1P56A

Duplication-extension of helix a of t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (Lysozyme)
publication title Relocation or duplication of the helix A sequence of T4 lysozyme causes only modest changes in structure but can increase or decrease the rate of folding.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1p56A00
3HTGA 1C6DA 2HUKA 213LA 2B7XA 1L09A 1L71A 3HH3A 3F9LA 3RZEA 4LDOA 1LW9A 1K28A 1G0KA 188LA 3OE9A 1LYFA 166LA 1C65A 1L00A 4LZMA 114LA 1L76A 4I7KA 3V2WA 229LA 142LA 144LA 122LA 3DN4A 1LYEA 3GULA 5I14A 1DYBA 148LE 4EKPA 1QS5A 2B74A 1L61A 189LA 252LA 1L92A 175LA 1SX7A 4I7OA 103LA 1L33A 2O4WA 2ANXA 1L87A 107LA 2Z6BA 3DMVA 1L22A 3F8VA 1L38A 2B72A 1L36A 104LA 1OYUA 3SB7A 1C6BA 150LA 227LA 4PK0A 1ZURA 1L82A 1L16A 1L53A 3HT7A 1L99A 4W57A 1D2WA 1P7SA 1OV5A 1L79A 2RB2X 1SX2A 3C83A 1L31A 3VW7A 1LI6A 4GBRB 217LA 4I7RA 4EPIA 183LA 1I6SA 1C6KA 3HH6A 126LA 1L43A 3C7YA 3OE6A 1L18A 2O79A 1QT7A 1L89A 235LA 4ARJA 1LYGA 212LA 1QT5A 3HU9A 197LA 1L81A 1G1WA 1KY0A 1CU2A 2B70A 1L23A 3NY9A 1T6HA 1L39A 2OE9X 3HTDA 1L35A 1C66A 1CVKA 3ODUA 1KNIA 1C68A 3HUQA 3V2YA 1DYDA 4EJ4A 2RBNA 2NTHA 2HUMA 221LA 2A4TA 1CV5A 220LA 1L65A 1P2RA 1XEPA 3FADA 3NYAA 1C6QA 155LA 143LA 1P37A 1L07A 1SWZA 1JQUA 1CV6A 1SWYA 1L26A 3SB6A 110LA 130LA 158LA 234LA 184LA 1C62A 4IAPA 248LA 1L42A 4K5YA 3C8RA 4W52A 1LLHA 2RBRA 1LYHA 2OU0X 1JTMA 1XJUA 3NY8A 242LA 159LA 151LA 1L14A 1L64A 2RBPA 245LA 3G3VA 2B6XA 1L55A 1ZWNA 2OTZX 3GUNA 141LA 3HT9A 190LA 4DAJA 160LA 1C6CA 4W59A 167LA 3DMZA 1G0MA 1QTCA 111LA 1G0PA 1L03A 1C6JA 1T8AA 3CDOA 1C6LA 1QUDA 3HUAA 1CU5A 1L45A 1L88A 4W58A 2B6ZA 1L19A 1CU0A 3GUIA 2QARC 4EXMA 1QT8A 1B6IA 1L66A 1G0QA 2OU8A 1L21A 1LWGA 1DYGA 3LZMA 1QTBA 108LA 1DYFA 3OE0A 4GRVA 1CUQA 261LA 223LA 140LA 3SBAA 6LZMA 1LI2A 211LA 3G3XA 1L37A 4ARQB 4EKRA 214LA 3SB9A 1L59A 1CV4A 1OWYA 3CDRA 138LA 1T97A 1C6EA 4ARLA 1KW7A 1DYAA 147LA 2NTGA 2OE7X 1P3NA 3C81A 4YXAC 1ZYTA 1CTWA 1KW5A 1L49A 1L12A 171LA 125LA 244LA 2F47A 1G0JA 5LZMA 4LDLA 2B6WA 1D3JA 249LA 2Q9DA 232LA 137LA 1LYDA 1G0LA 3HT8A 1CV3A 1C6NA 1P56A 1LPYA 1CV0A 1CU6A 4I7SA 3EMLA 3SB8A 161LA 3G3WA 2IGCA 1QS9A 2LCBA 182LA 199LA 1L86A 1OVHA 1TLAA 3GUKA 1G0GA 178LA 181LA 1CU3A 1G06A 2RB1X 1L05A 210LA 224LA 1L04A 222LA 1L80A 1L46A 1C6HA 1CUPA 3HT6A 1L54A 3FA0A 247LA 1G07A 1D3FA 4I7LA 201LA 1L57A 4DKLA 131LA 185LA 1L25A 4YX7C 1QTVA 3GUJA 1PQDA 262LA 1L58A 1L74A 2B73A 3L64A 3UONA 1OWZA 196LA 3GUOA 1QUOA 4W53A 2B6TA 2L78A 4EPFA 4W54A 1OVKA 1XJTA 1P2LA 3DN3A 3C80A 2Q9EA 157LA 1L24A 1QTZA 1LGWA 3HH4A 1CX7A 1L30A 237LA 4I7NA 1C69A 3CDVA 4PJZA 169LA 165LA 3CDTA 3HDFA 1C61A 4ARPA 174LA 230LA 241LA 1L90A 1L62A 3FI5A 1C6AA 3K2RA 1OVJA 236LA 164LA 1L0JA 1C6MA 1L32A 1QT4A 1L10A 1QT6A 162LA 3DN1A 198LA 3HTFA 115LA 112LA 1L48A 3SBBC 102LA 1L73A 172LA 1D9WA 1L28A 129LA 1P46A 1PQOA 259LA 1LGUA 2LC9A 246LA 1L72A 1OV7A 3CDQA 146LA 4EKSA 254LA 1G1VA 1L96A 2B6YA 216LA 4AQNA 1L15A 3C7ZA 3SB5A 1PQIA 3C7WA 1KY1A 228LA 4ZPUA 177LA 1PQMA 1L93A 1P6YA 173LA 1QTDA 233LA 119LA 139LA 1L91A 3HTBA 3DN0A 3C8QA 1L63A 1L34A 4LDEA 205LA 209LA 4OO9A 127LA 1L40A 1L13A 1CV1A 243LA 1SSWA 1L51A 170LA 1L56A 1CX6A 1L02A 1D3MA 1P64A 3DN6A 1L50A 1L94A 1QUGA 163LA 4ARMB 1C60A 3DN8A 206LA 1LYJA 1D2YA 4ARQA 1C63A 2RH1A 1L67A 187LA 1KS3A 156LA 1L68A 1L0KA 3D4SA 1C6GA 1LI3A 3C82A 2F32A 1L41A 2RAYX 120LA 2LZMA 258LA 3DNAA 145LA 2OE4X 4I7QA 152LA 1QT3A 1L47A 1QUHA 256LA 3HDEA 4ARMA 238LA 1QSQA 3HWLA 7LZMA 1L17A 2HULA 1L98A 239LA 3HU8A 3OE8A 231LA 3QAKA 226LA 4W51A 1EPYA 2RB0X 1L69A 1L75A 219LA 2O7AA 2ANVA 2OU9A 3GUMA 2B75A 218LA 1L11A 2OTYX 1C67A 4I7JA 1D3NA 1WTHA 4W55A 1T8FA 200LA 2RAZX 1L83A 1LWKA 2QB0B 1L52A 3SN6R 3DMXA 3PDSA 192LA 251LA 4YXCA 2F2QA 186LA 255LA 1JTNA 1LYIA 225LA 1QTHA 176LA 1L95A 1C6PA 4S0WA 1C64A 3C8SA 1DYEA 1C6IA 3HH5A 257LA 3RUNA 3GUPA 118LA 168LA 4I7PA 123LA 3DN2A 4DJHA 3L2XA 3PBLA 1L44A 1PQKA 3DKEX 1L20A 1T8GA 1L27A 1L01A 1L84A 1L29A 1L85A 4I7MA 113LA 4W56A 1L77A 128LA 3HUKA 1C6FA 1L97A 1DYCA 240LA 2RBQA 1L70A 1L06A 2CUUA 3JR6A 1PQJA 4I7TA 1P5CA 2RBOA 149LA 1P36A 180LA 1QSBA 260LA 1C6TA 1SSYA 1L60A 250LA 195LA 2RBSA 2OEAX 1LGXA 4E97A 253LA 1L08A 191LA 1NHBA 109LA 4EKQA 215LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LSGA 4TSBA 2HUKA 1LZCA 1L09A 5I53A 2BQHA 4LDOA 1LW9A 3OE9A 4XJIA 1LMAA 1C65A 1LSNA 1L76A 3V2WA 229LA 4WM1A 4NHIA 122LA 3DN4A 1LZNA 3GULA 4R0FA 1DYBA 132LA 4WLTA 2MEGA 3FE0A 4EKPA 1QS5A 4ETBA 1L33A 4J7VA 1L87A 3WW5A 1L22A 5KXLA 1LSDA 4H9BA 104LA 2C8PA 3TXEA 1OUDA 1HSWA 1OYUA 3SB7A 1C6BA 227LA 1LZ5A 4M4OA 2G4NA 3G3BB 2Z18A 1G7JC 3TXJA 1L79A 3FI7A 3CSQA 3C83A 5KXMA 1L31A 4YF2A 1RFPA 1GBZA 4EPIA 4XJBA 1UIEA 4DDBA 1LYOA 1C6KA 126LA 3OE6A 2O79A 3ZVQB 4HTNA 4NSJA 3TXHA 7LYZA 1LYGA 212LA 1QT5A 4GN4A 1IP2A 197LA 1CKDA 1G1WA 1T6HA 1L35A 1C66A 1GFRA 3A92A 1DYDA 2NWDX 4B49A 5HMVA 4H8ZA 4ZFPA 1IX0A 5B1GA 1IC7Y 2HUMA 1TBYA 1LZ4A 3FADA 3A95A 1VDPA 4HJYA 3AW6A 1P37A 1L07A 1SWZA 1CV6A 1SWYA 1L26A 1NDMC 1JJ3A 1GHLA 1C62A 1VDQA 1GPQC 1L42A 2MEEA 5KKIA 5KJ9A 1LLHA 3NY8A 1YAQA 159LA 2RBPA 1GFUA 4U3XB 2X0AA 2HEFA 190LA 2Z2EA 4DAJA 1YANA 2DQAA 4I8SA 111LA 1C6JA 3WW6A 153LA 4ZIXA 1CU0A 2MEFA 1BWJA 3RU5A 1QT8A 4LYBA 3N9CA 1B6IA 1L66A 1QTKA 1QTBA 4GRVA 223LA 4KL7A 4QDNA 4J1AA 3WL2A 1YROA 3G3XA 4ARQB 4EKRA 3B72A 1OWYA 5IDDA 4G49A 1DYAA 1UIDA 1WVUA 2YVBA 3AYQA 3C81A 1LZ9A 1L49A 1GB0A 2YBHA 3IJUA 4N9RA 1IWVA 1G0JA 1GFAA 1YIKA 4LDLA 4WL7A 1LYDA 4LFPA 3HT8A 1GF9A 3AW7A 4PJ2C 2Y8PA 1CV0A 3TXKA 1BB6A 1FBIX 4W94A 1IP3A 3SB8A 161LA 1B9OA 3W6CA 1GE3A 1OP9B 2IGCA 2Z2FA 1TEWA 1OVHA 1YKZX 3GUKA 178LA 181LA 3F6ZA 1DKKA 5F14A 1LMQA 1L04A 1IR7A 1DKJA 1GB2A 1JKAA 1GFGA 3HT6A 3TXBA 1YQVY 1G07A 1D3FA 4EOFA 4NSGA 4OOTA 1NF5A 2BLYA 4UWUA 1L58A 3CT5A 1TCYA 3GUOA 2B6TA 4W54A 3DN3A 1GFKA 4N8ZA 1D0KA 1QTZA 1LGWA 1UIGA 1L30A 1LYZA 5LA8A 1B7RA 4ZEEA 169LA 1UA6Y 1GBSA 1BB4A 1VATA 4ET9A 3ATOA 230LA 2YBJA 1JJ0A 1F10A 1O23A 208LA 3FI5A 1OVJA 1GDXA 1HMLA 4H9IA 4QGZA 5LYZA 162LA 112LA 2BQKA 1D6PA 1L48A 4QY9A 1L73A 1L28A 2XBSA 1P46A 1QIOA 3A96A 246LA 4AXTA 4XN6A 1UCOA 1AT6A 2B6YA 4YM8A 5AMYA 4G4HA 1LHMA 2F4GA 1KY1A 4OWHA 1NWGA 4H8XA 4ZPUA 1IWWA 1RI8B 5KXKA 1L63A 1IORA 127LA 1D0LA 1CV1A 1SSWA 1L56A 1GFEA 1L02A 4DD1A 5D5CA 163LA 1GWDA 2MEAA 1GB5A 1WVVA 1HNLA 5KXWA 1IOQA 4DT3A 187LA 5C6LA 3AJNA 2XTHA 1JWRA 1B0DA 4B0DA 1IWTA 3WMKA 4I7QA 1W6ZA 4GN5C 4WLXA 256LA 1YILA 1NBYC 1L17A 1LJIA 2BQAA 3W6BA 1L98A 1ZV5L 3TXGA 3G3AB 4B1AA 1YAOA 2ZIJA 1JHLA 3A3QA 219LA 2O7AA 2OU9A 2ANVA 218LA 1KIPC 1C67A 4DDAA 4W55A 200LA 2QB0B 1QUTA 3DMXA 1XGTC 1JTPL 5I4XA 4HPEA 1B7LA 1B5ZA 2FYCA 154LA 186LA 3RW8A 1LKSA 1C45A 5LYTA 1JTNA 5KY1A 4D9ZA 193LA 1LSAA 4NHTA 1C6IA 1QTEA 3HH5A 3GUPA 4ANRA 2BQNA 1D9UA 4NGYA 118LA 123LA 5DN4A 1B5UA 4DJHA 1PQKA 3HUKA 3CQLA 1FLQA 1QDTA 5L3HA 3JR6A 1B7NA 4GLAA 5I4WA 149LA 4RLMA 3A34A 1L60A 195LA 1L08A 1LMNA 4EKQA 2YBNA 3ZEKA 3GXRA 213LA 1EQ4A 4CJ2A 3HH3A 3RZEA 3T6UA 1YKXX 2DBTA 5APDA 1GBWA 1JSFA 1QQYA 2HEAA 1LYFA 166LA 4LZMA 114LA 1IIZA 9LYZA 3WU7A 2ZQ4A 5HQ1A 3ULRA 5I14A 1CKHA 2LHMA 1LMOA 1LHHA 1HMKA 2H9JA 4PRUA 1LZEA 2EQLA 4H94A 1L92A 3WYHA 1GEZA 5ILCA 4WG7A 2O4WA 4DD9A 2FYDA 1NMMA 3GXKA 2ANXA 4XJHA 4I0CA 194LA 3SP3A 1GF8A 4DD7A 1LZBA 150LA 1JKBA 4PK0A 1H87A 1L82A 3HT7A 1L99A 1YAMA 1OV5A 3TMUA 2Q0MX 4GBRB 217LA 1GF0A 2Z38A 1JIYA 1GD6A 1LYYA 5A3ZA 4X3BA 1L89A 2W1XA 3AZ6A 3CB7A 4WLDA 2MEDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LSG A;  4TSB A;  2HUK A;  1LZC A;  1L09 A;  5I53 A;  2BQH A;  4LDO A;  1LW9 A;  3OE9 A;  4XJI A;  1LMA A;  1C65 A;  1LSN A;  1L76 A;  3V2W A;  229L A;  4WM1 A;  4NHI A;  122L A;  3DN4 A;  1LZN A;  3GUL A;  4R0F A;  1DYB A;  132L A;  4WLT A;  2MEG A;  3FE0 A;  4EKP A;  1QS5 A;  4ETB A;  1L33 A;  4J7V A;  1L87 A;  3WW5 A;  1L22 A;  5KXL A;  1LSD A;  4H9B A;  104L A;  2C8P A;  3TXE A;  1OUD A;  1HSW A;  1OYU A;  3SB7 A;  1C6B A;  227L A;  1LZ5 A;  4M4O A;  2G4N A;  3G3B B;  2Z18 A;  1G7J C;  3TXJ A;  1L79 A;  3FI7 A;  3CSQ A;  3C83 A;  5KXM A;  1L31 A;  4YF2 A;  1RFP A;  1GBZ A;  4EPI A;  4XJB A;  1UIE A;  4DDB A;  1LYO A;  1C6K A;  126L A;  3OE6 A;  2O79 A;  3ZVQ B;  4HTN A;  4NSJ A;  3TXH A;  7LYZ A;  1LYG A;  212L A;  1QT5 A;  4GN4 A;  1IP2 A;  197L A;  1CKD A;  1G1W A;  1T6H A;  1L35 A;  1C66 A;  1GFR A;  3A92 A;  1DYD A;  2NWD X;  4B49 A;  5HMV A;  4H8Z A;  4ZFP A;  1IX0 A;  5B1G A;  1IC7 Y;  2HUM A;  1TBY A;  1LZ4 A;  3FAD A;  3A95 A;  1VDP A;  4HJY A;  3AW6 A;  1P37 A;  1L07 A;  1SWZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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