1IVMA

Solution structure of mouse lysozyme m
Total Genus 26
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
26
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVYERCEFARTLKRNGMAGYYGVSLADWVCLAQHESNYNTRATNYNRGDQSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPRAVNACGINCSALLQDDITAAIQCAKRVVRDPQGIRAWVAWRAHCQNRDLSQYIRNCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Solution structure and activity of mouse lysozyme M
pubmed doi rcsb
molecule keywords lysozyme M
molecule tags Hydrolase
source organism Mus musculus
total genus 26
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-03-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ivmA00
3A67Y 1OUIA 1LMNA 1TAYA 4GN3A 1BWIA 4NSHA 153LA 1B7SA 1ALCA 5FCPA 3F6ZA 1QUTA 3W6AA 1LMAA 4NG8A 1DI3A 5HNLA 3WW5A 1IC5Y 4ML7A 3TXJA 2D4KA 3A34A 1JJ0A 4RW1A 4NGOA 1I1ZA 1XEKA 4FJRA 4NSIA 4RLMA 5EBHA 4G4CA 3IWRA 1UIBA 1LZEA 1P2CC 4HJZA 1IR8A 4XJIA 3GXRA 3WMKA 1GXV2 3A3RX 134LA 1GB3A 2FBDA 5A3ZA 1YKYX 1NDGC 1LZDA 1UC0A 5LA8A 4ETCA 1EQ5A 5DM9A 1IEEA 4NHIA 3WPJA 1GE0A 1LAAA 1LZRA 1VDSA 1GAYA 1G7HC 1NMMA 1IP5A 1W6ZA 1IOTA 4WM5A 2F4GA 4HPEA 1HMLA 1JKDA 1EQEA 1N4FA 3A8ZA 3AZ7A 3LYOA 1LZYA 1JJ1A 1GF4A 1JPOA 1LHMA 4O34A 4DC4A 4LYZA 4HPIA 1KIRC 1IP3A 208LA 2Z18A 4H9HA 3EO5A 5KXSA 4AXTA 1HEOA 1KXWA 4H8XA 3LZTA 4IJ4A 4ANRA 3TMXA 5M1YA 4GCBA 4WL7A 5JENB 2ZNXY 3B6LA 1B5YA 1LJFA 4WM4A 5KY1A 5FEKA 1CJ7A 4GN5C 4NSGA 1O23A 1RJCB 1GD6A 2Z2FA 4H91A 1OUHA 5C6LA 2MEDA 2HEEA 4LYMA 5I53A 2F4AA 4CGEA 5KXLA 1QIOA 2BQMA 3AYQA 1IC4Y 1HEQA 1LSEA 1YIKA 1IY4A 3OJPA 5HQ1A 4BS7A 4IATA 1QDRA 2MEGA 2BQEA 4LYBA 1LZBA 4QGZA 4RDSA 1F10A 4LFPA 4WM3A 5AMYA 1F6RA 3J4GA 2Z12A 4RW2A 4YF2A 4KT3A 1LSFA 3AW6A 4LT3A 4W96A 4XYYA 2BLYA 1GB5A 9LYZA 5D5CA 2LYMA 4TX7A 1IWZA 5KXXA 1SQ2L 1QSWA 1B5UA 1JKAA 4GCCA 5KXOA 4B49A 1OUFA 5KKIA 2G4PA 1PZYA 5F9XA 5F9UA 3AB6A 4PRUA 6LYTA 4HJYA 3W6FA 4DD2A 5I54A 5LVIA 2YDGA 3P64A 1GBZA 1NBZC 1NF5A 4N0JA 1REYA 4TTDA 4NWEA 5IDDA 1GB6A 5LYMA 1LSDA 1DZBX 3AGHA 5KXTA 4WM6A 4N8ZA 5FSTA 4DDAA 3MGWA 1CJ6A 4OOOA 3CB7A 2NWDX 135LA 4HTNA 3A96A 5IELA 3RNXA 1IC7Y 3OK0A 4H93A 2MEHA 3K3TA 5B1GA 1UIFA 2MEIA 3TMVA 2CGIA 1WTMA 1NKHA 2YBNA 2EPEA 3KAMA 2DBTA 5HMJA 2D4IA 3TXKA 4DDBA 4KXIA 4PRQA 5F14A 1DI5A 1UUZC 1JUGA 5LVKA 2MEAA 4WG7A 2EKSC 1GF9A 4R0FA 4OWCA 1LKSA 2FYCA 3W6DA 4DD3A 4N5RA 3QY4A 1XEIA 1ZMYL 5KXWA 1JTPL 3A6BY 1DXJA 1HF4A 1NDMC 1UBZA 4Z98A 1LHKA 154LA 1FLUA 4HTQA 4XJBA 4WLDA 2CWIA 2XBRA 4DT3A 3CSQA 5B1FA 4C3WA 1XGPC 4B4IA 4NGJA 1LZAA 1YILA 2XTHA 1IR9A 4GCDA 2WARA 1GPQC 4XJHA 4XJDA 1EL1A 2Z39A 1FLYA 3WYHA 1IOSA 1KXXA 1B5WA 2DKVA 4HJVA 1IOCA 1VATA 4ETDA 2EQLA 1WQPA 3LZ2A 4Z41A 2I6ZA 1GFRA 1LMPA 5FELA 4NGVA 2HU3A 5DL9A 3WL2A 1GBOA 1REZA 1AT5A 1GE2A 2LZTA 1B2KA 4XN6A 4E3UA 4EOFA 3WXTA 1INUA 1D6QA 1RE2A 3CQLA 1FLQA 4ZFPA 1KIPC 5LYZA 1IX0A 1B7NA 2HEAA 1ZVYB 2LYZA 3LYMA 3LYTA 1JTTL 4UWUA 1GB8A 4NHSA 3HFMY 2H9JA 1LJHA 1QDTA 4DWXA 5L3HA 1JSFA 5I4XA 4H8ZA 4PJ2C 1H87A 1GXXA 4LFXA 5LIOA 5KXKA 1IP6A 4WG1A 3W6BA 1ZV5L 1XFPL 6LYZA 1GFKA 1IVMA 1LZ8A 1LHHA 2N5ZA 4HV2A 1GF5A 4NHPA 5T3FA 5HNCA 4ET8A 5LVGA 1E8LA 1XGTC 1J1XY 1YAPA 4OWAA 2C8OA 5LYTA 2H5ZA 3EBAB 4J7VA 4WOAA 4QDNA 3WXUA 4BAFA 4CFPA 4DD9A 4RLNA 1QUSA 2Z38A 1GFGA 4H9AA 3TXEA 1FKQA 1D6PA 1F0WA 1GFEA 1OUJA 2ZNWY 1H6MA 3IJVA 1LZNA 1IP2A 5E4PA 1HFYA 5I5QA 4GLAA 1JKBA 1LJNA 4B4JA 4G4HA 1NWGA 1LJ3A 4LYCA 3TXDA 1XGQC 3P65A 1G7LC 1JIYA 2BQNA 2YBJA 5DN4A 4GCEA 3WU7A 4DD7A 4ETAA 1YAOA 4QY9A 3CSZA 4H92A 4PPOA 3QNGA 1YANA 1HFXA 1XEJA 2I25L 2YVBA 4NEBA 4YM8A 3TXHA 1LSMA 2HTXA 2HEFA 1F6SA 1KXYA 2YBHA 1CKGA 1RCMA 1HEWA 1T6VL 1HEPA 2BLXA 1CKDA 2Z2EA 4FDYA 1LZ6A 1B5ZA 4NGIA 4OW1A 2GV0A 3A93A 3AJNA 5IHGA 1WQRA 2H9KA 3G3AB 1LYYA 1YAQA 4OWHA 4WM2A 2HEDA 2BQKA 2RSCA 2YSSC 5B07A 3RZ4A 3A6CY 5LVHA 1IWVA 1HNLA 2F30A 2IFFY 4HSFA 2BQOA 1LZ4A 1LJ4A 1NQIA 1SLYA 4MSTA 4ETBA 1GFUA 2W1XA 4YEMA 3W6EA 1CNSA 5I4YA 1YQVY 2Q0MX 2BAAA 1LZTA 1C7PA 1QQYA 1HHLA 1DQJC 5KXPA 4ZIXA 1GFJA 1LZ1A 1OUGA 1YL0X 3RT5X 3TXIA 1IWWA 4CJ2A 1LMCA 5LAGA 1CKCA 1PS5A 3EMSA 4KPMA 1UIDA 2BQIA 1WQQA 1FDLY 4D9ZA 5KXRA 1G7MC 1VFBC 1WQMA 4I0CA 1JSEA 2DQJY 3HBEX 3WU9A 1UA6Y 3EXDA 4LT2A 2F2NA 4XJGA 3AGIA 4LT0A 1JISA 2XJWA 1A4VA 3T36A 4CFOA 2IHLA 1A2YC 2G4NA 5FHWA 4DD1A 1IIZA 2BQJA 4LT1A 2YBMA 1B0DA 1GF3A 8LYZA 2CDSA 3A91A 1B7QA 4DDCA 4ETEA 4B4EA 3TXGA 2B5ZA 5KKJA 1GFVA 4H1PA 3ZEKA 3B0KA 1OP9B 4NHTA 4CHXA 1IWTA 3ZVQB 1BB4A 1LSCA 1LSZA 2BQGA 2PC2A 1IY3A 1HENA 1LOZA 5DLAA 1DKKA 1UIGA 1TBYA 2CJLA 4HP0A 5LA5A 2ZIKA 2DQGY 1LMQA 3WPLA 1B5VA 2DQCY 1WTNA 4NIJA 1G7JC 4LGKA 2HECA 1B7OA 1FN5A 1B9OA 4H9CA 1LHJA 4HTKA 3SP3A 1BB5A 4C5FA 4WO9A 5L3IA 3WUNA 1LZ5A 1JTOL 3IJUA 4NSJA 2MEFA 3WUAA 4AGAA 4NY5A 3AW7A 3WU8A 1JEFA 1HELA 1OUBA 3P66A 5KXNA 4B1AA 1LMTA 1GEZA 1GFAA 1AT6A 1B7MA 1IWUA 4MCKA 4NHQA 5I4WA 1LSPA 3WVXA 5FDJA 4TWSA 1C46A 1J1PY 1JJ3A 2YBIA 4Z46A 4H90A 1VAUA 1UIAA 3FE0A 2XBSA 3A94A 4II8A 4YEOA 3B0OA 1RI8B 1B7PA 1LKRA 5LVJA 4G4BA 4G49A 1UCOA 3B0IA 4J1BA 3LYZA 1GBXA 4NGLA 1BQLY 3A95A 1UIEA 1VDTA 1GB7A 2A7DA 1YROA 4IASA 1GBWA 1CJ9A 4XADA 1HERA 1GF0A 4Z3MA 3CT5A 1GWDA 1BB7A 1OUDA 5L9JA 2LYOA 3ZVQA 3AZ6A 1LCNA 1MLCE 4H8YA 2D4JA 1BB6A 1WQOA 3HBHA 1GBSA 5C6JA 1IR7A 1GE3A 3A90A 2C8PA 2A7FA 1MELL 1ZVHL 3WUMA 5B05A 1QSAA 5E9RA 4G9SA 1XGUC 1D0KA 194LA 1LYOA 4OWBA 2BQHA 1GE4A 5C6IA 1XSFA 4LYTA 1OQMA 2ZWBA 5KXYA 3TMWA 2ZYCA 5LINA 1LTMA 1IWYA 1YAMA 3ATNA 1LYSA 2BQDA 4N9RA 4WL6A 4WLTA 1YKZX 1IOQA 1LZCA 1GB9A 4NGKA 1AM7A 1HFZA 3WH1A 3WULA 1FBIX 1YL1X 4BADA 5KJ9A 133LA 1G7IC 207LA 2MECA 1LPIA 2ZIJA 1C10A 2EIZC 4HV1A 1C45A 2ZQ3A 4J1AA 1I56A 2ZYPA 4ET9A 1GDWA 1YKXX 3QE8A 1AKIA 1DKJA 4A7DA 1HMKA 193LA 1GDXA 1UACY 3CSRA 1LHIA 1LJGA 2FBBA 1D0MA 2VB1A 3VWOA 2BQAA 1I20A 5HLLA 3M18B 1CKHA 1HSXA 4TSBA 5APCA 1GFHA 2HUBA 3N9EA 4H9BA 1GF6A 3AZ4A 4BAPA 1UIHA 2AUBA 4W94A 2DQAA 4I8SA 3A3QA 5B06A 2BQFA 1JWRA 1NHEA 1VDPA 1REMA 1CKFA 4H9FA 5ILCA 1IP4A 1GAZA 1IORA 1JHLA 3RW8A 1C08C 4LYOA 4UWNA 1GEVA 1JITA 1WVVA 3T6UA 7LYZA 1UICA 3E3DA 1FKVA 3W3EA 1FLWA 4EMNA 4PHIA 3TMUA 4KL7A 1BHZA 4ZEEA 2W1LA 5DN5A 1LYZA 3CT1A 5LAFA 3GXKA 5LXWA 1LZSA 1VDQA 1QTEA 1KIQC 1LJKA 4H94A 4GN4A 3D9AC 2D91A 1V7TA 4U3XB 1GB0A 1C43A 1W08A 3N9AA 1BB3A 4NWHA 4XENA 2Z37A 4N1CC 4NGWA 1GFTA 4PGJB 4M6DA 2ZQ4A 4DD0A 5ILFA 1IO5A 1LMOA 1BWJA 5B59A 5F81A 1DPWA 1JKCA 1OUEA 2BQBA 3J6KA 1GE1A 4H9EA 4J0LA 1J1OY 2G4QA 1OUAA 2DQFC 1CJ8A 2Z19A 3FI7A 5KXMA 1B7RA 3ATOA 4TSCA 1BVKC 1DI4A 4WLXA 2DQDY 2Y8PA 2BPUA 4UWVA 1WQNA 2ZILA 4B0DA 1V7SA 1LJJA 1QTKA 1HEMA 1Z55A 1GF8A 1OUCA 2DQHY 3BKVA 1IWXA 4LZTA 4OOTA 1EQ4A 1TEWA 3BKHA 1IP7A 1LSBA 2W1MA 3P68A 2W1YA 3CT0A 1TDYA 1LSGA 5D5FA 3WVYA 4GCFA 3ULRA 1IP1A 1LSNA 2I26L 1D9UA 1NBYC 4XJFA 1LJIA 3AZ5A 1T3PA 1HSWA 1RFPA 2DQEY 1GHLA 1D0LA 2HU1A 3TXFA 5APFA 3AGGG 2FYDA 2LHMA 1GF7A 4OWEA 5J7CA 3P4ZA 1VEDA 1GB2A 2MEBA 4TUNA 4WO6A 4YENA 3D3DA 4NG1A 4WLYA 4NGZA 4P2EA 1TCYA 1AZFA 4R6CA 4X3BA 4YOPA 3RU5A 1BVXA 132LA 4GLVA 5HMVA 3B72A 2BQLA 1WVUA 3N9CA 3WW6A 2MEEA 2HEBA 3LN2A 1LZGA 3LHMA 4NFVA 2D6BA 2DQIY 4QEQA 3TXBA 5K7OA 2LZ2A 5APDA 2X0AA 4N1EI 5F16A 2YBLA 1GBYA 1LJEA 4WM1A 3G3BB 1LHLA 1HC0A 5A3EA 1XGRC 4MR1A 3W6CA 1B7LA 1BWHA 3WPKA 4H9IA 1DPXA 3A92A 1B5XA 2BQCA 1LSAA 4M4OA 1LZ9A 5KXZA 1REXA 3M3UA 4NGYA 4WMGA 3HBDA 5APEA 1BGIA 5II3A 4DYGA 4L41A 1LSYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GN3A 1BWIA 1L98A 241LA 3W6AA 1QUTA 3WW5A 4ML7A 3CDRA 4RLMA 3DMVA 4G4CA 125LA 1IR8A 255LA 1QSQA 2FBDA 1C6NA 2B72A 1NDGC 1L77A 5LA8A 1L20A 1LAAA 1VDSA 1G7HC 1W6ZA 1QUDA 6LZMA 1HMLA 1EQEA 3AZ7A 1LWGA 211LA 3C8SA 4ZPUA 2HUMA 1KY0A 3ODUA 3LZTA 190LA 3HWLA 2ZNXY 3B6LA 1CU0A 1B5YA 4WM4A 1L38A 1SWYA 1LW9A 5C6LA 2MEDA 5I53A 4LYMA 225LA 1P2RA 1IC4Y 1YIKA 1D3FA 1LYIA 4QGZA 1L55A 1F6RA 3J4GA 4LT3A 1IWZA 4W54A 4B49A 1C62A 3W6FA 2B6YA 2YDGA 4N0JA 248LA 1REYA 4NWEA 1CU3A 1LYJA 3AGHA 1QTDA 5KXTA 1DYAA 1L31A 3MGWA 1C6MA 1IC7Y 3RNXA 2MEHA 1C6JA 2MEIA 119LA 2EPEA 1L56A 4I7LA 2D4IA 1DI5A 144LA 1JUGA 2MEAA 4K5YA 1L45A 3QY4A 4ARPA 1DXJA 1L61A 1FLUA 4DT3A 1LZAA 1IR9A 1GPQC 2Z39A 1FLYA 1B5WA 2DKVA 2NTGA 120LA 2I6ZA 260LA 1B6IA 2HU3A 5DL9A 1AT5A 1GE2A 2LZTA 1PQJA 4E3UA 1D6QA 182LA 1KIPC 1L69A 1ZVYB 2LYZA 1GB8A 1C65A 4NHSA 1G1WA 2H9JA 215LA 1JSFA 4PJ2C 3FI5A 4LFXA 5LIOA 3W6BA 1ZV5L 6LYZA 4NHPA 1C6CA 1E8LA 3SB7A 1D2WA 4J7VA 3TXEA 1D6PA 1F0WA 1H6MA 1LZNA 1G06A 3DKEX 1WTHA 2F2QA 1NHBA 1G7LC 2RBPA 1JIYA 2YBJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3A67 Y;  1OUI A;  1LMN A;  1TAY A;  4GN3 A;  1BWI A;  4NSH A;  153L A;  1B7S A;  1ALC A;  5FCP A;  3F6Z A;  1QUT A;  3W6A A;  1LMA A;  4NG8 A;  1DI3 A;  5HNL A;  3WW5 A;  1IC5 Y;  4ML7 A;  3TXJ A;  2D4K A;  3A34 A;  1JJ0 A;  4RW1 A;  4NGO A;  1I1Z A;  1XEK A;  4FJR A;  4NSI A;  4RLM A;  5EBH A;  4G4C A;  3IWR A;  1UIB A;  1LZE A;  1P2C C;  4HJZ A;  1IR8 A;  4XJI A;  3GXR A;  3WMK A;  1GXV 2;  3A3R X;  134L A;  1GB3 A;  2FBD A;  5A3Z A;  1YKY X;  1NDG C;  1LZD A;  1UC0 A;  5LA8 A;  4ETC A;  1EQ5 A;  5DM9 A;  1IEE A;  4NHI A;  3WPJ A;  1GE0 A;  1LAA A;  1LZR A;  1VDS A;  1GAY A;  1G7H C;  1NMM A;  1IP5 A;  1W6Z A;  1IOT A;  4WM5 A;  2F4G A;  4HPE A;  1HML A;  1JKD A;  1EQE A;  1N4F A;  3A8Z A;  3AZ7 A;  3LYO A;  1LZY A;  1JJ1 A;  1GF4 A;  1JPO A;  1LHM A;  4O34 A;  4DC4 A;  4LYZ A;  4HPI A;  1KIR C;  1IP3 A;  208L A;  2Z18 A;  4H9H A;  3EO5 A;  5KXS A;  4AXT A;  1HEO A;  1KXW A;  4H8X A;  3LZT A;  4IJ4 A;  4ANR A;  3TMX A;  5M1Y A;  4GCB A;  4WL7 A;  5JEN B;  2ZNX Y;  3B6L A;  1B5Y A;  1LJF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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