3T6UA

Crystal structure of lysozyme in 40% sucrose
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Crystal Structure of Lysozyme in 40% sucrose
rcsb
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-07-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3t6uA00
3QY4A 1GF6A 4U3XB 2HTXA 5LYTA 1TEWA 1INUA 4A7DA 1IP1A 1GFKA 3B6LA 4H9FA 4R6CA 3SP3A 1LSCA 3TMWA 1OUJA 4HTNA 4BAFA 1LSDA 1UIBA 5E4PA 1LZ1A 1PZYA 1IX0A 1GXXA 1CJ8A 2HECA 1LZEA 4LYBA 1QUSA 1GFVA 4N1EI 3WPJA 5C6LA 5FCPA 2W1XA 1WQQA 2EPEA 4CJ2A 5HNCA 2BQCA 4L41A 4WO6A 5DM9A 3WW5A 2Z2FA 1JTTL 2ZILA 2NWDX 5T3FA 1UCOA 2Z39A 1LZCA 153LA 1CKCA 3AW6A 1VAUA 4II8A 1LYYA 4XJBA 3FE0A 1B5YA 4UWVA 2BQIA 1GBZA 5ILCA 8LYZA 5LVKA 5B59A 1RCMA 4HV1A 1YAPA 3WPKA 1JPOA 4H92A 4YEMA 1GDXA 1BWHA 2DQDY 2DQAA 2HEDA 2YBNA 4NGKA 3HBHA 1WTMA 4WM3A 1JHLA 1YAMA 1GE2A 4DWXA 2FYDA 1WQMA 1LMAA 3W6FA 5J7CA 2F30A 1TAYA 5F16A 1NQIA 4LT2A 1JJ1A 4WL6A 1XSFA 2LYZA 3ZVQB 1LSEA 3VWOA 1OP9B 3GXKA 1RE2A 2CDSA 3EXDA 4NGIA 1C10A 1EQ5A 1WVVA 4TTDA 2BQLA 1LHLA 4G4CA 4YF2A 5HMVA 5EBHA 3WYHA 3N9AA 2MEEA 1BGIA 2PC2A 3WU8A 4DD3A 2XBRA 4W94A 1V7SA 5KXTA 1LJJA 2MEBA 1H6MA 5KXWA 1UBZA 1B7PA 1LJFA 2G4PA 2MEHA 4KL7A 3WPLA 4LFPA 3TMVA 5LXWA 1LJNA 1HEMA 2BQOA 4NHSA 1XGPC 3GXRA 3WU9A 1GPQC 1GEZA 1GF4A 2Z19A 2I26L 3AJNA 2EQLA 4J7VA 2MEIA 5APCA 1LOZA 1JTOL 4HTKA 5HNLA 1QDRA 2FBDA 1B7NA 1VDSA 2ZIJA 3QE8A 4LFXA 4TUNA 4EOFA 3MGWA 4XJFA 1BB5A 1JISA 1GBYA 4I0CA 1LHHA 5KXLA 1LHMA 3WUNA 1NWGA 5LVHA 4CFPA 4N9RA 1GFRA 4IJ4A 2BQKA 4Z41A 3D3DA 2HEBA 2A7FA 4H1PA 1B5ZA 4J0LA 1J1PY 2FBBA 5B07A 1V7TA 1REMA 1DQJC 1UUZC 1IR8A 3A67Y 3A6CY 4HJVA 3WXUA 1LZ6A 1QQYA 1ZVYB 1LJGA 1Z55A 132LA 1B7QA 3B72A 3A3QA 3P66A 2YBHA 2LZ2A 4H9HA 4TWSA 3T36A 1GDWA 1IC4Y 3LZ2A 4ETAA 2WARA 1VDTA 4OWBA 3WH1A 1NMMA 3A96A 4GCBA 1B7RA 1GB2A 4H8ZA 135LA 1LZ9A 1A4VA 1JSFA 1HHLA 5KY1A 1UACY 4OWEA 2Q0MX 3CQLA 1IORA 1HFZA 4LYZA 7LYZA 1HC0A 4LT1A 1UIEA 5HLLA 4YEOA 4BS7A 1RFPA 1O23A 1DPWA 1HFXA 1WVUA 5HQ1A 4GN5C 4XJGA 1IWVA 2H9KA 3A93A 1YL1X 2IFFY 1IWXA 1B5UA 5LVJA 3CT0A 1F10A 2D4KA 2IHLA 3A94A 4H8YA 1XGTC 1B5VA 5C6JA 1D9UA 1JIYA 1TDYA 2BQFA 1GF8A 1NDGC 1J1OY 1REZA 1QTEA 5AMYA 4GCFA 4GN3A 1B2KA 3WVXA 4NGVA 4OWCA 4LZTA 5KXXA 1CKGA 1JJ3A 1IP5A 1GFAA 1XEIA 4P2EA 4DDCA 4TX7A 1GE3A 2MEGA 4B0DA 4Z3MA 1B5WA 4WLYA 3AGHA 4NGJA 5F81A 1OUHA 1LZ8A 4CFOA 1PS5A 1XGUC 4NHTA 5KXNA 4ZIXA 3AZ4A 3AZ5A 4ZFPA 1YKYX 1B0DA 1IOSA 3HBEX 1C08C 3B0IA 1DKKA 1F6SA 1YL0X 4NHPA 3FI7A 3A3RX 1D0MA 4NGZA 1GB0A 4NWHA 4KT3A 4NEBA 2XBSA 4DT3A 2DKVA 2BQBA 2DQIY 4NGWA 4X3BA 1FN5A 4WM5A 1HSWA 2BQNA 2D4JA 1BB7A 4B4IA 4KXIA 4WLTA 3BKVA 4XJDA 1W6ZA 1OUIA 4WMGA 4H90A 1LAAA 1LMPA 2BQMA 208LA 1HF4A 1XGRC 5FDJA 2VB1A 4MCKA 3ATNA 1AT5A 1JUGA 1IY3A 4H9IA 3B0OA 1UC0A 1GB3A 3W6EA 3AW7A 1LSFA 4AXTA 1EQEA 1VFBC 4ETEA 4G49A 4ETBA 6LYZA 4NSIA 1E8LA 1NHEA 1CJ9A 2XJWA 2ZWBA 1BWJA 3N9EA 4WM1A 1LHKA 2Z2EA 4D9ZA 2YBLA 1CKFA 4H8XA 5F9UA 2H9JA 1GAYA 3D9AC 3TXFA 2D6BA 4M6DA 4LGKA 4LT3A 5KKIA 1LHIA 2B5ZA 3AYQA 3HBDA 4QDNA 4W96A 2A7DA 3A90A 3KAMA 1LMCA 1FKQA 3WULA 1JSEA 3IWRA 4ET9A 2BQEA 1IR7A 2AUBA 4NGOA 5APDA 5I4XA 1YAQA 2Z18A 3CT1A 1HSXA 1IWWA 1IIZA 1YQVY 3M18B 4WO9A 3ZEKA 1EQ4A 4M4OA 193LA 1LPIA 4NG8A 4TSCA 5B1FA 3TXJA 1GFTA 2FYCA 4N5RA 1G7LC 2YBIA 4MR1A 154LA 4OOTA 3BKHA 1G7JC 1LZGA 1GFEA 1KIQC 1LZYA 3W3EA 3WW6A 1LMOA 5LVGA 1LJ4A 2BPUA 5KXMA 4E3UA 2HU3A 1GE4A 3ATOA 4BADA 4B49A 5B05A 1LSPA 3TXKA 1G7MC 1BWIA 4QY9A 1GB6A 1GB9A 1QSWA 4C3WA 2D4IA 1JTPL 4GCDA 1IWUA 2W1MA 2HEAA 5I4YA 1LSMA 1HEOA 1NKHA 1GBXA 3G3BB 5L3IA 4KPMA 5KXKA 3K3TA 4NHIA 5LA5A 3A95A 4RW1A 3AZ7A 1REXA 3OJPA 1FBIX 4IATA 4J1BA 1LSAA 4N8ZA 1JKDA 5FEKA 4FDYA 1C46A 1OUEA 1VDQA 4OWHA 4RDSA 4UWUA 1IC7Y 1IP4A 1GF7A 2DQEY 1QTKA 2H5ZA 1ALCA 4H9EA 5I54A 2BQGA 4YENA 2ZQ3A 4LYMA 1LZRA 3N9CA 4GCCA 1I20A 1RI8B 1UIHA 5HMJA 5LA8A 2BQJA 4NSHA 4Z46A 2I25L 4HJYA 4CGEA 1XEKA 4XJHA 4AGAA 3P68A 4PRQA 1GFUA 3QNGA 4QGZA 3J4GA 5C6IA 1TBYA 2ZYCA 3CSRA 4PHIA 3WXTA 1C43A 1GB8A 1FLYA 9LYZA 1JKAA 3TXHA 1D0KA 4GLVA 1IOTA 3HFMY 5E9RA 4ET8A 2YSSC 3AZ6A 1BB4A 4EMNA 1XFPL 4DYGA 5APEA 4PJ2C 4HP0A 4XADA 1FLUA 1QDTA 1LMTA 1YILA 5DN5A 1D0LA 5LAFA 4B1AA 1IOCA 5LINA 1J1XY 3LYZA 1LYSA 3E3DA 1IO5A 1JEFA 1GB7A 1UIFA 1GB5A 2BLXA 2GV0A 3LN2A 3LYOA 4TSBA 5I5QA 3WUAA 5KXYA 5K7OA 1ZVHL 1IWTA 2Z12A 3WUMA 5KXZA 1WQOA 1VEDA 5I4WA 3RW8A 2W1YA 5L3HA 1OUCA 4DDAA 2YDGA 4DD2A 4QEQA 1HFYA 1KXXA 1GF0A 1HNLA 2DQJY 1OUFA 1YKZX 1GF3A 2MECA 4CHXA 2YBJA 1KXWA 1SLYA 1QUTA 4RLMA 3LHMA 4DD7A 4FJRA 2LHMA 2I6ZA 3RT5X 1AZFA 5D5FA 4DD1A 2RSCA 2LZTA 4BAPA 1VDPA 2BAAA 4LYOA 4C5FA 1OUGA 4LYTA 3OK0A 1CKHA 1NF5A 1D6QA 1LYOA 1LZNA 4HSFA 4WG1A 3CSZA 3WVYA 4H9BA 1LZBA 1QSAA 4H94A 4DD0A 1RJCB 5D5CA 1OUAA 1P2CC 1I1ZA 5F9XA 1YKXX 5KKJA 3WU7A 1IWZA 2Y8PA 1UIDA 1GE1A 4RLNA 4MSTA 1GD6A 1SQ2L 4WG7A 1OQMA 4YM8A 1YIKA 1JKBA 1YANA 2ZIKA 2HEEA 3AGIA 2ZNWY 1GWDA 5DL9A 1B7OA 2BQDA 4DDBA 3J6KA 5IDDA 4NIJA 3TXDA 1LJHA 4IASA 2CWIA 3IJVA 3A92A 3CT5A 5KXRA 1LMNA 1IP2A 1LZDA 3TXIA 1AM7A 1LSZA 1YROA 1JWRA 5A3EA 3A34A 1BQLY 1IY4A 1LKSA 2W1LA 1MELL 1GE0A 2YVBA 2DQFC 4WLXA 4GLAA 4HTQA 4NHQA 1IOQA 1GHLA 2Z37A 5LYMA 1LZTA 1LZSA 4H93A 3W6AA 3LYMA 1AKIA 1C7PA 3P64A 3W6CA 5APFA 1GBSA 1ZMYL 4H9AA 1IP6A 1KIPC 3EBAB 5KXSA 1IR9A 207LA 3A8ZA 3IJUA 4GN4A 1XGQC 1GAZA 2D91A 1OUBA 1A2YC 2F2NA 3CSQA 3P4ZA 4ANRA 4I8SA 2HU1A 2Z38A 3LYTA 3WMKA 1OUDA 5IHGA 3B0KA 3ZVQA 5KXOA 1G7IC 1LJEA 2N5ZA 4WL7A 4HJZA 1HEPA 1LJ3A 4NSJA 5KXPA 2BQHA 2BQAA 4N1CC 3A91A 1LZAA 4YOPA 5LAGA 4B4EA 1EL1A 3M3UA 1LSBA 4ZEEA 1IEEA 2MEDA 1LSNA 5I53A 1DXJA 2X0AA 4NG1A 3T6UA 5A3ZA 1GEVA 4XN6A 1MLCE 6LYTA 1GF9A 1LMQA 5FHWA 1DPXA 5M1YA 1BVKC 1I56A 2F4AA 1IWYA 1DKJA 1CJ7A 1HERA 1UIGA 5LVIA 1BVXA 4H9CA 1GFJA 2CGIA 4ML7A 3A6BY 3TMUA 2ZNXY 1GBWA 4O34A 4XENA 1HEQA 2F4GA 1B5XA 1HMKA 1KXYA 5LYZA 3TXGA 3F6ZA 1KIRC 1FKVA 1VATA 1HENA 1QIOA 1LKRA 2DBTA 1NBZC 2MEAA 1BHZA 2ZYPA 1B9OA 1UIAA 3EO5A 3TMXA 1JITA 1DI3A 3TXEA 1H87A 1ZV5L 1LSYA 4Z98A 4NY5A 4NSGA 2LYMA 1GFGA 1NBYC 1F0WA 1IP3A 1LJKA 1LYZA 4XYYA 4GCEA 1WQRA 4LYCA 1DI5A 1UA6Y 5L9JA 1D6PA 1UICA 4G9SA 2CJLA 4ETCA 5LIOA 2C8PA 5B06A 4PGJB 4HV2A 1FLQA 1F6RA 4NFVA 134LA 3W6DA 1JJ0A 4B4JA 4H91A 3RZ4A 5FELA 4HPEA 1DZBX 1BB6A 1LJIA 3RU5A 1FDLY 4DD9A 5B1GA 1LCNA 2XTHA 5DLAA 3G3AB 2HUBA 2ZQ4A 1W08A 1LTMA 1YAOA 1CJ6A 1NDMC 4G4BA 4G4HA 4HPIA 5DN4A 5FSTA 5ILFA 2G4NA 4PPOA 1WQNA 2EIZC 4WLDA 4OOOA 133LA 1B7MA 2YBMA 2EKSC 1HEWA 1G7HC 4OWAA 3W6BA 4PRUA 3RNXA 1REYA 3AB6A 1N4FA 1T3PA 4ETDA 4NWEA 2DQGY 4OW1A 5F14A 4DC4A 1BB3A 1LZ4A 1IC5Y 4WM4A 4R0FA 3P65A 4NGYA 4N0JA 1IVMA 1WQPA 3WL2A 1FLWA 1IP7A 1T6VL 2HEFA 1DI4A 194LA 1WTNA 2BLYA 3EMSA 1TCYA 4J1AA 3TXBA 1GFHA 2DQHY 1GBOA 2MEFA 3AGGG 2DQCY 4LT0A 1HMLA 1LZ5A 1LHJA 5IELA 1HELA 1GXV2 1C45A 1JKCA 1GF5A 4RW2A 4WM2A 1XEJA 1B7SA 3LZTA 2C8OA 1LSGA 1AT6A 2LYOA 3CB7A 4WOAA 1CNSA 4NGLA 5II3A 2G4QA 4WM6A 4UWNA 5JENB 5KJ9A 1CKDA 4XJIA 3ULRA 1B7LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TEWA 3SP3A 3TMWA 4HTNA 1LSDA 1LWGA 1LZ1A 1IX0A 1GXXA 1CJ8A 2HECA 4LYBA 4N1EI 4E97A 5C6LA 5FCPA 2EPEA 3WW5A 4I7KA 1JTTL 1CKCA 2RBOA 187LA 4H92A 2B6ZA 2DQAA 1L18A 1L14A 1L77A 4WM3A 1T8FA 4DWXA 3F8VA 1LMAA 1JJ1A 1ZYTA 1OP9B 2BQLA 1LHLA 4EJ4A 2MEEA 1SSYA 1LJJA 2MEHA 1HEMA 3WU9A 1GEZA 224LA 1P46A 1JQUA 1LOZA 1WTHA 4HTKA 1QDRA 4LFXA 1B7NA 1OWYA 4XJFA 1BB5A 4I0CA 5KXLA 2LZMA 4CFPA 1GFRA 2BQKA 1LI6A 1J1PY 2FBBA 5B07A 1REMA 1DQJC 148LE 1IR8A 3A6CY 3WXUA 255LA 4H9HA 3P66A 4TWSA 1L51A 4ETAA 4OWBA 1L28A 4H8ZA 1JTNA 1JSFA 4OWEA 7LYZA 1HC0A 214LA 147LA 142LA 4XJGA 2H9KA 1LYGA 1CTWA 1C6TA 1D9UA 210LA 1QTEA 1LYEA 4GN3A 1XEIA 4P2EA 1IP5A 1GFAA 4DDCA 157LA 2OEAX 1QS9A 229LA 4B0DA 4WLYA 1PS5A 4ZIXA 1G0PA 1YKYX 1L23A 4EXMA 162LA 1YL0X 3A3RX 3L64A 2XBSA 216LA 4NGWA 1L35A 4KXIA 2B6YA 3BKVA 4XJDA 4PJZA 2F47A 139LA 175LA 4ZPUA 1GB3A 1C6FA 1EQEA 1VFBC 3DNAA 1DYCA 1G06A 4G49A 1CUPA 1E8LA 168LA 1DYGA 1L52A 1ZURA 4LGKA 5KKIA 2O4WA 1SX7A 3KAMA 1FKQA 1CU5A 1L16A 1YAQA 1L87A 1IWWA 1IIZA 1L83A 166LA 4WO9A 1EQ4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3QY4 A;  1GF6 A;  4U3X B;  2HTX A;  5LYT A;  1TEW A;  1INU A;  4A7D A;  1IP1 A;  1GFK A;  3B6L A;  4H9F A;  4R6C A;  3SP3 A;  1LSC A;  3TMW A;  1OUJ A;  4HTN A;  4BAF A;  1LSD A;  1UIB A;  5E4P A;  1LZ1 A;  1PZY A;  1IX0 A;  1GXX A;  1CJ8 A;  2HEC A;  1LZE A;  4LYB A;  1QUS A;  1GFV A;  4N1E I;  3WPJ A;  5C6L A;  5FCP A;  2W1X A;  1WQQ A;  2EPE A;  4CJ2 A;  5HNC A;  2BQC A;  4L41 A;  4WO6 A;  5DM9 A;  3WW5 A;  2Z2F A;  1JTT L;  2ZIL A;  2NWD X;  5T3F A;  1UCO A;  2Z39 A;  1LZC A;  153L A;  1CKC A;  3AW6 A;  1VAU A;  4II8 A;  1LYY A;  4XJB A;  3FE0 A;  1B5Y A;  4UWV A;  2BQI A;  1GBZ A;  5ILC A;  8LYZ A;  5LVK A;  5B59 A;  1RCM A;  4HV1 A;  1YAP A;  3WPK A;  1JPO A;  4H92 A;  4YEM A;  1GDX A;  1BWH A;  2DQD Y;  2DQA A;  2HED A;  2YBN A;  4NGK A;  3HBH A;  1WTM A;  4WM3 A;  1JHL A;  1YAM A;  1GE2 A;  4DWX A;  2FYD A;  1WQM A;  1LMA A;  3W6F A;  5J7C A;  2F30 A;  1TAY A;  5F16 A;  1NQI A;  4LT2 A;  1JJ1 A;  4WL6 A;  1XSF A;  2LYZ A;  3ZVQ B;  1LSE A;  3VWO A;  1OP9 B;  3GXK A;  1RE2 A;  2CDS A; 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 4NSG A;  2LYM A;  1GFG A;  1NBY C;  1F0W A;  1IP3 A;  1LJK A;  1LYZ A;  4XYY A;  4GCE A;  1WQR A;  4LYC A;  1DI5 A;  1UA6 Y;  5L9J A;  1D6P A;  1UIC A;  4G9S A;  2CJL A;  4ETC A;  5LIO A;  2C8P A;  5B06 A;  4PGJ B;  4HV2 A;  1FLQ A;  1F6R A;  4NFV A;  134L A;  3W6D A;  1JJ0 A;  4B4J A;  4H91 A;  3RZ4 A;  5FEL A;  4HPE A;  1DZB X;  1BB6 A;  1LJI A;  3RU5 A;  1FDL Y;  4DD9 A;  5B1G A;  1LCN A;  2XTH A;  5DLA A;  3G3A B;  2HUB A;  2ZQ4 A;  1W08 A;  1LTM A;  1YAO A;  1CJ6 A;  1NDM C;  4G4B A;  4G4H A;  4HPI A;  5DN4 A;  5FST A;  5ILF A;  2G4N A;  4PPO A;  1WQN A;  2EIZ C;  4WLD A;  4OOO A;  133L A;  1B7M A;  2YBM A;  2EKS C;  1HEW A;  1G7H C;  4OWA A;  3W6B A;  4PRU A;  3RNX A;  1REY A;  3AB6 A;  1N4F A;  1T3P A;  4ETD A;  4NWE A;  2DQG Y;  4OW1 A;  5F14 A;  4DC4 A;  1BB3 A;  1LZ4 A;  1IC5 Y;  4WM4 A;  4R0F A;  3P65 A;  4NGY A;  4N0J A;  1IVM A;  1WQP A;  3WL2 A;  1FLW A;  1IP7 A;  1T6V L;  2HEF A;  1DI4 A;  194L A;  1WTN A;  2BLY A;  3EMS A;  1TCY A;  4J1A A;  3TXB A;  1GFH A;  2DQH Y;  1GBO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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