1YKZX

Effect of alcohols on protein hydration
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Effect of alcohols on protein hydration: crystallographic analysis of hen egg-white lysozyme in the presence of alcohols.
pubmed doi rcsb
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ykzX00
4DDCA 2LYZA 4NSIA 2LZ2A 1YANA 1UIEA 3W6CA 1QTKA 1GE3A 3W6EA 1GFVA 4KT3A 3TXBA 1D0MA 2F4AA 2MEEA 4H9IA 1C45A 1DQJC 3AZ7A 3CT0A 1B7SA 4NGOA 3WXUA 3ZVQA 5B07A 4OWAA 1LSGA 4OWCA 1IIZA 1B7PA 4B49A 4H9CA 2MEBA 4ZIXA 3T6UA 1WQPA 1GF9A 134LA 4KXIA 4NWEA 4HTNA 5ILCA 4H9EA 1JEFA 1GE1A 1LHMA 1VAUA 2I6ZA 1NDGC 1UUZC 2FYDA 2Z37A 1GB9A 1OUHA 3A3QA 1IORA 1BGIA 4GCFA 2BQHA 4RLMA 1CJ9A 1B7OA 4QY9A 3TXJA 1LSCA 4NIJA 4PHIA 2D6BA 3LN2A 1KIPC 5F9XA 4HTKA 4NHQA 4LT1A 3RW8A 3TXDA 4N1CC 4BAPA 1INUA 2AUBA 1GE0A 2LYMA 4G4HA 1HERA 5FDJA 1I20A 1LJ3A 4LYCA 5DLAA 4YF2A 1WQOA 4LZTA 2W1XA 5E4PA 1BQLY 5APEA 4AXTA 5J7CA 1OQMA 3AW6A 4TTDA 4LGKA 5APCA 4ET9A 1UIGA 4ETAA 5KXRA 1DI4A 8LYZA 1GWDA 3P68A 1C08C 1FLQA 1KXWA 1UA6Y 4R0FA 3A67Y 1GB6A 3WULA 1JKBA 5KXXA 5LVJA 1NQIA 1YAPA 1T6VL 1GDXA 4GCEA 4HV2A 132LA 1V7SA 1LYZA 1LZ9A 1XGUC 2PC2A 4HJVA 4KPMA 4UWVA 1HF4A 4WLDA 1FLWA 4H90A 1JHLA 2BQKA 5L3IA 4HP0A 2XBRA 2D4JA 1GEZA 1AM7A 2CWIA 5FHWA 4Z41A 4B4EA 1BVKC 4LYOA 5LYZA 4C5FA 4WMGA 2BQLA 2ZWBA 4LT2A 3HBDA 1XEKA 1LZ5A 3LYMA 1LOZA 3N9CA 4U3XB 4H8XA 4LYTA 1CKHA 3W6FA 2C8PA 1WQMA 3LYOA 1LJ4A 1YL0X 2EIZC 4LFXA 4NFVA 4QGZA 2H5ZA 2BAAA 3IJVA 1BWHA 1GB8A 3WU9A 4HTQA 1GFHA 1DI5A 3G3BB 1B5XA 1BB3A 1LZDA 4XJGA 2LYOA 3BKHA 4G49A 1HNLA 1VDPA 2A7DA 4NWHA 3RU5A 3ZVQB 2G4NA 4LYBA 1UC0A 1IR9A 1VDTA 4H9AA 3WPJA 1IWWA 2MEIA 4WG1A 4AGAA 1B2KA 1TDYA 4PRQA 1JJ0A 5T3FA 1BVXA 1SLYA 1GFEA 1HMLA 4MR1A 1LMNA 4GCBA 1CKGA 1LMQA 1V7TA 3A90A 1IP4A 1CKFA 3J6KA 4YM8A 1JKAA 4CJ2A 3GXRA 1QDTA 3A91A 1LPIA 1IX0A 2CJLA 1LCNA 153LA 2YBMA 5KJ9A 1HEOA 1HHLA 1VDSA 3EXDA 4LYMA 1OP9B 2N5ZA 2BQIA 2ZYPA 2BQFA 1AT6A 2MECA 5C6IA 2G4QA 2MEDA 1QTEA 3P64A 4NGKA 3LYTA 3LZ2A 1JTTL 4OWBA 1HFZA 4WL7A 3P66A 4D9ZA 1MELL 193LA 1J1OY 5DN5A 4DD7A 1RCMA 1JTOL 1GF5A 3CT5A 3AZ5A 3WU8A 1LZ8A 2ZNWY 4NSJA 5KKIA 1XGRC 1LSBA 2HTXA 4DC4A 1OUIA 3B6LA 4II8A 1GB7A 5L9JA 4RW1A 3FI7A 4WO6A 1VDQA 4PGJB 1LMAA 3P65A 3TMVA 1B5ZA 1W6ZA 1C7PA 2CDSA 4MCKA 4Z46A 4H9BA 3EO5A 1WTNA 2BPUA 4DD9A 1F10A 1LJFA 2A7FA 3A6BY 1NBZC 2WARA 4ML7A 4PJ2C 1HMKA 2BQGA 5B06A 5L3HA 5F16A 1EQEA 3FE0A 5DL9A 5I54A 1CJ6A 1GE2A 1LJKA 1ZV5L 1GFUA 5EBHA 1ZVYB 5KXTA 154LA 1FDLY 3W6BA 4J1BA 3J4GA 2MEGA 5IHGA 3CQLA 3KAMA 1QDRA 1JSFA 1YIKA 2BLXA 4NHIA 4DDAA 1XGQC 2NWDX 1GXXA 3B0OA 1VFBC 1XFPL 1IR8A 4ET8A 3B0IA 4H8YA 1D0KA 2BQEA 3ATNA 4NG8A 5I4WA 1JPOA 4TUNA 5APDA 3TXGA 3WUAA 1D9UA 2CGIA 1LJGA 1OUAA 4WO9A 1LHJA 2EKSC 3D9AC 1WQNA 1GF8A 1FLUA 1RI8B 4WLXA 2F4GA 1YKYX 1GFRA 1LYYA 2HU3A 5I5QA 5LA8A 1IP5A 1GFTA 2ZQ4A 4WM2A 3ULRA 2ZIKA 4R6CA 1CNSA 1IO5A 1IVMA 7LYZA 5LVKA 1FKQA 4TSCA 4GN4A 2LHMA 1LSAA 1DXJA 2BQDA 1LSMA 2HEFA 1LAAA 1YL1X 3AJNA 4WM6A 4EOFA 3HBHA 1LSFA 5M1YA 1TEWA 3CT1A 4NSHA 3AYQA 4NGZA 1LZTA 1A2YC 5FSTA 4N1EI 3AZ4A 1JJ3A 2VB1A 4CGEA 2IHLA 4ETBA 1F0WA 1GF6A 1LJHA 1IWYA 4WLTA 3WH1A 4GN5C 2BQMA 133LA 5DM9A 4OWEA 5LVHA 4HJYA 1NKHA 1XGTC 2W1MA 4NGWA 5KXKA 3IJUA 3MGWA 3P4ZA 1DPWA 1DZBX 1GE4A 1REYA 1DI3A 4B4IA 3WL2A 2BQNA 1HC0A 2BQCA 4H92A 5IDDA 1VEDA 2FYCA 1UACY 2YBLA 1GBZA 3WVYA 5D5FA 4DYGA 4B1AA 2D4KA 1TBYA 5II3A 2I26L 6LYZA 5HQ1A 2Z2FA 4WOAA 1W08A 1LSDA 5C6LA 4FJRA 1LMCA 2W1LA 4A7DA 1B7QA 4Z3MA 2DQCY 4W96A 2IFFY 4WG7A 5LA5A 1LKRA 4UWNA 1H6MA 1C10A 5AMYA 1YAOA 5HNLA 2BQBA 1WVUA 2DQJY 1AT5A 4HJZA 4OWHA 1IWZA 3TXEA 1B5UA 4FDYA 2HEDA 1HEQA 4L41A 1XEJA 3TMXA 5HMVA 4CFOA 1LTMA 3A6CY 1XGPC 5KXSA 3AW7A 3WYHA 4DD1A 3GXKA 1HENA 3TMUA 1PZYA 2HUBA 2ZYCA 4H93A 3OJPA 1GBOA 2Z12A 4G9SA 1LZEA 4DD2A 1B7LA 1GAYA 1IC7Y 5HLLA 4NEBA 4PPOA 1QSWA 1HFYA 1RE2A 1LSZA 1BHZA 3EMSA 4IASA 1JISA 2DQAA 5DN4A 1E8LA 1NBYC 1BB4A 4I8SA 1LYSA 3RT5X 1GEVA 1BB6A 1OUGA 4Z98A 1BWIA 1IP3A 4LT0A 4RLNA 3OK0A 1YILA 3LZTA 1IWUA 4RW2A 3AGIA 4ANRA 1D6PA 2ZQ3A 1C46A 5KXYA 1JJ1A 1G7IC 3A95A 3AB6A 4WLYA 1IOQA 4YOPA 1IP1A 4M6DA 4DD0A 1KIQC 1YKZX 4N8ZA 1XEIA 4XJDA 2BQAA 5KXWA 1B0DA 4WM5A 2DKVA 2YBJA 1AZFA 1CKCA 4YEOA 4ZEEA 1ZVHL 5IELA 4WM3A 4DDBA 3A94A 5KKJA 3LHMA 1CJ8A 2HEAA 2Z38A 1GBSA 1GB3A 4P2EA 4XJHA 1UIHA 6LYTA 4OOTA 4J7VA 1ALCA 4PRUA 1XSFA 2XJWA 1YROA 4H8ZA 5LVGA 5E9RA 5KXOA 4N5RA 2FBBA 3QY4A 1G7HC 1ZMYL 4RDSA 1LHLA 3ATOA 1GBXA 4J1AA 3WW6A 1GB5A 1P2CC 1JTPL 2XTHA 5FCPA 4YEMA 1JKCA 1LSNA 1IWXA 4NHSA 4GCDA 1UIDA 3CB7A 1HEWA 4YENA 1TAYA 1JSEA 3E3DA 4HPIA 4BAFA 1LKSA 1IOTA 1LZNA 3WUNA 3ZEKA 1LZYA 1YKXX 1KXYA 1DKKA 2DQGY 2ZILA 1HSWA 1HELA 1IEEA 1JWRA 1KXXA 3A34A 1NMMA 3G3AB 4B0DA 4CHXA 3SP3A 5LYTA 1LHKA 1LJEA 2I25L 3A92A 3WPKA 5LAGA 1G7LC 4ETCA 4H9HA 4NGJA 3WU7A 4NHPA 1Z55A 4EMNA 5HNCA 1B9OA 3TXIA 5KY1A 1LYOA 4TSBA 2EPEA 2DQHY 4XJIA 1UIBA 1WVVA 1IY4A 1UICA 4LT3A 5F81A 1A4VA 1DPXA 5LAFA 4XYYA 3B72A 1B5WA 1NDMC 3A8ZA 5I4YA 3VWOA 2GV0A 194LA 1YAMA 2MEFA 3LYZA 5FELA 2HECA 1OUDA 2C8OA 1GF0A 1EL1A 1OUFA 2YDGA 9LYZA 1LJIA 1HSXA 1IWTA 1GBWA 1WTMA 1RJCB 1GPQC 2Q0MX 1JIYA 1IP7A 4ZFPA 1LMOA 4GLAA 1FBIX 1IP6A 3TXFA 4XN6A 1LZBA 1GFGA 2DQFC 2Z18A 1LHHA 2D4IA 2F30A 3AGGG 2ZIJA 1UIAA 207LA 3N9AA 4LFPA 5I53A 2ZNXY 4B4JA 1B5YA 1GFAA 1FKVA 4BADA 5F9UA 1RFPA 1REZA 3WVXA 5F14A 2EQLA 5KXMA 4DWXA 1D6QA 4W94A 5KXPA 4UWUA 4QDNA 4NGLA 1J1XY 1LZAA 5D5CA 1LHIA 1SQ2L 3CSRA 3TXHA 3A96A 2YBHA 5KXZA 2BLYA 4GLVA 1C43A 4NSGA 4M4OA 2MEAA 1LMPA 2BQOA 3QNGA 1I56A 208LA 4H9FA 4XJBA 2LZTA 5LYMA 1OUEA 1OUBA 1D0LA 2XBSA 4XJFA 4NGIA 5LVIA 4DD3A 3WW5A 4H94A 1HEPA 4LYZA 4H1PA 4CFPA 1QUTA 2DQDY 3A93A 3A3RX 1B5VA 4NGYA 4DT3A 5KXLA 1FN5A 1BB5A 3N9EA 4HSFA 5JENB 4NGVA 1GFJA 1UBZA 5KXNA 4BS7A 1EQ5A 3QE8A 3T36A 4NHTA 1GXV2 1NWGA 2Z39A 4TWSA 5A3EA 1JUGA 1GFKA 3W6AA 2H9JA 3AZ6A 3WMKA 4O34A 2G4PA 2YBNA 3M18B 1B7NA 1BWJA 4KL7A 4XADA 1QQYA 3BKVA 1UCOA 1CKDA 3B0KA 1IP2A 1LJJA 1LZ6A 3WUMA 4OOOA 2DQEY 4TX7A 1IC4Y 1GBYA 5B59A 1IOCA 5LXWA 3RZ4A 2W1YA 3M3UA 3CSZA 4IJ4A 1B7RA 2BQJA 1HEMA 1AKIA 5FEKA 5LIOA 1CJ7A 4QEQA 1LSEA 1F6RA 4WL6A 4HPEA 1LZRA 2H9KA 1FLYA 3TMWA 2HU1A 4XENA 1KIRC 1G7JC 1JITA 2YVBA 4HV1A 1F6SA 1GAZA 3TXKA 1MLCE 4MSTA 5ILFA 2X0AA 1IR7A 1J1PY 2Y8PA 2F2NA 1LJNA 3WXTA 135LA 1GDWA 5HMJA 4N0JA 4ETEA 4OW1A 3HFMY 2Z19A 2HEEA 1QUSA 1QSAA 3RNXA 1IY3A 4C3WA 1GD6A 5A3ZA 1YAQA 1JKDA 2YBIA 1GHLA 1LZ1A 3CSQA 4G4CA 5K7OA 1OUJA 4G4BA 3AGHA 4ETDA 1LMTA 2DBTA 1O23A 1N4FA 1DKJA 2B5ZA 1UIFA 1T3PA 2MEHA 2RSCA 4NG1A 1LSPA 1LSYA 1NF5A 4I0CA 1GF3A 2Z2EA 1WQRA 2D91A 1GB2A 1REXA 1WQQA 1NHEA 4GCCA 1GF7A 1LZ4A 1PS5A 1LZCA 2FBDA 1EQ4A 4H91A 4N9RA 5B1GA 3W6DA 1GB0A 1IC5Y 1GF4A 1I1ZA 2YSSC 3F6ZA 3W3EA 4IATA 4WM4A 4E3UA 4NY5A 1HFXA 5I4XA 1VATA 5LINA 3D3DA 1OUCA 3HBEX 4WM1A 3WPLA 1G7MC 2HEBA 3K3TA 5APFA 1QIOA 4GN3A 1BB7A 1B7MA 1LZGA 1TCYA 5B1FA 1LZSA 4J0LA 4X3BA 1YQVY 1IOSA 1IWVA 2DQIY 3EBAB 3IWRA 1H87A 1REMA 5B05A 5C6JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QUDA 1YANA 1UIEA 3W6CA 3L64A 1GFVA 1L79A 3SBBC 161LA 4H9IA 1G0PA 3ZVQA 3CDVA 4OWCA 2MEBA 122LA 4PJZA 2ANVA 4KXIA 4HTNA 5ILCA 1LGUA 4GRVA 1GE1A 1VAUA 2I6ZA 3A3QA 1IORA 4GCFA 1LSCA 4NIJA 241LA 1PQOA 1KIPC 4HTKA 1QS9A 1QT5A 1L50A 4W59A 1L07A 1INUA 1GE0A 1L91A 3HUAA 5FDJA 4YF2A 1WQOA 1L14A 4LZTA 4ET9A 3RUNA 1L72A 1UA6Y 1L16A 3WULA 1JKBA 1NQIA 1GDXA 1LZ9A 2PC2A 4HJVA 4ARLA 1JHLA 2XBRA 2D4JA 1L63A 1P56A 4W58A 1BVKC 4LYOA 1LOZA 4H8XA 1CKHA 1LJ4A 2EIZC 4LFXA 1P3NA 4NFVA 3HH3A 3IJVA 1BWHA 1CU5A 2L78A 1GB8A 112LA 3G3BB 1BB3A 120LA 7LYZA 1HNLA 2A7DA 3ZVQB 2G4NA 1L46A 1UC0A 1IR9A 211LA 4H9AA 3WPJA 1IWWA 2MEIA 1L18A 5T3FA 1HMLA 4MR1A 1LMNA 1LYGA 3GXRA 1LYHA 3A91A 1LPIA 153LA 3DNAA 3EXDA 4LYMA 1OP9B 1CV6A 3HT7A 4IAPA 2MEDA 1QTEA 4OWBA 4WL7A 4D9ZA 2RB2X 3HT6A 193LA 1JTOL 1L69A 1LZ8A 5KKIA 1LSBA 2HTXA 4II8A 4RW1A 1VDQA 4PGJB 1LMAA 150LA 4I7MA 1F10A 3A6BY 4ML7A 210LA 1EQEA 1L61A 1CJ6A 1LJKA 3J4GA 5IHGA 1G1WA 4EPFA 1D3MA 2NWDX 1P2LA 1QSBA 1VFBC 1XFPL 2OE4X 237LA 4ET8A 1JPOA 5APDA 1XEPA 1LJGA 4WO9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4DDC A;  2LYZ A;  4NSI A;  2LZ2 A;  1YAN A;  1UIE A;  3W6C A;  1QTK A;  1GE3 A;  3W6E A;  1GFV A;  4KT3 A;  3TXB A;  1D0M A;  2F4A A;  2MEE A;  4H9I A;  1C45 A;  1DQJ C;  3AZ7 A;  3CT0 A;  1B7S A;  4NGO A;  3WXU A;  3ZVQ A;  5B07 A;  4OWA A;  1LSG A;  4OWC A;  1IIZ A;  1B7P A;  4B49 A;  4H9C A;  2MEB A;  4ZIX A;  3T6U A;  1WQP A;  1GF9 A;  134L A;  4KXI A;  4NWE A;  4HTN A;  5ILC A;  4H9E A;  1JEF A;  1GE1 A;  1LHM A;  1VAU A;  2I6Z A;  1NDG C;  1UUZ C;  2FYD A;  2Z37 A;  1GB9 A;  1OUH A;  3A3Q A;  1IOR A;  1BGI A;  4GCF A;  2BQH A;  4RLM A;  1CJ9 A;  1B7O A;  4QY9 A;  3TXJ A;  1LSC A;  4NIJ A;  4PHI A;  2D6B A;  3LN2 A;  1KIP C;  5F9X A;  4HTK A;  4NHQ A;  4LT1 A;  3RW8 A;  3TXD A;  4N1C C;  4BAP A;  1INU A;  2AUB A;  1GE0 A;  2LYM A;  4G4H A;  1HER A;  5FDJ A;  1I20 A;  1LJ3 A;  4LYC A;  5DLA A;  4YF2 A;  1WQO A;  4LZT A;  2W1X A;  5E4P A;  1BQL Y;  5APE A;  4AXT A;  5J7C A;  1OQM A;  3AW6 A;  4TTD A;  4LGK A;  5APC A;  4ET9 A;  1UIG A;  4ETA A;  5KXR A;  1DI4 A;  8LYZ A;  1GWD A;  3P68 A; 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 5LXW A;  3RZ4 A;  2W1Y A;  3M3U A;  3CSZ A;  4IJ4 A;  1B7R A;  2BQJ A;  1HEM A;  1AKI A;  5FEK A;  5LIO A;  1CJ7 A;  4QEQ A;  1LSE A;  1F6R A;  4WL6 A;  4HPE A;  1LZR A;  2H9K A;  1FLY A;  3TMW A;  2HU1 A;  4XEN A;  1KIR C;  1G7J C;  1JIT A;  2YVB A;  4HV1 A;  1F6S A;  1GAZ A;  3TXK A;  1MLC E;  4MST A;  5ILF A;  2X0A A;  1IR7 A;  1J1P Y;  2Y8P A;  2F2N A;  1LJN A;  3WXT A;  135L A;  1GDW A;  5HMJ A;  4N0J A;  4ETE A;  4OW1 A;  3HFM Y;  2Z19 A;  2HEE A;  1QUS A;  1QSA A;  3RNX A;  1IY3 A;  4C3W A;  1GD6 A;  5A3Z A;  1YAQ A;  1JKD A;  2YBI A;  1GHL A;  1LZ1 A;  3CSQ A;  4G4C A;  5K7O A;  1OUJ A;  4G4B A;  3AGH A;  4ETD A;  1LMT A;  2DBT A;  1O23 A;  1N4F A;  1DKJ A;  2B5Z A;  1UIF A;  1T3P A;  2MEH A;  2RSC A;  4NG1 A;  1LSP A;  1LSY A;  1NF5 A;  4I0C A;  1GF3 A;  2Z2E A;  1WQR A;  2D91 A;  1GB2 A;  1REX A;  1WQQ A;  1NHE A;  4GCC A;  1GF7 A;  1LZ4 A;  1PS5 A;  1LZC A;  2FBD A;  1EQ4 A;  4H91 A;  4N9R A;  5B1G A;  3W6D A;  1GB0 A;  1IC5 Y;  1GF4 A;  1I1Z A;  2YSS C;  3F6Z A;  3W3E A;  4IAT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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