1B0DA

Structural effects of monovalent anions on polymorphic lysozyme crystals
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural effects of monovalent anions on polymorphic lysozyme crystals.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1998-11-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1b0dA00
2BQFA 3D9AC 3VWOA 4ETCA 3TMWA 5J7CA 3CSQA 4GN3A 1IP4A 3OJPA 1ALCA 4LFPA 1LJ4A 3M18B 4HJYA 4H9EA 5KXZA 1CJ6A 5APEA 1JITA 1QUTA 3TXGA 1D0KA 1QTKA 1FLWA 4WO6A 1HERA 1B2KA 1I20A 1LZ4A 3P65A 4LT1A 3WH1A 1XEIA 1VFBC 4ZEEA 2ZNWY 4CFOA 4H1PA 1GE2A 2F2NA 5FSTA 4WO9A 3LZ2A 4YM8A 4B1AA 1XFPL 1B5WA 4NHSA 1RCMA 1GBOA 1YAMA 1LMCA 4XJHA 4B49A 2BQEA 1HFZA 3J4GA 1HFYA 1GE0A 1IWWA 4UWUA 4DD9A 4B4JA 1F6RA 1GHLA 1W08A 4H8ZA 1GWDA 1OUDA 1REZA 1LMAA 3ATOA 2Z2EA 1B7PA 3AW7A 5D5FA 5HLLA 5KXLA 4KL7A 1GF5A 1GXV2 2BQMA 1XEJA 2MEDA 5HMVA 1LJJA 3TMUA 1JISA 1D9UA 1IC5Y 4C3WA 1JIYA 1GB2A 4PJ2C 5KKIA 3BKHA 5II3A 1HEWA 3EXDA 2F30A 1BB7A 1UA6Y 2XBSA 2YSSC 1DZBX 4YENA 4NGJA 4NWHA 1LSEA 4I0CA 4HP0A 3TXHA 1RFPA 3AZ7A 4AGAA 1LZ6A 1RE2A 1LJHA 4R6CA 4RW2A 3WUNA 2DQFC 2BLYA 1IOSA 3A92A 1GFHA 4GLVA 1HNLA 1PS5A 4W94A 1G7HC 2HEEA 1UUZC 2XTHA 5F9UA 4H91A 4HJZA 3W6DA 2BQGA 4RDSA 3WXUA 4WLXA 4R0FA 3WW5A 1JPOA 4DD0A 1YAOA 5KXSA 1JSFA 3RU5A 1JTPL 3QY4A 1XGPC 4RLMA 4A7DA 1QSAA 3A6BY 1GDXA 4I8SA 1LMNA 1UIFA 5L3HA 1GFJA 3WVYA 1ZMYL 1YKYX 3P66A 1WVUA 3CQLA 4H90A 1AM7A 1B7OA 1FDLY 1OQMA 1JJ3A 1UIBA 4B4IA 1GE1A 3LYTA 4XENA 1LSCA 4J1AA 2D6BA 1LKRA 3CSZA 1CKGA 1RJCB 4NSIA 2HECA 3QE8A 4TTDA 1KXXA 2EQLA 3HBEX 4G49A 5LYTA 2BQOA 1HHLA 5D5CA 4FJRA 1GXXA 4IJ4A 2BQNA 1LYZA 3EMSA 5KXXA 3A8ZA 1LJ3A 2BQAA 2BQJA 4MR1A 2F4GA 2HTXA 4OW1A 4N1EI 4XJGA 4NGLA 3TMXA 5L3IA 5KXMA 1LHMA 2BQIA 1GBZA 5LINA 5LA5A 2YBMA 3RZ4A 1JUGA 1IX0A 3LYZA 4XJIA 4UWNA 5E4PA 5F81A 1EL1A 2FBDA 5LYMA 5E9RA 4XJDA 4GCEA 5IHGA 4HPIA 1D6QA 1OUIA 4LYBA 2BQLA 2CJLA 5IELA 4H9IA 4N0JA 1NDGC 1D0LA 1LMQA 4DT3A 1YANA 1TBYA 1CJ7A 2MEHA 4H9AA 133LA 4GCDA 1B9OA 3N9CA 3ULRA 1LZ1A 1CKCA 4LYZA 5DLAA 4TSCA 2D91A 1LJNA 2D4JA 4N8ZA 1YAQA 1LHHA 4WG1A 1QDTA 5DN4A 1V7TA 6LYZA 4XN6A 1UCOA 1P2CC 4NGIA 4HTKA 3E3DA 1FBIX 5FELA 4HV1A 2Z19A 5B1GA 5LYZA 3W6AA 4C5FA 6LYTA 5L9JA 1EQ5A 1NBZC 3A3RX 1WVVA 3WUMA 1HSWA 5LVKA 1G7JC 2VB1A 1JJ0A 1CKHA 2CGIA 3TXJA 1VDTA 2CDSA 3LYOA 1LHJA 1LSMA 4NSGA 4YOPA 5C6IA 5I4WA 5HNLA 5DL9A 5F9XA 3WL2A 1AKIA 1REXA 1UIGA 4GLAA 1I56A 1GB3A 1ZVHL 4LYTA 1IP1A 2ZYCA 5JENB 4B4EA 1LPIA 1UIHA 3IJUA 1GFGA 1LZCA 4BAPA 2EIZC 4HTQA 1JTTL 2N5ZA 5C6LA 5LVHA 4PPOA 4QEQA 5FEKA 3N9EA 1INUA 1GF4A 2FYCA 3CT5A 2WARA 1UACY 5LVIA 4ETDA 4Z46A 2MEBA 5T3FA 3A91A 1LZSA 3SP3A 2ZIJA 1LJEA 1YIKA 1UIDA 2HEAA 1FKVA 4WM3A 4WM6A 4EOFA 2LHMA 4NEBA 3HBHA 1B7NA 2A7DA 1YILA 4DYGA 2RSCA 2YDGA 4WL7A 2DQHY 3EO5A 4WLTA 5C6JA 1CKFA 1IP6A 1EQ4A 4QGZA 4TUNA 1GFVA 1OUBA 3IWRA 1REYA 4NGYA 4ZIXA 2MEAA 4TSBA 5LA8A 7LYZA 2C8PA 1LTMA 4LT3A 1DPXA 2BQCA 3B6LA 2CWIA 2MEEA 3N9AA 1IY3A 1XGTC 1LZTA 1G7MC 5ILCA 1GE3A 3WULA 1LKSA 1JHLA 5FDJA 4WM1A 1VDQA 4QDNA 1QUSA 2EKSC 2Z18A 1GDWA 3AGGG 4TWSA 1LZGA 1HELA 4FDYA 3TXDA 1GAZA 5HQ1A 1LYSA 1MLCE 1LJFA 5ILFA 4KPMA 5DN5A 1XGUC 5APCA 1LJKA 3WXTA 1B5YA 5LVJA 1JKAA 5B06A 1IWTA 2DQAA 3WUAA 1LZDA 5B1FA 1GF7A 1FLUA 4DC4A 2NWDX 4DDAA 1DI5A 5I54A 2H5ZA 1QQYA 1VDSA 4NGKA 4WL6A 3A6CY 194LA 8LYZA 1LHLA 4B0DA 1C45A 1OUEA 2Z12A 4LYCA 1XEKA 1LZAA 1IC4Y 2FYDA 3KAMA 4XYYA 1LZRA 3B0KA 1LMPA 134LA 1LZ9A 2BQKA 1B7LA 2I26L 3TMVA 4CFPA 1OUJA 4J7VA 3W6BA 1NF5A 4XJBA 3MGWA 1LYYA 4CJ2A 1DXJA 4N9RA 1JJ1A 2PC2A 1TEWA 1BWIA 4WLDA 4WG7A 1HFXA 1TAYA 2C8OA 4KT3A 1IWXA 1VATA 1RI8B 1T6VL 5B05A 1UC0A 1IWVA 1H87A 2DQIY 2ZQ4A 1QSWA 4YF2A 1GBXA 1GBYA 4U3XB 3A93A 1YL1X 4OWBA 1LZYA 1BVXA 1UBZA 3WW6A 1GF0A 1HEOA 1CNSA 3F6ZA 5IDDA 4LZTA 3WU8A 4DD3A 1GB8A 1JSEA 4NHQA 1NBYC 135LA 2MEGA 1IORA 1C46A 1LCNA 1I1ZA 1LMOA 2G4QA 2GV0A 4YEMA 2Z37A 3CSRA 1G7IC 4NG8A 4ANRA 4Z41A 1IP5A 5I4YA 4BS7A 2YBHA 2HEFA 1LSBA 4OWHA 1BB4A 1JEFA 1XGRC 4WM5A 4ET9A 2MEFA 2I25L 1YKXX 1BWHA 1IWUA 2HEBA 4G4BA 4ET8A 4MSTA 1WTMA 1C7PA 2HU1A 3IJVA 4LFXA 1YKZX 4WM2A 2HEDA 2LYZA 3WU9A 1B7RA 4LYMA 2DQCY 5LXWA 1JWRA 1PZYA 4BADA 4HJVA 153LA 5LIOA 4LT0A 4BAFA 2YVBA 1GAYA 1NDMC 1LSAA 5LAFA 193LA 9LYZA 5LVGA 1UIAA 1HMKA 3B0IA 2YBNA 5I4XA 5KXNA 4DWXA 1FLYA 1GB5A 1GBWA 4ML7A 4RW1A 1J1PY 4YEOA 1LJGA 4H8XA 4W96A 1FLQA 1AT5A 2H9JA 4XADA 1SLYA 3P64A 1LZ8A 5KJ9A 3J6KA 1LSZA 1C08C 1HMLA 4N5RA 4DD1A 1HF4A 4LGKA 1REMA 2W1LA 1JKDA 5APFA 1BHZA 2FBBA 5I53A 1WQRA 1F6SA 2H9KA 3WPKA 1WQQA 1KXYA 2W1XA 1B7SA 3RT5X 1GFKA 4NY5A 4NHTA 3T6UA 1A2YC 1GEZA 1BB5A 1AT6A 1IR7A 1GEVA 2BLXA 4OWCA 1GB0A 4NWEA 1NQIA 3T36A 4H9CA 2D4IA 2LZ2A 1BWJA 4H93A 4XJFA 4HV2A 1GFAA 3P68A 4PRUA 1IY4A 1OUHA 1NWGA 1F10A 1OP9B 1WQOA 1LZNA 1DPWA 1OUCA 1EQEA 1CJ9A 3A94A 5HMJA 4IASA 1IWYA 3K3TA 3GXRA 5M1YA 1IR9A 2DQDY 4GCBA 4H94A 3W6CA 4H92A 2EPEA 3D3DA 3RW8A 3A96A 3G3BB 4DDBA 5KXTA 2G4NA 2YBJA 3QNGA 4NG1A 154LA 1HEPA 2I6ZA 4H9FA 1WTNA 2AUBA 1LSYA 1BGIA 2F4AA 5KXYA 1HEQA 1BB6A 2DQEY 1NKHA 5K7OA 3AZ6A 4HPEA 3AZ5A 1TCYA 5FHWA 4H8YA 4PGJB 4AXTA 1LHIA 207LA 4CGEA 4G4CA 4MCKA 2ZWBA 1IOCA 5DM9A 4NSHA 1LYOA 5EBHA 5A3ZA 2HUBA 3W3EA 1FN5A 3WYHA 2G4PA 1YQVY 3TXIA 1OUFA 4WMGA 4J1BA 1E8LA 1DQJC 1LZBA 5AMYA 3A90A 4HTNA 1IOTA 2BQDA 4DDCA 1LSPA 3W6EA 3M3UA 5A3EA 2ZIKA 1IP7A 3AW6A 2ZYPA 4Z3MA 4PHIA 1N4FA 4DD7A 4NGWA 1J1XY 3LHMA 1B5ZA 1G7LC 3G3AB 4II8A 5KXWA 1IC7Y 4IATA 4G4HA 2XJWA 4N1CC 4ETEA 1KIRC 2BAAA 3AJNA 3B0OA 4NGVA 1Z55A 2YBLA 3A95A 3AYQA 1LOZA 3CT1A 1B5VA 4OOTA 3GXKA 3FE0A 1IIZA 1GD6A 1IEEA 5HNCA 1NHEA 1IWZA 1YROA 4P2EA 4PRQA 3RNXA 1GFRA 2YBIA 1OUAA 4OOOA 3ZVQA 1TDYA 2Z2FA 3AGIA 4NFVA 2Q0MX 4M6DA 1WQPA 2HU3A 1KIQC 4CHXA 4GN5C 2ZQ3A 1LSDA 1V7SA 2DBTA 3A34A 2IHLA 3WU7A 1B5UA 1GB7A 1KXWA 1HC0A 1DI4A 1O23A 2ZILA 3LZTA 1JKCA 132LA 1C10A 3EBAB 4ETAA 3LYMA 3WMKA 1SQ2L 1LSGA 1VEDA 4NGZA 1UICA 1DI3A 2Y8PA 1VDPA 5KXOA 1GF3A 1D6PA 2XBRA 1GF9A 3B72A 1GB6A 1CKDA 1ZVYB 1AZFA 5F16A 5KKJA 3P4ZA 1WQNA 4ZFPA 1IP2A 1B5XA 1JKBA 3CB7A 4LYOA 4NHIA 2Z38A 1JTOL 4G9SA 2DQGY 4NIJA 4WOAA 5KXPA 3TXBA 4L41A 3HBDA 1J1OY 1T3PA 1QTEA 3TXFA 1FKQA 1MELL 3AGHA 3ZVQB 4ETBA 1GF6A 1LSFA 1BVKC 2DKVA 1CJ8A 4HSFA 3W6FA 2W1MA 5APDA 1LAAA 1BQLY 1C43A 5B59A 1BB3A 4OWAA 1IO5A 1YAPA 4GCCA 4EMNA 4QY9A 3HFMY 1LMTA 2W1YA 1NMMA 1XSFA 5B07A 1IR8A 3WPLA 2MEIA 3TXKA 4H9HA 4GCFA 1GFTA 2B5ZA 2IFFY 1LSNA 4O34A 4DD2A 1LZEA 2LYOA 1W6ZA 3OK0A 3ZEKA 4UWVA 4E3UA 2DQJY 1HENA 3ATNA 1IP3A 2BQBA 4GN4A 2ZNXY 4H9BA 1B0DA 1LJIA 1XGQC 208LA 4RLNA 5KY1A 1F0WA 4OWEA 3LN2A 5KXKA 1GB9A 4LT2A 1GF8A 1VAUA 1GFUA 3TXEA 1B7MA 1DKJA 5LAGA 3A67Y 4Z98A 4TX7A 3A3QA 4X3BA 1YL0X 4NSJA 5KXRA 1WQMA 1GFEA 2BQHA 4NHPA 3WPJA 2X0AA 1LZ5A 1QDRA 2BPUA 2MECA 3FI7A 4KXIA 4D9ZA 3AB6A 5FCPA 1GBSA 4M4OA 1IVMA 5F14A 1B7QA 2Z39A 4NGOA 2A7FA 1GPQC 1ZV5L 1GE4A 2D4KA 1UIEA 1IOQA 1D0MA 1A4VA 1LHKA 3AZ4A 3WVXA 4WLYA 1HEMA 2LYMA 3BKVA 5I5QA 1HSXA 4WM4A 3CT0A 1KIPC 1OUGA 1DKKA 1QIOA 4J0LA 1H6MA 2LZTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2BQFA 3D9AC 3TMWA 4GN3A 3OJPA 1ALCA 3C8SA 162LA 4HJYA 5APEA 4ARJA 1QTKA 167LA 1LZ4A 1QT7A 1L28A 185LA 1VFBC 1GE2A 206LA 1D2WA 4W54A 4NHSA 4ARMB 1PQMA 1C6JA 1GE0A 4B4JA 1W08A 4H8ZA 1GWDA 229LA 2Z2EA 1B7PA 3AW7A 221LA 2HUMA 4KL7A 1XEJA 1LJJA 1JISA 1IC5Y 1GB2A 4PJ2C 2B7XA 1HEWA 3EXDA 1L68A 4NWHA 1LZ6A 1LJHA 4RW2A 1DYGA 1GFHA 2HEEA 5F9UA 2XTHA 165LA 1L49A 4RDSA 3WXUA 4WLXA 3WW5A 1JSFA 3QY4A 1XGPC 4RLMA 2B6YA 1QSAA 1KS3A 1UIFA 3WVYA 3CQLA 4H90A 110LA 1AM7A 1FDLY 4B4IA 1PQJA 189LA 1L75A 103LA 1GXXA 3EMSA 5KXXA 2BQAA 3TMXA 259LA 1LHMA 2LC9A 1JUGA 122LA 1EL1A 1SX2A 5LYMA 1L79A 1D3NA 5IHGA 4LYBA 2BQLA 2CJLA 1L59A 1D3MA 3GULA 4DT3A 2MEHA 1CJ7A 2RBNA 4GCDA 2Q9EA 1LYGA 199LA 197LA 1C60A 1YAQA 120LA 4NGIA 3DN6A 4HV1A 5L9JA 1L04A 1L01A 1NBZC 3A3RX 231LA 1L31A 1HSWA 5LVKA 1G7JC 3TXJA 4NSGA 1LSMA 155LA 5C6IA 1REXA 1LYDA 1GB3A 4LYTA 4DAJA 1CX6A 5JENB 4B4EA 1LPIA 4BAPA 5LVHA 3ODUA 4QEQA 1L51A 1UACY 2MEBA 1L84A 4S0WA 2HEAA 1FKVA 1C61A 1CV3A 2YDGA 1OV5A 245LA 1L10A 4TUNA 2MEAA 4TSBA 7LYZA 2C8PA 1LTMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2BQF A;  3D9A C;  3VWO A;  4ETC A;  3TMW A;  5J7C A;  3CSQ A;  4GN3 A;  1IP4 A;  3OJP A;  1ALC A;  4LFP A;  1LJ4 A;  3M18 B;  4HJY A;  4H9E A;  5KXZ A;  1CJ6 A;  5APE A;  1JIT A;  1QUT A;  3TXG A;  1D0K A;  1QTK A;  1FLW A;  4WO6 A;  1HER A;  1B2K A;  1I20 A;  1LZ4 A;  3P65 A;  4LT1 A;  3WH1 A;  1XEI A;  1VFB C;  4ZEE A;  2ZNW Y;  4CFO A;  4H1P A;  1GE2 A;  2F2N A;  5FST A;  4WO9 A;  3LZ2 A;  4YM8 A;  4B1A A;  1XFP L;  1B5W A;  4NHS A;  1RCM A;  1GBO A;  1YAM A;  1LMC A;  4XJH A;  4B49 A;  2BQE A;  1HFZ A;  3J4G A;  1HFY A;  1GE0 A;  1IWW A;  4UWU A;  4DD9 A;  4B4J A;  1F6R A;  1GHL A;  1W08 A;  4H8Z A;  1GWD A;  1OUD A;  1REZ A;  1LMA A;  3ATO A;  2Z2E A;  1B7P A;  3AW7 A;  5D5F A;  5HLL A;  5KXL A;  4KL7 A;  1GF5 A;  1GXV 2;  2BQM A;  1XEJ A;  2MED A;  5HMV A;  1LJJ A;  3TMU A;  1JIS A;  1D9U A;  1IC5 Y;  4C3W A;  1JIY A;  1GB2 A;  4PJ2 C;  5KKI A;  3BKH A;  5II3 A;  1HEW A;  3EXD A;  2F30 A;  1BB7 A;  1UA6 Y;  2XBS A;  2YSS C;  1DZB X;  4YEN A;  4NGJ A;  4NWH A;  1LSE A;  4I0C A;  4HP0 A; 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 2Z38 A;  1JTO L;  4G9S A;  2DQG Y;  4NIJ A;  4WOA A;  5KXP A;  3TXB A;  4L41 A;  3HBD A;  1J1O Y;  1T3P A;  1QTE A;  3TXF A;  1FKQ A;  1MEL L;  3AGH A;  3ZVQ B;  4ETB A;  1GF6 A;  1LSF A;  1BVK C;  2DKV A;  1CJ8 A;  4HSF A;  3W6F A;  2W1M A;  5APD A;  1LAA A;  1BQL Y;  1C43 A;  5B59 A;  1BB3 A;  4OWA A;  1IO5 A;  1YAP A;  4GCC A;  4EMN A;  4QY9 A;  3HFM Y;  1LMT A;  2W1Y A;  1NMM A;  1XSF A;  5B07 A;  1IR8 A;  3WPL A;  2MEI A;  3TXK A;  4H9H A;  4GCF A;  1GFT A;  2B5Z A;  2IFF Y;  1LSN A;  4O34 A;  4DD2 A;  1LZE A;  2LYO A;  1W6Z A;  3OK0 A;  3ZEK A;  4UWV A;  4E3U A;  2DQJ Y;  1HEN A;  3ATN A;  1IP3 A;  2BQB A;  4GN4 A;  2ZNX Y;  4H9B A;  1B0D A;  1LJI A;  1XGQ C;  208L A;  4RLN A;  5KY1 A;  1F0W A;  4OWE A;  3LN2 A;  5KXK A;  1GB9 A;  4LT2 A;  1GF8 A;  1VAU A;  1GFU A;  3TXE A;  1B7M A;  1DKJ A;  5LAG A;  3A67 Y;  4Z98 A;  4TX7 A;  3A3Q A;  4X3B A;  1YL0 X;  4NSJ A;  5KXR A;  1WQM A;  1GFE A;  2BQH A;  4NHP A;  3WPJ A;  2X0A A;  1LZ5 A;  1QDR A;  2BPU A;  2MEC A;  3FI7 A;  4KXI A;  4D9Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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