4WO6A

Lysozyme pre-surface acoustic wave
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Precise Manipulation and Patterning of Protein Crystals for Macromolecular Crystallography Using Surface Acoustic Waves.
pubmed doi rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4wo6A00
1IP4A 1UUZC 1LJFA 3AGGG 4NWEA 1GE1A 4MCKA 1LSCA 2IHLA 3TXJA 1B7PA 3J6KA 2DQFC 1F10A 1C43A 4G4BA 4L41A 1W6ZA 3AZ5A 5LYZA 4B4JA 2Z19A 1WQQA 1HNLA 3TXDA 4BAFA 1LYYA 3LZTA 2BQDA 1GF5A 2ZNXY 1JKBA 3A3RX 1IWTA 4TX7A 4RLMA 2HEBA 6LYZA 4NGJA 1IY3A 1D0MA 1LMQA 1HEOA 3QE8A 1GE2A 1FLYA 2Z37A 4XENA 1LZSA 4G4CA 3HBEX 2BQGA 4OOOA 3G3BB 4IATA 4N9RA 5KXPA 5APCA 2BLYA 4CFPA 1NKHA 2W1YA 4LYZA 1RJCB 4FDYA 2F2NA 1C7PA 4LYCA 1GE4A 5B1GA 1BGIA 3QY4A 1JSEA 1LZ5A 2XJWA 4TSCA 4LZTA 1GD6A 3N9AA 3LYMA 2CWIA 3B0KA 4G9SA 1YAPA 4EOFA 2I25L 1UIAA 4RW1A 5LAFA 3AYQA 4M4OA 1IEEA 1GF3A 1GWDA 2HEDA 5LA8A 1FLWA 5LVJA 2FBDA 2ZIJA 1LSNA 135LA 1ZV5L 3EXDA 5L3IA 2YVBA 1DZBX 4DDCA 3WYHA 3A90A 1GDWA 3HBDA 3P64A 1YL0X 1QTEA 5B1FA 1JTPL 1LZAA 3LYZA 1GHLA 5IDDA 2D4IA 1FBIX 1NDGC 5LYTA 1GBSA 1FLUA 2CGIA 1LOZA 1LSBA 1BVKC 2Z2FA 3IJUA 3ZVQA 4ZEEA 1CKCA 4B4EA 4TWSA 5EBHA 4M6DA 2BLXA 3LYOA 3RNXA 4DC4A 1QUTA 1IP7A 1F6RA 1QIOA 3ZVQB 3MGWA 4HPEA 4HSFA 2BQIA 1JJ3A 1H6MA 2Z12A 4PGJB 2PC2A 4UWVA 4NGVA 5KXRA 1RCMA 1HEQA 4WM4A 4DWXA 1IOCA 4FJRA 4H9FA 5I5QA 1T3PA 3LHMA 2F4AA 1D9UA 4ETDA 1B5WA 1LHMA 3ATNA 4G4HA 1GAZA 2BQHA 2ZYPA 4XN6A 4OW1A 5HMJA 1UC0A 1HF4A 4H9IA 4B1AA 1FLQA 1O23A 3A6BY 1GF4A 3WPJA 1NMMA 3WVYA 5FEKA 4GCFA 1JKCA 1LCNA 2LYMA 5KXTA 4KXIA 1G7JC 4X3BA 2MEEA 3A8ZA 1BB7A 4H9BA 1IC4Y 2GV0A 4NGIA 3A91A 1HFXA 3AB6A 3TMVA 1IR7A 1WQOA 1G7LC 5LVGA 1ZMYL 1IOTA 1HENA 1JITA 1IP2A 2HU1A 1UCOA 4WL6A 2XBSA 3WVXA 4H9AA 5LINA 1IR8A 2ZWBA 2AUBA 2FYCA 3OK0A 153LA 1REXA 194LA 2MEIA 5M1YA 2DQEY 4LYMA 3GXKA 3M3UA 3WH1A 1LMCA 5LXWA 4ETAA 2MEBA 5F9XA 1PZYA 1G7MC 1QSWA 3CSQA 5B59A 1HERA 1RI8B 3W6CA 1LSPA 1VFBC 1FKQA 1OUCA 1IWXA 1B7QA 1BB4A 1TAYA 3WU7A 4LYTA 1UIFA 4HTNA 5C6JA 2BQKA 4XJIA 3ZEKA 5K7OA 4ET9A 1E8LA 5KXNA 3WL2A 3D9AC 3AGHA 1B5VA 3BKHA 3AGIA 1B5UA 2YDGA 3TXFA 4NGZA 4GCDA 2YBIA 1CJ6A 4NGWA 1OUGA 3P4ZA 1F0WA 1LHKA 1P2CC 4NGYA 1HELA 1VEDA 207LA 4DDAA 1A4VA 1LZCA 1WQMA 1GF6A 1LSAA 1NBZC 2EIZC 5ILFA 1IOQA 2F4GA 1GFKA 5B05A 1FN5A 4CFOA 1VDPA 1EQ4A 3WW6A 1LMOA 2C8OA 4NEBA 2HU3A 1BQLY 6LYTA 1GPQC 5LVKA 1QDTA 1XEKA 3P65A 5B07A 4YF2A 1LSMA 4IJ4A 4OWBA 3TMXA 1YAQA 1OUAA 1I56A 1LYSA 1YQVY 3WU9A 1XGUC 4WLTA 1LZRA 5KKIA 3ATOA 1NQIA 2NWDX 1KXXA 4N1EI 4W96A 3W6BA 1IC7Y 4NFVA 1B5XA 2DQAA 2G4PA 1D6PA 1LHIA 1GE3A 1GFAA 1JJ1A 1NBYC 4Z98A 4ZFPA 1UIGA 1IX0A 1BWJA 2ZQ4A 4PJ2C 1KIRC 3M18B 1CKGA 1F6SA 2W1LA 3CSRA 2YBNA 4GN4A 1DQJC 1GXXA 3A92A 3EO5A 1DXJA 3FI7A 5B06A 3B0IA 4RLNA 4EMNA 5KXLA 5DLAA 4WL7A 1OUFA 3A34A 4QEQA 5I4XA 1D6QA 2DQCY 2HEAA 1BB3A 4CGEA 4PPOA 4N8ZA 2DQIY 4H90A 3A3QA 1QQYA 1C45A 1HHLA 2ZQ3A 4WM5A 5ILCA 2H9KA 2X0AA 1AZFA 1IWUA 1YL1X 4H8YA 5KXXA 1YILA 3F6ZA 1LTMA 3TXHA 4DD9A 1G7IC 2DQDY 1V7TA 4HTKA 4LT0A 4KT3A 4H92A 1CKFA 1JISA 1JKDA 3IJVA 4N1CC 4J0LA 4ETCA 1GB7A 1RFPA 3CB7A 5F9UA 1IC5Y 3WXUA 1IR9A 1QDRA 4TSBA 1IORA 5KXYA 5HQ1A 2YBLA 4G49A 3B72A 1LJJA 1VDQA 2FYDA 1KXWA 1LJNA 1LPIA 5KXZA 5KXOA 4WMGA 1REZA 2D4KA 3ULRA 1LJGA 1CKHA 1HMKA 4I0CA 1AT5A 1DKKA 3TXKA 4I8SA 3WUMA 1IWZA 2MEDA 1HSXA 4WM6A 4KL7A 3HBHA 1QTKA 2CDSA 1I1ZA 1LZNA 4WOAA 3WPKA 1ALCA 1Z55A 1INUA 1GDXA 3EMSA 1H87A 2LZTA 3A67Y 4GCEA 4XJHA 2VB1A 1XFPL 4YENA 3RU5A 4PHIA 4BS7A 1GE0A 1JHLA 1VDTA 1XGPC 1B7OA 2BQLA 1LJKA 4IASA 4RDSA 1JUGA 2LYOA 2F30A 4NY5A 1B5ZA 1CKDA 4OOTA 3FE0A 3AZ7A 3G3AB 4ML7A 5LVIA 2BQFA 2DQGY 4D9ZA 4GLVA 1AM7A 4ET8A 4XJDA 4XADA 3A96A 5I54A 133LA 1LSZA 1C10A 2ZNWY 4J1AA 1YIKA 1CNSA 1UICA 4NGKA 1NHEA 2HECA 4HJZA 3WUAA 4YM8A 4N5RA 4WM1A 4MSTA 5KXKA 2LHMA 1IP5A 4LYBA 1SLYA 5HMVA 1WVVA 4WG1A 3BKVA 4DD1A 1NDMC 1KIPC 1HSWA 1LMPA 1B7MA 1LMTA 1LZEA 1TDYA 1IOSA 4HJVA 2XTHA 2N5ZA 3IWRA 1UIBA 1MLCE 3WMKA 5E4PA 3W6DA 4XJFA 1GB2A 1KXYA 4ANRA 4DD7A 1I20A 4H9CA 1REYA 1GBXA 5D5CA 4HP0A 1LYOA 1BWHA 1HEPA 1B7NA 3E3DA 3WU8A 1HMLA 1GB8A 3WXTA 4NHQA 5KJ9A 4XJGA 4WO9A 2W1XA 1QUSA 1DPWA 4NHTA 4U3XB 3TXGA 1LSYA 5F14A 1LZ9A 1UIDA 4B4IA 3AW7A 4Z46A 4XJBA 1XGQC 1LHJA 1GFJA 3RW8A 3RT5X 1FKVA 4GCBA 8LYZA 1XGTC 4UWNA 1LSEA 2MECA 1IWYA 1GF9A 4NSIA 1AKIA 5HNCA 1OUEA 4NG1A 1OUDA 1V7SA 2BQBA 1J1OY 3RZ4A 1UIEA 1LZBA 4NHSA 2D4JA 1LYZA 5I4WA 1ZVHL 1GBWA 4NGLA 1JPOA 5J7CA 1IO5A 4J1BA 2WARA 4NSGA 5DN4A 3CQLA 1DI3A 1YKYX 1TCYA 3T36A 1GFUA 1LAAA 2BQAA 1HEWA 2DQJY 2BQOA 4ZIXA 1OUIA 5DM9A 1D0LA 4E3UA 4QY9A 2LYZA 1JIYA 5I53A 5II3A 2Z39A 1VATA 1WTMA 4YEMA 1IVMA 1J1XY 1GFHA 2XBRA 4HTQA 1DKJA 4OWAA 1DI4A 5A3ZA 5C6LA 2FBBA 4NSJA 3K3TA 5KXWA 1LSDA 4QDNA 134LA 3W6AA 4NHIA 2HEEA 4GN3A 4H94A 4H9EA 4BADA 2YBHA 2BPUA 5KKJA 3WUNA 5APFA 5LYMA 1LZGA 1C46A 5LVHA 1A2YC 1GFRA 2BQNA 3T6UA 5APEA 2D91A 4WLYA 4P2EA 3LN2A 3P68A 1BVXA 1JTTL 4R6CA 4H8XA 3CT0A 4GLAA 4LT3A 4YOPA 1J1PY 5DL9A 4OWCA 1N4FA 4R0FA 4BAPA 1UACY 1WTNA 4CHXA 1LSGA 4DYGA 4H93A 3D3DA 3A95A 1REMA 2H9JA 5KXMA 5A3EA 1JWRA 2BAAA 4Z3MA 4AXTA 3W6EA 3CT1A 4B49A 3TXBA 1GB5A 2IFFY 1BHZA 4NSHA 1WQRA 1BWIA 3AZ6A 4H9HA 1LZ1A 4HV2A 2MEHA 4QGZA 4DD2A 1JJ0A 1JTOL 1GF7A 1JSFA 1NWGA 1WVUA 1IY4A 3TXIA 1NF5A 4II8A 1GF0A 2W1MA 4LFXA 4XYYA 1HFYA 3N9CA 5KXSA 1GBOA 1LJ3A 5LA5A 5IHGA 1BB5A 2A7DA 4HPIA 4PRUA 1GFTA 2HUBA 1B0DA 3A94A 3EBAB 4AGAA 1UA6Y 4HV1A 1GEVA 3W3EA 5F16A 2MEFA 3TMWA 1LJEA 2LZ2A 1GFGA 2Z18A 1B5YA 2ZIKA 2CJLA 2BQMA 1JEFA 4B0DA 1PS5A 4GN5C 4WM3A 4LT1A 1EQEA 1OUBA 1LZTA 1BB6A 1YAOA 3VWOA 1GB9A 4WG7A 5JENB 4H1PA 1CJ9A 2Z38A 4KPMA 4TTDA 3A6CY 1OP9B 5IELA 4OWHA 4LGKA 1CJ8A 2YSSC 1GB0A 1LSFA 2ZYCA 3CT5A 4O34A 4H8ZA 3B6LA 1TEWA 1IIZA 4RW2A 3OJPA 5F81A 1GEZA 3TXEA 1LMNA 4NHPA 4PRQA 1OQMA 1QSAA 1WQNA 5L3HA 3WULA 4A7DA 4C5FA 1C08C 1LMAA 1WQPA 5LIOA 208LA 1LJIA 4Z41A 5FCPA 3AZ4A 5E9RA 193LA 1XEIA 2C8PA 2Y8PA 4DD0A 1JKAA 3KAMA 1B7SA 3AW6A 5T3FA 7LYZA 1SQ2L 4WLDA 1LHHA 2B5ZA 1B7RA 4DD3A 5I4YA 1GFEA 1XEJA 4WLXA 3LYTA 1RE2A 1GB3A 1HEMA 1T6VL 1IWWA 2RSCA 4HJYA 4NG8A 1LKSA 4CJ2A 4C3WA 2Z2EA 1LKRA 2BQCA 1GB6A 2DBTA 132LA 1HC0A 1UIHA 2G4NA 2MEAA 5APDA 2YBJA 5C6IA 1IP1A 4ETBA 3QNGA 3GXRA 2DQHY 1CJ7A 5L9JA 4NGOA 3B0OA 4GCCA 4NIJA 5HLLA 1XGRC 2EKSC 1DI5A 4UWUA 3J4GA 4LT2A 1IP3A 1LZDA 3WPLA 1IP6A 1LZ8A 1VAUA 3HFMY 4NWHA 4WO6A 4ETEA 3TMUA 1YAMA 2A7FA 4LYOA 4LFPA 1KIQC 5FELA 5FDJA 3WW5A 2ZILA 1MELL 1YKZX 1YKXX 1HFZA 2I26L 1B7LA 3P66A 1LZYA 2EQLA 4N0JA 1GBYA 9LYZA 1GFVA 1G7HC 2H5ZA 2HTXA 1B9OA 1YROA 4TUNA 1W08A 1YANA 1ZVYB 4W94A 2I6ZA 3SP3A 2YBMA 1GBZA 1FDLY 154LA 2BQJA 1B2KA 1IWVA 1GAYA 1GF8A 1LZ4A 2D6BA 1VDSA 5DN5A 5HNLA 4YEOA 1EL1A 2BQEA 4H91A 5FHWA 3W6FA 3CSZA 1LJ4A 5KY1A 1LHLA 2G4QA 4J7VA 1LZ6A 2DKVA 4DDBA 5D5FA 4MR1A 3LZ2A 1AT6A 4DT3A 2HEFA 3A93A 3AJNA 3N9EA 1TBYA 4WM2A 1GXV2 1OUHA 2EPEA 4OWEA 1DPXA 1LJHA 1XSFA 2Q0MX 1UBZA 1D0KA 1OUJA 5FSTA 2MEGA 1EQ5A 5AMYA 5LAGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I7NA 1LJFA 1GE1A 1LSCA 3TXJA 1L34A 167LA 1F10A 159LA 176LA 1L60A 4L41A 3V2WA 5LYZA 2B72A 4B4JA 2LCBA 1WQQA 3LZTA 3A3RX 3GULA 3SB8A 4TX7A 2HEBA 3DN3A 2OE9X 1IY3A 1D0MA 1LMQA 1HEOA 1GE2A 2Z37A 3HBEX 5KXPA 4N9RA 5APCA 4CFPA 1GE4A 1L28A 2XJWA 3N9AA 2CWIA 171LA 1L93A 1UIAA 2L78A 1L06A 1L33A 1IEEA 1FLWA 5LVJA 213LA 1L83A 1GDWA 1D3JA 3PDSA 2OU0X 1FLUA 2CGIA 1LOZA 1LSBA 2RBQA 4DC4A 4TWSA 1C69A 2RBPA 4HSFA 1H6MA 5KXRA 1L29A 1IOCA 146LA 209LA 2F4AA 1B5WA 3ATNA 2XQOA 4I7SA 2ZYPA 1UC0A 1HF4A 1FLQA 3WPJA 3WVYA 169LA 1LCNA 1QT8A 261LA 237LA 3QAKA 4X3BA 3A91A 4H9BA 2GV0A 3AB6A 2B6TA 5LVGA 2F2QA 4WL6A 1UCOA 1L23A 1P56A 1G0PA 2ZWBA 3OK0A 3GXKA 3WH1A 3CSQA 1C6AA 1OUCA 1IWXA 1L12A 2NTGA 4XJIA 3ZEKA 1KW7A 3D9AC 4YXCA 3AGHA 1B5VA 3BKHA 2O7AA 4NGZA 3P4ZA 1QUHA 1LSAA 3DN6A 147LA 5ILFA 5B05A 238LA 1P2RA 4EKSA 251LA 5LVKA 4YF2A 2QB0B 1YAQA 1YQVY 3WU9A 1L57A 2NWDX 1KXXA 3W6BA 1B5XA 2G4PA 1L36A 1GFAA 1KIRC 160LA 3CSRA 4OO9A 4ARPA 2YBNA 1DQJC 3FI7A 1DXJA 3B0IA 4RLNA 104LA 5DLAA 4WL7A 1OUFA 2DQCY 1QQYA 2ZQ3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1IP4 A;  1UUZ C;  1LJF A;  3AGG G;  4NWE A;  1GE1 A;  4MCK A;  1LSC A;  2IHL A;  3TXJ A;  1B7P A;  3J6K A;  2DQF C;  1F10 A;  1C43 A;  4G4B A;  4L41 A;  1W6Z A;  3AZ5 A;  5LYZ A;  4B4J A;  2Z19 A;  1WQQ A;  1HNL A;  3TXD A;  4BAF A;  1LYY A;  3LZT A;  2BQD A;  1GF5 A;  2ZNX Y;  1JKB A;  3A3R X;  1IWT A;  4TX7 A;  4RLM A;  2HEB A;  6LYZ A;  4NGJ A;  1IY3 A;  1D0M A;  1LMQ A;  1HEO A;  3QE8 A;  1GE2 A;  1FLY A;  2Z37 A;  4XEN A;  1LZS A;  4G4C A;  3HBE X;  2BQG A;  4OOO A;  3G3B B;  4IAT A;  4N9R A;  5KXP A;  5APC A;  2BLY A;  4CFP A;  1NKH A;  2W1Y A;  4LYZ A;  1RJC B;  4FDY A;  2F2N A;  1C7P A;  4LYC A;  1GE4 A;  5B1G A;  1BGI A;  3QY4 A;  1JSE A;  1LZ5 A;  2XJW A;  4TSC A;  4LZT A;  1GD6 A;  3N9A A;  3LYM A;  2CWI A;  3B0K A;  4G9S A;  1YAP A;  4EOF A;  2I25 L;  1UIA A;  4RW1 A;  5LAF A;  3AYQ A;  4M4O A;  1IEE A;  1GF3 A;  1GWD A;  2HED A;  5LA8 A;  1FLW A;  5LVJ A;  2FBD A;  2ZIJ A;  1LSN A;  135L A;  1ZV5 L;  3EXD A;  5L3I A;  2YVB A;  1DZB X;  4DDC A;  3WYH A;  3A90 A;  1GDW A;  3HBD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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