3P68A

Time-dependent and protein-directed in situ growth of gold nanoparticles in a single crystal of lysozyme
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title Time-dependent, protein-directed growth of gold nanoparticles within a single crystal of lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2010-10-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3p68A00
3TXEA 1REZA 1FLYA 2IHLA 3TMVA 1GBSA 4BAPA 3A6BY 5LVHA 1IWUA 1IR9A 2XBSA 1JJ1A 1BQLY 1BB7A 1LYSA 4OWEA 1B7MA 1GE3A 4TSCA 3IWRA 3J6KA 1CJ7A 1LPIA 5L3IA 4PGJB 1GF9A 1D0KA 1NDMC 3WVXA 4YM8A 4XJBA 4DDBA 1WQMA 1WVUA 3P4ZA 1HEPA 1LHMA 3B0KA 1UCOA 2I25L 5LA5A 1LHJA 1JTPL 1UA6Y 1LMAA 1GDWA 5KXZA 2ZYPA 4HJZA 1DQJC 1LZGA 4GLAA 4HSFA 2D4IA 2YBHA 5F9XA 5I4XA 1GDXA 1I56A 1HFYA 1B5XA 5D5FA 1BWIA 3A96A 3AZ6A 4IJ4A 2EPEA 4GCDA 4DWXA 2ZNXY 1XSFA 134LA 2ZYCA 4KPMA 1HEMA 1GBYA 1GB5A 3WU7A 4LT0A 5LAGA 2ZQ3A 1XGPC 2LYMA 5I4WA 1UIEA 1YKYX 4HTQA 2HEDA 4RW2A 4M4OA 1QUSA 4NWHA 4PJ2C 5AMYA 1NHEA 1IWXA 1GB8A 3B6LA 193LA 1LHLA 1OUEA 3OK0A 3WPKA 4I0CA 3AZ5A 5APDA 1OUIA 4Z41A 4WM1A 1CJ6A 1GHLA 4XENA 133LA 1RE2A 1FDLY 2BQEA 1LSZA 1LOZA 1IP6A 1XGUC 4NY5A 1C10A 4NHIA 1TBYA 1GFGA 4MSTA 1NF5A 1LMCA 2NWDX 2PC2A 1VFBC 5DM9A 5L3HA 3ZVQA 1JUGA 3A94A 1LZ5A 1AT5A 4ZIXA 3RZ4A 2LZTA 1FBIX 2YVBA 1HEQA 3CT5A 4OOOA 4WO6A 5B06A 1D0MA 208LA 5KXYA 2C8PA 1YAPA 1BVXA 2HUBA 4Z46A 6LYTA 4NGLA 1BB5A 4AXTA 4XJFA 1QTEA 1LYYA 2HTXA 3W6AA 5KXKA 4LFPA 5LXWA 1LMQA 3AW7A 1GB0A 4GN4A 4OWHA 3AJNA 1B5UA 1JPOA 1VAUA 4NG8A 1QQYA 2D6BA 1G7MC 3W6CA 1YL0X 3LYOA 4H9HA 1GFHA 5FSTA 2BQBA 6LYZA 1GB3A 4WO9A 5FHWA 3LHMA 2BQNA 5I4YA 3WULA 1T3PA 3CSQA 3GXRA 4YEOA 5KXSA 4C3WA 5LVJA 4WM4A 2ZWBA 1EQ5A 2H9JA 4XJHA 4B49A 4MCKA 2YDGA 4B4JA 4LFXA 2MECA 4DD9A 3A8ZA 5LAFA 1IIZA 3G3BB 1NWGA 4DT3A 5C6LA 1LHIA 1WQNA 5APEA 1B2KA 1HFZA 1XGQC 1LSNA 2W1XA 1KIQC 3B72A 3WUMA 4ET8A 1B0DA 1FKVA 1LTMA 3ATNA 1B5YA 1VDQA 4N1EI 1CKHA 3CSZA 1IOTA 1A2YC 1CKDA 1LMNA 2LHMA 1GBOA 4TWSA 5LYZA 4J1AA 1MELL 4WM5A 5FELA 1V7TA 1DKJA 4YOPA 1GFTA 1UIFA 3WU9A 4HTNA 4H8YA 3LZTA 4DC4A 4NG1A 1T6VL 4NHPA 4B4IA 1GD6A 2Y8PA 1JTTL 4B4EA 2ZIJA 1IVMA 1LKRA 1REMA 4WLDA 3WUAA 4IASA 1IOQA 4G49A 135LA 1LJJA 4ANRA 4TX7A 1KXXA 2BLXA 1DI4A 4OW1A 3CQLA 1IP4A 3RT5X 4PRQA 1PZYA 4II8A 4DD2A 1GBXA 3CT0A 4DDCA 1LZEA 5KXXA 5E4PA 5HQ1A 2F2NA 3FE0A 3TXDA 1J1OY 1CJ8A 2VB1A 3CB7A 4L41A 2MEFA 1D0LA 1JSFA 2BQMA 1GFUA 1C43A 1B7SA 4LT1A 1JIYA 4WOAA 4H94A 3WVYA 3LYZA 5DL9A 5K7OA 1LSYA 5LA8A 1GBZA 4RLMA 3K3TA 1V7SA 4NIJA 4BAFA 1LCNA 2BLYA 2G4NA 1QDRA 1QSWA 3P65A 4LYZA 4WLYA 4TUNA 4CFPA 4PPOA 1WQPA 1GF4A 4LYCA 5LINA 3ATOA 3CT1A 3LYMA 2X0AA 4AGAA 1TCYA 1GFEA 4H92A 1G7HC 1GF7A 1CJ9A 4GLVA 3TMWA 4E3UA 1IWYA 4YEMA 4HV2A 5B07A 2F4AA 3TMUA 1UC0A 1IC5Y 1JTOL 1ZV5L 1C7PA 4Z3MA 1B7NA 1LKSA 1GFRA 1REXA 1XGRC 1YQVY 4NFVA 1UACY 1D9UA 1XGTC 3CSRA 1LSAA 1LZDA 4OWAA 1WQOA 3M3UA 1SLYA 1YKXX 1Z55A 2XTHA 4W96A 5LVGA 1JSEA 2I6ZA 4H90A 5HMVA 4YENA 1HF4A 3A3QA 4H9BA 2DQCY 1QSAA 1LMTA 1NBZC 1PS5A 2BQJA 4ML7A 3TXFA 4B1AA 4HPEA 4TTDA 1BHZA 4XJDA 1LZSA 4GN3A 5KXWA 4LT3A 4WLTA 4OWBA 4YF2A 1F6SA 1GB7A 1F0WA 4DD3A 5FDJA 4HTKA 1XEIA 1IWWA 1HHLA 3P68A 3WXUA 1JJ3A 4NHQA 4DD0A 2RSCA 2MEIA 2C8OA 4KXIA 3KAMA 1IC7Y 1LYOA 2BQIA 1HERA 3TXJA 1IOCA 1DXJA 2DQHY 1YILA 1ZMYL 3HBDA 207LA 4LYTA 4N9RA 3TXHA 2DQFC 2EQLA 1LSFA 2FYCA 4XADA 4XYYA 4NGYA 1LZ6A 1GPQC 3B0OA 4G4CA 1LHHA 3QNGA 5JENB 1QUTA 3QE8A 1CKGA 1I20A 3WPJA 4XN6A 3G3AB 1IR7A 1D6QA 1JISA 4EMNA 1IWZA 1J1PY 3W3EA 2HU3A 1B7OA 1ZVHL 3W6FA 4W94A 1G7LC 2F4GA 1FLUA 2YBLA 2HECA 4NGWA 1EQ4A 5LYMA 2DKVA 2EIZC 4NSHA 1IP5A 1AT6A 1TEWA 1J1XY 2HEEA 5LVKA 1HC0A 1NQIA 2AUBA 2H5ZA 1LSCA 3A92A 4RLNA 1GB6A 1LSBA 5F9UA 1QTKA 1YANA 4GCFA 1GXXA 5KY1A 2H9KA 4QGZA 1GEVA 4TSBA 3WW5A 4CJ2A 5IHGA 4Z98A 2BQOA 5DLAA 153LA 1IOSA 4NGZA 3WYHA 1GF8A 1IWTA 1LZTA 1UBZA 3EXDA 2YBJA 3ULRA 1F10A 1RJCB 4NGKA 2LYZA 4ET9A 1JEFA 4RDSA 1IP7A 1GE2A 1YAQA 5LVIA 3M18B 4QEQA 1HMLA 2W1YA 2Z18A 4HJVA 1GB9A 1IY3A 2BQDA 1BGIA 2D91A 1OUGA 1GF5A 1UIAA 1GWDA 1HSWA 2A7DA 1YL1X 1B5ZA 1WTMA 2CJLA 4UWNA 4WM6A 1KXWA 1UUZC 1LAAA 5FEKA 5B1GA 3AGIA 2DQIY 4CHXA 4ETEA 2CWIA 1RCMA 1LYZA 3TXIA 1VDPA 3FI7A 3LN2A 3F6ZA 1SQ2L 1YROA 1P2CC 5J7CA 2LYOA 2CGIA 1LZYA 5LYTA 5M1YA 1WVVA 1NKHA 1IY4A 1LJKA 5IDDA 7LYZA 1OP9B 5A3ZA 1B7RA 1LMPA 1VEDA 4BADA 1BWJA 1CKFA 4OOTA 5APFA 4NGJA 4BS7A 1FN5A 1GBWA 1IP2A 1QDTA 2BQCA 2GV0A 2MEEA 1IX0A 1C45A 3HBEX 1LSPA 4G4BA 3A91A 3HFMY 3WUNA 2ZQ4A 4NGIA 4B0DA 5A3EA 4N1CC 1FLQA 2MEDA 1HSXA 1LJEA 1OUDA 4N0JA 4H9AA 5F81A 3WH1A 4GCBA 5KKJA 1NDGC 2G4PA 3T36A 1AKIA 1UIBA 2ZILA 3EMSA 1LJ3A 1IP1A 1LJ4A 1AM7A 1BB3A 1GFJA 4WG1A 1AZFA 3A93A 5HNCA 1B7PA 4IATA 1IORA 4D9ZA 4HP0A 2CDSA 1A4VA 4HPIA 1ALCA 4HV1A 1DI3A 1RFPA 3TXBA 1E8LA 1LJGA 1LSEA 1W6ZA 4HJYA 3W6DA 4QDNA 3SP3A 2G4QA 1NMMA 2BQLA 2BQFA 4U3XB 1HMKA 4NHTA 4ZFPA 1H87A 4XJGA 1BWHA 3IJUA 4PRUA 4WMGA 3BKHA 1JHLA 1HFXA 194LA 1KIPC 3P64A 2BPUA 2MEBA 1LZ1A 1XEKA 4FDYA 4ZEEA 5KJ9A 2XBRA 3AW6A 4J7VA 2Z19A 3TXKA 3RW8A 4G9SA 1H6MA 1LZ8A 1JITA 1IWVA 1B7LA 2WARA 2YBIA 3A67Y 1C46A 2DQDY 1HEOA 2DQJY 3EO5A 1HNLA 1WTNA 4H9EA 2FBBA 1LZAA 1WQQA 4P2EA 1LSDA 1XEJA 4WLXA 3AZ4A 4ETCA 4O34A 2F30A 5D5CA 1TDYA 4J1BA 1B5WA 4DDAA 1JKBA 4OWCA 1UIDA 3VWOA 3P66A 3WW6A 1OQMA 1EQEA 4NSIA 4H9CA 4RW1A 5C6IA 4WL6A 2DQGY 3AGHA 4H8XA 4LYOA 3WPLA 5KKIA 1G7JC 1OUFA 1W08A 1GXV2 1OUAA 1I1ZA 1XFPL 5I53A 4QY9A 5C6JA 4R0FA 1RI8B 4KL7A 3N9CA 5KXNA 1VDSA 2FYDA 1OUHA 4G4HA 1JKDA 1NBYC 1HEWA 1LZCA 2FBDA 3GXKA 4LYMA 5B59A 4M6DA 3LZ2A 1QIOA 3N9EA 4I8SA 4DD7A 3AYQA 4GN5C 3TXGA 2Q0MX 3HBHA 3A3RX 2MEAA 2MEGA 5I5QA 1LJNA 1B9OA 2EKSC 5DN5A 1LJFA 2BQAA 1IR8A 1IO5A 2IFFY 1GF6A 3ZVQB 2HEAA 4WL7A 5HLLA 1VATA 3ZEKA 3LYTA 1EL1A 4H8ZA 5KXLA 1DZBX 1UIHA 2XJWA 2DBTA 5B1FA 4LZTA 132LA 2B5ZA 5KXRA 1LZ9A 2HU1A 1LHKA 1LJHA 2D4JA 2D4KA 4GCEA 4H9FA 4R6CA 4NSGA 4LT2A 5FCPA 3D3DA 4H93A 5DN4A 2BAAA 3A6CY 3AGGG 1OUBA 3EBAB 3D9AC 3A34A 1GE1A 3T6UA 4DYGA 1BB6A 4PHIA 1GF3A 1GE0A 1UICA 4A7DA 4KT3A 1IC4Y 3TMXA 3W6BA 5E9RA 4C5FA 1GAYA 4H91A 5APCA 154LA 1F6RA 5HMJA 5EBHA 1HELA 4H9IA 3WL2A 3W6EA 4NEBA 3QY4A 3RNXA 4WG7A 5IELA 1LZ4A 2YSSC 1G7IC 1FLWA 1DPWA 4NSJA 1JKAA 4CFOA 1D6PA 2Z39A 4NGOA 3IJVA 4XJIA 3E3DA 2ZNWY 1YAOA 1OUJA 2BQKA 4ETAA 4H1PA 1N4FA 1JWRA 1VDTA 3BKVA 1B5VA 1O23A 2Z38A 4WM3A 4NGVA 4EOFA 4LGKA 1JJ0A 4J0LA 1INUA 2BQHA 3WU8A 1GF0A 4ETDA 5B05A 1DKKA 4UWVA 4UWUA 2HEFA 1LSMA 1C08C 2Z2FA 1LZRA 3N9AA 1B7QA 4X3BA 1WQRA 1LSGA 4NWEA 1JKCA 4FJRA 4MR1A 1GFKA 3WMKA 1GE4A 4LYBA 2BQGA 4NHSA 3B0IA 5F16A 5II3A 2I26L 2MEHA 3RU5A 2LZ2A 2ZIKA 1GB2A 1LZBA 1UIGA 4N8ZA 5KXPA 4ETBA 1IP3A 4WM2A 1GEZA 5F14A 4DD1A 2W1MA 3AZ7A 2A7FA 1LZNA 4CGEA 1OUCA 1BVKC 5T3FA 4GCCA 2W1LA 3A90A 1YKZX 5LIOA 2Z2EA 1DI5A 2DQAA 1BB4A 9LYZA 1GFVA 1FKQA 5KXMA 1GAZA 5KXTA 5KXOA 1CKCA 2HEBA 1KIRC 1REYA 1TAYA 5ILCA 5L9JA 1MLCE 1KXYA 1CNSA 5ILFA 2Z12A 1IEEA 1LMOA 2YBMA 3MGWA 1YAMA 1GFAA 3OJPA 1YIKA 3WXTA 1ZVYB 2N5ZA 3A95A 3J4GA 1LJIA 2DQEY 1DPXA 5HNLA 4N5RA 5I54A 3AB6A 1HENA 2Z37A 2YBNA 8LYZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1REZA 4BAPA 2XBSA 3C83A 1JJ1A 3SBAA 1LPIA 4DDBA 1LHMA 1UCOA 1DYEA 2ZYPA 4HJZA 1L93A 2YBHA 4IJ4A 2EPEA 1C66A 134LA 3WU7A 1CU2A 3HUAA 4HTQA 2HEDA 2OU9A 3FADA 1IWXA 3GUJA 225LA 4MSTA 1NF5A 6LZMA 3RZ4A 1FBIX 168LA 4WO6A 1D0MA 1L18A 1L33A 6LYTA 4AXTA 1L57A 2HTXA 5KXKA 4DQ7A 4OWHA 1G0PA 1B5UA 126LA 1QQYA 1C6FA 1L81A 6LYZA 5FHWA 3LHMA 2BQNA 1T3PA 5KXSA 4WM4A 2ZWBA 1L30A 130LA 2MECA 146LA 1IIZA 1LHIA 3QAKA 1HFZA 1LSNA 169LA 1LTMA 3CSZA 1CKDA 235LA 2RBNA 4LZMA 4H8YA 4DC4A 3UONA 1GD6A 4DAJA 1IVMA 3WUAA 4G49A 2BLXA 2ANVA 3CQLA 4OW1A 1IP4A 3RT5X 1D3MA 5HQ1A 170LA 3TXDA 4L41A 1CUQA 4LT1A 3WVYA 3LYZA 3K3TA 1T8FA 4WLYA 3HT7A 4PPOA 1WQPA 4I7MA 3RUNA 3ATOA 1LW9A 2X0AA 1TCYA 1CJ9A 1IWYA 1L45A 4W51A 4I7SA 2O7AA 1B7NA 1REXA 1YQVY 1UACY 1D9UA 1XGTC 148LE 3CSRA 1Z55A 5HMVA 3A3QA 4LDEA 2DQCY 1P36A 1LMTA 3C80A 4B1AA 1BHZA 1L62A 4EJ4A 1L52A 4OWBA 1P64A 3DN2A 3P68A 2RSCA 2MEIA 2RH1A 2CUUA 1IC7Y 1DXJA 3HBDA 1G0LA 4LYTA 4N9RA 3DN6A 3TXHA 2OE7X 1LSFA 1L43A 1LZ6A 5JENB 3L2XA 1CKGA 161LA 3V2WA 1ZVHL 4W94A 2F4GA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3TXE A;  1REZ A;  1FLY A;  2IHL A;  3TMV A;  1GBS A;  4BAP A;  3A6B Y;  5LVH A;  1IWU A;  1IR9 A;  2XBS A;  1JJ1 A;  1BQL Y;  1BB7 A;  1LYS A;  4OWE A;  1B7M A;  1GE3 A;  4TSC A;  3IWR A;  3J6K A;  1CJ7 A;  1LPI A;  5L3I A;  4PGJ B;  1GF9 A;  1D0K A;  1NDM C;  3WVX A;  4YM8 A;  4XJB A;  4DDB A;  1WQM A;  1WVU A;  3P4Z A;  1HEP A;  1LHM A;  3B0K A;  1UCO A;  2I25 L;  5LA5 A;  1LHJ A;  1JTP L;  1UA6 Y;  1LMA A;  1GDW A;  5KXZ A;  2ZYP A;  4HJZ A;  1DQJ C;  1LZG A;  4GLA A;  4HSF A;  2D4I A;  2YBH A;  5F9X A;  5I4X A;  1GDX A;  1I56 A;  1HFY A;  1B5X A;  5D5F A;  1BWI A;  3A96 A;  3AZ6 A;  4IJ4 A;  2EPE A;  4GCD A;  4DWX A;  2ZNX Y;  1XSF A;  134L A;  2ZYC A;  4KPM A;  1HEM A;  1GBY A;  1GB5 A;  3WU7 A;  4LT0 A;  5LAG A;  2ZQ3 A;  1XGP C;  2LYM A;  5I4W A;  1UIE A;  1YKY X;  4HTQ A;  2HED A;  4RW2 A;  4M4O A;  1QUS A;  4NWH A;  4PJ2 C;  5AMY A;  1NHE A;  1IWX A;  1GB8 A;  3B6L A;  193L A;  1LHL A;  1OUE A;  3OK0 A;  3WPK A;  4I0C A;  3AZ5 A;  5APD A;  1OUI A;  4Z41 A;  4WM1 A;  1CJ6 A;  1GHL A; 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 3WL2 A;  3W6E A;  4NEB A;  3QY4 A;  3RNX A;  4WG7 A;  5IEL A;  1LZ4 A;  2YSS C;  1G7I C;  1FLW A;  1DPW A;  4NSJ A;  1JKA A;  4CFO A;  1D6P A;  2Z39 A;  4NGO A;  3IJV A;  4XJI A;  3E3D A;  2ZNW Y;  1YAO A;  1OUJ A;  2BQK A;  4ETA A;  4H1P A;  1N4F A;  1JWR A;  1VDT A;  3BKV A;  1B5V A;  1O23 A;  2Z38 A;  4WM3 A;  4NGV A;  4EOF A;  4LGK A;  1JJ0 A;  4J0L A;  1INU A;  2BQH A;  3WU8 A;  1GF0 A;  4ETD A;  5B05 A;  1DKK A;  4UWV A;  4UWU A;  2HEF A;  1LSM A;  1C08 C;  2Z2F A;  1LZR A;  3N9A A;  1B7Q A;  4X3B A;  1WQR A;  1LSG A;  4NWE A;  1JKC A;  4FJR A;  4MR1 A;  1GFK A;  3WMK A;  1GE4 A;  4LYB A;  2BQG A;  4NHS A;  3B0I A;  5F16 A;  5II3 A;  2I26 L;  2MEH A;  3RU5 A;  2LZ2 A;  2ZIK A;  1GB2 A;  1LZB A;  1UIG A;  4N8Z A;  5KXP A;  4ETB A;  1IP3 A;  4WM2 A;  1GEZ A;  5F14 A;  4DD1 A;  2W1M A;  3AZ7 A;  2A7F A;  1LZN A;  4CGE A;  1OUC A;  1BVK C;  5T3F A;  4GCC A;  2W1L A;  3A90 A;  1YKZ X;  5LIO A;  2Z2E A;  1DI5 A;  2DQA A;  1BB4 A;  9LYZ A;  1GFV A;  1FKQ A;  5KXM A;  1GAZ A;  5KXT A;  5KXO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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