1L90A

Similar hydrophobic replacements of leu 99 and phe 153 within the core of t4 lysozyme have different structural and thermodynamic consequences
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Similar hydrophobic replacements of Leu99 and Phe153 within the core of T4 lysozyme have different structural and thermodynamic consequences.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l90A00
3CDTA 1G0GA 1XJTA 113LA 1P36A 2B72A 3C7ZA 157LA 3FI5A 4I7OA 1CX6A 1CV3A 1QT8A 1C67A 1C6GA 1L26A 1LYJA 1L48A 3C7WA 1L04A 142LA 1DYBA 226LA 4EKRA 1LLHA 3C7YA 1QTCA 3RZEA 2RB2X 4EXMA 1C69A 1L02A 1L44A 218LA 3HU8A 3C83A 250LA 4DKLA 1LGUA 1KY0A 139LA 1L77A 1L40A 2LC9A 1L11A 1P5CA 2RB0X 3CDQA 3HT7A 1QT5A 1L43A 1L07A 1L99A 2B7XA 3DN0A 1OV7A 3OE9A 1C6QA 3SBBC 3HH3A 2O79A 243LA 3HTGA 3FA0A 1T8GA 146LA 123LA 1PQJA 1DYFA 2ANVA 3HT6A 1L57A 3K2RA 1L71A 2B6WA 198LA 1L74A 1CU6A 1L25A 1L13A 1DYDA 1DYGA 4EKSA 1OYUA 259LA 188LA 130LA 1CU0A 1KNIA 1P2RA 1QUHA 3GUOA 161LA 2RBPA 3DMXA 163LA 210LA 1L91A 3SN6R 1C6CA 211LA 2Z6BA 118LA 1C61A 224LA 1CUQA 1L03A 1WTHA 1LYDA 249LA 1T97A 2B73A 1QSQA 3C82A 3OE8A 102LA 159LA 1XJUA 2B6YA 1D2WA 1LI2A 1C6FA 3GUNA 2OTZX 1ZYTA 1L86A 1L68A 2RH1A 1L59A 1L36A 1SSYA 2HUMA 3DMVA 3SBAA 2LCBA 1LYFA 1QUOA 2B6TA 3C8SA 120LA 5I14A 1L10A 1QT4A 1L24A 3GUIA 1G1VA 147LA 189LA 1P56A 242LA 3OE6A 3HTFA 1SX2A 3DN3A 4I7RA 152LA 167LA 215LA 234LA 2B75A 1LI6A 114LA 145LA 1LPYA 1L92A 1QTHA 196LA 1L93A 4I7JA 1C65A 128LA 199LA 1PQMA 1PQOA 1DYAA 162LA 172LA 175LA 214LA 185LA 2B74A 3C8RA 3GUKA 3V2WA 4AQNA 1L28A 1C6EA 2L78A 248LA 1DYEA 1LWGA 4W56A 6LZMA 107LA 1L96A 1XEPA 209LA 144LA 2RAZX 227LA 3HTBA 1L90A 4S0WA 3VW7A 178LA 169LA 3SB7A 181LA 4W54A 3PBLA 2OE4X 1SWZA 3CDVA 1QUDA 4EJ4A 1LGWA 245LA 4W59A 4W58A 1LGXA 184LA 140LA 4I7QA 1CU3A 3GULA 1L18A 247LA 253LA 2QB0B 1C68A 190LA 1QTDA 4LDOA 103LA 1C63A 2OU0X 261LA 1G06A 4OO9A 4LDLA 1C6IA 3C80A 125LA 3DN2A 1L85A 1SWYA 1L55A 258LA 255LA 2IGCA 4ZPUA 1PQIA 1QUGA 228LA 176LA 3HTDA 1L08A 1PQKA 2F32A 2Q9EA 1LYEA 2QARC 238LA 1C6PA 1C6HA 3NYAA 220LA 4LDEA 1L97A 1JTMA 3FADA 1T8AA 1C66A 3HH6A 5LZMA 1L75A 262LA 1CV1A 1L94A 3CDOA 1C64A 119LA 1P2LA 2B6ZA 217LA 1K28A 1D9WA 3G3WA 3GUMA 1L22A 233LA 1LI3A 237LA 1C6BA 1CV6A 3HU9A 1JTNA 1L50A 4ARPA 3SB8A 2LZMA 4ARJA 177LA 1L61A 2OEAX 4EKQA 131LA 1SX7A 1OVHA 3HDFA 3HDEA 3HUKA 1L29A 244LA 2RAYX 3DN6A 3G3VA 3GUPA 1L12A 1QTBA 3C8QA 4I7MA 1L0KA 3D4SA 1P64A 1C6AA 231LA 3V2YA 236LA 173LA 3SB5A 151LA 1L98A 3UONA 143LA 4W53A 1QS5A 4YXAC 239LA 4ARMA 168LA 1EPYA 1L45A 3ODUA 3GUJA 1C6KA 1L49A 254LA 2OU9A 1L81A 1KY1A 1L95A 1L09A 2Q9DA 1G1WA 1L65A 1OV5A 170LA 205LA 1NHBA 4I7TA 2B70A 1L16A 4ARMB 4I7NA 138LA 1CV0A 137LA 3DNAA 223LA 1G0LA 4YX7C 1L27A 111LA 2RBOA 1CTWA 222LA 148LE 1L05A 1D3FA 2HUKA 3L2XA 160LA 1C6DA 4EPFA 1P6YA 4W52A 2OE9X 1CVKA 2F2QA 1KW5A 1L63A 109LA 1ZWNA 1OWYA 1L62A 2ANXA 1L56A 1L21A 206LA 2OU8A 1C6MA 165LA 213LA 1L69A 141LA 1L31A 3NY9A 1L54A 191LA 2O7AA 3SB6A 2HULA 3HUAA 1QT7A 1P46A 1SSWA 156LA 1L20A 241LA 1CUPA 4ARQB 1ZURA 2F47A 4E97A 1L58A 1L15A 1CU2A 1G0KA 2RBQA 3QAKA 4ARLA 1L60A 1D3NA 256LA 2CUUA 1C6NA 1L84A 192LA 1D3MA 1C6LA 195LA 4YXCA 1QT6A 3DMZA 4DAJA 1L79A 1LYGA 1L37A 1QT3A 2NTGA 4I7KA 225LA 1OVKA 1P37A 1L33A 1QTVA 230LA 1L0JA 197LA 149LA 166LA 4GBRB 1QSBA 127LA 174LA 1L67A 246LA 1C6TA 1L52A 3NY8A 1L82A 1L53A 1LYIA 1OWZA 200LA 1JQUA 1L34A 2RBNA 3G3XA 3DKEX 1PQDA 1L73A 150LA 1CV5A 235LA 158LA 1L72A 2RBSA 4W55A 1L35A 219LA 216LA 201LA 4I7LA 4EKPA 1LWKA 3C81A 1QS9A 260LA 3F8VA 129LA 1L46A 251LA 4K5YA 3F9LA 126LA 2O4WA 3DN1A 1L83A 2A4TA 171LA 3SB9A 7LZMA 1L17A 104LA 1L00A 187LA 1I6SA 1L01A 4W51A 1L88A 1L87A 1D3JA 1KS3A 4I7SA 1G07A 1L80A 252LA 1QTZA 1P7SA 1KW7A 4I7PA 3HWLA 1L89A 1L47A 1C6JA 110LA 4W57A 1LW9A 108LA 3HH4A 3EMLA 1L39A 1G0JA 4IAPA 1CU5A 212LA 182LA 1L14A 3HH5A 232LA 1L70A 3RUNA 4PJZA 1L76A 2OE7X 1CX7A 2B6XA 1C60A 3DN8A 1CV4A 1TLAA 2RB1X 1G0PA 3L64A 1L38A 3PDSA 1B6IA 183LA 221LA 186LA 1D2YA 3HT9A 2NTHA 1OVJA 4PK0A 1L32A 1L64A 3JR6A 229LA 1L30A 180LA 115LA 3DN4A 1C62A 3HUQA 3OE0A 4EPIA 1LYHA 1L51A 164LA 1L41A 257LA 4GRVA 1G0QA 1L66A 4LZMA 4DJHA 1G0MA 2RBRA 1T6HA 3CDRA 1T8FA 1L06A 1L42A 4ARQA 1L23A 112LA 155LA 1DYCA 3LZMA 1P3NA 3HT8A 240LA 122LA 2OTYX 1L19A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LZTA 1G7HC 3C7ZA 157LA 4CFOA 2ZNWY 1BWHA 2ZILA 1FLWA 4GLVA 1QT8A 1C67A 3QNGA 5IDDA 194LA 226LA 1V7TA 1QDTA 3WULA 2I6ZA 2HUBA 4ET8A 1L44A 1DQJC 1VAUA 1HFYA 2DQCY 3HU8A 1GEZA 1LGUA 3EO5A 1KY0A 1YIKA 3CDQA 3CSQA 1QUSA 1CJ7A 3AJNA 1GF8A 4NWHA 4TSBA 1LSPA 3DN0A 4II8A 3N9AA 4H92A 4QGZA 3OE9A 5B06A 3HH3A 1IC4Y 3TMVA 1BB5A 3HTGA 5FEKA 4WM6A 4P2EA 2ANVA 3HT6A 1L57A 1JJ1A 1CKHA 198LA 1CU6A 2MEHA 2W1LA 3A67Y 1DYDA 1NF5A 2A7DA 1OYUA 1NHEA 188LA 130LA 3GUOA 3MGWA 3N9CA 2LZ2A 4LT3A 163LA 4C5FA 1XGRC 4NGYA 118LA 1L03A 3C82A 2B73A 4XJBA 2DQFC 3A92A 102LA 4G4CA 1C6FA 3GUNA 3ZVQA 3WMKA 4NGWA 1IP1A 3TMWA 1L68A 4DD1A 1SSYA 3SBAA 2LCBA 1LYFA 120LA 3IJUA 2Q0MX 3P66A 1GBXA 2RSCA 1TCYA 3OE6A 2LHMA 1SX2A 4PRUA 215LA 1LI6A 114LA 4WM2A 2MEDA 1L92A 1JITA 2HEBA 1RI8B 128LA 1GD6A 2B74A 214LA 3GUKA 3V2WA 4NGLA 4XADA 4W56A 1BWIA 1LZ6A 1XEPA 209LA 144LA 1HELA 3VW7A 1PZYA 3PBLA 3CDVA 3B6LA 245LA 4WLDA 1YAQA 4OWAA 3WW6A 3TXKA 4I7QA 1BHZA 3GULA 4N1CC 253LA 5DLAA 1C68A 190LA 261LA 1NMMA 1BB7A 3ATNA 1QTKA 4HTNA 1PQIA 2F30A 1YL0X 176LA 3HTDA 4DDCA 1B5UA 1PQKA 2F32A 1IOTA 238LA 1C6PA 3E3DA 4LDEA 3FADA 1LYZA 1T8AA 4PPOA 1L75A 5KXMA 1CV1A 1L94A 3A8ZA 4NG8A 3A96A 217LA 1K28A 2Z12A 3G3WA 3GUMA 4RW2A 4TX7A 1CV6A 1JTNA 4DD9A 1HHLA 1L61A 4EKQA 4TTDA 1B0DA 1FKVA 1OVHA 3FE0A 1GFUA 4DDAA 3BKVA 1L29A 4WMGA 1GB0A 4N9RA 4HTKA 1C10A 3DN6A 4ETAA 1C6AA 236LA 1LJKA 3ZEKA 151LA 1INUA 3VWOA 1L98A 3P64A 4W53A 3RU5A 4ARMA 168LA 3WW5A 1LMCA 4H9EA 1UIDA 2MECA 5DN5A 1L09A 1OV5A 1LZGA 5IHGA 1NHBA 4J1BA 2B70A 3AZ6A 3TXJA 2VB1A 3DNAA 1YROA 1L27A 1H6MA 4G4BA 4G9SA 111LA 5T3FA 2BLYA 222LA 1KXWA 1GF5A 4H9AA 3HBEX 2HUKA 4HJVA 3W6DA 1C6DA 4W52A 1F0WA 2D6BA 1WTMA 1UUZC 1AZFA 1IORA 2N5ZA 1GB5A 4ML7A 1L63A 109LA 5ILCA 1LJIA 2BQMA 2ANXA 1GB9A 2OU8A 1IWXA 5LVKA 4OWHA 4J1AA 5KXLA 1GAZA 1VDQA 1WVVA 1YAPA 2HULA 3HUAA 1LJ4A 1P46A 5HNCA 4OWCA 241LA 1IR9A 1CUPA 2F47A 1L58A 1L15A 1G0KA 3QAKA 4ARLA 256LA 1B5ZA 4W96A 2CUUA 1C6NA 1YAOA 2G4PA 1IWYA 2G4NA 1GB3A 2BLXA 1LYGA 2NWDX 1P37A 1OVKA 3WPLA 1IR7A 230LA 3W6AA 1GF3A 4GBRB 1LZDA 4XN6A 174LA 1L67A 5FCPA 246LA 1JQUA 1L34A 5I4XA 1XFPL 1WQPA 5KXRA 1L73A 1XGUC 235LA 1L72A 2RBSA 1L35A 219LA 4I7LA 1GFEA 1NDMC 1QS9A 1N4FA 129LA 1F6RA 1L46A 3CB7A 1B7OA 126LA 1CKFA 4XJGA 5C6LA 1AT6A 1C45A 3CT1A 4I7PA 3HWLA 4XJDA 1L47A 1GF0A 4YM8A 1LJGA 5HNLA 1WQRA 2HU3A 1UC0A 2F4GA 2X0AA 5A3ZA 4I8SA 212LA 1NBZC 4N0JA 182LA 1IC5Y 3W6CA 1MLCE 1L70A 1ZV5L 1IIZA 4LZTA 2OE7X 1CX7A 5KXTA 1UACY 3TXIA 3IJVA 1G0PA 3L64A 1L38A 3PDSA 186LA 2Z37A 4RLMA 4PK0A 2DQDY 1L32A 4HJYA 3LN2A 5C6JA 1RJCB 1EL1A 180LA 4N8ZA 1UIHA 1C62A 4EPIA 4B4IA 4GRVA 1L41A 1XEJA 5L9JA 2G4QA 1KIRC 4NHSA 1L23A 112LA 3LZMA 1GFKA 3G3AB 122LA 1P36A 2B72A 3AGGG 1LMAA 4WG7A 1L48A 4EKRA 1LLHA 3C7YA 9LYZA 4Z46A 4DD7A 2MEGA 3TXHA 1C69A 1UICA 218LA 1REZA 4WM3A 2BQOA 3HFMY 1UIEA 1GFHA 4LYMA 1F6SA 1VDTA 2Z18A 1GF4A 2B7XA 3A6BY 2BQFA 1LZTA 243LA 1LSAA 146LA 4XENA 1IR8A 1CJ6A 1PQJA 1DYFA 5LINA 2YDGA 2H9JA 1L71A 4XJFA 1L25A 3LYTA 1DYGA 4EKSA 259LA 1UIGA 1P2RA 1QUHA 2RBPA 3DMXA 210LA 3A93A 1L91A 1KXXA 1HF4A 211LA 2Z6BA 224LA 4DD3A 5D5CA 1XJUA 2B6YA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3LZT A;  1G7H C;  3C7Z A;  157L A;  4CFO A;  2ZNW Y;  1BWH A;  2ZIL A;  1FLW A;  4GLV A;  1QT8 A;  1C67 A;  3QNG A;  5IDD A;  194L A;  226L A;  1V7T A;  1QDT A;  3WUL A;  2I6Z A;  2HUB A;  4ET8 A;  1L44 A;  1DQJ C;  1VAU A;  1HFY A;  2DQC Y;  3HU8 A;  1GEZ A;  1LGU A;  3EO5 A;  1KY0 A;  1YIK A;  3CDQ A;  3CSQ A;  1QUS A;  1CJ7 A;  3AJN A;  1GF8 A;  4NWH A;  4TSB A;  1LSP A;  3DN0 A;  4II8 A;  3N9A A;  4H92 A;  4QGZ A;  3OE9 A;  5B06 A;  3HH3 A;  1IC4 Y;  3TMV A;  1BB5 A;  3HTG A;  5FEK A;  4WM6 A;  4P2E A;  2ANV A;  3HT6 A;  1L57 A;  1JJ1 A;  1CKH A;  198L A;  1CU6 A;  2MEH A;  2W1L A;  3A67 Y;  1DYD A;  1NF5 A;  2A7D A;  1OYU A;  1NHE A;  188L A;  130L A;  3GUO A;  3MGW A;  3N9C A;  2LZ2 A;  4LT3 A;  163L A;  4C5F A;  1XGR C;  4NGY A;  118L A;  1L03 A;  3C82 A;  2B73 A;  4XJB A;  2DQF C;  3A92 A;  102L A;  4G4C A;  1C6F A;  3GUN A;  3ZVQ A;  3WMK A;  4NGW A;  1IP1 A;  3TMW A;  1L68 A;  4DD1 A;  1SSY A;  3SBA A;  2LCB A;  1LYF A;  120L A;  3IJU A;  2Q0M X;  3P66 A;  1GBX A;  2RSC A;  1TCY A;  3OE6 A;  2LHM A;  1SX2 A;  4PRU A;  215L A;  1LI6 A;  114L A;  4WM2 A;  2MED A;  1L92 A;  1JIT A;  2HEB A;  1RI8 B;  128L A;  1GD6 A;  2B74 A;  214L A;  3GUK A;  3V2W A;  4NGL A;  4XAD A;  4W56 A;  1BWI A;  1LZ6 A;  1XEP A;  209L A;  144L A;  1HEL A;  3VW7 A;  1PZY A;  3PBL A;  3CDV A;  3B6L A;  245L A;  4WLD A;  1YAQ A;  4OWA A;  3WW6 A;  3TXK A;  4I7Q A;  1BHZ A;  3GUL A;  4N1C C;  253L A;  5DLA A;  1C68 A;  190L A;  261L A;  1NMM A;  1BB7 A;  3ATN A;  1QTK A;  4HTN A;  1PQI A;  2F30 A;  1YL0 X;  176L A;  3HTD A;  4DDC A;  1B5U A;  1PQK A;  2F32 A;  1IOT A;  238L A;  1C6P A;  3E3D A;  4LDE A;  3FAD A;  1LYZ A;  1T8A A;  4PPO A;  1L75 A;  5KXM A;  1CV1 A;  1L94 A;  3A8Z A;  4NG8 A;  3A96 A;  217L A;  1K28 A;  2Z12 A;  3G3W A;  3GUM A;  4RW2 A;  4TX7 A;  1CV6 A;  1JTN A;  4DD9 A;  1HHL A;  1L61 A;  4EKQ A;  4TTD A;  1B0D A;  1FKV A;  1OVH A;  3FE0 A;  1GFU A;  4DDA A;  3BKV A;  1L29 A;  4WMG A;  1GB0 A;  4N9R A;  4HTK A;  1C10 A;  3DN6 A;  4ETA A;  1C6A A;  236L A;  1LJK A;  3ZEK A;  151L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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