1WTMA

X-ray structure of hew lysozyme orthorhombic crystal formed in the earth's magnetic field
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title Structural consequences of hen egg-white lysozyme orthorhombic crystal growth in a high magnetic field: validation of X-ray diffraction intensity, conformational energy searching and quantitative analysis of B factors and mosaicity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 50
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-11-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1wtmA00
1WVUA 5I54A 207LA 3EMSA 1YAPA 1TEWA 1LZEA 3HBDA 3LN2A 1LZYA 1DPWA 1GFTA 3A3RX 1LHHA 4LT1A 4WG7A 4LYTA 1T6VL 2BQFA 5L3HA 2B5ZA 1IR8A 4AXTA 3N9CA 2LYZA 3P64A 4ETDA 1IC4Y 4H92A 5KXKA 3AB6A 1FLUA 4P2EA 4N8ZA 4BADA 1JUGA 3WUMA 5D5CA 3RNXA 1RJCB 1GFHA 5F9UA 1E8LA 1HEMA 1IWWA 1B9OA 1GFJA 1IO5A 1LZGA 1B5YA 1XEKA 1IOTA 2HTXA 3TXIA 1HFYA 4H1PA 2HEBA 5KXXA 4LZTA 4BAFA 3SP3A 1GF7A 2EIZC 3ATOA 4OWBA 1YL0X 4UWUA 1IWXA 1UACY 3A90A 5F81A 3LYTA 4DT3A 4XN6A 3TXJA 1HC0A 5LXWA 4O34A 1DQJC 1UICA 3M3UA 3OK0A 1OUFA 2FBDA 2DQDY 1GFRA 3J4GA 3FI7A 1IR7A 2F4GA 2BQKA 2HECA 1LHLA 1RFPA 1I56A 1C43A 1LZ5A 1LSZA 1V7SA 3TXEA 4WO6A 1GDWA 1XGTC 2W1YA 4HJYA 4CFPA 2HEDA 1NMMA 4PRUA 4I8SA 5B59A 2CJLA 4MCKA 1PS5A 1C7PA 1RCMA 3AZ4A 1HMLA 3AZ5A 4KL7A 3A96A 1IWTA 1LZ1A 4GN5C 4H9IA 5FEKA 3HBEX 1CKHA 1OQMA 4WM2A 5B1GA 1GE1A 3B72A 4WO9A 1FBIX 1QUSA 5LVIA 4ETCA 4Z98A 2BQNA 1CKFA 3T36A 3RW8A 1VDSA 3CT5A 3MGWA 4NGWA 1GFGA 3LZ2A 1LJEA 4DD2A 1D6QA 2DQIY 3WW6A 5IELA 1CJ7A 1B7RA 2ZIKA 1BB6A 4TUNA 2YBLA 1DI4A 2BQAA 1OUAA 2DQCY 4FDYA 4LT3A 4NWHA 1JJ1A 3ZVQB 4CJ2A 2BQDA 3IWRA 5LA5A 1NBYC 4NHIA 1HERA 4KT3A 4H9BA 3B6LA 193LA 1LMAA 1LJHA 3D3DA 4XJBA 2HU1A 3AGIA 4NGKA 2DKVA 132LA 1GB5A 1GFEA 1LSYA 2CDSA 2LHMA 4LFPA 1IWYA 5HMVA 4R0FA 1B7QA 1EQEA 2D91A 1JWRA 1AM7A 1JKAA 1HEQA 3P65A 1TCYA 1GFUA 2DQFC 2Z2FA 3IJVA 1UBZA 4GCFA 4LYCA 4Z46A 4BS7A 2MEDA 3WU8A 4WLYA 5FCPA 1DI3A 1CJ9A 3BKHA 2F2NA 5KXOA 1BQLY 1VFBC 4I0CA 4L41A 4B49A 1JKCA 1H87A 2BQJA 2EPEA 3B0IA 3B0OA 4WLXA 4XJFA 1LJNA 1GB9A 1OUIA 1GFVA 1HENA 2ZIJA 2ZQ4A 1B5XA 2BAAA 5KXLA 1DKJA 1KIQC 4GCBA 1KIPC 2I6ZA 1LZDA 3OJPA 1SLYA 1UIHA 2A7FA 4G4HA 4X3BA 3WUNA 5A3ZA 1IP4A 1J1PY 4H9FA 4NGJA 3A6BY 4WLTA 1IOSA 1PZYA 3A67Y 5KXNA 1GB7A 4HSFA 5DN4A 2CWIA 3ULRA 1GXXA 1LHIA 1LKSA 1FN5A 2YBJA 8LYZA 5M1YA 1JSEA 1GBXA 1UIAA 4N1EI 1LZ9A 4RW1A 1LSCA 2AUBA 4C3WA 1B7MA 1IWZA 1LSGA 1YL1X 2HEEA 3A94A 4WM1A 2DQAA 4XJDA 4DYGA 3A95A 5DN5A 5E9RA 4H9AA 1JTPL 4GLVA 4IASA 1ZV5L 5LYZA 1HMKA 4RW2A 5APFA 4MSTA 1LSPA 1MELL 1DZBX 4LYZA 5B07A 1FLYA 3RZ4A 4NSGA 1YKXX 1UC0A 1W6ZA 2MEIA 2I25L 1XFPL 5LINA 1TDYA 4YENA 4EMNA 1WTMA 4Z3MA 1REXA 4GLAA 1UA6Y 1Z55A 2MEAA 1IP2A 3BKVA 3VWOA 1HFXA 1IORA 1GBWA 3WU7A 4H91A 2Z37A 1LJ3A 3LYMA 1QUTA 4TX7A 5IDDA 4HJZA 4WL6A 5C6JA 5ILFA 3WUAA 1UIGA 1YANA 2Z39A 3A8ZA 1INUA 2ZQ3A 3J6KA 3TMUA 4DWXA 2DQEY 1WQMA 1SQ2L 4OOOA 3WH1A 1OUJA 4HTKA 2I26L 1NKHA 3WW5A 133LA 5APEA 5I4YA 1GF6A 1CNSA 4PHIA 3AZ6A 9LYZA 4G4CA 1FLQA 4B4IA 1I20A 5LVGA 2BQCA 2YDGA 5D5FA 1LZCA 1OUDA 4PRQA 1RI8B 4E3UA 5HLLA 5KJ9A 1IX0A 3QNGA 1GF3A 3F6ZA 1GB2A 3A91A 1QSWA 1FKQA 1XEIA 1LJIA 1LMPA 4B1AA 1LJJA 2YVBA 1YILA 4HP0A 4DD0A 1GE2A 2Q0MX 4B0DA 4LYOA 3KAMA 1JHLA 4NGIA 5APDA 3TXGA 1WTNA 2LZTA 2W1XA 5B1FA 4NIJA 4M6DA 5KKIA 1QTEA 5LAGA 3TMVA 2HEFA 1REZA 4J7VA 1MLCE 4NWEA 1FLWA 1LMTA 3HBHA 1FKVA 2BQGA 1F0WA 1B2KA 5LIOA 2ZNWY 2ZYCA 5KXRA 4OOTA 2Z12A 5ILCA 1P2CC 4NHSA 4G49A 3P4ZA 4XENA 1BB7A 5LYTA 1QTKA 1GBYA 1AT5A 4TSBA 1BWIA 3M18B 2BLYA 3EXDA 4OWAA 1W08A 2BQEA 5FHWA 1VDPA 4H8ZA 1LZTA 2HU3A 5KXYA 1GE3A 1XEJA 2Z38A 2D4JA 3CB7A 5I4XA 5KXWA 2LZ2A 3AJNA 1TBYA 1F6RA 1XGPC 1GB6A 3N9AA 1WQPA 4TSCA 1JKDA 4DDCA 2HUBA 5KXTA 6LYZA 1BVXA 3TMXA 208LA 1LMOA 4GCCA 4CHXA 5FDJA 4UWNA 5LAFA 3CT0A 1BGIA 2MEBA 3CSZA 4WM3A 5E4PA 1NF5A 4NSHA 1OUBA 5DL9A 4OWHA 5EBHA 1JJ0A 1LZ6A 3EBAB 2EQLA 2YBHA 1D0LA 2X0AA 1VAUA 2XJWA 5F16A 5FELA 2N5ZA 4QDNA 1GEVA 1UIFA 4EOFA 3ZEKA 4HTNA 1C08C 2C8PA 2D4IA 4N1CC 2MEHA 4WMGA 1B7SA 1LSBA 2F30A 2Z2EA 4IJ4A 4OWEA 1HF4A 1LYSA 1LHJA 1IP6A 1JITA 1QIOA 1YIKA 4NFVA 1GE4A 3CQLA 5F9XA 4J0LA 1IWVA 4NHPA 3WPKA 1LCNA 1IP7A 2BPUA 2RSCA 3AYQA 3N9EA 3QE8A 4H9CA 2Z18A 1HEWA 1GFAA 2MEGA 3LYZA 4RLNA 3W6EA 2DQGY 1D6PA 3WMKA 1LSNA 2NWDX 5LYMA 1DXJA 1LZAA 4YEMA 1LZRA 4W96A 5HNCA 1GBOA 5KY1A 2HEAA 3LHMA 4M4OA 1REMA 1YQVY 3W6DA 3W6BA 1LHKA 4CFOA 4ZFPA 1LYOA 1HSWA 4AGAA 5KXMA 1BWJA 4UWVA 1LSEA 5KXZA 3G3BB 1UIBA 1WQQA 4WOAA 4C5FA 4DD1A 1A2YC 4NHQA 3LZTA 4NSJA 5AMYA 1GAZA 5C6LA 1LSDA 1TAYA 2PC2A 1WQOA 3D9AC 4ANRA 5II3A 1QQYA 1IP1A 1A4VA 1LSFA 2F4AA 1B7PA 1JKBA 1HELA 1BHZA 1YAMA 4YF2A 1C46A 1DI5A 4ZEEA 1IP3A 1KXYA 1ZMYL 1ZVHL 4QY9A 3ZVQA 5JENB 4ZIXA 1OUHA 2LYMA 1LJ4A 2BQHA 4TWSA 135LA 4NGVA 3A34A 1NQIA 4ET9A 1B5ZA 2ZILA 4NGZA 5IHGA 3AW6A 5KKJA 4WM6A 1LZSA 4HTQA 3G3AB 3AGHA 134LA 4J1AA 2IHLA 5KXSA 1GF9A 2YBNA 1JTTL 1JISA 1DPXA 1UIEA 4WG1A 3A6CY 4NG8A 7LYZA 1NBZC 1G7JC 1G7HC 4PGJB 1QDTA 4NHTA 5LVHA 1KIRC 4GN3A 6LYTA 1LMCA 4RLMA 3A3QA 1IVMA 3W6FA 2BQIA 3P68A 1QSAA 4WLDA 1D0MA 4G4BA 1JEFA 1O23A 1GDXA 5I5QA 5HQ1A 1VEDA 2MEFA 3T6UA 4YM8A 4H94A 4LT2A 1G7LC 5A3EA 1CKDA 3TXHA 2G4NA 1LYYA 5DLAA 2LYOA 1XGQC 1GF8A 2CGIA 4II8A 5LVJA 1YROA 4CGEA 5C6IA 1G7MC 1OP9B 4ML7A 2D6BA 5B05A 1GBSA 1B7LA 1JIYA 1CJ6A 3HFMY 4Z41A 2C8OA 3CT1A 1BWHA 1F6SA 3A93A 4N5RA 1B5VA 1REYA 1IOCA 2A7DA 4OWCA 5I53A 3WXTA 4DD3A 5F14A 1YAQA 2VB1A 1LKRA 1D9UA 1HEPA 1BB5A 4ET8A 1AZFA 1GEZA 4DD7A 3AZ7A 2G4QA 1N4FA 1LSAA 4ETEA 4XJHA 4WM4A 2EKSC 5K7OA 5B06A 5HMJA 1LMQA 3WVXA 4YOPA 2DQJY 2ZNXY 2YBIA 2H9JA 1OUCA 1GF5A 1GF0A 2GV0A 5L9JA 5DM9A 1JSFA 1GBZA 1GXV2 1WQRA 1XGUC 1HHLA 5LA8A 1GB3A 1EQ5A 2Z19A 4WL7A 5J7CA 1ALCA 4H8YA 5L3IA 2Y8PA 3TXDA 3GXKA 1GHLA 1EL1A 1UIDA 4GN4A 1IY4A 4BAPA 1LJKA 1VDTA 1UCOA 1WVVA 1FDLY 1IWUA 1AKIA 1IOQA 2W1LA 4NY5A 1LHMA 4ETAA 3WYHA 5T3FA 2ZWBA 4XYYA 3TMWA 1LTMA 1LJFA 1YKZX 4LYMA 1B7NA 2FYCA 2H5ZA 154LA 1VDQA 4TTDA 1XSFA 1HNLA 2XBSA 2YBMA 1YKYX 4HV1A 4A7DA 3W6CA 3ATNA 4QGZA 1D0KA 5HNLA 4HJVA 1BB4A 1AT6A 1HSXA 1WQNA 3AGGG 4LGKA 1B0DA 4QEQA 4WM5A 3WPJA 3WVYA 1UUZC 4HPIA 4NGLA 1B5WA 2FBBA 4H9HA 4H9EA 4H8XA 3K3TA 4MR1A 4XJIA 4GCDA 1F10A 4R6CA 5LVKA 1IIZA 1EQ4A 1GPQC 1J1XY 3FE0A 1VATA 1IEEA 1GD6A 5FSTA 1LSMA 4PJ2C 1OUEA 2YSSC 2ZYPA 3WU9A 4NG1A 3WPLA 3TXFA 4B4JA 2DQHY 4FJRA 1HEOA 4W94A 4ETBA 1C10A 1JJ3A 3IJUA 3RT5X 2H9KA 3RU5A 2BQOA 1GFKA 1J1OY 1T3PA 1V7TA 3CSQA 4KPMA 1CJ8A 1HFZA 3QY4A 3WXUA 3E3DA 1LAAA 4XADA 4N0JA 3P66A 1NHEA 4KXIA 1B5UA 4DDBA 1JPOA 2MEEA 1GF4A 4U3XB 5I4WA 1IP5A 1CKGA 3EO5A 1YAOA 4YEOA 1GE0A 1ZVYB 1GB0A 1H6MA 4N9RA 3AW7A 1QDRA 4HV2A 4GCEA 1G7IC 1GWDA 3CSRA 4RDSA 3TXKA 1LZBA 4J1BA 4XJGA 3W6AA 1IC5Y 2BLXA 3GXRA 194LA 1LPIA 153LA 1GB8A 1IY3A 3A92A 4IATA 3WULA 2IFFY 4NEBA 1NWGA 2W1MA 4OW1A 4DD9A 1I1ZA 4NSIA 3TXBA 3WL2A 4PPOA 1JTOL 2MECA 2D4KA 1LZNA 2BQMA 2XTHA 4NGOA 1LMNA 2XBRA 1LZ8A 4B4EA 2G4PA 1NDGC 4H93A 4LT0A 3W3EA 1IR9A 4NGYA 2BQBA 1GAYA 1DKKA 4LYBA 4HPEA 1LZ4A 3LYOA 1NDMC 1XGRC 4G9SA 1BB3A 2WARA 1LOZA 1B7OA 1RE2A 1IC7Y 1KXWA 4DDAA 2BQLA 1LJGA 1OUGA 1KXXA 5KXPA 1C45A 4LFXA 5APCA 2FYDA 4DC4A 4H90A 3B0KA 1BVKC 1LYZA 4D9ZA 2DBTA 1CKCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1WVUA 1L73A 1YAPA 1TEWA 1I6SA 1LZYA 1DPWA 1PQJA 3A3RX 1C64A 1C6EA 4WG7A 4LYTA 2BQFA 1LYHA 2LYZA 248LA 5D5CA 1C6FA 3RNXA 3HDEA 149LA 1L84A 1LZGA 1B5YA 1L14A 1C65A 4ARQB 1GF7A 1IWXA 237LA 5LXWA 1DQJC 1UICA 3OK0A 127LA 4OO9A 3J4GA 2F4GA 1LHLA 1I56A 249LA 3OE8A 4WO6A 4CFPA 1L59A 4PRUA 1L26A 253LA 1L77A 4MCKA 4LZMA 1PS5A 1RCMA 3A96A 205LA 1LZ1A 4W58A 4I7SA 4WM2A 1CKHA 252LA 5B1GA 4WO9A 155LA 221LA 4ETCA 4W56A 1VDSA 1GFGA 3G3VA 1D6QA 3WW6A 2ZIKA 1L45A 229LA 2BQAA 1OUAA 2BQDA 129LA 4NHIA 1HERA 3UONA 196LA 1L89A 2LHMA 1CV6A 4IAPA 4R0FA 151LA 2D91A 1JWRA 1GFUA 3F8VA 4BS7A 2O7AA 4WLYA 5FCPA 1L28A 1C6GA 1BQLY 1C6TA 1VFBC 4XJFA 3B0IA 4WLXA 1L12A 2O79A 1GFVA 1HENA 1OVKA 4I7OA 2A7FA 4X3BA 260LA 5A3ZA 1IP4A 1L19A 4NGJA 2OE4X 5KXNA 3A67Y 1C6HA 2LZMA 2CWIA 3ULRA 4DQ7A 1LHIA 1LKSA 3PBLA 5M1YA 2RBPA 4N1EI 1C6AA 1IWZA 1L40A 224LA 3A94A 206LA 4W54A 4GLVA 4I7RA 5LYZA 2Q9EA 3CDVA 4NSGA 1D3NA 1W6ZA 1TDYA 4EMNA 4Z3MA 4GLAA 2MEAA 3BKVA 1HFXA 1IORA 4H91A 3DN6A 3HT7A 5IDDA 5ILFA 2RH1A 4WL6A 3WUAA 1UIGA 1YANA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1WVU A;  5I54 A;  207L A;  3EMS A;  1YAP A;  1TEW A;  1LZE A;  3HBD A;  3LN2 A;  1LZY A;  1DPW A;  1GFT A;  3A3R X;  1LHH A;  4LT1 A;  4WG7 A;  4LYT A;  1T6V L;  2BQF A;  5L3H A;  2B5Z A;  1IR8 A;  4AXT A;  3N9C A;  2LYZ A;  3P64 A;  4ETD A;  1IC4 Y;  4H92 A;  5KXK A;  3AB6 A;  1FLU A;  4P2E A;  4N8Z A;  4BAD A;  1JUG A;  3WUM A;  5D5C A;  3RNX A;  1RJC B;  1GFH A;  5F9U A;  1E8L A;  1HEM A;  1IWW A;  1B9O A;  1GFJ A;  1IO5 A;  1LZG A;  1B5Y A;  1XEK A;  1IOT A;  2HTX A;  3TXI A;  1HFY A;  4H1P A;  2HEB A;  5KXX A;  4LZT A;  4BAF A;  3SP3 A;  1GF7 A;  2EIZ C;  3ATO A;  4OWB A;  1YL0 X;  4UWU A;  1IWX A;  1UAC Y;  3A90 A;  5F81 A;  3LYT A;  4DT3 A;  4XN6 A;  3TXJ A;  1HC0 A;  5LXW A;  4O34 A;  1DQJ C;  1UIC A;  3M3U A;  3OK0 A;  1OUF A;  2FBD A;  2DQD Y;  1GFR A;  3J4G A;  3FI7 A;  1IR7 A;  2F4G A;  2BQK A;  2HEC A;  1LHL A;  1RFP A;  1I56 A;  1C43 A;  1LZ5 A;  1LSZ A;  1V7S A;  3TXE A;  4WO6 A;  1GDW A;  1XGT C;  2W1Y A;  4HJY A;  4CFP A;  2HED A;  1NMM A;  4PRU A;  4I8S A;  5B59 A;  2CJL A; 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 1VAT A;  1IEE A;  1GD6 A;  5FST A;  1LSM A;  4PJ2 C;  1OUE A;  2YSS C;  2ZYP A;  3WU9 A;  4NG1 A;  3WPL A;  3TXF A;  4B4J A;  2DQH Y;  4FJR A;  1HEO A;  4W94 A;  4ETB A;  1C10 A;  1JJ3 A;  3IJU A;  3RT5 X;  2H9K A;  3RU5 A;  2BQO A;  1GFK A;  1J1O Y;  1T3P A;  1V7T A;  3CSQ A;  4KPM A;  1CJ8 A;  1HFZ A;  3QY4 A;  3WXU A;  3E3D A;  1LAA A;  4XAD A;  4N0J A;  3P66 A;  1NHE A;  4KXI A;  1B5U A;  4DDB A;  1JPO A;  2MEE A;  1GF4 A;  4U3X B;  5I4W A;  1IP5 A;  1CKG A;  3EO5 A;  1YAO A;  4YEO A;  1GE0 A;  1ZVY B;  1GB0 A;  1H6M A;  4N9R A;  3AW7 A;  1QDR A;  4HV2 A;  4GCE A;  1G7I C;  1GWD A;  3CSR A;  4RDS A;  3TXK A;  1LZB A;  4J1B A;  4XJG A;  3W6A A;  1IC5 Y;  2BLX A;  3GXR A;  194L A;  1LPI A;  153L A;  1GB8 A;  1IY3 A;  3A92 A;  4IAT A;  3WUL A;  2IFF Y;  4NEB A;  1NWG A;  2W1M A;  4OW1 A;  4DD9 A;  1I1Z A;  4NSI A;  3TXB A;  3WL2 A;  4PPO A;  1JTO L;  2MEC A;  2D4K A;  1LZN A;  2BQM A;  2XTH A;  4NGO A;  1LMN A;  2XBR A;  1LZ8 A;  4B4E A;  2G4P A;  1NDG C;  4H93 A;  4LT0 A;  3W3E A;  1IR9 A;  4NGY A;  2BQB A;  1GAY A;  1DKK A;  4LYB A;  4HPE A;  1LZ4 A;  3LYO A;  1NDM C;  1XGR C;  4G9S A;  1BB3 A;  2WAR A;  1LOZ A;  1B7O A;  1RE2 A;  1IC7 Y;  1KXW A;  4DDA A;  2BQL A;  1LJG A;  1OUG A;  1KXX A;  5KXP A;  1C45 A;  4LFX A;  5APC A;  2FYD A;  4DC4 A;  4H90 A;  3B0K A;  1BVK C;  1LYZ A;  4D9Z A;  2DBT A;  1CKC A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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