 1DQJC 1VAUA 4N1CC 1UIDA 1GBSA 1XEKA 1QUTA 5L3HA 5LVKA 1LZBA 5LVGA 1FBIX 1GE1A 1KXYA 2DQJY 2YSSC 1VEDA 4PRUA 5B06A 1GBOA 1GFHA 1GF6A 1VDPA 5C6JA 1DPXA 4LYTA 4NWEA 4O34A 1HSWA 4WM4A 1GE4A 1IO5A 1E8LA 4NGWA 3LZ2A 1IC5Y 4Z98A 1BB3A 1NDGC 2YBIA 1CKCA 4XN6A 2EKSC 2F4GA 4NSIA 2I26L 1IIZA 2LYZA 1IEEA 1G7HC 4XJIA 1JKCA 2W1LA 4KT3A 1Z55A 1HENA 1LKSA 132LA 1JJ1A 1B7RA 4NHQA 1IWXA 1BB4A 1XSFA 1IP7A 1C46A 4HSFA 5KKIA 1IVMA 3RNXA 4H94A 1BB6A 1NF5A 1JISA 1F6SA 1ZVYB 2Z2EA 1LHLA 4NG8A 4PGJB 4M6DA 1WQPA 3TXDA 5I4YA 4MR1A 4G49A 4H9IA 1YL0X 4NHSA 5KXXA 3G3AB 4ETCA 1OUFA 1REYA 3HBDA 1GBZA 4ANRA 2BQCA 4WL6A 1LHHA 1XGUC 5B05A 5D5CA 3QNGA 2PC2A 2CGIA 1UIGA 3VWOA 1B7PA 1LJKA 2D4KA 5EBHA 6LYTA 4H93A 2YBMA 1TAYA 1OUBA 1BVKC 1SQ2L 2MEHA 3LYMA 1NKHA 1LOZA 5HNCA 2HEFA 4R6CA 4WLDA 5ILFA 1LZ8A 2AUBA 5E4PA 5IDDA 2G4NA 4H1PA 2MEBA 2BQOA 3ATOA 208LA 3CSQA 1GF4A 3WW5A 154LA 1JUGA 4H92A 3TXEA 1JSFA 2BQGA 1LJFA 1B7SA 4NEBA 1IP4A 1LJHA 4LYBA 4XJBA 2MEGA 1JSEA 1XGQC 1JTTL 4BS7A 2BPUA 3WULA 4G4HA 1UC0A 2LZTA 3LYOA 3WPKA 3TXHA 4D9ZA 1QIOA 1FN5A 4EMNA 1IWTA 4ETBA 5LVJA 4I0CA 4XJGA 1IWVA 1XGRC 1WQNA 5DM9A 4C5FA 1IP6A 3QE8A 2ZYPA 4BAPA 3TMXA 1LSGA 2XBRA 3FI7A 1JTPL 1GEVA 4RLNA 1A4VA 3W6CA 4H8YA 133LA 1B9OA 1KIRC 1HNLA 4NG1A 4NFVA 3P68A 1GF5A 7LYZA 1IR7A 1HEWA 1LJIA 2FYCA 4ET9A 1P2CC 5DN5A 3WPJA 4YENA 1D0MA 3ATNA 1IC4Y 3LN2A 3WYHA 1SLYA 4J1BA 4XENA 3A94A 3AB6A 1REZA 3B0OA 1B5YA 4WO6A 1LPIA 1UCOA 4W94A 4B4EA 2MEEA 4M4OA 2Z38A 3AZ6A 5KXZA 5LA5A 1WQMA 2WARA 3TMWA 2C8PA 3A3RX 3AZ4A 1GF7A 4DD2A 2YBHA 1QDRA 3D9AC 5I4WA 4WM1A 4MSTA 1HELA 1LJ3A 1DKKA 3CSRA 3LZTA 4TUNA 4DDCA 9LYZA 2BQIA 1B7QA 3TMVA 4HV2A 3WU7A 1LZTA 4DYGA 1CJ6A 5LINA 4XJFA 1UUZC 1HHLA 4Z3MA 1FLQA 4NSGA 5F16A 4P2EA 5LAGA 4Z46A 1IR9A 4YM8A 4GN4A 1FLWA 4AXTA 1QSWA 3WVYA 2DQGY 4WM3A 5KXSA 1CNSA 3A3QA 4PHIA 4LT1A 1LMQA 1YAMA 3W6BA 3OK0A 4WM2A 5F14A 1IP2A 2YBNA 3WVXA 3AJNA 1HC0A 2LHMA 4HPIA 3WPLA 1IP5A 1GFGA 1G7JC 2HUBA 1B7NA 4MCKA 1GB5A 5K7OA 1REMA 1LHMA 4GLAA 1VDSA 5FEKA 5ILCA 1CJ8A 2MECA 1HERA 1WTNA 3AGGG 3A90A 3A6CY 4GLVA 1NWGA 4WG1A 4ZFPA 3E3DA 5B1GA 4H9CA 3IJUA 1DXJA 1OQMA 3M3UA 1NDMC 1LSZA 4HTQA 4FJRA 5FELA 1LZNA 2MEAA 1QSAA 3A8ZA 1IP3A 1LMPA 1G7LC 5KXNA 1GXV2
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1N4FA 1L22A 1L44A 5KY1A 1PQMA 4WOAA 4CHXA 2Z2FA 1QTCA 1LWGA 1CU0A 1KW5A 2MEIA 1D3FA 1G0GA 1CVKA 1YAPA 1HFXA 1CUPA 4OOOA 102LA 3CDQA 155LA 3CDVA 1FLYA 2B6XA 4B49A 1JPOA 169LA 2HEEA 3TMUA 1LSCA 1ZWNA 4Z41A 1QTZA 4XJDA 1G1WA 1RJCB 4OOTA 1L35A 1LJGA 5C6LA 4NHIA 1GFTA 4XJHA 1C6GA 1L96A 3SB7A 3SB9A 3C7YA 110LA 1CX7A 5DLAA 1PS5A 4R0FA 1DPWA 1JJ0A 1C66A 1GE3A 1UBZA 1LYGA 1L06A 3C8QA 4WLYA 2D4JA 3D4SA 4HP0A 1L93A 1L85A 1JWRA 1L79A 3C81A 4B1AA 3HT8A 229LA 4W96A 1D3NA 1G0JA 1CKGA 1PQIA 1L43A 2D4IA 1P64A 5KXMA 3GXRA 1LJ4A 4LT3A 3OE6A 1C6PA 2BQFA 1T6VL 2HUMA 2HU3A 4ETAA 3HH6A 1G7IC 162LA 5M1YA 1ZURA 1GFAA 3GUPA 4OWAA 4OWBA 207LA 1C10A 1OVJA 1ZV5L 2A7FA 1GB0A 3NYAA 4NGIA 1L67A 5FSTA 1V7TA 1I6SA 1CKDA 1L87A 5IELA 1B7LA 4H91A 160LA 4LYCA 1B5UA 1JKBA 1CV1A 1MLCE 3A95A 195LA 2H9KA 1HF4A 2OE9X 5KXYA 159LA 4YXAC 1D9WA 252LA 3HBEX 2QB0B 1AM7A 1EQ4A 1OUCA 2IFFY 1L83A 1ALCA 4OW1A 1LYSA 1INUA 173LA 4QGZA 1VATA 2X0AA 3CSZA 1JTOL 2ZQ3A 3M18B 4GN3A 2RBNA 1XEPA 1JIYA 1L01A 4N9RA 1BQLY 1HMKA 1L04A 2B6TA 3SB6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1N4F A;  1HEM A;  4WM5 A;  5KY1 A;  1LYZ A;  4G4B A;  4CFO A;  4B4J A;  4WOA A;  4CHX A;  2Z2F A;  1EQ5 A;  1LAA A;  2Y8P A;  2MEI A;  2D6B A;  4ETD A;  3TXK A;  4GCB A;  3AZ5 A;  1AKI A;  1QQY A;  1YAP A;  1HFX A;  1H87 A;  2ZIL A;  4LGK A;  4WM6 A;  4ZEE A;  1LSN A;  4OOO A;  1VDT A;  4QY9 A;  2MED A;  3EO5 A;  1FLY A;  1LHK A;  1GAY A;  1B7M A;  3EXD A;  4B49 A;  1HFY A;  1JPO A;  4E3U A;  1UA6 Y;  2ZQ4 A;  1GB9 A;  3KAM A;  1RFP A;  1WQO A;  2HEE A;  5HMJ A;  4NGK A;  4OWC A;  3TMU A;  3ULR A;  1LSC A;  3ZVQ A;  1YAO A;  3P64 A;  1BWH A;  1UIB A;  4GCC A;  4H9E A;  1UIE A;  5KXR A;  1YKX X;  4Z41 A;  1H6M A;  2HED A;  1JEF A;  4XJD A;  3RZ4 A;  1RJC B;  4OOT A;  1D0L A;  1QTK A;  1OUD A;  4EOF A;  1BWJ A;  3HFM Y;  1GDW A;  1LJG A;  3RW8 A;  3MGW A;  5C6L A;  1LKR A;  1GFT A;  4NHI A;  1KIQ C;  4TWS A;  4XJH A;  3TXJ A;  4DD9 A;  3N9E A;  2NWD X;  2G4P A;  1DI4 A;  1LHI A;  134L A;  2DQF C;  5DLA A;  1CKF A;  1GFK A;  1PS5 A;  1YAQ A;  4R0F A;  1DPW A;  2HTX A;  1LZ1 A;  4LZT A;  1JJ0 A; 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 1IR7 A;  1HEW A;  1LJI A;  2FYC A;  4ET9 A;  1P2C C;  5DN5 A;  3WPJ A;  4YEN A;  1D0M A;  3ATN A;  1IC4 Y;  3LN2 A;  3WYH A;  1SLY A;  4J1B A;  4XEN A;  3A94 A;  3AB6 A;  1REZ A;  3B0O A;  1B5Y A;  4WO6 A;  1LPI A;  1UCO A;  4W94 A;  4B4E A;  2MEE A;  4M4O A;  2Z38 A;  3AZ6 A;  5KXZ A;  5LA5 A;  1WQM A;  2WAR A;  3TMW A;  2C8P A;  3A3R X;  3AZ4 A;  1GF7 A;  4DD2 A;  2YBH A;  1QDR A;  3D9A C;  5I4W A;  4WM1 A;  4MST A;  1HEL A;  1LJ3 A;  1DKK A;  3CSR A;  3LZT A;  4TUN A;  4DDC A;  9LYZ A;  2BQI A;  1B7Q A;  3TMV A;  4HV2 A;  3WU7 A;  1LZT A;  4DYG A;  1CJ6 A;  5LIN A;  4XJF A;  1UUZ C;  1HHL A;  4Z3M A;  1FLQ A;  4NSG A;  5F16 A;  4P2E A;  5LAG A;  4Z46 A;  1IR9 A;  4YM8 A;  4GN4 A;  1FLW A;  4AXT A;  1QSW A;  3WVY A;  2DQG Y;  4WM3 A;  5KXS A;  1CNS A;  3A3Q A;  4PHI A;  4LT1 A;  1LMQ A;  1YAM A;  3W6B A;  3OK0 A;  4WM2 A;  5F14 A;  1IP2 A;  2YBN A;  3WVX A;  3AJN A;  1HC0 A;  2LHM A;  4HPI A;  3WPL A;  1IP5 A;  1GFG A;  1G7J C;  2HUB A;  1B7N A;  4MCK A;  1GB5 A;  5K7O A;  1REM A;  1LHM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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