1L26A

Replacements of pro86 in phage t4 lysozyme extend an alpha-helix but do not alter protein stability
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKCVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Replacements of Pro86 in phage T4 lysozyme extend an alpha-helix but do not alter protein stability.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1989-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l26A00
2RB1X 1L84A 7LZMA 1L24A 260LA 1G0QA 227LA 1PQOA 104LA 1ZWNA 3FADA 1PQKA 3HWLA 2Z6BA 224LA 1SX7A 145LA 1PQJA 187LA 131LA 1C6PA 2RBQA 107LA 171LA 1L65A 3HT9A 4PJZA 1T8FA 1C6KA 4IAPA 1L55A 234LA 1P64A 1L38A 1L36A 4YXCA 1C6BA 1SWYA 1JTNA 130LA 209LA 1QS9A 1L23A 3HTBA 2RBRA 1KNIA 2F2QA 2CUUA 3V2WA 3OE9A 1I6SA 2OTZX 1P36A 219LA 214LA 191LA 3PDSA 2OE9X 2B73A 1L14A 1G0KA 2LC9A 148LE 257LA 1L45A 1C65A 3C7YA 1L62A 3SB7A 3HDFA 176LA 216LA 4LDLA 1EPYA 1L41A 4I7OA 3L64A 1QUGA 2RB0X 1JQUA 4S0WA 247LA 1WTHA 3LZMA 1C6IA 1L01A 167LA 1L20A 1CV4A 1L0JA 1P2LA 1QTCA 1L52A 1L91A 3HH3A 3NY9A 3SB9A 3HTDA 1QT6A 111LA 160LA 4W52A 1L61A 1CVKA 1L74A 212LA 2A4TA 4W56A 1G0JA 1DYAA 232LA 1SWZA 1L49A 4ARJA 1XJUA 225LA 1L51A 4GRVA 1L08A 2B70A 4ZPUA 1C6EA 1QSQA 5I14A 3GUMA 1L21A 1LGXA 3HT7A 169LA 1L83A 3GUNA 255LA 238LA 115LA 2RAZX 4PK0A 3SB6A 1OWYA 183LA 1LYHA 236LA 2ANXA 1CTWA 2OE7X 141LA 1C6QA 4W55A 217LA 210LA 2ANVA 1QT4A 1G0MA 3VW7A 4EPIA 1P5CA 1OWZA 3DNAA 1L86A 4EPFA 1C6AA 1L42A 1L10A 2O79A 2O7AA 1K28A 3SB8A 1CU5A 1QUDA 3HU9A 120LA 3G3VA 3SB5A 241LA 1D2WA 1L58A 1PQMA 1L02A 189LA 1QTVA 1DYBA 3FA0A 3GUPA 3UONA 1L46A 3CDVA 1OV5A 181LA 180LA 1L44A 4YX7C 1LI6A 3GUIA 3SBBC 2Q9EA 1C62A 4I7KA 206LA 163LA 1C60A 4GBRB 1L34A 1LGUA 1SX2A 3CDRA 1L16A 4ARMB 1L0KA 3DN6A 1KW7A 2NTHA 198LA 1C6JA 1SSYA 2NTGA 1L43A 3RZEA 1L03A 149LA 1D3FA 235LA 1ZYTA 166LA 4I7NA 1D3MA 220LA 146LA 1C66A 1TLAA 196LA 1C6NA 1L26A 233LA 103LA 156LA 177LA 239LA 4EKPA 4ARPA 1L30A 2Q9DA 1OVJA 3DKEX 2RAYX 113LA 1D3NA 2LZMA 4DKLA 2RBNA 2RBPA 3HTGA 1NHBA 1G0LA 1CUQA 1CU3A 1L25A 1LYDA 140LA 1L96A 243LA 199LA 1G0GA 1QT3A 3HH5A 1DYCA 1L37A 4K5YA 2RB2X 4I7QA 242LA 1C6CA 3L2XA 228LA 1L69A 4I7SA 5LZMA 4EXMA 1L47A 3HUKA 3DN0A 245LA 2QB0B 2F32A 2RBSA 1CU2A 3C8QA 1L88A 152LA 3F8VA 125LA 127LA 1D2YA 3NYAA 1P7SA 1L09A 3OE8A 4W59A 1G06A 1KW5A 1LYJA 1QUOA 3GUOA 129LA 4I7JA 3HU8A 223LA 1P56A 1C6MA 1KY1A 1XJTA 1OV7A 4W54A 110LA 1C68A 259LA 248LA 1L35A 261LA 3DN1A 4AQNA 1CU0A 1C6GA 4DAJA 1L82A 1C6TA 262LA 1CX7A 1L60A 4ARQA 1KS3A 3F9LA 1OVHA 4DJHA 1PQIA 1L87A 4ARQB 1CV6A 4W53A 3OE6A 1L72A 162LA 2OU8A 2B7XA 1L94A 143LA 230LA 1C67A 1P46A 3ODUA 114LA 1CV5A 1L64A 1L57A 1LWGA 3FI5A 4LDOA 1PQDA 2B6XA 1L40A 3HUQA 3HDEA 122LA 3C83A 246LA 1L99A 1OYUA 221LA 1L00A 2B6YA 1L18A 1T8AA 3C81A 1QT7A 1QTZA 1LYEA 172LA 1JTMA 178LA 109LA 1CV0A 144LA 1ZURA 1L28A 1KY0A 4ARMA 200LA 1L31A 1L19A 4OO9A 3DN3A 3CDQA 3DN4A 2HULA 4LZMA 3OE0A 157LA 1P6YA 252LA 1DYGA 2LCBA 2HUMA 1L48A 1D3JA 1DYEA 1L59A 3HH6A 1L05A 2OU0X 119LA 2OEAX 1QT8A 2O4WA 1C61A 1CV1A 2OTYX 3QAKA 3RUNA 3C82A 1L85A 253LA 2B72A 4EKSA 1L89A 161LA 1C6FA 3GULA 4EJ4A 1LYIA 4I7PA 3DMVA 3C8SA 3G3WA 1L50A 173LA 1P37A 1L76A 1XEPA 3SN6R 1L32A 155LA 2QARC 6LZMA 1L77A 1L17A 3GUKA 226LA 102LA 4W57A 1L75A 3C7WA 2B6ZA 112LA 3G3XA 3DN8A 197LA 168LA 3HH4A 142LA 1QT5A 185LA 1L66A 3C80A 3DMXA 1L27A 215LA 3HTFA 4I7TA 1L79A 1CX6A 1T97A 201LA 1T6HA 237LA 240LA 3PBLA 1P2RA 1LYGA 4EKRA 4ARLA 3K2RA 4YXAC 4W58A 211LA 1L92A 2HUKA 1L04A 4E97A 3JR6A 1LPYA 4LDEA 3CDTA 3HT8A 1QTDA 3C7ZA 1L54A 3GUJA 1L81A 1C6DA 1LYFA 3DMZA 2RH1A 195LA 1C69A 159LA 1L71A 1L29A 250LA 4I7RA 1L39A 1C6HA 1L15A 1L98A 1QTBA 1L70A 249LA 150LA 1L06A 1DYDA 213LA 1C63A 1L97A 174LA 4EKQA 165LA 158LA 1QSBA 192LA 222LA 1L56A 1SSWA 118LA 2B6WA 1LLHA 2RBOA 1L07A 3HT6A 1CU6A 1LWKA 1L53A 2OU9A 1G1WA 3C8RA 126LA 1CV3A 1LW9A 2IGCA 3D4SA 170LA 1G0PA 1L13A 3CDOA 1P3NA 1L80A 2B75A 218LA 175LA 1L95A 182LA 147LA 1L22A 108LA 184LA 3EMLA 1DYFA 1CUPA 2B74A 3SBAA 1L73A 139LA 2F47A 4I7LA 3V2YA 1L93A 137LA 190LA 1L11A 188LA 3NY8A 1L12A 164LA 1B6IA 1L67A 1LI2A 244LA 1QS5A 4W51A 1T8GA 258LA 1LGWA 151LA 186LA 123LA 1LI3A 256LA 1L68A 2L78A 4I7MA 1G07A 1QTHA 1C64A 128LA 138LA 231LA 1L90A 2OE4X 1QUHA 1G1VA 2B6TA 254LA 3DN2A 1OVKA 1C6LA 229LA 205LA 1D9WA 1L33A 251LA 3HUAA 1L63A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Z18A 3B0IA 5LAGA 1IWYA 3E3DA 5FEKA 2B5ZA 2LYZA 3QNGA 4BAFA 1ZMYL 1G7IC 1ZWNA 4HPEA 4NHSA 4WM2A 2Z19A 4TTDA 2MEBA 1FLUA 1SX7A 4WLTA 145LA 131LA 1C6PA 1C6BA 2EKSC 4NGIA 130LA 209LA 4IATA 4WLDA 1LSBA 1KNIA 2F2QA 4ZFPA 1I6SA 1PS5A 1LKSA 2OE9X 1L14A 1OQMA 3LYTA 5KXWA 148LE 2BQGA 3B6LA 4IASA 5KY1A 2MEAA 3HDFA 1JIYA 2X0AA 1YQVY 2XQOA 3L64A 4I7OA 3AGIA 3A6CY 1QTCA 1L91A 4NY5A 4X3BA 1QT6A 1IOQA 1L74A 1YIKA 4B1AA 1LHJA 9LYZA 232LA 4TWSA 1L49A 4ARJA 1L08A 1C6EA 4LZTA 1L83A 1LJFA 4CGEA 183LA 2DQAA 4KXIA 1CTWA 1QUTA 210LA 2ANVA 4N9RA 1GBXA 1V7TA 3VW7A 4EPIA 1Z55A 1JKBA 1TBYA 2O79A 2O7AA 4XJBA 120LA 3G3VA 3SB5A 1GE0A 1D2WA 1L58A 3HBDA 2HU1A 1PQMA 3BKHA 1DYBA 1GBSA 3UONA 3CDVA 1OV5A 1ZVYB 180LA 3MGWA 1IR8A 5B05A 4G49A 4OWEA 3G3AB 3WU8A 163LA 4GCDA 3TXHA 3W6CA 1G7MC 3CSQA 4ET8A 1L16A 1B7MA 5IELA 1GE3A 1NBZC 1L43A 4HV1A 3RZEA 3AJNA 3HBEX 4H9IA 1F6SA 166LA 4FDYA 4I7NA 4H9AA 1C66A 4ETDA 1XGPC 3IWRA 4DDCA 4EKPA 2ZIJA 3LZ2A 2LZMA 2RBNA 3HTGA 1GE1A 4NG8A 1G0LA 1CU3A 3TXIA 140LA 243LA 199LA 1KXWA 1IP2A 4XN6A 1GWDA 3TXDA 1C6CA 1DQJC 4YF2A 1LZCA 4EXMA 3HUKA 4XJGA 1LSYA 3DN0A 245LA 1LJKA 2QB0B 3EXDA 2BLYA 2Z38A 1RFPA 125LA 1HEMA 127LA 4ZIXA 1L09A 1LSCA 1HELA 1UIBA 3OE8A 4W59A 1OUJA 1FLYA 1IEEA 1GAYA 1NDMC 2HEFA 1B7PA 1OUCA 3HU8A 4LYCA 1C6MA 1KY1A 4OOOA 1XJTA 259LA 261LA 1B7LA 2BQHA 4UWNA 4NGKA 2F30A 3HFMY 1HF4A 262LA 1L87A 1HSXA 4W53A 1L72A 1LCNA 1LMAA 1REMA 1P46A 1L64A 1GB3A 4HSFA 1RI8B 2DQJY 1L40A 1UUZC 4B4IA 2I25L 3C83A 1UIFA 1YANA 246LA 4XJFA 1L99A 193LA 1GXV2 1YILA 3WYHA 1L18A 3A94A 4DD7A 1UIHA 1QT7A 1QTZA 172LA 3W3EA 178LA 2YSSC 4NHQA 3LN2A 4ARMA 2NWDX 1L31A 4WLYA 3DN3A 3CDQA 3OE0A 2YBHA 1E8LA 1LPIA 2LCBA 1LSAA 1L05A 1XGUC 4TX7A 119LA 2BAAA 1LJJA 5FDJA 2O4WA 4NFVA 3TXKA 1LMNA 3C82A 5I5QA 1GF9A 253LA 1OUGA 4EKSA 5K7OA 1IP5A 3AZ6A 1YAQA 3T6UA 4EJ4A 3WMKA 4ML7A 1REYA 1L50A 2ZWBA 1LKRA 5KXOA 154LA 2BQJA 2QARC 3K3TA 1GF6A 3M3UA 4W57A 3P4ZA 1L75A 2Z37A 3DN8A 1AT6A 2GV0A 1QT5A 2LHMA 1L66A 3HTFA 1UBZA 1GB7A 4XJHA 1T6HA 240LA 4YEOA 4WG7A 1P2RA 2MEFA 3K2RA 2BPUA 1LMOA 4YXAC 2ZYCA 4NG1A 2DKVA 135LA 1BWIA 4E97A 3KAMA 1WTNA 3HT8A 1QTDA 1AZFA 3CSRA 1HERA 1L54A 4WOAA 3D3DA 4NGOA 2RH1A 195LA 159LA 1L29A 4H9HA 1LZ6A 3AZ7A 1BVXA 1C6HA 6LYZA 1D9UA 5LA8A 1GFUA 1L06A 1LZRA 1DYDA 4NWHA 1C63A 1RCMA 5APFA 5FSTA 4H94A 192LA 3A91A 1SSWA 2B6WA 3HT6A 1D6QA 1L53A 1G1WA 1VAUA 1CV3A 3IJVA 1P3NA 3CB7A 1L80A 3W6BA 2B75A 2H9JA 4NSJA 1UACY 3WL2A 1L22A 4HTKA 108LA 1GFJA 3EBAB 4RW2A 1GF0A 1DYFA 1CUPA 3SBAA 1JSEA 3AW6A 3VWOA 2D4IA 1HEWA 2A7DA 2F47A 3J4GA 5KXLA 1LJ3A 3N9CA 4O34A 1L12A 1IP3A 4DC4A 1VEDA 1L67A 5HLLA 1IP6A 123LA 256LA 1L68A 5I54A 5LA5A 1JJ0A 4GN3A 4NHIA 138LA 1L90A 1G1VA 4QEQA 3DN2A 3D9AC 1C6LA 2Y8PA 229LA 2BQKA 1QSAA 1WQNA 251LA 1L84A 4FJRA 227LA 4WM3A 4LT3A 4N0JA 4TUNA 1XSFA 3A3QA 224LA 4NGLA 2HUBA 1PQJA 187LA 4PJZA 107LA 171LA 2BQMA 5LVHA 3P64A 1C6KA 1B0DA 4DD0A 234LA 1P64A 1L36A 4YXCA 1OUEA 2ZQ3A 3CSZA 2CDSA 2RBRA 1HENA 3OE9A 3HBHA 191LA 1GFKA 4N1EI 1L45A 3QY4A 2LZ2A 4H9CA 3SB7A 176LA 216LA 6LYTA 1NKHA 1L41A 1JQUA 1L01A 167LA 1L20A 1L52A 4OWBA 4W94A 3SB9A 2BQDA 160LA 1L61A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2Z18 A;  3B0I A;  5LAG A;  1IWY A;  3E3D A;  5FEK A;  2B5Z A;  2LYZ A;  3QNG A;  4BAF A;  1ZMY L;  1G7I C;  1ZWN A;  4HPE A;  4NHS A;  4WM2 A;  2Z19 A;  4TTD A;  2MEB A;  1FLU A;  1SX7 A;  4WLT A;  145L A;  131L A;  1C6P A;  1C6B A;  2EKS C;  4NGI A;  130L A;  209L A;  4IAT A;  4WLD A;  1LSB A;  1KNI A;  2F2Q A;  4ZFP A;  1I6S A;  1PS5 A;  1LKS A;  2OE9 X;  1L14 A;  1OQM A;  3LYT A;  5KXW A;  148L E;  2BQG A;  3B6L A;  4IAS A;  5KY1 A;  2MEA A;  3HDF A;  1JIY A;  2X0A A;  1YQV Y;  2XQO A;  3L64 A;  4I7O A;  3AGI A;  3A6C Y;  1QTC A;  1L91 A;  4NY5 A;  4X3B A;  1QT6 A;  1IOQ A;  1L74 A;  1YIK A;  4B1A A;  1LHJ A;  9LYZ A;  232L A;  4TWS A;  1L49 A;  4ARJ A;  1L08 A;  1C6E A;  4LZT A;  1L83 A;  1LJF A;  4CGE A;  183L A;  2DQA A;  4KXI A;  1CTW A;  1QUT A;  210L A;  2ANV A;  4N9R A;  1GBX A;  1V7T A;  3VW7 A;  4EPI A;  1Z55 A;  1JKB A;  1TBY A;  2O79 A;  2O7A A;  4XJB A;  120L A;  3G3V A;  3SB5 A;  1GE0 A;  1D2W A;  1L58 A;  3HBD A;  2HU1 A;  1PQM A;  3BKH A;  1DYB A;  1GBS A;  3UON A;  3CDV A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2Z18 A;  3B0I A;  5LAG A;  1IWY A;  3E3D A;  5FEK A;  2B5Z A;  2LYZ A;  3QNG A;  4BAF A;  1ZMY L;  1G7I C;  1ZWN A;  4HPE A;  4NHS A;  4WM2 A;  2Z19 A;  4TTD A;  2MEB A;  1FLU A;  1SX7 A;  4WLT A;  145L A;  131L A;  1C6P A;  1C6B A;  2EKS C;  4NGI A;  130L A;  209L A;  4IAT A;  4WLD A;  1LSB A;  1KNI A;  2F2Q A;  4ZFP A;  1I6S A;  1PS5 A;  1LKS A;  2OE9 X;  1L14 A;  1OQM A;  3LYT A;  5KXW A;  148L E;  2BQG A;  3B6L A;  4IAS A;  5KY1 A;  2MEA A;  3HDF A;  1JIY A;  2X0A A;  1YQV Y;  2XQO A;  3L64 A;  4I7O A;  3AGI A;  3A6C Y;  1QTC A;  1L91 A;  4NY5 A;  4X3B A;  1QT6 A;  1IOQ A;  1L74 A;  1YIK A;  4B1A A;  1LHJ A;  9LYZ A;  232L A;  4TWS A;  1L49 A;  4ARJ A;  1L08 A;  1C6E A;  4LZT A;  1L83 A;  1LJF A;  4CGE A;  183L A;  2DQA A;  4KXI A;  1CTW A;  1QUT A;  210L A;  2ANV A;  4N9R A;  1GBX A;  1V7T A;  3VW7 A;  4EPI A;  1Z55 A;  1JKB A;  1TBY A;  2O79 A;  2O7A A;  4XJB A;  120L A;  3G3V A;  3SB5 A;  1GE0 A;  1D2W A;  1L58 A;  3HBD A;  2HU1 A;  1PQM A;  3BKH A;  1DYB A;  1GBS A;  3UON A;  3CDV A; 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