186LA

Specificity of ligand binding in a buried non-polar cavity of t4 lysozyme: linkage of dynamics and structural plasticity
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Specificity of ligand binding in a buried nonpolar cavity of T4 lysozyme: linkage of dynamics and structural plasticity.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-04-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 186lA00
1DYEA 3ODUA 1L87A 1L41A 1PQJA 1CU6A 137LA 1LGUA 4I7SA 126LA 1L92A 3C81A 1L81A 1OVJA 1LI3A 2O7AA 1L00A 244LA 1OVKA 1L98A 259LA 164LA 2B6YA 3DN2A 1C6DA 232LA 1QTZA 223LA 177LA 1XJUA 2B6WA 3PBLA 4S0WA 183LA 3HUQA 4ARLA 1DYGA 1QS9A 261LA 1SX2A 1L02A 1L07A 1T8AA 217LA 1L57A 1L83A 4LDEA 1C6BA 144LA 114LA 4EKRA 169LA 1JTMA 1DYFA 4W52A 2RBNA 1L97A 2ANXA 2ANVA 3FI5A 252LA 205LA 2IGCA 3V2WA 3EMLA 1QTHA 5LZMA 1L20A 1L59A 2NTGA 4ARPA 220LA 1SSYA 1L77A 1L96A 1C6MA 1T6HA 149LA 1WTHA 1LLHA 2RB0X 1LYIA 3CDRA 190LA 1OYUA 3HT8A 3OE8A 1CUQA 1KW5A 1L53A 1LI6A 1LYHA 192LA 163LA 1QTDA 168LA 3DN3A 1C6FA 1P64A 200LA 246LA 3HH3A 110LA 2LZMA 3DN1A 1L11A 3PDSA 1G0PA 3GULA 1L16A 197LA 1L68A 1L04A 3UONA 1P46A 1C6QA 1L52A 2F47A 182LA 2B6TA 1C6NA 4I7RA 3C8SA 1JTNA 4K5YA 1L65A 3D4SA 4W58A 3SB6A 1LPYA 1G0QA 1L91A 1G0KA 245LA 234LA 4I7KA 1CU0A 2F2QA 3G3VA 240LA 155LA 115LA 1L75A 253LA 2RBRA 1L55A 2LCBA 1L31A 236LA 1OWZA 143LA 1L86A 1L30A 158LA 4I7NA 159LA 1C65A 1LYJA 1QUDA 4GRVA 219LA 178LA 1L38A 1SWYA 4I7QA 1L10A 1DYAA 4YXAC 1L60A 1QTCA 3K2RA 3VW7A 1L05A 1CU3A 3HH4A 241LA 5I14A 1C64A 4EKSA 1CVKA 1L29A 141LA 262LA 248LA 131LA 3SBBC 1L15A 4AQNA 1ZURA 3V2YA 4E97A 2LC9A 152LA 3SBAA 1L24A 4PK0A 3DN8A 1XJTA 1L89A 139LA 1CU2A 2HULA 1L93A 188LA 1L03A 212LA 4I7MA 146LA 239LA 1QSQA 3HTGA 4OO9A 1L70A 1D9WA 167LA 1L40A 3HWLA 1PQOA 1SX7A 151LA 1CUPA 3C7WA 4I7TA 4LZMA 2B6ZA 2B73A 113LA 1C63A 1DYCA 1LW9A 3HDEA 1L36A 3DKEX 128LA 3JR6A 1LYDA 184LA 222LA 171LA 1QTVA 3CDQA 4IAPA 1CV5A 3DMZA 4LDLA 1P6YA 3G3WA 3GUMA 3OE9A 4ARMB 1CV1A 3HTFA 172LA 1L74A 3FA0A 1L67A 1G0MA 1B6IA 199LA 1L69A 4DJHA 4W59A 1L18A 1P37A 2O4WA 260LA 211LA 2B72A 1L73A 196LA 4DKLA 2OU9A 3HH6A 3SB5A 176LA 221LA 1L33A 238LA 1QT4A 185LA 2QARC 2B75A 1L51A 206LA 1L88A 1G1VA 224LA 4W53A 3C8RA 1L23A 123LA 214LA 1L21A 1L06A 1TLAA 247LA 3SN6R 225LA 3C8QA 1L84A 2B74A 1CTWA 3FADA 3C83A 3GUOA 3C7YA 3F9LA 130LA 228LA 1P3NA 1L44A 255LA 2RAYX 1OV7A 1L37A 2Z6BA 1I6SA 249LA 3HUKA 1L14A 2NTHA 1QT5A 242LA 3GUKA 3C80A 3GUNA 112LA 148LE 4W54A 256LA 4EPIA 4LDOA 4EPFA 1D2WA 4EKQA 201LA 1P2RA 3OE6A 138LA 1D3MA 3HH5A 1CV3A 1L39A 1NHBA 1L47A 2OEAX 1CX7A 1QT7A 161LA 210LA 3NY9A 2Q9EA 1P2LA 3HUAA 1KS3A 1G0LA 243LA 1EPYA 2RBSA 147LA 3CDTA 2Q9DA 3SB9A 1QT8A 2B6XA 3DN0A 150LA 3HT6A 3HU8A 3SB7A 1L09A 1CV6A 1L01A 170LA 1K28A 3HU9A 1L72A 3L2XA 2OU0X 4I7LA 216LA 2RAZX 213LA 103LA 231LA 2RH1A 1P56A 2F32A 2CUUA 1T8GA 162LA 1C66A 157LA 2OE9X 3DMXA 1KNIA 1L49A 129LA 1L90A 1LYEA 2OU8A 186LA 6LZMA 4ARQA 2RB1X 156LA 1L80A 1P36A 1LYGA 1L13A 1PQMA 1OWYA 173LA 1D3NA 1QUHA 1L0JA 1L22A 3HT9A 1C6IA 1SSWA 2OTZX 1L43A 1D3JA 2OTYX 125LA 1C6AA 1D2YA 1OVHA 1C6HA 2B7XA 1C6JA 215LA 142LA 1CV4A 4I7JA 4EKPA 166LA 250LA 1L54A 1LGWA 1L79A 3F8VA 218LA 237LA 1PQDA 230LA 102LA 4I7PA 1LWGA 1QS5A 127LA 1C6CA 1LI2A 3GUIA 4EXMA 1LWKA 3C7ZA 1L76A 1C61A 1L50A 2HUMA 3DN6A 4DAJA 3RUNA 1L71A 1LGXA 1CX6A 1SWZA 7LZMA 1L34A 3QAKA 1L26A 1JQUA 3LZMA 3SB8A 1C68A 2RBOA 1C60A 226LA 104LA 3HTBA 233LA 3HDFA 2RBQA 2A4TA 174LA 1L61A 189LA 1P5CA 1QUOA 111LA 175LA 1L46A 1G06A 1C6LA 229LA 1L35A 1LYFA 3CDOA 1L0KA 165LA 4W57A 4ARQB 3NY8A 1L17A 258LA 107LA 1C62A 160LA 251LA 1L99A 209LA 1L48A 2OE4X 120LA 1L66A 1C69A 1L56A 1PQKA 254LA 3HTDA 109LA 1T97A 187LA 1ZWNA 4W56A 119LA 3RZEA 1KY1A 4ZPUA 2RB2X 3C82A 1D3FA 122LA 257LA 1ZYTA 1QT6A 1KW7A 1DYBA 235LA 1CU5A 198LA 3GUJA 180LA 2RBPA 4GBRB 3L64A 1L64A 2OE7X 4W51A 140LA 1L28A 181LA 4I7OA 4ARMA 1QSBA 1C67A 2O79A 3HT7A 108LA 1L32A 145LA 1L95A 1KY0A 1C6EA 1CV0A 1L08A 4PJZA 4ARJA 1L82A 3GUPA 1P7SA 3CDVA 1C6TA 1C6GA 1OV5A 3OE0A 1L19A 1L85A 3G3XA 118LA 1T8FA 195LA 1L12A 3DMVA 3DNAA 1C6PA 1L25A 4YXCA 1L94A 2L78A 2B70A 1G1WA 1QT3A 1C6KA 1L27A 227LA 1G0GA 1PQIA 1DYDA 1L58A 1L63A 1G0JA 1L62A 1L45A 1QUGA 1QTBA 4EJ4A 3DN4A 191LA 3NYAA 4W55A 1XEPA 1L42A 2HUKA 4YX7C 1G07A 2QB0B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DYEA 4BAFA 1VATA 3CT5A 1LGUA 1UA6Y 4I7SA 4H9HA 2YSSC 1NWGA 1C08C 2O7AA 5LVKA 2ZIJA 1OVKA 1TCYA 4GN3A 8LYZA 1C6DA 1QTZA 223LA 1YL1X 1FKQA 4S0WA 3PBLA 4A7DA 4ARLA 1DYGA 4QGZA 5LVIA 1RCMA 2BQFA 5KXXA 4NGIA 1LZAA 4WLDA 4H94A 1L57A 1IWZA 1GFJA 1HC0A 5F14A 3AGGG 2MEBA 3FI5A 252LA 2IGCA 3V2WA 3EMLA 5LZMA 1L59A 1UIFA 1JJ0A 1ALCA 1L77A 1C6MA 1T6HA 2CWIA 1WTHA 1LYIA 1NMMA 3CDRA 1RE2A 1IWWA 1CUQA 1KW5A 1LYHA 4MSTA 1KXWA 200LA 2D6BA 3HH3A 4DD3A 1L11A 1OUGA 4XJGA 1DI3A 3A67Y 3WVYA 3UONA 3FI7A 1C6NA 3C8SA 1JTNA 1L65A 5I4XA 1G7MC 1BB3A 1G0QA 1LKSA 234LA 1XGPC 1IVMA 240LA 1B5XA 5KXLA 1DQJC 1L31A 1XEJA 3IJUA 1GB3A 4GCFA 1YKXX 1GDWA 4Z41A 3A6BY 3T6UA 4NSJA 4YXAC 2LYOA 3WXUA 3K2RA 1LJJA 5I14A 1CVKA 1UACY 4WG1A 262LA 1GB0A 4N0JA 1L15A 1FDLY 4AQNA 3SBAA 3WUNA 1XJTA 139LA 3VWOA 1CU2A 3TXDA 4B1AA 1UIHA 146LA 1LJ3A 3W6AA 4GLVA 5T3FA 5KXTA 167LA 1L40A 3HWLA 4IATA 4KPMA 1PQOA 4YEOA 5JENB 2BQBA 1Z55A 1XEKA 1LSDA 4HTQA 2ZYPA 4TSCA 3A3RX 113LA 1C63A 3P66A 1LJIA 1LW9A 5HNLA 3LHMA 1LYDA 3WYHA 3CDQA 3AZ6A 4IAPA 1CV5A 4LDLA 4OWBA 1IP2A 4TX7A 1CV1A 1L74A 1G0MA 199LA 5EBHA 5KXSA 1GXXA 1P37A 1YAPA 1YANA 1LKRA 176LA 221LA 238LA 4YF2A 1D0LA 4B4EA 2B75A 1L51A 206LA 1L88A 4W53A 4YEMA 1NHEA 2W1YA 2B5ZA 5HMJA 3D3DA 5B1GA 1OUBA 2B74A 3GUOA 3F9LA 130LA 5KXMA 1H87A 1YILA 1P3NA 3QNGA 5LA5A 4OOTA 4H92A 3HUKA 3ZEKA 2NTHA 2HUBA 1F0WA 4DDCA 5B05A 3GUNA 5F9UA 5APFA 4Z98A 2BQDA 4DWXA 4H1PA 1D3MA 1LSMA 2Q0MX 4ML7A 4RLNA 2BQHA 1QT7A 2YVBA 5FDJA 1HEOA 1KIPC 4WLTA 1HFYA 1D0MA 3HUAA 4WL6A 4GCEA 3SB9A 1LYOA 1QT8A 2B6XA 150LA 3HT6A 3W6DA 1GFEA 3SB7A 1L09A 1CV6A 170LA 3B0KA 1V7SA 4NGJA 4DQJA 3L2XA 2OU0X 216LA 135LA 4WM3A 1LZ6A 2BQLA 4ET8A 103LA 1XGRC 4B0DA 1JKBA 1T8GA 162LA 2OE9X 1L90A 1UICA 1LZEA 186LA 4LFXA 156LA 1INUA 2ZQ3A 1L13A 1B5ZA 2IHLA 3HT9A 4NHPA 4NWHA 4ETCA 1WTMA 1IP3A 125LA 1KIQC 1C6AA 215LA 142LA 1CV4A 1YKYX 4PRUA 1OUHA 1PQDA 3CT0A 3B0OA 2DKVA 2RSCA 2LYZA 4EXMA 1DKKA 3C7ZA 1LOZA 1L76A 1KXYA 4DAJA 4WOAA 1J1OY 1SWZA 7LZMA 2Z2FA 3M3UA 5APCA 3LZMA 1LSBA 2G4NA 1HSWA 3AYQA 1IR7A 1DPXA 1F6RA 174LA 3P64A 1T3PA 1L61A 3B0IA 5I5QA 2IFFY 1FN5A 111LA 5LVJA 1KIRC 1L35A 229LA 3CDOA 258LA 120LA 1B7LA 1GB8A 1PQKA 1WQQA 3HBHA 1WTNA 1HFZA 1ZWNA 1GE1A 3TMUA 3A3QA 4NSHA 4HV1A 3C82A 3M18B 1UBZA 1KW7A 2F4AA 1JIYA 180LA 2I26L 5M1YA 2Z19A 1OUAA 1C67A 1JKDA 1C6EA 1CV0A 1L08A 1HHLA 1B7PA 4NSGA 3G3XA 1C6PA 1UIGA 1L27A 1NBZC 1HERA 4NGYA 227LA 1L63A 4G4BA 1QTBA 1LZ4A 4DQ5A 1I20A 4KT3A 191LA 3NYAA 1XEPA 1L42A 2HUKA 3WPJA 4YX7C 1L87A 1L41A 5ILCA 4H9EA 1IIZA 1MLCE 1PZYA 1CKGA 4II8A 3C81A 4LFPA 1OVJA 1L00A 244LA 1L98A 164LA 2B6YA 1NF5A 232LA 4XJIA 1CKDA 1B0DA 177LA 4NG8A 1BB4A 4GCDA 4LT3A 3G3BB 3EBAB 1LMAA 1UCOA 1T8AA 217LA 1B5VA 1GFVA 4LDEA 4TWSA 169LA 1DYFA 2ANXA 4PGJB 4ETBA 1SSYA 2ZNXY 5DM9A 4M6DA 5C6JA 1JITA 1REYA 149LA 5FEKA 3HT8A 1IX0A 3OE8A 3TMWA 1QTDA 1GB9A 2MEGA 1OUJA 1C6FA 3DN3A 2BQOA 2Z12A 1UIDA 2LZMA 1AM7A 4L41A 2WARA 1LZRA 2H9KA 3W6FA 3GULA 1UIEA 1L16A 1GBSA 1L68A 1L04A 1B7MA 1GPQC 2XQOA 5LINA 2VB1A 182LA 4UWNA 4XENA 2B6TA 2F4GA 1SQ2L 4I7RA 1UC0A 2EKSC 1LPYA 1LZTA 2YBHA 4B49A 1CKFA 1IWUA 1FLQA 1G0KA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1DYE A;  4BAF A;  1VAT A;  3CT5 A;  1LGU A;  1UA6 Y;  4I7S A;  4H9H A;  2YSS C;  1NWG A;  1C08 C;  2O7A A;  5LVK A;  2ZIJ A;  1OVK A;  1TCY A;  4GN3 A;  8LYZ A;  1C6D A;  1QTZ A;  223L A;  1YL1 X;  1FKQ A;  4S0W A;  3PBL A;  4A7D A;  4ARL A;  1DYG A;  4QGZ A;  5LVI A;  1RCM A;  2BQF A;  5KXX A;  4NGI A;  1LZA A;  4WLD A;  4H94 A;  1L57 A;  1IWZ A;  1GFJ A;  1HC0 A;  5F14 A;  3AGG G;  2MEB A;  3FI5 A;  252L A;  2IGC A;  3V2W A;  3EML A;  5LZM A;  1L59 A;  1UIF A;  1JJ0 A;  1ALC A;  1L77 A;  1C6M A;  1T6H A;  2CWI A;  1WTH A;  1LYI A;  1NMM A;  3CDR A;  1RE2 A;  1IWW A;  1CUQ A;  1KW5 A;  1LYH A;  4MST A;  1KXW A;  200L A;  2D6B A;  3HH3 A;  4DD3 A;  1L11 A;  1OUG A;  4XJG A;  1DI3 A;  3A67 Y;  3WVY A;  3UON A;  3FI7 A;  1C6N A;  3C8S A;  1JTN A;  1L65 A;  5I4X A;  1G7M C;  1BB3 A;  1G0Q A;  1LKS A;  234L A;  1XGP C;  1IVM A;  240L A;  1B5X A;  5KXL A;  1DQJ C;  1L31 A;  1XEJ A;  3IJU A;  1GB3 A;  4GCF A;  1YKX X;  1GDW A;  4Z41 A;  3A6B Y;  3T6U A;  4NSJ A;  4YXA C;  2LYO A;  3WXU A;  3K2R A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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