1L77A

Design and structural analysis of alternative hydrophobic core packing arrangements in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINLVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Design and structural analysis of alternative hydrophobic core packing arrangements in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 62
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-11-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l77A00
3C80A 1D3FA 4ARMB 2Q9EA 3G3XA 177LA 1L24A 4DKLA 232LA 184LA 1L51A 4YXCA 222LA 252LA 145LA 1L62A 3HTDA 1LGWA 1CUPA 1L05A 2F32A 209LA 3HDEA 260LA 1L48A 3HUKA 2F47A 4I7QA 2B75A 3HT6A 2Z6BA 3K2RA 1C65A 1L63A 1SWZA 4DJHA 1CTWA 1C6GA 258LA 3DMXA 3DN3A 3C8QA 1QT3A 3GUOA 187LA 1C6QA 3G3VA 166LA 255LA 1L18A 3DMVA 1XEPA 1L60A 1XJTA 1L93A 102LA 162LA 196LA 164LA 1OV7A 1L54A 1PQIA 2B73A 3F9LA 198LA 157LA 1L73A 1OV5A 113LA 1L33A 1LYDA 1OVHA 4LZMA 1L41A 4ARQA 1T8GA 3OE9A 3HDFA 205LA 195LA 3C7ZA 2B74A 253LA 1L37A 3V2YA 1LYEA 1LPYA 1L0KA 1PQKA 4YX7C 1CV5A 1P46A 243LA 4ZPUA 5LZMA 143LA 123LA 2RBQA 110LA 1L46A 1T6HA 1LLHA 230LA 1KW5A 1LWKA 115LA 1CV4A 1LYFA 2LCBA 2O79A 173LA 1G1VA 1L31A 2B72A 4PJZA 4W51A 111LA 4I7OA 214LA 3HH5A 1L55A 251LA 228LA 4EKSA 1G06A 151LA 3QAKA 1K28A 3HT7A 2B70A 192LA 1L22A 1L21A 4EKRA 1L19A 1DYCA 1LGUA 1QT7A 188LA 1CU3A 142LA 174LA 1L16A 2B6XA 3CDOA 1L0JA 129LA 114LA 1D9WA 259LA 3D4SA 2RAZX 4GBRB 3HH6A 1L66A 2LC9A 213LA 1L10A 1DYGA 1L61A 1C68A 2LZMA 4W59A 1KS3A 1EPYA 2Q9DA 3HUAA 1L82A 257LA 1CU0A 1KW7A 1L13A 1L52A 231LA 4GRVA 1L70A 1C64A 2OU9A 1L49A 2B6ZA 130LA 1C62A 256LA 3HU9A 1QSQA 3CDTA 3PBLA 1P7SA 2OE9X 3GUKA 1C60A 1QUDA 1T97A 183LA 3HWLA 1L03A 1L90A 1G0PA 1L43A 128LA 1LYGA 217LA 3FADA 109LA 1SWYA 1G0JA 4W54A 1L76A 148LE 3C7WA 1L95A 1L39A 155LA 4W57A 1L15A 1L56A 2QARC 261LA 2CUUA 3C82A 4ARJA 1C6IA 3GUMA 3DNAA 1C6EA 1G0GA 1QSBA 1L36A 1CX7A 4I7NA 4I7MA 3SB8A 2B6YA 244LA 1L67A 1C63A 3HTGA 1LYIA 1QT8A 1L83A 1D3JA 2NTHA 2O4WA 3GUJA 1P64A 170LA 219LA 2OTYX 3CDVA 1L59A 3SB9A 1PQOA 216LA 1P37A 4OO9A 1NHBA 3OE8A 122LA 1QUGA 1OWZA 112LA 1L47A 1DYFA 1G1WA 1L08A 2ANVA 1L94A 2IGCA 4W56A 1CX6A 2O7AA 1L77A 3FA0A 141LA 1LWGA 1QTZA 4EJ4A 3RUNA 172LA 1D2YA 1ZYTA 1C6NA 1CV3A 1JTNA 3SB6A 2OE7X 4EXMA 215LA 3GUIA 104LA 1G0QA 239LA 1C6JA 1L96A 234LA 190LA 1QTBA 152LA 1P2LA 3DN2A 1L17A 138LA 1CU6A 1OVJA 2OEAX 1L29A 4I7RA 4PK0A 1L14A 1QS5A 2QB0B 176LA 1D3NA 262LA 3NY8A 2RB0X 221LA 3V2WA 182LA 180LA 169LA 1ZWNA 2RB1X 1L64A 3NYAA 6LZMA 1L01A 137LA 1LYJA 1QT6A 175LA 226LA 1L32A 1L69A 1G0MA 254LA 139LA 242LA 4I7SA 119LA 4W55A 1C6BA 3FI5A 163LA 1L34A 1P2RA 7LZMA 3EMLA 127LA 1OVKA 4LDOA 2F2QA 2A4TA 1L38A 3HTBA 2HULA 1SX7A 3SB5A 168LA 2RAYX 247LA 1L04A 4EKQA 146LA 156LA 3RZEA 1G07A 1LYHA 2RH1A 1QTCA 1L99A 3HH4A 1L81A 161LA 1L44A 147LA 4LDEA 1D2WA 1DYAA 1L71A 2NTGA 1CV6A 2RBOA 2OTZX 3C8SA 1P3NA 1L91A 1L97A 223LA 140LA 3C83A 1L25A 1L42A 1L87A 1L68A 1L89A 160LA 3CDQA 3HUQA 1DYEA 1LW9A 237LA 3SB7A 1LGXA 1L28A 238LA 201LA 220LA 4EPIA 1L65A 2RBPA 2RB2X 1P6YA 2HUMA 1L84A 185LA 1QUOA 4E97A 108LA 3F8VA 3OE0A 3SBAA 250LA 2B6WA 2B7XA 1OWYA 236LA 186LA 1QTDA 1L88A 3DN8A 224LA 3GUNA 1L20A 1C6PA 4I7JA 165LA 1D3MA 4I7LA 1C6HA 3VW7A 1C6FA 1L80A 1P36A 1L26A 4I7PA 171LA 1LI2A 1L50A 1L92A 3GUPA 1JTMA 199LA 1TLAA 1PQDA 4ARPA 4ARLA 4W52A 1CU5A 2RBRA 103LA 1L00A 144LA 3C7YA 4DAJA 2OU0X 2RBNA 3L2XA 158LA 1T8AA 3L64A 3G3WA 1QTVA 4S0WA 3HT8A 1SSWA 3DN1A 1L02A 235LA 131LA 125LA 4EPFA 1SSYA 197LA 1ZURA 3JR6A 1L85A 1XJUA 191LA 3PDSA 1C61A 240LA 1L09A 1L53A 2HUKA 4IAPA 1L74A 3SN6R 1C6TA 1L07A 1C67A 1L30A 1QS9A 178LA 218LA 1B6IA 2L78A 225LA 1G0KA 4LDLA 1QT4A 3SBBC 1LI3A 107LA 2RBSA 1P5CA 4YXAC 4EKPA 189LA 1QT5A 3NY9A 3ODUA 1CUQA 210LA 1L58A 1CVKA 3DN4A 1CV0A 1L72A 3HT9A 159LA 1DYDA 120LA 1L57A 1C6KA 1LI6A 1P56A 227LA 233LA 3DKEX 3LZMA 4W58A 4I7TA 1L35A 1JQUA 241LA 1L11A 4ARMA 206LA 1L12A 211LA 118LA 1T8FA 4I7KA 150LA 1L75A 181LA 1SX2A 1G0LA 1PQJA 2B6TA 1QUHA 2OU8A 1QTHA 3DN6A 4W53A 3DN0A 4ARQB 5I14A 1CU2A 1PQMA 200LA 1CV1A 1C69A 3HTFA 1KNIA 1DYBA 1C6MA 3OE6A 3HH3A 4AQNA 1L40A 1L27A 2OE4X 1C66A 1L23A 1OYUA 229LA 2ANXA 246LA 3GULA 1C6LA 248LA 3C8RA 1KY1A 126LA 1C6CA 1L79A 1C6AA 1I6SA 1L98A 1WTHA 1L06A 1C6DA 3UONA 4K5YA 1L45A 167LA 3HU8A 212LA 149LA 1L86A 249LA 1KY0A 3DMZA 3CDRA 245LA 3C81A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AZ6A 1GWDA 1ZV5L 4YXCA 222LA 252LA 4HPIA 3TXDA 1FN5A 1JKBA 1G7JC 2F32A 1JHLA 3HFMY 1B5ZA 2LZTA 3LYMA 5F9UA 2F47A 3HT6A 1IOTA 1GBZA 1L63A 1LMQA 5KY1A 2RSCA 5KXSA 2DQJY 1QT3A 1GFEA 1F0WA 4NHQA 3FE0A 4CGEA 3DMVA 4LFPA 102LA 164LA 4PJ2C 5HQ1A 4LYBA 3TXEA 4KL7A 1OVHA 4ARQA 1T8GA 3OE9A 4NHSA 4NFVA 3C7ZA 3V2YA 4ML7A 3HBDA 1GE2A 3WW5A 2G4QA 1CV5A 1P46A 4HSFA 4WLDA 5LZMA 3B0IA 1ALCA 1LSPA 1VDTA 1VFBC 110LA 2LZ2A 1KW5A 1CV4A 1LYFA 4XADA 3LN2A 2IHLA 4PJZA 4X3BA 1JKAA 1UIDA 4W51A 1YL0X 2MEAA 214LA 5KXWA 1LSDA 1LSZA 4EKSA 1G06A 1WTNA 2Z2EA 3D3DA 1L21A 1L19A 1IWXA 1OUEA 2YBMA 1IP6A 1D9WA 4Z98A 3WH1A 4MR1A 1L66A 4N8ZA 1L61A 2LZMA 5J7CA 1EPYA 1DI3A 1L82A 1CNSA 4J7VA 257LA 1CU0A 1KW7A 4H9EA 1L70A 1C64A 4RLMA 1C62A 256LA 3CDTA 3PBLA 3CT5A 1IP3A 5B06A 1QUDA 1V7SA 1L90A 3FADA 109LA 1G0JA 3WUMA 2I25L 4CHXA 4LYTA 4MSTA 1OUIA 3C82A 1C6IA 5LVKA 1GF0A 1HNLA 1QSBA 2MEEA 4I7NA 5KXKA 5ILFA 1JTTL 1C63A 4O34A 2PC2A 1CJ9A 1HERA 1LYZA 3W6BA 4DQ5A 2O4WA 3CQLA 3CDVA 3SB9A 1JUGA 1NHBA 4OO9A 4WLTA 1OWZA 4LZTA 1I20A 1GEVA 3A94A 1G1WA 1B5UA 2BQNA 1GBWA 5D5CA 4LYZA 2W1YA 1GFTA 1LMNA 141LA 1LWGA 2Z12A 1JTNA 2Z38A 1LZDA 3ZVQA 1GF5A 215LA 1GXXA 5LVIA 3A6BY 1L96A 190LA 2X0AA 1LHHA 5KKJA 3WULA 1L14A 2QB0B 176LA 4WO9A 3NY8A 1P2CC 1NDMC 3A92A 221LA 4NHTA 180LA 1YL1X 1ZWNA 1CKFA 3NYAA 1LYJA 1L32A 5C6JA 2N5ZA 4N9RA 2ZYPA 1GE0A 242LA 4C3WA 4W55A 1UC0A 1C6BA 7LZMA 1P2RA 3AGGG 2HUBA 1OVKA 2A4TA 1L38A 4M4OA 146LA 3RZEA 4PPOA 4IATA 1XEKA 1GB9A 5LYTA 147LA 5M1YA 4Z41A 4ETBA 5I5QA 1CV6A 2RBOA 1WVVA 4WM4A 2ZILA 1P3NA 1L97A 4N1CC 1LJNA 3TMXA 4ET8A 1A2YC 3CDQA 1LZGA 1DYEA 1MELL 237LA 4NIJA 4YOPA 1QSAA 4G4HA 2A7DA 220LA 4ETDA 1LKRA 2HUMA 1L84A 4LYCA 4E97A 1QTEA 108LA 4EMNA 250LA 2B6WA 3A3RX 1QTDA 1L88A 2CDSA 1LMAA 1C6HA 4H9IA 4GCBA 3RNXA 3GUPA 4ARPA 4DWXA 4U3XB 1BVKC 2W1XA 144LA 4HJZA 3C7YA 2OU0X 3G3WA 3DN1A 1L02A 131LA 3WMKA 2HEAA 3J6KA 1SSYA 5HMJA 3JR6A 191LA 207LA 1LYOA 1NHEA 5LA8A 1J1XY 3SN6R 3W6EA 1C6TA 1L07A 1JTOL 3QE8A 1L30A 1QS9A 4WG7A 4EOFA 1OUJA 1IWWA 4ANRA 1FKQA 1JKCA 1P5CA 3ODUA 1CUQA 210LA 1AM7A 1DYDA 120LA 1C6KA 1P56A 2D4IA 3K3TA 5IHGA 1GBOA 4LT2A 4W58A 1L35A 241LA 2YBJA 1DI5A 4ARMA 1C43A 1GB7A 1L12A 1T8FA 150LA 1VDSA 1G0LA 1QTHA 3DN6A 5KXNA 1CU2A 200LA 4XJFA 1YKXX 3FI7A 1LZ4A 3OE6A 1HEWA 1ZMYL 4PGJB 4QDNA 1L23A 1GE4A 1L79A 3RW8A 4ETAA 1AKIA 212LA 4ZFPA 249LA 1G7IC 1H6MA 3AZ4A 245LA 3C80A 1XGUC 1D3FA 2MEIA 4QY9A 4XENA 4N0JA 1L51A 3W3EA 1KIRC 1L05A 2Z18A 5APCA 2H9KA 5LXWA 1LSEA 2FYDA 1NDGC 3EMSA 1SWZA 1CTWA 258LA 2BQBA 3DN3A 1B5WA 2Z19A 3AB6A 4BADA 1C6QA 1DKKA 3G3VA 1CJ8A 2HEEA 166LA 1NKHA 5DL9A 3A3QA 1D6PA 162LA 1OQMA 1L54A 4IJ4A 2B73A 4WL6A 3F9LA 1JJ3A 1KXWA 4AGAA 3CSZA 198LA 1OUHA 1OV5A 4J0LA 113LA 1L41A 5A3EA 4W94A 253LA 1OUBA 2HECA 3WUAA 4H92A 3A93A 5E9RA 1LPYA 4UWVA 1OUAA 1PQKA 4YX7C 4DYGA 4ZPUA 143LA 4DC4A 2LCBA 2MEBA 2O79A 1UIBA 173LA 5I4WA 3ZEKA 1IP4A 1B5VA 3OJPA 4WOAA 2G4NA 228LA 4L41A 1GFRA 4DQ7A 1GB8A 1K28A 3HT7A 1UUZC 1LZ8A 2MEFA 3W6FA 154LA 1LGUA 5APDA 188LA 2B6XA 142LA 174LA 1LZ6A 4OOOA 4WM1A 1GF6A 1IWZA 4PRQA 133LA 2IFFY 4GBRB 1LSBA 2LC9A 1C68A 4NGLA 1OUGA 5F14A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3AZ6 A;  1GWD A;  1ZV5 L;  4YXC A;  222L A;  252L A;  4HPI A;  3TXD A;  1FN5 A;  1JKB A;  1G7J C;  2F32 A;  1JHL A;  3HFM Y;  1B5Z A;  2LZT A;  3LYM A;  5F9U A;  2F47 A;  3HT6 A;  1IOT A;  1GBZ A;  1L63 A;  1LMQ A;  5KY1 A;  2RSC A;  5KXS A;  2DQJ Y;  1QT3 A;  1GFE A;  1F0W A;  4NHQ A;  3FE0 A;  4CGE A;  3DMV A;  4LFP A;  102L A;  164L A;  4PJ2 C;  5HQ1 A;  4LYB A;  3TXE A;  4KL7 A;  1OVH A;  4ARQ A;  1T8G A;  3OE9 A;  4NHS A;  4NFV A;  3C7Z A;  3V2Y A;  4ML7 A;  3HBD A;  1GE2 A;  3WW5 A;  2G4Q A;  1CV5 A;  1P46 A;  4HSF A;  4WLD A;  5LZM A;  3B0I A;  1ALC A;  1LSP A;  1VDT A;  1VFB C;  110L A;  2LZ2 A;  1KW5 A;  1CV4 A;  1LYF A;  4XAD A;  3LN2 A;  2IHL A;  4PJZ A;  4X3B A;  1JKA A;  1UID A;  4W51 A;  1YL0 X;  2MEA A;  214L A;  5KXW A;  1LSD A;  1LSZ A;  4EKS A;  1G06 A;  1WTN A;  2Z2E A;  3D3D A;  1L21 A;  1L19 A;  1IWX A;  1OUE A;  2YBM A;  1IP6 A;  1D9W A;  4Z98 A;  3WH1 A;  4MR1 A;  1L66 A;  4N8Z A;  1L61 A;  2LZM A;  5J7C A;  1EPY A;  1DI3 A;  1L82 A;  1CNS A;  4J7V A;  257L A;  1CU0 A; 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