2RBSA

(r)(+)-3-chloro-1-phenyl-1-propanol in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Rescoring docking hit lists for model cavity sites: predictions and experimental testing.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 56
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2007-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2rbsA00
1XEPA 1G0GA 160LA 2B6WA 2B73A 1LPYA 250LA 244LA 3C8QA 1L75A 1C6NA 1C65A 3RUNA 4K5YA 1P64A 1L04A 1LYDA 1OVHA 1L68A 1PQDA 1CV4A 4W51A 4W56A 1L0KA 4DKLA 3SB6A 1XJUA 4YX7C 1L50A 2NTGA 1P5CA 1WTHA 1L17A 123LA 1L02A 1D9WA 4I7QA 1LLHA 2B70A 3SN6R 1L40A 2B75A 149LA 2B6TA 5LZMA 3SBBC 3C8SA 3HDEA 198LA 1L45A 1L97A 145LA 1P7SA 163LA 245LA 1L92A 127LA 1C64A 1L72A 3DN1A 1DYDA 158LA 255LA 4LZMA 131LA 3HTDA 1L09A 162LA 3DMZA 1L18A 1P37A 169LA 2ANXA 1CTWA 1KS3A 2Z6BA 3L2XA 1SWZA 2Q9EA 3QAKA 1G0QA 1L94A 2CUUA 3HDFA 3HH5A 1L34A 1L61A 1CV6A 3HUKA 2B6XA 4AQNA 1C66A 177LA 3SBAA 3OE0A 252LA 1C68A 1C6GA 1L11A 228LA 3ODUA 201LA 138LA 1P3NA 2F2QA 122LA 166LA 173LA 1L96A 2LC9A 2B6ZA 119LA 3SB5A 1JTNA 1C6EA 1QUHA 190LA 258LA 222LA 2F32A 1QTVA 249LA 1L44A 3C7YA 3DNAA 2B6YA 1QT5A 1G0LA 1L16A 1CV5A 1QTCA 1G1VA 1P6YA 1L58A 2RB0X 195LA 1QT6A 1KY1A 182LA 2B72A 4YXAC 1L13A 175LA 1D3NA 2RBOA 1C61A 1D3MA 1L55A 1P46A 211LA 140LA 147LA 209LA 1L35A 4EKPA 1CVKA 219LA 4EKQA 1LGWA 257LA 1QUGA 184LA 1SX2A 3CDVA 1PQKA 2RBRA 4ARPA 1CU3A 107LA 4LDLA 1T97A 3NY9A 3DN8A 1L80A 2RBPA 2L78A 1OVJA 4I7PA 1G0PA 234LA 4ARQB 2RBQA 1P56A 4IAPA 2RB1X 217LA 1LWGA 112LA 3DMXA 4GRVA 3GUIA 4I7SA 104LA 1D2WA 109LA 1G06A 164LA 3FA0A 3HTBA 110LA 1D3JA 240LA 1I6SA 1C6MA 1L01A 146LA 2RBNA 1L69A 4I7NA 1G0KA 2OE4X 227LA 3DN4A 3HTFA 260LA 1L67A 1L56A 3C82A 229LA 248LA 4EXMA 223LA 1K28A 206LA 3OE8A 1L42A 1LI6A 6LZMA 1L26A 3V2WA 1C67A 1CUQA 232LA 137LA 2RAYX 1JQUA 2OTZX 3HUQA 246LA 3OE6A 3HTGA 3F8VA 161LA 2OU9A 3L64A 185LA 3SB7A 4ARQA 4DJHA 1L93A 1QS5A 221LA 3HT7A 120LA 1L0JA 1LYEA 1L74A 1L10A 1PQJA 2OEAX 3SB9A 4ARJA 3HUAA 1C6DA 3D4SA 1L20A 225LA 2ANVA 3EMLA 4W53A 1C6FA 141LA 1CV1A 1DYFA 196LA 1L30A 1G07A 1L25A 233LA 226LA 1L64A 159LA 1L60A 4PJZA 1LGUA 4I7KA 168LA 1L03A 256LA 1L33A 1C6CA 1ZURA 216LA 1L22A 1CU2A 1L00A 3CDTA 3VW7A 1OYUA 4I7OA 1L41A 210LA 144LA 2O79A 1DYEA 1OWZA 1L83A 3DN6A 1LI2A 4S0WA 155LA 1CUPA 3C8RA 4W55A 1ZWNA 3C7ZA 3GULA 1L71A 247LA 151LA 2HULA 2OU0X 1CU0A 3HH6A 152LA 181LA 4OO9A 1L07A 1LYJA 238LA 1LWKA 114LA 113LA 1T8AA 4LDEA 254LA 3DN2A 1P2RA 1QSQA 1D3FA 1DYGA 218LA 1L57A 1QTBA 199LA 1LYHA 1L82A 1SX7A 4I7JA 1G0MA 1L90A 1LYIA 243LA 259LA 1L37A 1D2YA 1XJTA 1QT8A 1L91A 4I7RA 4I7MA 1LYFA 1C6TA 2RAZX 1P2LA 3GUPA 1LGXA 2QARC 1QS9A 1C6QA 3SB8A 1T8GA 1QSBA 3UONA 2HUMA 200LA 1L65A 1L24A 214LA 2OU8A 1L31A 1L12A 1C62A 1EPYA 3HT8A 174LA 197LA 1C6JA 3C81A 188LA 4ARLA 1ZYTA 224LA 1CU5A 1B6IA 2F47A 1L85A 4ZPUA 2OTYX 1L48A 2B74A 108LA 2O7AA 1G0JA 4I7TA 262LA 3HU8A 2IGCA 3K2RA 3GUKA 2OE7X 3CDOA 2B7XA 236LA 130LA 1LYGA 3F9LA 150LA 1L95A 5I14A 1L38A 3CDRA 4W57A 1L66A 242LA 3FI5A 4W58A 1CV0A 3GUNA 3HT9A 1L70A 3CDQA 4PK0A 156LA 1L76A 1L54A 1L28A 1SWYA 3HH3A 1L08A 2OE9X 3V2YA 1L06A 172LA 1L52A 1C6LA 1OV5A 1LI3A 4DAJA 1L21A 1L99A 4ARMB 129LA 1L05A 3DMVA 241LA 187LA 115LA 4I7LA 1L86A 2QB0B 1L73A 170LA 180LA 1L79A 1QTZA 1C6IA 1L88A 213LA 3HWLA 186LA 1JTMA 253LA 128LA 1CV3A 143LA 3DN0A 3NY8A 230LA 1P36A 3GUJA 1QT7A 189LA 111LA 1L98A 1T6HA 1DYAA 1L39A 1L84A 1PQIA 103LA 2HUKA 1L19A 3JR6A 205LA 1SSWA 1QUDA 1QTHA 3RZEA 1QT4A 215LA 1C6PA 2LCBA 261LA 2RB2X 4EKRA 4LDOA 4W54A 1DYCA 1KY0A 1C6KA 1C6BA 237LA 1C6HA 1C6AA 1QT3A 3HT6A 3G3VA 1L14A 3OE9A 4ARMA 4EJ4A 3G3XA 1QUOA 1L49A 3FADA 148LE 1L59A 3LZMA 3DKEX 235LA 4GBRB 1LW9A 126LA 1L53A 4EKSA 1KW5A 118LA 139LA 2Q9DA 176LA 212LA 167LA 2LZMA 1CU6A 1L27A 4W52A 4EPFA 1L51A 1QTDA 1L46A 3GUOA 192LA 1L36A 2RH1A 171LA 3GUMA 2A4TA 3C7WA 3C83A 1DYBA 1C63A 1L47A 3G3WA 3HU9A 1L62A 3C80A 3DN3A 1PQOA 4EPIA 1OVKA 1NHBA 251LA 165LA 1L63A 1L32A 1T8FA 7LZMA 102LA 183LA 1PQMA 1SSYA 3PBLA 2O4WA 157LA 178LA 1L89A 4E97A 142LA 1L29A 231LA 2RBSA 1L43A 1KW7A 1L77A 1KNIA 239LA 220LA 1L87A 1CX7A 3NYAA 1OWYA 1L23A 125LA 1L81A 191LA 1C60A 1C69A 1G1WA 1L15A 1OV7A 4YXCA 1CX6A 1TLAA 3HH4A 4W59A 2NTHA 3PDSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LZDA 4TWSA 1C65A 1QSWA 4K5YA 3AGIA 1P64A 5HMVA 4GCBA 4H9EA 1L68A 1CV4A 1PZYA 1UIEA 3SB6A 1L50A 3TXKA 5KXKA 4WG7A 4HP0A 1GF8A 2XBSA 1B7RA 4B4IA 2B6TA 3HDEA 4OWAA 4DWXA 1LHIA 1LJ4A 1L97A 1INUA 1HFXA 4LT1A 1P7SA 4OOTA 1L72A 3TXHA 131LA 1GE0A 1L09A 3RT5X 1L18A 169LA 2XQOA 1CTWA 1SWZA 2Q9EA 5L9JA 1XEJA 1D0LA 1G0QA 1XGTC 1GB0A 3RNXA 3HH5A 1IR9A 1GF6A 4NSGA 1H6MA 4H9FA 1LSPA 1C6GA 138LA 122LA 4NHQA 2B6ZA 5B05A 1WQPA 4TSCA 4B0DA 4GLVA 1GF3A 1NBYC 1LAAA 1LZ8A 3AYQA 4J1AA 1QT5A 1L16A 4XADA 1WVVA 3P64A 2Z37A 2RB0X 1LPIA 1IC4Y 2YBLA 1GFUA 1AKIA 1YROA 1D3NA 1B7NA 1D6QA 5D5CA 2RBOA 1L55A 2YVBA 1VDQA 211LA 2BQFA 209LA 4LYBA 4EKPA 1IVMA 1DZBX 1CVKA 2EKSC 1LZNA 3WMKA 3CDVA 3WUNA 107LA 4EOFA 3DN8A 1GFRA 3P66A 5C6JA 4IAPA 2RB1X 4WM5A 1FLUA 1CKDA 1BB7A 1CKGA 1G06A 109LA 1C6MA 1L01A 1IP1A 1BB6A 3TXFA 3DN4A 227LA 5DLAA 1L67A 5KXWA 1L56A 3C82A 1JPOA 4LYCA 4NHTA 2YBMA 4EXMA 2MEIA 9LYZA 1LI6A 2H5ZA 5E4PA 6LZMA 1C67A 5DN5A 4DD3A 3OE6A 5F16A 3F8VA 1BGIA 4D9ZA 2OU9A 3L64A 1D6PA 1UIFA 2FYCA 4DJHA 1WTNA 1L93A 3HT7A 1D0MA 4EMNA 4NFVA 1W08A 3SB9A 2YBHA 4NWEA 1L20A 2BQOA 225LA 4NGOA 5LVJA 1HEPA 3W6CA 4H93A 4J0LA 141LA 1L30A 5FSTA 1YAPA 5JENB 168LA 1IWWA 1YAMA 4H9AA 2Y8PA 5IELA 256LA 3AW6A 1ZURA 1L22A 1BVXA 1CJ8A 3M18B 1OYUA 4WM1A 3RZ4A 144LA 2O79A 4NIJA 1XFPL 1JHLA 3C8RA 3GULA 1XGQC 1L71A 4Z3MA 4NHPA 4XJGA 1W6ZA 4WM2A 5LXWA 4OO9A 4G9SA 1QTEA 2H9KA 1F6SA 1T8AA 4AGAA 3LN2A 1QTBA 1XGUC 1LHLA 1LYHA 1JEFA 1SX7A 1G0MA 1GE4A 4R0FA 1DPXA 4ML7A 2YBNA 1QT8A 4NHSA 3HBEX 1P2LA 1JTPL 1OUCA 3SB8A 1LSYA 1JIYA 5KXOA 2OU8A 1XGPC 1L31A 2A7DA 4HTQA 4ETEA 4YM8A 1IC7Y 1IIZA 2ZQ4A 224LA 1CU5A 4TSBA 5I5QA 1L85A 1GFEA 2OTYX 1LJGA 2B74A 108LA 4BADA 1BWIA 5FEKA 2O7AA 1UCOA 2B7XA 1LZCA 236LA 3F9LA 1LYGA 2Z2FA 4NY5A 150LA 4NGKA 1DI5A 3WU9A 207LA 4WL7A 1L66A 242LA 3IJVA 4B1AA 1CV0A 1GB2A 3GUNA 1L70A 1L76A 1L54A 4OWCA 1E8LA 3HH3A 1FLYA 2LYMA 1C6LA 1LI3A 3ATOA 5HQ1A 2DQJY 2YSSC 1LMPA 115LA 1UA6Y 1JKDA 1REXA 1IOSA 1C6IA 1L88A 1LZAA 1B7OA 1CV3A 4M4OA 4PRQA 2ZNXY 3GUJA 230LA 3EBAB 1LSAA 3AW7A 1L98A 1T6HA 1ZMYL 1IWXA 2ZILA 1L84A 3LZTA 1L19A 205LA 4U3XB 4HJYA 1QT4A 5E9RA 3WUAA 3RW8A 2LCBA 4Z46A 4ETDA 1UUZC 2HECA 1KY0A 237LA 3HT6A 1XEIA 1JUGA 1GB7A 1L49A 1LYOA 5KXLA 4LT2A 3LZMA 1RE2A 4II8A 1HSXA 4DD7A 5LAFA 2D4IA 1REYA 2XJWA 1LW9A 1LOZA 126LA 1RFPA 4EKSA 2A7FA 118LA 139LA 167LA 5J7CA 4EPFA 1OUEA 4W52A 1L46A 1IWUA 4J7VA 3QY4A 4LT3A 3C83A 3C80A 1PQOA 1OVKA 1GE1A 1LMNA 1PQMA 1SSYA 1GDWA 1JTTL 2O4WA 3WPJA 4Z98A 142LA 1KNIA 220LA 2ZIJA 5FDJA 4NGJA 1L23A 125LA 1G1WA 1WVUA 1CKHA 2BQIA 3HUQA 3PDSA 1YKXX 4DD1A 1HFZA 160LA 2B73A 3C8QA 2BQNA 1GBZA 1LJKA 1L75A 1KXYA 1IOTA 1SLYA 1L04A 4W51A 4IASA 4YX7C 2NTGA 2BQJA 4DD9A 1CJ6A 1WTHA 2DQDY 2MEDA 2LYZA 1HHLA 1LLHA 1L40A 149LA 3C8SA 4NGVA 145LA 163LA 2I26L 4LYTA 3DN1A 1DYDA 158LA 1QTKA 1SQ2L 1WQMA 5I4YA 162LA 5L3HA 4XJIA 1CJ9A 2ANXA 1KS3A 1VATA 1GB5A 1UICA 4YEMA 5HLLA 2I6ZA 2HUBA 1GF7A 5HNCA 3HUKA 2B6XA 1GPQC 4J1BA 1LMOA 177LA 1C68A 1L11A 2ZIKA 3ODUA 201LA 3TXBA 2F2QA 133LA 3B0KA 5FHWA 119LA 1GBXA 4WLTA 1C6EA 1QTVA 2EPEA 5LINA 4GCEA 3C7YA 2DQGY 2D6BA 1CV5A 1QTCA 2BQLA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LZD A;  4TWS A;  1C65 A;  1QSW A;  4K5Y A;  3AGI A;  1P64 A;  5HMV A;  4GCB A;  4H9E A;  1L68 A;  1CV4 A;  1PZY A;  1UIE A;  3SB6 A;  1L50 A;  3TXK A;  5KXK A;  4WG7 A;  4HP0 A;  1GF8 A;  2XBS A;  1B7R A;  4B4I A;  2B6T A;  3HDE A;  4OWA A;  4DWX A;  1LHI A;  1LJ4 A;  1L97 A;  1INU A;  1HFX A;  4LT1 A;  1P7S A;  4OOT A;  1L72 A;  3TXH A;  131L A;  1GE0 A;  1L09 A;  3RT5 X;  1L18 A;  169L A;  2XQO A;  1CTW A;  1SWZ A;  2Q9E A;  5L9J A;  1XEJ A;  1D0L A;  1G0Q A;  1XGT C;  1GB0 A;  3RNX A;  3HH5 A;  1IR9 A;  1GF6 A;  4NSG A;  1H6M A;  4H9F A;  1LSP A;  1C6G A;  138L A;  122L A;  4NHQ A;  2B6Z A;  5B05 A;  1WQP A;  4TSC A;  4B0D A;  4GLV A;  1GF3 A;  1NBY C;  1LAA A;  1LZ8 A;  3AYQ A;  4J1A A;  1QT5 A;  1L16 A;  4XAD A;  1WVV A;  3P64 A;  2Z37 A;  2RB0 X;  1LPI A;  1IC4 Y;  2YBL A;  1GFU A;  1AKI A;  1YRO A;  1D3N A;  1B7N A;  1D6Q A;  5D5C A;  2RBO A;  1L55 A;  2YVB A;  1VDQ A;  211L A;  2BQF A;  209L A;  4LYB A;  4EKP A;  1IVM A;  1DZB X;  1CVK A;  2EKS C;  1LZN A;  3WMK A;  3CDV A;  3WUN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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