1GF0A

Buried polar mutant human lysozyme
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLSKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Contribution of polar groups in the interior of a protein to the conformational stability.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 53
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1gf0A00
1F6SA 2ZWBA 1G7JC 1WQNA 2WARA 4XENA 4Z3MA 4XJDA 3E3DA 1EL1A 4ET8A 1LZ1A 3P66A 1NF5A 1H87A 3TMUA 3FE0A 1CKHA 3G3BB 4FDYA 3LYOA 4G49A 1INUA 2HEDA 4WMGA 4II8A 5IHGA 4W94A 4U3XB 1NKHA 1XFPL 4IJ4A 6LYZA 4LYOA 1NDMC 4WLXA 4PJ2C 1BHZA 3WU9A 1IP3A 1FKQA 2ZQ4A 5C6IA 1IC5Y 3N9CA 1UC0A 5KJ9A 5I4XA 4D9ZA 4N9RA 2Z18A 1BVKC 5EBHA 2VB1A 4DC4A 2BAAA 4YOPA 1QUSA 3AB6A 1KXYA 1WQRA 2ZNWY 4CHXA 3OK0A 1EQEA 2YBJA 3AZ4A 3WUAA 1GAZA 5LYMA 1UA6Y 1JTTL 1REZA 1XEKA 2MEFA 1ALCA 1UIGA 4H91A 4LYTA 4PHIA 1JUGA 3G3AB 4HTKA 4IASA 3CT5A 5AMYA 1GB3A 5KXPA 2BQIA 2DQEY 1GD6A 4DT3A 1RJCB 1GE2A 1QTEA 4WLTA 4PRUA 3GXKA 4Z98A 4GN3A 4MR1A 3TXFA 1F6RA 4EMNA 1CJ7A 1QSAA 1YAPA 1G7IC 1A4VA 1IP2A 1LSAA 5KKJA 2DQAA 2RSCA 1GBSA 4HTQA 1JKCA 1LKRA 5DN4A 1OUJA 1LZ9A 2BQKA 4PRQA 1GB9A 4WO9A 4I8SA 4CFPA 4ZEEA 1KIQC 5FHWA 1LYZA 4RW2A 5M1YA 1NHEA 4XJHA 4RLMA 1LSZA 1SLYA 4H8YA 1FKVA 1YL0X 5L3IA 1LJFA 4J0LA 1GF5A 2BQAA 1LYOA 1RI8B 1QDTA 5HNCA 2BLXA 1LSYA 1LTMA 3A34A 1GAYA 2DQFC 4M4OA 2HTXA 4NSGA 4LFXA 4GCCA 3TXDA 4ZFPA 1HERA 3WL2A 4H9FA 2BQGA 4B4IA 1JISA 2DQCY 4B1AA 1IWWA 4OWCA 1LPIA 4R0FA 1QIOA 2YSSC 3AYQA 1HF4A 5L9JA 4DD2A 1LAAA 1GB2A 4XJBA 3P65A 1P2CC 1VDQA 4J1AA 4WL7A 2H9JA 3D9AC 2X0AA 1NQIA 1YILA 1GBZA 1OUGA 1CKCA 3A93A 1UIHA 2DQDY 3CB7A 1VDTA 1O23A 2LZTA 3SP3A 2Z2EA 4OWAA 2A7FA 1IC7Y 2DQHY 1BWIA 2F4GA 3WXTA 3ZVQA 1LHHA 1ZVYB 3CSRA 1BGIA 1BB7A 1IP7A 4H9HA 4LT3A 1B5ZA 1DI5A 1C10A 3LZ2A 4ETBA 1T6VL 1OUAA 3EO5A 1BQLY 4BADA 1NMMA 4QY9A 1B5VA 1I1ZA 4N5RA 3IWRA 1LHKA 4ANRA 4EOFA 4HJVA 4NHIA 3AZ6A 1GF6A 1WQOA 3TXGA 1GEZA 4WOAA 2W1XA 3W6DA 1G7MC 2LYZA 3RZ4A 1XSFA 1UIAA 2DKVA 1JTOL 2BQFA 1RE2A 1IWTA 1LSEA 1IP6A 4WM6A 1NDGC 1LSBA 4NHTA 1D0MA 5E4PA 1UIDA 5KXMA 1GF4A 4Z46A 4NGKA 4R6CA 4KT3A 4ML7A 1OUBA 1CJ6A 1WVVA 1YROA 1GB7A 1WQMA 4NG8A 1XGPC 1REMA 3AGHA 4XADA 4MCKA 2MEBA 4UWVA 1IR7A 5KXOA 3CQLA 2CJLA 4H92A 1FBIX 1YAMA 4B4JA 1HMKA 1DKJA 4GCEA 2EQLA 2MEDA 3A3RX 1B5WA 4M6DA 1YKYX 5F16A 4NY5A 4OOOA 3TXHA 4CFOA 1JITA 4NSIA 3ZEKA 2FBBA 2W1LA 5C6JA 4H9IA 4XN6A 5APEA 2YBMA 5B59A 1VDPA 1FLUA 1HEOA 3LYZA 1GBOA 4NGZA 4NGLA 2A7DA 4ETEA 1LJIA 2BQNA 3P4ZA 2HEFA 2CGIA 1HEMA 5J7CA 1AZFA 3LN2A 2BQJA 2BQBA 4HV2A 1VEDA 5FEKA 1JSFA 4YEOA 1GFAA 1IP1A 1HEQA 4WM3A 3WULA 2H5ZA 2DQIY 5B05A 3BKHA 2FYCA 2BQHA 2Z39A 1B7LA 4LZTA 1D9UA 2ZYCA 1LMCA 3B0KA 3GXRA 3EMSA 5I5QA 1W6ZA 1HFZA 153LA 2G4NA 1IWVA 2BQMA 4NWEA 1WTNA 2MEEA 2ZIKA 5F81A 1EQ4A 1GDXA 4NGWA 5HMVA 1E8LA 4I0CA 1DZBX 1LSMA 2YBLA 5D5FA 1GFKA 4UWUA 1GE4A 4DD3A 1HFYA 2B5ZA 1B0DA 2N5ZA 1F0WA 1C45A 1GXXA 1QQYA 4A7DA 4WM2A 3WU7A 1LZ8A 1B9OA 2FYDA 5I53A 3A6CY 3T36A 2DQJY 2I25L 3D3DA 4LT1A 5B1GA 1UCOA 1N4FA 1UIEA 3AGIA 1GE0A 1QTKA 4HPIA 1AM7A 1IY3A 1LYSA 1GFUA 1CJ9A 134LA 1LZNA 1NBZC 1ZVHL 1C46A 5F9XA 1VATA 3IJVA 5DN5A 3RW8A 2HU1A 4N0JA 5KKIA 3WPJA 1IP4A 3WUNA 1A2YC 4NGOA 1FLQA 1LKSA 1GHLA 4LYBA 5LA8A 4W96A 3TXJA 4ETDA 5LIOA 5LVKA 1J1PY 4ETCA 2ZNXY 5KXNA 1WVUA 1IY4A 1B7NA 1KIRC 2YBHA 4H9EA 5F9UA 1J1XY 1BB3A 1GBWA 1B7SA 1HMLA 1GF7A 2D4IA 4L41A 3K3TA 3A96A 4GN5C 5KXKA 5ILFA 1CNSA 3B0IA 2MEIA 3AZ5A 4GCDA 4HJYA 4WG7A 4LT2A 1IOCA 2GV0A 3IJUA 3W6CA 2FBDA 1XGUC 1CKFA 4Z41A 3ATNA 1GFTA 3WMKA 3J6KA 1D0LA 1SQ2L 4KXIA 1XGTC 3WYHA 132LA 3QY4A 1OUCA 1YKXX 4FJRA 4RW1A 1LSDA 3CSZA 2C8PA 1AT6A 2HU3A 3RT5X 4B4EA 1IEEA 1LZDA 2BQLA 4G4HA 4DDBA 4QGZA 1NBYC 5K7OA 133LA 5F14A 4H9BA 1OUDA 5B1FA 4LFPA 1IWYA 1B7OA 4TUNA 2XJWA 3CSQA 1GWDA 1REYA 4H9CA 4MSTA 4HJZA 4QDNA 5E9RA 5APCA 2HEBA 4LYMA 3TXKA 1LSFA 1GXV2 3WW5A 3W6AA 1LSPA 5IDDA 1BB6A 2NWDX 3WH1A 3WW6A 5II3A 1YKZX 5LAGA 1DI3A 3CT1A 3A3QA 1LZBA 4NGJA 5KXWA 1B7PA 1IVMA 1REXA 1TAYA 2Y8PA 4AGAA 2HECA 4LGKA 1DXJA 4CGEA 5LVHA 1QSWA 2ZIJA 1LSCA 4NGYA 2LHMA 1TCYA 2W1MA 1HNLA 4PPOA 1H6MA 4RLNA 2Z38A 1ZV5L 4DDCA 1LJEA 4YF2A 4WO6A 4C3WA 4BAFA 1LZ4A 1D6PA 3QE8A 3LYMA 5KXXA 2YVBA 3A95A 2YBIA 4NSJA 1B2KA 4QEQA 5LAFA 1LZRA 1UBZA 1YQVY 1GE1A 1LSGA 2DBTA 2I6ZA 3F6ZA 1IORA 1GF8A 4NG1A 3QNGA 3LHMA 3W3EA 1OUFA 1IR9A 2DQGY 2LYMA 4HTNA 5KXLA 4TTDA 1C08C 4N1EI 1LZTA 4WM5A 1Z55A 1B7QA 3TMVA 1JIYA 3FI7A 4BAPA 1OUEA 1J1OY 3P64A 1WTMA 4NGIA 1OP9B 1LZEA 2Z2FA 3HBEX 4PGJB 3A67Y 1GFEA 2F2NA 5KXSA 1IOSA 1JKBA 135LA 3LZTA 5KY1A 1JJ3A 4LYZA 3EBAB 3AW6A 1HHLA 4OWBA 1GB6A 4H9AA 3M3UA 1VAUA 4J7VA 4X3BA 5KXTA 1CKDA 1B5UA 1JJ0A 4RDSA 4J1BA 4E3UA 1LJKA 1IWXA 1CKGA 4N1CC 1BB5A 1VFBC 1GB8A 1WQPA 1YAQA 2XBSA 3A8ZA 1GDWA 1HSWA 5I4YA 3W6BA 3EXDA 3AW7A 1LZ6A 3B72A 1BWHA 3N9EA 1BB4A 1D6QA 4NGVA 3TMWA 2W1YA 1LJJA 1V7SA 5ILCA 1LSNA 4DYGA 1CJ8A 4XJIA 3W6EA 4H8ZA 1XGRC 1LJHA 1IIZA 1D0KA 4NHPA 4OWEA 4UWNA 5LXWA 1GF3A 1B5YA 4B0DA 4AXTA 1JKDA 4WM1A 1KXWA 1G7LC 1GFRA 3AJNA 1F10A 5LYZA 1KIPC 4DDAA 4WLDA 5KXRA 1UICA 1C7PA 1NWGA 4TWSA 2D6BA 1DQJC 2PC2A 1LZYA 4HV1A 4LT0A 1YAOA 3ATOA 1WQQA 1LZCA 1JWRA 4ZIXA 1UACY 1UIFA 2BQDA 4H8XA 3TMXA 4DD0A 6LYTA 3LYTA 4GLVA 2BQOA 1GF0A 7LYZA 2D91A 5HMJA 4ET9A 4OW1A 3WPLA 1PS5A 1QUTA 5DLAA 3TXEA 2H9KA 4YENA 5I54A 4NFVA 1LMNA 1BVXA 1TEWA 3KAMA 1OUIA 3WVYA 2EKSC 4TX7A 1LYYA 1JKAA 1LCNA 3A92A 1IC4Y 4OOTA 3ULRA 1HC0A 5D5CA 1YIKA 1IO5A 5KXZA 1YL1X 2LYOA 1LZAA 2HEEA 4DD1A 4WM4A 3WVXA 1FLYA 5DL9A 5I4WA 1LJ3A 3A91A 2Z12A 4G4BA 5LVGA 4GN4A 3W6FA 3CT0A 1IWZA 5A3EA 4TSBA 5KXYA 4XYYA 3RU5A 1AT5A 2AUBA 3M18B 5L3HA 3B6LA 5FCPA 2BQCA 3T6UA 4B49A 4H90A 3RNXA 1V7TA 1FDLY 1RFPA 1GPQC 1I20A 2G4PA 3MGWA 3WUMA 5LVJA 1C43A 1KXXA 2MECA 194LA 3P68A 1OQMA 4ETAA 1HELA 1LMPA 1LZSA 2CWIA 1GFGA 4H1PA 5HNLA 207LA 4H93A 2MEAA 1GBXA 2C8OA 5HLLA 154LA 2BPUA 2F4AA 2HEAA 2LZ2A 1DI4A 4XJGA 1GFHA 1B5XA 1LZGA 4OWHA 3WU8A 4C5FA 1GBYA 1RCMA 2CDSA 4WLYA 1I56A 4NWHA 2MEGA 1LMAA 1G7HC 1IOQA 4NHSA 3A94A 4NEBA 2XTHA 1VDSA 1LHMA 4YM8A 2IHLA 1AKIA 1HEWA 4O34A 1EQ5A 193LA 4G4CA 2I26L 5A3ZA 1LHIA 2ZYPA 1JEFA 2EPEA 4CJ2A 2Z37A 1IR8A 1JPOA 1T3PA 1QDRA 2BQEA 5FSTA 1XEJA 1GE3A 208LA 2BLYA 4XJFA 3HBDA 3N9AA 1TBYA 5DM9A 4DD9A 5HQ1A 1BWJA 4HSFA 2XBRA 1HSXA 2MEHA 4HPEA 3TXBA 1IX0A 3TXIA 8LYZA 4GCFA 4BS7A 4DD7A 5C6LA 4H94A 1LJGA 3VWOA 1UUZC 5LYTA 1GB5A 1IOTA 3BKVA 4WL6A 5B07A 4NHQA 3WPKA 3J4GA 5LINA 4GCBA 1FN5A 1DPWA 5T3FA 3A6BY 4YEMA 1MLCE 2Z19A 5LVIA 1LZ5A 1XGQC 1UIBA 4G9SA 1DKKA 3ZVQB 4GLAA 3A90A 4TSCA 1LMTA 2YDGA 4HP0A 1B7MA 1GF9A 1JTPL 2HUBA 1B7RA 1HEPA 1HFXA 2ZILA 1LJ4A 3AGGG 4WG1A 1JHLA 5APFA 1PZYA 2D4JA 3HFMY 1FLWA 1IP5A 2Q0MX 5B06A 5FELA 4LYCA 4P2EA 5FDJA 2EIZC 1IWUA 3OJPA 1LHJA 5APDA 4NIJA 1GB0A 1YANA 2G4QA 1GFJA 9LYZA 1DPXA 1OUHA 3HBHA 4KPMA 1W08A 2D4KA 2ZQ3A 5LA5A 4KL7A 1GEVA 4IATA 4N8ZA 1JJ1A 5IELA 1LMQA 1TDYA 1XEIA 1ZMYL 1GFVA 2F30A 5JENB 1LOZA 1JSEA 1LJNA 2YBNA 1HENA 3B0OA 2IFFY 3WXUA 1LHLA 4DWXA 4NSHA 1MELL 1LMOA 3AZ7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4XENA 2ZWBA 2WARA 180LA 3E3DA 4EPFA 3TMUA 2OEAX 3G3BB 4G49A 1INUA 234LA 2HEDA 1LYGA 118LA 4IJ4A 3C8RA 4PJ2C 1BHZA 1IP3A 1FKQA 5C6IA 1LI3A 1BVKC 4DC4A 2BAAA 1L66A 4YOPA 2IGCA 1L04A 252LA 2ZNWY 185LA 5LYMA 1D3JA 1XEKA 1ALCA 1UIGA 4H91A 4PHIA 4HTKA 2B72A 4IASA 1L95A 1L49A 1QTEA 4GN3A 2F47A 1CV4A 1L89A 1L97A 1C6LA 2RSCA 1GBSA 1JKCA 3HTDA 109LA 1OUJA 4PRQA 2BQKA 1L92A 1NHEA 4RLMA 1SLYA 1LJFA 230LA 1RI8B 2B6XA 2BLXA 1LSYA 2DQFC 2OE9X 221LA 3TXDA 1QIOA 2YSSC 1LAAA 3P65A 170LA 2H9JA 1L55A 1GBZA 1L06A 1VDTA 3SP3A 2F4GA 1C6QA 1LHHA 3CSRA 254LA 3HT7A 1CV6A 147LA 1I1ZA 3IWRA 3AZ6A 3TXGA 1P2LA 1L91A 1UIAA 261LA 1RE2A 1IWTA 1P36A 1QS5A 1NDGC 1LSBA 5E4PA 1OUBA 4I7LA 1L83A 4NG8A 1XGPC 1REMA 1SWYA 1IR7A 1L47A 5KXOA 187LA 1G0QA 1B5WA 1L41A 4NSIA 1DYGA 2W1LA 4XN6A 5APEA 1FLUA 4NGLA 4ETEA 3P4ZA 2HUKA 1QT5A 4EXMA 4HV2A 5FEKA 1C6EA 2L78A 5B05A 1L62A 2Z39A 199LA 1D9UA 3B0KA 1LMCA 3GXRA 3EMSA 5I5QA 1HFZA 3D4SA 2G4NA 1L42A 1E8LA 1EQ4A 1GDXA 4NGWA 5D5FA 1L10A 3FADA 113LA 2B5ZA 1C45A 4A7DA 4WM2A 1B9OA 5I53A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1F6S A;  2ZWB A;  1G7J C;  1WQN A;  2WAR A;  4XEN A;  4Z3M A;  4XJD A;  3E3D A;  1EL1 A;  4ET8 A;  1LZ1 A;  3P66 A;  1NF5 A;  1H87 A;  3TMU A;  3FE0 A;  1CKH A;  3G3B B;  4FDY A;  3LYO A;  4G49 A;  1INU A;  2HED A;  4WMG A;  4II8 A;  5IHG A;  4W94 A;  4U3X B;  1NKH A;  1XFP L;  4IJ4 A;  6LYZ A;  4LYO A;  1NDM C;  4WLX A;  4PJ2 C;  1BHZ A;  3WU9 A;  1IP3 A;  1FKQ A;  2ZQ4 A;  5C6I A;  1IC5 Y;  3N9C A;  1UC0 A;  5KJ9 A;  5I4X A;  4D9Z A;  4N9R A;  2Z18 A;  1BVK C;  5EBH A;  2VB1 A;  4DC4 A;  2BAA A;  4YOP A;  1QUS A;  3AB6 A;  1KXY A;  1WQR A;  2ZNW Y;  4CHX A;  3OK0 A;  1EQE A;  2YBJ A;  3AZ4 A;  3WUA A;  1GAZ A;  5LYM A;  1UA6 Y;  1JTT L;  1REZ A;  1XEK A;  2MEF A;  1ALC A;  1UIG A;  4H91 A;  4LYT A;  4PHI A;  1JUG A;  3G3A B;  4HTK A;  4IAS A;  3CT5 A;  5AMY A;  1GB3 A;  5KXP A;  2BQI A;  2DQE Y;  1GD6 A;  4DT3 A;  1RJC B;  1GE2 A;  1QTE A;  4WLT A;  4PRU A;  3GXK A;  4Z98 A;  4GN3 A;  4MR1 A;  3TXF A;  1F6R A;  4EMN A;  1CJ7 A;  1QSA A;  1YAP A;  1G7I C;  1A4V A;  1IP2 A;  1LSA A;  5KKJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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