2YBHA

Nitrate x-ray induced reduction on hewl crystals (2.31 mgy).
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title Effective Scavenging at Cryotemperatures: Further Increasing the Dose Tolerance of Protein Crystals.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME C
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-03-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2ybhA00
1O23A 2EIZC 5LVIA 4G4HA 4II8A 1BVKC 3A95A 1JTPL 5FDJA 1OUIA 2F4GA 8LYZA 2GV0A 4J1BA 1HSXA 1C46A 2HEEA 4HTQA 5D5CA 4BAFA 1IOQA 4GCCA 1VATA 2CGIA 3K3TA 4B49A 4LFPA 2HECA 1JJ3A 1OUBA 5B1FA 1GD6A 4XENA 1XGRC 4WL6A 3W6AA 2A7DA 5JENB 4LYMA 3W6FA 4Z46A 3BKVA 4UWUA 2XTHA 1G7MC 3G3BB 1P2CC 2BAAA 1INUA 4H90A 1BB4A 3A90A 3AZ5A 4LYTA 1QIOA 1CKCA 4DD0A 1LHIA 1XEIA 3WVXA 1OUGA 1LSPA 1GFGA 2N5ZA 2DQEY 5LYZA 1EQ5A 1F0WA 1LSGA 2MEDA 4UWNA 1GXV2 1BQLY 1GB7A 1LMTA 4Z3MA 5HNLA 4DD9A 4PRUA 3FE0A 1IOCA 2F30A 3MGWA 1IOSA 1IP7A 1IP6A 4NGLA 9LYZA 4NSHA 3M18B 154LA 3ATOA 1D6QA 1G7HC 1HF4A 1HEMA 1OUDA 4IATA 2YBNA 4PHIA 1YKYX 5KXKA 1JHLA 1NDGC 4D9ZA 4YEMA 4AXTA 1GB9A 4GN3A 1DKKA 4CJ2A 1DZBX 1H6MA 4HTNA 1GFHA 4ML7A 2G4PA 1OUCA 3EMSA 4OOTA 1LOZA 5FEKA 2FYCA 1HEPA 1YAMA 4N0JA 4HPEA 2MEIA 3G3AB 4XJGA 3J4GA 4TSCA 1DQJC 1SLYA 1WQOA 1LJHA 3AW6A 5B06A 5KXYA 4CFPA 1B7OA 1GAZA 3B0KA 5C6IA 1BHZA 2EKSC 4B0DA 4WM1A 4GCFA 4GLAA 5LAGA 3ZVQA 1JJ0A 1RFPA 5A3ZA 1LSBA 1LZAA 1GB5A 1W08A 5DN4A 2HU1A 3TMWA 1GF3A 4ET9A 1FLYA 4WLTA 3RW8A 1CJ8A 2WARA 4PGJB 2H9JA 4EOFA 4PPOA 3RT5X 4R0FA 3J6KA 1WVUA 4HV2A 1CKHA 2XBRA 1C08C 1UIGA 1DI3A 3CT5A 2Q0MX 1GBWA 2HU3A 2W1YA 3LYTA 4NGIA 4ETCA 4ETEA 3P66A 5APFA 4OWAA 4DWXA 3GXRA 1E8LA 1GBSA 1AT6A 3ATNA 4N5RA 4WL7A 2G4QA 1GDXA 2ZIJA 3LYMA 1BWHA 1JKBA 4OOOA 4N1CC 4WOAA 3AZ4A 3WYHA 5FHWA 1GF7A 1LJEA 1YAOA 4H92A 4NGOA 5I4YA 4I0CA 4NG1A 2DQDY 2D4JA 4Z41A 1QDRA 1A4VA 3ZVQB 4G4BA 1WVVA 4H9FA 207LA 4QY9A 1B5VA 1FN5A 3WMKA 4DDBA 4I8SA 1LKSA 1GWDA 1GE2A 1IWZA 1UIBA 2MEFA 5F14A 5LVJA 1JPOA 1IWXA 1LAAA 5KXLA 4U3XB 4H9AA 1GFAA 4NHSA 1VDSA 4M6DA 3AZ6A 1JITA 3QNGA 3WW6A 7LYZA 3W6DA 4J1AA 1NKHA 1JSEA 2Z38A 3CQLA 1UBZA 1FBIX 3WUNA 4DC4A 134LA 4H8XA 1JEFA 1OP9B 4X3BA 4PRQA 1RE2A 1LZ1A 1QUSA 3AGGG 4NIJA 6LYZA 1A2YC 1WTMA 4R6CA 5DLAA 4WLXA 2BQOA 4GN4A 5HNCA 2W1LA 3A6CY 3EBAB 4ETBA 4DD2A 3WXUA 4KXIA 3EO5A 1LJNA 3D3DA 3N9AA 5E9RA 4WG7A 1GAYA 2Y8PA 4B4JA 1OUAA 1IC5Y 1NBYC 4LT2A 2EQLA 1ZMYL 5A3EA 1UICA 2BQIA 4CGEA 2BQEA 1LZBA 1GB2A 4NGVA 1GEVA 1QSWA 1XEKA 2YBMA 1YAQA 1NHEA 194LA 1DPWA 4NHTA 4TTDA 4XJIA 3W3EA 1GFRA 1VDQA 1XGPC 3QE8A 2HEDA 3CSRA 1LKRA 1OUHA 2VB1A 1D6PA 1J1XY 4WMGA 1ZVHL 1IC7Y 4XYYA 4FJRA 1LSDA 3HBDA 3WUAA 3TXIA 4QDNA 2YBLA 2X0AA 4KPMA 5APEA 1J1PY 5KXMA 5L3IA 4HTKA 4NGWA 1CKFA 1CNSA 4TUNA 5K7OA 2I25L 1GBYA 1IP1A 1LJ4A 4YEOA 3P64A 3A93A 4NSJA 1LZDA 1BVXA 1HEOA 3TXEA 3HBHA 2DQJY 3WW5A 1C10A 1T6VL 3HFMY 5HMJA 2BPUA 5I4WA 3E3DA 5KXOA 4EMNA 4WM2A 1MELL 1HHLA 1GDWA 5KXZA 1B5XA 1LYSA 1IP2A 2BQKA 3OJPA 4NGYA 2Z2EA 5APDA 5LA8A 3RU5A 2F4AA 3WU8A 1B7SA 1TBYA 4MSTA 2NWDX 1GFJA 4HJYA 1YANA 1TAYA 1B7NA 1UIFA 153LA 1GE0A 4GCEA 5L3HA 2BQNA 1WQPA 4OWHA 4HJVA 4M4OA 1JTOL 1LZTA 3EXDA 4HJZA 1IR9A 1GF8A 5T3FA 2Z39A 1IC4Y 1REXA 1LZCA 1QTEA 4WM6A 3W6CA 1BB6A 4B1AA 2XJWA 1NF5A 1GPQC 1REYA 1B7RA 1CKDA 1GFUA 1SQ2L 2ZQ4A 3AZ7A 1JKAA 4PJ2C 1IR7A 4H94A 2YSSC 3B0IA 3P65A 5LYTA 1B0DA 4GN5C 1KXYA 2DKVA 4NWEA 1UUZC 4XJHA 1DPXA 1YL0X 4XADA 3WPKA 3LHMA 133LA 2Z2FA 1CKGA 1LMNA 4W96A 4WLYA 5LIOA 5LVHA 5APCA 2I6ZA 1F6RA 1I56A 1IOTA 1UIDA 5DL9A 2Z37A 2B5ZA 6LYTA 3FI7A 3SP3A 1FLWA 2A7FA 3AW7A 1GE4A 3IWRA 5HQ1A 5LYMA 4IJ4A 3WPLA 1WTNA 1GXXA 1GB6A 2LZ2A 3AGIA 1I1ZA 1HFZA 4G4CA 1TCYA 4NG8A 2Z12A 1JTTL 4WM5A 1BWJA 1Z55A 3CSQA 3WU9A 1D9UA 1LSAA 5LAFA 3LZ2A 4RLMA 4FDYA 5IDDA 1J1OY 4ETAA 1B7PA 5C6JA 1IWVA 2FYDA 1IWWA 1HMKA 1HELA 1UA6Y 2Z19A 4NHPA 1IR8A 1LZ4A 1QUTA 1VAUA 4HV1A 5I54A 1TDYA 208LA 2ZYPA 3LN2A 3LZTA 1GB8A 3QY4A 5F81A 3A34A 3A91A 1B7LA 3M3UA 2HEAA 3B6LA 2BQBA 4DDAA 132LA 1LJFA 1H87A 1N4FA 3KAMA 5B07A 4ZIXA 2LZTA 1LHHA 4NHQA 1LJKA 2ZWBA 5F9UA 1GBOA 4A7DA 1C43A 1IEEA 1D0KA 1F10A 4TX7A 5LA5A 3TXJA 4YM8A 3OK0A 5B59A 2YBIA 1YKXX 3ZEKA 4DDCA 4RLNA 1REZA 4H93A 1OUJA 2BQLA 4QEQA 1NMMA 4O34A 1YQVY 4NEBA 4TSBA 1LZGA 1UC0A 2RSCA 2MEEA 1BB5A 1LZ6A 1LYYA 2HUBA 4KT3A 5I53A 1HC0A 1OQMA 3A92A 3A6BY 2ZYCA 1JKCA 5IHGA 2D4IA 1HEWA 1MLCE 2AUBA 2Z18A 4NGZA 4YENA 1FDLY 1LMQA 2C8OA 3WXTA 3W6BA 3CT0A 5KKJA 1LJJA 4GCBA 4WO9A 3IJVA 5KXTA 1B7MA 4HPIA 1GE1A 1LSEA 1LJ3A 1LMPA 1LSZA 1GHLA 1C7PA 4RW2A 1GFTA 1JUGA 1BGIA 1IWUA 1NWGA 1G7JC 2H5ZA 4HSFA 4Z98A 5F16A 3TXDA 5L9JA 1YKZX 4N8ZA 4HP0A 4P2EA 4QGZA 4RW1A 3TXFA 3B0OA 4ET8A 2BQJA 1JSFA 1VEDA 3A67Y 1XSFA 1HENA 2DQFC 4NY5A 4DD1A 5KJ9A 1RI8B 1XGTC 5KXWA 1UCOA 2LHMA 3AGHA 4NFVA 3WPJA 5J7CA 1VFBC 5KXXA 3F6ZA 3N9EA 3D9AC 1IY4A 4WO6A 3TMXA 5HLLA 1HERA 1BWIA 1OUEA 1IP3A 3AJNA 2DQIY 2I26L 4YOPA 1IO5A 1GB3A 1HFXA 193LA 4LGKA 3CB7A 4XJBA 5FSTA 1JWRA 1LZ5A 2HTXA 5ILCA 1G7IC 1B5ZA 2H9KA 3LYOA 1LZSA 1LZEA 2DQCY 4NSGA 1VDPA 4XJFA 2ZILA 1GF0A 1CJ6A 2ZNXY 1EQEA 2YDGA 3RZ4A 2D91A 1GBXA 1WQNA 4ETDA 2ZNWY 1GF5A 4NGKA 2C8PA 1RJCB 2D6BA 1JISA 1LHMA 1IWYA 5I5QA 1ZVYB 1PZYA 5FCPA 4BADA 5HMVA 1IP4A 1KXWA 1BB3A 4TWSA 3WH1A 1BB7A 1B5WA 1NQIA 2MEGA 5C6LA 5KXRA 1HSWA 1NBZC 2BQHA 3WULA 2XBSA 1LZYA 1FLUA 1LZNA 4H9CA 1B9OA 4ANRA 1IVMA 1FLQA 135LA 1HEQA 1KIRC 4H91A 1DKJA 4WG1A 1GBZA 4NWHA 5LVKA 5KXPA 1JKDA 1YAPA 3A3QA 4GCDA 1HFYA 3A94A 1QDTA 1CJ9A 4J0LA 5EBHA 4H9HA 1DI4A 1UACY 1PS5A 2BLYA 5F9XA 5II3A 1REMA 3N9CA 1LJIA 3TMUA 1XEJA 4WM3A 3A8ZA 1NDMC 1UIAA 4LZTA 2W1MA 4CFOA 1F6SA 1XGQC 4N1EI 4NSIA 3TXHA 1KIPC 1LSCA 5LINA 4LFXA 2BLXA 5I4XA 2YVBA 2MEAA 1ZV5L 4C3WA 1IP5A 4OWCA 2BQAA 2BQFA 5E4PA 3AB6A 1GF6A 1QSAA 3TMVA 4LYOA 1EQ4A 2W1XA 1HNLA 3P4ZA 1LHJA 2DQGY 1AM7A 4H9IA 3W6EA 1AT5A 2ZIKA 4UWVA 3RNXA 4OWBA 1JIYA 1LZ8A 1WQQA 3BKHA 1XFPL 4KL7A 1GEZA 1RCMA 1LHLA 1YILA 4G9SA 1IIZA 3VWOA 2D4KA 1XGUC 1I20A 5LVGA 1GFKA 2LYOA 1VDTA 4GLVA 1B2KA 4LT3A 1LSYA 2BQGA 4OWEA 4H8ZA 3ULRA 4YF2A 2MEBA 4MCKA 4ZEEA 3A96A 4H8YA 4DD3A 5LXWA 2FBDA 5B05A 1LJGA 3TXKA 1LMOA 1LSFA 1JJ1A 1CJ7A 2BQCA 2DBTA 1EL1A 4H9EA 1B7QA 1T3PA 4XJDA 1C45A 1LPIA 2MEHA 1LYZA 1YL1X 5FELA 1FKQA 2BQDA 4H9BA 5D5FA 4H1PA 1HMLA 4WM4A 1W6ZA 2CJLA 2ZQ3A 2LYMA 4RDSA 4B4EA 3LYZA 3B72A 5ILFA 1FKVA 4IASA 1GFEA 3A3RX 3GXKA 2BQMA 3TXBA 2MECA 1IX0A 5KY1A 1YIKA 4E3UA 3CT1A 5KKIA 1GF9A 4BS7A 1WQRA 3CSZA 1QTKA 5AMYA 4DYGA 5M1YA 4CHXA 1D0LA 3T6UA 2EPEA 1B5YA 2IHLA 1UIHA 1WQMA 4LYZA 4C5FA 2F2NA 4MR1A 5DM9A 4DT3A 3AYQA 1YROA 1KXXA 2LYZA 2YBJA 3WUMA 1GE3A 2HEFA 1LSMA 1ALCA 2CDSA 3WL2A 1B5UA 2CWIA 4L41A 2IFFY 5IELA 1G7LC 1LZ9A 1V7TA 1AZFA 1OUFA 1DXJA 3WU7A 1IY3A 1LMCA 4NHIA 4WLDA 1GB0A 4LYBA 1GF4A 5DN5A 1LZRA 1LMAA 1LHKA 1IWTA 4OW1A 1LYOA 1LSNA 4G49A 4LT0A 4XN6A 4NGJA 2DQHY 1IORA 5KXSA 5KXNA 3WVYA 4BAPA 1KIQC 4W94A 1D0MA 4B4IA 4J7VA 2DQAA 2G4NA 1AKIA 2FBBA 5B1GA 4AGAA 3HBEX 3TXGA 1LCNA 2YBHA 4LYCA 1DI5A 4DD7A 4N9RA 1UIEA 3IJUA 4ZFPA 3T36A 1V7SA 1LTMA 1QQYA 3P68A 1TEWA 2HEBA 4LT1A 1GFVA 2PC2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5LVIA 3A95A 1OUIA 8LYZA 1HSXA 2NTHA 5D5CA 4BAFA 1IOQA 2CGIA 4LFPA 1GD6A 1L67A 1XGRC 4Z46A 2RAYX 1D9WA 3G3BB 1P2CC 2BAAA 1BB4A 3A90A 1L44A 1OUGA 3DMZA 1LSPA 1GXV2 1BQLY 1GB7A 1LMTA 4PRUA 4ARPA 1IOCA 2F30A 3HTDA 146LA 3M18B 1HEMA 4IATA 251LA 1JHLA 4D9ZA 1DZBX 4HTNA 4ML7A 225LA 1YAMA 4LDOA 112LA 1SLYA 1WQOA 3AW6A 2RBQA 1B7OA 3B0KA 2EKSC 3GUKA 4WM1A 4GCFA 1JJ0A 1LSBA 1GB5A 5DN4A 2HU1A 3TMWA 3G3VA 4I7NA 2H9JA 3RT5X 1L35A 1CKHA 2XBRA 3CT5A 1L19A 2HU3A 2W1YA 4DWXA 1E8LA 1CTWA 3ATNA 4N5RA 2G4QA 3HWLA 1GDXA 3LYMA 1G0LA 1BWHA 1JKBA 1C6FA 4N1CC 3HUQA 1L26A 5FHWA 3WYHA 1GF7A 231LA 1OVJA 230LA 2D4JA 2DQDY 3C82A 145LA 1C69A 207LA 1L77A 4QY9A 1B5VA 238LA 1L24A 1OV5A 1C67A 4GRVA 237LA 1LKSA 1GWDA 1IWZA 1UIBA 4LDLA 5F14A 1CUQA 3CDVA 3OE6A 7LYZA 1LPYA 3QNGA 122LA 176LA 4DC4A 4X3BA 4PRQA 3AGGG 1A2YC 4WLXA 1L92A 1LJNA 5E9RA 1GAYA 2Y8PA 235LA 2LZMA 2EQLA 5A3EA 1XEKA 1QSWA 194LA 1DPWA 3HTGA 4W54A 3CSRA 1LSDA 4KPMA 5APEA 4YX7C 1CKFA 1CNSA 1L33A 2O79A 1L61A 3HU9A 3A93A 1LZDA 3TXEA 2DQJY 1T8AA 1C10A 2B74A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1O23 A;  2EIZ C;  5LVI A;  4G4H A;  4II8 A;  1BVK C;  3A95 A;  1JTP L;  5FDJ A;  1OUI A;  2F4G A;  8LYZ A;  2GV0 A;  4J1B A;  1HSX A;  1C46 A;  2HEE A;  4HTQ A;  5D5C A;  4BAF A;  1IOQ A;  4GCC A;  1VAT A;  2CGI A;  3K3T A;  4B49 A;  4LFP A;  2HEC A;  1JJ3 A;  1OUB A;  5B1F A;  1GD6 A;  4XEN A;  1XGR C;  4WL6 A;  3W6A A;  2A7D A;  5JEN B;  4LYM A;  3W6F A;  4Z46 A;  3BKV A;  4UWU A;  2XTH A;  1G7M C;  3G3B B;  1P2C C;  2BAA A;  1INU A;  4H90 A;  1BB4 A;  3A90 A;  3AZ5 A;  4LYT A;  1QIO A;  1CKC A;  4DD0 A;  1LHI A;  1XEI A;  3WVX A;  1OUG A;  1LSP A;  1GFG A;  2N5Z A;  2DQE Y;  5LYZ A;  1EQ5 A;  1F0W A;  1LSG A;  2MED A;  4UWN A;  1GXV 2;  1BQL Y;  1GB7 A;  1LMT A;  4Z3M A;  5HNL A;  4DD9 A;  4PRU A;  3FE0 A;  1IOC A;  2F30 A;  3MGW A;  1IOS A;  1IP7 A;  1IP6 A;  4NGL A;  9LYZ A;  4NSH A;  3M18 B;  154L A;  3ATO A;  1D6Q A;  1G7H C;  1HF4 A;  1HEM A;  1OUD A;  4IAT A;  2YBN A;  4PHI A;  1YKY X;  5KXK A;  1JHL A;  1NDG C;  4D9Z A;  4YEM A;  4AXT A;  1GB9 A;  4GN3 A;  1DKK A;  4CJ2 A;  1DZB X; 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 1JJ1 A;  1CJ7 A;  2BQC A;  2DBT A;  1EL1 A;  4H9E A;  1B7Q A;  1T3P A;  4XJD A;  1C45 A;  1LPI A;  2MEH A;  1LYZ A;  1YL1 X;  5FEL A;  1FKQ A;  2BQD A;  4H9B A;  5D5F A;  4H1P A;  1HML A;  4WM4 A;  1W6Z A;  2CJL A;  2ZQ3 A;  2LYM A;  4RDS A;  4B4E A;  3LYZ A;  3B72 A;  5ILF A;  1FKV A;  4IAS A;  1GFE A;  3A3R X;  3GXK A;  2BQM A;  3TXB A;  2MEC A;  1IX0 A;  5KY1 A;  1YIK A;  4E3U A;  3CT1 A;  5KKI A;  1GF9 A;  4BS7 A;  1WQR A;  3CSZ A;  1QTK A;  5AMY A;  4DYG A;  5M1Y A;  4CHX A;  1D0L A;  3T6U A;  2EPE A;  1B5Y A;  2IHL A;  1UIH A;  1WQM A;  4LYZ A;  4C5F A;  2F2N A;  4MR1 A;  5DM9 A;  4DT3 A;  3AYQ A;  1YRO A;  1KXX A;  2LYZ A;  2YBJ A;  3WUM A;  1GE3 A;  2HEF A;  1LSM A;  1ALC A;  2CDS A;  3WL2 A;  1B5U A;  2CWI A;  4L41 A;  2IFF Y;  5IEL A;  1G7L C;  1LZ9 A;  1V7T A;  1AZF A;  1OUF A;  1DXJ A;  3WU7 A;  1IY3 A;  1LMC A;  4NHI A;  4WLD A;  1GB0 A;  4LYB A;  1GF4 A;  5DN5 A;  1LZR A;  1LMA A;  1LHK A;  1IWT A;  4OW1 A;  1LYO A;  1LSN A;  4G49 A;  4LT0 A;  4XN6 A;  4NGJ A;  2DQH Y;  1IOR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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