1CUPA

Methionine core mutant of t4 lysozyme
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALMNMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Methionine and alanine substitutions show that the formation of wild-type-like structure in the carboxy-terminal domain of T4 lysozyme is a rate-limiting step in folding.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-08-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1cupA00
1G06A 237LA 1KNIA 1L88A 3GUNA 3CDTA 2RAZX 1QSQA 144LA 4YXAC 4DKLA 209LA 4I7TA 1L49A 2Z6BA 3DN3A 110LA 230LA 172LA 1C6DA 2B6ZA 1CVKA 4EKSA 3QAKA 1TLAA 4DJHA 158LA 1L93A 3DMVA 3HT9A 1L38A 1P2LA 4EJ4A 1L94A 1CX7A 2CUUA 3HU9A 1ZYTA 175LA 1QT5A 1EPYA 2B73A 4W52A 3DNAA 1KW5A 1L92A 1G07A 3C7YA 1L54A 1CV0A 163LA 1QTBA 1L32A 152LA 3OE6A 1L74A 4LZMA 4W55A 4EKQA 4LDOA 199LA 1L86A 225LA 104LA 1DYAA 257LA 151LA 126LA 1CU3A 3HUKA 1OV5A 3EMLA 113LA 1L13A 4IAPA 137LA 1L50A 1XEPA 1T8GA 4OO9A 2HULA 223LA 4W51A 1C68A 245LA 1T8FA 1WTHA 1L65A 4W53A 3HTFA 3NY8A 3SB7A 1NHBA 1L36A 1LI2A 1L71A 2F47A 114LA 2O7AA 1L85A 1QUDA 187LA 1L01A 3PDSA 222LA 120LA 228LA 1L48A 1D2WA 170LA 1C6LA 3LZMA 1C62A 1D2YA 1L19A 3F9LA 1L51A 1DYBA 3V2WA 1D9WA 2B74A 2F2QA 1CV4A 1JTNA 1LGWA 3SB6A 4I7SA 159LA 4EPFA 1OVKA 128LA 156LA 115LA 1PQOA 171LA 196LA 240LA 1L23A 1C6HA 3HT7A 1L96A 3NY9A 231LA 167LA 2RB0X 1L28A 3C83A 1CUPA 1C69A 241LA 4EPIA 250LA 2IGCA 1L29A 131LA 2OTYX 1L25A 1CV5A 224LA 213LA 2HUMA 1C63A 2RAYX 2OEAX 3HTGA 2F32A 1PQDA 1L70A 216LA 3L64A 147LA 1L16A 212LA 3HH5A 3DN0A 4GRVA 1QT4A 1DYGA 4K5YA 1L58A 3HUQA 1LWKA 1L53A 1L69A 141LA 256LA 1LYDA 3G3XA 3UONA 185LA 180LA 1CV1A 1G0MA 2LCBA 1L63A 1L47A 1KW7A 1L15A 1CV3A 3C82A 1ZWNA 1L66A 1L26A 198LA 1L60A 1L62A 214LA 2B6YA 3DN1A 3NYAA 2Q9EA 4EKRA 218LA 1P3NA 4I7QA 1C6PA 174LA 1CU5A 1C60A 4ARPA 2RBSA 2RBOA 1LGUA 1DYCA 1L37A 1PQKA 1G1VA 219LA 1ZURA 143LA 162LA 1KS3A 3GUPA 3SN6R 3DN8A 138LA 238LA 2O4WA 2OU8A 1L72A 2ANXA 2RBQA 1L83A 1JQUA 4GBRB 260LA 2OU9A 4EKPA 107LA 1L10A 1L64A 1L08A 1LYGA 160LA 201LA 1L82A 129LA 102LA 3PBLA 3L2XA 1XJTA 1C6TA 210LA 1L91A 3K2RA 119LA 2B7XA 1G0JA 3HDEA 1C61A 1XJUA 1C6BA 3SB5A 3OE9A 1L81A 3OE8A 149LA 1P7SA 1LYJA 4YX7C 3DMZA 248LA 1L98A 3DN4A 4W54A 3G3VA 1L59A 4E97A 255LA 1L30A 184LA 1L18A 1DYFA 130LA 1KY1A 2QB0B 1L89A 1SSYA 1G0KA 1L09A 1L14A 3OE0A 3SB9A 1C6GA 4I7KA 4PJZA 1G0QA 236LA 4I7PA 2RBPA 164LA 1L04A 186LA 1PQMA 178LA 3C8QA 1C66A 2B6WA 1C6AA 215LA 229LA 1QUGA 3HH6A 4ARQA 217LA 1DYDA 1L05A 168LA 4I7NA 181LA 259LA 3G3WA 3DN2A 1L79A 1L11A 157LA 4ARQB 3SBAA 1SSWA 1L35A 3GUKA 166LA 3HT8A 1L42A 252LA 1C6EA 4I7RA 243LA 244LA 1P46A 4W58A 5I14A 1QS5A 1CV6A 1L39A 145LA 125LA 5LZMA 195LA 2B72A 1L41A 246LA 2NTHA 3SB8A 2RBRA 188LA 1LLHA 1LI3A 118LA 1PQIA 254LA 1LGXA 122LA 1L75A 221LA 249LA 3HDFA 1PQJA 1DYEA 4ZPUA 1LWGA 2RB2X 112LA 1QTDA 4W59A 177LA 1L55A 3DN6A 1C64A 2OU0X 2RB1X 1C6IA 261LA 2QARC 109LA 1G0LA 165LA 253LA 1L21A 1LW9A 1SX7A 1L52A 1L84A 1LI6A 1D3NA 227LA 140LA 1QTVA 2OE4X 1QTHA 3FADA 3ODUA 3GUIA 239LA 197LA 1P56A 3RZEA 3V2YA 1LYEA 1L31A 1QS9A 3CDQA 1L06A 4ARJA 3HT6A 1P64A 1QT3A 1L76A 1L03A 1C6FA 169LA 183LA 3GUMA 1QUOA 1L68A 1OVHA 155LA 4DAJA 3C8SA 1L33A 108LA 1CX6A 1L22A 1L67A 192LA 1CU6A 1SWYA 6LZMA 1K28A 1L45A 4I7JA 3VW7A 3C7WA 1CUQA 1L73A 1SWZA 1P36A 2RBNA 1D3JA 1T97A 4EXMA 4YXCA 1CTWA 1L80A 146LA 1I6SA 3HTBA 2O79A 1OVJA 235LA 1OWYA 211LA 3HTDA 1C6KA 1L34A 1L27A 1L57A 1L61A 3DMXA 1JTMA 1C6CA 2LC9A 2A4TA 2OE7X 3GULA 1OV7A 1OYUA 1KY0A 4I7MA 173LA 1L43A 1QSBA 103LA 1L17A 206LA 1L0JA 3HU8A 1L90A 247LA 2Q9DA 4AQNA 3FI5A 1D3FA 1LYIA 1L44A 1L0KA 1C65A 3FA0A 189LA 4LDEA 191LA 205LA 4PK0A 3SBBC 1B6IA 1CU0A 3D4SA 2L78A 1L95A 3HH4A 1G1WA 1P6YA 242LA 2RH1A 139LA 1LYFA 3C80A 226LA 1P2RA 1G0PA 1CU2A 1C6QA 1L99A 2LZMA 3JR6A 123LA 1C6MA 1G0GA 1L97A 1C6JA 1P5CA 220LA 3DKEX 262LA 190LA 3HH3A 3C81A 1L24A 3CDRA 1LYHA 148LE 1L46A 2OE9X 1QT7A 1LPYA 111LA 258LA 1QT6A 234LA 3GUOA 4LDLA 4S0WA 1L02A 3HUAA 1L77A 2HUKA 161LA 1L20A 1L12A 3HWLA 150LA 233LA 1L00A 2NTGA 4W56A 1L87A 2B70A 4I7LA 142LA 3RUNA 7LZMA 2OTZX 2B75A 3F8VA 127LA 1OWZA 4I7OA 4ARMA 1D3MA 1T8AA 1T6HA 200LA 1QTZA 3CDVA 2B6XA 4ARMB 1C6NA 1QT8A 3GUJA 4ARLA 2B6TA 1P37A 251LA 3C7ZA 2ANVA 232LA 182LA 1L40A 1SX2A 1QTCA 1QUHA 1L07A 176LA 3C8RA 1C67A 3CDOA 1L56A 4W57A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HENA 1LTMA 2RAZX 4DKLA 1B5YA 1GWDA 2CGIA 1LMAA 1YL1X 5M1YA 4FJRA 2Z6BA 110LA 4D9ZA 2B6ZA 1IR7A 1CVKA 2W1MA 3AW6A 4P2EA 1TLAA 3WU9A 4DD0A 1P2LA 4EJ4A 1DXJA 1L94A 5IHGA 1LSMA 4NHPA 2D4KA 2B73A 3E3DA 4W52A 4OWHA 1NKHA 2DQDY 4WM2A 1LZ4A 1KW5A 3C7YA 2LYZA 1LHMA 1RI8B 4WLXA 152LA 1HERA 1LZ9A 4W55A 4LDOA 132LA 1L86A 4DDCA 2XTHA 5D5CA 1C08C 1IWVA 151LA 126LA 3HUKA 1UCOA 2D6BA 3EMLA 4IAPA 4I0CA 137LA 4HTKA 1XEPA 1CKFA 2HULA 1KXWA 1C68A 1WTHA 1L65A 3HTFA 3SB7A 5B59A 3P4ZA 1LI2A 1GPQC 1L71A 4HJVA 1B7MA 2F47A 1OUIA 3N9CA 187LA 1GAYA 1L01A 3PDSA 2EKSC 222LA 3J6KA 228LA 1L48A 1D2WA 1YKXX 1L19A 2D4IA 5KXYA 1LZBA 1GBOA 1DYBA 2BQOA 3V2WA 1G7HC 2B74A 1ZVHL 1JTNA 1LGWA 4RW1A 4I7SA 4NGKA 1GE3A 3W6CA 115LA 2ZIJA 231LA 1F10A 3WVXA 4X3BA 1BB4A 4RDSA 4WO9A 1AM7A 4EPIA 5LA5A 1L29A 131LA 1WQMA 1CV5A 1C63A 3A96A 1GB3A 2D4JA 3DN0A 1DYGA 1L58A 2BAAA 3HUQA 154LA 5LINA 1YAQA 1L53A 1B5UA 256LA 4H91A 3A6BY 5DN5A 4A7DA 4BAPA 2HEAA 3B6LA 180LA 1G0MA 4PGJB 1L47A 2G4QA 3TXBA 3QY4A 4KXIA 2ZNXY 1IWUA 1L26A 1LJIA 1D9UA 4H8XA 214LA 1IWYA 4G9SA 1KXYA 4I7QA 2X0AA 5B06A 1QDTA 1KIPC 1LGUA 1O23A 1DYCA 3WXUA 2BQMA 219LA 2Z2FA 1ZURA 143LA 2EPEA 2XBSA 2O4WA 2RBQA 1HC0A 3AZ4A 1T6VL 2N5ZA 1L64A 2YVBA 1TCYA 160LA 1KIQC 3T6UA 5KXMA 1TAYA 4OOTA 5L3IA 1XJTA 2B7XA 1C61A 3AZ6A 5LVJA 248LA 3DN4A 5EBHA 5F9UA 4E97A 1JKDA 4NHSA 4U3XB 130LA 4BAFA 2QB0B 1L89A 1SSYA 3SB9A 1GFRA 1B5VA 4PJZA 2YBLA 2RBPA 164LA 3AZ7A 186LA 1C66A 3P64A 4H93A 1KXXA 1KIRC 2B6WA 5JENB 3HH6A 4ARQA 3CB7A 1BB7A 168LA 3G3WA 1L79A 1FLQA 3CT0A 4LYZA 1SSWA 1FLYA 4TTDA 2ZYPA 4HP0A 4I7RA 4W58A 3HBHA 1OUCA 5LVKA 1IWTA 4PHIA 4WLYA 195LA 4RLNA 1IOSA 2ZIKA 188LA 5I4YA 1LLHA 5FDJA 5ILFA 1DQJC 3D9AC 1LGXA 1L75A 249LA 3D3DA 3ZVQA 1PQJA 1GBWA 1QTDA 1WQRA 3T36A 2VB1A 1JKAA 2OU0X 2RB1X 261LA 1N4FA 1GDWA 1G0LA 3CSRA 1LSPA 1LI6A 2OE4X 1B2KA 1QTHA 1P56A 1EL1A 1LYEA 4WOAA 5LXWA 1L06A 3QNGA 4KPMA 1GFGA 1L03A 1HSWA 3HBDA 1C6FA 183LA 3GUMA 1LMTA 1RJCB 1L68A 4E3UA 1GB9A 1GFKA 2LZTA 1L22A 4HJYA 1L67A 6LZMA 1K28A 1BVXA 4I7JA 3C7WA 1CUQA 1NWGA 4XJHA 1SWZA 4H9BA 2RBNA 1T97A 1A4VA 5I4WA 1CTWA 1L80A 4DD7A 1NBZC 3TXEA 3AB6A 1HF4A 1OVJA 4NHIA 5II3A 1L34A 1GB2A 1L61A 4H9IA 1JTMA 1C6CA 2LC9A 1LJJA 1WTMA 1IOTA 1OV7A 1OYUA 1KY0A 4I7MA 4N5RA 173LA 1L17A 1WQQA 5KXWA 1LZYA 1LJEA 3WPKA 3A6CY 189LA 1DI3A 1JPOA 191LA 1LHHA 205LA 1B6IA 1UIGA 2H5ZA 5LYZA 3D4SA 4GCDA 3FI7A 1C7PA 3CT1A 2Z2EA 3SP3A 1XSFA 1LOZA 1REXA 4NGLA 123LA 1JJ3A 220LA 190LA 3HH3A 4LT2A 1IX0A 3CDRA 1L24A 1L46A 2LYMA 1QT7A 4LDLA 3GUOA 4S0WA 4FDYA 5F9XA 5FEKA 3HWLA 150LA 1GXV2 1L00A 1SLYA 1LSNA 4MSTA 5B05A 4OWBA 1FBIX 4N8ZA 3WUNA 7LZMA 1OWZA 1EQEA 2B6XA 3P65A 1QT8A 251LA 3C7ZA 2ZNWY 1IR9A 1LZ5A 2MEAA 2ZQ3A 1QTCA 2Z18A 176LA 1LSZA 1WQNA 1LHJA 3AGHA 4W57A 237LA 4QDNA 4YXAC 4LYCA 5C6LA 3N9EA 3DN3A 230LA 4OWEA 9LYZA 1BQLY 4HTNA 4DJHA 158LA 1L93A 3G3AB 1L38A 1CX7A 2CUUA 4NEBA 3FE0A 3CQLA 2MEDA 1ZYTA 4J7VA 1QT5A 1EPYA 3GXKA 4R6CA 3HBEX 3DNAA 1DI5A 1G07A 2Z38A 4H90A 1YKZX 163LA 1QTBA 1GEZA 1UBZA 1L32A 4NSIA 4EKQA 1IWZA 4WLTA 3ATOA 5I5QA 3A92A 257LA 1RCMA 8LYZA 4HTQA 3EBAB 1OV5A 4DQ7A 3W3EA 1L13A 1OUDA 4YEMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1HEN A;  1LTM A;  2RAZ X;  4DKL A;  1B5Y A;  1GWD A;  2CGI A;  1LMA A;  1YL1 X;  5M1Y A;  4FJR A;  2Z6B A;  110L A;  4D9Z A;  2B6Z A;  1IR7 A;  1CVK A;  2W1M A;  3AW6 A;  4P2E A;  1TLA A;  3WU9 A;  4DD0 A;  1P2L A;  4EJ4 A;  1DXJ A;  1L94 A;  5IHG A;  1LSM A;  4NHP A;  2D4K A;  2B73 A;  3E3D A;  4W52 A;  4OWH A;  1NKH A;  2DQD Y;  4WM2 A;  1LZ4 A;  1KW5 A;  3C7Y A;  2LYZ A;  1LHM A;  1RI8 B;  4WLX A;  152L A;  1HER A;  1LZ9 A;  4W55 A;  4LDO A;  132L A;  1L86 A;  4DDC A;  2XTH A;  5D5C A;  1C08 C;  1IWV A;  151L A;  126L A;  3HUK A;  1UCO A;  2D6B A;  3EML A;  4IAP A;  4I0C A;  137L A;  4HTK A;  1XEP A;  1CKF A;  2HUL A;  1KXW A;  1C68 A;  1WTH A;  1L65 A;  3HTF A;  3SB7 A;  5B59 A;  3P4Z A;  1LI2 A;  1GPQ C;  1L71 A;  4HJV A;  1B7M A;  2F47 A;  1OUI A;  3N9C A;  187L A;  1GAY A;  1L01 A;  3PDS A;  2EKS C;  222L A;  3J6K A;  228L A;  1L48 A;  1D2W A;  1YKX X;  1L19 A;  2D4I A;  5KXY A;  1LZB A;  1GBO A;  1DYB A;  2BQO A;  3V2W A;  1G7H C;  2B74 A;  1ZVH L;  1JTN A;  1LGW A;  4RW1 A;  4I7S A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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