3DN3A

Iodopentafluorobenzene binding in the hydrophobic cavity of t4 lysozyme l99a mutant
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
publication title Halogenated benzenes bound within a non-polar cavity in T4 lysozyme provide examples of I...S and I...Se halogen-bonding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3dn3A00
189LA 1QTBA 3NY8A 3DKEX 1L50A 1PQOA 249LA 1L65A 1L40A 1CU0A 1L96A 143LA 138LA 3C82A 4I7NA 1L29A 1L80A 175LA 1L91A 1L67A 3C8SA 3SBAA 129LA 1T6HA 2CUUA 1C6JA 3HU9A 1QS9A 1LYGA 3HH4A 148LE 1L60A 1G0GA 4ARMA 1L17A 1P5CA 1I6SA 1L06A 3CDOA 3CDVA 1OVKA 2ANXA 262LA 127LA 183LA 1L10A 215LA 4EKPA 1KW5A 1C65A 1LYJA 1QSBA 1L38A 2RBPA 1QT5A 2QARC 3HUAA 2B74A 1L23A 1XJTA 1PQIA 1L53A 1L68A 1L77A 4EKQA 1C61A 1C63A 1CV3A 2QB0B 3C8QA 195LA 3C80A 114LA 2RB0X 258LA 1LLHA 173LA 2B73A 1L25A 1L61A 3GUPA 1NHBA 1KY1A 252LA 1C6BA 3FA0A 199LA 238LA 3C7WA 172LA 1OV5A 1L35A 1QTCA 2B6XA 1WTHA 1L39A 3UONA 1KS3A 1LYHA 1L73A 212LA 197LA 1L44A 213LA 1SX7A 1L24A 3HT6A 149LA 214LA 1L85A 1LW9A 1L22A 1QT4A 1P7SA 1QUGA 4OO9A 4W53A 245LA 1L04A 1L28A 1C6TA 3SBBC 1D3MA 3DN1A 125LA 3SB7A 1D9WA 2RH1A 4DAJA 1L30A 4W57A 1C6EA 3QAKA 1L83A 161LA 2F47A 3HDEA 1P56A 1QUDA 1L62A 211LA 1T97A 2OU9A 3HTBA 187LA 112LA 1C6MA 2LCBA 1L90A 1L82A 1OV7A 1CX7A 1L55A 1C6KA 3G3XA 3HDFA 1C6PA 1L79A 233LA 246LA 4I7JA 1C6DA 1LWKA 1C6FA 1P2LA 1SWYA 1LPYA 3RZEA 1DYAA 4LDEA 1DYGA 1L46A 1C6CA 2RBOA 4ARQA 201LA 1LYFA 2RBNA 3G3VA 4LDOA 224LA 1C6QA 2B7XA 1T8GA 1DYDA 155LA 1L18A 3OE9A 4EKRA 1OYUA 120LA 2B75A 1L12A 3CDRA 1L19A 171LA 1C68A 1OWZA 4EPIA 1XJUA 4E97A 216LA 4ARLA 111LA 230LA 3FI5A 242LA 1L27A 1L81A 141LA 2F32A 4W55A 3NYAA 3OE6A 237LA 1LYEA 4I7TA 1L75A 3HTGA 3DNAA 4YXCA 186LA 1G0LA 2RB2X 2Z6BA 2OTZX 1L37A 1B6IA 1DYEA 4I7MA 160LA 200LA 3G3WA 102LA 2OE7X 1LWGA 3HTDA 253LA 137LA 4LZMA 182LA 2OTYX 3DN4A 3SB6A 3GUMA 1CTWA 1JQUA 3PBLA 162LA 3OE8A 1L41A 1L07A 3CDQA 1L47A 223LA 3GUIA 4YXAC 3DN0A 4DJHA 225LA 3ODUA 1CV5A 1L16A 1P46A 3DN6A 3HT7A 1L48A 1L87A 2Q9EA 2OEAX 3HTFA 6LZMA 3D4SA 1L72A 1QUHA 142LA 1L34A 4I7KA 1C67A 1KY0A 1L69A 2RBQA 1CU2A 1L20A 3HWLA 1CUQA 1G06A 4S0WA 1SX2A 3SN6R 1G0QA 1L0KA 2O7AA 3L64A 1C69A 181LA 1OWYA 1P36A 1DYCA 1LI2A 1D3JA 1C6LA 1DYFA 227LA 205LA 146LA 1L21A 145LA 1LGXA 3VW7A 4IAPA 113LA 4EPFA 2OU8A 109LA 3HH6A 1ZYTA 1CU5A 4EKSA 1L63A 1QT3A 1L54A 3FADA 1L57A 1L33A 5I14A 2B70A 1D3FA 2RBRA 198LA 1L71A 1G07A 1G1WA 232LA 3V2WA 4YX7C 1C6AA 3DMVA 206LA 3HUKA 196LA 1L88A 1L70A 3PDSA 1CV6A 1QT7A 259LA 126LA 1L15A 4W51A 4PJZA 3C81A 4W56A 1L09A 1C6HA 236LA 3DMXA 4LDLA 5LZMA 2B6YA 1SSWA 4I7PA 4I7SA 4EXMA 2OU0X 2B6TA 1L00A 3HH5A 1L32A 1T8FA 1QT6A 1L14A 2HULA 1L08A 3SB9A 1L99A 1C6NA 1OVHA 3DN8A 3DMZA 1L84A 1L59A 1SWZA 1CU6A 107LA 184LA 234LA 4GRVA 108LA 1L52A 170LA 3GUOA 176LA 177LA 4GBRB 1L36A 1L98A 1L56A 1P6YA 3JR6A 3K2RA 221LA 4W59A 2HUMA 7LZMA 1L94A 2RAYX 185LA 1L05A 3HU8A 228LA 156LA 1KW7A 3GULA 2NTHA 2B6WA 1P2RA 4ARJA 2LC9A 1G0MA 4AQNA 1L45A 1OVJA 1L02A 243LA 188LA 192LA 1C6IA 110LA 3DN3A 247LA 254LA 1L0JA 1C64A 3C83A 128LA 169LA 3C7YA 4K5YA 104LA 122LA 103LA 226LA 4ZPUA 1QTVA 3GUKA 1L01A 1P64A 115LA 4ARPA 123LA 219LA 2L78A 1L95A 2Q9DA 1L93A 1LGUA 3CDTA 1K28A 3HH3A 229LA 4I7LA 1C60A 152LA 1L11A 3C7ZA 1QUOA 1G1VA 1T8AA 251LA 1LYIA 1G0PA 1L43A 1LI6A 210LA 1KNIA 3EMLA 1LYDA 164LA 3LZMA 151LA 220LA 190LA 178LA 244LA 2F2QA 2O4WA 1SSYA 157LA 222LA 1CV4A 1PQJA 2ANVA 2B6ZA 1P37A 174LA 239LA 1LI3A 1L92A 1CV0A 257LA 1C66A 4I7QA 2RAZX 118LA 163LA 1EPYA 147LA 3GUJA 119LA 3GUNA 1QS5A 1XEPA 4EJ4A 2A4TA 3V2YA 1L13A 4DKLA 2RB1X 4ARQB 1D2YA 1C6GA 4PK0A 1CVKA 1G0KA 2OE4X 2OE9X 1P3NA 1QTHA 2LZMA 1L42A 2RBSA 3C8RA 131LA 191LA 4W52A 159LA 1L66A 3SB5A 3DN2A 1JTNA 139LA 4W58A 140LA 1CUPA 165LA 1L86A 1QT8A 256LA 1PQKA 1D3NA 3F9LA 3NY9A 2IGCA 1L51A 168LA 167LA 250LA 1DYBA 261LA 1LGWA 4W54A 1TLAA 4I7RA 1QSQA 240LA 180LA 260LA 2O79A 3L2XA 3SB8A 235LA 1D2WA 166LA 150LA 1C62A 1ZURA 1CX6A 2HUKA 3HT9A 1QTZA 3HT8A 218LA 1G0JA 1L03A 4I7OA 130LA 209LA 1L97A 248LA 3RUNA 1L64A 1L58A 4ARMB 3F8VA 231LA 1L74A 1PQMA 1L89A 1L49A 241LA 3OE0A 158LA 3HUQA 1PQDA 1L76A 1QTDA 1L31A 1CU3A 1L26A 1JTMA 2B72A 2NTGA 255LA 217LA 144LA 1CV1A 1ZWNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QTBA 3NY8A 1B7PA 1VFBC 1L40A 1L96A 1GPQC 1LSDA 1NBZC 1LZEA 3A96A 4G49A 1T6HA 1BB7A 1LJFA 1HEOA 2FYDA 1L17A 1CJ6A 4OOOA 1F0WA 6LYZA 1OVKA 5KJ9A 127LA 4HPIA 1YKXX 4NIJA 1KW5A 1QSBA 1GE4A 2RBPA 1QT5A 1XGUC 2MEFA 4N1EI 1L23A 1HELA 1GB7A 114LA 2EQLA 1B5ZA 1QTEA 1L61A 2XQOA 4NHTA 4DD3A 4XENA 4QDNA 3A3QA 252LA 1GF4A 5I53A 2Q0MX 4H8YA 1B7SA 4DD9A 1QDRA 172LA 154LA 1WTHA 1JHLA 1KS3A 1LYHA 212LA 7LYZA 213LA 2MEIA 3HT6A 4NGVA 1EL1A 1GE0A 1GFGA 2FBBA 4NHPA 1LZAA 1L22A 4AGAA 1LMCA 2B5ZA 1QT4A 1HEWA 1LJKA 4H8XA 2RH1A 4DAJA 3CQLA 4GLVA 4W57A 4U3XB 5D5FA 4GCEA 1IC4Y 1L62A 1T97A 4LYZA 1DI4A 1T6VL 3HTBA 4LZTA 4PRUA 2D6BA 1B5YA 3FE0A 1BGIA 3LYOA 4CHXA 5B59A 2YSSC 1JIYA 1B5WA 1C6KA 1W08A 1C6PA 1L79A 4I7JA 1LWKA 1P2LA 194LA 4LDEA 1YIKA 5A3ZA 1AT5A 1DYGA 5LIOA 1C6CA 4ARQA 201LA 2A7DA 1UCOA 1F6SA 2NWDX 1LZRA 4H92A 4EKRA 1L12A 3J4GA 5B05A 1JITA 1LKSA 3FI7A 4E97A 1B9OA 111LA 1V7TA 1HENA 1AKIA 4P2EA 230LA 2F32A 4HJVA 3NYAA 1LYEA 3TXFA 1TAYA 2Z6BA 1NWGA 3A91A 4H9BA 3ULRA 102LA 1LWGA 1UUZC 4W96A 1JUGA 137LA 5ILCA 1WQRA 1YAOA 2OTYX 3M3UA 3DN4A 1BHZA 153LA 3WW5A 162LA 1L07A 1L47A 3LN2A 3AB6A 4FDYA 4LT2A 4LGKA 1CV5A 1GF7A 1KIQC 4H9AA 2D91A 3A34A 3D4SA 134LA 1C67A 1CJ8A 4GCDA 1KY0A 1L20A 2YDGA 4XN6A 1SX2A 3SN6R 1BB4A 3WUAA 4NGYA 2BLYA 1GB2A 181LA 1IX0A 1DYCA 1D3JA 1WQOA 1J1PY 1DYFA 2F4GA 1VDSA 1IP3A 145LA 3VW7A 113LA 4LYBA 4ETCA 1LZ4A 2F2NA 1JKDA 2PC2A 4NSGA 2Z12A 1L57A 1LHHA 1CKGA 1D3FA 2RBRA 3A67Y 2BQCA 1G07A 1L88A 4CGEA 3TXKA 1L70A 3C81A 4W56A 1L09A 3DMXA 1T8FA 1L14A 2HULA 1H6MA 1L08A 3WXUA 4DDAA 1ZVHL 4H9IA 4GRVA 1IOTA 1SWZA 1N4FA 184LA 1XSFA 1XGPC 2Z18A 108LA 1UIHA 1LSNA 1GB8A 1FKQA 3TXGA 4DD7A 1P6YA 2BQFA 3JR6A 3G3BB 4NWEA 4UWVA 1LZNA 1L05A 3T36A 3BKHA 1CNSA 1KW7A 3GULA 5C6LA 3B6LA 188LA 2HTXA 2Y8PA 1L0JA 4L41A 1VEDA 4NG1A 4K5YA 5KXSA 1IWTA 103LA 208LA 2GV0A 1RFPA 1IR8A 1BWIA 1P64A 4ARPA 1DI5A 1OUCA 1L93A 2MEHA 1ZVYB 3HH3A 1C60A 1IWXA 4XYYA 1QUSA 1LYOA 4TSCA 1GXXA 5I4WA 1LHIA 1KNIA 4H91A 1F10A 4WG1A 3P68A 2O4WA 3LZTA 1LZBA 222LA 1CV4A 3G3AB 3CSZA 1OQMA 5APEA 3QNGA 1L92A 1CV0A 257LA 1JTPL 3QY4A 118LA 1UACY 3WVXA 1JSEA 4EJ4A 1WQPA 4MR1A 1YL1X 4DKLA 4ARQB 3IJUA 3N9CA 3IWRA 2OE9X 1W6ZA 1HEPA 1L42A 159LA 1L66A 3SB5A 3D3DA 5LA5A 2DQJY 1L86A 1D3NA 1GFEA 3HFMY 2D4JA 1WQMA 3NY9A 2XBSA 4OWHA 5D5CA 4OWAA 167LA 4I7RA 260LA 5HNCA 1XEIA 3SB8A 1D2WA 166LA 3HT8A 1L03A 1QSWA 4I7OA 3RUNA 1L58A 1HHLA 1FN5A 1HFZA 4XJFA 1C46A 4II8A 1L49A 2ZNXY 1G7LC 1TEWA 5HMVA 1GF9A 1L76A 4RW1A 1QTDA 1L31A 3WL2A 5AMYA 2NTGA 255LA 1LHLA 217LA 1OUAA 2C8OA 5HMJA 2HEFA 3GXKA 4EMNA 4N5RA 1L50A 1REZA 249LA 1HSWA 1CU0A 143LA 1LJJA 2BQMA 5I54A 1CKHA 3MGWA 3HBDA 1L67A 3C8SA 4H93A 129LA 1OP9B 4NFVA 4LT0A 2CUUA 1HFXA 1QS9A 148LE 1L60A 1G0GA 4ARMA 1I6SA 1L06A 183LA 1C65A 5DM9A 1L38A 3HUAA 1HMKA 5IHGA 1V7SA 5DN5A 1XJTA 4B49A 1C7PA 1C63A 4E3UA 3C8QA 1BQLY 3C80A 2RB0X 258LA 1LKRA 1NDMC 1LSMA 4NHSA 2B73A 1L25A 4NWHA 2YBLA 1GB5A 4J0LA 4ZIXA 3FA0A 5B07A 5KXYA 2VB1A 1OV5A 2ZWBA 1QDTA 1RCMA 3B0KA 1L73A 4OWBA 197LA 1L44A 1DPWA 149LA 4OW1A 1GF8A 2I6ZA 1L85A 2ZNWY 1P7SA 1QUGA 4OO9A 4H1PA 3SBBC 5F16A 1D3MA 4NEBA 5FCPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1QTB A;  3NY8 A;  1B7P A;  1VFB C;  1L40 A;  1L96 A;  1GPQ C;  1LSD A;  1NBZ C;  1LZE A;  3A96 A;  4G49 A;  1T6H A;  1BB7 A;  1LJF A;  1HEO A;  2FYD A;  1L17 A;  1CJ6 A;  4OOO A;  1F0W A;  6LYZ A;  1OVK A;  5KJ9 A;  127L A;  4HPI A;  1YKX X;  4NIJ A;  1KW5 A;  1QSB A;  1GE4 A;  2RBP A;  1QT5 A;  1XGU C;  2MEF A;  4N1E I;  1L23 A;  1HEL A;  1GB7 A;  114L A;  2EQL A;  1B5Z A;  1QTE A;  1L61 A;  2XQO A;  4NHT A;  4DD3 A;  4XEN A;  4QDN A;  3A3Q A;  252L A;  1GF4 A;  5I53 A;  2Q0M X;  4H8Y A;  1B7S A;  4DD9 A;  1QDR A;  172L A;  154L A;  1WTH A;  1JHL A;  1KS3 A;  1LYH A;  212L A;  7LYZ A;  213L A;  2MEI A;  3HT6 A;  4NGV A;  1EL1 A;  1GE0 A;  1GFG A;  2FBB A;  4NHP A;  1LZA A;  1L22 A;  4AGA A;  1LMC A;  2B5Z A;  1QT4 A;  1HEW A;  1LJK A;  4H8X A;  2RH1 A;  4DAJ A;  3CQL A;  4GLV A;  4W57 A;  4U3X B;  5D5F A;  4GCE A;  1IC4 Y;  1L62 A;  1T97 A;  4LYZ A;  1DI4 A;  1T6V L;  3HTB A;  4LZT A;  4PRU A;  2D6B A;  1B5Y A;  3FE0 A;  1BGI A;  3LYO A;  4CHX A;  5B59 A;  2YSS C;  1JIY A;  1B5W A;  1C6K A; 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