3C8RA

Contributions of all 20 amino acids at site 96 to stability and structure of t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRGCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
publication title Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-02-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3c8rA00
163LA 161LA 155LA 225LA 4EKQA 4EKPA 150LA 1DYBA 4W55A 1L53A 1CX6A 2L78A 1L57A 1L84A 1L18A 1C6AA 4EJ4A 1C61A 1L98A 1L26A 1OVJA 1QTCA 4OO9A 2LC9A 3UONA 1G0JA 1L0KA 4EPIA 3HU9A 230LA 1CX7A 227LA 1P56A 1OYUA 1SWYA 1G0KA 2B6ZA 1PQMA 1XJTA 3RUNA 1D9WA 127LA 232LA 1ZYTA 180LA 1TLAA 4W57A 167LA 1L15A 3HH3A 1LYIA 2OE7X 185LA 140LA 1CV3A 4I7OA 1QUGA 1C6EA 3D4SA 102LA 198LA 1CV1A 177LA 1C69A 1L32A 3K2RA 3F8VA 2RBNA 1C6CA 4W58A 1P37A 1QT5A 3V2WA 4YX7C 1L81A 240LA 157LA 4YXAC 1L29A 1L63A 2B75A 5LZMA 164LA 1PQKA 1C64A 3C7WA 2B7XA 243LA 1T8GA 149LA 254LA 1G1VA 218LA 1C6BA 1C6PA 1P2LA 4I7PA 1KNIA 173LA 1LYHA 1OWZA 2B72A 3GUKA 1OV5A 1L55A 3FA0A 1C6MA 3C8RA 2QB0B 4PJZA 1G0GA 261LA 3HH4A 229LA 1C6FA 1L90A 4I7TA 1L03A 1I6SA 1G1WA 1PQIA 1SX2A 3DMVA 3SB7A 152LA 1L31A 3C81A 1QUDA 1L52A 1L17A 228LA 1PQOA 256LA 2Z6BA 141LA 1QSQA 1L85A 4EKRA 4GRVA 236LA 1L07A 3GUMA 1L24A 1XJUA 2B70A 1L61A 1L86A 126LA 114LA 1L58A 2OTZX 148LE 1L10A 1L89A 3GUPA 4I7KA 1LGWA 3VW7A 4E97A 206LA 197LA 4ARQA 2RAZX 3JR6A 1L0JA 1L21A 176LA 1QS9A 4ARQB 109LA 3SB9A 212LA 1CTWA 1SX7A 146LA 3HT9A 3HWLA 4PK0A 4W54A 130LA 1L64A 1DYGA 1L59A 210LA 1L91A 122LA 238LA 2F47A 1SSYA 2ANXA 3HUKA 2OU8A 1LI2A 1LYEA 1QTBA 178LA 2OE4X 2F2QA 3HTBA 3HTGA 1L14A 123LA 1D3NA 103LA 181LA 259LA 1L74A 3FADA 4I7LA 3NY9A 1QT4A 3DKEX 1L23A 216LA 4ZPUA 1CU0A 159LA 1L60A 1L05A 195LA 3C83A 1LI3A 222LA 1P2RA 3HU8A 1XEPA 4K5YA 4DAJA 1L45A 233LA 215LA 1L54A 1OV7A 205LA 2HULA 1QUOA 3OE8A 1CUQA 2QARC 1L96A 7LZMA 2RB1X 1L65A 3GULA 4GBRB 2Q9EA 3QAKA 1L94A 1L72A 165LA 1L80A 107LA 158LA 3L64A 1DYDA 4LDLA 151LA 1CV0A 3DN8A 199LA 2B6YA 3RZEA 1LYFA 3CDTA 1KS3A 1L88A 1OWYA 188LA 3DNAA 4ARMA 128LA 1L48A 1C66A 4YXCA 1OVHA 1L06A 4ARMB 1G0LA 1L67A 260LA 1L82A 1L20A 1C6KA 138LA 1D3MA 1L87A 3OE6A 246LA 1L00A 4W56A 1CU2A 1L41A 1PQJA 139LA 1L02A 1C6IA 1P7SA 3PDSA 1DYFA 3HT6A 1L22A 3HT7A 3HUQA 3SB5A 1LI6A 1L47A 1QTZA 224LA 2B74A 1L33A 1QTDA 1L09A 3SBBC 3HDEA 169LA 1C62A 4ARPA 209LA 1T8AA 4EKSA 1SSWA 1G07A 3GUNA 108LA 3HH5A 1JTNA 168LA 1C6LA 1T97A 257LA 3G3XA 1L46A 1KW5A 1JTMA 1L12A 2CUUA 2OE9X 3DN0A 1L56A 231LA 183LA 1QTHA 1G0QA 170LA 119LA 1L68A 166LA 2B6TA 1L16A 1L93A 4EXMA 1DYCA 1L13A 235LA 3C7ZA 1P6YA 175LA 172LA 2RAYX 1T8FA 3HTDA 1LYJA 3DN3A 3SB6A 1C65A 1L28A 3OE0A 1LPYA 1L99A 1L77A 1L40A 262LA 244LA 189LA 3HT8A 1LWKA 143LA 1T6HA 4I7NA 1C6NA 104LA 1L95A 3NYAA 1C60A 3GUOA 2OTYX 4W51A 1L62A 3EMLA 2IGCA 1L83A 4W53A 4I7MA 1L04A 3DN4A 200LA 4I7SA 3SN6R 1L92A 1EPYA 1L73A 120LA 1P36A 144LA 3C7YA 4I7JA 4ARJA 1L27A 3DMXA 2A4TA 142LA 2F32A 3PBLA 187LA 3CDQA 3SBAA 1K28A 1L30A 131LA 1CV6A 1CV5A 1WTHA 2O79A 115LA 1QT6A 1G0PA 1P64A 190LA 252LA 1QUHA 174LA 1C68A 3HH6A 1L19A 110LA 186LA 1D3JA 3CDOA 239LA 1C6GA 1LGUA 2RBPA 1L79A 2B6XA 1SWZA 1LLHA 1KY1A 1CU3A 1L11A 4S0WA 1L01A 1C6HA 2RB0X 3CDRA 2LCBA 1C6DA 1LGXA 213LA 248LA 1CVKA 2HUKA 171LA 4I7QA 5I14A 1L70A 1B6IA 219LA 3DMZA 2O4WA 4LDEA 1QT7A 217LA 220LA 1PQDA 1C6QA 6LZMA 2OU0X 3C82A 4ARLA 3LZMA 2ANVA 3G3VA 1P3NA 2RB2X 237LA 4DKLA 1LWGA 3L2XA 4I7RA 4LDOA 3HTFA 1L71A 2RBOA 241LA 192LA 118LA 111LA 4EPFA 245LA 1CV4A 1JQUA 1C6TA 2RBRA 137LA 160LA 234LA 2O7AA 1L08A 258LA 3DN6A 211LA 182LA 1QT3A 4IAPA 113LA 2RBSA 253LA 1ZWNA 3DN1A 3NY8A 1L43A 250LA 1C67A 242LA 1L97A 4LZMA 1DYAA 125LA 2NTHA 1L50A 214LA 4W52A 1L25A 1L39A 1L44A 2NTGA 3C80A 1D2WA 1G06A 3FI5A 3HUAA 1G0MA 1L66A 1L69A 1L75A 4W59A 2OEAX 2B73A 1NHBA 1OVKA 3OE9A 1QS5A 156LA 145LA 3C8QA 1QSBA 251LA 1QTVA 2OU9A 1D2YA 1L38A 2LZMA 3DN2A 3GUJA 196LA 184LA 3GUIA 1L36A 201LA 4AQNA 1P5CA 1L51A 1LW9A 129LA 221LA 2B6WA 247LA 3G3WA 3CDVA 249LA 2RH1A 2Q9DA 1P46A 2RBQA 3F9LA 147LA 226LA 1LYDA 3C8SA 1CU5A 3HDFA 1KY0A 1C6JA 4DJHA 1CUPA 112LA 1LYGA 1CU6A 1KW7A 1DYEA 3V2YA 255LA 3ODUA 1QT8A 1L76A 1L34A 2HUMA 191LA 1L49A 1ZURA 1L42A 223LA 1L35A 1L37A 3SB8A 162LA 1D3FA 1C63A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
161LA 4HV2A 1FLUA 1H87A 1DYBA 4EKPA 2L78A 1ZV5L 1L98A 1L26A 135LA 1GFRA 4EPIA 230LA 1LMQA 1WTMA 1DXJA 2BQFA 1YL1X 227LA 1SWYA 1IR7A 4B49A 3RU5A 1L15A 1LYIA 4IATA 2OE7X 1REMA 4GLVA 1WVUA 4C5FA 102LA 177LA 4NGJA 2ZIJA 3K2RA 2RBNA 1P37A 1QT5A 3HBEX 1OUFA 5APCA 1LSDA 1HEQA 1YIKA 4HTKA 149LA 1JPOA 1QSWA 254LA 5HMJA 2YBJA 3QY4A 3W6BA 1UC0A 5F9XA 3WW5A 3FA0A 194LA 229LA 3EMSA 4NGWA 3SB7A 4PRQA 4G9SA 1LSFA 1PQOA 3P66A 4P2EA 141LA 1L85A 236LA 5LVIA 1LZSA 1NQIA 1C46A 1IP3A 2OTZX 1KIQC 4MCKA 5F81A 206LA 5D5CA 4UWUA 5AMYA 1LSMA 1G7HC 2BQDA 146LA 1QDTA 4W54A 4DDCA 2DQCY 1L59A 210LA 238LA 1B5YA 2ANXA 4H8ZA 1OUCA 2XJWA 1UIFA 2F2QA 5LA8A 3HTGA 123LA 1WQQA 3TXFA 4DC4A 1D3NA 103LA 1L74A 5LYMA 4WLYA 3DKEX 4WMGA 2CGIA 4ZPUA 3ATNA 1L05A 4FJRA 4N1CC 1LI3A 1P2RA 2BQMA 1GFTA 2HEEA 1OV7A 2HULA 1JSFA 4J7VA 4DT3A 1B7MA 1OUIA 2YVBA 1GDWA 5B06A 4AXTA 3TMXA 1LHMA 1LJ3A 158LA 3AZ4A 1CKHA 2DQJY 2FYDA 5APFA 1BVXA 5E9RA 3DN8A 1GEZA 1DKKA 4XJGA 1LYSA 5LVHA 3BKHA 3CDTA 2I6ZA 4ARMA 1LYOA 4LYTA 1L06A 4ARMB 4BAFA 1KIPC 3P65A 1UCOA 1XEIA 4PPOA 2I26L 3OE6A 1HENA 4WO6A 1GF3A 1YAMA 1LZ6A 2DQFC 3HT6A 3HT7A 3WUMA 3SB5A 2DQDY 1NBZC 1QTZA 3GXKA 169LA 3TXHA 4EKSA 1P2CC 1G07A 4XJIA 3HH5A 1LHKA 1GE4A 1GBSA 3A67Y 1GBWA 1JTMA 231LA 1QTHA 4XJFA 1E8LA 1L68A 2B6TA 1L93A 5JENB 1GXV2 1QUSA 4EXMA 1L13A 1GBZA 3C7ZA 1XEJA 1I1ZA 4HPIA 3B6LA 172LA 3W6AA 5HQ1A 3HTDA 4HJZA 2HEDA 1L28A 5IHGA 1F6SA 3WU8A 3OE0A 4HV1A 3GXRA 1IIZA 4TSBA 1LPIA 1NDMC 1D0MA 1GB0A 2Z37A 1C6NA 1GHLA 3AB6A 104LA 3NYAA 1C60A 1GF5A 3CSZA 1BHZA 5I4WA 1T3PA 3ZVQA 120LA 1HHLA 4QEQA 2WARA 3ZVQB 4NWHA 4AGAA 2BQLA 2D91A 1D9UA 142LA 1GB3A 187LA 3SBAA 1FLQA 2XTHA 3WULA 131LA 4YENA 5ILFA 1P64A 252LA 3HH6A 4DD2A 1B5XA 186LA 1B7NA 5I54A 2RBPA 2B6XA 4DQJA 1LZTA 3WUNA 1LLHA 1KY1A 1CU3A 2RB0X 4LYBA 2Z38A 1GF6A 8LYZA 248LA 171LA 4N0JA 1L70A 219LA 3DMZA 2O4WA 3CT0A 217LA 3G3AB 220LA 3M3UA 4EMNA 1PQDA 1C6QA 5C6IA 6LZMA 4ARLA 2XBSA 3LZMA 1DKJA 2D4KA 1B7QA 2RB2X 4DKLA 1LWGA 192LA 111LA 3AW7A 3LYZA 2RBRA 234LA 3EO5A 1IC7Y 1L08A 1LJJA 258LA 1WQPA 1CNSA 3P4ZA 182LA 2BQEA 2LZ2A 4LT3A 253LA 1L43A 250LA 1L97A 3P64A 4HTNA 1IX0A 2ZILA 1GFVA 1IY3A 1L25A 1L39A 3C80A 1JTTL 1OUBA 3RZ4A 4ML7A 1IOTA 1L69A 1CKFA 1LZAA 4O34A 1GBXA 1NHBA 1OVKA 1QS5A 4H9CA 1C08C 4KXIA 1GE0A 3C8QA 1DQJC 1GEVA 1IP2A 2LZMA 1P5CA 4WOAA 3B0OA 4NGZA 2VB1A 2RBQA 1PZYA 4OOOA 1TDYA 1LSAA 4N1EI 1UIEA 112LA 1LYGA 4X3BA 2HEFA 5KXXA 1CU6A 2Y8PA 1GXXA 3ODUA 9LYZA 4LT1A 1L76A 191LA 1L35A 4A7DA 1QSBA 1D3FA 4IJ4A 163LA 2ZNWY 1CJ9A 150LA 1AT6A 1L53A 1IWZA 4DYGA 4D9ZA 1L57A 4N8ZA 1L18A 1C6AA 1C61A 3LYTA 5FDJA 2LZTA 3UONA 2F2NA 1NBYC 3A91A 1P56A 3RUNA 127LA 3CSQA 1CV3A 1WTNA 1QUGA 2MEAA 1CJ6A 5KXKA 1IWXA 154LA 1JJ0A 4WLXA 4YX7C 5D5FA 2MEHA 1L81A 4H8YA 1CKDA 2G4NA 1DPXA 4G4CA 5C6JA 1L63A 2B75A 5LZMA 1C64A 5KXLA 1Z55A 218LA 4WO9A 1LJ4A 4NY5A 4H93A 1LZ9A 4MR1A 4EOFA 5I4YA 2B72A 1OWZA 1YAOA 2CWIA 3LHMA 4LFXA 4YOPA 1LJEA 1GB5A 4TSCA 2C8OA 1YKZX 1G0GA 3A34A 1C6FA 1KXWA 1IP1A 1I6SA 1QSAA 152LA 1LJNA 5FHWA 228LA 4WL7A 1DZBX 4H91A 256LA 1GFGA 1OP9B 2Z2FA 4LYMA 4EKRA 1QSQA 1BB4A 5DN5A 1XJUA 2B70A 1L86A 126LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 161L A;  4HV2 A;  1FLU A;  1H87 A;  1DYB A;  4EKP A;  2L78 A;  1ZV5 L;  1L98 A;  1L26 A;  135L A;  1GFR A;  4EPI A;  230L A;  1LMQ A;  1WTM A;  1DXJ A;  2BQF A;  1YL1 X;  227L A;  1SWY A;  1IR7 A;  4B49 A;  3RU5 A;  1L15 A;  1LYI A;  4IAT A;  2OE7 X;  1REM A;  4GLV A;  1WVU A;  4C5F A;  102L A;  177L A;  4NGJ A;  2ZIJ A;  3K2R A;  2RBN A;  1P37 A;  1QT5 A;  3HBE X;  1OUF A;  5APC A;  1LSD A;  1HEQ A;  1YIK A;  4HTK A;  149L A;  1JPO A;  1QSW A;  254L A;  5HMJ A;  2YBJ A;  3QY4 A;  3W6B A;  1UC0 A;  5F9X A;  3WW5 A;  3FA0 A;  194L A;  229L A;  3EMS A;  4NGW A;  3SB7 A;  4PRQ A;  4G9S A;  1LSF A;  1PQO A;  3P66 A;  4P2E A;  141L A;  1L85 A;  236L A;  5LVI A;  1LZS A;  1NQI A;  1C46 A;  1IP3 A;  2OTZ X;  1KIQ C;  4MCK A;  5F81 A;  206L A;  5D5C A;  4UWU A;  5AMY A;  1LSM A;  1G7H C;  2BQD A;  146L A;  1QDT A;  4W54 A;  4DDC A;  2DQC Y;  1L59 A;  210L A;  238L A;  1B5Y A;  2ANX A;  4H8Z A;  1OUC A;  2XJW A;  1UIF A;  2F2Q A;  5LA8 A;  3HTG A;  123L A;  1WQQ A;  3TXF A;  4DC4 A;  1D3N A;  103L A; 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