3C8RA

Contributions of all 20 amino acids at site 96 to stability and structure of t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRGCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Bacteriophage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-02-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3c8rA00
250LA 1QTHA 209LA 1D3FA 2B74A 1JQUA 1G0GA 4EPFA 3DN3A 1L98A 192LA 1L54A 2RAZX 1QSQA 126LA 2RB1X 1L30A 1CX6A 2OE9X 1L79A 231LA 3HTGA 3CDTA 3G3XA 3L2XA 1KY1A 1L69A 1L80A 2B6ZA 4EKQA 177LA 197LA 2RAYX 2QARC 3GUIA 1L08A 249LA 1C6MA 1L14A 3D4SA 3UONA 4YX7C 3RUNA 1L20A 161LA 1L76A 205LA 130LA 1QT6A 1CU5A 3SB6A 186LA 4W52A 4EKSA 4W57A 1KS3A 3C7WA 1LI2A 228LA 1XEPA 1G07A 3HTDA 1CU0A 1OVHA 253LA 1QS9A 1L17A 1L62A 1L87A 3C81A 195LA 3CDVA 1K28A 1L37A 3SN6R 1KW7A 3HDEA 191LA 152LA 3DN4A 3QAKA 1P2LA 212LA 148LE 219LA 2RB0X 3DKEX 1CV6A 1L23A 1L33A 4YXCA 3GUNA 4AQNA 3F9LA 3HT8A 1DYBA 4I7NA 1L45A 1C6FA 1LYDA 1C6AA 217LA 1D2YA 3F8VA 1PQDA 1L66A 1EPYA 1C60A 1C62A 112LA 4W54A 1L72A 111LA 4YXAC 1L12A 1L63A 4LDEA 4I7TA 1C6HA 3K2RA 107LA 2OU9A 118LA 4DJHA 2LC9A 1QUOA 3HTBA 1L13A 1G06A 3OE0A 178LA 3FADA 223LA 1L00A 4OO9A 1G0KA 1D9WA 1LPYA 3GUKA 1LYHA 1CUQA 1L06A 3SBAA 4EKRA 1L59A 4S0WA 1L90A 2OTZX 158LA 1L97A 1LLHA 3C80A 2B70A 3HT6A 3NYAA 1L44A 4W55A 110LA 1L27A 1L38A 151LA 145LA 1C64A 211LA 1XJTA 2QB0B 2O7AA 3C8QA 1P3NA 2OTYX 1L48A 1L24A 256LA 2ANXA 4LDOA 155LA 2B6WA 3V2YA 2NTHA 225LA 1QTVA 1L46A 1L18A 1P36A 2HULA 3HUKA 144LA 1L04A 1T8FA 238LA 3DNAA 1C6DA 1QS5A 1C6TA 1OVKA 1L58A 172LA 3C8SA 1C63A 1QUHA 2O79A 4I7QA 1G1VA 1CV0A 1L75A 1DYDA 1PQKA 214LA 1LI6A 261LA 188LA 1P46A 3DMZA 1P37A 3L64A 1L31A 3DN0A 1C6PA 1L05A 4I7OA 1PQMA 4W53A 1L65A 1D3JA 127LA 3DN8A 3HH6A 236LA 180LA 1L56A 224LA 2CUUA 3CDQA 1DYGA 1QT7A 146LA 234LA 163LA 4W56A 1L22A 1L70A 1PQIA 4E97A 4ARPA 4EPIA 168LA 7LZMA 1L88A 1C6IA 187LA 189LA 1SX2A 1L26A 1D3NA 181LA 251LA 4I7RA 1C6CA 230LA 2NTGA 220LA 1G0QA 4GRVA 113LA 2LCBA 1SWYA 1L02A 3CDRA 1OVJA 159LA 185LA 4LDLA 2B6XA 137LA 6LZMA 1QUGA 1L99A 257LA 1L21A 1C65A 1LYIA 184LA 4W58A 229LA 235LA 1P5CA 1ZURA 4I7SA 1ZYTA 1PQJA 1CV4A 3HTFA 3OE9A 3V2WA 1QTBA 174LA 1P64A 1QT5A 3HWLA 3NY8A 1L51A 167LA 1L35A 2RBQA 3OE6A 1C68A 1L67A 1CU3A 1L68A 4EXMA 201LA 1L50A 1L61A 1L89A 123LA 3HDFA 4ARLA 157LA 166LA 3FA0A 2F47A 1KY0A 1L95A 1SSWA 1L92A 4DKLA 1L36A 3HUQA 114LA 4PJZA 3EMLA 1G0MA 1L0JA 4I7PA 255LA 2B75A 1LYFA 3HT9A 1L84A 109LA 1L07A 4PK0A 1PQOA 2OE4X 206LA 1CU2A 1LWGA 1L73A 1T8AA 1L09A 3DMVA 1LYJA 1L0KA 1QT3A 4ARJA 1I6SA 259LA 1L96A 200LA 1L29A 260LA 3HUAA 3DN6A 3C83A 1L49A 2LZMA 1L74A 1LYEA 3OE8A 150LA 3HH5A 3SB5A 1TLAA 149LA 1L43A 4DAJA 1LGUA 227LA 1G0LA 131LA 2A4TA 226LA 3SB9A 254LA 1LGXA 3HH4A 1LGWA 232LA 1L82A 1G0JA 1L81A 3PDSA 1L83A 1CUPA 1G0PA 1L10A 1L52A 1CTWA 1L40A 199LA 244LA 4ARMB 1QTCA 1C6JA 1JTMA 2HUKA 1DYFA 5I14A 1CU6A 1QT8A 1SX7A 1C6LA 233LA 3G3WA 240LA 1C66A 4GBRB 3PBLA 3JR6A 4IAPA 2O4WA 108LA 1L86A 2ANVA 1QUDA 2RBOA 4EJ4A 190LA 1CV5A 1P7SA 2OE7X 4ZPUA 2OU0X 141LA 1CV3A 2B73A 1L60A 1QT4A 245LA 162LA 175LA 120LA 248LA 198LA 3GUPA 1T97A 1G1WA 1C6NA 1L11A 1L41A 1C67A 1D3MA 2RBRA 119LA 164LA 102LA 1C6EA 1L77A 216LA 169LA 4W51A 1L39A 3SBBC 1OYUA 1L16A 1L42A 2B72A 3DN2A 1C6KA 1L25A 182LA 215LA 2Q9EA 1L93A 1C6BA 3RZEA 1QTZA 5LZMA 1L32A 1QSBA 3GUMA 1DYAA 3C82A 1L19A 140LA 1L47A 104LA 156LA 1T6HA 176LA 1L64A 1C6GA 1DYCA 1SWZA 1WTHA 1OWYA 243LA 2B7XA 1LI3A 213LA 3HU8A 2Z6BA 3GUOA 1CV1A 1L15A 221LA 1L03A 252LA 3C7YA 3G3VA 1L01A 128LA 1L53A 2RB2X 3NY9A 1XJUA 4I7MA 3VW7A 1DYEA 125LA 2OU8A 1LW9A 1L71A 173LA 1L34A 239LA 210LA 1ZWNA 2HUMA 1L85A 103LA 3C7ZA 3C8RA 3LZMA 4ARMA 165LA 4I7KA 218LA 143LA 196LA 2RH1A 4ARQA 1L57A 4W59A 1C61A 258LA 3SB7A 1L94A 1T8GA 2L78A 3ODUA 171LA 4EKPA 139LA 1P2RA 4I7LA 1CVKA 1L28A 2B6TA 3CDOA 3HU9A 1KNIA 262LA 2F2QA 242LA 222LA 2B6YA 3GULA 1NHBA 1C69A 3SB8A 160LA 1P6YA 142LA 3GUJA 3HT7A 115LA 1D2WA 3DN1A 2F32A 1KW5A 1P56A 3HH3A 2Q9DA 1B6IA 3FI5A 2RBPA 1LWKA 1L91A 1L55A 1JTNA 2IGCA 147LA 1OV7A 2RBSA 1C6QA 237LA 170LA 241LA 1OWZA 183LA 1SSYA 1OV5A 1LYGA 4K5YA 246LA 4ARQB 3DMXA 4LZMA 2RBNA 122LA 129LA 138LA 247LA 2OEAX 1CX7A 4I7JA 1QTDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1T3PA 1D3FA 4DDAA 1JQUA 5LYMA 4EPFA 4LYCA 7LYZA 1GAYA 1VDTA 1LSFA 2GV0A 5KXSA 2RB1X 3KAMA 3AW6A 1B5UA 3CT0A 1KY1A 1L69A 3K3TA 4EKQA 177LA 5A3EA 1L08A 1LSYA 1C6MA 1MELL 3D4SA 5LA5A 4YX7C 1ZVYB 2MEDA 3RUNA 3F6ZA 1YKYX 4GN5C 4OW1A 2MEGA 2F4GA 1UC0A 5HNLA 1JPOA 2CGIA 4HPIA 4N9RA 4W52A 4NWEA 3C7WA 5DM9A 3HTDA 4DDCA 4UWNA 1LZ1A 4DT3A 2RSCA 3A3RX 3C81A 195LA 4J1AA 1K28A 1B7NA 1L37A 1KW7A 1OQMA 3SN6R 4Z46A 5T3FA 1A4VA 152LA 1LYYA 2DBTA 3DN4A 3EMSA 1F10A 1PZYA 148LE 3OJPA 219LA 5APFA 1L23A 9LYZA 1GF9A 4YEMA 4OOOA 3GUNA 3HT8A 5KXRA 1C6FA 1C6AA 3WYHA 1EPYA 2XBRA 5KXOA 5LAGA 3LYTA 4GLAA 1IY4A 1BHZA 4H9FA 107LA 118LA 3D3DA 2LC9A 1G06A 3OE0A 4WLXA 4EKRA 1L59A 4B4EA 4W55A 3J6KA 1L38A 2DQEY 5F9XA 145LA 1DI5A 5KXYA 3C8QA 1B9OA 1P3NA 2OTYX 1UIHA 2Z19A 4NHQA 4DC4A 1L24A 2Z12A 5C6LA 2BQMA 1L18A 2CDSA 4NSJA 1C6DA 1GEVA 4WLTA 1OVKA 1L58A 3C8SA 1HF4A 1GXV2 1C63A 1LI6A 5JENB 1P46A 1LSNA 3L64A 5ILCA 127LA 3DN8A 236LA 180LA 3CDQA 1EQ4A 1KIQC 163LA 1JWRA 4ARPA 1C6IA 1D3NA 1FN5A 3AZ6A 2NTGA 1LZ9A 3A92A 2G4NA 4OOTA 1HEPA 5F14A 4WMGA 1NDMC 1LZEA 3BKHA 1GBZA 4LDLA 2B6XA 6LZMA 1L99A 1LYIA 235LA 4BS7A 4YENA 1ZYTA 1DZBX 3HTFA 3EBAB 1LZGA 3HBDA 3M18B 5F9UA 1XFPL 1P64A 3CSRA 5LINA 1D6PA 1IP7A 1YKZX 5E4PA 1WTNA 3AGIA 167LA 1L35A 1C68A 1L68A 1H87A 1QDRA 4LFPA 123LA 166LA 3FA0A 2W1LA 3EO5A 4D9ZA 4DD3A 4NGLA 1L36A 1LZNA 4I7PA 255LA 2B75A 3HT9A 1AZFA 3RU5A 2D4KA 1YROA 1L07A 4PK0A 1PQOA 5IHGA 1GB0A 1GF8A 5D5CA 1LWGA 1O23A 3DMVA 1IC4Y 4XN6A 3TXIA 1I6SA 1GFAA 5LVIA 5C6JA 200LA 1GE4A 1L29A 4KXIA 2I25L 1L49A 4MSTA 2FYDA 3OE8A 3HH5A 3SB5A 6LYTA 3G3AB 1QDTA 1H6MA 5D5FA 1L43A 1GB5A 1J1XY 1LJHA 5DLAA 1ZMYL 131LA 1LGWA 1IO5A 1G0JA 4H9CA 1RFPA 1G0PA 1L10A 1E8LA 1CTWA 2BQOA 4ML7A 4CFOA 4XJIA 4ARMB 1DYFA 2HU3A 1CU6A 4CJ2A 5I14A 240LA 1C66A 3PBLA 2W1MA 1OUEA 4IAPA 108LA 190LA 1IWXA 1CV5A 1LZ5A 1JHLA 4GCCA 4H94A 1L41A 164LA 4N1EI 5DL9A 1L77A 2HEBA 1LHHA 169LA 4W51A 1V7SA 1IR7A 2YBHA 1IX0A 4HTKA 2Q9EA 1L93A 1C6BA 5I4XA 4E3UA 1LZYA 4GCFA 4QEQA 1KXWA 5B59A 4NG8A 1DI4A 1HERA 5I53A 3GUMA 1L19A 1GFJA 156LA 1EQEA 1JTTL 5LYZA 2Z18A 5DN4A 2B7XA 1G7LC 221LA 1L03A 252LA 3B6LA 1L01A 135LA 5APEA 5FSTA 1L53A 1DKKA 1XGRC 3NY9A 1XSFA 1L71A 239LA 4L41A 2DQHY 2WARA 3WPKA 1GBWA 1L85A 3C7ZA 4AXTA 1QUTA 2XTHA 1LSCA 2DQDY 4ARMA 1GB9A 4QGZA 5B06A 4XJHA 218LA 1GDXA 143LA 4ARQA 1LYOA 1IOSA 1L94A 1REYA 1T8GA 2L78A 3CT5A 5KJ9A 171LA 4HTQA 1C08C 1JKBA 1YL1X 4O34A 1VEDA 4ETDA 3HU9A 4B0DA 262LA 4ETEA 1CKFA 4H8XA 222LA 1IOQA 4KL7A 3SB8A 4XJDA 160LA 1TDYA 1CKDA 2YVBA 1VAUA 1HEOA 3DN1A 2HEEA 3WVXA 3J4GA 6LYZA 2Q9DA 4NSIA 1GE1A 2RBPA 1LKRA 1V7TA 4NHIA 1C46A 2Y8PA 5II3A 2BLXA 5IELA 241LA 4K5YA 246LA 4HV1A 1LZ4A 2BQCA 1IWYA 4NG1A 5B1FA 1CX7A 4H8ZA 4RLMA 5FEKA 250LA 4H8YA 4ET8A 1L54A 2D4JA 4OWEA 1XEJA 5C6IA 2B5ZA 4H1PA 231LA 4P2EA 5M1YA 3CDTA 5KXWA 3TXFA 1BB7A 1VATA 4N0JA 1LZ6A 4TSBA 3AYQA 1JJ0A 1LHJA 4PJ2C 2ZQ4A 3TXJA 2MEEA 205LA 1QT6A 1LJJA 3W6FA 1IWUA 4DQJA 1LI2A 4H92A 4BAFA 4ETCA 1GE2A 1G7IC 3TXGA 1QS9A 4EOFA 1L17A 4IJ4A 3HDEA 1HHLA 4WG1A 3WW6A 1ZV5L 5IDDA 1CV6A 1SLYA 4YXCA 3F9LA 1YKXX 4I7NA 2HTXA 4A7DA 3W6DA 1B7LA 1L66A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1T3P A;  1D3F A;  4DDA A;  1JQU A;  5LYM A;  4EPF A;  4LYC A;  7LYZ A;  1GAY A;  1VDT A;  1LSF A;  2GV0 A;  5KXS A;  2RB1 X;  3KAM A;  3AW6 A;  1B5U A;  3CT0 A;  1KY1 A;  1L69 A;  3K3T A;  4EKQ A;  177L A;  5A3E A;  1L08 A;  1LSY A;  1C6M A;  1MEL L;  3D4S A;  5LA5 A;  4YX7 C;  1ZVY B;  2MED A;  3RUN A;  3F6Z A;  1YKY X;  4GN5 C;  4OW1 A;  2MEG A;  2F4G A;  1UC0 A;  5HNL A;  1JPO A;  2CGI A;  4HPI A;  4N9R A;  4W52 A;  4NWE A;  3C7W A;  5DM9 A;  3HTD A;  4DDC A;  4UWN A;  1LZ1 A;  4DT3 A;  2RSC A;  3A3R X;  3C81 A;  195L A;  4J1A A;  1K28 A;  1B7N A;  1L37 A;  1KW7 A;  1OQM A;  3SN6 R;  4Z46 A;  5T3F A;  1A4V A;  152L A;  1LYY A;  2DBT A;  3DN4 A;  3EMS A;  1F10 A;  1PZY A;  148L E;  3OJP A;  219L A;  5APF A;  1L23 A;  9LYZ A;  1GF9 A;  4YEM A;  4OOO A;  3GUN A;  3HT8 A;  5KXR A;  1C6F A;  1C6A A;  3WYH A;  1EPY A;  2XBR A;  5KXO A;  5LAG A;  3LYT A;  4GLA A;  1IY4 A;  1BHZ A;  4H9F A;  107L A;  118L A;  3D3D A;  2LC9 A;  1G06 A;  3OE0 A;  4WLX A;  4EKR A;  1L59 A;  4B4E A;  4W55 A;  3J6K A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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