2YBHA

Nitrate x-ray induced reduction on hewl crystals (2.31 mgy).
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME C
publication title Effective Scavenging at Cryotemperatures: Further Increasing the Dose Tolerance of Protein Crystals.
pubmed doi rcsb
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-03-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2ybhA00
1LYZA 3W6DA 2F4GA 1HSXA 1XGPC 1I1ZA 1CNSA 1GBYA 1GF5A 5FSTA 4C5FA 1GF9A 4H9CA 3A96A 1HNLA 1LHLA 1IORA 4NGJA 5B07A 2BAAA 208LA 1IOCA 1LSCA 1CKDA 1JKAA 1LOZA 1LZ5A 2BPUA 2MEHA 1GB3A 2ZNWY 3WPLA 2I25L 1REMA 1LHKA 5KKIA 2ZYCA 1QUSA 2X0AA 1HSWA 1AT6A 3AGHA 4NEBA 4PHIA 4WLTA 2AUBA 3AZ4A 1FLWA 2LZTA 2BQIA 4N0JA 4NWHA 2HU3A 1GB6A 4E3UA 1GE4A 1BB7A 1JPOA 4NY5A 3FE0A 1B2KA 1JUGA 1EQ4A 1B5UA 1LYYA 3TXKA 2BQOA 1XGQC 1IWWA 2W1MA 4H9AA 4H8ZA 5LVGA 4NG8A 1FBIX 1GFKA 5L3HA 4Z3MA 1HFZA 1IC5Y 1T6VL 2BQDA 3WU9A 3A34A 1WQRA 4H9IA 2MEFA 4OOTA 5KXLA 1J1XY 3WYHA 5KJ9A 1GE0A 1BGIA 3HBEX 4XENA 1NDGC 3A90A 4H1PA 3W6FA 1LCNA 1WQQA 1GBOA 3B0IA 1GBXA 4PRQA 4RLMA 2ZQ4A 3WMKA 1LZNA 1GPQC 4B1AA 2ZIJA 4OOOA 3TXJA 4QY9A 5JENB 3ZVQA 5APCA 4ANRA 5DLAA 1SQ2L 1IWVA 1LJKA 3A6BY 5L9JA 1C46A 1JKCA 1LMCA 2MEBA 1GFHA 1GD6A 1IWYA 1WQMA 5HMVA 4XN6A 4EMNA 1YAQA 1RFPA 1SLYA 2LHMA 4GCDA 4W94A 4NGVA 4NG1A 3B0OA 2D91A 4TX7A 3CSQA 1QDTA 1KXXA 5F81A 1IIZA 1GFVA 4NSJA 4J7VA 1A2YC 1H6MA 1TDYA 1W08A 4LYBA 1HERA 1HEPA 4PRUA 4YF2A 4TTDA 4B4EA 1JHLA 1TEWA 4ZFPA 1YAOA 1C43A 1UIBA 1VDSA 193LA 2CDSA 4J1AA 2DQGY 4LT2A 1XGTC 5IELA 1AM7A 2YVBA 4N8ZA 4G4HA 4NHQA 5F9XA 1AKIA 2HEEA 3N9EA 2G4QA 3W6EA 5LINA 5KXWA 3WUMA 4NSGA 2B5ZA 4OWHA 2A7DA 4WLDA 1CJ8A 3CSZA 4HPIA 1HENA 4BADA 5A3EA 4IASA 4NSHA 1D6PA 4H91A 2H5ZA 4NGWA 4M6DA 1LSGA 2C8OA 3BKHA 4HTKA 2DKVA 4O34A 3A6CY 5HNLA 3WPKA 1JKBA 3TXHA 1IC4Y 3LHMA 1LMPA 5KXZA 1GE1A 1GBSA 1INUA 2C8PA 4NHIA 1B5YA 3W6BA 5LYTA 2H9KA 3WULA 5J7CA 5LXWA 2Y8PA 2EKSC 1GFAA 3KAMA 5T3FA 4A7DA 3HBDA 4H90A 5KXMA 3P68A 1KXYA 2BQEA 1LYOA 1D0KA 1B7OA 1PS5A 1QQYA 4HJZA 4L41A 2YBIA 1B5VA 3LYMA 1OUGA 1JJ3A 1B7NA 1REYA 1XGUC 4NFVA 4LFXA 5LVKA 4NHSA 1LZTA 1ZV5L 1QTKA 5A3ZA 1JIYA 1G7MC 3TXFA 1OUFA 1REXA 4HV2A 1VDQA 4YEOA 4B4JA 3CT0A 1NKHA 4DD0A 1ZMYL 1ZVYB 1B7RA 2HEDA 4WM6A 1GEVA 3D3DA 1JKDA 5AMYA 4KPMA 4LZTA 5IHGA 1UIFA 1WQNA 4DD9A 2BQBA 5B05A 2W1LA 3RT5X 4H92A 1D0LA 1IP7A 1HFYA 5I54A 2D6BA 3HBHA 1IEEA 4CJ2A 4NHPA 4X3BA 3A91A 3M3UA 1GAYA 2XJWA 5ILFA 1WVUA 2DQDY 1NMMA 2YBJA 3AW7A 4KL7A 4R0FA 5KXKA 3A94A 3AYQA 1LZ1A 1B5WA 1YILA 2HEAA 1B5XA 4H9BA 4J0LA 3TMUA 4DC4A 3P64A 4YOPA 3TXBA 1OUBA 154LA 1EL1A 3IJVA 1GFTA 1BB6A 5LYZA 3TXGA 4UWNA 1OUCA 1LSNA 4YENA 1JITA 5KXRA 2ZILA 1GB2A 1KIPC 4NWEA 4AXTA 4KT3A 1LMNA 1IWXA 1I56A 3WL2A 1HMLA 2Z39A 2Z18A 4YM8A 1GFRA 1HMKA 2BQNA 2EPEA 5E9RA 4LYTA 1IY4A 2DQFC 1G7IC 3K3TA 2Z2EA 4QEQA 5F16A 1OQMA 1F6RA 1PZYA 1LJNA 4WM2A 1BB3A 3TXIA 2MEEA 4G4BA 3AZ6A 1QUTA 1LSPA 1B7LA 1V7SA 1GBZA 3EMSA 3OJPA 2H9JA 1LZCA 1UIHA 4UWUA 2D4IA 4RDSA 3WUNA 1GDXA 4BS7A 4IATA 3AB6A 1F6SA 4II8A 1VDPA 4QGZA 2MECA 1HC0A 5KXOA 4N1CC 5I53A 4GLVA 1LMQA 3WU8A 1F0WA 5LAGA 2WARA 1YAMA 1F10A 1NDMC 2G4NA 1UIEA 2LZ2A 5LIOA 5EBHA 1C08C 1JSEA 5KXPA 5KXTA 2IHLA 8LYZA 2FYCA 4CGEA 4HSFA 2HECA 1LKRA 1IP3A 1LMOA 3WXTA 5LVJA 3ZVQB 1UICA 2W1XA 3ATOA 2PC2A 5APEA 4G9SA 4ETBA 4OWAA 1CKFA 1NWGA 4WLYA 3WW5A 3A3QA 4ZIXA 5DL9A 4B49A 3J4GA 3ULRA 1DZBX 1XSFA 1FN5A 1E8LA 1BB5A 2YBLA 3J6KA 5DN4A 4QDNA 4WM5A 3RNXA 2BQCA 1LZAA 1YL1X 1B7QA 1LJGA 1DKJA 1IO5A 2IFFY 1ALCA 3A3RX 1YKYX 2ZIKA 4XJDA 1GDWA 1LZ6A 1BB4A 2FBBA 5LYMA 1BHZA 1VAUA 1GAZA 1JJ1A 3VWOA 1IWZA 3ZEKA 1LSEA 1YANA 1YROA 4PPOA 1LSZA 2GV0A 3WU7A 1FLQA 2BQGA 1DPXA 3N9AA 4I0CA 5B1FA 2F4AA 4XJIA 1D0MA 2I6ZA 3WW6A 5L3IA 4DYGA 1HHLA 4B4IA 1LJJA 3D9AC 1LJFA 1C7PA 3TXDA 1IVMA 1LKSA 2ZWBA 1T3PA 1TCYA 4NIJA 1LZRA 1NBZC 1IOQA 1FLUA 2YSSC 4GCCA 4OW1A 1FKVA 4XYYA 4DDCA 3CT1A 1IWUA 1LHIA 1LSAA 4NHTA 3CSRA 4RW2A 1GFEA 2XBSA 3WXUA 1UACY 2DQEY 5HNCA 1XGRC 4ET8A 3P4ZA 4CHXA 1O23A 4ETAA 1LZDA 4DD2A 1TBYA 4WM3A 4DWXA 4WM1A 135LA 1CKGA 5KXNA 5C6JA 1RE2A 4M4OA 1GBWA 2F30A 2MEIA 4TSBA 5FEKA 1LHJA 4N9RA 3LZTA 3AGIA 4GN4A 1IR7A 4H8XA 3LYTA 3GXKA 1VDTA 1IP4A 3LYZA 4EOFA 1KIRC 4R6CA 3F6ZA 4ETEA 1LJEA 2HU1A 2MEGA 1B0DA 1LSBA 5C6LA 3ATNA 1GHLA 3EXDA 4HTQA 132LA 1QSAA 4ML7A 4TUNA 4TSCA 1XEKA 3W3EA 4ETCA 4J1BA 1GXXA 1GF7A 2HEBA 1LZBA 2ZQ3A 1WTNA 3BKVA 3CQLA 5F14A 1YIKA 1HEMA 3T6UA 4CFPA 5LVHA 1BWIA 1LSYA 4XADA 5I5QA 3AJNA 1GB0A 1FKQA 1LMTA 4GCFA 4WM4A 5B59A 4LFPA 1GWDA 1BWJA 1G7JC 1G7LC 4ET9A 1LZ4A 2YDGA 5I4WA 4H9EA 1LPIA 1LZEA 4NGZA 2FYDA 4NGKA 4MSTA 4N1EI 3W6AA 1WTMA 4OWEA 1OP9B 4NGOA 4B0DA 3EBAB 5I4XA 3A95A 1NBYC 1YKZX 4HP0A 3CT5A 3G3BB 4FDYA 1OUAA 4GN5C 4W96A 1LZYA 3GXRA 4XJHA 1V7TA 4BAPA 3TMWA 2BQKA 1WQOA 1W6ZA 3N9CA 4AGAA 1RCMA 2A7FA 4Z41A 4WLXA 4WOAA 1B7MA 1UA6Y 5KXSA 1ZVHL 1UIAA 2MEAA 1LJHA 3A67Y 1GXV2 4HJYA 4NSIA 3WVYA 4Z46A 1EQ5A 1BVKC 4G49A 1FLYA 4LGKA 1OUEA 2G4PA 1XEJA 5APFA 5KXYA 1JTPL 1RI8B 1WVVA 4LYOA 6LYTA 5DN5A 4WO9A 1GF0A 2ZNXY 6LYZA 1GB8A 3LYOA 4LT0A 5KKJA 4XJBA 1IOSA 1VATA 2ZYPA 5KXXA 3P66A 4NGLA 4UWVA 4XJGA 5D5CA 1IY3A 1D9UA 1LJIA 2XBRA 153LA 207LA 1D6QA 2DQJY 1B7PA 1GB7A 1BVXA 3FI7A 3LZ2A 4DT3A 4Z98A 3TMVA 2DQCY 1C45A 4HJVA 5C6IA 1IC7Y 5FELA 1YKXX 1YL0X 4OWBA 1DKKA 133LA 1EQEA 2MEDA 1J1PY 1IP2A 1XFPL 4RLNA 1LSFA 1CJ6A 2D4JA 194LA 4RW1A 4HV1A 1LSMA 1N4FA 1HEQA 1IP5A 4LYZA 5FDJA 2BQAA 2CWIA 1IOTA 3P65A 2FBDA 4HPEA 1GFGA 5F9UA 1JWRA 1RJCB 1UUZC 1GF4A 4LT3A 1LYSA 1QSWA 5LVIA 5I4YA 2Z19A 2CJLA 3AW6A 1FDLY 4IJ4A 1BWHA 2Z38A 4H94A 4MR1A 4WL6A 3EO5A 2XTHA 3WVXA 2BLXA 1GFUA 1UBZA 1DI5A 1DQJC 3AGGG 4HTNA 1CJ7A 5B06A 2HEFA 4GCEA 1DXJA 2LYMA 5M1YA 3B0KA 4U3XB 4H9FA 3WPJA 1UIGA 7LYZA 1BQLY 1LZ9A 3TXEA 1LSDA 4N5RA 2Z12A 5DM9A 4I8SA 5HQ1A 2BQLA 4LT1A 3AZ7A 1HELA 4PGJB 1DI3A 4TWSA 5APDA 4MCKA 5LA5A 1LMAA 4CFOA 3IWRA 1DI4A 2N5ZA 3B72A 4D9ZA 5IDDA 3CB7A 1G7HC 1LTMA 2Z37A 4P2EA 3HFMY 2F2NA 3RU5A 3T36A 3A8ZA 3AZ5A 9LYZA 4C3WA 1C10A 1UCOA 1OUDA 3OK0A 5ILCA 3RZ4A 3A92A 1JJ0A 1OUIA 2RSCA 5E4PA 1LZ8A 2CGIA 1Z55A 4ETDA 2I26L 3A93A 3WUAA 5LA8A 4YEMA 5D5FA 1CJ9A 1H87A 2DQHY 2BQHA 4H8YA 4DD1A 4WG7A 2VB1A 1B7SA 1A4VA 1B9OA 4WMGA 2EQLA 3E3DA 1NHEA 1REZA 4G4CA 1QIOA 5B1GA 1YQVY 3TMXA 4DD7A 1J1OY 1IR9A 2LYOA 1GB9A 1GB5A 1NQIA 3MGWA 1OUHA 4WL7A 2DBTA 134LA 1IWTA 1XEIA 3G3AB 3QY4A 2BQMA 4DDBA 1LHHA 4H93A 1AZFA 1KXWA 4GCBA 2Q0MX 1MELL 5KY1A 1JTTL 3QNGA 2HUBA 2YBNA 5HLLA 1GF3A 1OUJA 1NF5A 4GLAA 5II3A 1LZSA 3QE8A 4LYMA 2DQIY 1LHMA 5FHWA 3SP3A 5LAFA 3W6CA 1HEWA 3IJUA 1GE3A 1JISA 1GEZA 1HFXA 2DQAA 1VFBC 5FCPA 4OWCA 1QDRA 1QTEA 1UC0A 1LZGA 1GF8A 1JTOL 4LYCA 4H9HA 1HEOA 2W1YA 1IP6A 1WQPA 4NGYA 3M18B 2YBHA 4DDAA 2Z2FA 4WO6A 4KXIA 4GN3A 5K7OA 1VEDA 1LAAA 4FJRA 1P2CC 2YBMA 1LJ4A 4BAFA 1UIDA 1GF6A 2BQJA 3B6LA 2EIZC 1DPWA 1GFJA 1TAYA 1I20A 1IR8A 2BLYA 4PJ2C 2BQFA 1IX0A 3LN2A 1HF4A 4WG1A 4XJFA 1LJ3A 3RW8A 3WH1A 2HTXA 1MLCE 1B5ZA 1CKHA 1KIQC 4ZEEA 1IP1A 1YAPA 2NWDX 1GE2A 5HMJA 4NGIA 4DD3A 1CKCA 1JEFA 1AT5A 2D4KA 1JSFA 2LYZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RBSA 1XGPC 1L62A 1I1ZA 4C5FA 3HT7A 1HNLA 5B07A 4NGJA 1LOZA 1LZ5A 2BPUA 3WPLA 1CV4A 248LA 230LA 103LA 1REMA 3C83A 1LHKA 1XJUA 5KKIA 1XEPA 1QT3A 2X0AA 2QARC 4PHIA 2LZTA 2NTHA 1L0KA 1C6BA 4N0JA 252LA 192LA 1B5UA 3TXKA 4H9AA 2W1MA 1HFZA 1IC5Y 1T6VL 246LA 2BQDA 3C7WA 2OEAX 3WYHA 1GE0A 4H1PA 3A90A 4K5YA 1GBXA 1LZNA 1GPQC 4OOOA 2OTZX 1PQIA 1IWVA 186LA 5L9JA 1GFHA 1GD6A 174LA 4EMNA 1YAQA 4GCDA 4W94A 1L03A 4E97A 5F81A 1OV7A 4NSJA 1L84A 1TDYA 1W08A 1HERA 1HEPA 1P37A 177LA 4ZFPA 206LA 1VDSA 109LA 2DQGY 4N8ZA 4G4HA 1L82A 1L0JA 2G4QA 180LA 2B5ZA 4WLDA 4HPIA 104LA 242LA 4IASA 1L72A 3HTBA 1L61A 4NSHA 4EJ4A 3A6CY 1L41A 4ARQA 1LMPA 5KXZA 1B5YA 5LXWA 213LA 3KAMA 1LYOA 3RUNA 1PS5A 1QQYA 4ARMB 2YBIA 1P7SA 1B7NA 1C64A 1REYA 1XGUC 5LVKA 1PQMA 161LA 4NHSA 1QTKA 5A3ZA 1REXA 4B4JA 4DD0A 1ZMYL 1ZVYB 1LYDA 1C6PA 5AMYA 120LA 1IP7A 3HBHA 258LA 158LA 1T8FA 1WVUA 3AW7A 3A94A 129LA 151LA 1YILA 3AYQA 4H9BA 1B5XA 3P64A 4YOPA 1LYIA 1QTCA 1L17A 154LA 2OTYX 1L64A 1GFTA 4UWNA 3HU9A 5KXRA 4EKRA 1CTWA 4KT3A 1I56A 4YM8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LYZ A;  3W6D A;  2F4G A;  1HSX A;  1XGP C;  1I1Z A;  1CNS A;  1GBY A;  1GF5 A;  5FST A;  4C5F A;  1GF9 A;  4H9C A;  3A96 A;  1HNL A;  1LHL A;  1IOR A;  4NGJ A;  5B07 A;  2BAA A;  208L A;  1IOC A;  1LSC A;  1CKD A;  1JKA A;  1LOZ A;  1LZ5 A;  2BPU A;  2MEH A;  1GB3 A;  2ZNW Y;  3WPL A;  2I25 L;  1REM A;  1LHK A;  5KKI A;  2ZYC A;  1QUS A;  2X0A A;  1HSW A;  1AT6 A;  3AGH A;  4NEB A;  4PHI A;  4WLT A;  2AUB A;  3AZ4 A;  1FLW A;  2LZT A;  2BQI A;  4N0J A;  4NWH A;  2HU3 A;  1GB6 A;  4E3U A;  1GE4 A;  1BB7 A;  1JPO A;  4NY5 A;  3FE0 A;  1B2K A;  1JUG A;  1EQ4 A;  1B5U A;  1LYY A;  3TXK A;  2BQO A;  1XGQ C;  1IWW A;  2W1M A;  4H9A A;  4H8Z A;  5LVG A;  4NG8 A;  1FBI X;  1GFK A;  5L3H A;  4Z3M A;  1HFZ A;  1IC5 Y;  1T6V L;  2BQD A;  3WU9 A;  3A34 A;  1WQR A;  4H9I A;  2MEF A;  4OOT A;  5KXL A;  1J1X Y;  3WYH A;  5KJ9 A;  1GE0 A;  1BGI A;  3HBE X;  4XEN A;  1NDG C;  3A90 A;  4H1P A;  3W6F A;  1LCN A;  1WQQ A;  1GBO A;  3B0I A;  1GBX A;  4PRQ A;  4RLM A;  2ZQ4 A;  3WMK A;  1LZN A;  1GPQ C;  4B1A A; 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 3WUA A;  5LA8 A;  4YEM A;  5D5F A;  1CJ9 A;  1H87 A;  2DQH Y;  2BQH A;  4H8Y A;  4DD1 A;  4WG7 A;  2VB1 A;  1B7S A;  1A4V A;  1B9O A;  4WMG A;  2EQL A;  3E3D A;  1NHE A;  1REZ A;  4G4C A;  1QIO A;  5B1G A;  1YQV Y;  3TMX A;  4DD7 A;  1J1O Y;  1IR9 A;  2LYO A;  1GB9 A;  1GB5 A;  1NQI A;  3MGW A;  1OUH A;  4WL7 A;  2DBT A;  134L A;  1IWT A;  1XEI A;  3G3A B;  3QY4 A;  2BQM A;  4DDB A;  1LHH A;  4H93 A;  1AZF A;  1KXW A;  4GCB A;  2Q0M X;  1MEL L;  5KY1 A;  1JTT L;  3QNG A;  2HUB A;  2YBN A;  5HLL A;  1GF3 A;  1OUJ A;  1NF5 A;  4GLA A;  5II3 A;  1LZS A;  3QE8 A;  4LYM A;  2DQI Y;  1LHM A;  5FHW A;  3SP3 A;  5LAF A;  3W6C A;  1HEW A;  3IJU A;  1GE3 A;  1JIS A;  1GEZ A;  1HFX A;  2DQA A;  1VFB C;  5FCP A;  4OWC A;  1QDR A;  1QTE A;  1UC0 A;  1LZG A;  1GF8 A;  1JTO L;  4LYC A;  4H9H A;  1HEO A;  2W1Y A;  1IP6 A;  1WQP A;  4NGY A;  3M18 B;  2YBH A;  4DDA A;  2Z2F A;  4WO6 A;  4KXI A;  4GN3 A;  5K7O A;  1VED A;  1LAA A;  4FJR A;  1P2C C;  2YBM A;  1LJ4 A;  4BAF A;  1UID A;  1GF6 A;  2BQJ A;  3B6L A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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