4S0WA

Wild type t4 lysozyme structure
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Wild type T4 lysozyme structure
rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 55
structure length 162
sequence length 162
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4s0wA00
1D3FA 112LA 3GUJA 123LA 1C6LA 239LA 201LA 3GUKA 1L05A 1C61A 3SB6A 1KY0A 2RBPA 1K28A 1L04A 1C66A 4ARPA 192LA 1L17A 2OE9X 3UONA 4AQNA 107LA 1G1VA 1C60A 1CU3A 1C68A 1L06A 1C6TA 3GUIA 1CV0A 3PDSA 1P3NA 3DMZA 1L79A 1L21A 4EPFA 1JTNA 3CDTA 236LA 244LA 1T6HA 1C6FA 1T8FA 1QS9A 3FI5A 3SBBC 3VW7A 243LA 3SBAA 146LA 1L55A 1LWGA 248LA 186LA 4ARMB 1L46A 2B6YA 251LA 237LA 1L38A 1CV4A 3HUQA 1DYBA 2IGCA 215LA 2QARC 182LA 2QB0B 1OYUA 1L60A 206LA 198LA 1D3NA 2B73A 1L27A 200LA 1L13A 260LA 2B6ZA 1SSYA 1C6DA 120LA 3C8SA 3GULA 1L47A 1PQDA 2OE7X 4YXAC 1LYDA 1CVKA 2NTHA 1L19A 1C6KA 3CDVA 3G3WA 2CUUA 173LA 254LA 2OU0X 4YXCA 7LZMA 253LA 1L67A 188LA 3HTGA 3V2YA 2L78A 3DN3A 1C6IA 3OE8A 4EXMA 1L33A 2OTYX 3HTFA 3F9LA 130LA 1L0JA 3SN6R 1D9WA 1L09A 1L91A 4K5YA 1L95A 1QT4A 3HH4A 1G06A 1LYJA 1QT5A 1L52A 152LA 4W52A 1C65A 1C67A 3G3XA 2Q9EA 4DJHA 1EPYA 1LW9A 2RBRA 3SB9A 1C6EA 2RB2X 1L97A 1L01A 4I7OA 1KW5A 4W51A 1KY1A 4PK0A 4ARQA 1L86A 1QTBA 3C7ZA 219LA 1QT7A 245LA 4YX7C 1CV5A 172LA 4I7MA 3HT9A 1P2LA 1SX2A 1OVKA 3OE6A 233LA 225LA 1QT3A 1L29A 1L81A 3K2RA 1L89A 3C8QA 1L36A 242LA 1OWZA 1L10A 1L31A 2B70A 2RBSA 3CDQA 1ZURA 1L59A 1L87A 1G0GA 1DYEA 1L84A 2HUMA 1L68A 1L73A 2O79A 1L66A 2OU9A 1P56A 170LA 1P2RA 3F8VA 197LA 3CDRA 4ARMA 3EMLA 1PQJA 3C82A 1L49A 1G0MA 1LI6A 1L62A 1L53A 4ZPUA 4E97A 1D3MA 217LA 3C81A 1L51A 3OE9A 1CV1A 256LA 4W59A 1L42A 109LA 222LA 1C6JA 1L88A 1G1WA 3NY9A 3DMVA 3OE0A 1XEPA 246LA 2LZMA 4PJZA 226LA 1QUOA 1G0JA 1L82A 1L80A 3GUOA 1LGWA 1LPYA 214LA 114LA 1L65A 189LA 1OVHA 230LA 196LA 4I7KA 2O7AA 150LA 4GRVA 1QTDA 158LA 3HTDA 1L74A 1OV5A 2OE4X 227LA 181LA 241LA 1CX7A 1L58A 129LA 4W56A 4W57A 3HT7A 1C64A 1SX7A 1L76A 1QUDA 1QTZA 234LA 1JQUA 3ODUA 3HUAA 218LA 231LA 4I7NA 1C63A 3HH5A 3C83A 110LA 1L99A 165LA 1ZWNA 1KS3A 1L69A 235LA 1C6AA 3CDOA 1C6PA 2RAZX 1C6MA 2OU8A 1CU2A 1QSBA 2B6WA 171LA 1L22A 1QSQA 1L0KA 4GBRB 176LA 3SB5A 1C6NA 1OVJA 2LC9A 5I14A 1L20A 2RH1A 180LA 1P6YA 1PQKA 1CUPA 2OTZX 1L83A 216LA 2NTGA 3DNAA 255LA 103LA 5LZMA 1C6GA 3HT8A 2HULA 185LA 1C6BA 1CU0A 1D2YA 1C6QA 1P37A 2F47A 4W54A 1CV3A 1PQOA 3C7YA 223LA 1QTHA 1L41A 262LA 1L02A 1CTWA 1L03A 1L39A 212LA 4LDEA 1L26A 3V2WA 191LA 1L35A 3RUNA 2Q9DA 169LA 125LA 4LDOA 247LA 1L93A 3HH3A 1C62A 1DYDA 126LA 1LYEA 138LA 1JTMA 3HWLA 1PQIA 1QS5A 167LA 1P46A 4W55A 119LA 149LA 1L94A 1XJUA 3DN4A 1QUGA 148LE 4I7SA 3SB8A 210LA 1CV6A 4EJ4A 102LA 229LA 4EKSA 166LA 2O4WA 3HT6A 2LCBA 4ARLA 1D3JA 3DN2A 1T8AA 1OV7A 209LA 140LA 1QUHA 1CU6A 1NHBA 3GUNA 162LA 1L00A 1P5CA 205LA 228LA 252LA 3JR6A 115LA 1L12A 4W53A 1L54A 159LA 1T97A 4DKLA 1P7SA 1L90A 3DMXA 3HH6A 1QT8A 1G0QA 3C80A 3HU8A 3QAKA 1P64A 1C6CA 1L77A 3DN8A 155LA 1L43A 1L63A 174LA 257LA 3L64A 1CU5A 1L70A 2RB0X 157LA 3G3VA 2ANVA 259LA 258LA 1L34A 2RBNA 1LGUA 3DN6A 1L40A 4LZMA 108LA 1G07A 145LA 2RB1X 1TLAA 1G0LA 137LA 1L30A 1LLHA 2RAYX 1L75A 3FA0A 164LA 175LA 1L28A 190LA 4I7LA 250LA 4EKQA 163LA 2B6XA 3C8RA 122LA 4I7QA 2OEAX 2RBQA 3GUMA 1L71A 4S0WA 184LA 3PBLA 160LA 1QTVA 4LDLA 111LA 1L98A 1L61A 2F32A 1L15A 2ANXA 1L50A 199LA 118LA 1KNIA 1CUQA 1L11A 1SWZA 1I6SA 1L56A 2HUKA 4I7PA 104LA 1G0KA 1L64A 6LZMA 1L57A 1L07A 144LA 3NYAA 139LA 232LA 221LA 1SSWA 4EKPA 3DKEX 1DYFA 249LA 3SB7A 2B74A 161LA 4I7RA 4EKRA 1L25A 1LYFA 3FADA 1LGXA 1WTHA 1XJTA 1DYGA 3HUKA 1OWYA 147LA 1L14A 1L44A 2Z6BA 141LA 261LA 1D2WA 3D4SA 3L2XA 213LA 2B7XA 3DN0A 1C69A 1L37A 4I7TA 4OO9A 1DYCA 1L72A 1L45A 3RZEA 1DYAA 142LA 1LI2A 1B6IA 3C7WA 156LA 1L48A 1L18A 1L23A 1SWYA 224LA 128LA 1PQMA 113LA 3HDEA 211LA 3HU9A 1LYHA 1L92A 3HTBA 1ZYTA 4IAPA 2A4TA 4DAJA 240LA 2B6TA 220LA 1LYIA 168LA 4EPIA 195LA 2B75A 1P36A 178LA 4ARJA 1CX6A 4I7JA 3HDFA 1L08A 238LA 3DN1A 1G0PA 3NY8A 1L16A 1QTCA 1L32A 1KW7A 3GUPA 1QT6A 151LA 2F2QA 183LA 4ARQB 131LA 1L96A 4W58A 187LA 1T8GA 1C6HA 3LZMA 1L85A 177LA 2RBOA 143LA 1L24A 1LI3A 1LWKA 1LYGA 127LA 2B72A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YENA 1D3FA 1JUGA 1W6ZA 1QIOA 123LA 3GUKA 3SB6A 5LVGA 1INUA 2OE9X 4B4IA 4H91A 1LMCA 2C8OA 3HFMY 1JTNA 1OUHA 5IDDA 4WOAA 146LA 1L55A 4G4CA 5APDA 1L46A 2B6YA 251LA 3A3RX 1REMA 1LZ5A 1GFGA 1L38A 3HUQA 2Y8PA 1CKDA 5L3IA 5KKJA 2B73A 1L27A 1L13A 1IY3A 1C6DA 3C8SA 1LJKA 1BB4A 3WU9A 1NMMA 1HEWA 1C6KA 5I5QA 1LSNA 193LA 1D0KA 4YXCA 5KJ9A 1IP5A 5IHGA 5LVJA 3HTGA 1AT6A 1IEEA 5A3ZA 2NWDX 5KY1A 2OTYX 1PS5A 6LYTA 1LZ8A 1GE4A 3A93A 4YOPA 4K5YA 1G06A 4M4OA 1LYJA 3W3EA 4HP0A 3HBHA 5APCA 2Q9EA 1EPYA 2RBRA 4LT2A 1HERA 1LJEA 1KW5A 4QEQA 2DQCY 4ARQA 1L86A 5APFA 3C7ZA 4I7MA 1LZ6A 3HT9A 1C10A 1SX2A 1ALCA 2BQFA 1QT3A 1L29A 4TSCA 4WM2A 2YDGA 1L10A 1NQIA 2RBSA 3CDQA 3GXKA 4R6CA 3AW7A 1G0GA 4B0DA 1LSPA 1DYEA 2VB1A 2LZ2A 5FDJA 4CGEA 2ZYCA 3WXTA 1LSDA 4TUNA 1G7JC 1OUFA 1BWJA 3WUNA 1L53A 217LA 2MEAA 1LZGA 3C81A 1L51A 1REZA 4Z46A 1CKCA 4GLVA 1NKHA 226LA 1GFRA 1L82A 1LGWA 1PZYA 214LA 2W1XA 4N0JA 1LYZA 230LA 4XENA 196LA 1GAYA 3WW6A 4GRVA 1XGQC 3HTDA 4DD1A 1OV5A 3WVYA 181LA 1HENA 1LHIA 241LA 1IP4A 3G3BB 4W57A 1L76A 1LYYA 1C63A 5T3FA 1VATA 1G7LC 1JPOA 4CHXA 4OWCA 4OWBA 235LA 1LSYA 2B6WA 5KXLA 171LA 1L22A 1LYOA 1LAAA 3SB5A 4DC4A 5I14A 4H93A 1VDSA 4NSJA 1C6GA 185LA 1D2YA 2XTHA 1HMKA 1LZTA 3C7YA 3W6AA 1QTHA 3T36A 1L41A 133LA 3RW8A 4PRUA 3LYTA 1L39A 1L26A 1L35A 3AZ6A 1ZMYL 2H9JA 4ETDA 2AUBA 4Z98A 1DYDA 3ATOA 4OWHA 1GPQC 1QS5A 167LA 4WMGA 149LA 1KIPC 1OUIA 1UUZC 5EBHA 2A7FA 1CV6A 1GF7A 1LMAA 2W1LA 1B7SA 2PC2A 4C5FA 3AB6A 4ARLA 2DQGY 3ULRA 1HFXA 5DN4A 205LA 228LA 1LKSA 1T97A 3BKHA 1P7SA 3C80A 1P64A 1HELA 3DN8A 2GV0A 155LA 5I4YA 1L63A 257LA 2HU3A 2LZTA 2YSSC 2RB0X 1NBYC 2ZQ3A 4XJGA 2LYMA 1LGUA 1WQQA 1L40A 4LZMA 108LA 3OK0A 4GCDA 1GB7A 145LA 2RB1X 1TLAA 2RAYX 1G0LA 1GF5A 1GB8A 4XYYA 250LA 1TAYA 1IWUA 3WW5A 1FLUA 5LAFA 5C6JA 2OEAX 1L71A 9LYZA 2F32A 4DQ5A 2ANXA 1L50A 1GFVA 1NF5A 4H1PA 1SWZA 1GB6A 1XGUC 2X0AA 1L56A 104LA 1L64A 3CT1A 6LZMA 4BS7A 5LVHA 3AZ7A 1JEFA 139LA 1LJJA 6LYZA 135LA 4TSBA 3SB7A 1LJGA 2XBRA 2B74A 4NGKA 1L25A 1UBZA 1I56A 1YAMA 4BAPA 5DL9A 1LGXA 1V7SA 4L41A 5C6IA 147LA 1L14A 1L44A 141LA 1EQEA 4AXTA 213LA 3DN0A 1C69A 4OO9A 4LYZA 3RZEA 156LA 1KIRC 224LA 3AGGG 1J1OY 1JIYA 3HDEA 211LA 4OOTA 1GF4A 3J6KA 3HTBA 4DT3A 4HJZA 1ZYTA 4IAPA 4DAJA 220LA 1LYIA 2FBBA 168LA 4EPIA 2B75A 1LMNA 178LA 1LZNA 4I7JA 4NGYA 1L16A 5K7OA 1F6SA 2Z37A 1QT6A 1LZAA 2YBJA 1C6HA 2RBOA 1V7TA 1LYGA 1VDTA 1MELL 2B72A 4B4JA 4P2EA 112LA 3GUJA 5D5CA 201LA 1C61A 1GFKA 5L9JA 2A7DA 1L04A 192LA 1L17A 107LA 1C60A 1C6TA 2XQOA 4WM5A 1CJ9A 3GUIA 1CV0A 3PDSA 4NGJA 2Z12A 1MLCE 1LHHA 4EPFA 236LA 4RW2A 244LA 1T6HA 1T8FA 3FI5A 3VW7A 5M1YA 1LWGA 4XJIA 4ARMB 4J1BA 237LA 1LMOA 4N1CC 1QUSA 2QARC 3TXDA 215LA 182LA 2QB0B 1GB0A 2LYZA 1L60A 3RT5X 4HV2A 1UIDA 4DDBA 1D9UA 2FYDA 1GFHA 3GULA 120LA 2WARA 1IOSA 1DZBX 5FHWA 1L47A 1PQDA 2OE7X 4DD9A 5F9UA 1CVKA 3G3WA 4RLMA 2IFFY 2W1MA 1B5XA 1LOZA 2OU0X 1OUJA 4XJHA 2BQCA 1LYSA 1LZ4A 1IC5Y 1TBYA 1GB9A 4G49A 5B59A 4EXMA 4E3UA 5B1GA 2F2NA 130LA 3VWOA 1YILA 1D9WA 1BB7A 1QQYA 1L91A 1L95A 1DKJA 1REXA 1L52A 1JISA 4RW1A 3IJUA 4GCEA 4DJHA 1C6EA 4DWXA 2RB2X 1L97A 1L01A 4I7OA 1KY1A 1FLYA 4PK0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4YEN A;  1D3F A;  1JUG A;  1W6Z A;  1QIO A;  123L A;  3GUK A;  3SB6 A;  5LVG A;  1INU A;  2OE9 X;  4B4I A;  4H91 A;  1LMC A;  2C8O A;  3HFM Y;  1JTN A;  1OUH A;  5IDD A;  4WOA A;  146L A;  1L55 A;  4G4C A;  5APD A;  1L46 A;  2B6Y A;  251L A;  3A3R X;  1REM A;  1LZ5 A;  1GFG A;  1L38 A;  3HUQ A;  2Y8P A;  1CKD A;  5L3I A;  5KKJ A;  2B73 A;  1L27 A;  1L13 A;  1IY3 A;  1C6D A;  3C8S A;  1LJK A;  1BB4 A;  3WU9 A;  1NMM A;  1HEW A;  1C6K A;  5I5Q A;  1LSN A;  193L A;  1D0K A;  4YXC A;  5KJ9 A;  1IP5 A;  5IHG A;  5LVJ A;  3HTG A;  1AT6 A;  1IEE A;  5A3Z A;  2NWD X;  5KY1 A;  2OTY X;  1PS5 A;  6LYT A;  1LZ8 A;  1GE4 A;  3A93 A;  4YOP A;  4K5Y A;  1G06 A;  4M4O A;  1LYJ A;  3W3E A;  4HP0 A;  3HBH A;  5APC A;  2Q9E A;  1EPY A;  2RBR A;  4LT2 A;  1HER A;  1LJE A;  1KW5 A;  4QEQ A;  2DQC Y;  4ARQ A;  1L86 A;  5APF A;  3C7Z A;  4I7M A;  1LZ6 A;  3HT9 A;  1C10 A;  1SX2 A;  1ALC A;  2BQF A;  1QT3 A;  1L29 A;  4TSC A;  4WM2 A;  2YDG A;  1L10 A;  1NQI A;  2RBS A;  3CDQ A;  3GXK A;  4R6C A;  3AW7 A;  1G0G A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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