3DN3A

Iodopentafluorobenzene binding in the hydrophobic cavity of t4 lysozyme l99a mutant
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Halogenated benzenes bound within a non-polar cavity in T4 lysozyme provide examples of I...S and I...Se halogen-bonding.
pubmed doi rcsb
source organism Bacteriophage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3dn3A00
1QUHA 1XJTA 175LA 1QUDA 2F32A 2Q9EA 2RBSA 1C65A 1P6YA 3V2WA 176LA 1L84A 3GUNA 1P2RA 1QS9A 1L16A 1C6HA 111LA 1L89A 262LA 1L80A 4K5YA 1QT3A 107LA 1L64A 4YXAC 1G07A 2RBNA 258LA 3G3VA 7LZMA 2OU9A 3GUIA 3C80A 2Z6BA 1G0GA 3OE6A 1WTHA 174LA 1NHBA 1L35A 1D2YA 243LA 3PDSA 248LA 1SWZA 1P7SA 1G0PA 144LA 1PQJA 1CV1A 1DYAA 3L64A 3CDTA 1T8FA 156LA 257LA 2B6WA 149LA 3HTFA 1L88A 1C68A 2CUUA 1C6IA 3HTBA 4EJ4A 1L62A 152LA 150LA 1CV0A 164LA 4LDOA 3HT9A 131LA 1L70A 1CV4A 2A4TA 180LA 227LA 3CDVA 3SBBC 171LA 1QT7A 1T97A 3G3XA 2OTYX 1L46A 1C66A 2B73A 1L59A 3SN6R 159LA 249LA 1C6JA 170LA 4YXCA 4EKSA 1KS3A 1L05A 1L49A 1PQIA 139LA 155LA 4YX7C 4E97A 2LZMA 127LA 1CX7A 3HDEA 4I7OA 1CVKA 3DKEX 3GUJA 3DN2A 1L10A 3HH5A 3V2YA 1LYGA 253LA 1L65A 1CV5A 2LCBA 2RBPA 1C6BA 1L42A 3HWLA 2O7AA 3HTGA 4EPFA 3OE0A 189LA 3C7ZA 3UONA 3K2RA 247LA 212LA 2RAYX 1L07A 1P3NA 1C6EA 1SX7A 259LA 4I7NA 1L34A 214LA 2LC9A 3GUMA 3ODUA 114LA 231LA 3L2XA 188LA 238LA 1L61A 2Q9DA 3SB6A 195LA 1JTNA 1L31A 3C8QA 1SSWA 1CTWA 1OYUA 3FA0A 165LA 109LA 1C6LA 4LZMA 210LA 246LA 4I7PA 181LA 1L33A 1L37A 1L55A 1L38A 4EXMA 2NTGA 1C6AA 217LA 122LA 3SB7A 1LYEA 3HTDA 172LA 163LA 1L97A 4I7TA 1C6MA 1LGUA 3VW7A 1JQUA 1P56A 1L63A 1T6HA 1ZWNA 1L79A 1L36A 226LA 1C63A 2ANVA 120LA 178LA 3CDOA 1L52A 1PQOA 1L20A 1L76A 4DJHA 1G06A 205LA 1L74A 1L30A 239LA 1D2WA 2QB0B 1KY0A 2RB1X 198LA 1L02A 1L93A 1PQMA 1DYBA 1KY1A 1L43A 1L53A 3LZMA 1ZURA 244LA 4ARMA 225LA 1L45A 1L83A 2OE4X 191LA 3OE8A 4I7QA 3HUQA 1QTCA 146LA 183LA 166LA 1QT8A 3GUPA 2B6YA 1C6NA 5I14A 1DYGA 1DYDA 5LZMA 123LA 1OV5A 3HT6A 177LA 2RBQA 252LA 4W51A 1L98A 1JTMA 1L41A 1L92A 2B6XA 1B6IA 2RB0X 3F9LA 1C69A 3QAKA 1L09A 1L60A 1L39A 1LYJA 2QARC 141LA 2B75A 4DAJA 1L77A 143LA 1L08A 2O79A 1DYCA 1QUOA 1L44A 235LA 2IGCA 1EPYA 1CV3A 3DN0A 1D3FA 3DN6A 240LA 1L32A 2B74A 3NY8A 2OE9X 1C61A 173LA 1L99A 4W54A 1DYFA 1C64A 1C6CA 4ARMB 2RAZX 184LA 3SBAA 3C81A 1OVJA 161LA 3HT7A 1L40A 2OU0X 2B6ZA 2RB2X 3GULA 201LA 1P46A 2HUMA 220LA 1C6KA 3DN4A 160LA 3HU9A 1LYHA 1T8GA 1L14A 2NTHA 3RUNA 182LA 1I6SA 1OVKA 1L94A 2RBRA 4ARJA 142LA 4W59A 1QTZA 2F2QA 3SB8A 167LA 147LA 222LA 3FI5A 1CUQA 1L57A 3CDRA 1D3JA 229LA 1L19A 1QTDA 1P5CA 224LA 1L73A 1QSBA 1L67A 1QS5A 137LA 4I7JA 1KW5A 215LA 186LA 4S0WA 3OE9A 260LA 3DMZA 4EKPA 1LW9A 4ARPA 1P37A 261LA 1L11A 151LA 4GBRB 1L82A 199LA 1QUGA 1XEPA 118LA 196LA 1LYFA 218LA 236LA 4OO9A 1G1WA 2OE7X 1G0QA 113LA 3HUAA 3JR6A 3NYAA 1KNIA 4ARQA 3C8SA 168LA 4EPIA 162LA 4I7RA 1P36A 1L24A 2B7XA 1L87A 3SB5A 2HULA 1OV7A 157LA 233LA 1QTHA 1K28A 169LA 1SSYA 1L96A 250LA 4IAPA 187LA 102LA 209LA 2B6TA 1DYEA 230LA 130LA 3HH3A 2OTZX 1CX6A 2L78A 3RZEA 3HT8A 1D3NA 1L15A 1L72A 1L51A 1LYDA 1G0JA 1L21A 1LWGA 3C8RA 4PJZA 3EMLA 242LA 1C6FA 1LPYA 1D3MA 1C6GA 200LA 4W55A 237LA 1QT4A 1P64A 108LA 4ARQB 1L17A 1L56A 1LYIA 1QTBA 4EKRA 221LA 3HUKA 1PQKA 245LA 1PQDA 128LA 3G3WA 4W53A 1D9WA 1G0KA 1L48A 4W58A 206LA 1P2LA 1QT6A 4I7MA 158LA 115LA 3DN8A 1QSQA 1OVHA 1LI3A 1C67A 4ZPUA 1L58A 256LA 4I7KA 129LA 4W52A 4AQNA 251LA 3FADA 3DN1A 213LA 197LA 1L28A 6LZMA 4LDEA 1CUPA 1C6QA 4PK0A 145LA 2ANXA 1LI2A 3HH6A 4W56A 3HH4A 1G1VA 4GRVA 254LA 228LA 1C6PA 1QT5A 4ARLA 3NY9A 1L81A 2OU8A 1L50A 1C6TA 223LA 1ZYTA 1CU0A 192LA 4LDLA 1L91A 1L18A 1C6DA 1G0MA 119LA 1L85A 2HUKA 140LA 1L29A 110LA 1L66A 112LA 219LA 1LGWA 3DMXA 234LA 3GUKA 1LWKA 1G0LA 255LA 2O4WA 3C7YA 148LE 1L90A 3PBLA 1LLHA 1CU6A 4EKQA 185LA 2RH1A 211LA 216LA 1L68A 1L95A 1L54A 4W57A 1L25A 1SWYA 125LA 3CDQA 1L23A 3HDFA 1L69A 3C82A 4DKLA 232LA 3C7WA 1L01A 1L26A 3C83A 103LA 1L06A 2B70A 3DMVA 3DN3A 4I7LA 4I7SA 3SB9A 1L04A 1QTVA 1TLAA 1LI6A 1CV6A 3GUOA 1KW7A 1OWZA 1L75A 1L47A 2OEAX 1OWYA 2B72A 1L03A 3DNAA 1CU5A 126LA 138LA 2F47A 1LGXA 1L0KA 1L27A 1XJUA 1L86A 241LA 1L00A 1L12A 1L22A 1SX2A 104LA 3D4SA 1C62A 190LA 3HU8A 2RBOA 1CU3A 1L0JA 1L71A 1C60A 1L13A 1CU2A 3F8VA 1T8AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QUHA 2LZTA 1YL0X 2DQDY 1QUDA 2HUBA 2RBSA 4NHPA 4DQ7A 2D4KA 4IASA 4B49A 1D6PA 2D6BA 1LSCA 1GFTA 1ZV5L 1W08A 4TUNA 4I0CA 5B59A 3AYQA 3G3VA 4G49A 3A95A 1NHBA 5KXNA 2FBDA 1G0PA 5D5CA 2BQAA 2ZQ4A 3CDTA 5LYZA 5A3ZA 149LA 1LKRA 1L88A 1JTOL 1LJHA 1GDWA 1C6IA 4EJ4A 1GFGA 150LA 1JWRA 164LA 4W96A 5II3A 1L70A 4BADA 2A4TA 180LA 227LA 3SBBC 2YBHA 4BS7A 3IJVA 1GF9A 4NGVA 1T97A 3G3XA 2OTYX 2B73A 132LA 4DD9A 249LA 3AZ6A 170LA 4EKSA 1KS3A 5C6LA 1GFAA 4H9FA 2LZ2A 3A6CY 1B5VA 1TAYA 5APFA 1LMTA 1T3PA 2DQHY 3J4GA 4ZFPA 3V2YA 1LSGA 1L42A 1VDPA 4HJYA 2FYDA 2DQAA 3K3TA 4EPFA 1YKYX 1ZMYL 189LA 4HV1A 4TSCA 2RAYX 4CFOA 259LA 4DDCA 1JJ3A 4WG7A 4KL7A 114LA 1QTKA 4XJHA 5E4PA 4LT2A 2Q0MX 1L31A 1OUEA 1SSWA 5B1GA 5IELA 3G3AB 2YDGA 165LA 4LZMA 1C6LA 1UIFA 1GHLA 4ML7A 4I7PA 5KXWA 1L37A 2NWDX 3A96A 4RLMA 5F16A 2NTGA 5APCA 3CT0A 1GPQC 1C6AA 2Z2FA 4UWNA 1LSMA 2Z39A 1IOQA 3HTDA 172LA 1P56A 1L63A 2MEEA 1LTMA 5DN5A 1C10A 3ATNA 178LA 1DQJC 3CDOA 1L52A 1G7JC 5I4YA 205LA 1L30A 5KY1A 239LA 1C08C 4H9EA 1PQMA 1GE2A 2XQOA 1L43A 5FELA 191LA 4NGWA 3OE8A 4I7QA 1SLYA 1HEWA 3HUQA 4LT3A 1FLYA 166LA 1QT8A 3EMSA 3GUPA 1LZGA 2B6YA 4DD3A 1FDLY 4MSTA 123LA 4H92A 1LJEA 4GCEA 1L98A 1JTMA 2RB0X 2B6XA 2DQJY 1C69A 1L09A 1L39A 1LYJA 1LCNA 4XJGA 2F2NA 2ZIKA 4H9HA 4WO6A 1L08A 4R0FA 1WQOA 4P2EA 235LA 1MLCE 1CV3A 4GCCA 240LA 2D91A 2BQKA 3GXRA 1UICA 1C61A 3CQLA 1C6CA 3A6BY 5DN4A 4ANRA 3SBAA 3C81A 3HT7A 1GF7A 1JTPL 3WW5A 1LJIA 1LZRA 1C6KA 1IP2A 3A8ZA 1GB3A 1I6SA 1OVKA 1L94A 5DM9A 4ARJA 1HFZA 2LYZA 1AT6A 4W59A 1GEZA 4HSFA 2MEHA 1F6RA 2MEDA 4CGEA 4WG1A 4WM2A 1VDSA 5B07A 1L57A 5KXOA 1L73A 2F4AA 1VFBC 1B7LA 2Y8PA 1YL1X 3DMZA 1G7MC 4G9SA 2MEGA 261LA 1I20A 151LA 1BWHA 4GBRB 4DT3A 1BVXA 199LA 1BB3A 1XEPA 1XFPL 1CJ9A 236LA 1G7HC 113LA 3AZ5A 1KNIA 5L9JA 1LHLA 1EQ4A 4TX7A 1GB2A 3W6CA 4RDSA 4NHSA 2B7XA 5LVGA 2HULA 1OV7A 4H94A 1P2CC 1QTHA 5KXZA 1B7QA 4AXTA 4N5RA 3P66A 4IAPA 1H87A 230LA 4NWEA 3BKHA 3W6BA 153LA 1L15A 1L51A 1LYDA 1G0JA 3QY4A 1IEEA 5KXYA 4DYGA 242LA 4AGAA 4FJRA 1LPYA 4LYMA 1IVMA 1P64A 4QDNA 1L17A 1QTBA 2C8PA 1GF5A 221LA 2W1MA 4WL7A 1LZTA 245LA 128LA 1LZAA 1RJCB 3G3WA 1D9WA 206LA 1QSQA 1FBIX 3B6LA 2I25L 4W52A 251LA 4D9ZA 2MEFA 1LPIA 3AW6A 1C6QA 4PK0A 145LA 4GN3A 1LI2A 4W56A 1LZ6A 1G1VA 3AB6A 1QT5A 4TWSA 5KKJA 2Z2EA 4H9AA 4LDLA 2HUKA 4NSJA 3M3UA 1HERA 112LA 1JJ0A 4NGIA 255LA 5FHWA 5J7CA 1A2YC 148LE 1L90A 1LLHA 185LA 1GF8A 5F9UA 1BB7A 4M6DA 1IC5Y 3KAMA 1L95A 4W57A 4ETCA 2G4PA 1SWYA 3CDQA 1L23A 4NHTA 4NEBA 1L69A 3N9CA 1WQNA 3RW8A 3C7WA 1CJ6A 1L06A 5KXTA 4PHIA 4LFXA 1B7NA 3EO5A 3WW6A 4HV2A 1HENA 4ET9A 1L75A 1IOSA 1L03A 4OOTA 3B0OA 1BB4A 138LA 1L27A 5D5FA 1JPOA 1XJUA 1L86A 1L12A 3J6KA 1SX2A 1OQMA 3HBHA 4GLVA 5F9XA 1CU3A 1L0JA 2MEIA 175LA 2Q9EA 3OJPA 3V2WA 1L84A 4M4OA 1Z55A 2D4JA 111LA 1L89A 5LVIA 1QT3A 1V7TA 2EIZC 3TXBA 3A3RX 1GD6A 2RBNA 1IWWA 2HU3A 1UIDA 1OUDA 1YIKA 1LYSA 1NBZC 258LA 4UWUA 3WUAA 2OU9A 1IC7Y 5A3EA 1UIHA 3GUIA 2BQJA 1A4VA 1D2YA 243LA 1IP3A 1NQIA 3WPKA 1HELA 1P7SA 4B4JA 1PQJA 1DYAA 4NG8A 4NGLA 1GWDA 4H8YA 1DKKA 1GB6A 5I54A 1LZCA 1WTNA 1L62A 1REZA 1CV0A 4XJDA 4RLNA 4LDOA 3HT9A 1HF4A 3MGWA 1GBWA 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1UIAA 1RE2A 1BB5A 2CDSA 2HEFA 4EKPA 1LW9A 1XSFA 1IWTA 4ARPA 1I56A 3FE0A 1L82A 3AZ4A 2YBJA 4H8XA 1G1WA 1LSPA 2ZILA 3NYAA 3RZ4A 5LAGA 3C8SA 4EPIA 6LYTA 4XJFA 4ET8A 1L24A 4LYZA 4LZTA 4WMGA 1LYYA 5LAFA 169LA 1SSYA 5FEKA 7LYZA 1YAOA 209LA 2B6TA 1DYEA 130LA 1YQVY 2F30A 1ALCA 2OTZX 4C3WA 1LZEA 2L78A 3TMXA 1LOZA 1D3NA 2AUBA 5HLLA 3C8RA 3W6AA 4PJZA 1D3MA 2G4QA 4Z46A 1C6GA 1JKBA 1LYIA 1G7IC 4EKRA 2BPUA 3HUKA 4NSIA 1G0KA 1P2LA 1QT6A 4I7MA 115LA 1T6VL 1VAUA 1LZ5A 1OVHA 256LA 4Z98A 1YAPA 4AQNA 2DQEY 4OWAA 1RCMA 3HH6A 1GBYA 1GFKA 3HH4A 3W6FA 3NY9A 5ILCA 1GF3A 4XJIA 2OU8A 2DQCY 5LVKA 5LYTA 1CU0A 192LA 1AM7A 1LSBA 1OUBA 1HHLA 110LA 1L66A 219LA 4YF2A 1QUTA 3GUKA 2O4WA 1FLQA 1ZVHL 5DL9A 2YBIA 211LA 216LA 1L68A 4B4IA 2F4GA 1L25A 4LYBA 1IWXA 4CFPA 1LJFA 4HTQA 4DKLA 1YROA 1L26A 5FDJA 4ETAA 3C83A 3EXDA 1IY3A 1L04A 2I26L 3TXIA 1WQQA 1B7PA 1LSEA 3IJUA 1LI6A 1CV6A 1JUGA 3P4ZA 4PRUA 3HFMY 1L47A 1JJ1A 1C43A 1RFPA 3DNAA 1CU5A 1HEOA 1B0DA 1LZ9A 1KIQC 1LGXA 6LYZA 1L0KA 3ZVQA 3RT5X 2BQOA 1L00A 1WTMA 4H93A 3D4SA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1L17 A;  1L56 A;  1LYI A;  1QTB A;  4EKR A;  221L A;  3HUK A;  1PQK A;  245L A;  1PQD A;  128L A;  3G3W A;  4W53 A;  1D9W A;  1G0K A;  1L48 A;  4W58 A;  206L A;  1P2L A;  1QT6 A;  4I7M A;  158L A;  115L A;  3DN8 A;  1QSQ A;  1OVH A;  1LI3 A;  1C67 A;  4ZPU A;  1L58 A;  256L A;  4I7K A;  129L A;  4W52 A;  4AQN A;  251L A;  3FAD A;  3DN1 A;  213L A;  197L A;  1L28 A;  6LZM A;  4LDE A;  1CUP A;  1C6Q A;  4PK0 A;  145L A;  2ANX A;  1LI2 A;  3HH6 A;  4W56 A;  3HH4 A;  1G1V A;  4GRV A;  254L A;  228L A;  1C6P A;  1QT5 A;  4ARL A;  3NY9 A;  1L81 A;  2OU8 A;  1L50 A;  1C6T A;  223L A;  1ZYT A;  1CU0 A;  192L A;  4LDL A;  1L91 A;  1L18 A;  1C6D A;  1G0M A;  119L A;  1L85 A;  2HUK A;  140L A;  1L29 A;  110L A;  1L66 A;  112L A;  219L A;  1LGW A;  3DMX A;  234L A;  3GUK A;  1LWK A;  1G0L A;  255L A;  2O4W A;  3C7Y A;  148L E;  1L90 A;  3PBL A;  1LLH A;  1CU6 A;  4EKQ A;  185L A;  2RH1 A;  211L A;  216L A;  1L68 A;  1L95 A;  1L54 A;  4W57 A;  1L25 A;  1SWY A;  125L A;  3CDQ A;  1L23 A;  3HDF A;  1L69 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1QUH A;  2LZT A;  1YL0 X;  2DQD Y;  1QUD A;  2HUB A;  2RBS A;  4NHP A;  4DQ7 A;  2D4K A;  4IAS A;  4B49 A;  1D6P A;  2D6B A;  1LSC A;  1GFT A;  1ZV5 L;  1W08 A;  4TUN A;  4I0C A;  5B59 A;  3AYQ A;  3G3V A;  4G49 A;  3A95 A;  1NHB A;  5KXN A;  2FBD A;  1G0P A;  5D5C A;  2BQA A;  2ZQ4 A;  3CDT A;  5LYZ A;  5A3Z A;  149L A;  1LKR A;  1L88 A;  1JTO L;  1LJH A;  1GDW A;  1C6I A;  4EJ4 A;  1GFG A;  150L A;  1JWR A;  164L A;  4W96 A;  5II3 A;  1L70 A;  4BAD A;  2A4T A;  180L A;  227L A;  3SBB C;  2YBH A;  4BS7 A;  3IJV A;  1GF9 A;  4NGV A;  1T97 A;  3G3X A;  2OTY X;  2B73 A;  132L A;  4DD9 A;  249L A;  3AZ6 A;  170L A;  4EKS A;  1KS3 A;  5C6L A;  1GFA A;  4H9F A;  2LZ2 A;  3A6C Y;  1B5V A;  1TAY A;  5APF A;  1LMT A;  1T3P A;  2DQH Y;  3J4G A;  4ZFP A;  3V2Y A;  1LSG A;  1L42 A;  1VDP A;  4HJY A;  2FYD A;  2DQA A;  3K3T A;  4EPF A;  1YKY X;  1ZMY L;  189L A;  4HV1 A;  4TSC A;  2RAY X;  4CFO A;  259L A;  4DDC A;  1JJ3 A;  4WG7 A;  4KL7 A;  114L A;  1QTK A;  4XJH A;  5E4P A;  4LT2 A;  2Q0M X;  1L31 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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