4S0WA

Wild type t4 lysozyme structure
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Wild type T4 lysozyme structure
rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 55
structure length 162
sequence length 162
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4s0wA00
1SWYA 209LA 3OE8A 1C6QA 1L97A 1C61A 150LA 184LA 1QTVA 1L88A 4YX7C 1B6IA 3RZEA 1L12A 2QARC 1G0LA 3DN1A 1L22A 109LA 188LA 1L25A 1KS3A 1PQOA 1OVJA 1TLAA 1L31A 1L27A 4W59A 3PBLA 3HUKA 1L91A 228LA 103LA 1L57A 2F47A 3SBBC 1L14A 1L16A 1CU5A 1SX7A 2B6TA 2OE7X 6LZMA 4W57A 141LA 1P56A 1C6MA 156LA 197LA 1P2RA 3C82A 2B70A 223LA 1LPYA 3FI5A 1CV0A 1L63A 2RB2X 1L60A 1L69A 226LA 1L20A 218LA 4W51A 171LA 1NHBA 2RH1A 3HT6A 1CV3A 2OEAX 168LA 152LA 3RUNA 1P5CA 232LA 1DYEA 2ANXA 200LA 1LGUA 1SSYA 3DKEX 1L82A 1OYUA 4DAJA 224LA 1ZYTA 1L66A 3DN4A 225LA 1I6SA 1L89A 1L08A 257LA 4EKPA 104LA 1L41A 1OVKA 4DJHA 4W55A 1WTHA 236LA 2RBQA 3K2RA 1L34A 123LA 146LA 1L75A 3V2WA 251LA 3G3WA 1OVHA 1L05A 1L55A 1L92A 2F2QA 185LA 238LA 1L13A 3F8VA 3GULA 4ARQA 2RBOA 1L49A 3FA0A 1C6AA 1C6DA 3DN2A 114LA 3HU8A 1P64A 2Z6BA 1KW5A 3DN6A 1KNIA 3QAKA 1L71A 1C6HA 160LA 7LZMA 1L0JA 3CDVA 1L99A 4LDEA 189LA 1QSQA 259LA 248LA 2OU0X 1L73A 4EKQA 1C6IA 1C6FA 1L67A 158LA 1LYHA 3HU9A 4I7MA 1L32A 1QT8A 246LA 167LA 233LA 260LA 3PDSA 143LA 1G0KA 4ARJA 144LA 1QUOA 1C6BA 1G0QA 1K28A 1L83A 1LYDA 3FADA 3G3XA 2NTHA 3D4SA 1L15A 1QTHA 1XEPA 2O4WA 1L76A 3DNAA 1L61A 1L23A 4EKRA 3NYAA 4W54A 2OTYX 1L79A 1L87A 1L52A 1CU6A 2LZMA 256LA 1L44A 3C7YA 1QUHA 4ZPUA 211LA 3HT9A 4W56A 1LYIA 147LA 102LA 1L26A 1KY0A 1CX7A 1DYBA 2OE4X 2O7AA 242LA 3DMXA 3GUNA 139LA 212LA 2B6XA 2LCBA 199LA 1L03A 1G1VA 1QTDA 261LA 2RAZX 2QB0B 3C8QA 247LA 2O79A 1L38A 3HUAA 115LA 1DYAA 1LWGA 2Q9EA 1C64A 1L54A 1XJUA 3HTDA 118LA 170LA 3C83A 1KY1A 4I7OA 1DYFA 1PQDA 155LA 1CUQA 1C6EA 166LA 1L74A 159LA 245LA 4W53A 1LYJA 1L39A 1G1WA 4I7KA 3SB9A 3HT8A 119LA 183LA 1L65A 195LA 1G0PA 1L51A 1ZWNA 1CTWA 1L93A 177LA 2HULA 3GUOA 1L28A 258LA 1QT5A 1T8AA 186LA 1L45A 3UONA 1L29A 5I14A 4LDOA 3HH6A 1P37A 4EPIA 4YXCA 1L43A 1L42A 1D3NA 1LI2A 1CUPA 165LA 1L06A 1C6LA 138LA 1L50A 173LA 3DMZA 3HTFA 205LA 3CDQA 4ARQB 4LZMA 2B74A 1C6CA 3CDOA 250LA 2IGCA 3V2YA 249LA 4E97A 1L48A 1L86A 1P3NA 241LA 2F32A 4LDLA 1D3FA 1L09A 2RB1X 3EMLA 3HWLA 1L18A 157LA 1P36A 1QT4A 1G0MA 243LA 3HDEA 1C67A 1LI6A 198LA 1PQJA 1QUGA 2RBSA 4I7RA 1L81A 1QTCA 175LA 1OWYA 164LA 3SB7A 1CV4A 1T6HA 231LA 1C62A 1XJTA 3CDTA 3GUJA 217LA 1PQMA 2RBNA 1P2LA 1C66A 1QT6A 148LE 1LLHA 1CU3A 1L96A 172LA 1L40A 221LA 3GUKA 1CVKA 1L80A 2OU9A 111LA 1KW7A 1C6PA 1LWKA 2RAYX 4GBRB 1C6TA 126LA 3HH4A 1C65A 2Q9DA 227LA 4EKSA 2B7XA 2OTZX 1T8GA 214LA 262LA 3GUPA 1L58A 1T97A 4I7QA 1OWZA 3SB6A 3CDRA 4GRVA 3NY9A 4DKLA 3L2XA 1CU0A 1QTZA 3SBAA 4EPFA 3HT7A 1CV6A 1C6NA 1L35A 4W58A 3HDFA 3HH5A 2LC9A 253LA 1L30A 3DMVA 1SSWA 1L10A 4I7PA 2OE9X 220LA 1D3MA 1L00A 3C7ZA 1QSBA 4S0WA 1SWZA 122LA 3DN3A 2L78A 1L33A 1JTNA 1QTBA 176LA 244LA 1LYEA 131LA 1L64A 2HUKA 1C69A 196LA 4AQNA 1L0KA 149LA 191LA 1L85A 1C6KA 174LA 1LI3A 187LA 4PK0A 1D3JA 1DYCA 1LYGA 3LZMA 3L64A 240LA 129LA 2B6ZA 3HH3A 3ODUA 1L98A 1L53A 1EPYA 137LA 180LA 178LA 1QT3A 234LA 169LA 1PQIA 216LA 1C60A 3OE6A 1L90A 3NY8A 201LA 215LA 127LA 2OU8A 120LA 112LA 4ARPA 1L04A 1QS9A 190LA 254LA 1LYFA 3HTBA 1P6YA 213LA 2RBPA 1QS5A 4YXAC 1L46A 1LW9A 128LA 1L95A 1D2WA 3GUMA 3C8RA 1L62A 3F9LA 3C81A 239LA 2ANVA 192LA 3OE9A 1G0JA 1CV5A 4I7NA 108LA 3SN6R 1G0GA 1L77A 2HUMA 4EXMA 2B75A 219LA 110LA 1L72A 163LA 1DYGA 1SX2A 1LGWA 1CX6A 222LA 252LA 3SB8A 1L47A 229LA 2B6YA 3SB5A 1L17A 4OO9A 1L01A 1L07A 161LA 2B6WA 1C63A 1L70A 1L37A 1LGXA 1P46A 4I7TA 2A4TA 4I7LA 1CV1A 1DYDA 3C8SA 1L36A 182LA 206LA 1L24A 4I7JA 4IAPA 1P7SA 2NTGA 1L59A 1D2YA 2B72A 1T8FA 142LA 1L84A 4EJ4A 3VW7A 237LA 1L94A 130LA 1ZURA 3C7WA 4ARLA 4K5YA 181LA 4ARMB 3GUIA 1L02A 3HUQA 145LA 1L11A 4ARMA 151LA 1L21A 3DN0A 1QUDA 1CU2A 4PJZA 235LA 107LA 2CUUA 162LA 4I7SA 1C6JA 1C68A 1L56A 2RBRA 1G07A 1JTMA 230LA 1D9WA 125LA 1G06A 1L19A 3JR6A 2B73A 2RB0X 3HTGA 1OV5A 1C6GA 1PQKA 3DN8A 3G3VA 5LZMA 140LA 3OE0A 1OV7A 1QT7A 4W52A 1JQUA 113LA 3C80A 255LA 210LA 1L68A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VDPA 2MEFA 3T36A 184LA 1QTVA 1JJ1A 3WH1A 4DC4A 3DN1A 4B1AA 1L25A 4LZTA 1GB0A 3K3TA 1D0LA 2HEDA 2Z39A 3HUKA 4W59A 1L91A 103LA 2DQJY 3A34A 2B6TA 4LFPA 1IC7Y 1WQPA 197LA 2B70A 1BB3A 3FI5A 1L63A 226LA 1CV3A 2OEAX 1LZBA 3RT5X 1JTTL 1P5CA 2AUBA 200LA 1L82A 1OYUA 3HBHA 4H9CA 224LA 4WO6A 1L66A 2MEDA 4LYTA 4DT3A 1OUCA 1T6VL 257LA 4WMGA 1HEMA 1WTHA 1IVMA 2RBQA 3K2RA 1LSZA 1UA6Y 3IWRA 1D9UA 1OVHA 1L05A 1HENA 5B07A 3QNGA 1W08A 5IHGA 3WL2A 194LA 4NGOA 4B0DA 1L49A 3FA0A 5KXRA 4XJBA 1C6DA 2FYCA 114LA 1GBYA 3LHMA 3QAKA 1D6QA 4OWEA 189LA 2OU0X 259LA 248LA 4RLNA 1L73A 1JTOL 5HNLA 1C6IA 4RLMA 158LA 3AGHA 3HU9A 1BGIA 4I7MA 4N9RA 1L32A 3TXHA 1G7IC 1LSMA 233LA 1OUAA 260LA 4ET9A 1UIGA 4DQ5A 1G0KA 144LA 1LSCA 1C6BA 1L83A 2MECA 3G3XA 2Z38A 4NGZA 1LZRA 4H8XA 3CB7A 1L61A 1L23A 4EKRA 1CKFA 2BAAA 3AYQA 1IR9A 2X0AA 3J4GA 1CU6A 4BAPA 4NY5A 1ZMYL 1LYIA 147LA 102LA 3A90A 3A3QA 1CX7A 1QDTA 2O7AA 212LA 1LZDA 199LA 2I25L 2A7FA 2RAZX 6LYZA 2O79A 5C6LA 3HUAA 1DYAA 2Q9EA 4C3WA 170LA 1KY1A 132LA 3WU7A 1PQDA 155LA 1CUQA 3CQLA 1C6EA 1L74A 4QY9A 2G4QA 4I7KA 1IORA 3HT8A 183LA 4PRQA 195LA 1WQMA 1LSFA 186LA 4KL7A 5I14A 3AW6A 4LDOA 2Z2FA 2G4PA 1P37A 3GXRA 2WARA 4G4CA 5IELA 1C6LA 4H9HA 1MELL 1BB7A 173LA 4DDAA 3WU9A 1C08C 3CDQA 5APDA 4ARQB 1G7MC 250LA 4ET8A 249LA 3P64A 4DD1A 4H8YA 1L09A 1L18A 1G0MA 4ML7A 4N1EI 4N1CC 1PQJA 198LA 2RBSA 4YOPA 1HFYA 175LA 1OWYA 1LZ8A 3CDTA 4ETBA 4LT3A 2RBNA 4P2EA 1LLHA 1IX0A 1CU3A 1D6PA 1LJGA 3GUKA 1CVKA 1L80A 2RAYX 1PS5A 2BQEA 4EKSA 2B7XA 1T8GA 1LMAA 154LA 5IDDA 3L2XA 3D3DA 5KXYA 4LYCA 4EPFA 3HT7A 133LA 5DLAA 1L35A 4J0LA 2LYOA 4W58A 1XGRC 4NGIA 1IP4A 1L30A 3DMVA 1SSWA 2D6BA 1WVUA 1SWZA 1LYYA 3AZ7A 1GXXA 1JTNA 5F16A 176LA 4ETAA 244LA 4H93A 2W1LA 4R0FA 131LA 1L64A 3AW7A 1DPWA 1HSXA 1KIRC 4AQNA 1L0KA 5FCPA 2YBLA 187LA 1NWGA 1DYCA 5APCA 2B6ZA 3ODUA 3LYTA 1EPYA 2LHMA 1LHKA 169LA 1B5WA 1GB9A 1DI4A 4H9AA 1JJ3A 4ARPA 190LA 1P6YA 1QS5A 3B72A 4XJGA 2Y8PA 3WUAA 4WM6A 1L95A 1D2WA 3AZ6A 5B1FA 1GFJA 1LZYA 3W6AA 1QDRA 192LA 4D9ZA 1LSDA 1GE1A 1LZEA 1HFXA 3SN6R 1L77A 219LA 1JITA 1HERA 3EMSA 1NBYC 2XBRA 1LGWA 1QSAA 2HECA 4QDNA 2MEGA 1CX6A 222LA 3SB8A 229LA 3SB5A 1L17A 1LJKA 1GFRA 161LA 1BVXA 4M6DA 1L70A 1L37A 4XYYA 1P46A 3OK0A 1RCMA 2A4TA 1VDSA 1DYDA 4LYMA 1GB2A 2HU3A 4WM2A 3HFMY 4YENA 1EL1A 3VW7A 1L94A 130LA 1ZURA 4ARLA 3EO5A 3GUIA 5LAFA 2ZNXY 1OP9B 3DN0A 1QUDA 1CU2A 107LA 1C68A 1D9WA 125LA 1L19A 4NHTA 1BWHA 3ZEKA 1UIHA 2BQFA 2BQGA 2ZIKA 3WVXA 2C8OA 1PQKA 4I8SA 1C7PA 1LZ9A 3DN8A 1QTEA 4DD0A 4GN4A 1QT7A 4WOAA 113LA 1Z55A 210LA 1GBSA 1UIEA 1LMQA 1SWYA 3WUNA 1IOCA 1PZYA 1L97A 1L88A 3WW6A 4YX7C 1WTNA 1L12A 1G0LA 4I0CA 5K7OA 188LA 1GXV2 4NSHA 1L31A 4CFPA 4UWNA 4EMNA 1F0WA 1L57A 1D0KA 3SBBC 1L14A 1L16A 1GFUA 1SX7A 1GF6A 6LZMA 1P56A 1P2RA 3QE8A 1F10A 1LAAA 1QUSA 1YAOA 3FI7A 1CV0A 2RB2X 1L69A 4W51A 1NHBA 2RH1A 3IJUA 4QEQA 1J1OY 5LYTA 3WMKA 1LGUA 1SSYA 4DAJA 5I4XA 4WL6A 1ZYTA 3DN4A 4HV2A 1I6SA 1L08A 1YKXX 1L41A 3W6CA 236LA 4PJ2C 4WG1A 1L34A 2G4NA 1L75A 2F4AA 3TXEA 3P68A 1T3PA 3G3WA 1B7PA 5C6JA 1L92A 1LSGA 1JTPL 1NDMC 3GULA 4ARQA 2RBOA 2Z18A 1HC0A 4HTNA 3DN2A 4MR1A 4NGYA 1P64A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1VDP A;  2MEF A;  3T36 A;  184L A;  1QTV A;  1JJ1 A;  3WH1 A;  4DC4 A;  3DN1 A;  4B1A A;  1L25 A;  4LZT A;  1GB0 A;  3K3T A;  1D0L A;  2HED A;  2Z39 A;  3HUK A;  4W59 A;  1L91 A;  103L A;  2DQJ Y;  3A34 A;  2B6T A;  4LFP A;  1IC7 Y;  1WQP A;  197L A;  2B70 A;  1BB3 A;  3FI5 A;  1L63 A;  226L A;  1CV3 A;  2OEA X;  1LZB A;  3RT5 X;  1JTT L;  1P5C A;  2AUB A;  200L A;  1L82 A;  1OYU A;  3HBH A;  4H9C A;  224L A;  4WO6 A;  1L66 A;  2MED A;  4LYT A;  4DT3 A;  1OUC A;  1T6V L;  257L A;  4WMG A;  1HEM A;  1WTH A;  1IVM A;  2RBQ A;  3K2R A;  1LSZ A;  1UA6 Y;  3IWR A;  1D9U A;  1OVH A;  1L05 A;  1HEN A;  5B07 A;  3QNG A;  1W08 A;  5IHG A;  3WL2 A;  194L A;  4NGO A;  4B0D A;  1L49 A;  3FA0 A;  5KXR A;  4XJB A;  1C6D A;  2FYC A;  114L A;  1GBY A;  3LHM A;  3QAK A;  1D6Q A;  4OWE A;  189L A;  2OU0 X;  259L A;  248L A;  4RLN A;  1L73 A;  1JTO L;  5HNL A;  1C6I A;  4RLM A;  158L A;  3AGH A;  3HU9 A;  1BGI A;  4I7M A;  4N9R A;  1L32 A;  3TXH A;  1G7I C;  1LSM A;  233L A;  1OUA A;  260L A;  4ET9 A;  1UIG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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